ORIDES orientační identifikace koaguláza negativních stafylokoků verze 2015

Transkript

1 ZPRÁVY CENTRA EPIDEMIOLOGIE A MIKROBIOLOGIE (SZÚ, PRAHA) 2015; 24(10) ORIDES orientační identifikace koaguláza negativních stafylokoků verze 2015 ORIDES presumptive identification of coagulase-negative staphylococci version 2015 Petr Petráš Souhrn V příspěvku je prezentováno aktualizované dichotomické schéma ORIDES, které slouží k jednoduchému vyhodnocení identifikace koaguláza negativních stafyloků (KNS) z humánního klinického materiálu. Proti minulé verzi z roku 2010 bylo přidáno 5 recentně popsaných druhů, resp. poddruhů KNS. Celkem zahrnuje nová verze ORIDESu 25 taxonů KNS, které jsou podle výsledků nejčastěji zasílány z pracovišť klinické mikrobiologie v České republice k identifikaci. The article presents the new 2015 version of ORIDES, a dichotomic scheme designed by the National Reference Laboratory (NRL) for Staphylococci for presumptive identification of coagulase-negative staphylococci (CNS) from human clinical specimens. The update from the 2010 version consists in adding five recently described species or subspecies of CNS. The updated ORIDES includes 25 taxons of CNS that turned out to be the most commonly referred for identification to the NRL for Staphylococci by clinical microbiology laboratories in the Czech Republic. Zprávy CEM (SZÚ, Praha) 2015; 24(10): Klíčová slova: rod Staphylococcus, koaguláza negativní stafylokoky, identifikace Keywords: genus Staphylococcus, coagulase-negative staphylococci, identification Koaguláza negativní stafylokoky (KNS) tvoří dominantní součást normálního mikrobiálního osídlení kůže a sliznic člověka, vyskytují se na sliznicích různých druhů zvířat, najdeme je ale i v potravinách a v různém prostředí. Od 70. let minulého století jsou považovány za podmíněné patogeny, které mohou u oslabeného pacienta (věk, imunita, dlouhodobý pobyt v nemocnici a uživatelé drog) způsobit v podstatě jakékoliv onemocnění, které vyvolávají kmeny Staphylococcus aureus. Výjimku tvoří toxikózy, které jsou způsobeny toxinogenními kmeny S. aureus. V současnosti (říjen 2015) je popsáno 52 koaguláza negativních stafylokoků [1], z nich asi polovina může být izolována z humánního klinického materiálu. Dlouho jsou známé infekce močových cest vyvolané kmeny S. saprophyticus subsp. saprophyticus. KNS mohou být příčinou endokarditid, cystitid, osteomyelitid, meningitid, zhnisaných ran zvláště operačních. V infekcích spojených se zdravotní péčí jsou KNS častým etiologickým agens onemocnění krevního řečiště. V opodstatněných případech je zapotřebí kmeny KNS identifikovat a zjistit jejich citlivost k antibiotikům. Je samozřejmě důležité zvážit, kdy se jedná o původce infekce a kdy jde o kontaminaci. Vzhledem k své ubikviternosti představují KNS nejčastější kontaminaci hemokultur i dalšího vyšetřovaného materiálu. Odlišení kmenů KNS od S. aureus K odlišení kmenů KNS od kmenů S. aureus se v bakteriologických laboratořích běžně používá latexový test na Clumping (shlukovací) faktor, nazývaný též vázaná koaguláza. Je vhodné používat testy 3. generace, tj. ty, které jsou schopné vedle clumping faktoru detekovat protein A a kapsulární polysacharidy kmenů MRSA. Obvykle mají v označení slůvko plus. Pozitivní výsledek testu na clumping faktor mohou mít i kmeny S. lugdunensis a S. schleiferi subsp. schleiferi a s některými latexovými kity i kmeny S. petrasii subsp. petrasii. K průkazu kmenů S. aureus se v (NRL/St) nejvíce osvědčilo zjišťování produkce enzymu hyaluronidáza [2]. Z dosud testovaných více jak kmenů S. aureus vychází chyba (falešná negativita) této reakce asi 1 %. U sporných případů se řídíme výsledky genotypizace: metodou PCR zjišťujeme přítomnost nuc genu, který kóduje produkci termorezistentní nukleázy kmenů S. aureus. Identifikace kmenů KNS obecně Identifikace kmene KNS se v klinických laboratořích provádí fenotypovými testy. V naší republice jsou k dispozici dobré komerční sety STAPHYtest 24 firmy Erba-Lachema. Slovenská firma Diagnostics produkuje velice obdobné kity IDmikro GP24. Mají-li laboratoře možnost, používají kity API Staph, případně ID 32 Staph testy firmy Biomérieux, BBL Crystal Gram-positive ID Kit firmy Becton Dickinson a jiné. Vyhodnocování se obvykle provádí pomocí příslušných počítačových programů pro STA- PHYtesty 24 využíváme identifikační software TNW rovněž od firmy Erba-Lachema. V poslední době stále více laboratoří používá hmotnostní spektrometrii, převážně pomocí přístroje Microflex (Bruker Daltonics). V případě stafylokoků identifikuje program Biotyper velice dobře. Rod Staphylococcus je z tohoto hlediska opravdu ukázněným a fenotypová identifikace je v souhlase s daty, získanými hmotnostní spektrometrií. 332

2 INFORMACE Z NRL A ODBORNÝCH PRACOVIŠŤ SZÚ ORIDES Přes naprosto nezbytné rozšíření počítačových programů se pro identifikaci KNS na některých bakteriologických pracovištích používá stále i dichotomické schéma naší laboratoře ORIDES (Orientační identifikace stafylokoků). Prezentujeme jeho aktualizaci, s kterou může ORIDES sloužit do té doby, než bude hmotnostní spektrometrie a molekulární metody běžně dostupné. V české literatuře bylo poprvé uvedeno dichotomické schéma pro KNS v roce 1983 prof. Hájkem a jeho kolegy [3]. Ve dvou tabulkách (NOV-R a NOV-C) bylo zařazeno 14 druhů KNS. Schéma bylo prof. Hájkem inovováno v roce 1985 [4]. Obsahovalo všech 17 tenkrát známých druhů KNS. Jiné schéma publikoval v r prof. Akatov z Gamalejova Institutu v Moskvě [5]. V naší laboratoři jsme vyvinuli schéma ORIDES, které bylo poprvé publikováno v roce 1995 [6]. Zahrnovalo 17 druhů KNS, které se nejčastěji vyskytovaly v humánním klinickém materiálu. V roce 1998, kdy byl v International Journal of Systematic Bacteriology popsán poměrně častý poddruh S. hominis subsp. novobiosepticus, byl ORIDES rozšířen na 19 taxonů KNS. Další aktualizace ORIDESu byla publikována v roce 2010 [7]. Bylo v něm zařazeno 20 stafylokokových druhů (poddruhů), oproti verzi z roku 1998 byl přidán druh S. caprae, který ač původně kozí stafylokok, popisovaný jako původce kozích mastitid, začal se častěji nacházet i v humánním klinickém materiálu. V aktuálně prezentované verzi přibylo 5 nových stafylokokových taxonů: S. pettenkoferi a čtyři poddruhy českého druhu S. petrasii: subsp. petrasii, subsp. croceilyticus, subsp. jettensis a subsp. pragensis, které byly recentně uvedeny do taxonomie rodu [1]. K zpřesnění identifikace slouží i nově vytvoření čtvrtá tabulka schématu, ORIDES IV. Identifikace podle schématu ORIDES Základní rozdělení KNS se v ORIDES provádí podle výsledku diskového testu na zjištění rezistence k novobiocinu. Kmeny k novobiocinu rezistentní se identifikují podle tabulky I., kde se nejprve prověří produkce oxidázy. U kmenů k novobiocinu citlivých se zjistí produkce ureázy. Kmeny s pozitivní ureázou se zařadí do tabulky II., kmeny s ureázou negativní do tabulky III. Kmeny ureáza a sacharóza pozitivní, manitol negativní se identifikují podle nové tabulky ORIDES IV. Tabulka I. ORIDES I. (VERZE 2015) (stejn s p edchozì) OrientaËnÌ identifikace koagul zanegativnìch stafylokok, novobiocin RezistentnÌ S.xylosus, S.saprophyticus subsp. saprophyticus, S.hominis subsp. novobiosepticus, S.cohnii subsp. cohnii, S.cohnii subsp. urealyticus, S.sciuri (poddruhy nelze odliöit) event. vz cnè S.lentus a S.vitulinus. rafinûza oxid za xylûza S.lentus S.xylosus manûza S.sciuri sp. S.vitulinus sacharûza trehalûza ure za S.saprophyticus subsp. S.hominis subsp. S.cohnii subsp. S.cohnii subsp. saprophyticus novobiosepticus urealyticus cohnii 333

3 ZPRÁVY CENTRA EPIDEMIOLOGIE A MIKROBIOLOGIE (SZÚ, PRAHA) 2015; 24(10) Celkem je v ORIDESu použito 18 základních biochemických reakcí, běžně používaných v bakteriologických laboratořích, ať už konvenčně, nebo v různých kitech viz tabulka V. ORIDES slouží k orientační identifikaci nejčastějších 25 druhů, resp. poddruhů koaguláza negativních stafylokoků, které se podle výsledků vyskytují v humánním klinickém materiálu (tabulka VI.). Schéma je založeno na charakteristických fenotypových vlastnostech jednotlivých taxonů, které mají v databázi výsledků reakcí rozlišující hodnoty, pokud možno alespoň 15 versus 85. U aberantních kmenů, které mají diskriminující charakteristiku atypickou, vyjde výsledek identifikace odlišně od skutečnosti. Podle dlouhodobých porovnání naší laboratoře je těchto kmenů asi %. Poděkování Autor děkuje svým současným spolupracovnicím Míle a Jance i všem bývalým kolegyním v za perfektní spolupráci. Dík patří i doc. Sedláčkovi a dr. Švecovi z České sbírky mikroorganismů v Brně a doc. Pantůčkovi z Ústavu experimentální biologie Přírodovědecké fakulty Masarykovy Univerzity v Brně za genotypové identifikace problematických kmenů. LITERATURA [1] Švec P, Pantůček R, Sedláček I, Petráš P. Aktuální změny v rodu Staphylococcus Zprávy CEM (SZÚ, Praha) 2015; 24(4): [2] Andrysík T, Machová I, Petráš P, Votava M. Průkaz hyaluronidázy u kmenů rodu Staphylococcus. Zprávy CEM (SZÚ, Tabulka II. ORIDES II. (VERZE 2015) OrientaËnÌ identifikace koagul zanegativnìch stafylokok, novobiocin CitlivÈ, ure za + S.caprae, S.simulans, S.warneri, S.pasteuri, S.capitis subsp. urealyticus, S.lugdunensis, S.hominis subsp. hominis, S.epidermidis, S.petrasii subsp. petrasii a croceilyticus, S.pettenkoferi u kmen S. pettenkoferii je okyselov nì sacharûzy opoûdïnè 2. aû 3. den sacharûza manitol S.caprae trehalûza viz ORIDES IV. N-acetylglukosamin S.capitis subsp. urealyticus S.simulans β-glukuronid za PYR test sorbitol S.petrasii S.petrasii S.pasteuri S.warneri subsp. croceilyticus subsp. petrasii 334

4 INFORMACE Z NRL A ODBORNÝCH PRACOVIŠŤ SZÚ Praha) 2004; 13(5): [3] Hájek V, Maršálek E, Horák V. Diagnostika stafylokoků a stafylokokových infekcí. AHEM (IHE, Praha) 1983; příloha 5: [4] Hájek V. Nové poznatky o klasifikaci stafylokoků. ČEMI 1985; 34(4): [5] Akatov AK. Dopolnenija k sovremennoj klasifikacii stafilokokkov. Žurnal mikrobiologii (Moskva) 1988; 12(1): 3 8. [6] Petráš P. ORIDES orientační identifikace koaguláza negativních stafylokoků z klinického materiálu. Epidemiol mikrobiol imunol 1995; 44(1): [7] Petráš P. ORIDES orientační identifikace koaguláza negativních stafylokoků verze Zprávy EM (SZÚ, Praha); 19(12): RNDr. Petr Petráš, CSc. CEM-SZÚ, Praha Tabulka III. ORIDES III. (VERZE 2015) OrientaËnÌ identifikace koagul za-negativnìch stafylokok, novobiocin CitlivÈ, ure za ñ S.lugdunensis, S.haemolyticus, S.capitis subsp. capitis, S.schleiferi subsp. schleiferi, S.auricularis, S.petrasii subsp. jettensis a S.petrasii subsp. pragensis VP test sacharûza trehalûza S.capitis subsp. capitis trehalûza manitol pyrrolidonylrylamid za S.capitis S.schleiferi S.haemolyticus S.auricularis subsp. capitis subsp. schleiferi ornitin S.lugdunensis arginin S.petrasii subsp. jettensis N-acetylglukosamin S.haemolyticus S.petrasii subsp. pragensis 335

5 ZPRÁVY CENTRA EPIDEMIOLOGIE A MIKROBIOLOGIE (SZÚ, PRAHA) 2015; 24(10) Tabulka IV. ORIDES IV. (VERZE 2015) OrientaËnÌ identifikace koagul za-negativnìch stafylokok, novobiocin CitlivÈ ure za +, sacharûza +, manitol ñ S.warneri, S.lugdunensis, S.hominis subsp. hominis, S.petrasii subsp. petrasii, S.petrasii subsp. croceilyticus, S.epidermidis, S.pettenkoferi trehalûza arginin PYR test S.pettenkoferi PYR test ornitin thioglykol t β-glukuronid za S.lugdunensis S.hominis S.epidermidis S.hominis subsp. hominis subsp. hominis β-glukozid za S.petrasii S.petrasii S.warneri S.hominis subsp. croceilyticus subsp. petrasii subsp. hominis 336

6 INFORMACE Z NRL A ODBORNÝCH PRACOVIŠŤ SZÚ Tabulka V. Biochemické reakce použité ve schématu ORIDES Č. zkratka reakce 1 NOV rezistence k novobiocinu 2 OXI oxidáza 3 RAF rafinóza 4 MNS manóza 5 XYL xylóza 6 SUC sacharóza 7 TRE trehalóza 8 URE ureáza 9 MAN manitol 10 NAG N-acetylglukosamin 11 PYR pyrrolidonylarylamidáza 12 GLR beta-glukuronidáza 13 SOR sorbitol 14 VPT acetoin 15 ORN ornitin dekarboxyláza 16 ARG arginin dihydroláza 17 THI anaerobní růst (thioglykolát) 18 GLS beta-glukosidáza Tabulka VI. Koaguláza negativní stafylokoky zahrnuté ve schématu ORIDES (verze 2015) Č. zkratka *) druh/poddruh rodu Staphylococcus 1 SAC S. auricularis 2 SCA S. capitis subsp. capitis 3 SUR S. capitis subsp. urealyticus 4 SCP S. caprae 5 SCO S. cohnii subsp. cohnii 6 SCU S. cohnii subsp. urealyticus 7 SEP S. epidermidis 8 SHA S. haemolyticus 9 SHO S. hominis subsp. hominis 10 SHN S. hominis subsp. novobiosepticus 11 SLE S. lentus 12 SLU S. lugdunensis 13 SPA S. pasteuri 14 SPC S. petrasii subsp. croceilyticus 15 SPJ S. petrasii subsp. jettensis 16 SPP S. petrasii subsp. petrasii 17 SPR S. petrasii subsp. pragensis 18 SPE S. pettenkoferi 19 SSA S. saprophyticus subsp. saprophyticus 20 Ssc S. sciuri (poddruhy nelze odlišit) 21 SSF S. schleiferi subsp. schleiferi 22 SSI S. simulans 23 SVI S. vitulinus 24 SWA S. warneri 25 SXY S. xylosus *)zkratka používaná v 337