Vývoj biomarkerů. Jindra Vrzalová, Ondrej Topolčan, Radka Fuchsová FN Plzeň, LF v Plzni UK

Podobné dokumenty
Skrytá tvář laboratorních metod? J. Havlasová, Interimun s.r.o.

Verifikace sérologických testů v imunologických laboratořích ISO Postupy vyšetření

Analytické znaky laboratorní metody Interní kontrola kvality Externí kontrola kvality

Možná uplatnění proteomiky směrem do klinické praxe

Validační protokol LT CRP HS II (ADVIA 1800)

1. Definice a historie oboru molekulární medicína. 3. Základní laboratorní techniky v molekulární medicíně

Validace sérologických testů výrobcem. Vidia spol. s r.o. Ing. František Konečný IV/2012

VÝZNAM NĚKTERÝCH FAKTORŮ PREANALYTICKÉ FÁZE V MOLEKULÁRNÍ BIOLOGII

analýzy dat v oboru Matematická biologie

Hmotnostní spektrometrie v klinické laboratoři

Výzkumné centrum genomiky a proteomiky. Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i.

Novinky v klasifikaci NSCLC, multidisciplinární konsenzus. testování NSCLC

OPVK CZ.1.07/2.2.00/

Současný stav rutinní analytiky některých biochemických markerů. J. Vávrová, B. Friedecký, M. Tichý Ústav klinické biochemie a diagnostiky LF UK

Seznámení s novým vydáním normy ISO 15197:2013. Drahomíra Springer. ÚLBLD VFN a 1.LF UK Praha

Kalibrace analytických metod

Kontrola kvality. Marcela Vlková ÚKIA, FNUSA Veronika Kanderová CLIP, FN Motol

laboratorní technologie

Stanovení cytokinů v nitrooční tekutině pomocí multiplexové xmap analýzy

INOVATIVNÍ KURZY IMUNOANALÝZY A ENDOKRINOLOGIE PRO VĚDECKÉ PRACOVNÍKY- PILOTNÍ ZKUŠENOSTI LÉKAŘSKÉ FAKULTY V PLZNI

Tekuté biopsie u mnohočetného myelomu

Nová doporučení o interní kontrole kvality koagulačních vyšetření. RNDr. Ingrid V. Hrachovinová, Ph.D. Laboratoř pro poruchy hemostázy, ÚHKT Praha

Preanalytická fáze laboratorních vyšetření a risiko zdravotní péče

Doporučení ČSKB-Markery poškození myokardu Klin. Biochem. Metab., 16 (37), 2008, 1, Universal Definition of Myocardial Infarction

ProGastrin-Releasing Peptide (ProGRP) u nemocných s malobuněčným karcinomem plic

Statistika a chemometrie v klinické biochemii

Elecsys SCC první zkušenosti z rutinní praxe. Ing. Pavla Eliášová Oddělení klinické biochemie Masarykova nemocnice v Ústí nad Labem

Nové technologie v mikrobiologické laboratoři, aneb jak ovlivnit čas k získání klinicky relevantního výsledku

Protokol o srovnání POCT Quo-Test s akreditovanou metodou stanovení HbA1c vysokoúčinnou kapalinovou chromatografií - Variant II TURBO BioRad

Marcela Vlková ÚKIA, FNUSA, Brno Veronika Kanderová CLIP, 2. LF UK a FN Motol, Praha VALIDACE A VERIFIKACE V PRŮTOKOVÉ CYTOMETRII

Nejistota měř. ěření, návaznost a kontrola kvality. Miroslav Janošík

Filozofie validace. Je validace potřebná? Mezinárodní doporučení pro provádění validací ve forenzně genetických laboratořích

Glukóza Ing. Martina Podborská, Ph.D. OKB FN Brno Zpracováno s pomocí přednášek RNDr. Petra Breineka Školní rok 2015/2016

Glukóza, glykovaný hemoglobin, glykované proteiny. Glykované proteiny mechanismus glykace, stanovení ve formě formazanů.

Sérologická diagnostika chřipky možnosti a diagnostická úskalí

POSTUP PRO VALIDACI/VERIFIKACI METODY 1

Sandwichová metoda. x druhů mikrokuliček rozlišených různou kombinací barev (spektrální kód)

Automatizace v klinické mikrobiologii

Biochemická laboratoř

Protokol o srovnání POCT EUROLyser CRP s akreditovanou metodou stanovení CRP imunoturbidimetricky na analyzátoru Unicel DxC 800

Laboratorní automatizace proč a jak?

Využití molekulárně-biologických postupů a multimarkerových strategií v intenzívní péči. Marek Protuš

Využití molekulárně-biologických postupů a multimarkerových strategií v intenzívní péči. Marek Protuš

Zavedení nového přístroje v hematologické laboratoři

Molekulární diagnostika

Indikátory kvality preanalytické fáze. Pracovní den, Lékařský dům, Praha Bunešová M., ÚLCHKB 2. LF UK a FN Motol, Praha

Uplatnění proteomiky v molekulární klasifikaci meduloblastomu Lenka Hernychová

Transfer farmaceutické technologie

Preanalytická fáze na rozhraní mezi klinickým

Zajištění kvality výsledků laboratorních vyšetření v hematologické laboratoři dle ČSN EN ISO 15189:2013. Soňa Vytisková

Oponentský posudek dizertační práce

Stav harmonizace stanovení markerů chronické ledvinové choroby. B. Friedecký, J. Kratochvíla ÚKBD FN Hradec Králové SEKK Pardubice

HbA 1c pro pacienta? Laboratoř versus POCT

Požadavek Výsledek (informace)

jako markeru oxidativního

POSTUP PRO VALIDACI/VERIFIKACI METODY 8

Externí kontrola kvality sekvenačních analýz

Ústav experimentální medicíny AV ČR úspěšně rozšířil přístrojové vybavení pro vědce z peněz evropských fondů

Přínos molekulární genetiky pro diagnostiku a terapii malignit GIT v posledních 10 letech

PŘÍKLAD OSOBNÍCH ZDRAVOTNICKÝCH SYSTÉMŮ 1.generace

IMMUVIEW L. PNEUMOPHILA AND L. LONGBEACHE URINARY ANTIGEN TEST

Kyselina myristová, poměr vybraných mastných kyselin a jejich význam pro diagnostiku sepse

Kalibrace analytických metod. Miroslava Beňovská s využitím přednášky Dr. Breineka

Krevní buňky budeme měřit spektrálně

Validace a verifikace v oboru lékařské mikrobiologie Dokument VV v.1

Projekt ncrnapain: Charakteristika projektu I

Srovnání výsledků EHK získaných na systémech POCT a v laboratořích. J. Kratochvíla, B. Friedecký SEKK Pardubice

Grantové projekty řešené OT v současnosti

CHEMOMETRIE S jakými aplikacemi statistiky pracujeme v klinické biochemii nejčastěji?

VYUŽITÍ HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE V DIAGNOSTICE A VE VÝZKUMU AMYLOIDÓZY

PROCES REALIZACE ANALÝZY

Oddělení Povinné ukazatelé kvality Časové období r. 2015

Vliv mesodiencefalické modulace. Interní klinika FN v Motole a UK 2. LF Praha

Princip a využití protilátkových mikročipů RNDr. Zuzana Zákostelská

Imunofenotypizace leukemií z kostní dřeně, periferní krve, výpotku a mozkomíšního moku průtokovou cytometrií

2012 STÁTNÍ ÚSTAV PRO KONTROLU LÉČIV

Postavení laboratorního vyšetření v klasickém systému péče o pacienta Klinik ik indikuje laboratorní vyšetření Laboratoř vyšetření provádí Klinik výsl

Za hranice nejistoty(2)

Indikátory kvality preanalytické fáze. FONS Pardubice, Bunešová M., Friedecký B.

Komutabilita referenčních materiálů a bias měření v laboratorní medicíně

Současný stav stanovení vitaminu D v séru

2012 STÁTNÍ ÚSTAV PRO KONTROLU LÉČIV

PŘEZKOUMÁNÍ SYSTÉMU MANAGEMENTU KVALITY V HEMATOLOGICKÉ LABORATOŘI

Nastavení metod pro imunofenotypizaci krevních. EXBIO Praha, a.s.

Nová doporučení o interní kontrole kvality krevního obrazu. Soňa Vytisková

Validace stanovení volných monoklonálních lehkých řetězců v České republice

AMH preanalytické podmínky

Konsolidovaná laboratoř, organizace práce na laboratoři, kontrola kvality, laboratorní informační systém. Miroslav Průcha

Diagnostika infekce Chlamydia trachomatis pomocí molekulárně genetické metody real time PCR nejen u pacientek z gynekologických zařízení

VÝBĚROVÁ ŘÍZENÍ CENTRUM REGIONU HANÁ PROJEKT EXCELENTNÍ VÝZKUM (OP VVV)

ve školní nebo zdravotnické laboratoři?

40 NOVINKY. Product News. Stanovení imunosupresivních lékù soupravami Elecsys. Elecsys Tacrolimus Elecsys Cyclosporine. Nový panel metod.

Program časného záchytu karcinomu prostaty u populace mužů v dispenzární péči po onkologických onemocněních

OPAKOVÁNÍ JE MATKOU MOUDROSTI ANEB JAK SPRÁVNĚ POJMOUT PREANALYTICKOU FÁZI A KVALITU PRÁCE. Kapustová Miloslava (Spoluautoři - odborná literatura)

VOLBA OPTIMÁLNÍ METODY

Proteinové znaky dětské leukémie identifikované pomocí genových expresních profilů

Pilotní projekt Optimalizace programu screeningu kolorektálního karcinomu

Biomarkery - diagnostika a prognóza nádorových onemocnění

Projekt FR-TI2/075 MPO příklad spolupráce farmaceutů s komerčním sektorem. Milan Bartoš. Forum veterinarium, Brno 2010

Aplikace molekulárně biologických postupů v časné detekci sepse

Transkript:

Vývoj biomarkerů Jindra Vrzalová, Ondrej Topolčan, Radka Fuchsová FN Plzeň, LF v Plzni UK

Proč potřebujeme laboratoř? Proč potřebujeme biomarkery? Časná diagnostika Správná diagnostika a stratifikace pacientů (určení rizika a prognózy) léčba šitá na míru Sledování léčby Odpověď: Kvůli personalizované medicíně

Náš cíl Ideální biomarker 1. specifický pro dané onemocnění 2. negativní v nepřítomnosti daného onemocnění 3. koncentrace korelující s klinickým stádiem onemocnění 4. sensitivní chceme léčit/klasifikovat všechny pacienty Nesplňuje žádný jednotlivý biomarker Hledání nových biomarkerů Kombinace biomarkerů nové analytické přístupy multiplex

Porozumění jednotlivým proteinům Celkové porozumění biol. procesům Výběr technologie Počet sledovaných proteinů Elisa, RIA xmap etc. Microarraye MS

Základní výzkum objev biomarkeru Odlišná exprese u kontrol a u pacientů kandidáti na biomarker Srovnávací (semi-kvantitativní) analýza - porovnání velkého množství proteinů, jejich variace a modifikace v buňkách, tkáních a biologických tekutinách a jejich korelace se vznikem, progresí nebo remisí onemocnění Semi-kvantitativní proteomika Dvourozměrná gelová elektroforéza (2DGE) Srovnávací přístupy se značením nebo bez (e.g., Isotope Coded Affinity Tags, itraq, Stable Isotope Labeling with AminoAcids in Cell Culture) LC-MS Citlivost (concentration sensitivity level = CSL) není nižší než 10 nm.

Základní výzkum 2D elektroforéza MS v tandemu se sep. technologies HPLC / MS ESI, MALDI, SELDI CZE / MS

Základní výzkum technologie proteinových čipů Značení všech proteinů ve vzorku Přímé srovnání chorobné/zdravé b.m. Protein microarrays and proteomics, Gavin MacBeath

Cyklus vzniku biomarkeru

Vývoj biomarkeru

Vývoj biomarkeru

Validace biomarkeru Požadavek: imunoesej nebo MS technika musí prokázat, že je bezpečná a efektivní pro určený klinický účel sběr vzorků minimalizace vstupního biasu Přednostně: při stanovení by neměl být znám klinický výsledek prospektivní Retrospektivně pouze pokud je bias preanalytických podmínek, skladovacích podmínek a dalších relevantních faktorů kontrolován/monitorován Charakteristiky klinického využití testu musí být testovány na dostatečně velkém počtu pacientů s onemocněním, pro které bude test používán Klinické testování markeru by mělo být vždy prováděné finální verzí analytické soupravy a přístroje, ve více laboratořích a pečlivě zhodnoceno analytickými a statistickými postupy

Úzké hrdlo při vývoji biomarkerů Nové přístupy k identifikaci a kvantifikaci proteinů a jejich vzájemných interakcí Sekvenování velkého množství proteinů a peptidů na MS Proteinové mikročipy Multiplexové imunoeseje na mikrokuličkách Pochopení molekulárních mechanismů nemocí vzrůstá Konstantní množství schválených proteinových biomarkerů FDA průměr ~1,5 proteinu/rok v posledních 15 letech Oproti více než 1,200 kandidátů na biomarkery publikovaných ve vědecké literatuře (pouze pro onkologické aplikace)

Bariéry biomarkerů Třídění kandidátů Analytické nástroje Technologická variabilita Nařízení, zákony Sběr vzorků Kontrola kvality Návrh experimentů Reagencie Sady dat

Příčiny Úzkého hrdla Technologická variabilita v rámci a mezi jednotlivými proteomickými platformami Nesprávný sběr vzorků, skladování a zpracování Neschopnost vyselektovat správné biomarkery již před časově a finančně náročnými klinickými testy Nedostatek znalostí vědců o požadavcích na biomarkery pro validační a zákonný proces Nedostatečná dostupnost vysoce kvalitních reagencií a souborů dat v rámci vědeckého světa Nutnost zlepšit analýzu dat - porovnávání velkých souborů dat a vícerozměrná data Nesprávný návrh experimentálních studií biomarkerů na klinických vzorcích

The National Cancer Institute s Clinical Proteomic Technologies for Cancer initiative NCI-CPTC

Rozhodující kroky při vývoji nové IVD založené na více proteinech (kombinaci) Přesné zjištění analytických vlastností metodiky Nezávislá klinická validace testu tj. validace na nezávislém souboru vzorků Zajistit, aby vlastnosti metody byly popsány na základě analýzy nezatížené vstupním biasem Preanalytika vzrůstá význam aspektů spojených s odběrem vzorku, jeho transportem a skladováním a musí být součástí preklinického a kinického testování IVD interference a zkřížená reaktivita je velmi důležitá u proteinových esejí Kontroly (interní, externí, postupu atd.) musí být stanoveny pro metodiky před jeho uvedením na trh. Pro standardizaci využívat mezinárodní standardy a kontrolní materiály s návazností Studie stability reagencií, variace mezi šaržemi nezbytné pro všechny soupravy

Verifikace biomarkerů Klinický bioanalytik verifikuje (ověřuje) metodiku předtím validovanou výrobcem Post-marketingové analytické ověření probíhá rutinně jako součást kontroly kvality Cíl: ověřit zda IVD (přístroj, kontroly, reagencie ) splňují specifikace a podmínky na daném pracovišti Obvykle mezilehlá preciznost, opakovatelnost, linearita, bias, spodní limit detekce a kvantifikace Při hodnocení multiplexové proteinové metody je vhodné použití výpočtu skóre pro jednotlivé pacienty? Jak provádět studie pro validaci/verifikaci skóre? Jedním z přístupů je analýza dostatečného množství pacientů a kontrol (diagnóza stanovena na základě dalších vyšetření) a porovnání skóre s konečnou klinickou diagnózou

Podmínky pro přechod (multiplexových) biomarkerů do rutinní klinické praxe Proteomika a bioinformatika zaznamenala v posledním desetiletí velký rozvoj platforem a technologií pro identifikace biomarkerů chorob Bez správného designu studií a využívání robustních analytických technik přijde očekávání a úsilí vložené do biomarkerů nazmar Panely analytů musí být optimalizovány na základě klinických požadavků Validace panelů analytů vyžaduje studie na rozsáhlých kohortách Plné využití biomarkerů pouze v kombinaci s multiparamatrickým hodnocením

Která cesta je ta správná? Multiplexing????? Najdi cestu k biomarkerům Nanodiagnostika založená na biosenzorech Integrace genomiky a proteomiky

Literatura