Autoindex nad DNA sekvencemi
|
|
- Kateřina Štěpánková
- před 9 lety
- Počet zobrazení:
Transkript
1 Autoindex nd DNA sekvenemi do. Ing. Jn Holub, Ph.D. ktedr teoretiké informtiky Fkult informčníh tehnologií České vysoké učení tehniké v Prze ENBIK ENBIK 2014, J. Holub: Autoindex nd DNA sekvenemi p. 1/27
2 Obsh Úvod do problemtiky Stringologie BIO-FMI Kompktní sufixový strom pro vrie Závěr ENBIK 2014, J. Holub: Autoindex nd DNA sekvenemi p. 2/27
3 Úvod do problemtiky Stringologie věd o zprování řetězů posloupností symbolů použití: vyhledávání dokumentů, kontrol prvopisu,... Komprese dt věd o úsporném ukládání dt použití: ukládání dokumentů, přenos dokumentů,... ENBIK 2014, J. Holub: Autoindex nd DNA sekvenemi p. 3/27
4 Biologie úlohy Bioinformtik úlohy uložení genomů velmi ktuální nedosttečné kpity disků uvžuje se o zhzování dt nlezení genů v genomu porovnávání genomů... ENBIK 2014, J. Holub: Autoindex nd DNA sekvenemi p. 4/27
5 Propojení oborů Stringologie Komprese dt přesné vyhledávání sttistiké metody přibližné vyhledávání slovníkové metody indexování kontextové metody neurčité řetěze komprese přirozeného jzyk Biologie sekvene genomu sestvení genomu Bioinformtik ukládání genomů vyhledávání v genomeh fylogenetiká nlýz ENBIK 2014, J. Holub: Autoindex nd DNA sekvenemi p. 5/27
6 Stringologie Přesné vyhledávání vzorek p = p[1..m] délky m, p Σ text t = t[1..n] délky n, t Σ nlezení výskytu vzorku p v textu t p = t = ENBIK 2014, J. Holub: Autoindex nd DNA sekvenemi p. 6/27
7 Stringologie přesné vyhledávání Deterministiký konečný utomt [AHU74], g, t 0 g, t g, t, g, t 5 g, t, g, t p =, Σ = {,,g,t} pmět ová složitost: O( Q Σ ) čsová složitost: O(n) ENBIK 2014, J. Holub: Autoindex nd DNA sekvenemi p. 7/27
8 Stringologie přesné vyhledávání Sousměrné metody Deterministiký konečný utomt [AHU74] pmět : O( Q Σ ); čs: O(n) Knuth-Morris-Prtt [KMP77] pmět : O( Q ); čs: O(n) Protisměrné metody Boyer-Moore [BM77] pmět : O( Q ); čs: průměr (n/m), O(nm) rodin Boyer-Mooreovýh lgoritmů [Horspool 1980], [Sundy 1990],... ENBIK 2014, J. Holub: Autoindex nd DNA sekvenemi p. 8/27
9 Stringologie úplný index Úplný index předzprování textu t = t[1..n] vyhledání výskytů vzorku p = p[1..m] v čse O(m), čili nezávisle n déle textu t Sufixový strom t = přijímá všehny přípony t rozpozná všehny podřetěze t ENBIK 2014, J. Holub: Autoindex nd DNA sekvenemi p. 9/27
10 Stringologie úplný index sufixový strom minimlize zhutnění sufixový utomt kompktní sufixový strom kompktní sufixový utomt zhutnění, minimlize ENBIK 2014, J. Holub: Autoindex nd DNA sekvenemi p. 10/27
11 Stringologie úplný index Implemente: sufixový utomt implemente: [Blík, 2003] pmět : zlepšení 21 30n 1,6 3,66n kompktní sufixový utomt implemente: [Holub, Crohemore, 2003] pmět : zlepšení 10 15n 1,5 3,02n ENBIK 2014, J. Holub: Autoindex nd DNA sekvenemi p. 11/27
12 Stringologie úplný index Zákldní hrkteristiky indexovíh struktur čs vyhledání čs konstruke mx. velikost sufixový strom O(m) O(n 2 ) n 2 kompktní sufixový strom O(m) O(nlog Σ ) 2n sufixový utomt O(m) O(n log Σ ) 2n 1 kompktní sufixový utomt O(m) O(n log Σ ) n + 1 sufixové pole O(m+logn) O(n 2 logn) n mximální velikost = mximální počet stvů utomtu nebo mximální velikost sufixového pole ENBIK 2014, J. Holub: Autoindex nd DNA sekvenemi p. 12/27
13 Stringologie utoindex zhuštěný index index o do velikosti úměrný déle textu t (do délky 2n) utoindex zhuštěný index shopný nhrdit původní text t (umožňuje efektivně zobrzit libovolný podřetěze t) ENBIK 2014, J. Holub: Autoindex nd DNA sekvenemi p. 13/27
14 Biologie ukládání genomů vstup: r genomů jednoho druhu: t 0,t 1,...,t r 1 genomy dvou lidí se liší v 0,1 % úkol: efektivně uložit, umožnit vyhledávání řešení: Klsiké metody nejsou efektivní. BIO-FMI [Proházk, Holub, 2014] zobeněný kompktní sufixový strom (KSS) zřetězíme genomy z sebe vytvoříme KSS KSS pro vrie [Holub kol., 2013] vytvoříme řetěze s vriemi pro něj vytvoříme KSS ENBIK 2014, J. Holub: Autoindex nd DNA sekvenemi p. 14/27
15 BIO-FMI t 0 referenční genom, t 0 = n t i = R i,0 C i,0 R i,1...c i,ki 1R i,ki, 0 < i r C i,j (0 j < k i ) je shodný segment, t.j. podřetěze t i odpovídjíí segmentu v t 0 R i,j (0 j k i ) odlišný segment, t.j. podřetěze t i následujíí shodný segment C i,j 1 ENBIK 2014, J. Holub: Autoindex nd DNA sekvenemi p. 15/27
16 BIO-FMI BIO-FMI vlnkový strom + FM-index optimlizovný pro množinu podobnýh DNA sekvení prmetr l (kompresní poměr vs. čs vyhledání): mximální délk části vzorku Vzorek p[1,m] je rozdělen n části p[1,m] = p[1,l ]p[l +1,2l ]...p[ m l l,m] jednotlivé části jsou vyhledány seprátně. ENBIK 2014, J. Holub: Autoindex nd DNA sekvenemi p. 16/27
17 BIO-FMI ) b) ) T 0 T i d A C C T G T A A C A C C A A C A C C T C T A A C p p p C i,j 1 R i,j C i,j A C C A A C A C C T G T A A C A C C T G T A A C q q q l = 3 # C C A A #... T 0 T i d C i,j 1 R i,j C i,j l = 3 # C C T G T A A # T 0 T i d C i,j 1 R i,j C i,j l = 3... # C T G T A #... (DEL,p,3,q p) (INS,p,3,q p) (UPD,p,1,q p) změny t i jejih uložení v řetězi d i s jejih kontextem: ) smzání (DEL), b) vložení (INS), ) modifike jedno- nukleotidový polymorfismus (UPD). ENBIK 2014, J. Holub: Autoindex nd DNA sekvenemi p. 17/27
18 BIO-FMI t 0 $... t vlnkový strom BWT(t 0 ) islo lo $ g t FM-index I 0 postvený pro referenční sekveni t 0 ENBIK 2014, J. Holub: Autoindex nd DNA sekvenemi p. 18/27
19 BIO-FMI t smplestrt vlnkový strom t i $ #... # t l 1 d # # BWT(d) islo lo $ # 101 g t Index BsePos Offset Op FM-index I d postvený pro řetěze změn d + ENBIK 2014, J. Holub: Autoindex nd DNA sekvenemi p. 19/27
20 BIO-FMI l l { }} {{ }} {{ }} {{ }} { l l p p 1 p 2 p 3 p 4 p 1 výskyty: t 0 : i 101,i 102,i 103,i 104,... t 1 : i 111,i 112,i 113,... t 2 : i 121,i 122,i 123,.... p 2 výskyty: t 0 : i 201,i 202,i 203,i 204,... t 1 : i 211,i 212,i 213,... t 2 : i 221,i 222,i 223,..... skládání výskytu vzorku p z výskytů jeho částí p 1,p 2,... ENBIK 2014, J. Holub: Autoindex nd DNA sekvenemi p. 20/27
21 BIO-FMI Experimenty File s001 s005 m l BIO-FMI RLCSA LZ77 LZ-End 2.26 % 2.26 % 2.99 % 2.99 % 5.08 % 6.01 % 6.01 % 8.69 % 8.69 % % 2.56 µs µs 3.80 µs µs µs 2.37 µs µs 3.71 µs µs µs 6.38 % 6.38 % 6.38 % 9.32 % 9.32 % 9.32 % µs µs µs µs µs µs 3.47 % 3.47 % 3.47 % 8.18 % 8.18 % 8.18 % µs µs µs µs µs µs 6.19 % 6.19 % 6.19 % % % % µs µs µs µs µs µs Kompresní poměr čsy nlezení pro soubory s001 s005 (prvděpodobnost změny mezi t i t 0 je 0,1 % respektive 0,5 %). Intel R Core TM 2 Duo CPU T GHz, 4 GB RAM dlší utoindexy:rlcsa [Mäkinen, Nvrro, Sirén, Välimäki, 2010],LZ77 self-index [Kreft, Nvrro, 2011] ndlz-end self-index [Kreft, 2011] ENBIK 2014, J. Holub: Autoindex nd DNA sekvenemi p. 21/27
22 Kompktní sufixový strom pro vrie vstup: t 0 =bbbb# t 1 =bbbbb$ řetěze s vriemi: t 0+1 =b(bb/bbb)b# sestrojíme kompktní sufixový strom pro řetěze s vriemi t 0+1 ENBIK 2014, J. Holub: Autoindex nd DNA sekvenemi p. 22/27
23 Kompktní sufixový strom pro vrie t 0+1 =b(bb/bbb)b# čs vyhledání: O(m+o(p)), kde o(p) = počet výskytů pmět : O(n+l d +l 1 ), kde l d je součet délek odlišnýh segmentů l 1 je součet některýh společnýh segmentů ENBIK 2014, J. Holub: Autoindex nd DNA sekvenemi p. 23/27
24 Stringologie přibližné vyhledávání Výskyty vzorku p v textu t mohou obshovt nějkou hybu. Vzdálenost dvou řetězů u,v Σ = minimální počet editčníh operí, které jsou zpotřebí pro převedení řetěze u n řetěze v Hmmingov vzdálenost: substitue Levenshteinov vzdálenost: substitue, vložení odstrnění Dmeruov vzdálenost: substitue, vložení, odstrnění trnspozie vzdálenost indel: vložení odstrnění ENBIK 2014, J. Holub: Autoindex nd DNA sekvenemi p. 24/27
25 Stringologie neurčité řetěze neurčitý symbol zstupuje víe než jeden symbol zákldní beedy. rozšíření don t re symbolu příkld: zákldní beed Σ = {,, g, t} rozšířená beed Σ = 2 Σ \{ } H = {,,t} neurčitý řetěze řetěze obshujíí neurčité symboly minokyselin isoleuinth ENBIK 2014, J. Holub: Autoindex nd DNA sekvenemi p. 25/27
26 Protein Biologie neurčité řetěze kódován minokyselinmi minokyselin kódovná trojií nukledotidů 20 minokyselin T C A G T TTT fenyllnin TCT serin TAT tyrosin TGT ystein TTC fenyllnin TCC serin TAC tyrosin TGC ystein TTA leuin TCA serin TAA stop TGA stop TTG leuin TCG serin TAG stop TGG tryptofn C CTT leuin CCT prolin CAT histidin CGT rginin CTC leuin CCC prolin CAC histidin CGC rginin CTA leuin CCA prolin CAA glutmin CGA rginin CTG leuin CCG prolin CAG glutmin CGG rginin A ATT isoleuin ACT treonin AAT sprgin AGT serin ATC isoleuin ACC treonin AAC sprgin AGC serin ATA isoleuin ACA treonin AAA lysin AGA rginin ATG metionin ACG treonin AAG lysin AGG rginin G GTT vlin GCT lnin GAT kys. sprgová GGT glyin GTC vlin GCC lnin GAC kys. sprgová GGC glyin GTA vlin GCA lnin GAA kys. glutmová GGA glyin GTG vlin GCG lnin GAG kys. glutmová GGG glyin ENBIK 2014, J. Holub: Autoindex nd DNA sekvenemi p. 26/27
27 Výsledky: Závěr výhled do budoun BIO-FMI: kompresní poměr ž 2,26 %, velmi ryhlé vyhledávání, s rostouí délkou vzorku efektivit klesá KSS: ryhlost vyhledávání neklesá s rostouí délkou vzorku, ztím není prktiká implemente Výhled do budoun: prozkoumt možnosti neurčitýh řetězů přibližného vyhledávání prktiké nszení v používnýh systémeh ENBIK 2014, J. Holub: Autoindex nd DNA sekvenemi p. 27/27
Molekulární genetika IV zimní semestr 6. výukový týden ( )
Ústav biologie a lékařské genetiky 1.LF UK a VFN, Praha Molekulární genetika IV zimní semestr 6. výukový týden (5.11. 9.11.2007) Nondisjunkce u Downova syndromu 2 Tři rodokmeny rodin s dětmi postiženými
ZPŮSOB DETOXIKACE SULFIDICKÉHO YPERITU ÚČINKEM HALOGENALKANDEHALOGENÁZ
Patentová přihláška CZ 2005 352 ZPŮSOB DETOXIKACE SULFIDICKÉHO YPERITU ÚČINKEM HALOGENALKANDEHALOGENÁZ Číslo přihlášky: CZ 2005 352 A1 Datum předložení: 3. června 2005 Abstrakt: Způsob detoxikace sulfidického
Základy genomiky II, Identifikace genů
Základy genomiky II. Identifikace genů Jan Hejátko Masarykova univerzita, Laboratoř funkční genomiky a proteomiky Laboratoř molekulární fyziologie rostlin Základy genomiky II. Zdrojová literatura ke kapitole
Genetický kód. Jakmile vznikne funkční mrna, informace v ní obsažená může být ihned použita pro syntézu proteinu.
Genetický kód Jakmile vznikne funkční, informace v ní obsažená může být ihned použita pro syntézu proteinu. Pravidla, kterými se řídí prostřednictvím přenos z nukleotidové sekvence DNA do aminokyselinové
ACTIVATION OF DEHYDRIN GENES OF GERMINATE PLANTS OF BARLEY TO DROUGHT AND COLD AKTIVACE DEHYDRINOVÝCH GENŮ KLÍČNÍCH ROSTLIN JEČMENE SUCHEM A CHLADEM
ACTIVATION OF DEHYDRIN GENES OF GERMINATE PLANTS OF BARLEY TO DROUGHT AND COLD AKTIVACE DEHYDRINOVÝCH GENŮ KLÍČNÍCH ROSTLIN JEČMENE SUCHEM A CHLADEM Dokoupilová Z., Holková L., Chloupek O. Ústav pěstování
Základy proteomiky 2011
Základy proteomiky 2011 Proč právě proteomika? Jan Hejátko Základy proteomiky 2011 Schéma přednášek ze Základů proteomiky 2011 Proč právě proteomika? (Jan Hejátko) Exprese a purifikace rekombinantních
Univerzita Palackého v Olomouci. Diplomová práce
Univerzita Palackého v Olomouci Diplomová práce Olomouc 2010 Bc. Barbora Klocová Univerzita Palackého v Olomouci Přírodovědecká fakulta Katedra buněčné biologie a genetiky Mapování genů kvantitativních
Inovace studia molekulární a buněčné biologie
Inovace studia molekulární a buněčné biologie I n v e s t i c e d o r o z v o j e v z d ě l á v á n í reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním
Populační genetika. ) a. Populační genetika. Castle-Hardy-Weinbergova zákonitost. Platí v panmiktické populaci za předpokladu omezujících podmínek
Poulační genetika Poulační genetika ORGANISMUS Součást výše organizované soustavy oulace POPULACE Soubor jedinců jednoho druhu Genotyově heterogenní V určitém čase má řirozeně vymezený rostor Velký očet
Polymerázová řetězová reakce
Polymerázová řetězová reakce doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D. bartosm@vfu.cz Přírodovědecká fakulta MU, 2013 Obsah přednášky 1) Co je to PCR, princip, jednotlivé kroky 2) Technické provedení PCR 3) Fyzikální
REPREZENTACE A ZPRACOVÁNÍ GENOMICKÝCH SIGNÁLŮ REPRESENTATION AND PROCESSING OF GENOMIC SIGNALS
VYSOKÉ UČENÍ TECHNICKÉ V BRNĚ BRNO UNIVERSITY OF TECHNOLOGY FAKULTA ELEKTROTECHNIKY A KOMUNIKAČNÍCH TECHNOLOGIÍ ÚSTAV BIOMEDICÍNSKÉHO INŽENÝRSTVÍ FACULTY OF ELECTRICAL ENGINEERING AND COMMUNICATION DEPARTMENT
Lucie Kárná, Michal Křížek, Pavel Křížek
genetika Genetický kód z pohledu matematiky Lucie Kárná, Michal Křížek, Pavel Křížek RNDr. Lucie Kárná, Ph.D. (*1969) vystudovala obor matematická analýza na Matematickofyzikální fakultě UK a v současnosti
UPLATNĚNÁ CERTIFIKOVANÁ METODIKA. č. 94/2018
UPLATNĚNÁ CERTIFIKOVANÁ METODIKA č. 94/2018 Pentaplexní diagnostické qpcr systémy pro simultánní identifikaci a kvantifikaci tkání významných a minoritních druhů hospodářských zvířat s definovanou možností
MENDELOVA ZEMĚDĚLSKÁ A LESNICKÁ UNIVERZITA V BRNĚ. Agronomická fakulta BAKALÁŘSKÁ PRÁCE
MENDELOVA ZEMĚDĚLSKÁ A LESNICKÁ UNIVERZITA V BRNĚ Agronomická fakulta BAKALÁŘSKÁ PRÁCE BRNO 2006 Petra PŘICHYSTALOVÁ MENDELOVA ZEMĚDĚLSKÁ A LESNICKÁ UNIVERZITA V BRNĚ Agronomická fakulta Ústav morfologie,
Havarijní plán Ústavu biochemie a mikrobiologie VŠCHT Praha pro práci s GMO
Vysoká škola chemicko-technologická v Praze 1/20 Havarijní plán Ústavu biochemie a mikrobiologie VŠCHT Praha pro práci s GMO a) Název organizace: Vysoká škola chemicko-technologická v Praze Jméno, příjmení
Využití rep-pcr v bakteriální taxonomii
Využití rep-pcr v bakteriální taxonomii Pavel Švec Česká sbírka mikroorganismů Přírodovědecká fakulta MU rep-pcr založeny na shlukové analýze PCR produktů získaných s primery komplementárními k rozptýleným
Propojení výuky oborů Molekulární a buněčné biologie a Ochrany a tvorby životního prostředí. Reg. č.: CZ.1.07/2.2.00/
Propojení výuky oborů Molekulární a buněčné biologie a Ochrany a tvorby životního prostředí Reg. č.: CZ.1.07/2.2.00/28.0032 Molekulární genetika (Molekulární základy dědičnosti) 0 Gen - historie 1909 Johanssen
Amplifikační metody v molekulární diagnostice mikroorganismů. doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D.
Amplifikační metody v molekulární diagnostice mikroorganismů doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D. bartosm@vfu.cz Přírodovědecká fakulta MU, 2012 Doporučená literatura 1) Persing et al. (1993): Diagnostic Molecular
Molekulární genetika (Molekulární základy dědičnosti)
Molekulární genetika (Molekulární základy dědičnosti) Struktura nukleové kyseliny Cukerná pentóza: 2-deoxy-D-ribóza D-ribóza Fosfátový zbytek: PO 4 3- Purin Pyrimidin Dusíkatá báze Adenin Guanin Tymin
ÚSTAV FYZIKÁLNÍ BIOLOGIE JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH
ÚSTAV FYZIKÁLNÍ BIOLOGIE JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH ZPRÁVA O UKONČENÍ PROJEKTU Projekt Název projektu: Multilocus sequence analysis as a tool for robust phylogeny in heterocytous cyanobacteria
thaliana. balky. 1. Genetická analýza a identifikace počtu genů 2. Určení DNA markerů v genetické vazbě s genem
Praktikum z genetiky rostlin JS 2014 Genetická analýza a genetické markery 1. Genetická analýza a identifikace počtu genů odolnosti k padlí u ječmene. 2. Určení DNA markerů v genetické vazbě s genem odolnosti
Univerzita Palackého v Olomouci. Bakalářská práce
Univerzita Palackého v Olomouci Bakalářská práce Olomouc 2014 Václav Svoboda Univerzita Palackého v Olomouci Přírodovědecká fakulta Katedra buněčné biologie a genetiky Charakterizace rekombinantní mapovací
ANALYSIS OF SERPINE1 GENE VARIABILITY IN PIGS
ANALYSIS OF SERPINE1 GENE VARIABILITY IN PIGS Weisz F., Knoll A. Department of Animal Morphology, Physiology and Genetics, Faculty of Agronomy, Mendel University of Agriculture and Forestry in Brno, Zemedelska
Molekulárn. rní genetika
Molekulárn rní genetika Centráln lní dogma molekulárn rní biologie cesta přenosu genetické informace: DNA RNA proteiny výjimkou reverzní transkripce retrovirů: RNA DNA Chemie nukleových kyselin dusíkaté
Mutageneze vznik chyby na DNA mutagen (chemická látka / záření)
Genotoxicita - úvod Genotoxicita: toxická látka ovlivňuje genetický materiál buňky (nukleové kyseliny) Při působení vyšších koncentrací genotoxických látek dochází k přímému úhynu buněk Nižší koncentrace
USING OF AUTOMATED DNA SEQUENCING FOR PORCINE CANDIDATE GENES POLYMORFISMS DETECTION
USING OF AUTOMATED DNA SEQUENCING FOR PORCINE CANDIDATE GENES POLYMORFISMS DETECTION VYUŽITÍ AUTOMATICKÉHO SEKVENOVÁNÍ DNA PRO DETEKCI POLYMORFISMŮ KANDIDÁTNÍCH GENŮ U PRASAT Vykoukalová Z., Knoll A.,
Molekulární genetika
Molekulární genetika Upozornění: ukončení semestru ZÁPOČTOVÝ TEST a) Dědičnost krevně skupinových systémů (AB0, MN, Rh) b) Přepis úseku DNA do sekvence aminokyselin c) Populační genetika výpočet frekvence
Havarijní plán PřF UP
Havarijní plán PřF UP v němž se nakládá s geneticky modifikovanými organismy (GMO), zpracovaný podle 20, odst. 4 zákona č. 78/2004 Sb. pro pracoviště kateder Buněčné biologie a genetiky a Oddělení molekulární
Schéma průběhu transkripce
Molekulární základy genetiky PROTEOSYNTÉZA A GENETICKÝ KÓD Proteosyntéza je složitý proces tvorby bílkovin, který zahrnuje proces přepisu genetické informace z DNA do kratšího zápisu v informační mrna
Nové p ístupy v detekci DNA a protein
Nové p ístupy v detekci DNA a protein DNA je makromolekula ú astnící se klí ových biologických proces Její poškození má za následek: mutace a aberace rakovinu metabolické poruchy které vrozené vady neurodegenerativní
základní znaky živých systémů (definice života výčtem jeho vlastností) složitá organizace a řád regulace a udržování vnitřní homeostázy získávání a
definice života živý organismus je přirozeně se vyskytující sám sebe reprodukující systém, který vykonává řízené manipulace s hmotou, energií a informací základní znaky živých systémů (definice života
GENOTOXICITA LÉČIV. Klára A. Mocová. VŠCHT Praha Fakulta technologie ochrany prostředí Ústav chemie ochrany prostředí
GENOTOXICITA LÉČIV Klára A. Mocová VŠCHT Praha Fakulta technologie ochrany prostředí Ústav chemie ochrany prostředí Centralizovaný rozvojový projekt MŠMT č. C29: Integrovaný systém vzdělávání v oblasti
Virtuální svět genetiky 1. Translace
(překlad) je druhým krokem exprese genetické informace a ukončuje dráhu DNA > RNA > protein. probíhá mimo jádro, v cytoplazmě na ribozómech. Výchozími látkami pro translaci je 21 standardních aminokyselin,
LESNICKÝ PRŮVODCE GENETICKÁ CHARAKTERIZACE VÝZNAMNÝCH REGIONÁLNÍCH POPULACÍ BOROVICE LESNÍ V ČESKÉ REPUBLICE. C er ti f i k ov a n é
GENETICKÁ CHARAKTERIZACE VÝZNAMNÝCH REGIONÁLNÍCH POPULACÍ BOROVICE LESNÍ V ČESKÉ REPUBLICE LESNICKÝ PRŮVODCE C er ti f i k ov a n é METODIKY Ing. JIŘÍ ČÁP a kol. 19/2016 Genetická charakterizace významných
Genetika: cvičení č. 1-2 DNA, RNA, replikace, transkripce, translace a genetický kód, mutace. KBI/GENE Mgr. Zbyněk Houdek
Genetika: cvičení č. 1-2 DNA, RNA, replikace, transkripce, translace a genetický kód, mutace KBI/GENE Mgr. Zbyněk Houdek Témata cvičení 1. DNA, RNA, replikace, transkripce, translace, genetický kód, centrální
VYSOKÉ UČENÍ TECHNICKÉ V BRNĚ
VYSOKÉ UČENÍ TECHNICKÉ V BRNĚ BRNO UNIVERSITY OF TECHNOLOGY FAKULTA ELEKTROTECHNIKY A KOMUNIKAČNÍCH TECHNOLOGIÍ FACULTY OF ELECTRICAL ENGINEERING AND COMMUNICATION ÚSTAV BIOMEDICÍNSKÉHO INŽENÝRSTVÍ DEPARTMENT
PDF created with FinePrint pdffactory Pro trial version http://www.pdffactory.com
Start hry jste úspěšně zvládli. Máte dobré předpoklady k tomu, abyste absolvovali celou hru. - Hra má start, cíl a 13 číslovaných stanovišť, která musíte projít. - Pro každou skupinu je určena jedna zpráva.
Funkční vzorek 5513/2017
Funkční vzorek 5513/2017 Postup pro detailní charakterizaci významných původců virových onemocnění hospodářských zvířat ve formě sbírkových položek deponovaných ve Sbírce zoopatogenních mikroorganismů
Definice. Necht M = (Q, T, δ, q 0, F ) je konečný automat. Dvojici (q, w) Q T nazveme konfigurací konečného automatu M.
BI-AAG (20/202) J. Holu: 2. Deterministické nedeterministické konečné utomty p. 2/3 Konfigurce konečného utomtu BI-AAG (20/202) J. Holu: 2. Deterministické nedeterministické konečné utomty p. 4/3 Automty
Využití PCR pro studium mikrobiologických biodegradačních procesů. Bc. Tereza Dobešová
Využití PCR pro studium mikrobiologických biodegradačních procesů Bc. Tereza Dobešová Diplomová práce 011 ABSTRAKT Cílem diplomové práce bylo ověřit funkčnost a optimalizovat podmínky primerů, jejichž
Studium polymorfismu u vybraných populací smrku ztepilého Picea abies (L.)
Výzkum možností minimalizace obsahů organických škodlivin ve zdrojích pitných vod v Krušných horách Studium polymorfismu u vybraných populací smrku ztepilého Picea abies (L.) Karsten pomocí DNA analýz
Ústav klinické mikrobiologie a Národní referenční laboratoř pro cytomegaloviry, FN v Hradci Králové 2
MOŽNOSTI RYCHLÉHO PRŮKAZU GANCICLOVIR REZISTENTNÍCH KMENŮ LIDSKÉHO CYTOMEGALOVIRU (HCMV, CMV) U PACIENTŮ PO TRANSPLANTACI LEDVINY. DETEKCE BODOVÝCH MUTACÍ V UL97 GENU HCMV SPOJENÝCH S REZISTENCÍ VŮČI GANCICLOVIRU
Katarína Mitrová, Jaroslava Ovesná, Leona Svobodová. Použití metody analýzy mikrosatelitů pro charakterizaci odrůd česneku METODIKA PRO PRAXI
Katarína Mitrová, Jaroslava Ovesná, Leona Svobodová Použití metody analýzy mikrosatelitů pro charakterizaci odrůd česneku METODIKA PRO PRAXI Výzkumný ústav rostlinné výroby, v.v.i., 2015 Metodika byla
Genetické markery. Marker (genetický marker) = signální gen, signální linie. morfologické bílkovinné (izoenzymy) DNA
Genetické markery Marker (genetický marker) = signální gen, signální linie morfologické bílkovinné (izoenzymy) DNA 1. založené na hybridizaci DNA 2. založené na polymerázové řetězové reakci amplifikace
Studium exprese jaderného receptoru nhr-97 v Caenorhabditis elegans
UNIVERZITA KARLOVA V PRAZE PŘÍRODOVĚDECKÁ FAKULTA KATEDRA BIOCHEMIE Studium exprese jaderného receptoru nhr-97 v Caenorhabditis elegans Study of expression of the nuclear receptor nhr-97 in Caenorhabditis
Molekulární genetika, mutace. Mendelismus
Molekulární genetika, mutace 1) Napište komplementární řetězec k uvedenému řetězci DNA: 5 CGTACGGTTCGATGCACTGTACTGC 3. 2) Napište sekvenci vlákna mrna vzniklé transkripcí molekuly DNA, pokud templátem
MODERNÍ BIOFYZIKÁLNÍ METODY:
MODERNÍ BIOFYZIKÁLNÍ METODY: POKROČILÉ PRAKTICKÉ VZDĚLÁVÁNÍ V EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGII Operační program Vzdělávání pro konkurenceschopnost Číslo projektu: CZ.1.07/2.3.00/09.0046 Praktický kurz pokročilých
pûvodní práce p fi e h l e d
pûvodní práce p fi e h l e d STUDIUM MUTACÍ A POLYMORFISMÒ DIHYDROPYRIMIDINDEHYDROGENÁZY (DPD) V PREDIKCI TOXICITY SPOJENÉ S PODÁNÍM FLUOROPYRIMIDINÒ ANALYSIS OF MUTATIONS AND POLYMORPHISMS OF DIHYDROPYRIMIDINE
MENDELOVA UNIVERZITA V BRNĚ AGRONOMICKÁ FAKULTA DIPLOMOVÁ PRÁCE
MENDELOVA UNIVERZITA V BRNĚ AGRONOMICKÁ FAKULTA DIPLOMOVÁ PRÁCE BRNO 2016 JAN WIJACKI Mendelova univerzita v Brně Agronomická fakulta Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat Druhová identifikace
Molekulární analýza mitochondriálního genomu Diuraphis noxia (Aphididae)
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích Přírodovědecká fakulta Diplomová práce Molekulární analýza mitochondriálního genomu Diuraphis noxia (Aphididae) Bc. Daniela Chundelová Školitel : PaedDr. Martina
LESNICKÝ PRŮVODCE HODNOCENÍ GENETICKÝCH CHARAKTERISTIK U BOROVICE LESNÍ S VYUŽITÍM MIKROSATELITOVÝCH MARKERŮ. C er ti f i k ov a n é
HODNOCENÍ GENETICKÝCH CHARAKTERISTIK U BOROVICE LESNÍ S VYUŽITÍM MIKROSATELITOVÝCH MARKERŮ LESNICKÝ PRŮVODCE C er ti f i k ov a n é METODIKY Ing. HELENA CVRČKOVÁ, Ph.D. Ing. PAVLÍNA MÁCHOVÁ, Ph.D. Mgr.
MUTAGENEZE in vitro. postupy kterými se mění primární struktura DNA, především za účelem fenotypové změny
MUTAGENEZE in vitro postupy kterými se mění primární struktura DNA, především za účelem fenotypové změny Mutace gen transkripce translace mutace normalní protein normální fenotyp mutovaný gen abnormální
Molekulární genetika. DNA = deoxyribonukleová kyselina. RNA = ribonukleová kyselina
Přehled GMH Seminář z biologie GENETIKA Molekulární genetika Základní dogma molekulární biologie Základním nosičem genetické informace je molekula DNA. Tato molekula se může replikovat (kopírovat). Informace
Základy molekulární biologie KBC/MBIOZ
Základy molekulární biologie KBC/MBIOZ Ivo Frébort 5. Metody molekulární biologie II DNA footprinting hledání interakcí DNA s proteiny Polymerázová řetězová reakce (Polymerase chain reaction PCR) Malé
Specifická izolace microrna pomocí magnetizovatelných mikročástic
Název: Školitel: Specifická izolace microrna pomocí magnetizovatelných mikročástic Veronika Vlahová Datum: 21. 3. 214 Reg.č.projektu: CZ.1.7/2.3./2.148 Název projektu: Mezinárodní spolupráce v oblasti
Mutace jako změna genetické informace a zdroj genetické variability
Obecná genetika Mutace jako změna genetické informace a zdroj genetické variability Doc. RNDr. Ing. Eva PALÁTOVÁ, PhD. Ing. Roman LONGAUER, CSc. Ústav zakládání a pěstění lesů LDF MENDELU Brno Tento projekt
Časté podsekvence, epizodální pravidla. Katedra kybernetiky, FEL, ČVUT v Praze.
Časté podsekvence, epizodální pravidla Jiří Kléma Katedra kybernetiky, FEL, ČVUT v Praze http://ida.felk.cvut.cz pstruktura přednášky Motivace pro hledání častých podsekvencí praktické příklady, variabilita
Automaty a gramatiky(bi-aag)
BI-AAG (2011/2012) J. Holu: 3. Operce s konečnými utomty p. 2/33 Převod NKA ndka BI-AAG (2011/2012) J. Holu: 3. Operce s konečnými utomty p. 4/33 Automty grmtiky(bi-aag) 3. Operce s konečnými utomty Jn
Ústřední kontrolní a zkušební ústav zemědělský. Národní referenční laboratoř. Bulletin Ročník XXII, číslo 2/2018
Ústřední kontrolní a zkušební ústav zemědělský Národní referenční laboratoř Bulletin 2018 Ročník XXII, číslo 2/2018 Brno 2018 Obsah 1 Zavedení pesticidního screeningu s využitím systému UHPLC-QTOF Martina
IDENTIFIKACE BAKTERIÍ MLÉČNÉHO KVAŠENÍ (VÝZNAMNÝCH V MLÉKÁRENSKÉM PRŮMYSLU) POMOCÍ POLYMERASOVÉ ŘETĚZOVÉ REAKCE
IDENTIFIKACE BAKTERIÍ MLÉČNÉHO KVAŠENÍ (VÝZNAMNÝCH V MLÉKÁRENSKÉM PRŮMYSLU) POMOCÍ POLYMERASOVÉ ŘETĚZOVÉ REAKCE A. Španová 1, B. Rittich 1, K. Kšicová 1, V. Dráb 2 1 Masarykova univerzita, Přírodovědecká
LESNICKÝ PRŮVODCE GENETICKÁ CHARAKTERIZACE VÝZNAMNÝCH REGIONÁLNÍCH POPULACÍ BUKU LESNÍHO V ČESKÉ REPUBLICE. C er ti f i k ov a n é
GENETICKÁ CHARAKTERIZACE VÝZNAMNÝCH REGIONÁLNÍCH POPULACÍ BUKU LESNÍHO V ČESKÉ REPUBLICE LESNICKÝ PRŮVODCE C er ti f i k ov a n é METODIKY Ing. MARTIN FULÍN a kol. 4/2016 Genetická charakterizace významných
CHARACTERISTICS OF WHEAT GENOTYPES USING HIGH MOLECULAR WEIGHT SUBUNITS GLUTENIN ALLELE
CHARACTERISTICS OF WHEAT GENOTYPES USING HIGH MOLECULAR WEIGHT SUBUNITS GLUTENIN ALLELE CHARAKTERISTIKA GENOTYPŮ PŠENICE POMOCÍ ALEL VYSOKOMOLEKULÁRNÍCH PODJEDNOTEK GLUTENINŮ Kocourková Z., Vejl P. Katedra
1. ÚVOD A PROBLEMATIKA
1. ÚVOD A PROBLEMATIKA 1.1. CYTOCHROMY P450 Cytochromy P450 (CYP) jsou biotransformační enzymy odpovědné za detoxikaci a eliminaci organických cizorodých látek (xenobiotik). Jsou zahrnuty v oxidativním
6. Zobrazení δ: (a) δ(q 0, x) obsahuje x i, x i Z. (b) δ(x i, y) obsahuje y j, x i y j P 7. Množina F je množinou koncových stavů.
Vzth mezi reg. výrzy kon. utomty Automty grmtiky(bi-aag) 7. Převody mezi reg. grm., reg. výrzy kon. utomty Jn Holu Algoritmus (okrčování): 6. Zorzení δ: () δ(, x) oshuje x i, x i Z. () δ(x i, y) oshuje
velké fragmenty střední fragmenty malé fragmenty
velké fragmenty střední fragmenty malé fragmenty Southern 1975 Northern Western denaturace DNA hybridizace primerů (annealing) (mají délku kolem 20 bází) syntéza nové DNA termostabilní polymerázou vstup
VYSOKÉ UČENÍ TECHNICKÉ V BRNĚ FRAKTÁL V SEKVENCI DNA BAKALÁŘSKÁ PRÁCE FAKULTA ELEKTROTECHNIKY A KOMUNIKAČNÍCH TECHNOLOGIÍ ÚSTAV RADIOELEKTRONIKY
VYSOKÉ UČENÍ TECHNICKÉ V BRNĚ BRNO UNIVERSITY OF TECHNOLOGY FAKULTA ELEKTROTECHNIKY A KOMUNIKAČNÍCH TECHNOLOGIÍ ÚSTAV RADIOELEKTRONIKY FACULTY OF ELECTRICAL ENGINEERING AND COMMUNICATION DEPARTMENT OF
Ústřední kontrolní a zkušební ústav zemědělský. Národní referenční laboratoř. Bulletin Ročník XVIII, číslo 3/2014
Ústřední kontrolní a zkušební ústav zemědělský Národní referenční laboratoř Bulletin 2014 Ročník XVIII, číslo 3/2014 Brno 2014 Obsah 1. Stanovení kvartérních amóniových pesticidů metodou UPLC-MS/MS Petra
(Standard WIPO ST.60)
VĚSTNÍK ÚŘADU PRŮMYSLOVÉHO VLASTNICTVÍ Číslo 33 ISSN 2336-7288 Praha - 17. srpna 2016 Číselné INID kódy pro označování bibliografických dat technických řešení INID Codes for the identification of bibliographic
MOLEKULÁRNÍ BIOLOGIE. 2. Polymerázová řetězová reakce (PCR)
MOLEKULÁRNÍ BIOLOGIE 2. Polymerázová řetězová reakce (PCR) Náplň praktik 1. Izolace DNA z buněk bukální sliznice - izolační kit MACHEREY-NAGEL 2. PCR polymerázová řetězová reakce (templát gdna) 3. Restrikční
Mendelova univerzita v Brně Agronomická fakulta Ústav biologie rostlin
Mendelova univerzita v Brně Agronomická fakulta Ústav biologie rostlin Detekce polymorfizmu DNA tritikale (XTriticosecale Wittmack.) mikrosatelitními markery Metodické návody pro laboratorní cvičení z
Josef Reischig, Jiří Hatina, Marie Ludvíková OBECNÁ GENETIKA. Praktická cvičení
Josef Reischig, Jiří Hatina, Marie Ludvíková OBECNÁ GENETIKA Praktická cvičení Popis průběhu spermatogeneze a meiózv u sarančat Spermatocyty I. řádu po proběhlé S fázi (2n, 4C) prochází prvním meiotickým
Dědičnost x proměnlivost Neboli heredita je schopnost organismů vytvářet potomky se stejnými nebo podobnými znaky. Je to jedna ze základních
Mgr. Zbyněk Houdek Doporučenálit.: Alberts, B. a kol.: Základy buněčné biologie (1998) Kočárek, E.: Genetika (2008) Kubišta, V.: Buněčné základy životních dějů (1998) Otová, B. a kol.: Lékařská biologie
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích Přírodovědecká fakulta
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích Přírodovědecká fakulta Bakalářská práce Druhová identifikace korovnic (Adelgidae) na základě molekulárních markerů Pavlína Věchtová Školitel: PaedDr. Martina
Á Í Č Ě Č ň ť Š Č Ť ň ň ď Ť Ú ť Č ň ď ť Č Š Ž Ú Ť Ť Ť Ť ň Ť Ť ť Ť Ť Á Ť Ť Ť ď Ť Ť Ť Ť Ť Ť Ť Ť Ť ň ďť Ť Ť Ť Š Š Š ď ň Č Š ň Š ť Š ň Š Š Ť Ť Ť Ť Ť Ť Ť Ť Ť Ť Ť Ť Ť Ť Ť Ú Š ň ť ť Š ň Š Ž ť ť ť ň Š Č Š Š Í
Polymerázová řetězová reakce. Základní technika molekulární diagnostiky.
Polymerázová řetězová reakce Základní technika molekulární diagnostiky. Kdo za to může? Kary Mullis 1983 Nobelova cena 1993 Princip PCR Polymerázová řetězová reakce (polymerase chain reaction PCR) umožňuje
VYSOKÉ UČENÍ TECHNICKÉ V BRNĚ BRNO UNIVERSITY OF TECHNOLOGY
VYSOKÉ UČENÍ TECHNICKÉ V BRNĚ BRNO UNIVERSITY OF TECHNOLOGY FAKULTA CHEMICKÁ FACULTY OF CHEMISTRY ÚSTAV CHEMIE POTRAVIN A BIOTECHNOLOGIÍ INSTITUTE OF FOOD SCIENCE AND BIOTECHNOLOGY PRODUKCE A PURIFIKACE
Mutace a jejich význam pro evoluci
Mutace a jejich význam pro evoluci Ivana Doležalová Osnova přednášky: Definice mutace Mutacionalismus Mutace spontánní a idukované Mutace selekčně pozitivní, negativní a neutrální Mutage genové, chromozomové
VYSOKÉ UČENÍ TECHNICKÉ V BRNĚ
VYSOKÉ UČENÍ TECHNICKÉ V BRNĚ Fkult informčních technologií doc. Ing. Jn Holub, Ph.D. Stringologie, komprese dt biologie Stringology, dt compression nd biology TEZE PŘEDNÁŠKY K PROFESORSKÉMU JMENOVACÍMU
Detekce Leidenské mutace
Detekce Leidenské mutace MOLEKULÁRNÍ BIOLOGIE 3. Restrikční štěpení, elektroforéza + interpretace výsledků Restrikční endonukleasy(restriktasy) bakteriální enzymy štěpící cizorodou dsdna na kratší úseky
Detekce a identifikace škodlivých fytoplazem ovocných dřevin
Detekce a identifikace škodlivých fytoplazem ovocných dřevin Fytoplazma Evropské žloutenky peckovin (ESFY, European stone fruit phytoplasma) Fytoplazma proliferace jabloně (AP, Apple proliferation phytoplasma)
NGS analýza dat. kroužek, Alena Musilová
NGS analýza dat kroužek, 16.12.2016 Alena Musilová Typy NGS experimentů Název Materiál Cílí na..? Cíl experimentu? amplikon DNA malý počet vybraných genů hledání variant exom DNA všechny geny hledání
Biologická hodnota krmiv. Biologická hodnota bílkovin
Biologická hodnota krmiv Biologická hodnota krmiv je vyjádřena stupněm využití dusíkatých látek organismem zvířete. Čím více dusíku z daného krmiva zvíře asimiluje, a naopak, čím menší množství dusíku
ZADÁVACÍ DOKUMENTACE
TENTO PROJEKT JE SPOLUFINANCOVÁN EVROPSKÝM SOCIÁLNÍM FONDEM A STÁTNÍM ROZPOČTEM ČESKÉ REPUBLIKY ZADÁVACÍ DOKUMENTACE Výzva k podání na dodání vzdělávacích služeb podle Příručky pro příjemce finanční podpory
14 14.1a 14.1b 14.4 14.5 14.2 14.3 N 14.1a... 2 1 0 14.1b 14.2 14.4 4,5 14.3 14.5 Gb 6,3x16 39 19 19.1.2 19.1.2 19.1 19.1.7 19.1.8 19.1.9 19.1.1 19.1.4 19.1.5 19.1.6 19.1.9 19.1.1 19.1.4 19.1.5 19.1.6
DETEKCE A IDENTIFIKACE FYTOPATOGENNÍCH BAKTERIÍ METODOU PCR-RFLP
DETEKCE A IDENTIFIKACE FYTOPATOGENNÍCH BAKTERIÍ METODOU PCR-RFLP Polymerázová řetězová reakce (PCR) je in vitro metoda pro enzymatickou syntézu definované sekvence DNA. Reakce využívá dvou oligonukleotidových
Sekvenovanie a zostavovanie genómov (genome sequencing and assembly) Tomáš Vinař
Sekvenovanie a zostavovanie genómov (genome sequencing and assembly) Tomáš Vinař 22.9.2016 1 Sangerovo sekvenovanie Výsledok: sekvenovací profil (trace) Ďalej sa spracuje pomocou programu PHRED: Na každej
Mikrobiální a molekulární ekologie lidského střeva, probiotika, prebiotika
MASARYKOVA UNIVERZITA V BRNĚ Ústav experimentální biologie Oddělení mikrobiologie Mikrobiální a molekulární ekologie lidského střeva, probiotika, prebiotika (Bakalářská práce studijního programu Biologie
AUTOMATY VE VYHLEDÁVÁNI cvičeni
Czech Technicl University in Prgue Fculty of Informtion Technology Deprtment of Theoreticl Computer Science AUTOMATY VE VYHLEDÁVÁNI cvičeni Bořivoj Melichr Evropský sociální fond. Prh & EU: Investujeme
Magisterská diplomová práce
Jihočeská universita v Českých Budějovicích Biologická fakulta Magisterská diplomová práce Nukleotidová variabilita genů Idgf5 a Chit-like u Drosophila melanogaster Vypracovala: Milena Nováková Vedoucí
Kupní smlouva o dodávce IT vybavení 2013
Kupní smlouva o dodávce IT vybavení 2013 uzavřená podle 409 a násl. zákona č. 513/1991 Sb., obchodní zákoník, ve znění pozdějšíchpředpisů, mezi: Město Rumburk, Tř. 9. května 1366/48, 408 01 Rumburk zastoupenou:
Rastrový obraz, grafické formáty
Rastrový obraz, grafické formáty 1995-2010 Josef Pelikán CGG MFF UK Praha pepca@cgg.mff.cuni.cz http://cgg.mff.cuni.cz/~pepca/ RasterFormats Josef Pelikán, http://cgg.mff.cuni.cz/~pepca 1 / 35 Snímání
variabilita genomu bottleneck Nature Science
variabilita genomu Nature Science genetická diverzita člověka na úrovni SNP je nízká: asi 0.1% cca. 90% variace je uvnitř populací cca. 10% mezi populacemi (kontinenty) bottleneck personal genomes James
Aminokyseliny. Gymnázium a Jazyková škola s právem státní jazykové zkoušky Zlín. Tematická oblast Datum vytvoření Ročník Stručný obsah Způsob využití
Aminokyseliny Tematická oblast Datum vytvoření Ročník Stručný obsah Způsob využití Autor Kód Chemie přírodních látek proteiny 18.7.2012 3. ročník čtyřletého G Určování postranních řetězců aminokyselin
63. ročník Matematické olympiády 2013/2014
63. ročník Matematické olympiády 2013/2014 Úlohy ústředního kola kategorie P 2. soutěžní den Na řešení úloh máte 4,5 hodiny čistého času. Při soutěži je zakázáno používat jakékoliv pomůcky kromě psacích
Zadávací dokumentace
Zadávací dokumentace zakázky Dodávka ICT vybavení zadané ve výběrovém řízení podle pravidel Příručky pro příjemce finanční podpory z Operačního programu Vzdělávání pro konkurenceschopnost do projektu Internetové