Identifikace mléčných bakterií izolovaných z hemokultur P. Švec 1, A. Ševčíková 2, M. Vancanneyt 3, I. Sedláček 1 1 Česká sbírka mikroorganismů, PřF MU, Brno 2 Fakultní nemocnice Brno 3 BCCM/LMG Bacteria Collection, University Gent, Belgie
Mléčné bakterie charakteristika heterogenní skupina Gram-pozitivní, kataláza-negativní koky, tyčky, vlákna anaerobní, mikroaerofilní nebo aerotolerantní kys. mléčná hlavní produkt fermentace taxonomicky velmi bohatá skupina Lactobacillus, Lactococcus, Leuconostoc, Pediococcus, Streptococcus, Carnobacterium, Enterococcus, Bifidobacterium,
Mléčné bakterie fylogenetická pozice vysoké G+C Atopobium Bifidobacterium Corynebacterium Leuconostoc, Lactobacillus nízké G+C Lactobacillus, Pediococcus Streptococcus Lactococcus Enterococcus S. aureus B. subtilis Propionibacterium 10 % E. coli (Schleifer a Ludwig, The Genera of Lactic Acid Bacteria, 1999)
Mléčné bakterie charakteristika heterogenní skupina Gram-pozitivní, kataláza-negativní koky, tyčky, vlákna anaerobní, mikroaerofilní nebo aerotolerantní kys. mléčná hlavní produkt fermentace taxonomicky velmi bohatá skupina Lactobacillus, Lactococcus, Leuconostoc, Pediococcus, Streptococcus, Carnobacterium, Enterococcus, Bifidobacterium,
Mléčné bakterie význam Pozitivní: přirozená mikroflóra -živé organismy - prostředí součást potravin probiotika Negativní: znehodnocení potravin klinický význam
Mléčné bakterie výskyt vhemokulturách obecně oportunně patogenní, nízká virulence imunosuprese, dlouhodobá hospitalizace, chirurgické zákroky, dlouhodobé užívání ATB, sekundárně při jiných vážných infekcích smíšené infekce často kontaminanty Lactobacillus, Leuconostoc, Lactococcus, Weissella
Analyzované kmeny 25 kmenů FN Brno 1999 2003 automatický systém BacTAlert pozitivní růst na MRS agaru, Gram-pozitivní, kataláza-negativní
Zdroj izolace Kmen č. Věk/pohlaví Základní diagnóza Komplikace R-23737 R-23738 37/F persistující astma kortikoidy R-23739 R-23740 3m/M R-23744 po resekci, sy krátkého střeva port, parenter.výživa R-23741 kapsle jogurt R-23742 49/F adenoca ovaria chemoterapie, mukositida R-23745 12/M ependymom chemoterapie, neutropenie R-23752 55/M polytrauma řízená ventilace R-23755 25/F Ne-Hodgkin. folikul. lymfom chemoterapie, febrilní neutropenie R-23756 18/M polytrauma x R-23757 92/F diabetes mell II.st. bradyfibrilace, řízená ventilace R-23761 4/M bronchopneumonie x R-23762 67/M maligní lymfoproliferace hepatosplenomegalie R-23849 2,5/M 13 % popálenin x R-23850 49/M 30 % popálenin plicní ventilace R-24487 18/M 50 % popálenin hemoperitoneum R-24488 6m/F sy krátkého střeva parenterální výživa, ileus R-24489 4/M neuroblastom peritonea chemoterapie, jejunostomie
Identifikace -biotypizace API 50CH konvenční testy (15 a45 C, GLG, NH 3,dextran) vyhodnocení programem BACTSELECT v. 8.0
Identifikace (GTG) 5 -PCR rep-pcr (repetitive elements) primer (GTG) 5 (5 -GTGGTGGTGGTGGTG-3 ) DNA -> PCR -> ELFO -> shluková analýza jednoduchá, rychlá, druhově až kmenově specifická
Identifikace (GTG) 5 -PCR 20 40 60 80 100 %. R-23737. R-23738. LMG 6907T Lactobacillus plantarum. LMG 13087T Lact. paracasei ssp. paracasei. LMG 6902T Lactobacillus fermentum. R-23757. LMG 9477T Lact. salivarius ssp. salivarius. R-23762. R-24487. 106.4 Leuconostoc citreum. LMG 17302T Lact. sakei ssp. carnosus. R-23745. LMG 11482T Leu. pseudomesenteroides. R-23752. R-24488. LMG 8894T Leuconostoc lactis. R-23849. R-23850. R-23761. LMG 6893T Leu. mesenteroides ssp. mesenteroides. R-23755. LMG 9198T Lactobacillus curvatus. R-23756. R-23741. R-23744. R-23740. R-23739. R-23742. LMG 6400T Lactobacillus rhamnosus. LMG 9497T Weissella confusa. R-24489
Identifikace celkové buněčné proteiny analýza celkových buněčných proteinů metodou SDS-PAGE buněčný extrakt -> SDS-PAGE -> shluková analýza druhově specifická
Identifikace celkové buněčné proteiny
Výsledky identifikace Kmen č. API50 + konv. testy REP-PCR SDS-PAGE 23737 Lactobacillus plantarum Lactobacillus plantarum NT 23738 Lactobacillus plantarum Lactobacillus plantarum NT 23739 Lactobacillus rhamnosus Lactobacillus rhamnosus NT 23740 Lactobacillus rhamnosus Lactobacillus rhamnosus NT 23742 Lactobacillus rhamnosus Lactobacillus rhamnosus NT 23741 Lactobacillus rhamnosus Lactobacillus rhamnosus NT 23744 Lactobacillus rhamnosus Lactobacillus rhamnosus NT 23745 Lactobacillus sp. Lactobacillus sakei ssp. carnosus Lactobacillus sakei ssp. carnosus 23752 Leuconostoc lactis Leuconostoc lactis NT 23755 Leuconostoc sp. NI Leu. pseudomesenteroides 23756 Lactobacillus sp. Lactobacillus curvatus Lactobacillus curvatus 23757 Lcb. fermentum Lactobacillus fermentum Lactobacillus fermentum 23761 Leu. mesenteroides ssp. mesenteroides Leu. mesenteroides ssp. mesenteroides NT 23762 Lcb. salivarius ssp. salivarius Lcb. salivarius ssp. salivarius Lcb. salivarius ssp. salivarius 23849 Lcb. paracas ssp. paracasei Lcb. paracas ssp. paracasei NT 23850 Leu. mesenteroides ssp. mesenteroides Leu. mesenteroides ssp. mesenteroides Leu. mesenteroides ssp. mesenteroides 24487 Leuconostoc sp. Leuconostoc citreum Leuconostoc citreum 24488 Leuconostoc lactis Leuconostoc lactis NT 24489 Lactobacillus sp. Weissella confusa NT
Výsledky identifikace Lactobacillus rhamnosus 5 Lactobacillus plantarum 2 Lactobacillus paracasei ssp. paracasei 1 Lactobacillus salivarius ssp. salivarius 1 Lactobacillus curvatus 1 Lactobacillus fermentum 1 Lactobacillus sakei ssp. carnosus 1 Leuconostoc lactis 2 Leuconostoc mesenteroides ssp. mesenteroides 2 Leuconostoc pseudomesenteroides 1 Leuconostoc citreum 1 Weissella confusa 1
Závěr biotypizace -neidentifikováno: Lac. sakei ssp. carnosus Lac. curvatus Leu. pseudomesenteroides Leu. citreum Weissella confusa (<- Lactobacillus sp.) (GTG) 5 -PCR asds-page vhodné pro LAB velká druhová variabilita ve studované skupině
DĚKUJI VÁM ZA POZORNOST Pavel Švec Česká sbírka mikroorganismů, PřF MU Tvrdého 14 602 00 Brno mpavel@sci.muni.cz