Mikrobiologická diagnostika v intenzivní medicíně

Transkript

1 Mikrobiologická diagnostika v intenzivní medicíně Pavel Dřevínek Ústav lékařské mikrobiologie 2. LF UK FN Motol

2 Požadavky na mikrobiologickou dg. včasná (okamžitá). a servis nejlépe 24/7 Co je (relativně) rychlé: mikroskopie (sputa, likvoru, hnisu, hemokultur) detekce antigenu (pouzdra, toxinu) molekulární genetika sérologie kultivace a MALDI TOF

3 MALDI-TOF Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization Time Of Flight - identifikace narostlé bakteriální kultury (náhrada biochemické identifikace) - rychlost v minutách - zrychlení diagnostiky o desítky hodin

4 Automatizace mikroskopie (sputa, likvoru, hnisu, hemokultur)

5 Automatizace molekulární genetika

6 DNA (PCR) dg. jen určité mikroorganismy (patogen-specifická PCR) Příklady MRSA Clostridium difficile Mycobacterium tuberculosis

7 GeneXpert: C. difficile, MRSA, TBC, influenza,... FilmArray: dle syndromu: respirace, průjem,... T2: na infekce v krvi E. coli, S. aureus, K. pneumoniae, A. baumannii, P. aeruginosa, E. faecium (skoro ESKAPE) za 2 hodiny 1,200 Kč/vyšetření za 1 hodinu 3,600 Kč/vyšetření za 3,5 hodiny 7,000 Kč/vyšetření

8 Nový trend respirační infekce meningitidy střevní infekce sexuálně přenosná onemocnění od PCR na jednoho patogena k PCR na vícero dle syndromu

9 Respirační infekce virové chřipka A včetně typizace chřipka B RSV rhinovirus parainfluenzaviry adenovirus metapneumovirus koronaviry Sexuálně přenosná onemocnění Neisseria gonorrhoeae Chlamydia trachomatis Mycoplasma genitalium Mycoplasma hominis Ureaplasma parvum Ureaplasma urealyticum Trichomonas vaginalis Atypické pneumonie Mycoplasma pneumoniae Chlamydia pneumoniae Chlamydia psittaci Legionella pneumoniae Pneumocystis jiroveci Střevní infekce Salmonella Campylobacter Shigella enterohemoragická E. coli Meningitidy Streptococcus pneumoniae Neisseria meningitidis Haemophilus influenzae Escherichia coli Streptococcus agalactiae Listeria monocytogenes HSV a VZV enteroviry

10 DNA (PCR) dg. jen určité mikroorganismy (patogen-specifická PCR) záchyt kteréhokoliv mikroorganismu (širokospektrá PCR) z primárně sterilního materiálu když může být na vině kterákoli bakterie

11 16S rrna PCR: stovky bakteriálních agens za 10 hodin 2,500 Kč/vyšetření

12 4-letý chlapec s meningeálními příznaky, septický otitis, zvětšené mandle, kariézní chrup CT a MRI hlavy: mastoiditida empyém kolem mozečku trombóza splavů retrofaryngeální flegmóna zánět v kostech lebních, C1 obratli

13 laboratoř v den příjmu leukocyty 26.4 x 10 9 /L CRP mg/l PCT > 100 µg/l likvor: Pandy + leukocyty 2432 / 3 µl (0-12) PMN 97% erytrocyty 48 / 3 µl glukóza 0.22 mmol/l ( ) protein 984 mg/l ( ) chloridy mmol/l ( ) laktát 9.04 mmol/l ( )

14 Leden 24 (Den 1) ceftriaxon + ampicillin lumbální punkce hemokultura výtěr z krku výtěr z ucha likvor: mikroskopie neg. Leden 25 (Den 2) meropenem + ampicillin Překlad na ARO likvor z 24. ledna: PCR N. meningitidis neg. PCR S. pneumoniae neg. PCR H. influenzae neg.

15 Leden 26 (Den 3) moč hemokultura výtěr z krku výtěr z ucha výtěr z krku z 24. ledna: norma výtěr z ucha z 24. ledna: neg. močový Ag pneumokok: neg. likvor z 24. ledna: PCR herpesviry neg. Leden 27 (Den 4) meropenem + metronidazol mastoidektomie likvor z 24. ledna: kultivace neg. panbakteriální PCR: Fusobacterium necrophorum

16 Leden 30 (Den 7) hemokultura z 24. ledna: neg. krev z 26. ledna: panbakteriální PCR: Fusobacterium necrophorum Leden 31 (Den 8) meropenem + metronidazol + clindamycin vyjmutí zubů hemokultura z 26. ledna: neg. Únor 06 (Den 14) meropenem + clindamycin ukončení umělé plicní ventilace

17 Únor 10 (Den 18) Překlad na pediatrii leukocyty 17.7 x 10 9 /L CRP 26.2 mg/l PCT 0.32 µg/l Pandy ++ leuko 23 / 3 µl ery 2 / 3 µl glukóza 3.83 mmol/l protein 602 mg/l chloridy mmol/l Březen 16 (Den 52) Propuštěn do domácí péče leukocyty 8.0 x 10 9 /L CRP 1.5 mg/l PCT 0.16 µg/l

18 Důvody použití molekulární genetiky: Diagnostika záchyt nekultivovatelných, pomalu rostoucích agens nebo agens náročných na kultivační podmínky

19 Důvody použití molekulární genetiky: Diagnostika záchyt nekultivovatelných, pomalu rostoucích agens nebo agens náročných na kultivační podmínky rychlost provedení rozšíření použití i na záchyt kultivovatelných agens

20 Důvody použití molekulární genetiky: Diagnostika záchyt nekultivovatelných, pomalu rostoucích agens nebo agens náročných na kultivační podmínky rychlost provedení rozšíření použití i na záchyt kultivovatelných agens současně podávaná antibiotická léčba

21 Důvody použití molekulární genetiky: Diagnostika záchyt nekultivovatelných, pomalu rostoucích agens nebo agens náročných na kultivační podmínky rychlost provedení rozšíření použití i na záchyt kultivovatelných agens současně podávaná antibiotická léčba vysoká citlivost metody

22 Důvody použití molekulární genetiky: Diagnostika záchyt nekultivovatelných, pomalu rostoucích agens nebo agens náročných na kultivační podmínky rychlost provedení rozšíření použití i na záchyt kultivovatelných agens současně podávaná antibiotická léčba vysoká citlivost metody detekce genů rezistence na antibiotika

23 Požadavky na mikrobiologickou dg. včasná (okamžitá). a servis nejlépe 24/7 s intepretací, zda se jedná o nález s kauzalitou či nikoli Přitěžující okolnosti u pacientů z jednotek intenzivní péče základní onemocnění alterace imunitního systému invaze a intervence pozměněná symptomatika kolonizace oportunními patogeny těch míst, kde za normálních okolností nejsou kolonizace vs. infekce? nebezpečí nozokomiálních infekcí

24 Infekce krevního řečiště, sepse Sekundární IKŘ (urosepse, ranná sepse...) Primární IKŘ = stav, kdy je infekce v samotném krevním řečišti infekční endokarditidy endarteritidy, tromboflebitidy spojené s používáním cévních katétrů --> Katétrové infekce (catheter-related BSI)

25 Infekce krevního řečiště, sepse Katétrové infekce (catheter-related BSI) - pochází z kontaminace katétru intra či extraluminálně - růst mikroorganismů v biofilmu - lokální infekce - systémová infekce (katétrová sepse) koaguláza neg. stafylokoky S. aureus enterokoky kandidy enterobakterie P. aeruginosa kolonizace vs. infekce?

26 kolonizace --> katétrová sepse MUDr. V. Jindrák přednáška Infekce spojené se zdravotní péčí

27 Diagnostika katétrové infekce: definitivní: vyjmout katétr vyjmutý katétr (> 15 CFU) iniciální: hemokultura - odebraná z katétru - odebraná z periférie

28 Diagnostika infekce krevního řečiště: plná krev k hemokultivaci = zlatý standard mikrobiologické diagnostiky IKŘ Odebrat Jaký materiál V jakém uspořádání V jakém okamžiku Tradiční postup krev (a předtím stěr z kůže) "párové hemokultury" 2x až 3x dvě lahvičky při vzestupu teplot opakovaně 1 hemokultura 1 lahvička = všechny lahvičky odebrané v rámci dg. septické příhody

29 Diagnostika infekce krevního řečiště: plná krev k hemokultivaci = zlatý standard mikrobiologické diagnostiky IKŘ Odebrat Tradiční postup Nový postup Jaký materiál V jakém uspořádání V jakém okamžiku krev (a předtím stěr z kůže) "párové hemokultury" 2x až 3x dvě lahvičky při vzestupu teplot opakovaně krev ---- jeden jediný odběr 1x čtyři až šest lahviček při podezření na infekci 1 hemokultura 1 lahvička = všechny lahvičky odebrané v rámci dg. septické příhody

30

31 Zásadní pro navýšení senzitivity hemokultury je odběr dostatečného množství krve v 1 ml krve je pouze 1 až 10 bakterií žádoucí objem krve je 40 až 60 ml (10 ml na lahvičku; celkem 4 až 6 lahviček) odběr jediné lahvičky je nanic

32 Jednorázový odběr (single sample strategy) - zásadní pro navýšení specificity vyšetření Námitka: bakterie jsou v krvi jen někdy a nejpravděpodobněji to je při vzestupu teploty

33 1,430 pacientů a 3,937 záznamů teploty v různém časovém odstupu od pozitivní hemokultury (± 24 hod) % v každém sloupci udává, kolik % z měření v daném časovém bodě představovalo teplotní špičku pacienta Odběr hemokultury v závislosti na teplotě nezvyšuje pravděpodobnost záchytu Riedel et al. Timing of specimen collection for blood cultures from febrile patients with bacteremia

34 Intermitentní bakterémie po dobu kratší než 24 hodin je výjimečná Lamy et al. How to optimize the use of blood cultures for the diagnosis of bloodstream infections? A state-of-the art

35 Proč preferujeme jednorázový odběr: je zásadní pro navýšení specificity 50 % pozitivit je falešných 25 % pozitivit je falešných

36