Typizace komplexu Aeromonas caviae

HTML
DOWNLOAD

Rozměr: px

Začít zobrazení ze stránky:

Download "Typizace komplexu Aeromonas caviae"

Pavla Sedláková
před 6 lety
Počet zobrazení:

1 Typizace komplexu Aeromonas caviae Ivo Sedláček *, Dana Nováková, Pavel Švec Česká sbírka mikroorganismů Přírodovědecká fakulta MU Tvrdého 14, Brno VZ: MSM * ivo@sci.muni.cz

2 Aeromonády - čeled Aeromonadaceae (třída Gammaproteobacteria) J Aeromonas -rodová diferenciace G-, Oxi, Off, Pte, NaCl (Mot) L Aeromonas -druhová identifikace fenospecies x genomospecies x DNA HG Doporučené minimum 50 testů (Austin a kol.)

3 Výskyt aeromonád -rozmanité vodní prostředí - půda, rostliny -potraviny -klinický materiál -humánní -veterinární Aeromonas agar (LAB M)

4 Patogenita aeromonád?????????? VZÁCNÉ nebo IGNOROVÁNY Klinický význam Ł založen na zdroji izolace

5 Patogenita aeromonád Humánní materiál střevní infekce mimostřevní infekce nosokomiální infekce Veterinární materiál } sezónní výskyt Faktory virulence -cytotoxický enterotoxin (hemolytická, cytotoxická a enterotoxická aktivita) -S-vrstva, kapsula, bičíky/fimbrie -endotoxin, hemolysiny, cytotoxiny -lipáza, fosfolipáza, proteáza, amyláza, chitináza

6 Typizace aeromonád Fenotypizace: - biotypizace (E24, API) -numerická analýza (cíleně pouze na klinické izoláty) -fagotypizace -serotypizace -SDS-PAGE - FAME - MALDI-MS Genotypizace: -sekvencování genu pro 16S rrna -sekvencování gyrb genu nebo rpod genu - ribotypizace -analýza plazmidů -DNA-DNA hybridizace -AFLP

7 Taxonomie aeromonád Aeromonas hydrophila komplex: Aeromonas caviae komplex: Aeromonas sobria komplex: A. hydrophila (subsp.) A. bestiarum A. salmonicida (subsp.) A. caviae A. eucrenophila A. encheleia A. sobria A. veroni bv. sobria "A. ichthiosmia" A. jandaei A. veroni bv. veroni A. schubertii A. enteropelogenes "A. trota" A. allosaccharophila - úhoř, stolice A. molluscorum -měkkýš A. popoffii -sladkovodní prostředí, urogenitální trakt A. simiae -feces opic A. culicicola -střevo komára, voda

8 Biotypizace aeromonád A. caviae -humánní izoláty -izoláty z vody } základní biotyp X SOR+ - izoláty z vody (pigmentující) A. encheleia -izoláty z vody

9 Ribotypizace izolátů A. caviae Dendrogram založený na shlukové analýze ribotypů při použití enzymu EcoRI A. eucrenophila CCM 4354 T P 1099 P 1071 P 1080 P 1167 P 1083 P 969 P 1077 P 1061 P 957 P 1160 P 1068 P 1075 P 1060 P 1033 P 1081 P 1065 P 1158 P 1035 P 958 P 1164 A. caviae CCM 4491 T P 1025 DB 235 DB 83 DB 169 DB 133 DB 144 DB 229 DB 318 P 1056 DB 162 DB 84 DB 76 DB 93 DB 90 DB 132 DB 75 DB 77 CCM 3653 T A. encheleia CCM 4582 T DB 230 SOR + SOR - Ekovary

10 Biotypizace presumptivní Kmen PIG GLG GLT VPT MOT IND ESL SAL TWE SCI SOR CEL MAL Identifikace P A.hydrophila komplex V A.hydrophila komplex P7 w A.caviae komplex P8 w A.caviae komplex P A.caviae komplex P1 w A.media P A.media A8/10a A.media DB A.media + = pozitivní, - = negativní, w = slabě pozitivní, PIG = hnìdý pigment, GLG = plyn z glukózy, GLT = utilizace glukonátu, VPT = Voges-Proskauer test, MOT = pohyblivost, IND = indol, ESC = hydrolýza eskulinu, SAL = kyselina ze salicinu, TWE = hydrolýza Tweenu 80, SCI = Simmons citrát, SOR = kyselina ze sorbitolu, CEL = kyselina z celobiózy, MAL = malonát pozitivní výsledky: růst v 0% a 1 % NaCl; růst při 4 a 37 C; rezistentní k O129 (150 µg); fermentace glukózy; oxidáza; kataláza; arginin dihydroláza; hydrolýza želatiny, DNA a ONPG; kyselina z mannózy, L-arabinózy, sacharózy, trehalózy a mannitolu; redukce nitrátů; asimilace glukózy, arabinózy, mannitolu, mannózy, N-acetyl-glukosaminu, glukonátu, kaprinátu a malátu negativní výsledky: růst v 6 % NaCl; růst při 42 C; hydrolýza elastinu; produkce H2S; lysin a ornitin dekarboxyláza; ureáza; malonát sodný; fenylalanin deamináza; kyselina z inositolu, adonitolu, rhamnózy, melibiózy, raffinózy a dulcitolu; asimilace adipátu a fenyl-acetátu, pyrrolidonyl arylamidáza

11 Ribotypizace presumptivní Dendrogram založený na shlukové analýze ribotypů při použití enzymu EcoRI A. hydrophila komplex A. caviae komplex P 10 P 1 A8/10a P 3 DB232 A. caviae komplex P 8 A. caviae komplex P 7 CCM 3653 T A. hydrophila komplex V2 A. salmon. ssp. pectinolytica CCM 7020 T A. salmon. ssp. salmonicida CCM 1307 P 6 -do druhu patří i izoláty A. caviae komplexu -izoláty P 1 a P 6 nejsou - izolát V2 pravděpodobně patří do A. salmonicida

12 FAME presumptivní Aeromonascaviae komplex P3 Aeromonas media CCM 3653 T Aeromonas media DB232 Aeromonas media CCM 3654 Aeromonas salmonicida ssp. pectinolytica CCM 7020 T Aeromonascaviae komplex P7 Aeromonas sp.p10 Aeromonascaviae komplex P8 Aeromonas sp.v2 Aeromonas media P6 Aeromonas media A8/10a Aeromonas salmonicida ssp. salmonicida CCM 1307 Aeromonas salmonicida ssp. salmonicida CCM 1318 Aeromonas media P1 T Euclidian Distance -FAME typizace se neshoduje s biotypizací ani s ribotypizací

13 Ribotypizace presumptivní Dendrogram založený na shlukové analýze ribotypů při použití enzymu HindIII A. caviae komplex A. hydrophila komplex A. salmonicida ssp. pectinolytica A. caviae komplex A. caviae komplex A. hydrophila komplex A. salmonicida ssp. salmonicida A8/10a P3 DB232 V2 CCM 7020 T P8 P7 CCM 3653 T P6 P1 P10 CCM do druhu patří i izoláty A. caviae komplexu - izolát V2 pravděpodobně patří do A. salmonicida - problematický zůstává izolát P 1

14 Ribotypizace A. encheleia Dendrogram založený na shlukové analýze ribotypů při použití enzymu EcoRI A. encheleia P1290 A. encheleia P1292 A. encheleia CCM 4582 T A. eucrenophila CCM 4354 T A. encheleia P1291 A. encheleia P1284 A. sobria CCM 2807 T A. caviae CCM 4491 T CCM 3653 T A. hydrophila CCM 7232 T -pouze dva izoláty potvrzeny jako A. encheleia - jedná se o první záchyt A. encheleia v ČR

15 Ribotypizace A. encheleia Dendrogram založený na shlukové analýze ribotypů při použití enzymu HindIII A. encheleia P1291 A. popoffii CCM 4708 T A. salmonicida CCM 7246 T A. encheleia P1284 A. encheleia P1290 A. encheleia CCM 4582 T A. encheleia P1292 A. sobria CCM 2807 T -průkaz izolátů P1290 a P1292 jako A. encheleia

16 Typizace aeromonád J Aeromonas caviae komplex -ribotypizace je vhodnější než fenotypizace - EcoRI, HindIII, (SmaI) -značná heterogenita populace = taxonomické změny - pravděpodobně vazba ke zdroji izolace (ekovar) -ribotypy mohou reprezentovat nové genomospecies L Aeromonas caviae komplex -druhová identifikace je problematická -chybí minimální standardy pro popis druhu -některé výsledky otevírají prostor pro nové otázky

17 Pavel Dana Ivo

Podobné dokumenty

Polyfázová identifikace kmenů Aeromonas encheleia

Polyfázová identifikace kmenů Aeromonas encheleia D. Nováková, A. Vávrová, P. Švec a I. Sedláček Česká sbírka mikroorganismů Charakterizace aeromonád G-, pohyblivé tyčky, kokotyčky, čeleď Aeromonadaceae