Výzkumné centrum genomiky a proteomiky. Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i.

Transkript

1 Výzkumné centrum genomiky a proteomiky Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i.

2 Systém pro sekvenování Systém pro čipovou analýzu Systém pro proteinovou analýzu Automatický sběrač buněk

3 Systém pro sekvenování a čipovou analýzu MiSeq Zařízení pro sekvenování nové generace umožňující velkokapacitní sekvenování nukleových kyselin (DNA, RNA včetně mirna) iscan Přístroj pro čipovou analýzu exprese RNA a methylace DNA na celogenomové úrovni Cena systému: ,- Kč

4 MiSeq základní charakteristika Hlavní aplikace: sekvenování/resekvenování malých genomů, amplikonů, vybraných genů, transkriptomu, malých RNA Princip sekvenování: tvorba klastrů amplifikací sekvenovaných fragmentů následováno vlastním sekvenováním na principu syntézy (SBS) Kontrola sekvenační reakce: pomocí aplikace BaseSpace, která umožňuje okamžité nahrávání dat, jejich sdílení a kontrolu systému přes internet Možnosti MiSeq: - kapacita: 0,3 15 Gb - čas sekvenování: 5 65 hodin - max. délka čtení: 2 x 300 bp - max. čtení na flow cellu : 25 milionů

5 MiSeq princip sekvenování Příprava knihovny a tvorba klastrů amplifikací sekvenovaných fragmentů Sekvenováním na principu syntézy (SBS) Mardis, Annu. Rev. Genomics Hum. Genet., 2008, 9:

6 iscan základní charakteristika Hlavní aplikace: analýza genové exprese, genotypování, stanovení metylace DNA, cytogenomika Princip: hybridizace fluorescenčně značeného vzorku se sondami vázanými na čipech a následná detekce s využitím laserového paprsku Možnosti a specifikace iscan: - analýza genové exprese: až sond/čip - genotypování: více než 4.3 mil. markerů/čip - metylace DNA: více než metylovaných míst/čip - rychlost scanování vzorku: v závislosti na čipu 20 sekund 26 minut - rozlišení pixelů: 0.53 μm - použité lasery: 532 a 658 nm - obrazový výstup: TIFF, nebo JPG

7 iscan princip analýzy genové exprese 1. Izolace RNA 2. In Vitro Transkripce (RNA přepis do cdna, syntéza 2.vlákna cdna) 3. Vlákno cdna přepis do crna + zabudování NTP značených biotinem 4. Navázání streptavidinu-cy3 a hybridizace značené crna se sondami na čipu 5. Scanner detekuje signál odpovídající jednotlivým genům míra intenzity signálu = množství dané mrna

8 Vliv znečištěného ovzduší na genovou expresi a metylaci DNA

9 Systém pro proteinovou analýzu Bio-Plex Systém pro měření koncentrací proteinů a nukleových kyselin využívající technologie xmap Cena systému: ,- Kč

10 Bio-Plex 200 základní charakteristika Hlavní aplikace: současná analýza až 100 biomolekul (proteinů, nukleových kyselin) v jednom vzorku s využitím 96-jamkových mikrotitračních destiček Princip metody: využívá technologii xmap mikroskopické kuličky barevně označené dvěma fluorofory, které umožní identifikaci až 100 různých barevných odstínů. Kuličky jsou pokryty protilátkami proti analyzovaným antigenům, fluorescenční detekce pomocí protilátek konjugovaných s biotinem Výhody: - vysoká citlivost - současné měření mnoha antigenů - minimalizace objemu reagencií - rychlost - náhrada metod ELISA a Western blotting

11 Automatický sběrač buněk Harvester96 - Zařízení pro sběr buněk kultivovaných v 96-jamkových mikrotitračních destičkách Cena systému: ,- Kč

12 Harvester96 základní charakteristika Hlavní aplikace: umožňuje sběr vzorků buněk z 96-jamkových mikrotitračních destiček určených pro provádění funkčních analýz Aplikace zahrnují: - stanovení proliferace buněk - měření cytotoxicity - analýzy vazby receptorů - sběr buněk pro další analýzy - promývání kultur adherentních buněk Výhody: - možnost high-throuput analýz v 96-jamkovém formátu - odběry vzorku zabraňující kontaminaci pracovních ploch - snadná omyvatelnost, čištění ultrazvukem - spolehlivost

13 Příklad spolupráce v rámci Centra Studium mechanismů reparace poškozené DNA Sekvenování a čipová analýza: Identifikace změn v DNA a stanovení exprese mrna Proteinová analýza: Identifikace reparačních proteinů Analýza funkčních vlastností buněk: Namnožení buněk a provedení funkční reparační analýzy