MASARYKOVA UNIVERZITA PŘÍRODOVĚDECKÁ FAKULTA ÚSTAV EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE ČESKÁ SBÍRKA MIKROORGANISMŮ S. aureus S. simiae (D83357) (AY727530) S. hominis (X66101) S. haemolyticus (D83367) S. stepanoicii (GQ222244) S. derisei (AB009941) S. fleurettii (AB233330) S. lugdunensis S. itulinus (AB009946) (AB009941) S. lentus (D83370) S. sciuri (S83569) S. delphini (AB009938) S. intermedius (D83369) S. schleiferi (S83568) S. simulans (D83373) S. condimenti (Y15750) S. piscifermentans (AB009943) S. carnosus (AB009934) S. pettenkoferi(af322002) S. kloosii (AB009940) S. nepalensis (AJ517414) S. cohnii (D83361) S. arlettae (AB009933) S. gallinarum (D83366) S.equorum (AB009939) S. succinus (AF004219) Staphylococcus petrasii, noý druh z humánního klinického materiálu Pael Šec 1, Roman Pantůček 2, Petr Petráš 3 1 Česká sbírka mikroorganismů a 2 Oddělení genetiky a molekulární biologie, Ústa experimentální biologie, Přírodoědecká fakulta, Masarykoa unierzita, Brno 3 Národní referenční laboratoře pro stafylokoky, Státní zdraotní ústa, Praha Projekt Centrum experimentální biomedicíny (CZ.1.07/2.3.00/20.0183) Seminář ČSSM, Brno, 11. 12. 2014
V současnosti popsáno 48 druhů stafylokoků S. agnetis S. gallinarum S. piscifermentans S. argenteus S. haemolyticus S. pseudintermedius S. arlettae S. hominis subsp. hominis S. rostri S. aureus subsp. anaerobius S. hominis subsp. noobiosepticus S. saccharolyticus S. aureus subsp. aureus S. hyicus S. saprophyticus subsp. saprophyticus S. auricularis S. chromogenes S. saprophyticus subsp. bois S. capitis subsp. capitis S. intermedius S. sciuri subsp. carnaticus S. capitis subsp. urealyticus S. kloosii S. sciuri subsp. rodentium S. caprae S. lentus S. sciuri subsp. sciuri S. carnosus subsp. carnosus S. lugdunensis S. schleiferi subsp. coagulans S. carnosus subsp. utilis S. lutrae S. schleiferi subsp. schleiferi S. cohnii subsp. cohnii S. massiliensis S. schweitzeri S. cohnii subsp. urealyticus S. microti S. simiae S. condimenti S. muscae S. simulans S. delphini S. nepalensis S. stepanoicii S. deriesei S. pasteuri S. succinus subsp. casei S. epidermidis S. petrasii subsp. croceilyticus S. succinus subsp. succinus S. equorum subsp. equorum S. petrasii subsp. jettensis S. itulinus S. equorum subsp. linens S. petrasii subsp. petrasii S. warneri S. felis S. pettenkoferi S. xylosus S. fleurettii
Becker et al., 2014, Clin. Microbiol. Re. 27: 870-926
Noé druhy stafylokoků od roku 2010 S. microti hraboš obecný 2010 Noákoá S. massiliensis čloěk 2010 Masalma S. rostri prase 2010 Riesen S. deriesei kráa 2010 Supré S. agnetis kráa 2011 Taponen S. stepanoicii hlodaci, hmyzožraci 2012 Hauschild S. petrasii subsp. petrasii čloěk 2013 Pantůček S. petrasii subsp. croceilyticus čloěk 2013 Pantůček S. petrasii subsp. jettensis čloěk 2014 De Bell S. argenteus čloěk 2014 Tong S. schweitzeri opice 2014 Tong tisku International Journal of Systematic and Eolutionary Microbiology (IJSEM)
Produkce koagulázy - důležitý faktor irulence 11 stafylokoků je koagulázapozitiních S. aureus subsp. aureus S. aureus subsp. anaerobius oce S. delphini delfín S. intermedius diocí ptáci, zířata S. lutrae ydra říční S. pseudintermedius pes, zířata S. schleiferi subsp. coagulans pes S. argenteus opice S. schweitzeri čloěk Variabilní reakce: S. agnetis kráa S. hyicus prase
Staphylococcus petrasii RNDr. Petr Petráš, CSc. Odd. stafylokokoých a alimentárních bakteriálních infekcí NRL pro stafylokoky Státní zdraotní ústa, Praha
S. petrasii chronologie popisu V letech 2007-2009 zachytil dr. Petráš NRL/St tři kmeny biochemicky odpoídající atypickým S. warneri. V r. 2008 popisuje dr. Dajcs (Alcon Laboratories, USA) na posteru konference ASM izoláty "S. croceolyticus" z infekcí ucha; 4 kmeny poskytnul našemu pracoišti. Do roku 2012 se NRL/St podařilo zachytit 6 dalších kmenů patřících do této skupiny. Na základě taxonomického studia těchto kmenů byl roce 2013 popsán noý druh Staphylococcus petrasii se děma poddruhy S. petrasii subsp. petrasii a S. petrasii subsp. croceilyticus, které je možné jednoznačně biochemicky i geneticky odlišit (Syst. Appl. Microbiol., březen 2013). S. petrasii byl alidoán IJSEM (alidační list č. 152) 6. čerence 2013.
S. petrasii chronologie popisu O necelé da měsíce později (září 2013) ychází IJSEM popis podobného druhu Staphylococcus jettensis (8 kmenů z humánního klinického materiálu).
S. petrasii chronologie popisu Ve společné práci naší a belgické skupiny byl druh S. jettensis reklasifikoán na noý poddruh S. petrasii subsp. jettensis.
S. petrasii chronologie popisu V recenzním řízení je IJSEM popis čtrtého poddruhu S. petrasii subsp. pragensis (6 kmenů humánní klinický materiál + 1 kmen zorek zduchu z pioaru Bruselu).
S. petrasii fylogenetická pozice 16S rrna 53 21 21 87 S. petrasii subsp. pragensis P5397T 78 S. petrasii subsp. croceilyticus MCC10046T (AY953148) S. petrasii subsp. jettensis SEQ110T (JN092118) 22 75 S. petrasii subsp. petrasii CCM 8418T (JX139845) S. haemolyticus ATCC 29970T (D83367) S. hominis subsp. hominis ATCC 27844T (L37601) 100 S. hominis subsp. noobiosepticus GTC 1228T (AB233326) S. deriesei KS-SP_60T (FJ389206) S. lugdunensis ATCC 43809T (AB009941) S. warneri ATCC 27836T (L37603) 95 S. pasteuri ATCC 51129T (AB009944) S. aureussubsp. aureus ATCC 12600T (D83357) 0.002 hsp60, rpob, dnaj, gap, tuf 52 98 100 100 100 S. petrasii subsp. jettensis SEQ110T S. petrasii subsp. petrasii CCM 8418T S. petrasii subsp. croceilyticus MCC10046T S. petrasii subsp. pragensis P5397T S. deriesei KS-SP_60T 97 S. haemolyticus ATCC 29970T S. hominis subsp. hominis ATCC 27844T 100 S. hominis subsp. noobiosepticus GTC 1228T S. warneri ATCC 27836T 100 S. pasteuri ATCC 51129T S. lugdunensis ATCC 43809T 0.01
Similarity (%) S. petrasii rep-pcr 20 40 60 80 100 LMG 28328 NRL/St 14/221 NRL/St 94/190 NRL/St 12/356 T S. petrasii subsp. pragensis NRL/St 13/623 NRL/St 14/114 NRL/St 93/321 MCC10692 CCM 8422 SEQ027 S. petrasii subsp. croceilyticus CCM 8421 T MCC11690 NRL/St 11/077 NRL/St 12/015 NRL/St 12/012 CCM 8418 T NRL/St 06/029 S. petrasii subsp. petrasii NRL/St 08/280 CCM 8420 CCM 8419 NRL 07/45 MCC95747 SEQ258 SEQ036 SEQ256 SEQ259 S. petrasii subsp. jettensis CCM 8494 T SEQ255 SEQ257 S. hominis subsp. hominis CCM 3474 T S. hominis subsp. noobiosepticus CCM 4786 T S. deriesei CCM 7896 T S. haemolyticus CCM 2737 T S. lugdunensis CCM 4064 T Molecular Size Marker
48.0 9.6 6.3 3.2 2.2 0.99 (Kbp) ČESKÁ SBÍRKA MIKROORGANISMŮ S. petrasii ribotypizace40 Similarity (%) 60 80 100 NRL/St 93/321 NRL/St 14/221 NRL/St 14/114 NRL/St 13/623 NRL/St 94/190 S. petrasii subsp. pragensis NRL/St 12/356 T LMG 28328 S. deriesei CCM 7896 T S. hominissubsp. hominis CCM 3474 T S. lugdunensis CCM 4064 T CCM 8421 T CCM 8422 SEQ027 S. petrasii subsp. croceilyticus MCC11690 MCC10692 NRL 11/077 NRL 06/029 NRL 12/015 NRL 07/045 CCM 8420 NRL 12/012 S. petrasii subsp. petrasii CCM 8418 T NRL 08/280 CCM 8419 SEQ036 SEQ256 SEQ255 SEQ257 CCM 8494 T S. petrasii subsp. jettensis SEQ259 SEQ258 MCC95747 S. hominis subsp. noobiosepticus CCM 4786 T S. haemolyticus CCM 2737 T Molecular Size Marker
S. petrasii MALDI-TOF Přístrojem Microflex LT (Bruker Daltonics) při použití software Maldi Biotyper (DBUpdate 4111) jsou kmeny S. petrasii identifikoány jako: Staphylococcus sp. 10w414721 RLH Staphylococcus sp. 901400083 LBK Staphylococcus sp. 4 PIM
S. petrasii biochemická identifikace Odlišení KNS citliých k noobiocinu; pozitiních ureáze, sacharóze a trehalóze; negatiních manitolu: ARG PYR GLR S. lugdunensis S. hominis subsp. hominis S. hominis subsp. hominis + S. warneri + S. petrasii subsp. petrasii (SPP) + + S. petrasii subsp. croceilyticus (SPC) + +w + ARG, arginin dihydroláza; PYR, pyrrolidonyl arylamidáza; GLR, beta-glukuronidáza SPP a SPC jsou URE +, fenotypoě nejblíže k S. warneri, resp. S. hominis subsp. hominis - jdou elmi dobře odlišit pozitiním PYR testem. TNW (STAPHYtest 24) obykle identifikuje SPP a SPC jako S. warneri.
S. petrasii biochemická identifikace Odlišení KNS citliých k noobiocinu; negatiních ureáze; pozitiních sacharóze a trehalóze: ORN ARG NAG NIT S. lugdunensis + + + S. haemolyticus + + + S. petrasii subsp. jettensis (SPJ) + + S. petrasii subsp. pragensis (SPR) d d ORN, ornitin dekarboxyláza; ARG, arginin dihydroláza; NAG, N-acetyl glukosamin; NIT, nitrát reduktáza SPJ a SPR jsou URE, tj. podobné k S. haemolyticus a S. lugdunensis. S. haemolyticus i S. lugdunensis oproti nim mají pozitiní N-acetyl glukosamin. S. lugdunensis má naíc pozitiní ornitin. TNW (STAPHYtest 24) obykle identifikuje SPJ S. haemolyticus /S. warneri; SPR jako Kocuria kristinae /S. haemolyticus
S. petrasii biochemická diferenciace poddruhů SPP SPC SPJ SPR Manóza + - - - D-Arabinóza - + - - Arginin dihydroláza + + + d Deoxyribonukleáza w - - + beta-glukuronidáza - + d d Ureáza + + - - D-Manitol d - + - Staphylococcus petrasii subsp. petrasii: Pozitiní aglutinace s kity 3. generace (CPF+protein A+ specifické kapsulární polysacharidy): Staphaurex plus (OXOID, dříe Murex), Pastorex Staph plus test (Bio-Rad), Staph Plus (DiaMondiaL). Negatiní: sklíčkoá koaguláza, Staphylo La Seiken (Denka Seiken), Staphytect plus (Oxoid), Staphylase test (Oxoid). Zbýající 3 poddruhy negatiní šemi testy.
Zdroje izolace - S. petrasii subsp. petrasii kmen materiál diagnóza M/Ž ěk datum izolace lokalita NRL/St 06/029 nemocniční prostředí - - - leden 2006 Noé Město na Moraě NRL/St 07/045 ýtěr nosu zdraá žena monitoroaná pro nosičstí Ž 31 leden 2007 Strakonice NRL/St 08/280 hnis z rány zhnisaná rána na noze M 6 duben 2008 České Budějoice NRL/St 08/738 ýtěr z uší noorozenecká bakt. sepse Ž 0 září 2008 Hořoice NRL/St 10/670 hemokultura? (pobyt na ARO) Ž 87 čerenec 2010 Strakonice NRL/St 10/1050 hemokultura mozkoé krácení M 59 prosinec 2009 Trutno NRL/St 11/077 hemokultura bolest břicha (EARSS) Ž 60 únor 2011 Klatoy NRL/St 12/012 hemokultura nízká porodní áha Ž 0 leden 2012 Ústí n. Labem NRL/St 12/015 hemokultura mozkoá příhoda Ž 78 leden 2012 Kladno NRL/St 07/427 hemokultura horečka neznámého půodu M 56 kěten 2007 České Budějoice NRL/St 08/435 hemokultura sekund. zhoubný nootar mízních uzlin (EARSS) Ž 41 kěten 2008 České Budějoice NRL/St 08/525 hemokultura? (zasláno do EARSS) M 68 čerenec 2008 Šternberk NRL/St 12/584 hemokultura horečka neznámého půodu (EARS-Net) Ž 76 září 2012 Tábor NRL/St 13/057 hemokultura akutní respirační selhání (EARS-Net) Ž 50 leden 2013 Liberec NRL/St 14/065 pošení ýtěr péče o matku pro nízkou hmotnost plodu Ž 24 leden 2014 Písek NRL/St 14/108 hnis z rány stěr zhisané rány Ž 90 únor 2014 Hořoice NRL/St 14/220 moč akutní cystitida Ž 40 březen 2014 Strakonice NRL/St 14/261 hemokultura zánět žaludku - dyspepsie Ž 53 březen 2014 Liberec NRL/St 14/277 hnis z rány mnohočetná poranění hlay M 58 březen 2014 Strakonice NRL/St 14/362 pošení ýtěr dohled na riz. těhotenstím Ž 36 kěten 2014 Strakonice NRL/St 14/452 stěr kůže před odběrem septikémie, popálenina M 83 čeren 2014 Praha
S. petrasii subsp. croceilyticus kmen materiál diagnóza M/Ž ěk datum izolace lokalita MCC57032 ýtěr z uší ýtěr zdraého ucha Ž 32 říjen 2001 Texas MCC10046 ýtěr z uší akutní otitis externa M 5 kěten 1998 Texas MCC10692 ýtěr z uší akutní otitis externa Ž 7 říjen 1998 Texas MCC11690 ýtěr z uší akutní otitis externa M 1 říjen 1998 Texas NRL/St 13/014 moč infekce močoých cest M 2 leden 2013 Litomyšl SEQ027 hemokultura Antwerpy S. petrasii subsp. jettensis kmen materiál diagnóza M/Ž ěk datum izolace lokalita NRL/St 13/078 moč zhoubný nootar prsu Ž 64 únor 2013 Litomyšl NRL/St 13/113 nemocniční prostředí LDN - - - březen 2013 Horažďoice NRL/St 13/114 nemocniční prostředí LDN - - - březen 2013 Horažďoice SEQ110 hemokultura Jette NRL/St 13/624 hemokultura pneumonie Ž 94 říjen 2013 Jindřichů Hradec SEQ036 katétr Jette SEQ255 stěr z rány Jette SEQ256 mozkomíšní zorek Jette SEQ257 katétr Jette SEQ259 hemokultura Jette NRL/St 14/274 hemokultura epilepsie M 58 březen 2014 Strakonice SEQ258 biopsie Jette NRL/St 14/961 hemokultura M 68 říjen 2014 Písek NRL/St 14/1028 hemokultura M 86 listopad 2014 Plzeň
S. petrasii subsp. pragensis kmen materiál diagnóza M/Ž ěk datum izolace lokalita NRL/St 93/321 hnis, rána léze na prstu ruky Ž 22 duben 1993 Praha NRL/St 94/190 hnis z tkáně appendixu appendicitida M 52 únor 1994 Praha NRL/St 12/356 ejakulát chronická prostatitida M 58 kěten 2012 Praha NRL/St 13/623 hemokultura pankreatitida M 55 říjen 2013 Ostraa R-50788 pioar zduch - - kěten 2013 Brusel NRL/St 14/114 hemokultura sepse M 45 únor 2014 Plzeň NRL/St 14/221 hnis, rána flegmóna trupu M 56 březen 2014 Strakonice NRL/St 14/358 hnis, rána flegmóna prstů M 80 duben 2014 Strakonice NRL/St 14/481 hnis absces na hlaě M 41 čeren 2014 Strakonice
S. petrasii citliost k ATB Difusní diskoý test (disky Oxoid) Cefoxitin Ciproflo oxacin Clindam mycin * Erythro omycin Trimeth Fusidic acid Gentam micin Rifampicin hoprim/sulfamethoxazole Tigecyc cline Mupiroc cin Tetracyc ycline Chloram mphenicol Linezolid Benzylp penicilin Vancom mycin Teicopla lanin (zóna podle CLSI) Poddruh (počet kmenů) CXT CIP CLI* ERY COT FUS GEN RIF TGC MUP TET CMP LNZ PEN VAN TEI S. petrasii subsp. petrasii (17) 0% 0% 6% 18% 0% 0% 0% 0% 0% 0% 6% 0% 0% 76% 0% 0% S. petrasii subsp. croceilyticus (6) 0% 0% 33% 33% 0% 0% 0% 0% 0% 0% 13% 0% 0% 33% 0% 0% S. petrasii subsp. jettensis (11) 64% 0% 64% 64% 0% 64% 18% 9% 0% 27% 18% 0% 0% 100% 0% 0% S. petrasii subsp. pragensis (9) 0% 0% 11% 27% 0% 0% 0% 0% 11% 11% 27% 0% 0% 27% 0% 0% * u některých kmenů byla prokázána inducibilní rezistence ke CLI
S. petrasii je typickým KNS Kmeny S. petrasii hrají zřejmě humánním klinickém materiálu roli podmíněného patogena, podobně jako řada dalších KNS. V současnosti máme k dispozici 52 izolátů (ČR, Belgie, USA). Nejčastěji byly izoloány z hemokultur, ale ýskyt různém klinickém materiálu. Pacienty jsou často starší osoby, nebo naopak malé děti. Doposud nejspíše identifikoány jako atypický S. warneri, se kterým jsou fenotypoě nejbližší. Suspektní S. petrasii poskytnout dr. Petrášoi.
MASARYKOVA UNIVERZITA PŘÍRODOVĚDECKÁ FAKULTA ÚSTAV EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE ČESKÁ SBÍRKA MIKROORGANISMŮ DĚKUJI VÁM ZA POZORNOST Projekt Centrum experimentální biomedicíny (CZ.1.07/2.3.00/20.0183) Seminář ČSSM, Brno, 11. 12. 2014