Pracovní skupina pro molekulární mikrobiologii TIDE

HTML
DOWNLOAD

Rozměr: px

Začít zobrazení ze stránky:

Download "Pracovní skupina pro molekulární mikrobiologii TIDE"

Stanislav Bartoš
před 6 lety
Počet zobrazení:

1 Pracovní skupina pro molekulární mikrobiologii TIDE Josef Scharfen NRL pro patogenní aktinomycety Oddělení lékařské mikrobiologie a imunologie Oblastní nemocnice Trutnov, a.s. SEMINÁŘ SLM PSMM TIDE

2 Definice - vymezení Molekulární mikrobiologie je metodickým a nevyčlenitelným přístupem v rámci oboru klinické mikrobiologie a vychází ze základního dokumentu Koncepce oboru ( ce_oboru.pdf). SEMINÁŘ SLM PSMM TIDE

3 Definice - náplň Molekulárně-mikrobiologický přístup musí být řešen v rámci komplexního procesu diagnostiky etiologického agens infekčního onemocnění, zahrnující v sobě preanalytickou fázi, správné metodické provedení v analytické fázi a dále v postanalytické fázi interpretaci výsledku a návrh terapie v kontextu příslušného klinického případu jako celku. Dalším specifickým využitím molekulárněmikrobiologických metod je typizace mikrobů pro epidemiologické účely. SEMINÁŘ SLM PSMM TIDE

4 Složení TIDE Jaroslav Hrabák Martin Bunček Miloš Dendis Radek Horváth Alica Chroňáková Antonín Libra Jan Nešvera Roman Pantůček Natalie Piskunová Lenka Plíšková Filip Růžička Pavel Sauer Ivo Sedláček Pavel Trubač Eva Žampachová Helena Žemličková Josef Scharfen SEMINÁŘ SLM PSMM TIDE

5 Témata v TIDE Kvalita práce externí kontrola standardizace metod akreditace Výuka Pregraduální Postgraduální Doktorandská celoživotní vzdělávání. Metody interpretace výsledků bioinformatika Dělba práce Fakulty, ústavy, referenční laboratoře, pracoviště lékařské mikrobiologie Odborné akce možnosti spolupráce, semináře, workshopy, sympozia Možnosti spolupráce v rámci SLM Semináře, výroční zasedání, pracovní skupiny SEMINÁŘ SLM PSMM TIDE

6 Programové prohlášení TIDE Koordinace a přenos informací (J.Scharfen). Příprava doporučeného postupu pro molekulární typizaci v rámci nemocniční epidemiologie (J.Hrabák). Příprava guidelines pro jednotlivá MM vyšetření, zaměřená na problematiku indikace a interpretace vyšetření (M.Dendis, P.Trubač a L.Plíšková) Členové PSMM-TIDE poskytnou kalendáře akcí zaměřených na MM v rámci svých institucí. Spolupráce s ostatními PS (Pracovní skupina pro monitorování rezistence (PSMR), Pracovní skupina pro nozokomiální infekce (PSNI), Pracovní skupina pro správnou laboratorní práci (PSSLP) Účast na 2.výroční zasedání SLM ČLS samostatná sekce pro molekulární mikrobiologii Spolupráce na seminářích SLM v roce 2010 Pre a post graduální výuka: PSMM-TIDE bude spolupracovat při pregraduální výuce na lékařských fakultách PSMM-TIDE bude spolupracovat s IPVZ. SEMINÁŘ SLM PSMM TIDE

7 Cíle TIDE Kontrola kvality a standardizace práce laboratoří: Materiál Personál Postupy Komplexní klinicko-mikrobiologická interpretace výsledku v rámci oboru lékařské mikrobiologie. SEMINÁŘ SLM PSMM TIDE

8 Taxonomie, Identifikace Bunček Chroňáková Libra Pantůček Scharfen Sedláček SEMINÁŘ SLM PSMM TIDE

9 Taxonomie a identifikace a) změny v nomenklatuře komplikují standardizované postupy v klinických laboratořích; b) nemožnost identifikovat některá agens pomocí rutinních fenotypových metod; c) nejasný vztah k etiologii onemocnění v případě molekulárně genetického průkazu mikroorganismů v klinickém materiálu Polyfázová identifikace SEMINÁŘ SLM PSMM TIDE

10 Taxonomie a identifikace Tyto metody jsou zaměřeny buď na celkovou DNA (Mol %G+C, RFLP analýza, PFGE, velikost genomu, DNA- DNA hybridizace), nebo jen na určitý úsek DNA (ribotypizace, AFLP, PCR metody - ERIC-PCR, rep-pcr, trna- PCR, DNA sondy, DNA sekvenování, plazmidová DNA), a mohou umožnit podrozdělení druhů do množství odlišných typů SEMINÁŘ SLM PSMM TIDE

11 Diagnostika Dendis Horváth Chroňáková Piskunová Plíšková Trubač SEMINÁŘ SLM PSMM TIDE

12 Standardní operační postupy (SOP) Preanalytická fáze Jak uchovávat vzorky před zpracováním a jak je archivovat; Jak zpracovávat vzorky před izolací NK; Analytická fáze Jak izolovat NK a standardizovat výtěžek; doporučení k ekvivalentu vyšetřeného klin.materiálu, Jaké metody analýzy NK použít?; Jaké jsou vhodné a nevhodné cílové sekvence s popisem konkrétních rizik nebo zvláštností, variability, apod.; Specifická doporučení pro jednotlivá agens; Postanalytická fáze Způsob přípravy naměřených dat pro prezentaci klinikům (uživatelům); Způsob interakce a spolupráce s klinikem, komplexní interpretace, komunikace mezi mikrobiologem a klinikem.) SEMINÁŘ SLM PSMM TIDE

13 Aplikace a interpretace Vypracování konsensuálních doporučení v podobě manuálů pro pracovníky laboratoří a pro klinické uživatele. Co lze od těchto metod reálně očekávat?; Jak a kdy odebírat vzorky a jak zasílat do laboratoří?; S jakými jinými diagnostickými metodami je vhodné molekulárně biologickou diagnostiku kombinovat?; Jak rozumět laboratorním výsledkům, tj. co je normální hodnota a co je klinicky významné?; Jak interpretovat kvantitativní výsledky?; Jak hodnotit kinetiku infekce měřenou metodami molekulárně mikrobiologické diagnostiky?; Jaký je stávající stav poznání o asociaci laboratorních výsledků s klinickým stavem pacienta?). SEMINÁŘ SLM PSMM TIDE

14 Systém externí kontroly (EHK) EHK Přehled možností externího hodnocení kvality Referenční laboratoře Konsensuální x institucionalizované SEMINÁŘ SLM PSMM TIDE

15 Epidemiologie Hrabák Růžička Sauer Žemličková SEMINÁŘ SLM PSMM TIDE

16 Epidemiologie Nástroje molekulárně-genetické analýzy přinesly přesnější pohled na typizaci bakterií, ať se již jedná o vyšetřování outbreaků, šíření antibiotické rezistence, případně hledání zákonitostí v epidemicitě a patogenitě infekčních agens. Pracovní skupina epidemiologických markerů Evropské společnosti klinické mikrobiologie a infekčního lékařství (ESGEM-ESCMID) SEMINÁŘ SLM PSMM TIDE

17 Dokumenty TIDE na webu SLM ČLS JEP Zápis ze zakládající schůzky pracovní skupiny molekulární mikrobiologie - TIDE Aplikace metod molekulární genetiky v klinické mikrobiologii zpráva z jednání Pracovní skupiny molekulární mikrobiologie -TIDE - únor SEMINÁŘ SLM PSMM TIDE

18 Závěr Metody molekulární mikrobiologie jsou nezastupitelné v diagnostické praxi lékařské mikrobiologie. Indikace a interpretace výsledků metod MM je nutno hodnotit se znalostí limitů těchto metod tak, jako je tomu v případě ostatních mikrobiologických technik. PSMM-TIDE bude ve spolupráci se SLM odborným garantem v aplikaci metod molekulární mikrobiologie v lékařské mikrobiologii. TIDE bude ve spolupráci se SLM vydávat metodická doporučení v oblasti molekulárně-mikrobiologické diagnostiky, taxonomie a identifikace a v problematice SEMINÁŘ SLM PSMM TIDE molekulární epidemiologie.

19 Pozvání do PSMM - TIDE PSMM-TIDE vítá spolupráci dalších zájemců o molekulární mikrobiologii. SEMINÁŘ SLM PSMM TIDE

20 Děkuji vám za pozornost. SEMINÁŘ SLM PSMM TIDE

Podobné dokumenty

1Aplikace metod molekulární genetiky v klinické mikrobiologii zpráva z jednání 2Pracovní skupiny molekulární mikrobiologie TIDE 3 4Jaroslav Hrabák

1Aplikace metod molekulární genetiky v klinické mikrobiologii zpráva z jednání 2Pracovní skupiny molekulární mikrobiologie TIDE 3 4Jaroslav Hrabák 1*, Martin Bunček 2, Miloš Dendis 3, Radek Horváth 3,9,