Cvičení z cytogene/ky

Rozměr: px

Začít zobrazení ze stránky:

Download "Cvičení z cytogene/ky"

Jindřiška Vacková
před 8 lety
Počet zobrazení:

1 Cvičení z cytogene/ky Mgr. Markéta Wayhelová Ústav experimentální biologie Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita Brno Workshop Univerzitní vzdělávání genegky Brno, 26. května 2016

2 Kurz Bi6270c Cytogene/ka- cvičení garance OGMB ÚEB PřF MU Laboratoře molekulární cytogenegky Jarní semestr akademického roku Prak4cké doplnění a rozšíření kurzu Bi6270 Cytogene4ka Ukončení: zápočet, 2 kredity Studen4 2. a 3. ročníku bakalářských oborů: Lékařská gene4ka a molekulární diagnos4ka (LGMD) Molekulární biologie a gene4ka (MBG) Kapacita kurzu 45 studentů Rozdělení na 3 seminární skupiny po 15 studentech Každá seminární skupina: výuka 1x za 3 týdny/4 hod., celkem 4 lekce

3 Kurz Bi6270c Cytogene/ka- cvičení Cíl kurzu: seznámit studenty se základními laboratorními technikami a postupy používanými při vyšetření chromozomů člověka 4 tema4cké okruhy: 1. Základy mikroskopické techniky (světelná mikroskopie) 2. CytogeneGka člověka (příprava preparátů, proužkovací techniky) 3. Molekulární cytogenegka člověka I (metoda FISH a její využia) 4. Molekulární cytogenegka člověka II (metoda array- CGH a její využia)

4 Prostory a přístrojové vybavení PrakGkum z genegky a fyziologie rostlin (UKB - A36/209 ) 15 světelných mikroskopů Olympus CX31 1 badatelský fluorescenční mikroskop Olympus BX53 1 počítačová analýza obrazu LUCIA moduly pro cytogene4ku KARYO, FISH Laboratoře molekulární cytogenegky (UKB, pavilon A3/3. patro) (spolupráce PřF MU a LF MU) 2 badatelské fluorescenční mikroskopy Olympus BX 60 1 počítačová analýza obrazu LUCIA moduly pro cytogene4ku KARYO, FISH scanner pro techniku array- CGH Finanční prostředky pro cvičení: rozpočet OGMB Spolupráce s cytogenegckými laboratořemi OLG FN Brno: poskytnua suspenzí buněk, zapůjčení preparátů, pomoc externích vyučujících

5 Současný model kurzu x Ideální model kurzu Bi6270c Cytogene/ka - cvičení

6 1. Základy mikroskopické techniky Současný model Seznámení se světelnou mikroskopií a světelným mikroskopem Studen4 pracují individuálně podle pokynů vyučujícího u vlastního mikroskopu Seřízení mikroskopu podle Köhlerova principu Prak4cká pozorování cytogene4ckých preparátů: meristema4cké buňky kořene Vicia faba živočišné buňky (spolupráce s VÚVL, Brno) lidské buňky - lymfocyty periferní krve (spolupráce s OLG FN Brno)

7 1. Základy mikroskopické techniky Ideální model = současný model Studen4 pracují individuálně v op4málně vybavené učebně (světelné mikroskopy, dataprojektor) každý má k dispozici mikroskop! Hodnocení cytogene4ckých preparátů stanovení počtu chromozomů porovnání morfologie chromozomů rostlin x živočichů x člověka Spolupráce s Oddělením lékařské gene4ky Fakultní nemocnice Brno (OLG FN Brno) Spolupráce s Výzkumným ústavem veterinárního lékařství (VÚVL), Brno

8 2. Cytogene/ka člověka výuka karyotypu Současný model Rozdělení seminárních skupin na 2 podskupiny po 7-8 studentech 1) Příprava a konvenční barvení cytogene4ckých preparátů roztokem Giemsy (G- pruhování) (kapaní suspenzí, barvení preparátů, kontrola kvality pruhování) 2) Pozorování cytogene4ckých preparátů pacientů OLG FN Brno (konvenční barvení, G- pruhování, C- barvení, NOR- barvení) Ukázka práce s programem pro analýzu obrazu LUCIA KARYO iden4fikace chromozomů a sestavení lidského karyotypu (spolupráce s externisty OLG FN Brno)

9 2. Cytogene/ka člověka Ideální model Doplnění současného modelu: individuální práce s programem LUCIA KARYO (práce ve skupině 2-3 studentů) přístrojové vybavení: počítače s programem LUCIA KARYO

10 3. Molekulární cytogene/ka člověka I (metoda FISH) Současný model Rozdělení seminárních skupin na 2 podskupiny po 7-8 studentech 1) Stanovení kons4tuce gonosomů z buněk bukální sliznice metodou I- FISH (studen4 si provádějí vlastní výtěr) použia ﬂuorescenčních sond FAST FISH Prenatal X, Y and 18 Enumera4on Probe kit (cena Kč)

11 3. Molekulární cytogene/ka člověka I (metoda FISH) Současný model 2) Pozorování cytogene4ckých preparátů z buněk periferní krve pacientů (OLG FN Brno) centromerické sondy celochromozomové sondy (např. translokace) genově specifické sondy (např. mikrodeleční syndromy) 3) Hodnocení vlastních cytogene4ckých preparátů z buněk bukální sliznice 2 fluorescenční mikroskopy (jeden s digitální kamerou) 1 počítač s programem pro snímání a analýzu obrazu LUCIA FISH Časová náročnost (minimálně 4 hodiny)

12 3. Molekulární cytogene/ka člověka I (metoda FISH) Ideální model Zajištění přístrojové techniky Učebna vybavená fluorescenčními mikroskopy s kamerou pro snímání preparátů Ke každému mikroskopu počítač s programem pro snímání a analýzu obrazu LUCIA FISH Více fluorescenčních mikroskopů = pozorování více preparátů s různými typy sond (centromerické, telomerické, lokusově specifické, celochromozomové) Více počítačů s programem LUCIA FISH = individuální práce každého studenta = vysoká finanční náročnost lekce (FISH sondy, mikroskopy, komerční program LUCIA FISH)

13 4. Molekulární cytogene/ka člověka II (metoda array- CGH) Současný model demonstrace metody TeoreGcké seznámení s principem metody a jednotlivými kroky laboratorního protokolu Ukázka DNA mikročipů různých plaworem (ﬁrma Agilent Technologies) Ukázka přístrojového vybavení (hybridizační pícka, skener) Ukázka výstupů počítačových programů extrakce dat pomocí Agilent Feature Extrac4on hodnocení celogenomových proﬁlů v programu Agilent Genomic Workbench (seznámení s nastavením programu)

14 4. Molekulární cytogene/ka člověka II (metoda array- CGH) Současný model Samostatná práce studentů s programem Agilent Genomic Workbench PrakGcké hodnocení celogenomových profilů pacientů OLG FN Brno - demonstrace zajímavých kazuisgk (mentální retardace, vrozené vývojové vady) PrakGcké hodnocení celogenomových profilů nádorových buněk pacientů s mnohočetným myelomem Práce s databázemi OMIM, UCSC Genome Browser

15 4. Molekulární cytogene/ka člověka II (metoda array- CGH) Ideální model Současný model lekce poskytuje základní přehled o metodě array- CGH a umožňuje vyzkoušet si analýzu dat Program Agilent Genomic Workbench je možné stáhnout zdarma Není možné realizovat celý laboratorní protokol v rámci semestru Časová náročnost minimálně 2 dny Vysoká finanční náročnost cca Kč (DNA mikročip včetně chemikálií)

16 Souhrn požadavků pro ideální model kurzu Bi6270c Cytogene/ka- cvičení 1) Organizace cvičení: Omezení počtu studentů pro jednotlivé čás4 daných lekcí 2) Přístrojové vybavení: Světelné mikroskopy, fluorescenční mikroskopy Programy pro analýzu obrazu LUCIA KARYO, LUCIA FISH 3) Finanční prostředky: Zajištění dostatečného množství fluorescenčních sond (metoda FISH) Zakoupení dostatečného množství licencí programů LUCIA KARYO, LUCIA FISH

17 Poděkování za spolupráci a podíl na výuce doc. RNDr. Petr Kuglík, CSc. Mgr. Aneta Mikulášová Studen4 2. a 3. ročníků LGMD a MBG (fotografie ze cvičení JS 2016) Mgr. Marta Hanáková (cytogene4cké laboratoře OLG FN Brno) Oddělení lékařské gene4ky FN Brno Výzkumný ústav veterinárního lékařství, Brno

Podobné dokumenty

v oboru KLINICKÁ GENETIKA PRO ODBORNÉ PRACOVNÍKY V LABORATORNÍCH METODÁCH

RÁMCOVÝ VZDĚLÁVACÍ PROGRAM PRO ZÍSKÁNÍ SPECIALIZOVANÉ ZPŮSOBILOSTI v oboru KLINICKÁ GENETIKA PRO ODBORNÉ PRACOVNÍKY V LABORATORNÍCH METODÁCH 1. Cíl specializačního vzdělávání Cílem specializačního vzdělávání