Využití DNA sekvencování v
|
|
- Jan Bláha
- před 7 lety
- Počet zobrazení:
Transkript
1 Využití DNA sekvencování v taxonomii prokaryot Mgr. Pavla Holochová, doc. RNDr. Ivo Sedláček, CSc. Česká sbírka mikroorganismů Ústav experimentální biologie Přírodovědecká fakulta Masarykova univerzita, Brno
2 Molekulárně-biologické metody v taxonomii prokaryot analýza genotypu - DNA, RNA, proteinů DNA: RFLP, PFGE, DNA-DNA hybridizace PCR metody, ribotypizace, DNA sekvencování SEKVENCOVÁNÍ EKVENCOVÁNÍ přímá metoda pro detekci sekvenčních polymorfismů nejvyšší rozlišovací schopnost sledování evolučního vývoje organismů tvorba fylogenetických stromů
3 DNA sekvencování využití geneticky stabilních genů (housekeeping gene) - nepodléhají přestavbám (delece, inzerce, inverze) - nízká pravděpodobnost bodových mutací v průběhu času Geny vhodné pro sekvencování: 16S rrna 23S rrna gen pro elongační faktor Tu geny pro RNA polymerázu (rpod, rpob) reca hsp60 gyrb
4 Konstrukce fylogenetického stromu PCR amlpifikace sekvence sekvence uloženy v databázích: GenBank, Ridom databáze, cpn60 databáze,... srovnání sekvencí počítačovými programy: srovnání sekvencí počítačovými programy: ClustalW, PHYLIP, MEGA4, MUSCLE konstrukce dendogramu - neighbor-joining (Saitou a Nei, 1987), - maximum likelihood (Felsenstein, 1981) - minimum evolution - ověření správnosti větví bootstrap analýza evoluční vzdálenost vyjádřena procentem podobnosti výsledky nutno potvrdit dalšími metodami polyfázový přístup
5 NEVÝHODY DNA SEKVENCOVÁNÍ nekvalitní, chybné sekvence problém databází řešení: kontrola sekvencí, využití specializovaných databází chyby při tvorbě fylogenetických stromů řešení: konstrukce více typů stromů srovnání výsledků finanční náročnost
6 Rod Aeromonas gram-negativní tyčky, fakultativně anaerobní a chemoorganotrofní 16 validně popsaných druhů výskyt ve vodách, infekce studenokrevných živočichů, průjmovitá onemocnění u lidí řazení některých druhů do komplexů (A. caviae, sobria, hydrophila) 16S rrna - nízká rozlišovací schopnost další geny: gyrb, rpod, cpn60 (hsp60/groel) Phylogenetic analysis and identification of Aeromonas species based on sequencing of the cpn60 universal target. David Miñana-Galbis, Aintzane Urbizu-Serrano, Maribel Farfán, M. Carmen Fusté and J. Gaspar Loren. Int J Syst Evol Microbiol (2009)
7 Sekvencování u rodu Aeromonas: cpn60 zpracováno 47 kmenů rodu Aeromonas sekvence dostupné v databázi chaperoninů cpndb ( sekvenace firmou Eurofins MWG Operon, Německo počítačové programy: ClustalW, MEGA4 fylogenetický strom neighbor-joining ověření správnosti větví bootstrap analýza příslušnost k druhu: 3,5 % příslušnost k rodu: 3,7-16,9 %
8 A. caviae komplex druhy: encheleia eucrenophila media caviae zdroj: říční voda / krasová voda / klinický materiál Výsledek: 3 potvrzení druhu 5 zařazení do druhu v komplexu A. caviae 2 zařazení do jiného druhu
9 A. hydrophila komplex druhy: hydrophila popoffii bestiarum salmonicida poddruhy A. hydrophila: hydrophila ranae dhakensis zdroj: říční voda / krasová voda / klinický materiál Výsledek: 8 potvrzení druhu a upřesnění poddruhu 4 zařazení do druhu v komplexu A. hydrophila 2 zařazení do jiného druhu identifikace A. hydrophila subsp. dhakensis (P1097) z klinického materiálu
10 A. salmonicida poddruhy A. salmonicida: pectinolytica achromogenes salmonicida masoucida smithia nelze odlišit zdroj: říční voda / krasová voda / izoláty z ryb Výsledek: 9 potvrzení druhu 2 zařazení do jiného druhu
11 A. sobria komplex druhy: sobria jandaei veronii biovar Sobria veronii biovar Veronii enterpelogenes shubertii zdroj: říční voda / krasová voda / izoláty z ryb / klinický materiál Výsledek: 3 potvrzení druhu 3 zařazení do druhu v komplexu A. sobria 4 zařazení do jiného druhu - druh A. diversa - CCM 7325 (klinický materiál) - nový druh CCM 7641 (krasová voda)
12 Vyhodnocení výsledků 47 kmenů: 23 vzorků - potvrzení druhu a upřesnění poddruhu (49 %) 12 vzorků - zařazení do druhu v rámci v komplexu (26 %) 10 vzorků - zařazení do jiného druhu (21 %) 2 kmeny potvrzení nových druhů
13 Závěr pro taxonomii rodu Aeromonas - sekvence genu cpn60 vhodnější než sekvence 16S rrna vysoká rozlišovací schopnost potvrzení zařazení kmenů do druhu identifikace druhu uvnitř komplexu identifikace poddruhů aplikovatelnost na kmeny klinické i kmeny z prostředí odlišení nových druhů
14 Děkuji za pozornost
Polyfázová identifikace kmenů Aeromonas encheleia
Polyfázová identifikace kmenů Aeromonas encheleia D. Nováková, A. Vávrová, P. Švec a I. Sedláček Česká sbírka mikroorganismů Charakterizace aeromonád G-, pohyblivé tyčky, kokotyčky, čeleď Aeromonadaceae
VíceTypizace komplexu Aeromonas caviae
Typizace komplexu Aeromonas caviae Ivo Sedláček *, Dana Nováková, Pavel Švec Česká sbírka mikroorganismů Přírodovědecká fakulta MU Tvrdého 14, 602 00 Brno VZ: MSM 0021622416 * ivo@sci.muni.cz Aeromonády
VíceHmotn mot o n s o t s n t í n sp sp kt k r t ometr t ie
MALDI-TOF MS typizace rodu Aeromonas Andrea Teshim (Vávrová) 1,2 PřF MU, Brno Spoluautoři: RNDr. Ludmila Tvrzová, Ph.D. 1 RNDr. Ivo Sedláček, CSc. 2 RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. 3 Mgr. Ondrej Šedo, Ph.D.
VíceL. acidophilus_(psmm _ TIDE):
L. acidophilus_(psmm _ TIDE): 2010-04-06 Ivo Sedláček a Pavel Švec Česká sbírka mikroorganismů Přírodovědecká fakulta MU Tvrdého 14, 602 00 Brno Projekt FI-IM5/205 problematika taxonomie Polyfázová taxonomie
VíceIvo Sedláček Brno
Ivo Sedláček 11. 12. 2008 Brno Mikroorganizmy - rezervoár mikrobiálních genetických zdrojů - všudypřítomné ve většině prostředí -zajištění stability a funkce přírodních ekosystémů - producenti látek -farmaceutický,
VíceIdentifikace stafylokoků prostřednictvím sekvenování konzervativních genů
Identifikace stafylokoků prostřednictvím sekvenování konzervativních genů Roman Pantůček, Pavel Švec, Ivo Sedláček Přírodovědecká fakulta Masarykovy univerzity Ústav experimentální biologie M A SA RYKOVA
VíceL. acidophilus_(psmm _ TIDE): 2010-04-06
_(PSMM _ TIDE): 2010-04-06 Ivo Sedláček a Pavel Švec Česká sbírka mikroorganismů Přírodovědecká fakulta MU Tvrdého 14, 602 00 Brno Projekt FI-IM5/205 problematika taxonomie Polyfázová taxonomie - taxonomie
VíceMALDI-TOF MS typizace rodu Aeromonas Andrea Teshim 1,4
MALDI-TOF MS typizace rodu Aeromonas Andrea Teshim 1,4 Spoluautoři: RNDr. Ludmila Tvrzová, Ph.D. 1 RNDr. Ivo Sedláček, CSc. 4 Mgr. Ondrej Šedo, Ph.D. 2 RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. 2 Ing. Matej Lexa, Ph.D.
VícePSMM _ TIDE
PSMM _ TIDE 2010-02-19 Ivo Sedláček Česká sbírka mikroorganismů Přírodovědecká fakulta MU Tvrdého 14, 602 00 Brno mikrobiální biosféra není statická dorozumívací jazyk Prokaryota mohou, a také to dělají,
VíceMolekulárně biologické metody princip, popis, výstupy
& Molekulárně biologické metody princip, popis, výstupy Klára Labská Evropský program pro mikrobiologii ve veřejném zdravotnictví (EUPHEM), ECDC, Stockholm NRL pro herpetické viry,centrum epidemiologie
VíceZubní kaz v časném dětství a mikrobiální flóra. I. Sedláček, L. Žáčková, M. Kukletová, L. Klapušová, J. Kuklová, D. Nováková, P.
Zubní kaz v časném dětství a mikrobiální flóra projekt 1M0021622409 I. Sedláček, L. Žáčková, M. Kukletová, L. Klapušová, J. Kuklová, D. Nováková, P. Švec Bakteriální mikroflóra zubů průkaz druhové diverzity
VíceVyužití rep-pcr v bakteriální taxonomii
Využití rep-pcr v bakteriální taxonomii Pavel Švec Česká sbírka mikroorganismů Přírodovědecká fakulta MU rep-pcr založeny na shlukové analýze PCR produktů získaných s primery komplementárními k rozptýleným
VíceMASARYKOVA UNIVERZITA PŘÍRODOVĚDECKÁ FAKULTA ÚSTAV EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE ČESKÁ SBÍRKA MIKROORGANISMŮ
MASARYKOVA UNIVERZITA PŘÍRODOVĚDECKÁ FAKULTA ÚSTAV EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE ČESKÁ SBÍRKA MIKROORGANISMŮ Mezinárodní organizace sbírek kultur mikroorganizmů VÚRV Ruzyně, 29. 11. 2017 Ivo Sedláček, Monika
Více6. Kde v DNA nalézáme rozdíly, zodpovědné za obrovskou diverzitu života?
6. Kde v DNA nalézáme rozdíly, zodpovědné za obrovskou diverzitu života? Pamatujete na to, co se objevilo v pracích Charlese Darwina a Alfreda Wallace ohledně vývoje druhů? Aby mohl mechanismus přírodního
VíceInovace studia molekulární a buněčné biologie
Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. MBIO1/Molekulární biologie 1 Tento projekt je spolufinancován
VíceIDENTIFIKACE A TYPIZACE STAFYLOKOKŮ METODOU (GTG) 5 -PCR
IDENTIFIKACE A TYPIZACE STAFYLOKOKŮ METODOU (GTG) 5 -PCR Nováková Dana Česká sbírka mikroorganismů, Masarykova universita, Brno ÚVODEM O REP-PCR PCR = mnohonásobné zmnožení úseků obsahujících fragment
VíceInovace studia molekulární a buněčné biologie
Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. OBVSB/Obecná virologie Tento projekt je spolufinancován Evropským
VíceNOVINKY V NABÍDCE KONTROLNÍCH KMENŮ ČESKÉ SBÍRKY MIKROORGANISMŮ
M. Laichmanová a S. Karpíšková Česká sbírka mikroorganismů, Ústav experimentální biologie, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita, Tvrdého 14, 602 00 Brno NOVINKY V NABÍDCE KONTROLNÍCH KMENŮ ČESKÉ
VíceKonference Vodárenská biologie 2017
VETERINÁRNÍ A FARMACEUTICKÁ UNIVERZITA BRNO Fakulta veterinární hygieny a ekologie Konference Vodárenská biologie 2017 Autor : Mgr. Eva Jelínková Ústav ekologie a chorob zvěře, ryb a včel evickajelinkova@seznam.cz
VíceVyužití analýzy celkových buněčných proteinů pomocí SDS-PAGE při charakterizaci fluorescentních pseudomonád izolovaných ze speleotém
Využití analýzy celkových buněčných proteinů pomocí SDS-PAGE při charakterizaci fluorescentních pseudomonád izolovaných ze speleotém Mgr. Marcel Kosina Česká sbírka mikroorganismů Masarykova univerzita,
VíceV. letní škola metod molekulární biologie nukleových kyselin a genomiky 16. - 20. 6. 2014. Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat AF MENDELU
V. letní škola metod molekulární biologie nukleových kyselin a genomiky 16. - 20. 6. 2014 Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat AF MENDELU Zemědělská 1, Budova A, 4. patro (učebny dle programu)
VíceStaphylococcus petrasii, nový druh stafylokoka z České republiky
ZPRÁVY CENTRA EPIDEMIOLOGIE A MIKROBIOLOGIE (SZÚ, PRAHA) 2013; 22(8) Staphylococcus petrasii, nový druh stafylokoka z České republiky Staphylococcus petrasii, a novel staphylococcal species from the Czech
VíceZáklady genomiky. I. Úvod do bioinformatiky. Jan Hejátko
Základy genomiky I. Úvod do bioinformatiky Jan Hejátko Masarykova univerzita, Oddělení funkční genomiky a proteomiky Laboratoř molekulární fyziologie rostlin Základy genomiky I. Zdrojová literatura ke
VíceVyužití DNA markerů ve studiu fylogeneze rostlin
Mendelova genetika v příkladech Využití DNA markerů ve studiu fylogeneze rostlin Ing. Petra VESELÁ Ústav lesnické botaniky, dendrologie a geobiocenologie LDF MENDELU Brno Tento projekt je spolufinancován
VíceIdentifikace a klasifikace mikroorganismů založená na shlukové analýze MALDI-MS protein/peptidových profilů
Identifikace a klasifikace mikroorganismů založená na shlukové analýze MALDI-MS protein/peptidových profilů 4000 6000 8000 10000 m /z MALDI-TOF MS = Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization - - Time
VíceVýuka genetiky na Přírodovědecké fakultě MU
MASARYKOVA UNIVERZITA Přírodovědecká fakulta Výuka genetiky na Přírodovědecké fakultě MU Jiří Doškař Ústav experimentální biologie, Oddělení genetiky a molekulární biologie 1 V akademickém roce 1964/1965
VícePolyfázová identifikace enterokoků z prostředí
Polyfázová identifikace enterokoků z prostředí Ivo Sedláček, Pavel Švec, Marcel Kosina a Pavla Holochová Česká sbírka mikroorganismů Přírodovědecká fakulta MU Tvrdého 14, 602 00 Brno Erba Lachema, Mikulov,
VíceInovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354
I n v e s t i c e d o r o z v o j e v z d ě l á v á n í Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním
VíceBiotechnologický kurz. II. letní škola metod molekulární biologie nukleových kyselin a genomiky 17. - 21. 6. 2013
Biotechnologický kurz Biotechnologický kurz II. letní škola metod molekulární biologie nukleových kyselin a genomiky 17. - 21. 6. 2013 Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat AF MENDELU v Brně Zemědělská
VíceRIGORÓZNÍ OTÁZKY - BIOLOGIE ČLOVĚKA
RIGORÓZNÍ OTÁZKY - BIOLOGIE ČLOVĚKA 1. Genotyp a jeho variabilita, mutace a rekombinace Specifická imunitní odpověď Prevence a časná diagnostika vrozených vad 2. Genotyp a prostředí Regulace buněčného
VíceGenetická diverzita masného skotu v ČR
Genetická diverzita masného skotu v ČR Mgr. Jan Říha Výzkumný ústav pro chov skotu, s.r.o. Ing. Irena Vrtková 26. listopadu 2009 Genetická diverzita skotu pojem diverzity Genom skotu 30 chromozomu, genetická
VíceGenetický polymorfismus jako nástroj identifikace osob v kriminalistické a soudnělékařské. doc. RNDr. Ivan Mazura, CSc.
Genetický polymorfismus jako nástroj identifikace osob v kriminalistické a soudnělékařské praxi doc. RNDr. Ivan Mazura, CSc. Historie forenzní genetiky 1985-1986 Alec Jeffreys a satelitní DNA 1980 Ray
VíceDědičnost pohlaví Genetické principy základních způsobů rozmnožování
Dědičnost pohlaví Vznik pohlaví (pohlavnost), tj. komplexu znaků, vlastností a funkcí, které vymezují exteriérové i funkční diference mezi příslušníky téhož druhu, je výsledkem velmi komplikované série
VíceGenetický polymorfismus
Genetický polymorfismus Za geneticky polymorfní je považován znak s nejméně dvěma geneticky podmíněnými variantami v jedné populaci, které se nachází v takových frekvencích, že i zřídkavá má frekvenci
VíceInovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/
I n v e s t i c e d o r o z v o j e v z d ě l á v á n í Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním
VícePracovní skupina pro molekulární mikrobiologii TIDE
16.9.2009 Pracovní skupina pro molekulární mikrobiologii TIDE Josef Scharfen NRL pro patogenní aktinomycety Oddělení lékařské mikrobiologie a imunologie Oblastní nemocnice Trutnov, a.s. SEMINÁŘ SLM PSMM
VíceMgr. Veronika Peňásová vpenasova@fnbrno.cz Laboratoř molekulární diagnostiky, OLG FN Brno Klinika dětské onkologie, FN Brno
Retinoblastom Mgr. Veronika Peňásová vpenasova@fnbrno.cz Laboratoř molekulární diagnostiky, OLG FN Brno Klinika dětské onkologie, FN Brno Retinoblastom (RBL) zhoubný nádor oka, pocházející z primitivních
VíceExterní kontrola kvality sekvenačních analýz
Externí kontrola kvality sekvenačních analýz Radka Bolehovská 1, Lenka Plíšková 2, Kateřina Hrochová 2 Úsek molekulární biologie, 1 Ústav klinické mikrobiologie 2 Ústav klinické biochemie a diagnostiky
VíceZáklady molekulární biologie KBC/MBIOZ
Základy molekulární biologie KBC/MBIOZ Mária Čudejková 2. Transkripce genu a její regulace Transkripce genetické informace z DNA na RNA Transkripce dvou genů zachycená na snímku z elektronového mikroskopu.
VíceAplikace DNA markerů v mykologii a molekulárni taxonomii
Mendelova genetika v příkladech Aplikace DNA markerů v mykologii a molekulárni taxonomii doc. RNDr. Michal Tomšovský, Ph.D., Ústav ochrany lesů a myslivosti, LDF MENDELU, Brno Tento projekt je spolufinancován
VícePRAKTIKUM Z OBECNÉ GENETIKY
RNDr. Pavel Lízal, Ph.D. Přírodovědecká fakulta MU Ústav experimentální biologie Oddělení genetiky a molekulární biologie lizal@sci.muni.cz 1) Praktikum z obecné genetiky 2) Praktikum z genetiky rostlin
VíceMetody molekulární biologie
Metody molekulární biologie 1. Základní metody molekulární biologie A. Izolace nukleových kyselin Metody využívající různé rozpustnosti Metody adsorpční Izolace RNA B. Centrifugační techniky o Princip
VíceBiologie - Oktáva, 4. ročník (humanitní větev)
- Oktáva, 4. ročník (humanitní větev) Biologie Výchovné a vzdělávací strategie Kompetence k řešení problémů Kompetence komunikativní Kompetence sociální a personální Kompetence občanská Kompetence k podnikavosti
VíceBiotechnologický kurz. III. letní škola metod molekulární biologie nukleových kyselin a genomiky
Biotechnologický kurz Biotechnologický kurz III. letní škola metod molekulární biologie nukleových kyselin a genomiky 18. - 22. 6. 2012 Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat AF MENDELU v Brně
VíceMOLEKULÁRNĚ BIOLOGICKÉ METODY V ENVIRONMENTÁLNÍ MIKROBIOLOGII. Martina Nováková, VŠCHT Praha
MOLEKULÁRNĚ BIOLOGICKÉ METODY V ENVIRONMENTÁLNÍ MIKROBIOLOGII Martina Nováková, VŠCHT Praha MOLEKULÁRNÍ BIOLOGIE V BIOREMEDIACÍCH enumerace FISH průtoková cytometrie klonování produktů PCR sekvenování
Více- na rozhraní mezi živou a neživou přírodou- živé jsou tehdy, když napadnou živou buňku a parazitují v ní nitrobuněční parazité
Otázka: Charakteristické vlastnosti prvojaderných organismů Předmět: Biologie Přidal(a): Lenka Dolejšová Nebuněčné organismy, bakterie, sinice, význam Systém: Nadříše- Prokaryota Podříše - Nebuněční- viry
VíceBiotechnologický kurz. II. letní škola metod molekulární biologie nukleových kyselin a genomiky
Biotechnologický kurz Biotechnologický kurz II. letní škola metod molekulární biologie nukleových kyselin a genomiky 20. - 24. 6. 2011 Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat AF MENDELU v Brně Zemědělská
VíceGENOTYPOVÁ REKLASIFIKACE KMENŮ Staphylococcus intermedius jako Staphylococcus pseudintermedius
Konzultační den NRL pro stafylokoky, SZÚ Praha, 3.11.2010 GENOTYPOVÁ REKLASIFIKACE KMENŮ Staphylococcus intermedius jako Staphylococcus pseudintermedius Pavel Švec 1, Roman Pantůček 2, Petr Petráš 3 1
VíceZaměření bakalářské práce na Oddělení genetiky a molekulární biologie
Zaměření bakalářské práce na Oddělení genetiky a molekulární biologie 1) Zadávání témat dle studovaného oboru 2) Přehled řešených témat v minulosti 3) Vědecko-výzkumné zaměření OGMB 4) Přehled externích
VícePrůkaz viru influenzy u vakcinovaných koní v ČR v roce 2008 Souhrn Úvod
Průkaz viru influenzy u vakcinovaných koní v ČR v roce 2008 Doc. MVDr. Petr Lány, Ph.D., Mgr. Kateřina Rosenbergová, Ph.D., Mgr. Vojtěch Baláž* Ústav infekčních chorob a mikrobiologie, FVL, VFU Brno, *Ústav
VíceZaměření bakalářské práce na Oddělení genetiky a molekulární biologie
Zaměření bakalářské práce na Oddělení genetiky a molekulární biologie 1) Zadávání témat dle studovaného oboru 2) Přehled řešených témat v minulosti 3) 4) Přehled externích školících pracovišť Zaměření
VíceVyužití metod strojového učení v bioinformatice David Hoksza
Využití metod strojového učení v bioinformatice David Hoksza SIRET Research Group Katedra softwarového inženýrství, Matematicko-fyzikální fakulta Karlova Univerzita v Praze Bioinformatika Biologické inspirace
VíceMalcomber S.T. (2000): Phylogeny of Gaertnera Lam. (Rubiaceae) based on multiple DNA markers: evidence of a rapid radiation in a widespread,
Malcomber S.T. (2000): Phylogeny of Gaertnera Lam. (Rubiaceae) based on multiple DNA markers: evidence of a rapid radiation in a widespread, morphologically diverse genus. Evolution 56(1):42-57 Proč to
VíceNukleové kyseliny Replikace Transkripce translace
Nukleové kyseliny Replikace Transkripce translace Prokaryotická X eukaryotická buňka Hlavní rozdíl organizace genetického materiálu (u prokaryot není ohraničen) Život závisí na schopnosti buněk skladovat,
VíceTaxonomie prokaryot - vědecké studium mikroorganismů (systematika)
Taxonomie prokaryot - vědecké studium mikroorganismů (systematika) - charakterizovat tyto mikroorganismy - zařadit je určitým způsobem do taxonomických jednotek, tzv. taxonů Taxonomie - teoretické studium
VíceInovace studia molekulární a buněčné biologie
Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. MBIO1/Molekulární biologie 1 Tento projekt je spolufinancován
VíceOptimalizace metody PCR pro její využití na vzorky KONTAMINOVANÝCH PITNÝCH VOD
Optimalizace metody PCR pro její využití na vzorky KONTAMINOVANÝCH PITNÝCH VOD Dana Vejmelková, Milan Šída, Kateřina Jarošová, Jana Říhová Ambrožová VODÁRENSKÁ BIOLOGIE, 1. 2. 2017 ÚVOD Sledované parametry,
VíceCentrum aplikované genomiky, Ústav dědičných metabolických poruch, 1.LFUK
ové technologie v analýze D A, R A a proteinů Stanislav Kmoch Centrum aplikované genomiky, Ústav dědičných metabolických poruch, 1.LFUK Motto : "The optimal health results from ensuring that the right
VíceNové technologie v mikrobiologické laboratoři, aneb jak ovlivnit čas k získání klinicky relevantního výsledku
B I O M E D I C AL Nové technologie v mikrobiologické laboratoři, aneb jak ovlivnit čas k získání klinicky relevantního výsledku Jaroslav Hrabák CHARLES UNIVERSITY Obsah prezentace Historie, vývoj a trendy
VíceTypy fylogenetických analýz
Typy fylogenetických analýz Distanční metody: Neighbor-Joining Minimum Evolultion UPGMA,... Maximum Likelihood Bayesian Inference Maximum Parsimony Genetické distance, substituční modely pro výpočet fylogenetických
VíceMOLEKULÁRNĚ-BIOLOGICKÉ METODY V SURVEILLANCE A ŠETŘENÍ EPIDEMIÍ
Využití molekulárně epidemiologických metod v praxi epidemiologa KHS P. Pazdiora Konference MOLEKULÁRNĚ-BIOLOGICKÉ METODY V SURVEILLANCE A ŠETŘENÍ EPIDEMIÍ Praha, 28.3.2019 Prokázané sekvenační typy legionel
VíceInovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/
Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Genomika (KBB/GENOM) Poziční klonování Ing. Hana Šimková, CSc. Cíl přednášky - seznámení s metodou pozičního klonování genů
VíceVykazování pro zdravotní pojišťovny a zákonné požadavky pro genetická vyšetření
Vykazování pro zdravotní pojišťovny a zákonné požadavky pro genetická vyšetření Hana Feixová Komplement laboratoří ÚHKT, Praha WWW.UHKT.CZ Novela SZV k 1. 1. 2017 Vyhláška č. 421/2016 Sb. Vyhláška, kterou
VícePracoviště (1) Oddělení mikrobiologie, Přírodovědecká fakulta Masarykovy, Brno, Česká republika (2)Oddělení funkční genomiky a proteomiky, Přírodověde
MALDI-TOF MS typizace γ-proteobakterií Matrix-assisted assisted laser desorption/ionization time of flight MS (Karas a Hillenkamp, 1987) Andrea Vávrová, 4roč. Oddělení mikrobiologie MU Vedoucí DP: RNDr.
VíceMendelova univerzita v Brně Agronomická fakulta Ústav biologie rostlin
Mendelova univerzita v Brně Agronomická fakulta Ústav biologie rostlin Inovace praktických cvičení molekulárně-biologických předmětů o sekvenční úlohy PRACOVNÍ PROTOKOL PRO PŘEDMĚT GENETCKÁ DIVERZITA Vypracováno
VíceBiologie - Oktáva, 4. ročník (přírodovědná větev)
- Oktáva, 4. ročník (přírodovědná větev) Biologie Výchovné a vzdělávací strategie Kompetence k řešení problémů Kompetence komunikativní Kompetence sociální a personální Kompetence občanská Kompetence k
VíceBakteriální meningitidy úloha NRL a doporučení NRL pro praxi Pavla Křížová Centrum epidemiologie a mikrobiologie Státní zdravotní ústav Praha Seminář SLM, Lékařský dům, 7.10.2014 Spolupráce laboratoří
VíceIdentifikace stafylokoků pomocí komerčních souprav STAPHYtest 24 a API Staph
Identifikace stafylokoků pomocí komerčních souprav STAPHYtest 24 a API Staph Ivo Sedláček 1, Petr Petráš 2, Eva Plíšková 3, Tereza Škapová 4, Jana Jančová 4, Petr Ježek 5 1 Česká sbírka mikroorganismů,
VíceInovace studia molekulární a buněčné biologie
Investice do rozvoje vzdělávání Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. Investice do rozvoje vzdělávání
VíceOndřej Scheinost Nemocnice České Budějovice, a.s.
Ondřej Scheinost Nemocnice České Budějovice, a.s. Nové technologie přelomové období principy technologií klinická použitelnost chips (arrays) sekvenační technologie Důležitost genetických informací i další
VíceCrossing-over. over. synaptonemální komplex
Genetické mapy Crossing-over over v průběhu profáze I meiózy princip rekombinace genetického materiálu mezi maternálním a paternálním chromosomem synaptonemální komplex zlomy a nová spojení chromatinových
VíceDiagnostika moru včelího plodu a epizootologická situace v ČR
Diagnostika moru včelího plodu a epizootologická situace v ČR Zpracoval: MVDr. Jaroslav Bzdil, Ph.D., SVÚ Olomouc, Jakoubka ze Stříbra 1, 779 00 Olomouc Tel.: 585557223, e.mail: vetmed@seznam.cz Původce
VíceAPLIKACE METAGENOMIKY PRO HODNOCENÍ PRŮBĚHU SANAČNÍHO ZÁSAHU NA LOKALITÁCH KONTAMINOVANÝCH CHLOROVANÝMI ETHYLÉNY
APLIKACE METAGENOMIKY PRO HODNOCENÍ PRŮBĚHU SANAČNÍHO ZÁSAHU NA LOKALITÁCH KONTAMINOVANÝCH CHLOROVANÝMI ETHYLÉNY Monika Stavělová 1, Jakub Rídl 2, Maria Brennerová 3, Hana Kosinová 1, Jan Pačes 2 1 AECOM
VíceMolecular Ecology J. Bryja, M. Macholán MU, P. Munclinger - UK
MODULARIZACE VÝUKY EVOLUČNÍ A EKOLOGICKÉ BIOLOGIE CZ.1.07/2.2.00/15.0204 Molecular Ecology J. Bryja, M. Macholán MU, P. Munclinger - UK Co je molekulární ekologie? Uměle vytvořený obor vymezený technickým
VíceGenetické metody v zoologii
Genetické metody v zoologii M. Macholán J. Bryja M. Vyskočilová Sylabus 1. Analýza fenotypu (signální fenotypy, epigenetické znaky, kvantitativní znaky, analýza landmarků) MM 2. Cytogenetika (analýza karyotypu,
VíceGenetický screening predispozice k celiakii
VETERINÁRN RNÍ A FARMACEUTICKÁ UNIVERZITA BRNO Farmaceutická fakulta Ústav humánn nní farmakologie a toxikologie Genetický screening predispozice k celiakii RNDr. Ladislava Bartošov ová,ph.d. 1, PharmDr.
VíceStruktura a funkce biomakromolekul
Struktura a funkce biomakromolekul KBC/BPOL 7. Interakce DNA/RNA - protein Ivo Frébort Interakce DNA/RNA - proteiny v buňce Základní dogma molekulární biologie Replikace DNA v E. coli DNA polymerasa a
VíceNGS analýza dat. kroužek, Alena Musilová
NGS analýza dat kroužek, 16.12.2016 Alena Musilová Typy NGS experimentů Název Materiál Cílí na..? Cíl experimentu? amplikon DNA malý počet vybraných genů hledání variant exom DNA všechny geny hledání
Víceizolovaných z hemokultur
Identifikace mléčných bakterií izolovaných z hemokultur P. Švec 1, A. Ševčíková 2, M. Vancanneyt 3, I. Sedláček 1 1 Česká sbírka mikroorganismů, PřF MU, Brno 2 Fakultní nemocnice Brno 3 BCCM/LMG Bacteria
VíceBakteriální transpozony
Bakteriální transpozony Transpozon = sekvence DNA schopná transpozice, tj. přemístění z jednoho místa v genomu do jiného místa Transpozice = proces přemístění transpozonu Transponáza (transpozáza) = enzym
VíceVÝZNAM NĚKTERÝCH FAKTORŮ PREANALYTICKÉ FÁZE V MOLEKULÁRNÍ BIOLOGII
VÝZNAM NĚKTERÝCH FAKTORŮ PREANALYTICKÉ FÁZE V MOLEKULÁRNÍ BIOLOGII Plíšková L., Hrochová K., Kutová R. Ústav klinické biochemie a diagnostiky FN Hradec Králové PREANALYTICKÁ FÁZE V MOLEKULÁRNÍ BIOLOGII
VíceProteiny Genová exprese. 2013 Doc. MVDr. Eva Bártová, Ph.D.
Proteiny Genová exprese 2013 Doc. MVDr. Eva Bártová, Ph.D. Bílkoviny (proteiny), 15% 1g = 17 kj Monomer = aminokyseliny aminová skupina karboxylová skupina α -uhlík postranní řetězec Znát obecný vzorec
VíceDoprovodný materiál k práci s přípravným textem Biologické olympiády 2014/2015 pro soutěžící a organizátory kategorie B
Doprovodný materiál k práci s přípravným textem Biologické olympiády 2014/2015 pro soutěžící a organizátory kategorie B Níže uvedené komentáře by měly pomoci soutěžícím z kategorie B ke snazší orientaci
VícePříklady z populační genetiky volně žijících živočichů
Obecná genetika Příklady z populační genetiky volně žijících živočichů Ing. Martin ERNST, PhD. Ústav ochrany lesů a myslivosti LDF MENDELU Brno Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem
VíceZaměření bakalářské práce (témata BP)
Zaměření bakalářské práce (témata BP) Obor: Buněčná a molekulární diagnostika - zadává katedra - studenti si témata losují Obor: molekulární biologie a genetika - témata BP vychází z vybraného tématu DP
VíceRNDr. Ivo Rudolf, Ph.D. Oddělení mikrobiologie a molekulární biotechnologie
RNDr. Ivo Rudolf, Ph.D. Oddělení mikrobiologie a molekulární biotechnologie Zaměření oboru: Oddělení mikrobiologie a molekulární biotechnologie výchova erudovaných mikrobiologů se širokou perspektivou
VíceMolekulární diagnostika infekční bronchitidy v České republice a na Slovensku. Richard J W Currie
Molekulární diagnostika infekční bronchitidy v České republice a na Slovensku Richard J W Currie Virus infekční bronchitidy RNA (nukleová kyselina) uvnitř Proteiny (spike proteiny S1 a S2) na vnější straně
Víceve srovnání s eukaryoty (životnost v řádu hodin) u prokaryot kratší (životnost v řádu minut) na životnost / stabilitu molekuly mají vliv
Urbanová Anna ve srovnání s eukaryoty (životnost v řádu hodin) u prokaryot kratší (životnost v řádu minut) na životnost / stabilitu molekuly mají vliv strukturní rysy mrna proces degradace každá mrna v
VíceMgr. et Mgr. Lenka Falková. Laboratoř agrogenomiky. Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat Mendelova univerzita
Mgr. et Mgr. Lenka Falková Laboratoř agrogenomiky Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat Mendelova univerzita 9. 9. 2015 Šlechtění Užitek hospodářská zvířata X zájmová zvířata Zemědělství X chovatelství
VíceSylabus témat ke zkoušce z lékařské biologie a genetiky. Struktura, reprodukce a rekombinace virů (DNA viry, RNA viry), význam v medicíně
Sylabus témat ke zkoušce z lékařské biologie a genetiky Buněčná podstata reprodukce a dědičnosti Struktura a funkce prokaryot Struktura, reprodukce a rekombinace virů (DNA viry, RNA viry), význam v medicíně
VíceKONTROLA KVALITY VAZBA HLA S CHOROBAMI
KONTROLA KVALITY VAZBA HLA S CHOROBAMI VÝSLEDKY 2017 Eva Ratajová, Barbora Kinská, Kateřina Šimonová, Milena Vraná Oddělení HLA, Národní referenční laboratoř pro DNA diagnostiku, ÚHKT, Praha WWW.UHKT.CZ
VíceMolekulární diagnostika pletencové svalové dystrofie typu 2A
Molekulární diagnostika pletencové svalové dystrofie typu 2A Lenka Fajkusová Centrum molekulární biologie a genové terapie Fakultní nemocnice Brno Pletencové svalové dystrofie (Limb Girdle Muscular Dystrophy
VíceMetody studia historie populací. Metody studia historie populací
1) Metody studia genetické rozmanitosti komplexní fenotypové znaky, molekulární znaky. 2) Mechanizmy evoluce mutace, přírodní výběr, genový posun a genový tok 3) Anageneze x kladogeneze - co je vlastně
VícePROGRAM. 10. ročníku odborné konference RUTINNÍ ANALÝZA NUKLEOVÝCH KYSELIN MOLEKULÁRNĚ BIOLOGICKÝMI TECHNIKAMI RANK 2014
PROGRAM 10. ročníku odborné konference RUTINNÍ ANALÝZA NUKLEOVÝCH KYSELIN MOLEKULÁRNĚ BIOLOGICKÝMI TECHNIKAMI RANK 2014 29. a 30. ledna 2014, hotel Zlatá Štika, Pardubice www.rank.cz Záštitu nad konferencí
VíceMetodologie molekulární fylogeneze a taxonomie hmyzu Bi7770
MODULARIZACE VÝUKY EVOLUČNÍ A EKOLOGICKÉ BIOLOGIE CZ.1.07/2.2.00/15.0204 Metodologie molekulární fylogeneze a taxonomie hmyzu Bi7770 Andrea Tóthová Co se tady bude dít.. proč DNA a jak to s ní vlastně
VíceCVIČENÍ II. IZOLACE DNA, DETEKCE GENŮ METODOU PCR, STANOVENÍ PŘÍBUZNOSTI IZOLÁTŮ METODOU ERIC PCR
CVIČENÍ II. PŘEDMĚT ANTIBIOTICKÁ REZISTENCE IZOLACE DNA, DETEKCE GENŮ METODOU PCR, STANOVENÍ PŘÍBUZNOSTI IZOLÁTŮ METODOU ERIC PCR Bakterie řadíme mezi prokaryotické organizmy, které nesou genetickou informaci
Více1. Definice a historie oboru molekulární medicína. 3. Základní laboratorní techniky v molekulární medicíně
Obsah Předmluvy 1. Definice a historie oboru molekulární medicína 1.1. Historie molekulární medicíny 2. Základní principy molekulární biologie 2.1. Historie molekulární biologie 2.2. DNA a chromozomy 2.3.
VíceGENOTOXICITA A ZMĚNY V GENOVÉ EXPRESI
GENOTOXICITA A ZMĚNY V GENOVÉ EXPRESI INDUKOVANÉ PŮSOBENÍM ORGANICKÝCH LÁTEK Z PRACHOVÝCH ČÁSTIC V OVZDUŠÍ Kateřina Hanzalová Oddělení genetické ekotoxikologie Ústav experimentální medicíny AV ČR v.v.i.
Více1Aplikace metod molekulární genetiky v klinické mikrobiologii zpráva z jednání 2Pracovní skupiny molekulární mikrobiologie TIDE 3 4Jaroslav Hrabák
1Aplikace metod molekulární genetiky v klinické mikrobiologii zpráva z jednání 2Pracovní skupiny molekulární mikrobiologie TIDE 3 4Jaroslav Hrabák 1*, Martin Bunček 2, Miloš Dendis 3, Radek Horváth 3,9,
VíceIdentifikace bakterií pomocí MALDI MS
Identifikace akterií pomocí MALDI MS Ondrej Šedo Centrální laoratoř speciálníc tecnik, Oddělení funkční genomiky a proteomiky Ústav experimentální iologie, Přírodovědecká fakulta Masarykova univerzita
Více