Nové možnosti v sekvenování - sekvenátor GS- LX

Rozměr: px
Začít zobrazení ze stránky:

Download "Nové možnosti v sekvenování - sekvenátor GS- LX"

Transkript

1 Ing. Petr Žák, CSc., Roche s.r.o., Diagnostics Division Nové možnosti v sekvenování - sekvenátor GS- LX Pøedstavte si, že zajdete k lékaøi tøeba s migrénou a už druhý den víte, jestli za bolest hlavy mùže vaše DNA. Nebo ještì lépe - pøedstavte si, že víte, že vaše DNA obsahuje sekvence podmiòující bolest ještì pøed tím, než se projeví. Podobný scénáø se jistì neodehraje v nejbližších pìti èi deseti letech, ale jestli se sen vývojových pracovníkù biotechnologické firmy 454 Life Sciences splní, budou lékaøi v budoucnosti schopni rychle a levnì odhalit tajemství genù a genomù pacientù, odhalit indikátory náchylnosti k nìkterým onemocnìním a urèit potenciální úèinnost rùzných lékových režimù. Díky pokrokùm v sekvenaèních technologiích se tato vize postupnì mùže stát realitou, což by zcela jistì pøineslo revoluci nejenom pøi návštìvì u lékaøe, ale také v náhledu spoleènosti na lidské zdraví a onemocnìní. ce je tedy užiteèné pro základní výzkum (jak organismy žijí a fungují), ale také pro aplikaèní oblasti a pochopitelnì pak i v medicínské oblasti. Pokud má nìjaká choroba genetický základ, pak je její konkrétní pøíèinou zmìna normální (zdravé) formy genu v nesprávnou nebo chorobnou formu. Základem této zmìny je právì konkrétní zmìna sekvence DNA. Podaøí-li se takovou zmìnu po srovnání sekvencí zdravých a nemocných jedincù identifikovat, mùže posloužit k vývoji diagnostického postupu. Znalost zmìny sekvence, která je pøíèinou choroby, také otevírá cestu k budoucí cílené léèbì genovou terapií (tj. náhradou funkce chorobné alely zdravou alelou). První sekvenaèní technologie použitelná pro rozsáhlejší sekvenování byla technika vyvinutá rederickem Sangerem v roce V roce 1980 byla tato práce ohodnocená Nobelovu cenou za chemii (spolu s Walterem Gilbertem a Paulem Bergem). Tato metoda používá modifikované nukleotidy (dideoxynukleotid trifosfáty) pro sekvenènì specifickou terminaci DNA polymeraèní reakce. Metoda byla postupnì zdokonalovaná a zejména tøi vylepšení pùvodního postupu pøispìly k jejímu velkému rozšíøení - použití fluorescenèních znaèek místo pùvodních radioaktivních znaèek pro detekci syntetizovaných úsekù DNA, použití kapilární elektroforézy místo plochých gelù a nakonec tzv. paired-end sekvenování umožòující uspoøádat poskládané úseky do vzájemnì orientovaných celkù. Rùzné varianty Sangerovy metody tak pøispìly do roku 2005 k osekvenování prakticky všech do té doby sekvenovaných genù a genomù. Sangerova technika má ale nìkterá omezení. Zejména projekty V genetice a biochemii se sekvenováním rozumí urèení primární struktury (nebo primární sekvence) nerozvìtveného biopolymeru. Výsledkem sekvenování je tedy lineární symbolický popis struktury sekvenované molekuly. Sekvenovat mùžeme obecnì nukleové kyseliny (DNA, RNA), proteiny a pøípadnì i polysacharidy (i když zde se vìtšinou nemluví o sekvenování právì proto, že jsou èasto rozvìtvené). Nejèastìji se termín sekvenování používá v souvislosti s urèením primární struktury DNA, tedy urèením posloupnosti nukleotidù daného DNA fragmentu. Sekvence DNA obsahuje pro živé organismy nezbytné informace pro pøežití a reprodukci. Vzhledem ke klíèové úloze DNA pro živé organismy mùže být znalost DNA sekvence užiteèná prakticky pøi jakémkoliv biologickém výzkumu. Urèení sekvenvelkého rozsahu, jako napøíklad sekvenování celých genomù jednotlivých organismù, vyžadují velmi pracnou pøípravu knihovny genomových fragmentù v bakteriálních plasmidech, které jsou potom sekvenovány a skládány do vìtších úsekù. Sangerova metoda se pøesto použila i pøi tak rozsáhlých projektech, jako bylo sekvenování lidského genomu (Human Genome Project, HGP). Byla zlatým standardem po desetiletí. Po celou tuto dobu kralování Sangerovy metody se zvýšení sekvenaèní kapacity dosahovalo v zásadì jenom zvìtšováním poètu sekvenaèních reakcí, používáním stále vìtšího poètu kapilár v jednom pøístroji. Drahá a na práci nároèná pøíprava vzorku pro Sangerovo sekvenování èiní tento postup ménì vhodný i pro rutinní klinické úèely, kde se vyžaduje levné, rychlé a pøesné sekvenování. Zkoušela se øada nových pøístupù - sekvenování hybridizací, pøímé zobrazení DNA sekvence pomocí speciální mikroskopie (atomic force microscopy), hmotnostní spektrometrie, aplikace mikrofluidních èipù atd. Žádná metoda se neukázala jako prakticky použitelná a tak se øada spoleèností a výzkumných týmù snažila najít nìco nového. V roce 1998 Mostafa Ronaghi na univerzitì ve Standordu pøišel na novou technologii, nazvanou pyrosekvenování. Tuto metodu nakonec adaptovala pro své úèely firma 454 Life Sciences. Spoleènost 454 Life Sciences byla založena v roce 2000 právì s cílem pøevést do reality sekvenování genomù jednotlivcù a od okamžiku svého založení je stále na èele pelotonu v závodì o personalizovanou medicínu. Zakladatel 454 Life Sciences, Dr. Jonathan Rothberg, se musel vypoøádat s onemocnìním v rodinì. Jeho novì narozený syn byl nemocný Labor Aktuell 03/09 27

2 a nakonec na sekvence DNA. V roce 2005 publikoval 454 Life Sciences genom Mycoplasma genitalium, prvního organismu sekvenovaného touto technologií. Sekvenaèní reakce v pøístroji Genome Sequencer System LX a když Dr. Rothberg èekal na nové zprávy od lékaøù, uvažoval o možnosti pøesnì urèit synùv stav pøeètením jeho genomu. Tak zaèalo jeho tažení, jehož cílem bylo poskytnout rychlé a dostupné sekvenování genomu. Roche Diagnostics zaèal velmi záhy s firmou 454 Life Sciences úzce spolupracovat a v bøeznu 2007 po dohodì firmu 454 Life Sciences koupil. Pyrosekvenováním se oznaèuje série enzymatických reakcí, bìhem kterých se zaznamenává zaèlenìní DNA báze do syntetizovaného øetìzce díky uvolnìnému viditelnému záøení. Struènì - DNA templát je inkubován s nìkolika enzymy, vèetnì DNA polymerázy a ATP sulfurylázy. Inkorporace kteréhokoliv ze ètyø deoxynukleotid trifosfátù (dntp) do komplementárního øetìzce k templátové (sekvenované) DNA vede k uvolnìní pyrofosfátu, slouèeniny, která je dále pøevedená na ATP pomocí ATP sulfurylázy. ATP pak slouží v reakci spøažené s enzymem luciferázou k uvolnìní protonu a ke vzniku svìtelného signálu. Svìtlo uvolnìné pøi zabudování nového nukleotidu se zaznamenává (zpravidla CCD èipem) a tento cyklus se pøi prodlužování øetìzce komplementárního k sekvenované jednoøetìzcové DNA opakuje. 454 sekvenování posouvá technologii pyrosekvenování díky masivní paralelizaci tìchto reakcí (soubìžnì probíhají stovky tisíc až více než milión sekvenaèních reakcí) o krok dále a umožòuje sekvenování tøeba i celých genomù. Jak tedy celý proces 454 sekvenování vypadá? Genomová DNA je nejdøíve mechanicky fragmentovaná na kratší úseky. K tìm jsou potom pøipojeny specifické adaptorové molekuly, které se používají jako templát pro primery v bìžné polymerázové øetìzové reakci (PCR) a pro sekvenaèní primery. PCR reakce probíhá na syntetických kulièkách v olejové emulzi - jedna molekula sekvenované jednoøetìzcové DNA, která je typicky pøihybridizovaná ke kulièce, je tzv. emulzní PCR reakcí namnožena, takže na konci PCR reakce je k DNA kulièce pøichyceno v prùmìru 10 miliónù identických kopií pùvodní jednoøetìzcové DNA. Dále jsou tyto kulièky vpraveny do jamek speciální optické destièky, tzv. pikotitraèní destièky (PTP), spoleènì s dalšími kulièkami, na které jsou pøichycené enzymy nezbytné pro pyrosekvenaèní reakci. Pikotitraèní destièka obsahuje na ploše 6x6 cm až jamek. Všechny tyto kroky nahrazují pracné klonování jednotlivých DNA molekul nezbytné pøi klasickém sekvenování. Výhodou je i to, že se eliminují možné chyby vzniklé klonováním, kdy se v baktériích nìkteré fragmenty replikují výraznì lépe než jiné. Naplnìná pikotitraèní destièka se potom vloží do pøístroje, který øídí prùtoky deoxynukleotidù nad jejím povrchem. Pøitom dochází v každé jamce k prodlužování øetìzce komplementárního k templátové DNA, k tvorbì ATP a následnì k produkci svìtla. Øídící poèítaè zaznamenává tyto svìtelné signály každé jamky a zpracovává tento primární signál na tzv. flowgramy V souèasné dobì pøístroj Genome Sequencer LX dokáže v jednom sekvenaèním bìhu za 10 hodin získat sekvence cca miliónù bází. Délka jednotlivých sekvenovaných úsekù je cca 500 bází (modální hodnota). Délkou ètení DNA sekvence pomocí Genome Sequencer (GS- LX) se zcela zásadnì odlišuje od ostatních tzv. next-generation sequencing pøístrojù, kde délka ètení nepøekraèuje reálnì bází. Pøedpokládá se, že v prùbìhu pøíštího roku se délka sekvenovaných úsekù zvýší až na 1000 bází, èímž se pøekoná i prùmìrná délka ètení pøi klasickém Sangerovì sekvenování. Jeden sekvenaèní bìh pak osekvenuje asi 1 miliardu bází. Délka ètených úsekù je velmi dùležitá, protože zcela zásadnì ovlivòuje praktickou použitelnost sekvenaèních pøístrojù pro øadu sekvenaèních aplikací. Kombinace dlouhých sekvenovaných úsekù a obrovského poètu osekvenovaných bazí v jednom bìhu dovoluje uživatelùm pøístroje GS- LX sekvenovat dnes už jakékoliv vzorky, takže umožòuje napøíklad: l celogenomové de novo sekvenování a BAC sekvenování: Pøi de novo sekvenování se doposud neznámý genom (není k dispozici referenèní sekvence) nebo èást genomu sekvenuje a skládá do vìtších souvislých oblastí. V urèitých pøípadech se de novo pøístup používá i tehdy, když k dispozici referenèní sekvence je, protože se tak dají získat lepší výsledky. Pøi tradièním Sangerovì sekvenování se vìtšina sekvenaèních projektù nemohla uskuteènit díky finanèní a technické nároènosti tìchto projektù. Pouze velká sekvenaèní centra provádìla sekvenování vybraných (zpravidla modelových) organismù. S pøístrojem Genome Sequencer LX mùžou i malé laboratoøe sekvenovat v podstatì jakékoliv organismy. GS- LX umožòuje sekvenování genomù nejrùznìjších organismù, napøíklad baktérií, kvasinek, hub a virù a dále tøeba umìlých bakteriálních chromozómù (BAC) a fosmidù apod. De novo sekvenování genomu E. coli o velikosti 4,6 Mb se mùže 28 Labor Aktuell 03/09

3 Jeden fragment - jedna DNA kulièka - jedno ètení Pøíprava vzorku Vzorky jako genomová DNA nebo BAC knihovny jsou fragmentovány na menší fragmenty o délce cca bp. Pøi sekvenování kratších vzorkù, jako napø. malých nekódujících RNA nebo PCR produktù (amplifikovaných pomocí tzv. fùzních primerù) není fragmentace nutná - mùžou se použít pro imobilizaci na DNA kulièky pøímo, jak je vidìt na obrázku jeden fragment - jedna kulièka. Pøíprava knihovny S využitím bìžných molekulárnì biologických technik se ke každému fragmentu DNA pøidají krátké adaptory (A a B) specifické jak pro 3' tak pro 5' konec. Tyto adaptory se využívají v dalším postupu pøi purifikaèních a amplifikaèních krocích a pøi vlastní sekvenaci. Knihovnou (se kterou se pracuje dále) se rozumí jednoøetìzcové fragmenty sekvenované DNA s A a B adaptory na obou koncích. Jeden fragment - jedna DNA kulièka Jednoøetìzcová DNA knihovna se hybridizací pøichytí ke speciálnì navržené DNA kulièce. Hybridizaèní podmínky se nastaví tak, aby se podpoøilo navázání jednoho jednoøetìzcového fragmentu na jednu DNA kulièku. empcr (emulzní PCR) Každý jednotlivý fragment knihovny pøichycený na DNA kulièku je amplifikován v oddìleném mikroreaktoru, vytvoøeném v olejové emulzi. Mikroreaktory obsahují nezbytné složky pro normální PCR reakci. Po skonèení empcr reakce je ke kulièce pøihybridizováno v prùmìru 10 miliónù identických kopií pùvodní jednoøetìzcové DNA, které zùstanou pøichycené k DNA kulièce i po jejím uvolnìní z olejové emulze. Jedna DNA kulièka - jedno ètení DNA kulièky jsou pak vpraveny do jamek speciální optické destièky, tzv. pikotitraèní destièky (PTP). Do jedné jamky PTP se vejde vždy jen jedna DNA kulièka. Používají se i další kulièky, na které jsou pøichycené enzymy nezbytné pro pyrosekvenaèní reakci. Pøi vlastním sekvenování proudí nad otevøenou stranou PTP jamek jednotlivé nukleotidy v pevném poøadí. Pøidání nukleotidu (nukleotidù) komplementárního sekvenovanému fragmentu dá vzniknout chemiluminiscenènímu signálu, který zaznamenává CCD kamera pøístroje. Analýza dat Kombinace intenzity signálu a pozice na PTP destièce umožní softwaru urèit paralelnì sekvenci více než individuálních fragmentù (ètení) bìhem asi 10ti hodinového bìhu. Labor Aktuell 03/09 29

4 provést v jednom sekvenaèním bìhu pøístroje (a to až ètyøi rùzné vzorky, napøíklad kmeny v jednom bìhu) a jeden èlovìk zvládne vše za nìkolik dní. S použitím externích softwarových nástrojù pro analýzu dat je pak možné de novo sekvenovat i složitìjší organismy (rostliny, živoèichy). Jako poslední byl pouze pøístrojem GS- LX (tedy bez pomoci klasického Sangerova sekvenování) napøíklad sekvenován genom olejové palmy. De novo sekvenování využívá dvou základních metod - shot gun sekvenování, tedy sekvenování náhodnì fragmentovaných úsekù genomové DNA a tzv. paired-end (párového) sekvenování, tedy ètení úsekù pùvodnì od sebe vzdálených 3 kb, 8 kb nebo 20 kb (nebo jejich kombinací) - viz vložená informace. l Resekvenování: Pøi resekvenování je èást genomu nebo kompletní genom porovnán s existující obdobnou již známou sekvencí. Cílem je zjistit rozdíly nové sekvence oproti referenèní sekvenci. Resekvenují se stejné organismy jako pøi de novo sekvenování, tedy rostliny, živoèichové, baktérie, kvasinky, houby, viry atd. Pøístrojem byl resekvenován napø. kompletní genom dr. Jamese Watsona. Pomocí resekvenování (pøípadnì tzv. ultra hlubokého resekvenování PCR amplikonù) se dají zkoumat a detekovat genomické pøestavby, oblasti spojené s výskytem nìkterých chorob (detekce SNP, delecí a inzercí), detekovat nové SNP, detekovat øídce se vyskytující somatické mutace, tedy zmìny, které mohou hrát klíèovou roli v onkologických onemocnìních. l Analýza transkriptomù: S pøístrojem GS- LX je možná komplexní sekvenaèní analýza transkriptomù. Velká délka sekvenovaných úsekù umožòuje použití øady metod, zejména pak analýzu cdna plné délky, dùležitou napøíklad pro detekci zatím neznámých sestøihových variant. l Analýza regulace genù: Pøístroj se hojnì využívá napøíklad k identifikaci nekódujících malých RNA (snc RNA), identifikaci vazebných míst pro transkripèní faktory (CHIP-Sequencing) atp. l Analýza epigenetických zmìn: analýza zmìn DNA metylací, analýza modifikací nukleozómù atp. l Metagenomika a bakteriální diverzita: velmi se rozšiøující oblast, kde se s úspìchem používá právì pøístroj GS- LX, který umožòuje díky dlouhé délce ètených úsekù jednoznaènì pøiøadit sekvenované fragmenty DNA jednotlivým (mikro) organizmùm. Cílem metagenomických studií je vìtšinou analýza mikrobiálních genomù z rùzných vzorkù pro zjištìní mikrobiální pestrosti, množství a rozšíøení mikroorganismù. l Paleogenomika: sekvenování DNA z vymøelých organismù. Úspìšnì byl sekvenován genom mamuta, neandrtálce a dalších organizmù. K dnešnímu datu (srpen 2009) byl pøístroj GS- LX využit pøi pøípravì asi 500 tzv. peer review prací v renomovaných èasopisech. To svìdèí asi nejlépe o tom, že jde o vyzrálý a spolehlivý systém, který poskytuje kvalitní výsledky. Systém GS- LX umožòuje také stanovení sekvence obou protilehlých koncù fragmentù DNA (tzv. párové ètení) vzdálených od sebe ve zkoumaném genomu pùvodnì cca 3000 bází, 8000 bází nebo bází, pøièemž prùmìrná délka každého èteného fragmentu je asi 150 bází. Tato metoda nevyžaduje žádné klonování a celková doba pro získání výsledkù je pøitom kratší než 4 dny. Metoda je využitelná nejenom pro orientaci a zjištìní relativní pozice tzv. kontigù získaných pøi de novo shot gun sekvenování, ale také pro identifikaci strukturálních variací a jim pøíslušejících zlomù. Strukturálními variacemi genomu zde rozumíme velké delece, duplikace, inzerce, inverze a komplexní kombinace pøestaveb, které jsou hojné v napø. v lidském genomu a o kterých se pøedpokládá, že jsou zodpovìdné za znaèné množství fenotypových variací. Pøíkladù použití je mnoho, staèí si v pøíslušných databázích (nebo na firemních webových stránkách) zadat do vyhledavaèe napøíklad heslo 454. Uveïme alespoò jeden zajímavý pøíklad metagenomické studie, která byla publikována v èasopise Nature. Autoøi v ní zjiš ovali vzájemný vztah mezi støevní mikroflórou a obezitou (An obesity-associated gut microbiome with increased capacity for energy harvest. Turnbaugh1, P. J., et al., Nature, 2006 Dec 21; 444(7122): ). Lidský metagenom se skládá z genù Homo sapiens a genù triliónù mikrobù, které osídlily naše tìla. Pøedpokládá se, že mikrobiální geny pøevyšují ty lidské co do poètu o nìkolik øádù. Náš mikrobiální genom (mikrobiom) má zakódované metabolické schopnosti, které jsme si sami nevyvinuli, napøíklad rozklad jinak nestravitelných èástí naší potravy. Obdobná situace je i u myší. 30 Labor Aktuell 03/09

5 Porovnáním støevní mikroflory obézních myší a jejich štíhlých protìjškù (a také lidských dobrovolníkù) se zjistilo, že obezitu doprovází zmìna relativní èetnosti dvou dominantních kmenù, Bacterioides a irmicutes. Mikrobiom obézních myší má zvýšenou schopnost využít energii z potravy. Zajímavé je i to, že tato vlastnost je pøenositelná - pøi osídlení bezmikrobních myší obézním mikrobiomem došlo k výraznému nárùstu celkového tìlního tuku než pøi osídlení pùvodnì bezmikrobních myší mikrobiomem štíhlých myší. První pøeètení (tedy osekvenování) úplné genetické informace èlovìka stálo øádovì stovky milionù dolarù. Pøedpokládá se, že když cena za sekvenaci jednoho lidského genomu klesne pod 1000 dolarù, zaène se sekvenování postupnì rutinnì používat pro medicínské úèely. Pokrok v metodách masivního paralelního sekvenování již dnes pøibližuje myšlenku osekvenování lidského genomu za 1000 dolarù realitì. V souèasné dobì klinické sekvenování znamená sekvenování v malém rozsahu zamìøené na analýzu jednotlivých genù/ mutací. Next-generation sekvenování se používá v medicínì pøedevším pro výzkumné úèely - buï pro rychlé celogenomové sekvenování, nebo pro resekvenování urèitých zájmových oblastí. Zatím se neobjevují hlasy požadující celogenomové sekvenování pro diagnostické úèely. Výhledovì je ale jisté rozsáhlé sekvenování genù biochemických drah úèastnících se vzniku a vývoje onemocnìní (zejména u komplexních chorob). Je také možné pøedstavit si napøíklad rozsáhlé sekvenování stovek genù, majících vliv na metabolismus lékù, jako cestu k next generation farmakogenetickému testování. Je možné spekulovat, že budeme pøed skuteènì celogenomovým sekvenováním sekvenovat stovky genù úèastnících se komplexních/multifaktoriálních onemocnìní, jako je hypertenze, ateroskleróza a další. V ještì vzdálenìjší budoucnosti je možné pøedpokládat, že lékaøské využití znalostí získaných celogenomovým sekvenováním pøeváží stávající cenu sekvenaèního procesu a že se tato metoda zaène rutinnì používat pro diagnostické úèely. V souèasné dobì ale schopnost interpretovat získaná data je daleko vìtší pøekážkou klinickému využití next generation sekvenování, než možnost získat nìco pøes tøi miliardy bází lidského genomu. Malý pøíklad. Nìkolik velkých genù s nejrùznìjšími mutacemi u jednotlivých pacientù bylo rozsáhle sekvenováno na úrovni genù. Nejvíce zøejmì geny BRCA1/BRCA2 a gen pro cystickou fibrózu. Tato úroveò sekvenování má opodstatnìní zejména u genù BRCA, protože dìdièné onkologické onemocnìní prsu/ vajeèníkù je dominantnì dìdìné a když se nepodaøí detekovat by i jen jednu jedinou vzácnou mutaci u ženy s rizikem vzniku choroby, mohla by se podcenit nezbytnost preventivních opatøení s pøíslušnými vážnými dopady. Zdá se ale, že se v genech BRCA1/BRCA2 vyskytuje témìø nekoneèná øada mutací, z nichž nìkteré jsou tak vzácné, že se vyskytují jen v jedné rodinì. V jedné referenèní laboratoøi (konkrétnì Myriad Genetics) byly oba geny sekvenovány u více jak jedincù. V souèasnosti je identifikováno více než jednak zhoubných mutací a dále neškodných mutací nebo mutací s neznámým klinickým dopadem. Pøesto jsou stále každý týden u 1 % až 2 % nyní testovaných pacientek nalézány nové (zpravidla neškodné) mutace, u kterých musí být ale peèlivì analyzován jejich klinický dopad. Tento malý pøíklad je dobré mít na pamìti pøed úvahami o klinickém sekvenování mnoha a mnoha genù nebo dokonce celého genomu. Mùžeme oèekávat nalezení tisícù a tisícù, možná miliónù nových variant jak u nemocných pacientù, tak u zdravých lidí. To nutnì povede k urèité nejistotì pøi vyhodnocování výsledkù. V této souvislosti se dokonce vyskytl nový termín, analog genomu, transkriptomu. Je to výraz incidentalome, v této souvislosti pro oznaèení všech náhodných variací genomu. V souèasné dobì bìží nìkolik projektù, které se snaží rozšíøit znalost o variabilitì mezi jednotlivci. Známý je napøíklad projekt 1000 genomù. Tyto projekty urèitì pøispìjí k pøedbìžné identifikaci neškodných variant, ale další úsilí pro pøesnou identifikaci tìch, které jsou dùležité pro zdraví pacientù, bude nezbytné. Více podrobností o pøístroji, o principech a technologiích, které využívá, mùžete najít na webových stránkách Zde také najdete seznam prací, které vznikly díky tomuto pøístroji vždy spoleènì s odkazy na databázi PubMed, kde lze v øadì pøípadù získat kopií dané publikace jako pdf soubor. Je možné použít pro vyhledávání i klíèová slova, takže si mùžete snadno ovìøit, jestli tøeba ve vašem oboru už nìkdo pøístroj GS- LX využil. V pøípadì, že budete chtít další informace - obra te se na nás, rádi vám je poskytneme. Pište, prosím, na ovou adresu: petr.zak@roche.com. Labor Aktuell 03/09 31

Sekvenování příští generace (Next Generation Sequencing, NGS)

Sekvenování příští generace (Next Generation Sequencing, NGS) Sekvenování příští generace (Next Generation Sequencing, NGS) Přednáška 6, 2013/14 Ivo Papoušek Next generation sequencing poptávka po nízkonákladovém sekvenování vyvolala tlak na vývoj high-throughput

Více

EKONOMICKÉ ASPEKTY GENETICKÝCH VYŠETŘENÍ. I. Šubrt Společnost lékařské genetiky ČLS JEP

EKONOMICKÉ ASPEKTY GENETICKÝCH VYŠETŘENÍ. I. Šubrt Společnost lékařské genetiky ČLS JEP EKONOMICKÉ ASPEKTY GENETICKÝCH VYŠETŘENÍ I. Šubrt Společnost lékařské genetiky ČLS JEP Lékařská genetika Lékařský obor zabývající se diagnostikou a managementem dědičných onemocnění Genetická prevence

Více

Inovace studia molekulární a buněčné biologie

Inovace studia molekulární a buněčné biologie Investice do rozvoje vzdělávání Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. Investice do rozvoje vzdělávání

Více

Využití metagenomiky při hodnocení sanace chlorovaných ethylenů in situ Výsledky pilotních testů

Využití metagenomiky při hodnocení sanace chlorovaných ethylenů in situ Výsledky pilotních testů Využití metagenomiky při hodnocení sanace chlorovaných ethylenů in situ Výsledky pilotních testů Stavělová M.,* Macháčková J.*, Rídl J.,** Pačes J.** * Earth Tech CZ, s.r.o ** ÚMG AV ČR PROČ METAGENOMIKA?

Více

Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/

Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/ Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Genomika (KBB/GENOM) Sekvenování genomů Ing. Hana Šimková, CSc. Cíl přednášky - seznámení se strategiemi celogenomového sekvenování,

Více

Využití DNA markerů ve studiu fylogeneze rostlin

Využití DNA markerů ve studiu fylogeneze rostlin Mendelova genetika v příkladech Využití DNA markerů ve studiu fylogeneze rostlin Ing. Petra VESELÁ Ústav lesnické botaniky, dendrologie a geobiocenologie LDF MENDELU Brno Tento projekt je spolufinancován

Více

Antonín Kamarýt Opakujeme si MATEMATIKU 3 doplnìné vydání Pøíprava k pøijímacím zkouškám na støední školy Pøíruèka má za úkol pomoci ètenáøùm pøipravit se k pøijímacím zkouškám na støední školu Pøíruèka

Více

NUKLEOVÉ KYSELINY. Základ života

NUKLEOVÉ KYSELINY. Základ života NUKLEOVÉ KYSELINY Základ života HISTORIE 1. H. Braconnot (30. léta 19. století) - Strassburg vinné kvasinky izolace matiére animale. 2. J.F. Meischer - experimenty z hnisem štěpení trypsinem odstředěním

Více

APLIKACE METAGENOMIKY PRO HODNOCENÍ PRŮBĚHU SANAČNÍHO ZÁSAHU NA LOKALITÁCH KONTAMINOVANÝCH CHLOROVANÝMI ETHYLÉNY

APLIKACE METAGENOMIKY PRO HODNOCENÍ PRŮBĚHU SANAČNÍHO ZÁSAHU NA LOKALITÁCH KONTAMINOVANÝCH CHLOROVANÝMI ETHYLÉNY APLIKACE METAGENOMIKY PRO HODNOCENÍ PRŮBĚHU SANAČNÍHO ZÁSAHU NA LOKALITÁCH KONTAMINOVANÝCH CHLOROVANÝMI ETHYLÉNY Monika Stavělová 1, Jakub Rídl 2, Maria Brennerová 3, Hana Kosinová 1, Jan Pačes 2 1 AECOM

Více

Vážení zákazníci, dovolujeme si Vás upozornit, že na tuto ukázku knihy se vztahují autorská práva, tzv. copyright. To znamená, že ukázka má sloužit výhradnì pro osobní potøebu potenciálního kupujícího

Více

Èinnost nadace. Organizace regionálních setkání onkologù, klinických semináøù a doškolovacích kurzù pro mladé onkology

Èinnost nadace. Organizace regionálních setkání onkologù, klinických semináøù a doškolovacích kurzù pro mladé onkology Èinnost nadace Organizace regionálních setkání onkologù, klinických semináøù a doškolovacích kurzù pro mladé onkology Spolupráce s èeskými a zahranièními onkologickými centry vèetnì studijních pobytù Zabezpeèení

Více

1. Definice a historie oboru molekulární medicína. 3. Základní laboratorní techniky v molekulární medicíně

1. Definice a historie oboru molekulární medicína. 3. Základní laboratorní techniky v molekulární medicíně Obsah Předmluvy 1. Definice a historie oboru molekulární medicína 1.1. Historie molekulární medicíny 2. Základní principy molekulární biologie 2.1. Historie molekulární biologie 2.2. DNA a chromozomy 2.3.

Více

Molekulární biotechnologie č.9. Cílená mutageneze a proteinové inženýrství

Molekulární biotechnologie č.9. Cílená mutageneze a proteinové inženýrství Molekulární biotechnologie č.9 Cílená mutageneze a proteinové inženýrství Gen kódující jakýkoliv protein lze izolovat z přírody, klonovat, exprimovat v hostitelském organismu. rekombinantní protein purifikovat

Více

Tématické okruhy pro státní závěrečné zkoušky

Tématické okruhy pro státní závěrečné zkoušky Tématické okruhy pro státní závěrečné zkoušky Obor Povinný okruh Volitelný okruh (jeden ze dvou) Forenzní biologická Biochemie, pathobiochemie a Toxikologie a bioterorismus analýza genové inženýrství Kriminalistické

Více

PŘEHLED SEKVENAČNÍCH METOD

PŘEHLED SEKVENAČNÍCH METOD PŘEHLED SEKVENAČNÍCH METOD Letní škola bioinformatiky 2014, Brno Ing.Matej Lexa, Phd (FI MU Brno) CO JE TO SEKVENACE A CO SE BUDE SEKVENOVAT? POŘADÍ NUKLEOTIDU V DNA SEKVENOVÁNÍ DNA od manuálních metod

Více

Vážení zákazníci, dovolujeme si Vás upozornit, že na tuto ukázku knihy se vztahují autorská práva, tzv. copyright. To znamená, že ukázka má sloužit výhradnì pro osobní potøebu potenciálního kupujícího

Více

EKO/MEM - Molekulární ekologie mikroorganizmů Klonování a sekvenování přírodní DNA základ pro fylogenetickou analýzu společenstva

EKO/MEM - Molekulární ekologie mikroorganizmů Klonování a sekvenování přírodní DNA základ pro fylogenetickou analýzu společenstva EKO/MEM - Molekulární ekologie mikroorganizmů Klonování a sekvenování přírodní DNA základ pro fylogenetickou analýzu společenstva Iva Buriánková Katedra ekologie PřF UP KLONOVÁNÍ GENŮ KLONOVÁNÍ GENŮ Klonování

Více

Výzkumné centrum genomiky a proteomiky. Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i.

Výzkumné centrum genomiky a proteomiky. Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i. Výzkumné centrum genomiky a proteomiky Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i. Systém pro sekvenování Systém pro čipovou analýzu Systém pro proteinovou analýzu Automatický sběrač buněk Systém pro sekvenování

Více

Sekvenování nové generace. Radka Reifová

Sekvenování nové generace. Radka Reifová Sekvenování nové generace Radka Reifová Prezentace ke stažení www.natur.cuni.cz/zoologie/biodiversity v záložce Přednášky 1. Přehled sekvenačních metod nové generace 2. Využití sekvenačních metod nové

Více

Povinné lékaøské prohlídky

Povinné lékaøské prohlídky Povinné lékaøské prohlídky Èeský volejbalový svaz reagoval na platné zákony Èeské republiky a od nové sezóny, která zaèala 1.7.2015, vstoupil v platnost upravený Soutìžní øád volejbalu. V èlánku 12 tohoto

Více

Sekvenování DNA. stanovení pořadí nukleotidů v molekule DNA (primární struktury)

Sekvenování DNA. stanovení pořadí nukleotidů v molekule DNA (primární struktury) Sekvenování DNA stanovení pořadí nukleotidů v molekule DNA (primární struktury) Sekvencování / Sekvenování?? Sequencing / - die Sequenzierung / - Klasické techniky sekvenování 2 metody: Chemická (Maxamova-Gilbertova)

Více

Pavel Kras EXCEL pro pokroèilé Praktická pøíruèka pro potøeby sekretáøek, asistentù, úèetních, administrativních pracovníkù a studentù pøíslušných oborù Pøedpokládá základní znalost práce s PC a s Excelem

Více

VYUŽITÍ TERMOVIZE U PACIENTÙ S REVMATOIDNÍ ARTRITIDOU

VYUŽITÍ TERMOVIZE U PACIENTÙ S REVMATOIDNÍ ARTRITIDOU VYUŽITÍ TERMOVIZE U PACIENTÙ S REVMATOIDNÍ ARTRITIDOU Z. Horáková Èeské vysoké uèení technické v Praze, Fakulta biomedicínského inženýrství Abstrakt Práce se zabývá termovizním mìøením pacientù, kteøí

Více

Ondřej Scheinost Nemocnice České Budějovice, a.s.

Ondřej Scheinost Nemocnice České Budějovice, a.s. Ondřej Scheinost Nemocnice České Budějovice, a.s. Nové technologie přelomové období principy technologií klinická použitelnost chips (arrays) sekvenační technologie Důležitost genetických informací i další

Více

Výroèní zpráva. rok 2008. Vìøíme v to, že naše poslání bude naplnìno.

Výroèní zpráva. rok 2008. Vìøíme v to, že naše poslání bude naplnìno. Výroèní zpráva rok 2008 Nadace Východoèeská onkologie vznikla v roce 2004. V jejím vedení jsou zastoupeni jak onkologové, tak osobnosti z nemedicínských oborù, kterým není lhostejný život spoluobèanù.

Více

Metody studia historie populací. Metody studia historie populací

Metody studia historie populací. Metody studia historie populací 1) Metody studia genetické rozmanitosti komplexní fenotypové znaky, molekulární znaky. 2) Mechanizmy evoluce mutace, přírodní výběr, genový posun a genový tok 3) Anageneze x kladogeneze - co je vlastně

Více

Ukazka knihy z internetoveho knihkupectvi www.kosmas.cz

Ukazka knihy z internetoveho knihkupectvi www.kosmas.cz Ukazka knihy z internetoveho knihkupectvi www.kosmas.cz Ing. Václav Pelikán Likvidace podniku 7., aktualizované a doplnìné vydání Vydala Grada Publishing, a. s. U Prùhonu 22, 170 00 Praha 7 tel.: +420

Více

NGS analýza dat. kroužek, Alena Musilová

NGS analýza dat. kroužek, Alena Musilová NGS analýza dat kroužek, 16.12.2016 Alena Musilová Typy NGS experimentů Název Materiál Cílí na..? Cíl experimentu? amplikon DNA malý počet vybraných genů hledání variant exom DNA všechny geny hledání

Více

Molekulární základy dědičnosti. Ústřední dogma molekulární biologie Struktura DNA a RNA

Molekulární základy dědičnosti. Ústřední dogma molekulární biologie Struktura DNA a RNA Molekulární základy dědičnosti Ústřední dogma molekulární biologie Struktura DNA a RNA Ústřední dogma molekulární genetiky - vztah mezi nukleovými kyselinami a proteiny proteosyntéza replikace DNA RNA

Více

Vážení zákazníci, dovolujeme si Vás upozornit, že na tuto ukázku knihy se vztahují autorská práva, tzv. copyright. To znamená, že ukázka má sloužit výhradnì pro osobní potøebu potenciálního kupujícího

Více

6. Kde v DNA nalézáme rozdíly, zodpovědné za obrovskou diverzitu života?

6. Kde v DNA nalézáme rozdíly, zodpovědné za obrovskou diverzitu života? 6. Kde v DNA nalézáme rozdíly, zodpovědné za obrovskou diverzitu života? Pamatujete na to, co se objevilo v pracích Charlese Darwina a Alfreda Wallace ohledně vývoje druhů? Aby mohl mechanismus přírodního

Více

Sekvenování nové generace. Radka Reifová

Sekvenování nové generace. Radka Reifová Sekvenování nové generace Radka Reifová Prezentace ke stažení www.natur.cuni.cz/zoologie/biodiversity v záložce Přednášky 1. Přehled sekvenačních metod nové generace 2. Využití sekvenačních metod nové

Více

Systém GS1 ve zdravotnictví. Sektor zdravotnictví je

Systém GS1 ve zdravotnictví. Sektor zdravotnictví je Systém GS1 ve zdravotnictví Sektor zdravotnictví je typickým pøíkladem globálního uplatnìní Systému GS1. Primárním úkolem je zvýšení efektivity celého zdravotnického logistického øetìzce, omezení chyb

Více

Bronislava Eršilová EXCEL 2000 pro každý den Obsah ÚVOD... 7 Co je nového v oblasti základních funkcí... 7 PRVNÍ SEZNÁMENÍ S PROGRAMEM EXCEL... 9 Instalace programu Excel 2000... 9 Minimální systémové

Více

Cesta pojistné smlouvy

Cesta pojistné smlouvy Cesta pojistné smlouvy 1 Proc je dulezité mít zivotní a úrazové pojištení? Životní a úrazové pojištìní pomáhají Vám a Vašim blízkým zmírnit nepøíjemné finanèní dùsledky nahodilých životních událostí, jako

Více

DNA TECHNIKY IDENTIFIKACE ŽIVOČIŠNÝCH DRUHŮ V KRMIVU A POTRAVINÁCH. Michaela Nesvadbová

DNA TECHNIKY IDENTIFIKACE ŽIVOČIŠNÝCH DRUHŮ V KRMIVU A POTRAVINÁCH. Michaela Nesvadbová DNA TECHNIKY IDENTIFIKACE ŽIVOČIŠNÝCH DRUHŮ V KRMIVU A POTRAVINÁCH Michaela Nesvadbová Význam identifikace živočišných druhů v krmivu a potravinách povinností každého výrobce je řádně a pravdivě označit

Více

SU JOK TERAPIE PRO VŠECHNY

SU JOK TERAPIE PRO VŠECHNY Park Jae Woo SU JOK TERAPIE PRO VŠECHNY Praktická pøíruèka nejen první, ale èasto i poslední pomoci Eko konzult Dosud neexistovala léèebná metoda, jíž by bylo tak jednoduché zvládnout a souèasnì s ní dosáhnout

Více

Vážení zákazníci, dovolujeme si Vás upozornit, že na tuto ukázku knihy se vztahují autorská práva, tzv. copyright. To znamená, že ukázka má sloužit výhradnì pro osobní potøebu potenciálního kupujícího

Více

Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/

Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/ Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Genomika (KBB/GENOM) Poziční klonování Ing. Hana Šimková, CSc. Cíl přednášky - seznámení s metodou pozičního klonování genů

Více

Klonování DNA a fyzikální mapování genomu

Klonování DNA a fyzikální mapování genomu Klonování DNA a fyzikální mapování genomu. Terminologie Klonování je proces tvorby klonů Klon je soubor identických buněk (příp. organismů) odvozených ze společného předka dělením (např. jedna bakteriální

Více

Jiøí Král ØEŠENÉ PØÍKLADY VE VHDL HRADLOVÁ POLE FPGA PRO ZAÈÁTEÈNÍKY Praha 2010 Upozornìní! Vážení ètenáøi, na naší webové adrese: http://shop.ben.cz/cz/121309 v sekci download, se nachází soubory ke stažení:

Více

Dosud vyšlo: 100 + 1 Sudoku pro každého 2

Dosud vyšlo: 100 + 1 Sudoku pro každého 2 Úvod Dosud vyšlo: 100 + 1 Sudoku pro každého 100 + 1 Sudoku pro každého 2 200 + 1 Sudoku pro každého 3 100 + 1 Sudoku junior 200 + 1 Sudoku pro každého Uvedené soubory hádanek si mùžete objednat i v našem

Více

Centrum aplikované genomiky, Ústav dědičných metabolických poruch, 1.LFUK

Centrum aplikované genomiky, Ústav dědičných metabolických poruch, 1.LFUK ové technologie v analýze D A, R A a proteinů Stanislav Kmoch Centrum aplikované genomiky, Ústav dědičných metabolických poruch, 1.LFUK Motto : "The optimal health results from ensuring that the right

Více

Mikrokontroléry ATMEL AVR programování v jazyce Bascom Vladimír Váòa Praha 2004 Vladimír Váòa Mikrokontroléry ATMEL AVR programování v jazyce Bascom Bez pøedchozího písemného svolení nakladatelství nesmí

Více

Inovace studia molekulární a buněčné biologie

Inovace studia molekulární a buněčné biologie Investice do rozvoje vzdělávání Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. Investice do rozvoje vzdělávání

Více

Microfluidic systems, advantages and applications Monika Kremplová, Mgr.

Microfluidic systems, advantages and applications Monika Kremplová, Mgr. Název: Školitel: Microfluidic systems, advantages and applications Monika Kremplová, Mgr. Datum: 21. 6. 2013 Reg.č.projektu: CZ.1.07/2.3.00/20.0148 Název projektu: Mezinárodní spolupráce v oblasti "in

Více

O původu života na Zemi Václav Pačes

O původu života na Zemi Václav Pačes O původu života na Zemi Václav Pačes Ústav molekulární genetiky Akademie věd ČR centrální dogma replikace transkripce DNA RNA protein reverzní transkripce translace informace funkce Exon 1 Intron (413

Více

Vážení zákazníci, dovolujeme si Vás upozornit, že na tuto ukázku knihy se vztahují autorská práva, tzv. copyright. To znamená, že ukázka má sloužit výhradnì pro osobní potøebu potenciálního kupujícího

Více

5. Sekvenování, přečtení genetické informace, éra genomiky.

5. Sekvenování, přečtení genetické informace, éra genomiky. 5. Sekvenování, přečtení genetické informace, éra genomiky. Minulá přednáška nastínila zrod molekulární biologie a představila některé možnosti, jak pracovat s DNA - jak ji analyzovat na základě velikosti

Více

Oddìlení klinické biochemie a hematologie, Vítkovická nemocnice a.s., Ostrava (2) Pracovištì laboratorních metod IKEM, Praha

Oddìlení klinické biochemie a hematologie, Vítkovická nemocnice a.s., Ostrava (2) Pracovištì laboratorních metod IKEM, Praha Mgr. Hana Valentová (1), MUDr. Petr Kubáè (1), RNDr. Zdenek Kubíèek (2), RNDr. Lenka aldynová Kulíšková (1) (1) Oddìlení klinické biochemie a hematologie, Vítkovická nemocnice a.s., Ostrava (2) Pracovištì

Více

JAN POŠTA DELPHI ZAÈÍNÁME PROGRAMOVAT Praha 2001 Jan Pošta DELPHI ZAÈÍNÁME PROGRAMOVAT Bez pøedchozího písemného svolení nakladatelství nesmí být kterákoli èást kopírována nebo rozmnožována jakoukoli formou

Více

Bi5130 Základy práce s lidskou adna

Bi5130 Základy práce s lidskou adna Bi5130 Základy práce s lidskou adna Mgr. et Mgr. Kristýna Brzobohatá pizova@sci.muni.cz Laboratoř biologické a molekulární antropologie, ÚEB, PřF, Mu Bi5130 Základy práce s lidskou adna PCR polymerase

Více

Zkušební okruhy k přijímací zkoušce do magisterského studijního oboru:

Zkušební okruhy k přijímací zkoušce do magisterského studijního oboru: Biotechnologie interakce, polarita molekul. Hydrofilní, hydrofobní a amfifilní molekuly. Stavba a struktura prokaryotní a eukaryotní buňky. Viry a reprodukce virů. Biologické membrány. Mikrobiologie -

Více

Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti NUKLEOVÉ KYSELINY

Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti NUKLEOVÉ KYSELINY Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti NUKLEOVÉ KYSELINY 3 složky Nukleotidy dusík obsahující báze (purin či pyrimidin) pentosa fosfát Fosfodiesterová vazba. Vyskytuje se mezi

Více

KOMUNIKAÈNÍ DDE SERVER PRO AUTOMATY MICROPEL VERZE 2.3 POPIS ROZHRANÍ A OVLÁDÁNÍ 03.2002

KOMUNIKAÈNÍ DDE SERVER PRO AUTOMATY MICROPEL VERZE 2.3 POPIS ROZHRANÍ A OVLÁDÁNÍ 03.2002 PESdde KOMUNIKAÈNÍ DDE SERVER PRO AUTOMATY MICROPEL VERZE 2.3 POPIS ROZHRANÍ A OVLÁDÁNÍ 03.2002 1. Co je nového ve verzi 2.3 Proti verzi 2.1 jsou v této verzi dvì významná vylepšení: 1. Server nyní stále

Více

e-mailmap Manažerský nástroj pro analýzu mailové komunikace firemních týmù a neformálních skupin

e-mailmap Manažerský nástroj pro analýzu mailové komunikace firemních týmù a neformálních skupin 21. 12. 2014 Cílem VaV projektu LF13030 - Optimalizace výkonnosti pracovních týmù s využitím SW nástrojù pro analýzu sociálních a profesních vztahù v podnikových sítích (2013-2015, MSM/LF) - zkrácenì TeamNET

Více

SYNTETICKÉ OLIGONUKLEOTIDY

SYNTETICKÉ OLIGONUKLEOTIDY Oddělení funkční genomiky a proteomiky Přírodovědecká fakulta Masarykovy university SYNTETICKÉ OLIGONUKLEOTIDY Hana Konečná CENTRÁLNÍ LABORATOŘ Masarykovy Univerzity v Brně ODDĚLENÍ FUNKČNÍ GENOMIKY A

Více

Inovace studia molekulární a buněčné biologie

Inovace studia molekulární a buněčné biologie Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. MBIO1/Molekulární biologie 1 Tento projekt je spolufinancován

Více

Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/

Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/ I n v e s t i c e d o r o z v o j e v z d ě l á v á n í Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním

Více

Využití metod strojového učení v bioinformatice David Hoksza

Využití metod strojového učení v bioinformatice David Hoksza Využití metod strojového učení v bioinformatice David Hoksza SIRET Research Group Katedra softwarového inženýrství, Matematicko-fyzikální fakulta Karlova Univerzita v Praze Bioinformatika Biologické inspirace

Více

Kniha je urèena všem zájemcùm o teorii elektrických obvodù Poslouží jako pøíruèka pro praxi, ale i jako uèebnice pro studenty støedních a vysokých ško

Kniha je urèena všem zájemcùm o teorii elektrických obvodù Poslouží jako pøíruèka pro praxi, ale i jako uèebnice pro studenty støedních a vysokých ško Jiøí Myslík Elektrické obvody (Pøíruèka pro praxi a uèebnice pro støední a vysoké školy) Kniha je urèena všem zájemcùm o teorii elektrických obvodù Poslouží jako pøíruèka pro praxi, ale i jako uèebnice

Více

Ukázka knihy z internetového knihkupectví www.kosmas.cz

Ukázka knihy z internetového knihkupectví www.kosmas.cz Ukázka knihy z internetového knihkupectví www.kosmas.cz U k á z k a k n i h y z i n t e r n e t o v é h o k n i h k u p e c t v í w w w. k o s m a s. c z, U I D : K O S 1 8 1 1 6 5 U k á z k a k n i h

Více

Využití GS Junior v projektu hledání nových markerù pro sledování minimální reziduální nemoci u akutních leukémií

Využití GS Junior v projektu hledání nových markerù pro sledování minimální reziduální nemoci u akutních leukémií MUDr. Soòa Peková, PhD. CHAMBON s.r.o., Laboratoø molekulární diagnostiky, Evropská 176/16, Praha Využití GS Junior v projektu hledání nových markerù pro sledování minimální reziduální nemoci u akutních

Více

EU Legal Update EVROPSKÝ SYSTÉM OCHRANY DUŠEVNÍHO VLASTNICTVÍ. Èervenec 2003 VYBRANÉ OKRUHY OCHRANY DUŠEVNÍHO VLASTNICTVÍ

EU Legal Update EVROPSKÝ SYSTÉM OCHRANY DUŠEVNÍHO VLASTNICTVÍ. Èervenec 2003 VYBRANÉ OKRUHY OCHRANY DUŠEVNÍHO VLASTNICTVÍ Èervenec 2003 David Emr david.emr@wl.ey.cz Weinhold Legal, v.o.s. Charles Square Center Karlovo námìstí 0 20 00 Praha 2 Èeská republika Tel.: (420) 225 335 333 Fax: (420) 225 335 444 Weinhold Legal, v.o.s.

Více

REPLIKACE A REPARACE DNA

REPLIKACE A REPARACE DNA REPLIKACE A REPARACE DNA 1 VÝZNAM REPARACE DNA V MEDICÍNĚ Příklad: Reparace DNA: enzymy reparace nukleotidovou excizí Onemocnění: xeroderma pigmentosum 2 3 REPLIKACE A REPARACE DNA: Replikace DNA: 1. Podstata

Více

Aplikace molekulárně biologických postupů v časné detekci sepse

Aplikace molekulárně biologických postupů v časné detekci sepse Aplikace molekulárně biologických postupů v časné detekci sepse Mgr. Jana Ždychová, Ph.D. IKEM PLM - LLG Sepse je častou příčinou úmrtí během hospitalizace. Včasné nasazení odpovídající ATB terapie je

Více

VÍCEKANÁLOVÝ REGISTRÁTOR ELEKTRICKÝCH VELIÈIN SÉRIE DL

VÍCEKANÁLOVÝ REGISTRÁTOR ELEKTRICKÝCH VELIÈIN SÉRIE DL VÍCEKANÁLOVÝ REGISTRÁTOR ELEKTRICKÝCH VELIÈIN SÉRIE DL Použití Mìøící pøístroj DL je vícekanálovým zaøízením mìøícím: teplotu, odpor, elektrický proud v rozsahu 0/4 20mA, napìtí -5 0 mv nebo 0 10V. Též

Více

Sekvenování DNA. stanovení pořadí nukleotidů v molekule DNA (primární struktury)

Sekvenování DNA. stanovení pořadí nukleotidů v molekule DNA (primární struktury) Sekvenování DNA stanovení pořadí nukleotidů v molekule DNA (primární struktury) Důvody řešení genomových projektů Genomika modelových organismů (de novo sekvenování) Analýza mutací a SNP, výzkum genetických

Více

Elektroforéza Sekvenování

Elektroforéza Sekvenování Elektroforéza Sekvenování Výsledek PCR Elektroforéza V molekulární biologii se používá k separaci nukleových kyselin a bílkovin Principem je pohyb nabitých molekul v elektrickém poli Gelová, polyakrylamidová

Více

Masivně paralelní sekvenování

Masivně paralelní sekvenování Boris Tichý Sdílená laboratoř Genomika Brno, 9.10.2015 Informace je uložená v DNA Informace uložená jako sekvence bazí A, C, G, T V každé lidské buňce je ~ 3 miliardy bazí = ~ 3 metry = ~ 6.6 pikogramů

Více

ZOM SIGMA PUMPY HRANICE ZUBOVÁ MONOBLOKOVÁ 426 1.99 21.03

ZOM SIGMA PUMPY HRANICE ZUBOVÁ MONOBLOKOVÁ 426 1.99 21.03 SIGMA PUMPY HRANICE ZUBOVÁ MONOBLOKOVÁ NÍZKOTLAKÁ ÈERPADLA SIGMA PUMPY HRANICE, s.r.o. Tovární 605, 753 0 Hranice tel.: 58 66, fax: 58 602 587 Email: sigmahra@sigmahra.cz ZOM 426.99 2.03 Použití Zubová

Více

Atestace z lékařské genetiky inovované otázky pro rok A) Molekulární genetika

Atestace z lékařské genetiky inovované otázky pro rok A) Molekulární genetika Atestace z lékařské genetiky inovované otázky pro rok 2017 A) Molekulární genetika 1. Struktura lidského genu, nomenklatura genů, databáze týkající se klinického dopadu variace v jednotlivých genech. 2.

Více

5.1 Øízení o žádostech týkajících se mezinárodních ochranných známek pøihlašovatelù z Èeské republiky

5.1 Øízení o žádostech týkajících se mezinárodních ochranných známek pøihlašovatelù z Èeské republiky 30 5.1 Øízení o žádostech týkajících se mezinárodních ochranných známek pøihlašovatelù z Èeské republiky Prùzkumový pracovník vyøizuje žádosti o mezinárodní zápis ochranných známek pøihlašovatelù, pro

Více

INSPEKÈNí ZPRÁVA è. 63-5116/5

INSPEKÈNí ZPRÁVA è. 63-5116/5 / TI STROJíRENSKÝ ZKUŠEBNí ÚSTAV, s. p. TI - technická inspekce, akreditovaný inspekèní orgán è. 48 Hudcova 56b, 621 Brno Èj.: 2939/5/324/6.3/2 list è. ze6 INSPEKÈNí ZPRÁVA è. 63-5116/5 Výrobek: Elektrický

Více

3450, 3650, 3660, 8095N, 10-25 KVA

3450, 3650, 3660, 8095N, 10-25 KVA Kromì pøesného svaøování bez odstøikù jsou stroje TECNA velmi vhodné pro opravy karosérie po menších kolizích vyrovnáním plechù, namísto jejich výmìny. Opravy se tak stanou výraznì rychlejší a levnìjší.

Více

ZÁVÌR ZJIŠ OVACíHO ØíZENí

ZÁVÌR ZJIŠ OVACíHO ØíZENí PIt HLAVNí MÌSTO PRAHA MAGISTRÁT HLAVNíHO MÌSTA PRAHY ODBOR OCHRANY PROSTØEDí Váš dopis zn, SZn. S-M H M P-232654/2008/00PNI/E 1A/539-2Nè Vyøizuje/ linka Mgr. Vèislaková / 4490 Datum 7.7.2008 ZÁVÌR ZJIŠ

Více

Èeské knihovny v EZB podpora konsorciální správy pøístupù k elektronickým èasopisùm

Èeské knihovny v EZB podpora konsorciální správy pøístupù k elektronickým èasopisùm Èeské knihovny v EZB podpora konsorciální správy pøístupù k elektronickým èasopisùm Petra Š ASTNÁ Úvod Elektronická knihovna èasopisù (Elektronische Zeitschriftenbibliothek, dále EZB) je pøístupná vèeské

Více

Petr Skalický Procesory øady 8051 Pøíruèka je urèena pøedevším studentùm a zaèáteèníkùm, kteøí se rozhodli proniknout alespoò na pokraj problematiky monolitických mikropoèítaèù øady 8051 Pomocí této pøíruèky

Více

1. CO TO JE ELEKTRICKÝ SPOTØEBIÈ

1. CO TO JE ELEKTRICKÝ SPOTØEBIÈ Ukázka 1. CO TO JE ELEKTRICKÝ SPOTØEBIÈ Jako elektrický spotøebiè si zøejmì každý z nás pøedstaví nìco šikovného, co zapojíme do elektrické zásuvky, vezmeme do ruky a nìco s tím provedeme nebo provádíme

Více

KLASTRY. Spoleènosti se spojují lokálnì, aby rostly globálnì. Ifor-Ffowcs Williams, Cluster Navigators,

KLASTRY. Spoleènosti se spojují lokálnì, aby rostly globálnì. Ifor-Ffowcs Williams, Cluster Navigators, KLASTRY Spoleènosti se spojují lokálnì, aby rostly globálnì. Ifor-Ffowcs Williams, Cluster Navigators, 2004 www.klastr.cz CO JSOU TO KLASTRY? Regionální seskupení firem a pøidružených organizací pùsobících

Více

PREVENCE PØENOSU plísòových onemocnìní

PREVENCE PØENOSU plísòových onemocnìní PREVENCE PØENOSU plísòových onemocnìní kùže a bradavic v areálech Každý èlovìk prožije bìhem svého života mnoho situací a událostí, v nichž se v souvislosti s ménì èi více závažnými prohrami, zklamáními

Více

David Matoušek UDÌLEJTE SI Z PC generátor, èítaè, pøevodník, programátor Praha 2001 PODÌKOVÁNÍ Chtìl bych podìkovat panu Liboru Kubicovi z nakladatelství BEN technická literatura za cenné pøipomínky pøi

Více

Identifikace postiženého úseku vn vedení

Identifikace postiženého úseku vn vedení Identifikace postiženého úseku vn vedení Ladislav POSPÍCHAL, Karel HODER, Drahomír PERNICA, Jan SOUÈEK 1. Úvod Úkolem distribuèních vn sítí je v maximální míøe trvalý a ekonomicky efektivní pøenos elektøiny

Více

Vaše zn.: Naše ZD.:. Vyøizuje V Praze dne. HEM-3516-24.9.01l26322 MUDr.Faierajzlová~CSc. 17. 10.2001

Vaše zn.: Naše ZD.:. Vyøizuje V Praze dne. HEM-3516-24.9.01l26322 MUDr.Faierajzlová~CSc. 17. 10.2001 / MINISTERS' ZDRA VOTNICTVÍ, 128 01 Praha 2, Palackého nám. 4, pošt. pøihr. 81 Ministerstvo školství~ mládeže a tìlovýchovy øeditelka odboru 26 ing. Božena Suková Kannelitská 7 11 O 00 Praha 1 Vaše zn.:

Více

Globální pohled na průběh replikace dsdna

Globální pohled na průběh replikace dsdna Globální pohled na průběh replikace dsdna 3' 5 3 vedoucí řetězec 5 3 prodlužování vedoucího řetězce (polymerace ) DNA-ligáza směr pohybu enzymů DNA-polymeráza I DNA-polymeráza III primozom 5' 3, 5, hotový

Více

Výroèní zpráva. rok 2007

Výroèní zpráva. rok 2007 Výroèní zpráva rok 2007 Nadace Východoèeská onkologie vznikla v roce 2004. V jejím vedení jsou zastoupeni jak onkologové, tak osobnosti z nemedicínských oborù, kterým není lhostejný ivot spoluobèanù. Hlavním

Více

Molekulárně biologické metody princip, popis, výstupy

Molekulárně biologické metody princip, popis, výstupy & Molekulárně biologické metody princip, popis, výstupy Klára Labská Evropský program pro mikrobiologii ve veřejném zdravotnictví (EUPHEM), ECDC, Stockholm NRL pro herpetické viry,centrum epidemiologie

Více

Masivně paralelní sekvenování

Masivně paralelní sekvenování Boris Tichý Sdílená laboratoř Genomika Brno, 4. 12. 2014 Informace je uložená v DNA Informace uložená jako sekvence bazí A, C, G, T V každé lidské buňce je ~ 3 miliardy bazí = ~ 3 metry = ~ 6.6 pikogramů

Více

Posuzování vlivù na životní prostøedí (EIA)

Posuzování vlivù na životní prostøedí (EIA) Posuzování vlivù na životní prostøedí (EIA) EIA (Environmental Impact Assessment) je jedním z nástrojù ochrany životního prostøedí eliminující potenciální negativní vlivy pøipravovaných zámìrù a investic.

Více

http://www.knihovny.cz Jindøiška POSPÍŠILOVÁ Karolína KOŠ ÁLOVÁ Knihovny v Èeské republice poskytují širokou paletu veøejných knihovnických a informaèních služeb. Každá vìtší knihovna dnes zpøístupòuje

Více

Automatické biochemické analyzátory BM ROCHE v tøicetileté praxi OKB N Brno Historie, souèasnost, kontinuita, harmonizace

Automatické biochemické analyzátory BM ROCHE v tøicetileté praxi OKB N Brno Historie, souèasnost, kontinuita, harmonizace Doc. MUDr. Milan Dastych, CSc., MBA pøednosta Oddìlení klinické biochemie, akultní nemocnice Brno Automatické biochemické analyzátory BM ROCHE v tøicetileté praxi OKB N Brno Historie, souèasnost, kontinuita,

Více

DET SIGMA PUMPY HRANICE

DET SIGMA PUMPY HRANICE SIGMA PUMPY HRANICE ÈERPADLOVÉ TURBÍNY DET SIGMA PUMPY HRANICE, s.r.o. Tovární 605, 753 01 Hranice tel.: 581 661 111, fax: 581 602 587 Email: sigmahra@sigmahra.cz 426 2.98 81.01 Použití Èerpadlové turbíny

Více

Vážení zákazníci, dovolujeme si Vás upozornit, že na tuto ukázku knihy se vztahují autorská práva, tzv. copyright. To znamená, že ukázka má sloužit výhradnì pro osobní potøebu potenciálního kupujícího

Více

Jsem ohrožen(a) žloutenkou typu B?

Jsem ohrožen(a) žloutenkou typu B? Jsem ohrožen(a) žloutenkou typu B? Co je to? Žloutenka (hepatitida) typu B je virus, který infikuje játra, a mùže vést k závažnému onemocnìní jater. Játra jsou dùležitým orgánem a obstarávají rozklad potravy

Více

Univerzita Karlova v Praze

Univerzita Karlova v Praze Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Studijní program: Zdravotnická bioanalytika Katedra biochemických věd PŘÍNOS NEXT GENERATION SEQUENCING PRO LABORATORNÍ DIAGNOSTIKU Diplomová

Více

Tomáš Fukátko DETEKCE A MÌØENÍ RÙZNÝCH DRUHÙ ZÁØENÍ Praha 2006 Publikace byla napsána na základì poznámek, nahromadìných autorem bìhem jeho celoživotní odborné èinnosti. Znamená to, že kniha není psána

Více

Nové přístupy v modifikaci funkce genů: CRISPR/Cas9 systém

Nové přístupy v modifikaci funkce genů: CRISPR/Cas9 systém Nové přístupy v modifikaci funkce genů: CRISPR/Cas9 systém Lesk a bída GM plodin Lesk a bída GM plodin Problémy konstrukce GM plodin: 1) nízká efektivita 2) náhodnost integrace transgenu 3) legislativa

Více

Jan Hájek 2 ÈASOVAÈ 555 PRAKTICKÁ ZAPOJENÍ SE DVÌMA ÈASOVAÈI Praha 1998, AA Praha a BEN - technická literatura Jan Hájek 2 ÈASOVAÈ 555 Bez pøedchozího písemného svolení nakladatelství nesmí být kterákoli

Více

velké fragmenty střední fragmenty malé fragmenty

velké fragmenty střední fragmenty malé fragmenty velké fragmenty střední fragmenty malé fragmenty Southern 1975 Northern Western denaturace DNA hybridizace primerů (annealing) (mají délku kolem 20 bází) syntéza nové DNA termostabilní polymerázou vstup

Více

3.3.2 Základní pojmy a teorie Kódování Principy, znaky a využití genetických algoritmù Expertní systémy

3.3.2 Základní pojmy a teorie Kódování Principy, znaky a využití genetických algoritmù Expertní systémy OBSAH 1 STRUÈNÁ HISTORIE UMÌLÉ INTELIGENCE... 9 2 DIAGNOSTIKA ELEKTRICKÝCH STROJÙ... 13 2.1 Rozdìlení diagnostických metod... 14 2.2 Pøehled používaných diagnostických metod... 16 2.2.1 Diagnostické metody

Více