Ondřej Scheinost Nemocnice České Budějovice, a.s.

Transkript

1 Ondřej Scheinost Nemocnice České Budějovice, a.s.

2 Nové technologie přelomové období principy technologií klinická použitelnost

3 chips (arrays) sekvenační technologie

4 Důležitost genetických informací i další obory Ekonomicky zajímavé nový sazebník sdílené výkony automatizace

5 PŘÍMÁ SEKVENACE DNA LIDSKÉHO GERMINÁLNÍHO GENOMU PŘÍMÁ SEKVENACE DNA LIDSKÉHO SOMATICKÉHO GENOMU IZOLACE A BANKING LIDSKÝCH NUKLEOVÝCH KYSELIN (DNA, RNA) Z VELKÉHO MNOŽSTVÍ PRIMÁRNÍHO VZORKU S VYSOKÝM VÝTĚŽKEM IN SILICO ANALÝZA DOSUD NEPOPSANÝCH VARIANT GENOMOVÉ DNA NEBO CDNA LIDSKÉHO GERMINÁLNÍHO GENOMU IN SILICO ANALÝZA DOSUD NEPOPSANÝCH VARIANT GENOMOVÉ DNA NEBO CDNA LIDSKÉHO SOMATICKÉHO GENOMU ANALÝZA VARIANT LIDSKÉHO GERMINÁLNÍHO GENOMU NA BIOČIPU ANALÝZA VARIANT LIDSKÉHO SOMATICKÉHO GENOMU NA BIOČIPU IZOLACE NUKLEOVÝCH KYSELIN (DNA, RNA) Z MALÉHO MNOŽSTVÍ PRIMÁRNÍHO VZORKU A OMEZENÝM VÝTĚŽKEM FRAGMENTAČNÍ ANALÝZA LIDSKÉHO GERMINÁLNÍHO GENOMU FRAGMENTAČNÍ ANALÝZA LIDSKÉHO SOMATICKÉHO GENOMU ANALÝZA LIDSKÉHO GERMINÁLNÍHO GENOMU METODOU MLPA ANALÝZA LIDSKÉHO SOMATICKÉHO GENOMU METODOU MLPA ANALÝZA LIDSKÉHO GERMINÁLNÍHO GENOMU METODOU KVANTITATIVNÍ PCR V REÁLNÉM ČASE (QR-PCR) ANALÝZA LIDSKÉHO SOMATICKÉHO GENOMU METODOU KVANTITATIVNÍ PCR V REÁLNÉM ČASE (QR-PCR) SCREENING MUTACÍ JEDNOHO AMPLIKONU DNA LIDSKÉHO GERMINÁLNÍHO GENOMU SCREENING MUTACÍ JEDNOHO AMPLIKONU DNA LIDSKÉHO SOMATICKÉHO GENOMU CÍLENÉ STANOVENÍ PRIVÁTNÍ MUTACE LIDSKÉHO GERMINÁLNÍHO GENOMU CÍLENÉSTANOVENÍPRIVÁTNÍMUTACE LIDSKÉHO SOMATICKÉHO GENOMU STANOVENÍ ZNÁMÉ GENOVÉ VARIANTY LIDSKÉHO GERMINÁLNÍHO GENOMU STANOVENÍ ZNÁMÉ GENOVÉ VARIANTY LIDSKÉHO SOMATICKÉHO GENOMU IZOLACE NUKLEOVÝCH KYSELIN (DNA, RNA) PRO VYŠETŘENÍ EXTRAHUMÁNNÍHO GENOMU ANALÝZA EXTRAHUMÁNNÍHO GENOMU METODOU KVANTITATIVNÍ PCR V REÁLNÉM ČASE (QR-PCR) MOLEKULÁRNĚ-GENETICKÁ TYPIZACE JEDNOHO HLA GENU (LOKUSU) NA ÚROVNI NÍZKÉHO ROZLIŠENÍ MOLEKULÁRNĚ-GENETICKÁ TYPIZACE JEDNOHO HLA GENU (LOKUSU) NA ÚROVNI VYSOKÉHO ROZLIŠENÍ STANOVENÍ ZNÁMÉ GENOVÉ VARIANTY LIDSKÉHO GERMINÁLNÍHO GENOMU S NÍZKOU A STŘEDNÍ PENETRANCÍ S PRIMÁRNĚ INTRAGENERAČNÍ RELEVANCÍ ANALÝZA LIDSKÉHO GERMINÁLNÍHO GENOMU TECHNOLOGIÍ SEKVENACE NOVÉ GENERACE (NGS)

6 matrice ZNÁMÝCH sekvencí

7 cytogenetický celogenomový screening genotypování exprese

8

9

10

11

12

13

14

15 zjištění přesné, kompletní sekvence

16 1 mutace 1 gen více mutací 1 gen více změn více genů všechny geny (exom) genom informac e klinická použitelnost

17 dideoxy- (Sanger) FONS 2012 * Humánní genom

18 FONS 2012 * Humánní genom

19 příprava knihovny pomnožení (PCR) v malém reaktoru detekce signálu z více molekul

20

21

22

23

24

25 detekce signálu z 1 molekuly

26 Helicos BioSciences FONS 2012 * Humánní genom

27 Pacific BioSciences FONS 2012 * Humánní genom

28 IBM DNA Transistor FONS 2012 * Humánní genom

29 cena / informace exom x genom

30 Craig Venter 70 mil. $

31 James Watson 2 mil. $ 2007, 454

32 $ CoFactor Genomics $ $

33 Problémy technologické přesnost homogenita čtení homopolymery verifikace (doplnění) - Sanger

34

35

36

37 Data je jich moc polymorfismy / mutace klinický dopad? databáze, modelování týmová práce na 1 vzorku

38 překvapivé výsledky dopad na chápání genetiky každý jedinec přenašeč mutací

39 James Watson Usher syndrome homozygot - mutace USH1B

40 brca 1, 2 mutace 84% riziko do 70 let mutace 75% riziko do 70 let Ca ovaria 63% pro brca1 Ca ovaria 27% pro brca2 Ca ovaria 39% pro brca1 Ca ovaria 11% pro brca2

41 General population, the likelihood of having any BRCA mutation is as follows: General population (excluding Ashkenazim): about 1 in 400 (~0.25%). Women with breast cancer (any age): 1 in 50 (2%). Women with breast cancer (younger than 40 years): 1 in 10 (10%). [Men with breast cancer (any age): 1 in 20 (5%). Women with ovarian cancer (any age): 1 in 8 to 1 in 10 (10% 15%). Ashkenazi Jewish population, the likelihood of having any BRCA mutation is as follows: General Ashkenazi Jewish population: 1 in 40 (2.5%). Women with breast cancer (any age): 1 in 10 (10%). Women with breast cancer (younger than 40 years): 1 in 3 (30% 35%). Men with breast cancer (any age): 1 in 5 (19%). Women with ovarian cancer or primary peritoneal cancer (all ages): 1 in 3 (36% 41%).

42 obrovský rozvoj technologií nelze posoudit, která bude ta pravá nutnost s nimi počítat už nyní nevíme, co si počít s daty

43