Polyfázová identifikace enterokoků z prostředí

HTML
DOWNLOAD

Rozměr: px

Začít zobrazení ze stránky:

Download "Polyfázová identifikace enterokoků z prostředí"

Žaneta Slavíková
před 6 lety
Počet zobrazení:

1 Polyfázová identifikace enterokoků z prostředí Ivo Sedláček, Pavel Švec, Marcel Kosina a Pavla Holochová Česká sbírka mikroorganismů Přírodovědecká fakulta MU Tvrdého 14, Brno Erba Lachema, Mikulov,

Enterokoky -komenzálové, saprofyti, (klinický materiál) -produkční kmeny -NaCl, BiE, PYR, D-ant, - řada taxonomických změn (druhy, rody) enterokoky cca >35 E. faecalis E.

2 Enterokoky -komenzálové, saprofyti, (klinický materiál) -produkční kmeny -NaCl, BiE, PYR, D-ant, - řada taxonomických změn (druhy, rody) enterokoky cca >35 E. faecalis E. faecium LPSN List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature Formerly List of Bacterial names with Standing in Nomenclature (LBSN) Žlutě pigmentující enterokoky

Biotypizace enterokoků rychlá identifikace

523 izolátů enterokoků o373 identifikováno do

3 Biotypizace enterokoků rychlá identifikace vbiochemicky nepříliš úspěšná 630 izolátů z vod; S-B agar (10C, 45,C, NaCl, PIG, PYR, VPT, ) STREPTOtest izolátů non-enterokoků (17%) 523 izolátů enterokoků o373 identifikováno do druhu o150 druhově neidentifikováno??? úspěšnost identifikace???

4 Biotypizace enterokoků rychlá identifikace vbiochemicky nepříliš úspěšná 630 izolátů z vod; S-B agar (10C, 45,C, NaCl, PIG, PYR, VPT, ) STREPTOtest izolátů non-enterokoků (17%) 523 izolátů enterokoků o373 identifikováno do druhu o150 druhově neidentifikováno??? úspěšnost identifikace??? J STREPTOtest 16 odlišil kmeny komplexu E. faecalis phenon URE+

5 Biotypizace enterokoků vžlutě pigmentující, neidentifikované (URE +) 25 izolátů (prostředí; 10C, 45,C, NaCl, PIG, PYR, VPT, ); náhodné izolace voda, 11 ( ) rostliny, 11 ( ) hmyz, 3 (2008) CCM 4629 CCM 4633 STREPTOtest 16 STREPTOtest 24 API 50 CH úspěšnost identifikace X klasifikace!!! Biolog GP Microplate

6 Biotypizace STREPTOtesty STREPTOtest 16: HIP PHS LAP GLR aga ESL ARG URE 99% 48% 99% 4% 92% 99% 48% 92% MAN SOR TRE LAC RAF INU MLB RIB 88% 1% 99% 52% 4% 92% 1% 99% URE+ izoláty: ARG-, LAC- X ARG+, LAC+ STREPTOtest 24: NAG LAP bmn GLR bgl bga aga PHS 99% 99% 99% 1% 99% 40% 88% 1% ESL INU MAN SOR MLB RIB LAC PUL 99% 88% 88% 1% 1% 99% 60% 1% ARG S06 AMG TGT MLT RAF TRE SOE 52% 96% 64% 4% 99% 4% 99% 12% URE + phenon 1: bga-, LAC-, ARG- URE + phenon 2: bga+, LAC+, ARG+

7 Biotypizace kity API API 20 Strep: VPT HIP ESL PYR aga BGR bga PHS LAP ARG 99% 99% 99% 99% 64% 1% 28% 64% 99% 64% RIB ARA MAN SOR LAC TRE INU RAF AMD GLY 99% 1% 84% 1% 60% 99% 1% 4% 52% 4% phenon 1: ARG-, LAC-, AMDphenon 2: ARG+, LAC+, AMD+ API ZYM: Kon PHa EST EsL LIP LAR VAR CAR TRY CHT 0% 99% 99% 99% 1% 99% 1% 99% 1% 99% PHk NPH aga bga bgr agl bgl NAG amn afu 99% 99% 1% 88% 4% 64% 99% 48% 1% 1% phenon 1: agl - phenon 2: agl +

8 Biotypizace API 50 CH Kon GLY ERY DAR LAR RIB DXY LXY ADO MDX 0% 99% 1% 1% 8% 99% 1% 1% 1% 1% GAL GLU FRU MNE SBE RHA DUL INO MAN SOR 99% 99% 99% 99% 36% 1% 12% 8% 8% 1% MDM MDG NAG AMY ARB ESC SAL CEL MAL LAC 4% 1% 99% 99% 99% 99% 99% 99% 99% 64% MEL SAC TRE INU MLZ RAF AMD GLG XLT GEN 4% 99% 99% 1% 99% 8% 1% 1% 1% 99% TUR LYX TAG DFU LFU LRL DRL GNT 2KG 5KG 16% 4% 8% 1% 1% 1% 1% 1% 1% 1% phenon 1: SBE +; LAC phenon 2: SBE -; LAC +

9 Biotypizace systémem Biolog a ATB Biolog GP Microplate: GP2 MicroPlate neměří růst, ale respiraci 95 testů = metabolický fingerprint No ID 12x Vagococcus 3x E. faecalis 8x Lactococcus lactis 1x Vagococcus fluvialis 1x ATB (disková metoda) q rezistentní: clindamycin (2 µg), chloramphenicol (30 µg), oxacillin (1 µg), tetracycline (30 µg), ofloxacin (5 µg), vancomycin (5 µg) q většinou I: erythromycin (15 µg) q většinou S: gentamicin (10 µg) q S / R: kotrimoxazol (25 µg), augmentin (30 µg)

10 Biotypizace a co dál? Phenon 1: bga -, LAC -, ARG -, agl -, SBE + Phenon 2: bga +, LAC +, ARG +, agl +, SBE - q jeden druh se dvěma biovary??? q nutnost polyfázového přístupu

11 16S rdna sekvencování C potvrzena rodová ID, fylogenetická příbuznost D druhy nerozděluje E. faecalis group CCM 4629: 36,3 GC (mol%) CCM 4630: 36,2 GC (mol%)

Klasifikace pomocí rep-pcr 20 40 60 80 100 - primer GTG 5 - diferenciace LAB bakterií CCM 4856T CCM 4851T CCM 7000T CCM 7319T P2057 G17 moraviensis haemoperoxidus faecalis silesiacus - in-house

12 Klasifikace pomocí rep-pcr primer GTG 5 - diferenciace LAB bakterií CCM 4856T CCM 4851T CCM 7000T CCM 7319T P2057 G17 moraviensis haemoperoxidus faecalis silesiacus - in-house databáze (1300) H19 P1973 P2042 CCM 4632 P2993 P2991 CCM 4630 phenon 2 CCM 4633 P1945 P2992 G8 G38 P2126 P2542 CCM 7399T caccae CCM 7300T termitis D18 A2 F9 G33 CCM 4631 CCM 4629 phenon 1 E30/2 E35 D23/2

13 Klasifikace pomocí ribotypizace RiboPrinter EcoRI (nebo PvuII) sonda rrnb operon E. coli potvrzení biotypizace neidentifikovaný taxon(y) BioNumerics

Klasifikace pomocí ribotypizace 40 5 0 60 70 80 90 100 P2993 H19 CCM 4633 G17 G38 CCM 4632 P1945 P2542 P2991 P2057 phenon 2 P1973 P2042 CCM 4630 P2126 P2992 dobře odlišeny G8

14 Klasifikace pomocí ribotypizace P2993 H19 CCM 4633 G17 G38 CCM 4632 P1945 P2542 P2991 P2057 phenon 2 P1973 P2042 CCM 4630 P2126 P2992 dobře odlišeny G8 CCM 7000 faecalis CCM 4851T haemoperoxidus CCM 7300T termitis CCM 7399T caccae CCM 4856T moraviensis CCM 7319T silesiacus A2 D18 CCM 4631 D23/2 CCM 4629 phenon 1 F9 E30/2 G33 E35

DNA reasociace E. faecalis group E. faecalis E. moraviensis E. termitis E. silesiacus E. haemoperoxidus LMG 7937T LMG 19486T LMG 8895T CCM 7319T LMG 19487T CCM 4629 CCM 4630 E.

15 DNA reasociace E. faecalis group E. faecalis E. moraviensis E. termitis E. silesiacus E. haemoperoxidus LMG 7937T LMG 19486T LMG 8895T CCM 7319T LMG 19487T CCM 4629 CCM 4630 E. faecalis LMG 7937T 100 E. moraviensis LMG19486T E. termitis LMG 8895T E. silesiacus CCM 7319T E. haemoperoxidus LMG 19487T CCM CCM C spolehlivá metoda pro druhovou diferenciaci (70%) D náročná metoda, nevhodná pro rutinní užití

16 phes sekvencování phenon 1 = nový taxon phenylalanyl-trna synthase phenon 2 = nový taxon

17 Klasifikace metodou SDS-PAGE page page CCM F9. E30/2. G33. E35. D18 phenon 1. A2. CCM CCM 7399T caccae. CCM 7319T silesiacus. CCM 4851T haemoperoxidus. CCM 4856T moraviensis. P2057. G8. G38. P1945. P2542. G17. P2042. CCM CCM P1973 phenon 2. P2992. P2991. CCM H19. P2993. P2126. D23/2. CCM 7300T termitis. CCM 7000T faecalis

18 E. rottae nov. a E. urealyticus nov. C -neidentifikované enterokoky reprezentují nové druhy E. rottae (phenon 2): voda > rostliny = hmyz E. urealyticus (phenon 1): rostliny > voda C - neúspěšná identifikace STREPTO16 je tedy kladem! (falešná ID!!) C -rozšíření druhového spektra enterokoků dle výsledků biotypizace C -klasifikace/identifikace enterokoků STREPTOtestem 24 D -nutno brát v úvahu při ID D -doplnění databáze

19 Děkuji za pozornost

Podobné dokumenty

L. acidophilus_(psmm _ TIDE):

L. acidophilus_(psmm _ TIDE): 2010-04-06 Ivo Sedláček a Pavel Švec Česká sbírka mikroorganismů Přírodovědecká fakulta MU Tvrdého 14, 602 00 Brno Projekt FI-IM5/205 problematika taxonomie Polyfázová taxonomie