UNIVERZITA OBRANY BRNO FAKULTA VOJENSKÉHO ZDRAVOTNICTVÍ HRADEC KRÁLOVÉ

Transkript

1 UNIVERZITA OBRANY BRNO FAKULTA VOJENSKÉHO ZDRAVOTNICTVÍ HRADEC KRÁLOVÉ AUTOREFERÁT DISERTAČNÍ PRÁCE Monitorování antibiotické rezistence u vybraných původců nozokomiálních infekcí MUDr. Lucie Bareková Doktorský studijní program Lékařská mikrobiologie Hradec Králové 2018

2 Obsah 1. Úvod Cíle práce Současná úroveň znalostí o řešené problematice Antibiotická rezistence, sledování antibiotické rezistence a její kontrola a problematika u vybraných mikrobiálních druhů Surveillance nozokomiálních infekcí (infekcí spojených se zdravotní péčí) a infekcí krevního řečiště Infekce krevního řečiště, antibiotická rezistence u vybraných významných patogenů Materiál a metodika Surveillance infekcí krevního řečiště a monitorování antibiotické rezistence u bakteriálních původců infekcí krevního řečiště Monitorování antibiotické rezistence v PKN u vybraných bakteriálních druhů Monitorování kmenů MRSA a kmenů K. pneumoniae s produkcí širokospektré betalaktamázy ESBL (KLPN ESBL) na všech odděleních PKN Genetická analýza kmenů MRSA a kmenů K. pneumoniae Výsledky Surveillance infekcí krevního řečiště a monitorování antibiotické rezistence u bakteriálních původců infekcí krevního řečiště Vývoj antibiotické rezistence u nejčastějších původců NIKR a výskyt kmenů se specifickými determinantami rezistence v jednotlivých letech Výsledky monitorování antibiotické rezistence v PKN u vybraných bakteriálních druhů Monitorování výskytu kmenů K. pneumoniae s produkcí širokospektré beta-laktamázy typu ESBL Monitorování výskytu kmenů MRSA Závěry a přínosy pro praxi Surveillance infekcí krevního řečiště a monitorování antibiotické rezistence u bakteriálních původců infekcí krevního řečiště Incidence a zdroj infekcí krevního řečiště, antibiotická rezistence, specifické determinanty rezistence

3 Vývoj antibiotické rezistence u nejčastějších původců NIKR a výskyt kmenů se specifickými determinantami rezistence v jednotlivých letech Monitorování antibiotické rezistence v PKN u vybraných bakteriálních druhů K. pneumoniae s produkcí ESBL S. aureus rezistentní k oxacilinu (meticilinu) MRSA Genetická analýza kmenů MRSA Genetická analýza kmenů K. pneumoniae Přínosy pro praxi Surveillance infekcí krevního řečiště a monitorování antibiotické rezistence u bakteriálních původců infekcí krevního řečiště Monitorování antibiotické rezistence v PKN u vybraných bakteriálních druhů, genetická analýza kmenů MRSA a kmenů K. pneumoniae Souhrn Summary Literatura Seznam autorských a spoluautorských prací

4 1. ÚVOD Antibiotická rezistence (AR) má v podmínkách nemocnice lokální charakter. Situace se ve zdravotnickém zařízení může lišit od celostátní situace, může být odlišná i na různých pracovištích nemocnice. Pro značné lokální rozdíly má sledování výskytu AR u původců nozokomiálních infekcí pro konkrétní nemocnici zásadní význam. Podmínkou pro klinicky orientovanou surveillance AR je provádění rutinní incidenční surveillance hlavních skupin nozokomiálních infekcí, například infekcí krevního řečiště. Výstupy lokální surveillance AR se využívají pro volbu úvodní antibiotické léčby a přípravu lokálních doporučených postupů a dále pro omezení šíření rezistentních kmenů v nemocnici. V případě, že se hodnotí trendy AR nejenom u původců infekcí, ale také u kolonizujících kmenů daného druhu, je možné výsledky využít i v lokální antibiotické politice [1, 2, 3, 4]. 2. CÍLE PRÁCE 1. Popsat výskyt infekcí krevního řečiště v Pardubické nemocnici (PKN). Zjistit incidenci a definovat zdroje nozokomiálních infekcí krevního řečiště (NIKR). 2. Popsat spektrum bakteriálních původců NIKR a u nejčastěji identifikovaných původců stanovit citlivost k antibiotikům a výskyt multirezistence. 3. Porovnat zdroj a výskyt bakteriální rezistence u NIKR a infekcí krevního řečiště komunitního původu (KIKR) diagnostikovaných v PKN. 4. Porovnat výskyt bakteriální rezistence u NIKR s celostátními daty a literárními údaji. 5. Na základě výsledků celonemocničního sledování NIKR provést u vybraných bakteriální druhů s prokázanou multirezistencí k antibiotikům nebo specifickými determinantami rezistence genetickou analýzu. 6. Na základě výsledků dlouhodobé surveillance NIKR a genetické analýzy se pokusit objasnit šíření vybraných rezistentních kmenů v nemocnici nebo na určitém oddělení nemocnice. 3. SOUČASNÁ ÚROVEŇ ZNALOSTÍ O ŘEŠENÉ PROBLEMATICE 3.1. Antibiotická rezistence, sledování antibiotické rezistence a její kontrola a problematika u vybraných mikrobiálních druhů Podle definice je antibiotická rezistence schopnost bakterií odolávat účinku antibiotik, která se projevuje snížením nebo úplnou inaktivací jejich účinku [5]. Bakterie získávají rezistenci dvěma hlavními mechanismy. Buď de novo chromosomální mutací, nebo díky horizontálnímu přenosu 4

5 genů. Za primární rezistenci k některým antibiotikům odpovídá řada odlišných mechanismů. Patří sem např. nepřítomnost cílové struktury, snížená permeabilita bakteriální stěny, tvorba enzymů se sníženou afinitou, bakteriální efflux, produkce modifikujících enzymů [6]. Za přirozenou rezistenci mohou být také odpovědné chromosomálně kódované enzymy se schopností modifikovat nebo ničit antibiotika. Získaná (sekundární) rezistence znamená změnu z původně citlivé bakterie na rezistentní. Dochází ke změně bakteriálního genotypu. Tyto změny zahrnují mutace nebo získání nového genetického materiálu od rezistentních bakteriálních buněk prostřednictvím integronů, transpozonů nebo plazmidů. Tyto mobilní elementy mohou kódovat rezistenci k jednomu nebo více skupinám antibiotik. Vznik rezistence k mnoha antimikrobiálním agens (multirezistence) se u patogenních bakterií stal významnou hrozbou pro veřejné zdraví z důvodu omezené možnosti léčby nebo nedostupnosti efektivní antibiotické léčby pro infekce způsobené těmito multirezistentními kmeny. Na vzniku infekce nebo kolonizace rezistentními kmeny se podílí řada rizikových faktorů, které jsou pro hospitalizované pacienty specifické (pokročilý věk, základní onemocnění, závažnost onemocnění, překlady pacienta mezi zdravotnickými zařízeními, zvláště ze zařízení dlouhodobé péče, dlouhodobá hospitalizace, expozice invazivním vstupům všech typů, zvláště centrálním cévním katétrům a expozice antibiotikům) [7]. Nejčastějším zdrojem rezistentních bakterií v nemocnici jsou kolonizovaní nebo infikovaní pacienti [8, 9]. I personál zdravotnických zařízení byl identifikován jako zdroj rezistentních baktérií, především kmenů Staphylococcus aureus rezistentních k meticilinu (oxacilinu) MRSA [10, 11, 12]. Opakujícím se problémem v nemocnici je kontaminace prostředí, kontaminace pomůcek a povrchů multirezistentními kmeny [13, 14, 15]. Kontrola antibiotické rezistence je důležitá především proto, že její výskyt limituje možnosti léčby ve smyslu méně efektivní antibiotické terapie nebo nutnosti použití více toxických antibiotik, a zvyšuje morbiditu a mortalitu v důsledku infekcí způsobených multirezistentními bakteriemi [16, 17]. S infekcemi způsobenými těmito patogeny jsou spojeny i zvýšené náklady a prodloužená doba hospitalizace. Kontrola antibiotické rezistence může znamenat pro nemocnici i úsporu nákladů [18, 19]. Kontrola antibiotické rezistence v zařízení akutní péče vyžaduje mnohostranný a flexibilní přístup založený na edukaci personálu, surveillance antibiotické rezistence (pasivní i aktivní), prevenci infekcí, uplatňování standardních opatření pro omezování přenosu infekčních agens, izolačních opatřeních a antibiotické politice [20, 21, 22]. Sledování výskytu bakteriální rezistence u původců nozokomiálních infekcí má zásadní význam, hlavně pro velké místní rozdíly v jejich epidemiologii a dále pak pro rychlé změny, kdy bez průběžné surveillance není možná predikce stavu v rezistenci. V praxi je nutno význam každého izolátu posuzovat podle klinických kritérií, to předpokládá dostupnost potřebných informací z klinické dokumentace a dostatek kvalifikovaného personálu. I proto je podmínkou pro 5

6 takto klinicky orientovanou surveillance antibiotické rezistence provádět rutinně kontinuální a incidenční sledování hlavních skupin nozokomiálních infekcí. U infekcí krevního řečiště jsou k dispozici národní i evropská data. Je tedy možné s těmito daty srovnávat data získaná na lokální úrovni a mít tak zpětnou vazbu ohledně situace v nemocnici a eventuálně i o účinnosti preventivních opatření. Rutinní metody sledování antibiotické rezistence jsou založeny na fenotypových charakteristikách. Výběrově se využívají metody molekulární epidemiologie, které jsou významné například při vyšetřování epidemických epizod (outbreaků), kdy dochází v nemocnici k šíření multirezistentních kmenů. Ve snaze omezit nadužívání a nesprávné používání antibiotik byly formulovány zásady antibiotické politiky [23, 2, 24]. Antibiotickou politiku je možné definovat jako soubor opatření. Cílem těchto opatření je vysoká kvalita užívání antibiotik ve smyslu účinné a nákladově efektivní léčby a profylaxe. Zároveň je těmito opatřeními omezováno riziko vzestupu antibiotické rezistence. V České republice je praktická část antibiotické politiky uskutečňována antibiotickými středisky [25]. Systematická podpora uvážlivého používání antibiotik bez represivních opatření se označuje anglickým pojmem antimicrobial stewardship [2, 22]. Z hlediska kontroly infekcí je významná rezistence k oxacilinu (meticilinu) u kmenů S. aureus (MRSA), která znamená rezistenci ke všem beta-laktamovým antibiotikům (s výjimkou některých nových cefalosporinů). Enterobakterie zahrnují velkou skupinu gramnegativních aerobních bakterií, které jsou původci širokého spektra klinicky signifikantních infekcí u hospitalizovaných pacientů. V této skupině bakterií mají E. coli, Klebsiella sp., Enterobacter sp. hlavní epidemiologický význam z hlediska jejich tendence získat rezistenci k širokému spektru antibiotik. Častá je rezistence k aminoglykosidům, chinolonům, cefalosporinům vyšších generací, karbapenemům, vyskytují se kmeny multirezistentní a stále častěji i panrezistentní. Hlavní hnací silou evoluce cefalosporinové a karbapenemové rezistence mezi enterobakteriemi byl vzestup a rozšíření betalaktamáz. V současnosti jsou dominantními celosvětově rozšířené beta-laktamázy typu ESBL (extended spektrum betalactamases), konktrétně CTX-M-14 a CTX-M-15, dále pak AmpC cefalosporinázy (CMY), serinové karbapenemázy (KPC enzymy) a metalobeta-laktamázy (NDM-1, VIM, IMP) [26] Surveillance nozokomiálních infekcí (infekcí spojených se zdravotní péčí) a infekcí krevního řečiště Hlavním účelem surveillance nozokomiálních infekcí je včasné získání údajů, které slouží jako podklad pro cílenou prevenci a kontrolu těchto infekcí [27, 28]. 6

7 Údaje o výskytu infekcí spojených se zdravotní péčí je nutné znát specificky pro danou nemocnici, protože skladba pacientů a jejich rizikovost je v každém zařízení jiná. Na základě znalosti běžného výskytu je možné určit endemický výskyt infekcí, četnosti infekcí hodnotit v trendu, porovnávat výskyt infekcí s publikovanými daty, eventuálně zaznamenat vzestup výskytu infekcí [29]. K surveillance musí být používána standardní metodika a standardní definice případů (viz níže). Národní surveillance je v České republice organizována Národním referenčním centrem pro infekce spojené se zdravotní péčí [30] a na evropské úrovni Evropským centrem pro prevenci a kontrolu nemocí (European Centre for Disease Prevention and Control ECDC, Stockholm). Pro účely surveillance je v členských státech Evropské unie závazná oficiální evropská definice (dle rozhodnutí Evropské komise z roku 2012) [31]. Tato definice je omezena pouze na případy v souvislosti s hospitalizací. Tuto definici je nutné používat v současnosti v surveillance na všech úrovních. Kromě této definice existuje i termín infekce spojená se zdravotní péčí (healthcare associated infection), vycházející z definice pro účely Doporučení Rady Evropské unie o bezpečnosti pacientů včetně prevence a kontroly infekcí spojených se zdravotní péčí [32].Tato definice není omezena pouze na případy vzniklé v souvislosti s hospitalizací, ale na jakoukoliv interakci se zdravotní péčí, tedy i ambulantní. Abychom mohli případ infekce zařadit do databáze a do vyhodnocování výstupů, musí každý případ infekce odpovídat standardním definičním kritériím. V evropském definičním systému jsou infekce rozděleny do několika skupin, jednou ze skupin jsou infekce krevního řečiště (IKŘ) a katétrové infekce. Dle tohoto systému jsou případy členěny na IKŘ související s katétrem, na IKŘ s jiným zdrojem a infekce neznámého původu. IKŘ lze dále rozdělit na infekce primární, sekundární a neurčené. Do skupiny primárních infekcí krevního řečiště jsou řazeny takové infekce, kde zdroj je lokalizován přímo v krevním řečišti (centrálním krevním oběhu) a nebyl prokázán mimo krevní řečiště. Druhou skupinu tvoří infekce sekundární. Zdroj je u těchto IKŘ lokalizován v jiném orgánovém systému, leží tedy mimo krevní oběh pacienta. U infekcí neurčených (neznámého původu) není možné určit zdroj mikroba v krevním řečišti [33, 34, 22]. IKŘ jsou provázeny systémovým šířením původce v krvi pacienta, což je provázeno symptomy celkové infekce. Ne každá IKŘ se projeví jako sepse, jestliže je vyvolána málo virulentním původcem, nemusí být její průběh klinicky nápadný. Navzdory pokrokům v léčbě jsou stále IKŘ spojeny s významnou morbiditou a mortalitou [35]. Zvyšující se podíl rezistentních bakteriálních kmenů znamená další nárůst mortality, prodloužení hospitalizace a značnou zátěž pro zdravotní péči [36, 37, 16, 38, 39, 40, 41]. 7

8 3.3. Infekce krevního řečiště, antibiotická rezistence u vybraných významných patogenů E. coli je jeden z nejčastějších patogenů způsobujících IKŘ jak komunitní, tak i IKŘ spojené se zdravotní péčí. Dle výsledků EARS-Net (European Antimicrobial Resistance Surveillance Network) za rok 2015 [42] byla průměrná rezistence v evropských státech k aminopenicilinům 57,2 %, k chinolonům 22,8 %, k aminoglykosidům 10,4 %, ke karbapenemům 0,1 %, k cefalosporinům 3. generace 13,1 % (88,6 % z těchto kmenů produkovalo ESBL). Výskyt kombinované rezistence k cefalosporinům 3. generace, fluorochinolonům a aminoglykosidům byl v roce 2015 zaznamenán u 5,3 % kmenů E. coli a oproti roku 2012 byl zaznamenán vzestupný trend (4,9 % v roce 2012). Vzestupný trend oproti roku 2012 byl zaznamenán též u rezistence k cefalosporinům 3. generace (11,9 % v roce 2012). U kmenů K. pneumoniae jsou nejčastější fenotypy rezistence dány kombinací rezistence ke třem klíčovým skupinám antibiotik (cefalosporinům 3. generace, chinolonům, aminoglykosidům). V roce 2015 došlo v Evropě oproti roku 2012 k signifikantnímu nárůstu rezistence k fluorochinolonům ( ,3 %, ,7 %), cefalosporinům 3. generace ( ,8 %, ,3 %), aminoglykosidům ( ,5 %, %), stejně tak kombinované rezistence ( ,7 % ,6 %). Ve výskytu rezistence ke karbapenemům jsou v rámci Evropy velké rozdíly [42]. U izolátů P. aeruginosa nebyla v celoevropském průměru (EARS-Net) [43] zaznamenána žádná signifikantní změna ve výskytu rezistence ke karbapenemům a ceftazidimu. U aminoglykosidů ( ,1 %, ,3 %) a fluorochinolonů (20,9 %, 19,3 %) byl popsán signifikantní pokles rezistence a naopak vzestupný trend byl popsán u rezistence k piperacilin/tazobactamu ( ,7 %, ,1 %). Kmeny MRSA jsou celosvětově významným původcem infekcí spojených se zdravotní péčí, kromě toho způsobují i infekce v komunitě. Infekce vznikají i u hospodářských zvířat a mohou být přenosné na lidi (LA-MRSA, livestock-associated MRSA). Dle údajů EARS-Net [43] došlo v Evropě u kmenů izolovaných z hemokultur v roce 2015 k signifikantnímu poklesu průměrné rezistence k meticilinu na 16,8 % oproti roku 2012 (18,8 %), mezi jednotlivými státy jsou ale popisovány velké rozdíly ve výskytu MRSA, od nulového výskytu až po 57,2 %. Obecně je nižší zastoupení kmenů MRSA ve státech severní Evropy a vyšší na jihu a jihovýchodě. Co se týče výskytu rezistence k jiným skupinám antibiotik v Evropě v roce 2015, byla celková rezistence k fluorochinolonům u kmenů S. aureus 19,2 %, z toho u kmenů MRSA to bylo 85,2 %, u kmenů k meticilinu citlivých (MSSA) to bylo jen 6,7 % kmenů. 8

9 4. MATERIÁL A METODIKA 4.1. Surveillance infekcí krevního řečiště a monitorování antibiotické rezistence u bakteriálních původců infekcí krevního řečiště Surveillance infekcí krevního řečiště byla prováděna v Pardubické nemocnici, Nemocnici Pardubického kraje, a.s. Pardubická nemocnice je nemocnice terciárního typu, která má 866 lůžek, z toho 50 intenzivních a 70 lůžek následné péče. V práci jsou shrnuty výsledky celonemocniční surveillance IKŘ za roky Surveillance IKŘ probíhá v Pardubické nemocnici (PKN) od začátku roku Sledování IKŘ je nastaveno jako kontinuální prospektivní incidenční surveillance. Surveillance je organizována Týmem pro kontrolu infekcí spojených se zdravotní péčí a správnou antibiotickou praxi PKN (TKIAB). Za infekce krevního řečiště nozokomiální (spojené se zdravotní péčí získané za hospitalizace) NIKR jsou v souladu s platnými definicemi [31] považovány případy infekce, které nebyly při přijetí v inkubační době a vznikly déle než 48 hodin od přijetí nebo případy, kdy byl pacient znovu přijat za méně než dva dny po předchozí hospitalizaci. Pokud byl v prvních 48 hodinách hospitalizace proveden chirurgický výkon nebo byla zavedena invazivní pomůcka, pak za NIKR byly považovány i případy vznikající před třetím dnem hospitalizace. Jako komunitní infekce krevního řečiště (KIKR) jsou označeny případy infekcí vznikající do 48 hodin od přijetí a ty, které byly při přijetí v inkubační době. Jako laboratorně potvrzené IKŘ byly označeny případy s rozpoznaným patogenem v hemokultuře. Při nálezu běžné kožní kontaminanty (např. koaguláza-negativních stafylokoků) u pacienta s klinickými příznaky (horečka, zimnice, třesavka, hypotenze) je nutná opakovaná izolace kmene shodných fenotypových vlastností ze dvou samostatných vzorků krve odebraných v odstupu maximálně 48 hodin. V PKN jsou od roku 2008 sledovány i tzv. klinické případy sepse (případy, kdy nebyl původce v hemokultuře prokázán a pacient splňuje klinická kritéria) [33]. Případy, kdy z jedné nebo více hemokultur je izolováno více bakteriálních kmenů během 48 hodin, jsou klasifikovány jako případy s polymikrobiální etiologií. Katétrová infekce krevního řečiště byla diagnostikována při nálezu stejného mikrobiálního druhu se shodným antibiogramem v hemokultuře a na cévním katétru v kvantitě 15 a více CFU (colony forming units kolonie tvořící jednotky). Pokud katétr nebyl vyjmut a nebyl mikrobiologicky vyšetřen, bylo jako pomocný interpretační parametr využito hodnocení časového intervalu mezi odběrem hemokultury a signalizací pozitivity v hemokultivačním analyzátoru (hemokultura odebraná z katétru je pozitivní o 2 a více hodin dříve než hemokultura odebraná periferní venepunkcí). Jako sekundární IKR byly označeny případy, kdy zdroj infekce byl přítomen mimo 9

10 krevní řečiště v jiném orgánovém systému. Pokud se nepodařilo prokázat zdroj infekce v krevním řečišti a ani nebyl izolován identický původce z ložiska mimo krevní řečiště, byl případ klasifikován jako neurčený. Případy, kdy nebyl zjištěn žádný zdroj mikroba v hemokultuře a případ nevyhovoval žádné z výše uvedených podmínek, byl považován za IKR neznámého původu. Hemokultivace probíhala v automatickém hemokultivačním systému (Bact/Alert 3D), standardně po dobu 5 dní. Vyšetření cévních katétrů bylo prováděno semikvantitativní metodou dle Makiho [44]. Izolované bakteriální kmeny byly identifikovány pomocí mikrotestů s využitím identifikačního programu (ERBA LACHEMA) do roku 2014, od začátku roku 2015 identifikace probíhá pomocí technologie MALDI TOF MS. Kmeny izolované z hemokultur jsou rutinně vyšetřovány pomocí fenotypových metod stanovení minimální inhibiční koncentrace (MIC). Do konce května roku 2015 byla využívána mikrodiluční metoda s využitím komerčně vyráběných mikrotitračních destiček a vyšetření pomocí E-testu. Od června roku 2015 je k vyšetření MIC využíván Přístroj VITEK 2 Compact a software VITEK 2 PC. K hodnocení MIC byly použity breakpointy dle EUCAST [45]. Kmeny s intermediární citlivostí byly pro potřeby této surveillance interpretovány jako rezistentní. Produkce širokospektrých beta-laktamáz (ESBL) a beta-laktamáz AmpC byla konfirmována fenotypově diskovou difúzní metodou, použita byla sestava antibiotických disků dle doporučeného postupu Národní referenční laboratoře pro antibiotika [46]. Ke statistické analýze byl využit statistický program STATISTICA (pro rozdíl četností test Pearsonův χ 2, statistická významnost p < 0,05) Monitorování antibiotické rezistence v PKN u vybraných bakteriálních druhů Na základě dat získaných z mikrobiologického screeningu a z rutinních diagnostických mikrobiologických vyšetření byl na všech odděleních PKN sledován a hodnocen výskyt vybraných bakteriálních kmenů se specifickými determinantami rezistence. Bakteriologická kultivace probíhá na Oddělení klinické mikrobiologie (OKM) dle standardních postupů [47]. Metody používané k identifikaci izolovaných kmenů jsou popsány výše. Citlivost k antibiotikům je u kmenů izolovaných z biologického materiálu odebraného za účelem mikrobiologického screeningu a mikrobiologické diagnostiky vyšetřována pomocí diskové difúzní metody a stanovení MIC (viz výše). U biologického materiálu odebraného za účelem mikrobiologického screeningu jsou využívány k izolaci multirezistentních kmenů (MRSA, kmeny s produkcí ESBL, karbapenemáz) chromogenní agary s následnou identifikací kmene a konfirmací fenotypu rezistence pomocí diskové difúzní metody nebo stanovení MIC. 10

11 Monitorování kmenů MRSA a kmenů K. pneumoniae s produkcí širokospektré betalaktamázy ESBL (KLPN ESBL) na všech odděleních PKN V rámci rutinní surveillance antibiotické rezistence byl v celé nemocnici od začátku 2. pololetí roku 2013 do konce roku 2015 sledován výskyt kmenů MRSA a kmenů KLPN ESBL Genetická analýza kmenů MRSA a kmenů K. pneumoniae Vzhledem k nedostupnosti vhodné metodiky pro genetickou analýzu kmenů MRSA (spa typizace) a kmenů K. pneumoniae (PFGE) v OKM PKN a k vysoké finanční náročnosti nákupu technického vybavení, nebylo možno provést tato vyšetření na OKM v PKN ani s podporou projektu specifického vysokoškolského výzkumu FVZ UO, proto bylo provedení těchto metod řešeno v rámci projektu ve spolupráci s Ústavem lékařské mikrobiologie 2. LF UK Praha formou nákupu služeb. Genetická analýza kmenů MRSA Genetická analýza (spa typizace) byla provedena u kmenů MRSA izolovaných v období od května 2013 do října 2014 v Geriatrickém centru. Do souboru byly zařazeny kmeny od pacientů hospitalizovaných na oddělení, od pacientů ošetřovaných na ambulanci centra, kmeny získané v rámci rutinního epidemiologického šetření z prostředí (září 2014) a kmeny izolované od personálu oddělení. Stěry od personálu (výtěr z krku, nosu, stěr šíje na rozhraní vlasaté části) byly provedeny anonymně, dobrovolně, samoodběrem v průběhu měsíce září Od každého pacienta byl do studie zařazen vždy 1 kmen (první zachycený kmen od pacienta), s jednou výjimkou, od jedné pacientky byly do souboru zařazeny dva kmeny izolované s odstupem čtrnácti měsíců. Spa typizace byla provedena Ústavem lékařské mikrobiologie 2. LF UK. Spa typizace (jednolokusová sekvenační typizace) je sekvenační metoda, vzorky jsou rozděleny podle sekvenční podobnosti v jednom konkrétním lokusu (gen spa, unikátní pro stafylokoky, kóduje povrchový protein A). Genetická analýza kmenů Klebsiella pneumoniae Za účelem objasnění epidemiologické situace v nemocnici a možnosti navrhnout racionální opatření k řešení této situace byla provedena pulzní gelová elektroforéza (PFGE) u kmenů KLPN ESBL. Do souboru byly zařazeny kmeny konsekutivně izolované na OKM PKN (ze všech oddělení nemocnice) v průběhu měsíce října a listopadu 2015, u kterých byla na základě fenotypových metod prokázána produkce ESBL. Zařazen byl vždy první kmen izolovaný od pacienta. Tyto vybrané kmeny K. pneumonie byly pro potvrzení produkce širokospektré beta-laktamázy ESBL vyšetřeny pomocí analyzátoru firmy Ausdiagnostics (multiplex PCR). 11

12 5. VÝSLEDKY 5.1. Surveillance infekcí krevního řečiště a monitorování antibiotické rezistence u bakteriálních původců infekcí krevního řečiště V PKN bylo od začátku roku 2008 zaznamenáno celkem 832 případů NIKR. Celkem bylo 797 případů NIKR (95,7 %) mikrobiologicky potvrzených, 35 případů (4,3 %) bylo hodnoceno jako klinický případ sepse. Incidence případů NIKR se pohybovala mezi 0,39 0,61 případu na 1000 OD (ošetřovacích dnů) a počet hemokultivačních setů mezi na 1000 OD. U 84,9 % případů NIKR byl izolován jeden původce a u 15,1 % případů byla etiologie polymikrobiální. Za stejné období bylo zaznamenáno celkem 934 případů KIKR (93,5 % případů mikrobiologicky potvrzeno, 6,5 % klinických případů sepse). Případů s polymikrobiální etiologií bylo zaznamenáno u KIKR méně než u NIKR, pouze 6,2 %. Za období byl nejčastějším zdrojem NIKR cévní katétr (37,4 %), dále pak močové ústrojí (12,9 %), v 18 % případů zůstal zdroj neurčený. Cévní katétr je nejčastějším zdrojem NIKR stabilně, katétrové infekce krevního řečiště tvoří v každém roce sledování % všech NIKR. Dalším významným zdrojem NIKR je chirurgická rána a gastrointestinální trakt. U KIKR bylo rozložení případů dle zdroje odlišné, nejčastějším zdrojem bylo močové ústrojí (37,9 %), dále pak žlučové cesty (10,2 %). V 16 % nebyl původ KIKR prokázán. V uvedeném období bylo vykultivováno 960 izolátů u případů NIKR a 966 kmenů u případů KIKR. Nejčastějším původcem NIKR byly koaguláza-negativní stafylokoky (19,2 %), následované K. pneumoniae (17,1 %) a S. aureus (15,5 %). U případů KIKR byly nejčastěji izolovány kmeny E. coli (39,4 %), S. aureus (12,4 %) a K. pneumoniae (8,5 %). Nejčastějším zdrojem E. coli v krevním řečišti bylo u obou skupin IKR močové ústrojí (NIKR 43,7 %, KIKR 70,6 %). Močové ústrojí bylo stejně tak významným zdrojem kmenů K. pneumoniae izolovaných u případů KIKR (39,0 %). Nozokomiální kmeny K. pneumoniae pocházely nejčastěji z cévního katétru (27,4 %). Případy NIKR, kde byl etiologickým agens S. aureus, měly také nejčastěji zdroj v cévním katétru (41,6 %). Významným zdrojem stafylokokových komunitních infekcí krevního řečiště byla měkká tkáň (25,8 %) a až v 27,5 % (tj. ve 33 případech) stafylokokových KIKR zůstal zdroj neurčený. U stejného počtu případů NIKR způsobených S. aureus (33 případů, 22, 1 % NIKR S. aureus) nebyl také zdroj prokázán. Koaguláza-negativní stafylokoky u NIKR nejčastěji pocházely z cévního katétru (67,4 %). U 23,3% kmenů koaguláza-negativních stafylokoků izolovaných z krve u případů komunitního původu byla zdrojem infekční endokarditida, která byla nejčastějším zdrojem těchto stafylokoků u KIKR. U izolátů E. coli nozokomiálního původu byla zjištěna signifikantně vyšší rezistence k ampicilinu (70, 9 % vs. 48, 8 %, p < 0,05), cefotaximu (23,3 % vs. 6,6 %, p < 0,05) a ciprofloxacinu (30,1 % 12

13 vs. 15,5 %, p < 0,05). Také u nozokomiálních izolátů K. pneumoniae byl nalezen signifikantně vyšší podíl rezistentních kmenů v porovnání s kmeny komunitního původu (cefotaxim 56,1 % vs. 26,8, gentamicin 48,8 % vs. 19,5 %, ciprofloxacin 64,6 % vs. 32,9 %, p < 0,05). Během sledovaného období nebyl neprokázán u kmenů K. pneumoniae a E. coli žádný kmen s produkcí karbapenemázy. U kmenů koaguláza-negativních stafylokoků byla zaznamenána vysoká úroveň rezistence u všech sledovaných antibiotik, jak u případů NIKR, tak i u případů KIKR. Kmeny izolované u případů NIKR vykazovaly signifikantně vyšší rezistenci ke všem sledovaným antibiotikům, tedy k erytromycinu, gentamicinu, ciprofloxacinu i oxacilinu. Rezistence k oxacilinu u kmenů S. aureus (MRSA) byla u NIKR 22,8 %, u KIKR byla signifikantně nižší, 5,8 % při p < 0,05. Kmeny S. aureus izolované u případů NIKR vykazovaly také signifikantně vyšší rezistenci k erytromycinu a ciprofloxacinu než kmeny komunitního původu (ciprofloxacin 28,9 % vs. 8,3 % p < 0,05, erytromycin 34,2 % vs. 20,0 %, p < 0,05). Kmeny Pseudomonas aeruginosa izolované u případů NIKR vykazovaly signifikantně vyšší rezistenci k ceftazidimu než kmeny komunitního původu (36,2 % vs. 10,0 %, p < 0,05). Zjištěná rezistence k amikacinu byla u komunitních kmenů P. aeruginosa signifikantně vyšší, než u kmenů nozokomiálních (20,0 % vs. 3,4 %, p < 0,05). Co se týče kmenů s produkcí širokospektrých beta-laktamáz, pak u kmenů K. pneumoniae nozokomiálního původu byl signifikantně vyšší podíl kmenů s produkcí ESBL, než u izolátů z případů KIKR (50,6 % vs. 23,2 %, p < 0,05). Signifikantně vyšší podíl kmenů K. pneumoniae s produkcí AmpC beta-laktamázy u NIKR prokázán nebyl (6,7 % vs. 3,7 %, p = 0,34). U případů NIKR byl výskyt kmenů E. coli s produkcí ESBL i AmpC signifikantně vyšší (ESBL: NIKR 17,5 %, KIKR 5,8 %, p < 0,05; AmpC: NIKR 5,8 %, KIKR 0,8 %, p < 0,05) Vývoj antibiotické rezistence u nejčastějších původců NIKR a výskyt kmenů se specifickými determinantami rezistence v jednotlivých letech Klebsiella pneumoniae Za období bylo celkem izolováno 164 kmenů K. pneumoniae. U těchto izolátů byl sledován vývoj rezistence k aminoglykosidům (gentamicinu, amikacinu), ciprofloxacinu, dále výskyt rezistence k cefalosporinům 3. generace (cefotaximu) a výskyt kmenů s produkcí širokospektrých beta-laktámáz typu ESBL a AmpC v jednotlivých letech sledovaného období. Nejvyšší úroveň rezistence ke gentamicinu (76,5 %) a amikacinu (17,6 %) byla zaznamenána v roce Oproti roku 2008 došlo k signifikantnímu nárůstu rezistence ke gentamicinu ( ,8 % vs ,5 %, p < 0,05), nárůst rezistence k amikacinu signifikantní nebyl (2008 5,6 % vs. 17,6 %, p = 0,3). Rezistence k ciprofloxacinu kolísala v jednotlivých letech od 25,0 % (2009) do 76,5 % 13

14 v roce 2015, kdy byla nejvyšší za sledované období. Výskyt kmenů K. pneumoniae s produkcí širokospektrých beta-laktamáz a rezistenci k cefalosporinům 3. generace (cefotaximu) uvádí graf 1. Z grafu je patrno, že nejnižší byla rezistence k cefotaximu v roce 2009 (25 %) a nejvyšší v roce 2011, kdy byla rezistence k cefalosporinům 3. generace dána pouze zastoupením kmenů s produkcí ESBL. Poté dochází k poklesu rezistence v roce 2013 (rezistence k cefotaximu 47,7 %) a k poklesu podílu kmenů ESBL. V dalších dvou letech dochází opět k nárůstu rezistence a zvyšuje se podíl kmenů s produkcí ESBL na celkovém počtu izolovaných kmenů K. pneumoniae. Nárůst rezistence k cefotaximu není v roce 2015 oproti roku 2013 signifikantní ( ,7 % vs ,5 %, p = 0,07), ale pokud posuzujeme výskyt kmenů KLPN ESBL, pak podíl producentů ESBL je v roce 2015 oproti roku 2013 signifikantně vyšší ( ,1 % vs ,5 %, p < 0,05). Mezi nejčastěji se vyskytující fenotyp u kmenů K. pneumoniae patří fenotyp, který je charakterizován produkcí ESBL, rezistencí k cefotaximu, gentamicinu, ciprofloxacinu a citlivostí k amikacinu. Kmeny s tímto fenotypem tvoří 33, 5 % všech KLPN. Graf 1 Výskyt kmenů Klebsiella pneumoniae s produkcí širokospektré beta-laktamázy ESBL a AmpC - NIKR PKN (n) celkový počet kmenů K. pneumoniae izolovaný v daném roce u případů NIKR Escherichia coli Za období bylo u případů NIKR izolováno celkem 104 kmenů E. coli. Rezistence k ampicilinu se pohybovala mezi 25,5 % (rok 2013) a 100 % v roce 2009, kdy ale bylo za celý rok izolováno celkem pouze 5 kmenů. Ve vývoji rezistence k ampicilinu není zřejmý nějaký trend, stejně tak v rezistenci ke gentamicinu a amikacinu. Rezistence ke gentamicinu nabývala hodnot 14

15 od 25 % v roce 2013 po 100 % v roce 2009, zde je obtížné hodnotit trend ve výskytu rezistence vzhledem k nízkému počtu izolovaných kmenů. Ani pokles rezistence k ciprofloxacinu v roce 2015 oproti roku 2008 (28,6 % vs. 52,9 %, p = 0,17) není statisticky významný. Nejvyšší rezistence k cefotaximu byla u kmenů E. coli v roce 2008 (47,4 %), kdy byla dána výskytem kmenů s produkcí ESBL a AmpC beta-laktamáz, v roce 2010 byly všechny izolované kmeny citlivé k cefotaximu. Ve výskytu rezistence k cefotaximu na začátku sledovaného období (2008) a na konci v roce 2015 nebyla zaznamenána sigifikantní změna (47,4 % vs. 21,4 %, p = 0,13) Pseudomonas aeruginosa Celkem v období bylo izolováno 58 kmenů P. aeruginosa. Počet izolovaných kmenů se v jednotlivých letech pohyboval mezi 5-11 izoláty. Největší procento izolátů rezistentních k meropenemu bylo zaznamenáno v roce 2009 (75,0 %) a k ceftazidimu v roce 2014 (83,3 %). Rezistence k ciprofloxacinu byla nejvyšší v roce V roce byla rezistence k meropenemu, ceftazidimu a ciprofloxacinu nejnižší. Kmeny s rezistencí k amikacinu byly zachyceny v roce 2010 a Nejčastěji se vyskytujícím fenotypem rezistence (35,1 %) byl fenotyp s citlivostí ke všem sledovaným antibiotikům Koaguláza-negativní stafylokoky Od začátku roku 2008 do konce roku 2015 bylo celkem izolováno u případů NIKR 184 kmenů koaguláza-negativních stafylokoků (KNS). Rezistence k erytromycinu se pohybovala nad 90 % téměř ve všech letech sledovaného období, s výjimkou roku 2009, kdy byla 56,3 %. Rezistence k oxacilinu byla nejnižší v roce 2008 a nárůst rezistence v roce 2015 byl signifikantní (46,2 % vs. 91,3 %, p < 0,05). Rezistence ke gentamicinu byla nejnižší v roce 2008 (46,2 %) a během sledovaného období dochází k nárůstu rezistence, která se v jednotlivých letech pohybuje mezi 70 a 85 %, v roce 2015 je 82,6 % a nárůst rezistence je v porovnání s rokem 2008 signifikantní (46,2 % vs. 82,6 %, p < 0,05). Rezistence k ciprofloxacinu v podstatě kopíruje vývoj rezistence ke gentamicinu. Nejčastěji se vyskytoval fenotyp s rezistencí ke všem sledovaným antibiotikům (60,9 % ze všech izolátů KNS) Staphylococcus aureus U případů NIKR bylo v letech celkem izolováno 149 kmenů S. aureus. Rezistence ke gentamicinu byla nejnižší v roce 2008, kdy nebyl zachycen žádný kmen rezistentní ke gentamicinu. Pokud srovnáme rezistenci ke gentamicinu v roce 2009 a 2015, je nárůst rezistence signifikantní (4,2 % vs. 26,7 %, p < 0,05). V případě rezistence k erytromycinu není nárůst rezistence v roce 2015 oproti roku 2008 signifikantní ( ,3% vs ,3, p = 0,27). 15

16 Rezistence k ciprofloxacinu se v jednotlivých letech pohybuje od 14,3 % do 41,7 % bez známek vývoje. Celková rezistence ( ) k oxacilinu (meticilinu) je 22,8 %. Podíl kmenů MRSA z celkového počtu kmenů S. aureus v jednotlivých letech sledování je uveden v grafu 2. Nejvyšší byl v roce 2013 (42 % kmenů MRSA), ale oproti roku 2008 nebyl nárůst rezistence k oxacilinu (meticilinu) signifikantní (p = 0,30), ani pokles rezistence v roce 2015 není statisticky významný ( % vs %, p = 0,50). Na začátku sledování (rok 2008, 2009, 2010) byly kmeny MRSA zachyceny jako původci NIKR buď pouze na odděleních standardu a následné péče nebo byl na těchto odděleních výskyt vyšší. V roce 2012 se stav mění a jsou izolovány i jako původci NIKR na odděleních poskytujících intenzivní péči, v roce 2013 je výskyt kmenů MRSA u NIKR v intenzivní péči častější než na oddělení standardu a následné péče. Nejčastěji, v 57,7 % se vyskytoval fenotyp, který je charakteristický citlivostí ke všem sledovaným antibiotikům a pak fenotyp (19,5%), který je charakterizován rezistencí k meticilinu (oxacilinu) a rezistencí k ciprofloxacinu a erytromycinu. Graf 2 Výskyt kmenů MRSA - NIKR PKN (n) celkový počet kmenů S. aureus izolovaný v daném roce u případů NIKR 16

17 5.2. Výsledky monitorování antibiotické rezistence v PKN u vybraných bakteriálních druhů Monitorování výskytu kmenů K. pneumoniae s produkcí širokospektré beta-laktamázy typu ESBL V rámci monitorování výskytu KLPN ESBL v PKN bylo zaznamenáno v období od 2. pol do konce roku 2015 celkem 849 pacientů s nově zjištěnou pozitivitou KLPN ESBL (nově kolonizovaných nebo infikovaných). Absolutní počet pacientů se v roce 2015 oproti předchozím obdobím zvyšuje. Počet pacientů s nově zjištěnou pozitivitou KLPN ESBL je udáván jako incidenční denzita (počet pacientů/1000 OD). Incidenční denzita je na odděleních intenzivní péče v každém sledovaném období vyšší než na oddělení standardu a následné péče. Pohybuje se od 5,1 do 8,9 nově pozitivních pacientů na 1000 OD na odděleních intenzivní péče a od 0,6 až 1,1 na odděleních poskytujících standardní a následnou péči. Z grafu 3 je patrné, že incidence na těchto odděleních má vzrůstající trend. Graf 3 Incidence (počet pacientů s nově zjištěnou pozitivitou) KLPN ESBL v jednotlivých obdobích dle typu poskytované péče, PKN, 2. pol ICU intenzivní péče, ST+NP standardní a následná péče, celkový počet pacientů 754 Počet všech KLPN ESBL pozitivních hospitalizovaných pacientů (počet nově pozitivních pacientů i pacientů s již známou kultivační pozitivitou z předchozích období) přepočtený na 100 hospitalizací je v 2. pol. roku 2015 nejvyšší (1,9 případ/100 hospitalizací). Prevalence je 17

18 téměř shodná od 2. pololetí roku 2013 (0,8) do 2. pololetí roku 2014 (0,7), ve 2. pololetí roku 2015 dochází k výraznému nárůstu prevalence i oproti 1. pol (1,0). Graf 4 zobrazuje prevalenci KLPN ESBL pozitivních pacientů dle typu poskytované péče. V rámci pololetí je pro zařazení pacienta z hlediska poskytované péče rozhodující, odkud byl odeslán první odběr od daného pacienta v daném období. Jako denominátor byly použity počty OD. I na tomto grafu je patrné, že v roce 2015 dochází k navýšení počtu hospitalizovaných pacientů KLPN ESBL pozitivních a to jak na odděleních intenzivní péče, tak na odděleních standardu a následné péče. Graf 4 Počet všech pozitivních (kolonizovaných nebo infikovaných) pacientů KLPN ESBL hospitalizovaných v PKN v jednotlivých obdobích ICU intenzivní péče, ST+NP standardní a následná péče Monitorování výskytu kmenů MRSA Absolutní počet pacientů s nově zachycenou kultivační pozitivitou v OKM PKN (duplicity mezi jednotlivými roky vyloučeny) se v letech zvyšuje. Zahrnuti jsou pozitivní pacienti, jejichž biologický materiál byl odeslán jak z ambulancí, standardních oddělení, tak z oddělení intenzivní péče PKN. První pacienti MRSA pozitivní byli zachyceni v roce 2003 (11 pacientů), v roce 2013 to bylo již 77 nově pozitivních pacientů, v roce 2014 a 2015 došlo k dalšímu nárůstu absolutního počtu nově zachycených pacientů s kultivační pozitivitou MRSA (v roce pacientů, v roce pacientů). Prevalence hospitalizovaných MRSA pozitivních pacientů v celé PKN (počet všech pacientů s kultivační pozitivitou v jednotlivých obdobích přepočtený na 100 hospitalizací) je nejvyšší 18

19 v 2. pol (0,54), nejnižší v 1. pol (0,34). V dalších obdobích byla prevalence následující: ve 2. pol ,39, v 1. pol ,48, ve 2. pol. 0,46. Prevalence na oddělení následné péče byla v porovnání s prevalencí zjišťovanou na ostatních oddělení nemocnice (standardní oddělení + oddělení intenzivní péče) vyšší ve všech sledovaných obdobích. Prevalence vyjádřená jako počet všech pacientů s kultivační pozitivitou vyjádřený na 1000 OD byla v jednotlivých obdobích následující: 2. pol NP 1,5, ST + ICU 0,5; 1. pol NP 1,2, ST + ICU 0,3; 2. pol NP 1,2, ST + ICU 0,7; 1. pol NP 1,5, ST + ICU 0,6; 2. pol NP 1,3, ST + ICU 0,6). Graf 5 vyjadřuje počty pacientů s nově zjištěnou pozitivní kultivací MRSA. Na tomto grafu je vidět, že incidence je na odděleních intenzivní péče nejvyšší ve druhém pololetí 2014 a v tomto období je dokonce vyšší, než na oddělení NP, i když v ostatních sledovaných obdobích je situace opačná a incidence je na odděleních NP vyšší než na odděleních intenzivní péče a standardu a tento trend je pozorován ve všech sledovaných obdobích s výjimkou 2. pololetí Absolutní počet nově pozitivních pacientů byl v jednotlivých obdobích následující: 2. pololetí 2013: 60; 1. pololetí: ; 2. pololetí 2014: 71; 1. pololetí 2015: 78; 2. pololetí 2015: 66. Graf 5 Výskyt pacientů s MRSA pozitivitou dle typu poskytované péče incidenční denzita (počet nově pozitivních pacientů/1000 OD) PKN (2. pol ) NP oddělení následné péče, ST oddělení standardní péče, ICU oddělení intenzivní péče 19

20 Genetická analýza kmenů MRSA Genetická analýza kmenů MRSA (spa typizace) byla provedena u kmenů izolovaných u pacientů z Geriatrického centra. Výběr oddělení byl proveden na základě dlouhodobého sledování výskytu kmenů MRSA u pacientů v PKN. Spa typizace byla provedena u 54 kmenů MRSA izolovaných v průběhu května 2013 až října Typizováno bylo 40 kmenů od 39 pacientů, zařazen byl vždy první kmen izolovaný od pacienta s jednou výjimkou, kdy od jednoho pacienta byly typizovány dva kmeny izolované v odstupu 14 měsíců. Z těchto 39 pacientů jich 9 bylo ambulantních, 11 bylo hospitalizováno na lůžkovém oddělení 1, 18 pacientů na lůžkovém oddělení 2. Pacient, u kterého byly typizovány dva kmeny, byl v čase prvního odběru hospitalizován na oddělení 2, druhý odběr byl proveden na ambulanci. Dále byly typizovány 3 kmeny odebrané z prostředí na oddělení (stěr z madla postele neobsazený pokoj, stěr z vodovodní baterie a rehabilitačního míče na pokoji, kde byl aktuálně hospitalizován MRSA pozitivní pacient). Kromě kmenů od pacientů a kmenů z prostředí byly typizovány i kmeny získané od personálu oddělení (11 kmenů od sedmi členů personálu). Odběry od personálu a z prostředí byly provedeny v září U pacientů byly nejčastěji kmeny izolovány z chronických defektů. Celkem bylo definováno 7 spa typů. Převážná část izolátů patří ke spa typu t014, sporadicky se rovněž vyskytují typy t002, t003, t032, t024, t14537, t Kmeny t014, t003, t10882 a t14537 jsou navzájem příbuzné a patří do stejného klonálního komplexu. Průběh epidemické křivky, která vyjadřuje počty pozitivních pacientů dle času a místa pozitivity v době odběru, naznačuje možný přenos mezi osobami a prostřednictvím kontaminovaných předmětů. Spa typ t014 se na oddělení pravděpodobně vyskytuje dlouhodobě. Graf 6 Výskyt spa typů kmeny MRSA Geriatrické centrum, PKN 20

21 Genetická analýza kmenů K. pneumoniae Makrorestrikční analýza (PFGE) byla provedena u kmenů KLPN ESBL izolovaných konsekutivně na OKM PKN v průběhu měsíce října a listopadu Celkem bylo zařazeno do analýzy 56 kmenů (22 kmenů bylo izolováno od pacientů hospitalizovaných na jednotkách intenzivní péče PKN, 31 kmenů od pacientů ze standardních oddělení a následné péče, 3 kmeny od ambulantních pacientů). 46,4 % kmenů bylo izolováno z moči, 21, 4 % z dolních cest dýchacích, 12,5 % z horních cest dýchacích, z operační rány a tkáně to bylo 8,9 % kmenů, stejné procento tvořily výtěry z rekta, kmeny z hemokultur se podílely pouze 1,8 %. Produkce ESBL byla potvrzena pomocí multiplex PCR (firma Ausdiagnostics) u všech 56 kmenů. Pomocí makrorestrikční analýzy bylo zjištěno 13 pulzotypů. Počet jednotlivých pulzotypů a subtypů udává graf 7. Tabulka 1 zahrnuje výsledky PFGE, PCR, zjištěných fenotypů rezistence. Graf 7 Výsledky PFGE kmeny KLPN ESBL (PKN, 2015) Tabulka 1 Výsledky PFGE, multiplex PCR a citlivosti k vybraným antibiotikům kmeny KLPN ESBL (PKN, 2015) pulzotypy průkaz genů bla GEN AMIK CIP COT fenotyp rezistence počet kmenů B1, C1, C2, C3,A2, A3, A5 pan-tem, pan-shv, CTX-M group 1 C C I/R R 3 15 A1, E3 pan-tem, pan-shv, CTX-M group 1 I/R C C R 4 2 A1, A2, A3, A4, A6, B2, C4, E1, E2, C1 pan-tem, pan-shv, CTX-M group 1 I/R C I/R R 6 26 A3 pan-tem, pan-shv, CTX-M group 1 R C C C 5 1 C1, C5 pan-tem, pan-shv, CTX-M group 1 C C C C 1 2 L pan-tem, CTX-M group 1, OXA-1 C C C R 2 1 D pan-tem, CTX-M group 1 C C C R 2 1 D pan-tem, CTX-M group 1, C C R R 3 2 K pan-tem, CTX-M group1, DHA-1 I/R C C R 4 1 I, J, M, H, G pan-tem, CTX-M group 1 C C R R 6 5 GEN gentamicin, AMIK amikacin, CIP ciprofloxacinu, COT cotrimoxazol 21

22 Na základě dohledání informací o původu jednotlivých kmenů a o předchozí pozitivitě pacienta v laboratorním informačním systému a dohledání údajů o současné či předchozí hospitalizaci pacienta či jeho ošetřeních na ambulancích PKN, byly vysloveny hypotézy o možném přenosu kmenů mezi pacienty a pokud bylo dostatek dostupných informací, byla posouzena epidemiologická situace na některých odděleních. Informace o předchozí pozitivitě byla zaznamenána vždy, pokud byl dohledán výsledek s pozitivním nálezem v laboratorním systému (bez časového omezení), údaje o hospitalizaci byly dohledávány od začátku ledna ZÁVĚRY A PŘÍNOSY PRO PRAXI 6.1. Surveillance infekcí krevního řečiště a monitorování antibiotické rezistence u bakteriálních původců infekcí krevního řečiště Incidence a zdroj infekcí krevního řečiště, antibiotická rezistence, specifické determinanty rezistence Incidence NIKR v období byla srovnatelná s literárními údaji a bez výraznějších excesů v jednotlivých letech. Stejně tak, v souladu s literárními údaji, byl jako nejčastější zdroj NIKR identifikován cévní katétr a nejčastějšími původci NIKR byli koaguláza-negativní stafylokoky, následované K. pneumoniae a S. aureus. V souladu s očekáváním, zdroje a původci KIKR se odlišovaly, hlavním zdrojem KIKR bylo močové ústrojí a nejčastějšími původci byly E. coli, S. aureus a K. pneumoniae. Rezistence k vybraným antibiotikům u kmenů S. aureus, E. coli, K. pneumoniae a koagulázanegativních stafylokoků vykazovala ve skupině NIKR signifikantně vyšší úroveň rezistence (s výjimkou aminoglykosidů u kmenů E. coli, amikacinu u kmenů K. pneumoniae, gentamicinu u S. aureus). Kmeny P. aeruginosa izolované u případů NIKR vykazovaly signifikantně vyšší rezistenci pouze k ceftazidimu. U kmenů K. pneumoniae nozokomiálního původu byl signifikantně vyšší podíl kmenů s produkcí ESBL, než u izolátů z případů KIKR. U kmenů E. coli byl výskyt kmenů s produkcí ESBL, tak i AmpC, u NIKR signifikantně vyšší. Stejně tak byl zjištěn vyšší výskyt kmenů MRSA z celkového počtu kmenů S. aureus izolovaných u případů NIKR než u případů KIKR. 22

23 Vývoj antibiotické rezistence u nejčastějších původců NIKR a výskyt kmenů se specifickými determinantami rezistence v jednotlivých letech K. pneumoniae Během sledovaného období nebyl u kmenů K. pneumoniae v PKN potvrzen vzestupný trend v rezistenci ke gentamicinu a k ciprofloxacinu jako na národní a evropské úrovni. Nicméně rezistence ke gentamicinu byla v polovině sledovaných let vyšší, než udávají celostátní data, ve dvou letech dokonce přesahuje úroveň, kterou udávají státy s nejvyšší rezistencí v Evropě. Stejně tak rezistence k ciprofloxacinu byla pouze v roce 2009 nižší, než udává EARS-Net [138], v ostatních letech sledování se rezistence k ciprofloxacinu pohybuje nad celostátní úrovní a je také nad průměrnou evropskou rezistencí. Rezistence k cefotaximu byla v naší nemocnici nad celostátní úrovní v pěti z osmi sledovaných let, v letech je nad průměrnou evropskou rezistencí, ve dvou letech překračuje i úroveň rezistence udávanou ve státech s nejvyšší rezistencí k cefalosporinům 3. generace. Na evropské úrovni se na rezistenci k cefalosporinům 3. generace ze % podílí produkce ESBL. V PKN byla pouze v letech 2008 a 2009 situace odlišná, producenti ESBL se podíleli zhruba 50 % a polovinu kmenů s rezistencí k cefalosporinům 3. generace tvořily kmeny s produkcí beta-laktamázy AmpC. V PKN se nepotvrdila vzestupná tendence v rezistenci k cefalosporinům 3. generace jako na národní a evropské úrovni, rezistence v PKN v jednotlivých letech spíše kolísá. Tento rozdíl je pravděpodobně dán tím, že v mém souboru jsou výhradně kmeny pocházející z případů NIKR a výskyt rezistence reflektuje epidemiologickou situaci v nemocnici v jednotlivých obdobích E. coli Rezistence k ampicilinu u kmenů E. coli, původců NIKR, byla při porovnání s daty EARS-Net [138] pouze ve dvou letech pod úrovní rezistence v ČR a průměrné rezistence v Evropě. Mezi roky 2011 a 2014 je ale naznačen sestupný trend, stejně jako v České republice. Rezistence k ciprofloxacinu v jednotlivých letech kolísala. Nicméně mezi lety 2011 a 2013 je naznačen sestupný trend, stejně jako na národní úrovni. Ve všech sledovaných letech (s výjimkou roku 2010 a 2012), byla rezistence k cefotaximu nad národní a průměrnou evropskou rezistencí. Ale na rozdíl od stoupající úrovně rezistence v ČR a Evropě nedochází v PKN mezi roky 2011 a 2015 k signifikantnímu vzestupu rezistence k cefotaximu a ani k větším excesům v rezistenci mezi jednotlivými roky. Dle evropských dat bylo v jednotlivých letech % kmenů rezistentních k cefalosporinům 3. generace producenty ESBL. V PKN je situace ve třech letech odlišná, zhruba 50 % kmenů rezistentních k cefotaximu je producenty beta-laktamázy typu AmpC. 23

24 P. aeruginosa Výskyt rezistence kmenů P. aeruginosa se nevymyká trendům ve vývoji rezistence na národní i evropské úrovni, během tohoto období nebyl zaznamenán ani nárůst počtu izolovaných kmenů, ani nárůst rezistence k jednotlivým sledovaným antibiotikům Koaguláza-negativní stafylokoky (KNS) V souladu s literaturou byla v našem souboru izolovaných KNS zaznamenána vysoká úroveň rezistence ke všem sledovaným antibiotikům ve všech sledovaných letech. U oxacilinu, gentamicinu a ciprofloxacinu došlo během sledovaného období k signifikantnímu nárůstu rezistence. U kmenů rezistentních k oxacilinu byla zjištěna signifikantně vyšší (p < 0,05) současná rezistence k erytromycinu, k ciprofloxacinu a ke gentamicinu, než u KNS citlivých k oxacilinu S. aureus Podíl kmenů s rezistencí k oxacilinu (meticilinu) z celkového počtu izolovaných kmenů S. aureus se pouze v roce 2011 a 2012 dostal v PKN pod úroveň rezistence v ČR a v Evropě. V roce 2010 a 2014 bylo zastoupení kmenů MRSA srovnatelné s evropským průměrem. Změny v procentuálním zastoupení kmenů MRSA nejsou v jednotlivých letech statisticky významné, na rozdíl od evropských dat, kde je pozorován sestupný trend, je výskyt meticilinové rezistence v PKN setrvalý. V prvních dvou letech sledování byly kmeny MRSA zachyceny jako původci NIKR pouze na odděleních standardu a následné péče, v roce 2012 se situace mění a jsou izolovány i v segmentu intenzivní péče. Při porovnávání výskytu rezistence u původců NIKR v PKN s daty na celostátní a evropské úrovni (databáze EARS-Net) je nutné vzít do úvahy, že v databázi EARS-Net jsou data o rezistenci pocházející od všech invazivních izolátů, u některých bakteriálních druhů je část kmenů zařazená do databáze komunitního původu (S. aureus, E. coli), u jiných převládá spíše nozokomiální původ (K. pneumoniae, P. aeruginosa) Monitorování antibiotické rezistence v PKN u vybraných bakteriálních druhů K. pneumoniae s produkcí ESBL Během sledovaného období (2. pol až 2015) se v PKN zvyšuje absolutní počet pacientů nově kolonizovaných a infikovaných KLPN ESBL, rozložení pacientů z hlediska poskytované péče se mezi jednotlivými pololetími nemění. V roce 2015 došlo oproti předchozím obdobím k nárůstu incidence a prevalence jak na odděleních intenzivní péče, tak na oddělení standardu a následné péče. V PKN vidíme během sledovaného období nepříznivý trend v narůstajícím počtu nově 24