PROTEOMIKA Proteomika membránových proteinů. Analýza proteinových komplexů
|
|
|
- Jaromír Kolář
- před 6 lety
- Počet zobrazení:
Transkript
1 2018
2 PROTEOMIKA 2018 Proteomika, proteiny, co a proč. Metody práce s bílkovinami (Petrák 15/10) Značení bílkovin, separační metody, 2-DE (Petrák 22/10) 2-DE záludnosti, digesce a identifikace bílkovin pomocí MS-úvod (Petrák 29/10) Principy hmotnostní spektrometrie (Man 5/11) Identifikace proteinů pomocí hmotnostní spektrometrie (Man 12/11) Limity 2-DE, Shot-gun strategie (Petrák 19/11) Kvantitativní metody v shot-gun experimentech (Petrák 26/11) Proteomika membránových proteinů, proteinové komplexy (Petrák 3/12) Speciální metody, klinická proteomika, top-down..??? (Petrák 10/12)
3 PROTEOMIKA 2018 Proteomika membránových proteinů Analýza proteinových komplexů
4
5 INTEGRAL MEMBRANE PROTEINS ~ human genes IMPs genes actively expressed by an average cell type IMPs
6 INTEGRAL MEMBRANE PROTEINS alpha helix TM domain(s) (20-25 AA) + soluble domains
7 4500 Number of predicted TM segments in human integral membrane proteins Fagerberg et al. Proteomics 2011
8 INTEGRAL MEMBRANE PROTEINS alpha helix TM domain(s) (20-25 AA) + soluble domains low expression
9 Cellular abundance of transmembrane proteins is LOW ( copies/cell) Beck et al., Mol Syst Biol Nov 8;7:549.
10 INTEGRAL MEMBRANE PROTEINS alpha helix TM domain(s) (20-25 AA) + soluble domains low expression hydrophobic/amphipathic nature
11 Hydrofobicita proteinu/peptidu Amino Acid Name One Letter Code Hydropathy Score Isoleucine I 4.5 Valine V 4.2 Leucine L 3.8 Phenylalanine F 2.8 Cysteine C 2.5 Methionine M 1.9 Alanine A 1.8 Glycine G -0.4 Threonine T -0.7 Tryptophan W -0.9 Serine S -0.8 Tyrosine Y -1.3 Proline P -1.6 Histidine H -3.2 Glutamic acid E -3.5 Glutamine Q -3.5 Aspartic acid D -3.5 Asparagine N -3.5 Lysine K -3.9 Arginine R -4.5 GRAVY SCORE Grand average hydropathy (součet hydrofobicity (-4.5 až 4.5) jednotlivých aminokyselin dělený počtem aminokyselin) Aminokyseliny typické pro a-helixy: FAMILY VW (+S)
12 Hydrofobicita proteinu GRAVY SCORE Grand average hydropathy (součet hydrofobicity (-4.6 až 4.6) jednotlivých aminokyselin dělený počtem aminokyselin) Spíš rozpustné Spíš transmembránové Kyte, J., and Doolittle, R.F. (1982) J.Mol.Biol. 157,
13 IMPs - molecules with split personalities hydrophilic hydrophobic
14 INTEGRAL MEMBRANE PROTEINS alpha helix TM domain(s) (20-25 AA) + soluble domains low expression hydrophobic/amphipathic nature no Arg, Lys in TM domains
15 Visualized by Protter Vít O., Petrak J., Journal of Proteomics 2017
16 Visualized by Protter Vít O., Petrak J., Journal of Proteomics 2017
17 INTEGRAL MEMBRANE PROTEINS alpha helix TM domain(s) (20-25 AA) + soluble domains low expression hydrophobic/amphipathic nature no Arg, Lys in TM domains detergents interfere with digestion and/or LC-MS UNDER-REPRESENTED IN PROTEOMIC ANALYSES
18 Nízký podíl identifikovaných transmembránových proteinů a peptidů v necílených proteomických analýzách Komerční (Pierce) trypsinový digest z lidských nádrových buněk proteinů peptidů 615/4537 (13,5%) 38/26263 (0,14%) Detergent +FASP trypsinový digest z lidských nádorových buněk proteinů peptidů 519/4748 (10,8%) 18/28269 (0,035 %)
19 Překonávání amfipatie a nízké abundance TM proteinů Izolace (obohacení) membrán centrifugace Obohacení/izolace TM proteinů carbonate stripping - uhličitan sodný, vysoké ph delipidace (MetOH/chloroform) fázová separace (Triton X 114) izolace povrchově značených (Ab, biotin, hydrazid, lektiny) Solubilizace TM chaotropy detergenty (nekompatibilita s LC a MS!) organická rozpouštědla
20 Obohacení membránových frakcí + majoritní cytosolické proteiny + cytoskelet + proteiny asociované s membránou
21 IMPs - molecules with split personalities hydrophilic hydrophobic
22 Standard strategy (targets intact proteins) Membrane fraction Solubilization Tryptic digestion Low purity of membrane fractions! Lack of trypsin clevage sites! Detergents may interfere with digestion Detergents interfere with LC and MS LC-MS/MS LOW ENRICHMENT (10-15%)
23 Odstranění detergentu Filter Assisted Sample Preparation - FASP Lys-C 30 o C Trypsin 37 o C nahrazení detergentu močovinou Volitený krok Štěpění Lys-C v močovině močovinou výměna pufru a štěpení trypsinem (odpaření) a LC-MS
24 Standard strategy (targets intact proteins) Membrane fraction Solubilization Tryptic digestion LC-MS/MS LOW ENRICHMENT (10-15%)
25 IMPs - molecules with split personalities hydrophilic hydrophobic
26 Standard strategy (targets intact proteins) Only the hydrophilic segments? Membrane fraction Solubilization Tryptic digestion LC-MS/MS LOW ENRICHMENT (10-15%)
27 Většina IMPs je N-glykosylována na Asn Asn Lektiny mají vysokou afinitu k cukerným zbytkům (Concavalin A, WGA, RCA 120)
28 N-GLYCOCAPTURE Capture of N-glycopeptides by immobilized LECTINS PNGase F Peptides released by PNGase F N-Glyco-FASP Zielinska et al. Cell, 2010
29 Glyco-FASP Trypsin 37 o C peptidy lektiny PNGAse F výměna pufru a štěpení trypsinem Záchyt glykopeptidů na lektinech a odsmytí neglykosylovaných Uvolnění glykopeptidů PNGázou F
30 Alternativa ke lektinům záchyt glykopeptidů z lyzátu immobilizovaným hydrazidem SPEG solid phase exctraction of glycopeptides
31 Cukry hydrazide Biotin Hydrazide bind to oxidized carbohydrates through the hydrazide group ( NH-NH 2 ), forming a hydrazone linkage. Oxidation of glycoproteins generates reactive aldehydes that react specifically with hydrazide groups.
32 Alternativa ke lektinům záchyt glykopeptidů z lyzátu immobilizovaným hydrazidem SPEG solid phase exctraction of glycopeptides SPEG vychytání oxidovaných glykoproteinů na kuličky s hydrazidem, odmytí neglykosylovaných proteinů, naštěpení trypsinem, odmytí a následná eluce PNGázou Zhang H, et al. Nat Biotechnol Jun;21(6):660-6.
33 N-GLYCOCAPTURE Capture of N-glycopeptides by immobilized LECTINS Capture of N-glycopeptides using hydrazide chemistry Peptides released by PNGase (F) N-Glyco-FASP Peptides released by PNGase F SPEG Zielinska et al. Cell, 2010 Zhang et al. Nature Biotechnology, 2003
34 Classic strategy Only the hydrophilic segments (GLYCOCAPTURE) Membrane fraction Solubilization Tryptic digestion Solubilization Digestion Isolation of N-glycopeptides LC-MS/MS LC-MS/MS
35 Only the hydrophobic segments? Classic strategy Membrane fraction Solubilization Tryptic digestion Only the hydrophilic segments (GLYCOCAPTURE) Solubilization Digestion Isolation of N-glycopeptides LC-MS/MS LC-MS/MS
36 Only the hydrophobic segments High ph-trypsin-cnbr (HpTC) Classic strategy Membrane fraction Solubilization Tryptic digestion Only the hydrophilic segments (GLYCOCAPTURE) Solubilization Digestion Isolation of N-glycopeptides LC-MS/MS LC-MS/MS
37 Identification of IMPs via enrichment of membrane-embedded segments hptc method (High ph-trypsin-cnbr) Vit O, et al. J Proteomics. 2016, 21;149: Blackler AR, et al. J Proteome Res. 2008, 7(7):
38 hptc method (high ph-trypsin-cnbr) Membrane-enriched fraction Vít O. et al., Journal of Proteomics 2016 Blackler A et al., J Proteome Res. 2008
39 ph 7.4
40 hptc method (high ph-trypsin-cnbr) Membrane-enriched fraction Disruption of vesicles Vít O. et al., Journal of Proteomics 2016 Blackler A et al., J Proteome Res. 2008
41 Na ledu Na 2 CO 3 ph 11
42 hptc method (high ph-trypsin-cnbr) Membrane-enriched fraction Disruption of vesicles Trypsin added Vít O. et al., Journal of Proteomics 2016 Blackler A et al., J Proteome Res. 2008
43
44 37 o C trypsin
45
46
47 CNBr cleaves at Met
48 HpTC method High ph-trypsin-cnbr Membrane-enriched fraction Disruption of vesicles Trypsin added Vít O. et al., Journal of Proteomics 2016 Blackler A et al., J Proteome Res. 2008
49 HpTC method High ph-trypsin-cnbr Membrane-enriched fraction Disruption of vesicles Trypsin added Solubilization and CNBr cleavage Delipidation Vít O. et al., Journal of Proteomics 2016 Blackler A et al., J Proteome Res Rey M, et al. Anal Chem. 2010
50 hptc analýza lymfomových buněk Mino 1224 proteinů identifikováno 802 (65,5%) s jednou a více TM doménami 35% peptidů se překrývá s TM doménou > 150 TMP s neznámou funkcí 48 CD leukocytárních membránových markerů TMP z různých membránových kompartmentů Vít et al. J. Proteomics 2016
51 hptc Only the hydrophobic segments (hptc) GHITM_HUMAN IMPs in various tissues Visualization: Protter IMP Enrichment 40-60% Vít O. et al., Journal of Proteomics 2016
52 The Pitchfork strategy Only the hydrophobic segments (hptc) Only the hydrophilic segments (GLYCO-CAPTURE) Classic strategy LC-MS/MS C18, Easy Spray, Thermo Orbitrap Fusion Membrane proteome of human PHEO/PGL
53 PHEOCHROMOCYTOMA / PARAGANGLIOMA Rare neuro-endocrine tumors (0.8:100,000) From adrenal medulla (PHE) From sympathetic or parasympathetic ganglia (PGL) Up to 25 % are malignant, even benign disease has high mortality Often catecholamine-producing Therapy limited, patients only seldom cured NEW DRUG TARGETS ARE NEEDED!
54 PHEO/PGL Only the hydrophobic segments (hptc) Only the hydrophilic segments (GLYCO-CAPTURE) Classic strategy LC-MS/MS C18, Easy Spray, 180 min, Thermo Orbitrap Fusion Enrichment % Enrichment 40-50% Enrichment 12-16%
55 The membrane proteome of PHEO/PGL Up to 1300 IMPs identified in each PHEO/PGL tumor sample
56 Relative occurrence 0.6 Number of transmembrane segments Human membrane proteome predicition Number of predicted transmembrane alpha helices membrane proteome prediction
57 Relative occurrence Number of transmembrane segments Number of predicted transmembrane alpha helices membrane proteome prediction trypsin SPEG gfasp hptc
58 VMAT2_HUMAN Synaptic vesicular amine transporter (SLC18A2) G GLYCOCAPTURE HpTC Visualization: Protter
59 G G G GLYCOCAPTURE CLASSIC STRATEGY hptc SCRB2_HUMAN Lysosome membrane protein 2 Visualization: Protter
60 2584 PHEO/PGL integral membrane protein (15 tumor samples analyzed) PHEOCHROMOCYTOMA 2197 IMPs PARAGANGLIOMA 1846 IMPs
61 Missing human proteins no evidence of existence at protein level (PE2, PE3, PE4) 2186 missing proteins in human proteome (Ommen et al, JPR 2018) Low expression Low number of potential tryptic peptides Expression only in specific tissues only
62 Missing human proteins no evidence of existence at protein level (PE2, PE3, P 2186 missing proteins in human proteome (Ommen et al, JPR 2018) O00624 Sodium-dependent phosphate transport protein 3 hptc O14904 Protein Wnt-9a hptc O15342 V-type proton ATPase subunit e 1 hptc & glycofasp O60330 Protocadherin gamma-a12 SPEG P57773 Gap junction alpha-9 protein glycofasp Q15760 Probable G-protein coupled receptor 19 glycofasp Q5SWH9 Transmembrane protein 69 hptc & trypsin digest Q6IEE8 Schlafen family member 12-like trypsin digest Q6UY09 Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 20 SPEG Q7Z4T8 Inactive polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase-like protein 5 hptc Q86VR8 Four-jointed box protein 1 hptc Q8IWD5 Major facilitator superfamily domain-containing protein 6-like trypsin digest Q8N1M1 Bestrophin-3 SPEG Q8NC01 C-type lectin domain family 1 member A SPEG Q92637 High affinity immunoglobulin gamma Fc receptor IB glycofasp Q99928 Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-3 glycofasp Q9H2Y9 Solute carrier organic anion transporter family member 5A1 SPEG Q9UGF7 Olfactory receptor 12D3 SPEG Q9UKL2 Olfactory receptor 52A1 hptc Q9UPC5 Probable G-protein coupled receptor 34 SPEG
63 MISSING proteins - missing no more TSN31_HUMAN Tetraspanin-31 VA0E1_HUMAN V-type proton ATPase subunit e 1
64 MISSING proteins - missing no more O15342 Q99680 Q12999 Visualization: Protter
65 PHEO/PGL membrane proteome 15 tumor samples analyzed to date 2584 integral membrane proteins (status ) Control tissue: human adrenal medulla P H E O P H E P H E O P H E O P H E O P H E O P H E O P H E O P G L P G L P G L P G L P G L P G L C T R L C T R L P24390 P24821 P26006 P26572 P27105 P27338 P27449 P27824 P28068 P28288 P28906 P29972 P30501 P30508 P30511 P30519 P30533 P30536 P32004 P32297 P32856 P33121 P33151 P33527 P33947 P34096
66 Can we make it quantitative? Occurence of SILAC-compatible aminoacids in peptides 100% 90% 80% 70% 60% 50% 40% 30% 20% 10% 0% K R L K+R K+L L+R K+R+L K R L K+R K+L L+R K+R+L
67 Vit O, Petrak J. Integral membrane proteins in proteomics. How to break open the black box? J Proteomics Feb 5;153:8-20.
68 PROTEOMIKA 2018 Proteomika membránových proteinů Analýza proteinových komplexů
69 ANALÝZA PROTEINOVÝCH KOMPLEXŮ Afinitní purifikace komplexů s pomocí protilátky tagované proteiny QUICK- SILAC+RNAi knock-down Nativní vícerozměrné separace Blue native/2d elektroforéza Clear native/2d elektroforéza Nativní LC proteinů-nativní ELFO Proximity labeling
70 IMUNOAFINITNÍ IZOLACE PROTEINOVÝCH KOMPLEXŮ 1) matrix s protilátkou proti jedné složce komplexu 2) matrix s (rekombinantním) proteinem (návnadou, bait)
71 Pulldown izolace komplexu s protilátkou proti jedné složce komplexu
72 Analysis of the Human Endogenous Coregulator Complexome Malovannaya et al. Cell , primary antibodies 3290 immunoprecipitation experiments 300,000 protein identifications label-free quantitation Filtering based on stoichiometric stability 100,000 specific interactions Involving 11,485 unique human gene products
73 IMUNOAFINITNÍ IZOLACE PROTEINOVÝCH KOMPLEXŮ 1) matrix s protilátkou proti jedné složce komplexu 2) matrix s rekombinantním proteinem (složkou komplexu) Navázání rekombinantního proteinu s tagem na matrix Eluce specifickou endopeptidázou (trombin) štěpící v tagu Tag (lalůček, přívěšek, značka) - AA sekvence vložená do rekombinantního proteinu sloužící k izolaci, detekci, zakotvení apod...
74 AFINITNÍ MATRIX Aktivované matrice: NHS Sepharose lze vázat za aminoskupinu (succinimid) CNBr Sepharose...lze vázat za aminoskupinu EAH Sepharose...lze vázat protein za karboxyl (karbodiimid) Thiol sepharose lze vázat za SH cysteinu Matrice s afinitou pro IgG (Fc fragment) Protein G Sepharose Protein A Sepharose Protein A, G magnetic beads Matrice s afinitou pro glykoproteiny ConA Sepharose Velké ligandy (DNA, protein) lze vázat přímo na matrix. Malé ligandy (nukleotid, NADP, hormon ) se váží přes inertní spacer arm.
75 Typy možných interakcí při imunoprecipitaci Cílový protein Křížově reagující protein ( a jeho partneři) Protein nespecificky vázaný na Ab ( a jeho partneři) Cílový protein + vazebný partner Nespecificky vázaný na matrici ( a jeho partneři)
76 TANDEMOVÁ AFFINITNÍ PURIFIKACE (TAP) Anne-Claude Gavin et. al., (2002) Functional organization of the yeast proteome by systematic analysis of protein complexes. Nature 415, CBP- calmodulin-binding protein TEV štěpné místo virové proteázy TEV 1739 ORF
77 TANDEMOVÁ AFFINITNÍ PURIFIKACE (TAP)
78 TANDEMOVÁ AFFINITNÍ PURIFIKACE (TAP) Komplexy (v průměru 5-7 komponent) Gavin 2002 Nature Gavin 2006 Nature Krogan 2006 Nature
79 TANDEMOVÁ AFFINITNÍ PURIFIKACE (TAP)
80
81 TANDEMOVÁ AFFINITNÍ PURIFIKACE (TAP)
82 QUBIC (Quantitative BAC-GFP interactomics) 1125 bait proteinů 1330 BAC-GFP HeLa cell lines 3990 LC-MS!!! Hein MY et al. Cell Oct 22;163(3):
83 ANALÝZA PROTEINOVÝCH KOMPLEXŮ Afinitní purifikace komplexů s pomocí protilátky tagované proteiny QUICK- SILAC+RNAi knock-down Nativní vícerozměrné separace Blue native/2d elektroforéza Clear native/2d elektroforéza Nativní LC proteinů-nativní ELFO Proximity labeling
84 QUICK SILAC+RNAi knock-down Typy možných interakcí při imunoprecipitaci Cílový protein Křížově reagující protein ( a jeho partneři) Protein nespecificky vázaný na Ab ( a jeho partneři) Cílový protein + vazebný partner Nespecificky vázaný na matrici ( a jeho partneři)
85 QUICK SILAC+RNAi knock-down 4 classes of proteins are present in an immunoprecipitate: target proteins specific interaction partners nonspecific binders cross-reactive proteins After knocking down expression of the protein of interest, only contaminants remain. Matthias Selbach & Matthias Mann Nature Methods, 2006
86 ANALÝZA PROTEINOVÝCH KOMPLEXŮ Afinitní purifikace komplexů s pomocí protilátky tagované proteiny QUICK- SILAC+RNAi knock-down Nativní vícerozměrné separace Blue native/2d elektroforéza Clear native/2d elektroforéza Nativní LC proteinů-nativní ELFO Proximity labeling
87 BLUE NATIVE ELECTROPHORESIS
88 BLUE NATIVE ELECTROPHORESIS Coomassie G250 serves as substitute for detergents binds on the surface of all membrane and some soluble proteins negative charge shift. Schägger, H. & von Jagow, G. (1991). Blue native electrophoresis for isolation of membrane protein complexes in enzymatically active form. Anal Biochem 199,
89 2D (BN-SDS) PAGE sample : added Coomassie brilliant blue G-250 in aminocaproic acid (0.5 M). cathode buffer: Tricine (50 mm), BisTris (15 mm), and Coomassie brilliant blue G-250 (0.02% w/v). anode buffer : BisTris (50 mm).
90 Arabidopsis thaliana mitochondrial proteome by Blue-native 2-DE
91 BLUE NATIVE ELECTROPHORESIS Interferuje s fluorescenční detekcí a enzymatickými esejemi!!!
92 High-resolution CLEAR NATIVE ELECTROPHORESIS CBB je nahrazena anionickýcm detergentem (např. deoxycholát) Detekce Cy3 2D CN-SDS PAGE Wittig et al. Mol Cell Proteomics 6, 7: (2007)
93 ANALÝZA PROTEINOVÝCH KOMPLEXŮ Nativní vícerozměrné separace 2-DE blue native elecktroforéza Clear native elektroforéza Nativní LC proteinů-nativní ELFO
94 NATIVNÍ CHROMATOGRAFIE - NATIVNÍ ELEKTROFORÉZA- LC/MS-MS Analýza železo (hem)-vážících proteinových komplexů v erytroidních buňkách Metabolic labeling of MEL cells by 59 Fe-hemin Anion exchange liquid chromatography Native electrophoresis in presence of Triton X100 MS analysis (Ion trap - LC-MS/MS) Babusiak et al Proteomics. 5(2):
95 Native electrophoretic separation of radioactive fractions A total 13 protein complexes (bands A-M) were analyzed 33 individual proteins were identified.
96 Radioaktivní frakce z chromatografie děleny ELFO a jednotlivé bandy naštěpeny a analyzovány MS Hb hemoglobin (α, β1, β2, δ chains) Prx I peroxiredoxin I Prx II peroxiredoxin II PPI - peptidylprolyl isomerase B IAP integtrin-associated protein Complex 1
97 Ft ferritin Prx I peroxiredoxin I Prx II peroxiredoxin II Hox heme-oxygenase Complex 2 ATPs ATP synthase
98 Hb hemoglobin (α, β1, β2, δ chains) Prx I peroxiredoxin I Prx II peroxiredoxin II CA II carbonic anhydrase II MD cyt. malate dehydrogenase AAT aspartate amino transferase Complex 3 NDK nucleoside diphosphate kinase
99 Prx II peroxiredoxin II Prx IV peroxiredoxin IV NAC Nascent polypeptideassociated complex HSP 2 heat shock protein 2 HSP 110 heat shock protein 110 PDI protein disulfide isomerase ALAD delta aminolevulinic acid dehydratase ATPs ATP synthase Complex 4
100 ANALÝZA PROTEINOVÝCH KOMPLEXŮ Afinitní purifikace komplexů s pomocí protilátky tagované proteiny QUICK- SILAC+RNAi knock-down Nativní vícerozměrné separace Blue native/2d elektroforéza Clear native/2d elektroforéza Nativní LC proteinů-nativní ELFO Proximity labeling
101 Proximity labeling (BioID) Protein zájmu je exprimován jako fuzní protein s biotin ligázou která v přítomnosti biotinu označí proteiny v nejbližším okolí. Označené proteiny se izolují streptavidinem. Roux KJ et al. J Cell Biol Mar 19;196(6):
102 Proximity labeling (k určení lokalizace proteinů) (APEX) Peroxidáza je cílena pomocí signální sekvence do cílového kompartmentu (MT) kde v přítomnosti biotinfenolu označí proteiny v okolí. Označené proteiny se izolují streptavidinem. Rhee HW et al.,science Mar 15;339(6125):
PROTEOMIKA Pondělí 7/12. Label free kvantifikace SRM. Příprava vzorku pro shot-gun FASP. Proteomika membránových proteinů
PROTEOMIKA 2015 Pondělí 7/12 Label free kvantifikace SRM Příprava vzorku pro shot-gun FASP Proteomika membránových proteinů Analýza proteinových komplexů shot-gun metody (pros and cons) až 10000 proteinů
PROTEOMIKA Pondělí 10/12. Analýza proteinových komplexů. Zvláštní aplikace izotopových metod. Klinická proteomika. MALDI imaging.
PROTEOMIKA 2018 Pondělí 10/12 Analýza proteinových komplexů Zvláštní aplikace izotopových metod Klinická proteomika MALDI imaging Protein arrays TOP-DOWN??? ANALÝZA PROTEINOVÝCH KOMPLEXŮ Afinitní purifikace
PROTEOMIKA 2006 PTM. Nativní elektroforézy. Chromatografické Separace. Vícerozměrné separace. Membránové proteiny. Proteinové čipy
PROTEOMIKA 2006 PTM Nativní elektroforézy Chromatografické Separace Vícerozměrné separace Membránové proteiny Proteinové čipy Klinická proteomika.. A CO POSTTRANSLAČNÍ MODIFIKACE? RADIOAKTIVNÍ ZNAČENÍ
Co je proteomika? Proteom? Protein? Experimentální strategie proteomiky Vlastnosti AMK a proteinů
2018 Co je proteomika? Proteom? Protein? Experimentální strategie proteomiky Vlastnosti AMK a proteinů METODY PRÁCE S PROTEINY dezintegrace, lyzace, frakcionace detergenty srážení, precipitace, denaturace
PROTEOMIKA Prezentace z přednášek na adrese:
2018 PROTEOMIKA 2018 Proteomika, proteiny, co a proč. Metody práce s bílkovinami (Petrák 15/10) Značení bílkovin, separační metody, 2-DE (Petrák 22/10) 2-DE záludnosti, digesce a identifikace bílkovin
Metody práce s proteinovými komplexy
Metody práce s proteinovými komplexy Zora Nováková, Zdeněk Hodný Proteinové komplexy tvořeny dvěma a více proteiny spojenými nekovalentními vazbami Van der Waalsovy síly vodíkové můstky hydrofobní interakce
Inovace studia molekulární a buněčné biologie
Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. MBIO1/Molekulární biologie 1 Tento projekt je spolufinancován
Jaterní homogenát, preparativní nanáška 2 mg, barvení koloidní Coomassie Blue 1025 spotů. ph 4 ph 7
2018 PROTEOMIKA 2018 Proteomika, proteiny, co a proč. Metody práce s bílkovinami (Petrák 15/10) Značení bílkovin, separační metody, 2-DE (Petrák 22/10) 2-DE záludnosti, digesce a identifikace bílkovin
Co je proteomika? Proteom? Protein? Experimentální strategie proteomiky Vlastnosti AMK a proteinů
PROTEOMIKA 2015 Proteomika, proteiny, co a proč. Metody práce s bílkovinami Separační metody, 2-DE 2-DE detaily a záludnosti, identifikace bílkovin pomocí MS Principy hmotnostní spektrometrie Identifikace
Separační metody používané v proteomice
Separační metody používané v proteomice Proteome = komplexní směsi proteinů Lidská buňka 10,000 typů proteinů Rozdíl v koncentraci 10 6,plasma10 9 Nutnost separace, frakcionace Na úrovni Proteinů Obtížně
PROTEOMIKA 2015 SHOT-GUN LC, IEF
PROTEOMIKA 2015 SHOT-GUN LC, IEF peptidů Kvantitativní přístupy icat, itraq, SILAC, dimetylace, AQUA. Kdy použít PMF a kdy musím fragmentovat peptid? Jediný protein ( z 2-DE) Směs peptidů z jednoho proteinu
Gel-based a Gel-free kvantifikace v proteomice
Gel-based a Gel-free kvantifikace v proteomice Juraj Lenčo Ústav molekulární patologie Fakulta vojenského zdravotnictví U Hradec Králové Funkce proteinů Proteomika Lokalizace proteinů Proteinové interakce
Proteiny Genová exprese. 2013 Doc. MVDr. Eva Bártová, Ph.D.
Proteiny Genová exprese 2013 Doc. MVDr. Eva Bártová, Ph.D. Bílkoviny (proteiny), 15% 1g = 17 kj Monomer = aminokyseliny aminová skupina karboxylová skupina α -uhlík postranní řetězec Znát obecný vzorec
Proteinové znaky dětské leukémie identifikované pomocí genových expresních profilů
Proteinové znaky dětské leukémie identifikované pomocí genových expresních profilů M.Vášková a spol. Klinika dětské hematologie a onkologie 2.LF UK a FN Motol Childhood Leukemia Investigation Prague Průtoková
Bílkoviny - proteiny
Bílkoviny - proteiny Proteiny jsou složeny z 20 kódovaných aminokyselin L-enantiomery Chemická struktura aminokyselin R představuje jeden z 20 různých typů postranních řetězců R Hlavní řetězec je neměnný
Aminokyseliny, struktura a vlastnosti bílkovin. doc. Jana Novotná 2 LF UK Ústav lékařské chemie a klinické biochemie
Aminokyseliny, struktura a vlastnosti bílkovin doc. Jana Novotná 2 LF UK Ústav lékařské chemie a klinické biochemie 1. 20 aminokyselin, kódovány standardním genetickým kódem, proteinogenní, stavebními
PROTEOMIKA 2017 SHOT-GUN METODY
PROTEOMIKA 2017 SHOT-GUN METODY LC, IEF peptidů Kvantitativní přístupy SILAC,iTRAQ, dimetylace, 18 O, AQUA Label free MRM/SRM proteiny proteiny 2-DE LC-MS shotgun peptidy peptidy SPECIFICKÉ ŠTĚPENÍ BÍLKOVIN
Uplatnění proteomiky v molekulární klasifikaci meduloblastomu Lenka Hernychová
Uplatnění proteomiky v molekulární klasifikaci meduloblastomu Lenka Hernychová Masarykův onkologický ústav Regionální centrum aplikované molekulární onkologie Meduloblastom (MD) - embryonální neuroektodermální
Aminokyseliny. Gymnázium a Jazyková škola s právem státní jazykové zkoušky Zlín. Tematická oblast Datum vytvoření Ročník Stručný obsah Způsob využití
Aminokyseliny Tematická oblast Datum vytvoření Ročník Stručný obsah Způsob využití Autor Kód Chemie přírodních látek proteiny 18.7.2012 3. ročník čtyřletého G Určování postranních řetězců aminokyselin
Přírodní polymery proteiny
Přírodní polymery proteiny Funkční úloha bílkovin 1. Funkce dynamická transport kontrola metabolismu interakce (komunikace, kontrakce) katalýza chemických přeměn 2. Funkce strukturální architektura orgánů
PROTEINY. Biochemický ústav LF MU (H.P.)
PROTEINY Biochemický ústav LF MU 2013 - (H.P.) 1 proteiny peptidy aminokyseliny 2 Aminokyseliny 3 Charakteristika základní stavební jednotky proteinů geneticky kódované 20 základních aminokyselin 4 a-aminokyselina
PROTEOMIKA 2018 SHOT-GUN METODY
2018 PROTEOMIKA 2018 Proteomika, proteiny, co a proč. Metody práce s bílkovinami (Petrák 15/10) Značení bílkovin, separační metody, 2-DE (Petrák 22/10) 2-DE záludnosti, digesce a identifikace bílkovin
ISOLATION OF PHOSPHOPROTEOM AND ITS APPLICATION IN STUDY OF THE EFFECT OF CYTOKININ ON PLANTS
ISOLATION OF PHOSPHOPROTEOM AND ITS APPLICATION IN STUDY OF THE EFFECT OF CYTOKININ ON PLANTS IZOLACE FOSFOPROTEOMU A JEHO VYUŽITÍ PŘI STUDIU ÚČINKU CYTOKININŮ NA ROSTLINU Černý M., Brzobohatý B. Department
Aminokyseliny a dlouhodobá parenterální výživa. Luboš Sobotka
Aminokyseliny a dlouhodobá parenterální výživa Luboš Sobotka Reakce na hladovění a stres jsou stejné asi 4000000 let Přežít hladovění a akutní stav Metody sledování kvality AK roztoků Vylučovací metoda
Aminokyseliny, peptidy a bílkoviny
Aminokyseliny, peptidy a bílkoviny Dělení aminokyselin Z hlediska obsahu v živé hmotě Z hlediska významu ve výživě Z chemického hlediska Z hlediska rozpustnosti Dělení aminokyselin Z hlediska obsahu v
Co je proteomika? Proteom? Protein? Experimentální strategie proteomiky Vlastnosti AMK a proteinů
PROTEOMIKA 2015 Proteomika, proteiny, co a proč. Metody práce s bílkovinami Separační metody, 2-DE 2-DE detaily a záludnosti, identifikace bílkovin pomocí MS Principy hmotnostní spektrometrie Identifikace
IZOLACE, SEPARACE A DETEKCE PROTEINŮ I. Vlasta Němcová, Michael Jelínek, Jan Šrámek
IZOLACE, SEPARACE A DETEKCE PROTEINŮ I Vlasta Němcová, Michael Jelínek, Jan Šrámek Studium aktinu, mikrofilamentární složky cytoskeletu pomocí dvou metod: detekce přímo v buňkách - fluorescenční barvení
Rekombinantní protilátky, bakteriofágy, aptamery a peptidové scaffoldy pro analytické a terapeutické účely Luděk Eyer
Rekombinantní protilátky, bakteriofágy, aptamery a peptidové scaffoldy pro analytické a terapeutické účely Luděk Eyer Virologie a diagnostika Výzkumný ústav veterinárního lékařství, v.v.i., Brno Alternativní
Aminokyseliny, proteiny, enzymy Základy lékařské chemie a biochemie 2014/2015 Ing. Jarmila Krotká Metabolismus základní projev života látková přeměna souhrn veškerých dějů, které probíhají uvnitř organismu
Proteomické aplikace a experimenty v onkologickém výzkumu. Pavel Bouchal
Proteomické aplikace a experimenty v onkologickém výzkumu Pavel Bouchal Analýza genové exprese: mrna nebo protein? Protein: proteom (PROTEin complement expressed by a genome) informace o skutečných efektorech
Kvantitativní proteomická analýza
Kvantitativní proteomická analýza Martin Hubálek Kvantifikace proteinů Většinou pouze relativní srovnání odezvy mezi dvěma experimenty, případně mezi experimentem a standardem Množství proteinu bývá odvozeno
Struktura proteinů. - testík na procvičení. Vladimíra Kvasnicová
Struktura proteinů - testík na procvičení Vladimíra Kvasnicová Mezi proteinogenní aminokyseliny patří a) kyselina asparagová b) kyselina glutarová c) kyselina acetoctová d) kyselina glutamová Mezi proteinogenní
OPVK CZ.1.07/2.2.00/
OPVK CZ.1.07/2.2.00/28.0184 Základní principy vývoje nových léčiv OCH/ZPVNL Mgr. Radim Nencka, Ph.D. ZS 2012/2013 První kroky k objevu léčiva Nobelova cena za chemii 2013 Martin Karplus Michael Levitt
Pražské analytické centrum inovací Projekt CZ / /0002 spolufinancovaný ESF a Státním rozpočtem ČR
Pražské analytické centrum inovací Projekt CZ.04.3.07/4.2.01.1/0002 spolufinancovaný ESF a Státním rozpočtem ČR SEPARACE PROTEINŮ Preparativní x analytická /měřítko, účel/ Zvláštnosti dané povahou materiálu
PŘÍPRAVA PROTEINOVÉHO VZORKU PRO MS ANALÝZU. Hana Konečná
Středoevropský technologický institut CEITEC CL - proteomika Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií Bi 7050 PŘÍPRAVA PROTEINOVÉHO VZORKU PRO MS ANALÝZU Hana Konečná Název prezentace v zápatí
Imunochemické metody. na principu vazby antigenu a protilátky
Imunochemické metody na principu vazby antigenu a protilátky ANTIGEN (Ag) specifická látka (struktura) vyvolávající imunitní reakci a schopná vazby na protilátku PROTILÁTKA (Ab antibody) molekula bílkoviny
Hemoglobin a jemu podobní... Studijní materiál. Jan Komárek
Hemoglobin a jemu podobní... Studijní materiál Jan Komárek Bioinformatika Bioinformatika je vědní disciplína, která se zabývá metodami pro shromážďování, analýzu a vizualizaci rozsáhlých souborů biologických
METODY STUDIA PROTEINŮ
METODY STUDIA PROTEINŮ Mgr. Vlasta Němcová vlasta.furstova@tiscali.cz OBSAH PŘEDNÁŠKY 1) Stanovení koncentrace proteinu 2) Stanovení AMK sekvence proteinu Hmotnostní spektrometrie Edmanovo odbourávání
Typizace amyloidóz pomocí laserové mikrodisekce a hmotnostní spektrometrie
Typizace amyloidóz pomocí laserové mikrodisekce a hmotnostní spektrometrie Dušan Holub Laboratoř experimentální medicíny, Ústav molekulární a translační medicíny Lékařské fakulty Univerzity Palackého v
Hmotnostní spektrometrie
Hmotnostní spektrometrie Miroslav Polášek Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského Akademie věd v České republiky Dolejškova 3, 182 23 Praha 8 Co je hmotnostní spektrometrie? Fyzikálně chemická metoda pro:
Dvoudimenzionální elektroforéza
Rozvoj týmu pro výuku, výzkum a aplikace v oblasti funkční genomiky a proteomiky (CZ.1.07/2.3.00/09.0132) Dvoudimenzionální elektroforéza Hana Konečná Oddělení funkční genomiky a proteomiky ÚEB PřF MU
Genetický kód. Jakmile vznikne funkční mrna, informace v ní obsažená může být ihned použita pro syntézu proteinu.
Genetický kód Jakmile vznikne funkční, informace v ní obsažená může být ihned použita pro syntézu proteinu. Pravidla, kterými se řídí prostřednictvím přenos z nukleotidové sekvence DNA do aminokyselinové
Kvantitativní proteomická analýza. Martin Hubálek
Kvantitativní proteomická analýza Martin Hubálek Kvantifikace proteinů Většinou pouze relativní srovnání odezvy mezi dvěma experimenty, případně mezi experimentem a standardem Množství proteinu bývá odvozeno
Metody používané v MB. analýza proteinů, nukleových kyselin
Metody používané v MB analýza proteinů, nukleových kyselin Nukleové kyseliny analýza a manipulace Elektroforéza (délka fragmentů, čistota, kvantifikace) Restrikční štěpení (manipulace s DNA, identifikace
Metody používané v MB. analýza proteinů, nukleových kyselin
Metody používané v MB analýza proteinů, nukleových kyselin Nukleové kyseliny analýza a manipulace Elektroforéza (délka fragmentů, čistota, kvantifikace) Restrikční štěpení (manipulace s DNA, identifikace
Příprava vzorků pro proteomickou analýzu
Příprava vzorků pro proteomickou analýzu 1) Úvod Proteomické analýzy mohou být naprosto odlišné cíle... Detekce změn v mozkové kůře při Alzheimerově chorobě Identifikace plazmatických markerů karcinomu
Obecná struktura a-aminokyselin
AMINOKYSELINY Obsah Obecná struktura Názvosloví, třídění a charakterizace Nestandardní aminokyseliny Reaktivita - peptidová vazba Biogenní aminy Funkce aminokyselin Acidobazické vlastnosti Optická aktivita
Určení molekulové hmotnosti: ESI a nanoesi
Cvičení Určení molekulové hmotnosti: ESI a nanoesi ) 1)( ( ) ( H m z H m z M k j j j m z z zh M Molekula o hmotnosti M se nabije z-krát protonem, pík iontu ve spektru je na m z : ) ( H m z M z Pro dva
Gymnázium Vysoké Mýto nám. Vaňorného 163, 566 01 Vysoké Mýto
Gymnázium Vysoké Mýto nám. Vaňorného 163, 566 01 Vysoké Mýto SUBSTITUČNÍ DERIVÁTY KARBOXYLOVÝCH O KYSELIN R C O X karboxylových kyselin - substituce na vedlejším uhlovodíkovém řetězci aminokyseliny - hydroxykyseliny
Translace (druhý krok genové exprese)
Translace (druhý krok genové exprese) Od RN k proteinu Milada Roštejnská Helena Klímová 1 enetický kód trn minoacyl-trn-synthetasa Translace probíhá na ribosomech Iniciace translace Elongace translace
Možnosti využití technologie DNA microarrays v predikci odpovědi na neoadjuvantní terapii u pacientů s karcinomem jícnu
Možnosti využití technologie DNA microarrays v predikci odpovědi na neoadjuvantní terapii u pacientů s karcinomem jícnu Srovnal J. 1, Cincibuch J. 2, Cwierkta K. 2, Melichar B. 2, Aujeský R. 3, Vrba R.
Komplementový systém a nespecifická imunita. Jana Novotná Ústav lékařské chemie a biochemie 2 LF UK
Komplementový systém a nespecifická imunita Jana Novotná Ústav lékařské chemie a biochemie 2 LF UK IMUNITA = OBRANA 1. Rozpoznání vlastní a cizí 2. Specifičnost imunitní odpovědi 3. Paměť zachování specifických
aminokyseliny a proteiny
aminokyseliny a proteiny funkce proteinů : proteiny zastávají téměř všechny biologické funkce, s výjimkou přenosu informace stavební funkce buněk a tkání biokatalyzátory-urychlují biochemické reakce -
Výskyt MHC molekul. RNDr. Ivana Fellnerová, Ph.D. ajor istocompatibility omplex. Funkce MHC glykoproteinů
RNDr. Ivana Fellnerová, Ph.D. Katedra zoologie, PřF UP Olomouc = ajor istocompatibility omplex Skupina genů na 6. chromozomu (u člověka) Kódují membránové glykoproteiny, tzv. MHC molekuly, MHC molekuly
Má tajemný clusterin u dětí v septickém stavu aktivitu chaperonu? J. Žurek, P.Košut, M. Fedora
Má tajemný clusterin u dětí v septickém stavu aktivitu chaperonu? J. Žurek, P.Košut, M. Fedora Klinika dětské anesteziologie a resuscitace, Lékařská fakulta MU, Fakultní nemocnice Brno DNA transkripce
Molekulární biofyzika
Molekulární biofyzika Molekuly v živých systémech - polymery Lipidy (mastné kyseliny, fosfolipidy, isoprenoidy, sfingolipidy ) proteiny (aminokyseliny) nukleové kyseliny (nukleotidy) polysacharidy (monosacharidy)
Metabolismus mikroorganismů
Metabolismus mikroorganismů Metabolismus organismů Souvisí s metabolismem polysacharidů, bílkovin, nukleových kyselin a lipidů Cytoplazma, mitochondrie (matrix, membrána) H 3 PO 4 Polysacharidy Pentózový
AMINOKYSELINY STANOVENÍ AMINOKYSELINOVÉHO SLOŽENÍ BÍLKOVIN. Stanovení sirných aminokyselin. Obecná struktura
AMIKYSELIY becná struktura STAVEÍ AMIKYSELIVÉH SLŽEÍ BÍLKVI 1. IZLAE (jen v některých případech) 2. HYDLÝZA kyselá hydrolýza pomocí Hl ( c = 5 mol.dm -3 ) klasicky: 105-120, 18-24 h, inertní atmosféra,
Afinitní chromatografie
Pražské analytické centrum inovací Projekt CZ.04.3.07/4.2.01.1/0002 spolufinancovaný ESF a Státním rozpočtem ČR Afinitní chromatografie Tereza Vařilová, Věra Pacáková PřF UK Praha Obsah přednášky 1. Úvod
Výukový materiál zpracován v rámci projektu EU peníze školám Registrační číslo projektu: CZ.1.07/1.5.00/34.0996
Výukový materiál zpracován v rámci projektu EU peníze školám Registrační číslo projektu: CZ.1.07/1.5.00/34.0996 Šablona: III/2 č. materiálu: VY_32_INOVACE_CHE_413 Jméno autora: Mgr. Alena Krejčíková Třída/ročník:
Český institut pro akreditaci, o.p.s. List 1 z 5
Český institut pro akreditaci, o.p.s. List 1 z 5!!! U P O Z O R N Ě N Í!!! Tento výpis má pouze informativní charakter. Jeho obsah je založen na dokumentech v něm citovaných, jejichž originály jsou k nahlédnutí
Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií
Oddělení funkční genomiky a proteomiky Přírodovědecká fakulta MU Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií Část III Zbyněk Zdráhal Centrální laboratoř-proteomika, CEITEC-MU Oddělení funkční genomiky
rní tekutinu (ECF), tj. cca 1/3 celkového množstv
Představují tzv. extracelulárn rní tekutinu (ECF), tj. cca 1/3 celkového množstv ství vody v tělet (voda tvoří 65-75% váhy v těla; t z toho 2/3 vody jsou vázanv zané intracelulárn rně) Lymfa (míza) Tkáňový
Základy imunologických metod: interakce antigen-protilátka využití v laboratorních metodách
Základy imunologických metod: interakce antigen-protilátka využití v laboratorních metodách Obecné principy reakce antigenprotilátka 1929 Kendall a Heidelberg Precipitační reakce Oblast nadbytku protilátky
Metabolismus aminokyselin. Vladimíra Kvasnicová
Metabolismus aminokyselin Vladimíra Kvasnicová Aminokyseliny aminokyseliny přijímáme v potravě ve formě proteinů: důležitá forma organicky vázaného dusíku, který tak může být v těle využit k syntéze dalších
Výzkumný ústav veterinárního lékařství v Brně
LIPIDY: FUNKCE, IZOLACE, SEPARACE, DETEKCE FOSFOLIPIDY chemické složení a funkce v buněčných membránách; metody stanovení fosfolipidů fosfolipázy - produkty reakcí (ceramid, DAG = 2nd messengers) a stanovení
Magnetické částice pro detekci nádorových onemocnění, založené na protilátkách Vojtěch Adam
Název: Školitel: Magnetické částice pro detekci nádorových onemocnění, založené na protilátkách Vojtěch Adam Datum: 7..203 Reg.č.projektu: CZ..07/2.4.00/3.0023 Název projektu: Partnerská síť centra excelentního
Metabolizmus aminokyselin II
Metabolizmus aminokyselin II Ústav lékařské chemie a klinické biochemie 2.LF UK a FN Motol MUDr. Bc. Matej Kohutiar, Ph.D. matej.kohutiar@lfmotol.cuni.cz Praha 2018 Degradace uhlíkové kostry aminokyselin
Regulace enzymových aktivit
Regulace enzymových aktivit Regulace enzymových aktivit: Změny množství enzymu v kompartmentu, buňce, orgánu: - změna exprese, degradace atd. - změna lokalizace Skutečné regulace: - aktivace/inhibice nízkomolekulárními
Biologie buňky. systém schopný udržovat se a rozmnožovat
Biologie buňky 1665 - Robert Hook (korek, cellulae = buňka) Cytologie - věda zabývající se studiem buňek Buňka ozákladní funkční a stavební jednotka živých organismů onejmenší známý uspořádaný dynamický
Aminokyseliny, Peptidy, Proteiny
Aminokyseliny, Peptidy, Proteiny Proteiny jsou nejrozšířenější biologické makromolekuly Proteiny jsou tvořeny kombinací 20 α-aminokyselin Aminokyseliny sdílejí společné základní strukturní vlastnosti α-uhlík
Configuration vs. Conformation. Configuration: Covalent bonds must be broken. Two kinds of isomers to consider
Stereochemistry onfiguration vs. onformation onfiguration: ovalent bonds must be broken onformation: hanges do NT require breaking of covalent bonds onfiguration Two kinds of isomers to consider is/trans:
laboratorní technologie
Testování analyzátoru Premier Hb9210 TM Malášková L. Úvod Hemoglobin dospělého člověka je obvykle tvořen HbA (97 % z celkového množství), HbA 2 (2,5 %) a HbF (0,5 %). HbA se skládá ze čtyř polypeptidových
VÝZNAM FUNKCE PROTEINŮ V MEDICÍNĚ
FUNKCE PROTEINŮ 1 VÝZNAM FUNKCE PROTEINŮ V MEDICÍNĚ Příklad: protein: dystrofin onemocnění: Duchenneova svalová dystrofie 2 3 4 FUNKCE PROTEINŮ: 1. Vztah struktury a funkce proteinů 2. Rodiny proteinů
Inovace bakalářského studijního oboru Aplikovaná chemie http://aplchem.upol.cz
Inovace bakalářského studijního oboru Aplikovaná chemie http://aplchem.upol.cz Z.1.07/2.2.00/15.0247 Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. Funkční
Název: Vypracovala: Datum: 7. 2. 2014. Zuzana Lacková
Název: Vypracovala: Zuzana Lacková Datum: 7. 2. 2014 Reg.č.projektu: CZ.1.07/2.4.00/31.0023 Název projektu: Partnerská síť centra excelentního bionanotechnologického výzkumu MĚLI BYCHOM ZNÁT: informace,
STRUKTURNÍ SKUPINY ADHEZIVNÍCH MOLEKUL
STRUKTURNÍ SKUPINY ADHEZIVNÍCH MOLEKUL - INTEGRINY LIGANDY) - SELEKTINY (SACHARIDOVÉ LIGANDY) - ADHEZIVNÍ MOLEKULY IMUNOGLOBULINOVÉ SKUPINY - MUCINY (LIGANDY SELEKTIN - (CD5, CD44, SKUPINA TNF-R AJ.) AKTIVACE
ÚVOD DO BIOCHEMIE. Dělení : 1)Popisná = složení org., struktura a vlastnosti látek 2)Dynamická = energetické změny
BIOCHEMIE 1 ÚVOD DO BIOCHEMIE BCH zabývá se chemickými procesy v organismu a chemickým složením živých organismů Biologie: bios = život + logos = nauka Biochemie: bios = život + chemie Dělení : Chemie
Ceník izolačních kitů STRATEC v mikrodestičkách
Izolace plasmidové DNA ST7010300200 Invisorb Plasmid HTS 96 Kit for 2 x 96 preps 9 229 ST7010300300 isolation of pdna from up to 2.0 ml 4 x 96 preps 15 120 bacteria suspension in a 96-well format ST7010300400
TRANSLACE - SYNTÉZA BÍLKOVIN
TRANSLACE - SYNTÉZA BÍLKOVIN Translace - překlad genetické informace z jazyka nukleotidů do jazyka aminokyselin podle pravidel genetického kódu. Genetický kód - způsob zápisu genetické informace Kód Morseovy
Glykobiologie Glykoproteomika Funkční glykomika
Glykobiologie Glykoproteomika Funkční glykomika Glycobiology how sweet it is! Monosacharidy (glukosa, fruktosa, galaktosa ) Oligosacharidy (maltosa, isomaltosa, sacharosa, laktosa.., oligosacharidové řetězce
Struktura aminokyselin, peptidů a bílkovin.
Struktura aminokyselin, peptidů a bílkovin. Ústav lékařské chemie a klinické biochemie 2.LF UK a FN Motol MUDr. Bc. Matej Kohutiar, Ph.D. matej.kohutiar@lfmotol.cuni.cz Praha 2018 I. Struktura aminokyselin
Názvosloví cukrů, tuků, bílkovin
Názvosloví cukrů, tuků, bílkovin SACARIDY CUKRY MNSACARIDY LIGSACARIDY PLYSACARIDY (z mnoha molekul monosacharidů) ALDSY KETSY -DISACARIDY - TRISACARIDY - TETRASACARIDY atd. -aldotriosy -aldotetrosy -aldopentosy
PŘENOS SIGNÁLU DO BUŇKY, MEMBRÁNOVÉ RECEPTORY
PŘENOS SIGNÁLU DO BUŇKY, MEMBRÁNOVÉ RECEPTORY 1 VÝZNAM MEMBRÁNOVÝCH RECEPTORŮ V MEDICÍNĚ Příklad: Membránové receptory: adrenergní receptory (receptory pro adrenalin a noradrenalin) Funkce: zprostředkování
PROTEOMICKÝ EXPERIMENT
2017 KLASICKÁ STRATEGIE PROTEOMICKÝ EXPERIMENT Štěpení všech bílkovin (trypsin) Separace směsi BÍLKOVIN Elektroforéza, chromatografie a jejich kombinace Separace směsi PEPTIDŮ Štěpení vybraných bílkovin
Luminiscenční analýza Použití luminiscenční spektroskopie v analytické chemii
Luminiscenční analýza Použití luminiscenční spektroskopie v analytické chemii Kvantitativní analýza: F = k φ Φ o Vysoká citlivost metody: 2.3 c l ε použití laserů odezva na relativně malé změny v okolí
Přírodovědecká fakulta Univerzity Karlovy v Praze Katedra fyziologie a Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i.
Přírodovědecká fakulta Univerzity Karlovy v Praze Katedra fyziologie a Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i. Morfiem navozené změny membránových a solubilních bílkovin frontální mozkové kůry potkana Mgr. Hana
Biogenníaminy. pro HPLC. Dny kontroly kvality a speciálních metod HPLC Bio-Rad Lednice 8.-9. Listopadu, 2012
Bio-Rad Laboratories Munich Manufacturing Biogenníaminy pro HPLC Dny kontroly kvality a speciálních metod HPLC Bio-Rad Lednice 8.-9. Listopadu, 2012 Bio-Rad Laboratories München, Germany Biogenníaminy
Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti CHROMATOGRAFIE
Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti CHROMATOGRAFIE Chromatografie co je to? : široká škála fyzikálních metod pro analýzu nebo separaci komplexních směsí proč je to super?
Metabolismus aminokyselin - testík na procvičení - Vladimíra Kvasnicová
Metabolismus aminokyselin - testík na procvičení - Vladimíra Kvasnicová Vyberte esenciální aminokyseliny a) Asp, Glu b) Val, Leu, Ile c) Ala, Ser, Gly d) Phe, Trp Vyberte esenciální aminokyseliny a) Asp,
I N V E S T I C E D O R O Z V O J E V Z D Ě L Á V Á N Í
I V E S T I E D Z V J E V Z D Ě L Á V Á Í AMIKYSELIY PEPTIDY AMIKYSELIY = substituční/funkční deriváty karboxylových kyselin = základní jednotky proteinů (α-aminokyseliny) becný vzorec 2-aminokyselin (α-aminokyselin):
asné proteomiky Pavel Bouchal Laboratoř proteomiky Ústav biochemie PřF MU
2-D elektroforéza jako jádro současn asné proteomiky Pavel Bouchal Laboratoř proteomiky Ústav biochemie PřF MU Genomika transkriptomika - proteomika Genom soubor genů informace převážně o genetických dispozicích
Metabolismus bílkovin. Václav Pelouch
ZÁKLADY OBECNÉ A KLINICKÉ BIOCHEMIE 2004 Metabolismus bílkovin Václav Pelouch kapitola ve skriptech - 3.2 Výživa Vyvážená strava člověka musí obsahovat: cukry (50 55 %) tuky (30 %) bílkoviny (15 20 %)
Názvosloví substitučních derivátů karboxylových kyselin
Názvosloví substitučních derivátů karboxylových kyselin Substituční deriváty karboxylových kyselin Substituční deriváty karboxylových kyselin jsou sloučeniny, které obsahují ve své molekule kromě karboxylové
Metody používané v MB. analýza proteinů, nukleových kyselin
Metody používané v MB analýza proteinů, nukleových kyselin Proteiny analýza a manipulace Izolace, purifikace (rozdělovací metody) Centrifugace Chromatografie Elektroforéza Blotting (identifikace, western
Biochemie I. Aminokyseliny a peptidy
Biochemie I Aminokyseliny a peptidy Aminokyseliny a peptidy (vlastnosti, stanovení a reakce) AMINOKYSELINY Když se řekne AK ( -COOH, -NH 2 nebo -NH-) prostorový vztah aminoskupiny a karboxylové skupiny:
Synergin E-Vital (SEV)
2016 Zelinářské dny JuWital, s. r. o. Je ryze česká společnost, fungující od začátku 90. let převážně na evropském trhu Hlavním cílem společnosti bylo a je podporovat zdraví lidí, zvířat a rostlin Jsme
Bílkoviny. Charakteristika a význam Aminokyseliny Peptidy Struktura bílkovin Významné bílkoviny
Bílkoviny harakteristika a význam Aminokyseliny Peptidy Struktura bílkovin Významné bílkoviny 1) harakteristika a význam Makromolekulární látky složené z velkého počtu aminokyselinových zbytků V tkáních