Identifikace stafylokoků pomocí komerčních souprav STAPHYtest 24 a API Staph

Transkript

1 Identifikace stafylokoků pomocí komerčních souprav STAPHYtest 24 a API Staph Ivo Sedláček 1, Petr Petráš 2, Eva Plíšková 3, Tereza Škapová 4, Jana Jančová 4, Petr Ježek 5 1 Česká sbírka mikroorganismů, PřF MU, Brno 2 NRL pro stafylokoky, SZÚ, Praha 3 Laboratoř IFCOR-99, Brno 4 Oddělení mikrobiologie, imunologie a parazitologie, ZÚ Ostrava 5 Oblastní nemocnice, Příbram

2 Stafylokoky -kůže, kožní žlázy, sliznice (savci, ptáci, potraviny, prostředí) 1975 první druhová expanze 90-tá léta druhá vlna 2008 více než 5 desítek taxonů S. epidermidis CCM 2124 Identifikace: fenotypizace x molekulárně genetické metody

3 Biotypizace stafylokoků brněnská historie Komerční soupravy mikrotestů J standardnost; dostupnost; produktivita L opožděné, slabé reakce; databáze STAPHYtest (1986) STAPHYtest 16 STAPHYtest 24 (2007)

4 Metodika G+, kataláza + bakterie komerční soupravy (4 pracoviště) konvenční testy (SZÚ) STAPHYtest 24 X API Staph Zpracování: 40 referenčních kultur (CCM: SAU, SSA, SEP, SHA, SSI, SWA, SHH, SHN, SXY, SLU, SCH, SSC, SLE, SCA) 155 klinických izolátů (presumptivní Staphylococcus spp.) IFCOR-99, Brno ZÚ Ostrava Nemocnice Příbram -souprava a nařízené testy -neúspěšná identifikace = dodatkové testy Individuální přístup k nejasným, problémovým či atypickým identifikacím nebyl na dané výsledky aplikován!

5 Identifikace STAPHYtest 24 X API Staph Referenční kultury: -zpracování v CCM -vyhodnocení v CCM Klinické izoláty: -zpracování v místě izolace - vyhodnocení v CCM TNW v. 6.5 versus apiweb - problémové izoláty zaslány do NRL ke konvenční fenotypové identifikaci -tato identifikace = správná identifikace

6 Identifikace referenčních kultur stafylokoků

7 Identifikace referenčních kultur 13 nejčastějších druhů -úspěšnější, než u klinických izolátů STAPHYtest 24: žádná chybná identifikace 5 kmenů vyžadovalo dodatkové testy API Staph: 19 kmenů vyžadovalo dodatkové testy -3 kultury zůstaly neidentifikovány (SHO: CCM 3474, SHN: CCM 4748, CCM 4786) - 2 kultury mylně identifikovány: SHO místo SXY CCM 4580; SSA místo SHN CCM 4747

8 Identifikace klinických izolátů stafylokoků

9 Identifikace klinických izolátů Klinické izoláty běžné druhy: S.aureus ssp. aureus (19) S. epidermidis (26) S.haemolyticus (20) S. sapr. ssp. saprophyticus (16) S. hominis ssp. hominis (15) - méně časté druhy: S. simulans (9) S. warneri (7) S. xylosus (10) S. sciuri (5) S. intermedius (5) S. lugdunensis (4) S. capitis ssp. capitis (3) S. capitis ssp. urealyticum (4) S. lentus (3) Vzácně identifikovány: S. hominis ssp. novobiosepticus, S. auricularis, S. arlettae, S. piscifermentans, S. schleiferi ssp. schleiferi, S. cohnii ssp. ureolyticus, M. luteus Staphylococcus sp. (2)

10 Úspěšnost identifikace STAPHYtest 24: 160 kmenů (82 %) do druhu/poddruhu 27 kmenů (14 %) do rodu 8 kmenů (4 %) chybně/neidentifikováno 18 % chyba Testy dle TNW : 183 kmenů (94 %) do druhu/poddruhu 6 kmenů (3 %) do rodu 6 kmenů (3 %) chybně identifikováno 6 % chyba API Staph: 103 kmenů (53 %) do druhu 71 kmenů (36 %) do rodu 21 kmenů (11 %) chybně/neidentifikováno 47 % chyba Testy dle apiweb : 163 kmenů (84 %) do druhu/poddruhu 2 kmeny (1 %) do rodu 30 kmenů (15 %) chybně identifikováno 16 % chyba

11 Chybné identifikace stafylokoků Správný Chybná identifikace v: výsledek STAPHYtest 24 STAPHYtest 24 + dodatkové testy API Staph API Staph + dodatkové testy S. hominis ssp. hominis NI NI S. hominis ssp. hominis S. lugdunensis S. hominis ssp. hominis S. sciuri S. sciuri S. hominis ssp. hominis NI NI S. hominis ssp. hominis S. lugdunensis S. hominis ssp. novobiosepticus S. saprophyticus S. hominis ssp. novobiosepticus NI S. hominis ssp. novobiosepticus NI S. hominis ssp. novobiosepticus S. epidermidis / S. hominis S. saprophyticus ssp. saprophyticus NI S. saprophyticus ssp. saprophyticus NI S. saprophyticus ssp. saprophyticus S. warneri S. warneri S. saprophyticus ssp. saprophyticus S. hominis / S. warneri S. saprophyticus ssp. saprophyticus S. xylosus S. intermedius S. aureus S. intermedius S. aureus / S. hominis S. intermedius S. simulans S. intermedius S. hyicus S. xylosus S. xylosus S. intermedius S. xylosus S. xylosus S. epidermidis S. capitis ssp. ureolyticus S. epidermidis S. sciuri S. sciuri S. epidermidis S. aureus S. aureus S. haemolyticus S. epidermidis S. hominis S. capitis ssp. capitis S. auricularis S. capitis ssp. ureolyticus S. haemolyticus S. xylosus S. hominis S. xylosus NI NI S. lentus S. sciuri NI NI S. sciuri S. xylosus S. xylosus S. lentus NI NI S. arlettae S. cohnii ssp. cohnii S. xylosus S. cohnii ssp. urealyticum NI NI S. lugdunensis S. lentus S. lentus S. auricularis Kocuria varians S. capitis S. capitis S. piscifermentans S. simulans S. simulans Micrococcus luteus NI NI Staphylococcus sp. NI NI S. lugdunensis NI Staphylococcus sp. Aerococcusviridans NI S. lentus

12 Problematika identifikace Patogeny (SAU, SEPI, SHA) obě soupravy správně API Staph: -problém s biochemickou identifikací S. saprophyticus, S. intermedius a S. hominis (SHO, SHN) - nepřesná identifikace Nov R kmenů STAPHYtest 24: - ojediněle nepřesná identifikace

13 Klady a zápory souprav STAPHYtest 24: J J J J -bezčinidlová souprava (rychlost, překápnutí ) -hodnocení dle TNW je lepší a uživatelsky příjemnější, validní taxony -úspěšná poddruhová identifikace -ARG, URE jsou citlivější než v API Staph L -problematické odečítání fosfatázy L - potíže s cukernými testy (nevhodný indikátor) API Staph: J -výborné odečítání cukerných testů L -databáze apiweb je strohá a neaktuální, není poddruhová identifikace L - těžko dostupné dodatkové testy (turanóza, citlivost ke kolistinu) L -dodatkové testy vícečetné (zabránění falešným identifikacím)

14 Identifikace stafylokoků mikrotesty STAPHYtest 24 je: - vhodný pro spolehlivou a rychlou identifikaci stafylokoků - hodnocení dat je uživatelsky příjemné a variabilní - dává lepší výsledky identifikace než API Staph

15 Děkuji za pozornost