Manuál pro odběr primárních vzorků

Transkript

1 vyvětlivky: = 15 až 30 C t. = 4 až 8 C 1. Zažívací ústrojí Oddělení klinické mikrobiologie NNB, tel Manuál pro odběr primárních vzorků uskladnění v chladničce prosím vyznačte na žádance! 1/8 Manuál je příloha Laboratorní příručky OKM - aktuální verze na intranetu a webu NNB Pozn.: Pro bakteriologii platí: čím kratší doba od odběru do zpracování vzorku, tím větší výtěžnost vyšetření i když nedodržení optimálního intervalu od odběru do dodání do není důvodem k odmítnutí vzorku. Pozn.: - lze provést pouze během běžné pracovní doby, max. doba je doba od příjmu materiálu. Pozn.: mikroskopie - hodnotit lze pouze během pracovní doby VŠ - mikrobiologa klasická aerobní určení sérotypu E.coli střevní patogeny včetně kampylobaktera, detekce enteropatogeních E.coli u dětí do 5 let průkaz enteropatogenních E.coli tampon v transportní půdě nebo část stolice tampon v transportní půdě nebo část stolice stolice žluč Campylobacter - selektivní Helicobacter pylori průkaz antigenu část stolice do 3 dnů Clostridium difficile Vibrio cholerae - selektivní klasická aerobní klasická aerobní + anaerobní průkaz antigenu+toxinu A/B aerobních aerobních bakterií + kvasinek + anaerobů tampon v transportní půdě z OKM část stolice do APV (alkalická peptonová voda - k vyzvednutí na OKM) do 2 hodin do 48 hodin žluč ve zkumavce výtěr na tamponu do 2 hodin tampon v transportní půdě punktát v inj. stříkačce s kombi zátkou 4 dny mikroskopický preparát nátěr na sklíčku 3 dny biopsie žaludeční sliznice průkaz Helicobacter pylori mikroskopický průkaz bioptický materiál v 20% roztoku glukózy (z OKM)

2 Oddělení klinické mikrobiologie NNB, tel /8 2. RESPIRAČNÍ TRAKT výtěr z nosu, tonsil, ucha, dutiny ústní, bronchů výtěr nebo výplach z nosohltanu sputum,aspirát, BAL, hrudní punktát, tekutý materiál z DCD respirační materiál na TBC klasická aerobní Bordetella pertussis - selektivní Bordetella pertussis - PCR klasická aerobní CAP- původci komunitních pneumonií - PCR viz kapitola 14. kultivačně respirační patogeny a kvasinky mikroskopie kultivačně respirační patogeny a kvasinky Streptococcus pneumoniae, Legionella pneumophila, Mycoplasma pneumoniae, Chlamydophila pneumoniae, Haemophilus influenzae, Haemophilus influenzae typ b, Moraxella catarrhalis, Bordetella pertussis, Bord. parapertussis tampon do 2 hodin tampon v transportní půdě tampon na drátu v transportní půdě sterilní kontejner sterilní sputovka, injekční stříkačka, materiál na tamponu (bílý, dacronový, nasucho) do 2 hodin kultivační plotny z OKM (po domluvě!) tampon na drátu nasucho nebo tekutina z výplachu do 3 dnů 3. UCHO výtěr ze zevního zvukovodu aerobních tampon v transportní půdě tampon do 2 hodin punktát ze středního ucha + anaerobní aerobních aerobních + záchyt anaerobů tampon v transportní půdě tampon, tekutina ve zkumavce do 2 hodin punktát v inj. stříkačce s kombi zátkou 4 dny

3 4.OKO Oddělení klinické mikrobiologie NNB, tel /8 výtěr ze spojivkového vaku výtěr z rohovkového vředu průkaz DNA tampon v transportní půdě tampon do 2 hodin razantní výtěr s abrazí epiteliálních buněk odběrová souprava z OKM tampon v transportní půdě tampon do 2 hodin materiál z nitroočního prostoru + anaerobní aerobních aerobních + záchyt anaerobů punktát ve zkumavce do 2 hodin punktát v inj. stříkačce s kombi zátkou 4 dny 5. Močové ústrojí moč + vyšetření močového sedimentu (automaticky u pacientů s uvedenou ATB terapií) cílená na kvasinky kvantitativní na patogeny močových cest selektivní kvasinek a vláknitých hub semikvantitativní na patogeny močových cest URICULT 24 hodin či termost. 37 C Streptococcus pneumoniae - ag imunochromatografický průkaz moč 5 ml Legionella pneumophila - ag antigenu moč 5 ml kvantitativní na patogeny močových cest + mikroskopie močového sedimentu + po pomnožení v živném médiu stanovení PCR moč do sterilní zkumavky: - první porce při infekci močové trubice - střední proud moči u susp. cystitidy, infekce ledvin - konečný proud moči při prostatitidě moč první porce po mikční pauze do 2 hodin nelze-li jinak (vyznačte!) 7 dní

4 6. Pohlavní ústrojí - žena Oddělení klinické mikrobiologie NNB, tel /8 OKM_LP_PRIL_1 (verze 102/2014) výtěr z pochvy mikroskopie 1 sklo - preparát barvení GRAM 2 skla - stanovení MOP poševní sekret zachycený na sterilní tampon a valivým pohybem nanesený na sklo do 48 hodin běžné patogeny urogenitálu + záchyt růstově náročných mikr. tampon v transportní půdě výtěr z pochvy, uretry, cervixu vaginorektální výtěr IUD tekutina z adnex, punkce Bartholinské žlázy na GO PCR - Neisseria gonorrhoeae PCR - Mycoplasma genitalium PCR - HPV na trichomonády průkaz urogenitálních mykoplasmat GBS (screening Group B Streptococci) GBS (screening Group B Streptococci) kultivační vyšetření nitroděložního tělíska + anaeroby PCR - Neisseria gonorrhoeae PCR - Mycoplasma genitalium selektivní Neisseria gonorrhoeae stanovení PCR - možno z 1 odběru HPV selektivní Trichomonas vaginalis Mycoplasma hominis a Ureaplasma urealyticum selektivní kult. streptokoka sk. B selektivní kult. streptokoka sk. B běžné patogeny urogenitálu + růstově náročné + actinomycety mikroskopie, zaměřená na běžné patogeny urogenitálu + záchyt růstově náročných mikr. mikroskopie, kult. zaměřená na běžné patogeny urogenitálu + růstově náročné a anaer.mikr. stanovení PCR - možno z 1 odběru tampon v transportní půdě do 2 hodin inokulace na půdy z OKM sterilní tampón bílý nevatový (syntetický, např. Dacron) stěr z cervixu - nevatový tampon nebo kartáček (abraze buněk) 7 dní 14 dní výtěr z pochvy do speciální tekuté půdy z OKM do 12 hodin 5 dnů do speciální tekuté transportní tampon tampon do 8 hodin do 2 hodin do 2 hodin půdy z OKM tampon v transportní půdě tampon v transportní půdě do 48 hodin sterilní kontejner sterilní zkumavka do 2 hodin stříkačka s KOMBI zátkou (vytlačit vzduch!) sterilní tampón bílý nevatový (syntetický, např. Dacron) na sucho - k vyzvednutí na OKM nelze-li - 4 dny 10 dnů 7 dnů -

5 7. Pohlavní ústrojí - muž Oddělení klinické mikrobiologie NNB, tel /8 nátěr na sklíčku mikroskopie preparát - barvení GRAM výtěr nebo sekret na sterilním tamponu - valivým pohybem nanesený na sklo do 48 hodin běžné patogeny urogenitálu + záchyt růstově náročných mikr. tampon v transportní půdě výtěr z uretry, prostatický sekret na GO PCR - Neisseria gonorrhoeae PCR - Mycoplasma genitalium selektivní Neisseria gonorrhoeae stanovení PCR - možno z 1 odběru tampon v transportní půdě do 2 hodin inokulace na půdy z OKM sterilní tampón bílý nevatový (syntetický, např. Dacron) na sucho - k vyzvednutí na OKM 7 dní PCR - HPV HPV stěr nevatový tamponem (abraze buněk) 14 dní na trichomonády průkaz urogenitálních mykoplasmat selektivní Trichomonas vaginalis Mycoplasma hominis a Ureaplasma urealyticum výtěr z uretry do speciální tekuté půdy z OKM do speciální tekuté transportní půdy z OKM do 12 hodin 3 dny do 8 hodin do 48 hodin 8. HNIS, OBSAH PATOLOGICKÝCH DUTIN, TKÁŇ hnis, tekutina, tkáň klasická aerobní klasická aerobní + anaeroby aktinomycety aerobních aerobních + záchyt anaerobů selektivní na aktinomycety punktát abscesu nebo patologické dutiny ve zkumavce, část tkáně, optimální objem vzorku 1 cm 3 punktát abscesu nebo patologické dutiny v injekční stříkačce s kombi zátkou (optimální objem vzorku 1 cm 3 ), část tkáně, hnis na tamponu v transportní půdě! max do 24 h! max do 24 h 4 dny 10 dnů kožní biopsie PCR - Borrelia sp. průkaz DNA část tkáně

6 Oddělení klinické mikrobiologie NNB, tel /8 po odběru dodat do 9. STĚRY Z KŮŽE, SLIZNIC A RAN stěr kultivační bakteriologické vyšetření tampon v transportní půdě tampon do 2 hodin otisk na sklíčku mikroskopický průkaz klostridií otisk na podložní sklíčko (rána, stehno, rectum) 10. CNS mikroskopie + standardní mikrobiologická preparát - barvení Gram kultivační vyšetření bakterií a kvasinek mozkomíšní mok ve zkumavce nebo inj. stříkačce pokud možno, nechladit () () mozkomíšní mok vyšetření v automatickém systému BACTEC Streptococcus pneumoniae - antigen BACTEC signalizuje pozitivní nárůst - v tom případě vyšetření pokračuje na OKM (mikroskopie, ) nesignalizující lahvička je po 5 dnech vyřazena jako negativní odběr do nádobky BACTEC (nejlépe typu PEDS) odeslat na infekční kliniku (4.patro) k založení do přístroje () () imunochromatografický průkaz mok 1 ml PCR - Borrelia sp. průkaz DNA mok 1 ml 11. KREV hemokultura vyšetření v automatickém systému BACTEC BACTEC signalizuje pozitivní nárůst - v tom případě vyšetření pokračuje na OKM (mikroskopie, ) nesignalizující lahvička je po 5 dnech vyřazena jako negativní odběr viz Standard NNB O22 "Hemokultury BACTEC" krví inokulovat 2ks BACTEC nádobek z OKM: AE (8-10ml) + LYTIC (8-10ml) event. PEDS (1-2ml) odeslat na infekční kliniku (4.patro) k založení do přístroje, při signalizaci pozitivity odtud přebírá OKM na žádanku uvést lokalizaci odběru (perif. x centrál.) POZIT: do 1 hod do 2.dne NEG: do 5 dnů

7 Oddělení klinické mikrobiologie NNB, tel /8 12. CIZORODÉ MATERIÁLY cévní katetr chirurgický drén drén z CNS kloubní náhrady 13. PRIMÁRNĚ STERILNÍ TĚLESNÉ TEKUTINY po sonifikaci náhrady odstřihnout cca 5 cm z koncové části, dodat ve zkumavce nasucho odběr nutno avizovat laboratoři a vyzvednout si předem odběrovou nádobu! 3 dny nutno 13:00 8 dnů pleurální tek. peritoneální tek. ascites perikardiální tek. kloubní tek. tek.z Douglasova p. peritoneální dialyzát + anaerobní vyšetření v automatickém systému BACTEC mikroskopie, mikroskopie, + záchyt anaerobů pozitivní BACTEC signalizuje negativní je vyřazen po 5 dnech punkce 1-5 ml (peritoneální dialyzát 5 ml) ve zkumavce punkce 1-5 ml (peritoneální dialyzát 5 ml) v inj. stříkačce s kombi zátkou inokulovat BACTEC nádobky z OKM, nejlépe LYTIC (perikard-, déle-chlad.) 4 dny () () synoviální tekutina PCR - Borrelia sp. průkaz DNA tekutina ve zkumavce 14. VYŠETŘENÍ NA TBC sputum, punktát, mikroskopie - fluorescence a Ziehl Neelsen kontejner (sputovka s ostatní tekuté klasická 3-9 týdnů červeným uzávěrem) popřípadě chladit materiály zrychlená MGIT - nelze z krve a z moče 1-42 dnů moč klasická (MGIT nelze) sterilní zkumavka 3-9 týdnů popřípadě chladit stěry a laryngeální výtěr jakýkoli materiál zrychlená MGIT PCR - průkaz DNA PCR - sonda pro komplex M.tuberculosis (M.tuberculosis, M.bovis, M.BCG, M.microti, M.africanum, M. pinnipedii ) sterilní tampón na drátě nebo plastu, ne na dřevě, ne s aktivním uhlím lze provést z jednoho odběru zároveň s kultivací odeslat na infekční kliniku (4.patro) k založení do přístroje popřípadě chladit 3-9 týdnů 1-42 dnů 1-4 dny

8 Oddělení klinické mikrobiologie NNB, tel /8 15. SEROLOGIE Pozn. ASLO Brucelóza Borelióza Helicobacter pylori 2 hodiny Legionella sp. protilátky mikroaglutinací Listerióza protilátky proti L.monocytogenes a L.ivanovii - srážlivá krev 5 ml Luetické testy TPPA + RPR (stačí na 3 vyšetření) RPR 1 hod. PCT prokalcitonin kvantitativně (metoda ELFA, MiniVIDAS) do 72 hodin - specifické protil. proti Bordetella pertussis a B.parapertussis) Pertuse, parapertuse IgG, IgM, IgA (ELISA) u pozitivních konfirmace westernblotem 3-14 dnů Revmatoidní faktor semikvantitativní latexaglutinační test 1-7 dnů Tetanus protilátky proti toxoidu (postvakcinační protilátky) Toxoplasmóza celk. proti. (KFR), IgG, IgM, IgA, IgE (ELISA) 3-14 dnů Tularémie celk. protilátky (aglutinace) TBC celk. protilátky (imunochromatografický průkaz) QuantiFERON-TB Widalova reakce (protilátky proti salmonelám) Yersinia sp. Candida sp. Aspergillus sp. Cryptococcus sp. protilátky proti streptolyzinu O protilátky proti B.abortus, B.suis, B.melitensis (aglutinace) protilátky třídy IgG a IgM proti Borrelia burgdorferi s.lato (ELISA) u pozitivních konfirmace westernblotem protilátky proti H. pylori metodou westernblotu VCA Ig, VCA/EA IgG, EBNA IgG - specifické protilátky Infekční mononukleosa IM test vyš. heterofilních protilátek (imunochromatografický průkaz) test buněčné imunity TBC, diagnóza latentní TBC základní panel rozšířený panel (návrat ze zahraničí) Vi antigen (susp. na tyfus) celkové protilátky proti Y.enterocolitica O3, O9, Y.pseudotuberculosis (aglutinace) antigen (ELISA) protilátky (hemaglutinace) antigen (ELISA) protilátky (hemaglutinace) antigen (ICHR) - zajistíme vyšetření ve FN MOTOL protilátky (aglutinace) Doba je modifikována tím, že některých vyšetření čekáme na daný počet vzorků. Pro upřesnění informace doporučujeme tel.kontakt lze provést pouze během pracovní doby! 3 speciální odběrovky z OKM, po odběru protřepat srážlivá krev 5 ml, event. CSF (stačí na 3 vyšetření) 3-14 dnů 3-21 dnů do 18 hodin - do 72 hodin - 2 hodiny 7 dnů