Statistický popis dat. Tvorba kontingenních tabulek. Grafická prezentace dat. Po pihlášení se do sít (viz login name + password v okn Login) budete mít pistupný síový disk F:\, na kterém jsou uložena data pro praktická cviení ze statistiky. Otevení souboru s daty pro zpracování V aplikaci Tento poíta zvolte síovou jednotku F:\ Na síové jednotce F:\ otevete složku SOFTWARE \ biostatistika \ data Otevete excelovský sešit data_2.xls Popis struktury excelovského sešitu s daty V excelovském sešitu data_2.xls jsou na jednotlivých listech uložena data z klinických studií. 1. List data preventivní prohlídky na listu jsou data z preventivních prohlídek zamstnanc. V rámci prohlídek byly u zamstnanc mj. sledovány rizikové faktory kardiovaskulárního onemocnní a u každého zamstnance bylo zjištno souasné riziko kardiovaskulárního onemocnní a bylo odhadnuto riziko v 60 letech vku zamstnance. (Použité zkratky: STK systolický tlak krve, DTK diastolický tlak krve, BMI body mass index, LDL low-density lipoprotein cholesterol, HDL high-density lipoprotein cholesterol). 2. List data pro histogramy tlesná výška a tlesná hmotnost muž ze screeningové studie zamené na záchyt nových pípad karcinomu prostaty u muž nad 40 let. Na listu jsou definovány pravé meze interval pro tvorbu tzv. histogram etností pro tlesnou výšku a pro tlesnou hmotnost. 3. List nádory nadledvin na listu jsou uloženy údaje z CT vyšetení pacient s pozitivním nálezem na nadledvinách. U každého pacienta jsou uvedeny údaje o pohlaví a vku pacienta v dob vyšetení. Dále jsou uvedeny rozmry nalezeného útvaru rozmr1, rozmr 2 a rozmr 3, tj. velikost nalezeného útvaru zmená ve tech smrech, výsledek histologického vyšetení a údaj o malignit. ÚKOL. 1 Tvorba kontingenních tabulek pro dva kategoriální znaky Kontingenní tabulky se používají k popisu rozdlení etností v kategoriích jednoho znaku (nap. poet muž, poet žen) nebo k popisu etností v kategoriích, které vzniknou kombinací kategorií dvou kategoriálních znak (nap. poet muž kuák, poet žen kuaek, ). Z dat na listu data preventivní prohlídky zjistte: a) Poet a procento kuák a nekuák ve skupin muž a ve skupin žen (viz. znaky pohlaví a kouení). b) Poet a procento osob s vysokým krevním tlakem ve skupin muž a ve skupin žen (znaky pohlaví a hypertenze). 1
c) Poet a procento osob s vysokou hladinou celkového cholesterolu ve skupin kuák a ve skupin nekuák (znaky kouení a cholesterol hodnocení). d) Poet a procento osob s hypertenzí ve skupin kuák a ve skupin nekuák (znaky kouení a hypertenze). NÁVOD NA EŠENÍ: Z dat na listu preventivní prohlídky zjistte poet a procento kuák a nekuák ve skupin muž a ve skupin žen. 1) Na listu data preventivní prohlídky kliknte na libovolnou buku s daty. 2) Z hlavního menu zvolte položky Vložení - Kontingenní tabulka. 3) V okn Vytvoit kontingenní tabulku potvrte OK v tomto okn nic nenastavujte (automaticky je doplnna adresa celé tabulky s daty a výsledná kontingenní tabulka bude uložena na nový list). 4) Pole pohlaví z okna Seznam polí kontingenní tabulky petáhnte myší do oblasti Popisky ádk (tím vytvoíte v budoucí kontingenní tabulce popisky ádk podle kategorií znaku pohlaví, tj. M a Ž muž a žena). 5) Pole kouení petáhnte do oblasti Popisky sloupc (tím vytvoíte v kontingenní tabulce popisky sloupc podle kategorií znaku kouení, tj. ne a ano nekuáci a kuáci). 6) Pole kouení (nebo pohlaví) petáhnte dvakrát do oblasti Hodnoty (v kontingenní tabulce se mají vypoítat dva údaje absolutní etnosti a relativní etnosti, tj. procenta). 7) Tlaítko Hodnoty petáhnte z oblasti Popisky sloupc do oblasti Popisky ádk. 2
8) Nastavte výpoet procent - pravým tlaítkem myši kliknte na jedno z ísel v tabulce a z místní nabídky vyberte Nastavení polí hodnot. 9) Kliknte na záložku Zobrazit hodnoty jako a v poli Zobrazit hodnoty jako vyberte ze seznamu % ádku (tím se vypoítá procento vztažené k ádkovým soutm, tj. zvláš k celkovému potu muž a zvláš k celkovému potu žen). 10) Vypoítaná procenta oznate a zaokrouhlete na jedno desetinné místo. Výslednou tabulku nemusíte dále upravovat. 11) Oznate buky s procenty, kliknte na položku Dom v hlavním menu a ze skupiny íslo kliknte na tlaítko Odebrat desetinné místo 12) Nastavte klasické rozložení kontingenní tabulky. 3
13) Kliknte pravým tlaítkem do tabulky a z místního menu zvolte Možnosti kontingenní tabulky. 14) Kliknte na Zobrazit a zakliknte Klasické rozložení kontingenní tabulky. 15) Kliknte na OK. Výsledná tabulka po úprav Závr: Z celkového potu 403 muž kouí 123 muž, tj. 30,5 %. Z celkového potu 197 žen kouí 69 žen, tj. 35,0 %. Z celkového potu 600 zamstnanc je 192 kuák, tj. 32,0 %. 16) Kliknte opt na libovolnou buku s daty na listu "data preventivní prohlídky" a stejným postupem vytvote kontingenní tabulku pro znaky pohlaví a hypertenze, tj zjistte poet a procento osob s vysokým krevním tlakem ve skupin muž a ve skupin žen. 17) Tabulku umístte na list s první kontingenní tabulkou. Poznámka: Chcete-li výslednou kontingenní tabulku umístit na existující list, zvolte umístní Existující list a potom kliknte na záložku se jménem listu, do kterého chcete tabulku umístit. V tomto listu kliknte do prázdné buky, kam se umístí levý horní roh výsledné tabulky. 18) Vytvote kontingenní tabulku pro znaky kouení a cholesterol hodnocení, tj. zjistte poet a procento osob s vysokou hladinou celkového cholesterolu ve skupin kuák a ve skupin nekuák. 19) Vytvote kontingenní tabulku pro znaky kouení a hypertenze, tj. zjistte poet a procento osob s hypertenzí ve skupin kuák a ve skupin nekuák. 4
ÚKOL. 2 Tvorba koláového grafu Z dat na listu data preventivní prohlídky zjistte distribuci (rozdlení) zamstnanc podle vkových kategorií (sloupec vková kategorie). Zobrazte tuto distribuci graficky pomocí koláového grafu. NÁVOD NA EŠENÍ: 1) Z dat na listu data preventivní prohlídky nejdíve zjistte distribuci (rozdlení) zamstnanc do vkových kategorií, tj. vytvote kontingenní tabulku pro znak vková kategorie. a) Na listu preventivní prohlídky oznate celý sloupec vková kategorie (kliknutím na záhlaví sloupce D). b) Z hlavního menu vyberte položky Vložení Kontingenní tabulka a potvrte OK. c) Pole vková kategorie petáhnte do oblasti Popisky ádk a také jednou do oblasti Hodnoty. d) Nastavte klasické rozložení kontingenní tabulky. e) Kliknte pravým tlaítkem do tabulky a z místního menu zvolte Možnosti kontingenní tabulky. f) Kliknte na Zobrazit a zakliknte Klasické rozložení kontingenní tabulky. Kliknte na OK. g) Ve výsledné tabulce kliknte na znaku seznamu v buce Popisky ádk a zrušte potvrzení u Prázdné. Podoba upravené kontingenní tabulky: 2) Dopište do kontingenní tabulky slovo let (tj. 18-29 let, atd.). 3) Oznate popisy vkových kategorií a ísla v tabulce. 5
4) Z hlavního menu vyberte položku Vložení a Výseový graf, z nabídky zvolte Prostorový výseový graf (2. možnost). 5) Jsou-li na listu otevena okna Filtr kontingenní tabulky a Seznam polí kontingenní tabulky, zavete je. 6) Kliknte na nabídku Rozložení grafu a zvolte 2. variantu v 1. ad. Není-li karta Rozložení grafu zobrazena, kliknte nejdíve na položku Návrh v hlavním menu. V tomto rozložení se pro každou vkovou kategorii zobrazí procento zamstnanc. 7) Kliknte na název grafu (Celkem) a napište Zamstnanci podle vku. 8) Kliknte pravým tlaítkem myši na popisky kategorií v grafu (tj. 18-29 let atd.) a zvolte velikost písma 12 (kliknte na položku Dom v hlavním menu a zvolte velikost textu 12). 9) Kliknte pravým tlaítkem myší na procenta, z místní nabídky zvolte Formát popisk dat, íslo a zvolte Kategorie: Procento a nastavte jedno desetinné místo. Kliknte na Zavít. 10) Zmte barvu výseí v grafu. 11) Oznate výse, jejíž barvu chcete zmnit (nejdíve kliknte na celý kolá a potom ješt jednou na výse, kterou chcete oznait). Pravým tlaítkem myši vyvolejte místní nabídku, zvolte Formát datového bodu Výpl. 12) Vyberte Souvislá výpl a v položce Barva zvolte barvu výpln. Kliknte na Zavít. 13) Zmte prostorové otoení grafu. 14) Kliknte pravým tlaítkem myši na koláový graf a z místní nabídky vyberte Prostorové otoení, nastavte otoení ve smru Y na 20%. 6
Upravený koláový graf ÚKOL. 3 Tvorba sloupcového grafu Z dat na listu nádory nadledvin zjistte distribuci nález podle histologie (viz znak histologie). Výsledek zobrazte graficky pomocí sloupcového grafu. NÁVOD NA EŠENÍ: 1) Z dat na listu nádory nadledvin zjistte distribuci nález podle histologie, tj. vytvote kontingenní tabulku pro znak histologie: a) Oznate celý sloupec histologie (kliknutím na záhlaví sloupce I). b) Z hlavního menu vyberte položky Vložení Kontingenní tabulka a potvrte OK c) Pole histologie petáhnte do oblasti Popisky ádk a také (pouze jednou) do oblasti Hodnoty. d) Nastavte výpoet procent v tabulce kliknte pravým tlaítkem myši na jedno z ísel a z místní nabídky zvolte Nastavení polí hodnot. Kliknte na Zobrazit hodnoty jako a v ádku Zobrazit hodnoty jako zvolte % celku. e) Zaokrouhlete procenta na jedno desetinné místo oznate všechna ísla a kliknte do bloku pravým tlaítkem myši, z místní nabídky zvolte položku Formát bunk. f) Ve výsledné tabulce kliknte na znaku seznamu a zrušte potvrzení u Prázdné. pvodní tabulka 2) Kliknte do kontingenní tabulky na jedno z ísel a z hlavního menu zvolte položku Data. 7
3) Ve skupin Seadit a filtrovat kliknte na ikonu Seadit od nejmenšího k nejvtšímu. 4) Ve výsledné kontingenní tabulce oznate do bloku popisy kategorií a ísla v tabulce. uspoádaná tabulka 5) Z hlavního menu vyberte položku Vložení a kliknte na ikonu Sloupcový graf. 6) Kliknte na Všechny typy graf ve spodní ásti okna a vyberte první variantu grafu ze skupiny Pruhový (tj. Skupinový pruhový) a potvrte OK. (Je-li zobrazeno modré okno Okno filtru kontingenní tabulky, zavete ho.) $ % "#$! &! 7) Zobrazený graf upravte: a) Zmte název grafu - kliknte na název grafu Celkem a napište Nálezy podle histologie. b) Odstrate popis Celkem (vpravo) kliknte na popis a stisknte DELETE na klávesnici. c) Odstrate mížku (viz. svislé áry v grafu) kliknte na mížku a stisknte tlaítko DELETE na klávesnici. d) Pidejte ke sloupcm údaj o procentuálním výskytu - kliknte pravým tlaítkem myši na sloupce a z místní nabídky zvolte Pidat popisky dat. e) Zmenšete mezeru mezi sloupci - kliknte pravým tlaítkem na sloupce a z místní nabídky zvolte Formát datové ady, nastavte Šíka mezery na 60 % (zatáhnte za táhlo na stupnici nebo kliknte do pole a napište 60). 8
f) Zvolte jinou barvu sloupc kliknte na položku Výpl, zvolte Souvislá výpl a zvolte barvu pomocí tlaítka Barva. g) Kliknte na Zavít. h) Upravte formát ísel na ose x na celá ísla kliknte pravým tlaítkem myši na ísla pod osou x a z místní nabídky zvolte Formát osy. Kliknte na položku íslo a nastavte poet desetinných míst na 0. Zavete okno Formát osy. $ % "#$! ÚKOL. 4 Tvorba histogramu etností Z dat na listu data pro histogramy vytvote histogram etností pro tlesnou výšku a histogram etností pro tlesnou hmotnost muž do 40 let vku. Pi tvorb histogram použijte definované pravé meze interval pro výšku, resp. hmotnost. Pomocí definované funkce SKEW vypoítejte šikmost pro tlesnou výšku a tlesnou hmotnost. 9
NÁVOD NA EŠENÍ: Z dat na listu data pro histogramy vytvote histogram etností pro tlesnou výšku muž do 40 let vku (použijte definované pravé meze interval pro výšku). 1) Kliknte na tlaítko sady Microsoft Office (vlevo nahoe) a potom kliknte na tlaítko Možnosti aplikace Excel. 2) Kliknte na položku Doplky a v rozevíracím seznamu Spravovat vyberte položku Doplky aplikace Excel. 3) Kliknte na tlaítko Pejít a v seznamu Doplky k dispozici zaškrtnte Analytické nástroje. Kliknte na tlaítko OK. 4) Otevete list data pro histogramy a vybere z hlavního menu položku Data Analýza dat. 5) V okn Analýza dat vyberte ze seznamu Analytické nástroje položku Histogram a potvrte OK. 6) V okn Vstupní oblast zadejte adresu sloupce A s údaji pro tlesnou výšku (napište A:A nebo kliknte na záhlaví sloupce A v tabulce s daty a adresa sloupce se doplní automaticky). 7) V okn Hranice tíd zadejte adresu oblasti bunk s definovanými pravými hranicemi intervalu pro tlesnou výšku F3:F11 (nebo pímo oznate tuto oblast v tabulce s daty). 8) Zakliknte možnost Popisky tím potvrdíte, že se v oznaených oblastech s ísly nachází také textové popisky. 9) Zakliknte Vytvoit graf. 10) Zvolte výstupní oblast pokud chcete výsledky na listu s daty, kliknte na možnost Výstupní oblast a do pole za Výstupní oblast napište adresu buky, od které se mají vložit výsledky (mžete také pímo kliknout na nkterou z bunk na listu s daty). 11) Ped potvrzením tlaítka OK si porovnejte správné nastavení okna Histogram s obrázkem v textu. Nastavení okna Histogram 10
etnostní tabulka a histogram. v souboru je 737 muž s tlesnou výškou mezi 170 a 175 cm 12) Roztáhnte okno grafu kliknte na graf a zatáhnte myší za znaku na obvodu grafu. 13) Zobrazený graf upravte. a) Vložte název grafu Histogram tlesné výšky. b) Odstrate popis etnost (vpravo) kliknte na popis a stisknte DELETE na klávesnici. c) Zmenšete mezeru mezi sloupci - kliknte pravým tlaítkem na sloupce a z místní nabídky zvolte Formát datové ady, a nastavte šíku mezery na 5 %. d) Zvolte jinou barvu sloupc kliknte pravým tlaítkem myši na sloupce a z místní nabídky zvolte Formát datové ady, v položce Výpl vyberte možnost Souvislá výpl nebo Pechodová výpl a vyberte požadovanou barvu. e) Pro kóty (ísla) na obou osách zvolte velikost písma 11 kliknte pravým tlaítkem myši na kóty a z místní nabídky zvolte Písmo. 11
f) Stejným postupem vytvote z dat na listu data pro histogramy histogram etností pro tlesnou hmotnost muž (použijte definované pravé meze interval pro hmotnost). g) Pomocí funkce SKEW (viz Vzorce, Vložit funkci) vypoítejte koeficient šikmosti pro tlesnou výšku a koeficient šikmosti pro tlesnou hmotnost. Konfrontujte ob hodnoty s tvarem histogram. Výsledky výpotu koeficient šikmosti tlesná výška 0,099 distribuce hodnot je symetrická tlesná hmotnost 0,863 distribuce hodnot je šikmá doprava Koeficient šikmosti mí symetrii rozložení mených hodnot kolem stední hodnoty. Jsou-li hodnoty koeficientu šikmosti blízké nule, znamená to, že distribuce je symetrická. Jsou-li hodnoty vtší než nula, je distribuce sešikmená doprava, záporné hodnoty ukazují na distribuci šikmou doleva. ÚKOL. 5 Tvorba skládaného válcového grafu Zobrazte graficky podíl maligních nález u muž a u žen, použijte data z listu nádory nadledvin. NÁVOD NA EŠENÍ: 1) Otevete list nádory nadledvin. 2) Vytvote kontingenní tabulku pro znaky pohlaví a malignita. 3) Kliknte na libovolnou buku v tabulce s daty a z hlavního menu vyberte položky Vložení Kontingenní tabulka a potvrte OK 4) Pole pohlaví petáhnte do oblasti Popisky sloupc a pole malignita petáhnte jednou do oblasti Popisky ádk a dvakrát do oblasti Hodnoty. 5) Tlaítko Hodnoty petáhnte z oblasti Popisky sloupc do oblasti Popisky ádk. 6) Nastavte klasické rozložení kontingenní tabulky. 7) Kliknte pravým tlaítkem do tabulky a z místního menu zvolte Možnosti kontingenní tabulky. 8) Kliknte na Zobrazit a zakliknte Klasické rozložení kontingenní tabulky. Kliknte na OK. 9) Nastavte výpoet procent: pravým tlaítkem myši kliknte na jedno z ísel v tabulce a z místní nabídky vyberte položku Nastavení polí hodnot. 10) Kliknte na záložku Zobrazit hodnoty jako a v poli Zobrazit hodnoty jako nastavte % sloupce (takto definujete výpoet procent vztažených ke sloupcovým soutm, tj. zvláš k celkovému potu muž a zvláš k celkovému potu žen). Potvrte OK. 11) Vypoítaná procenta zaokrouhlete na jedno desetinné místo 12
12) Pod výslednou kontingenní tabulkou vytvote tabulku se vstupními údaji pro graf do tabulky napište pouze procenta výskytu maligních a benigních nález u muž a žen (viz obrázek nahoe). 13) Oznate novou tabulku do bloku a z hlavního menu zvolte Vložení Sloupcový (vyberte 2. ikonu v ad Válcový). 14) Výsledný graf upravte. 15) Zvolte rozložení grafu s nadpisem z karty Rozložení grafu zvolte rozložení. 1. Pepište název grafu: Podíl maligních nález. 16) Zobrazte v grafu procento výskytu maligních nález kliknte pravým tlaítkem myši na horní ást válce oznaující maligní nálezy a z místní nabídky zvolte položku Pidat popisky dat. 17) Dále mžete v grafu zmnit barvu barevných výplní a zvtšit zbývající popisy. Upravený graf #$ '#$ 13