Kořenského 1210/10, Ostrava Vítkovice

Transkript

1 Pracoviště zdravotnické laboratoře: 1. Laboratoř patologie Kořenského 10, Ostrava Vítkovice 2. Laboratoř cytogenetiky Kořenského 12, Ostrava Vítkovice 3. Laboratoř molekulární genetiky Kořenského 6, Ostrava Vítkovice Laboratoř uplatňuje flexibilní přístup k rozsahu akreditace upřesněný v dodatku. Aktuální seznam činností prováděných v rámci flexibilního rozsahu je k dispozici u vedoucího laboratoře a webových stránkách 1. Laboratoř patologie Vyšetření: 1. Histologická vyšetření tkání* 2. Peroperační histologická vyšetření tkání 3. Cytologická vyšetření * 4. Vyšetření gynekologické cytologie 5. Enzymohistochemické vyšetření * 6. Imunochemická vyšetření tkání a buněk * Laboratoř patologie SOP P-1 SOP PB-1- SOP PB - 21 SOP P-2 SOP PB-1- SOP PB-21 SOP P-4 SOP P-ES SOP P-IHC-1- SOP P-IHC-5 Tkáň, tekutiny tělních dutin, sputum Tkáň Tekutiny tělních dutin, cytologické nátěry a otisky tkání Gynekologické stěry Tkáň, kostní dřeň Tkáň, tekutiny tělních dutin, cytologické nátěry a otisky tkání *Průkaz markerů k vyšetřením 1,3,5,6 1. Průkaz aktinu hladké svaloviny 2. Průkaz androgenoho receptoru 3. Průkaz BAX onkoproteinu 4. Průkaz BCl2 onkoproteinu 5. Průkaz calcitoninu 6. Průkaz CD 3 antigenu 7. Průkaz CD 8 antigenu 8. Průkaz CD 10 antigenu 9. Průkaz CD 20 cy (B cell antigenu) 10. Průkaz CD 30 Ki 1 antigenu 11. Průkaz CD 31 (endothelial cell) 12. Průkaz CD Průkaz CD 45 RA Strana 1 z celkoho počtu 7 stran

2 *Průkaz markerů k vyšetřením 1,3,5,6 14. Průkaz CD 45 RO 15. Průkaz CD 61 (platelet glycoprotein) 16. Průkaz CD Průkaz CD Průkaz CD Průkaz CEA (carcinoembryonic antigen) 20 Průkaz c-erbb-2 onkoproteinu 21. Průkaz kolagenu IV. 22. Průkaz CK AE1/AE3 23. Průkaz CK široké spektrum (large spectrum) 24. Průkaz CK Průkaz CK Průkaz CK Průkaz CK HMW 34ßE Průkaz desminu 29. Von Willebrand factor (F VIII.) 30. Průkaz glycophorinu C 31. Průkaz melanosomu (HMB 45) 32. Průkaz chromograninu A 33. Průkaz EMA (epithelial membranae antigen) 34. Průkaz Ki Průkaz kappa řetězce (chain) 36. Průkaz lambda lehkých řetězců (light chains) 37. Průkaz LCA (leucocyte common antigen) 38. Průkaz leukémie vlasatých buněk (leukaemia hairy cell) 39. Průkaz melanu A 40. Průkaz myeloperoxidázy 41. Průkaz NSE (neuron specific enolase) 42. Průkaz PCNA (proliferating cell nuclear antigen) 43. Průkaz PSA (prostatic specific antigen) 44. Průkaz PSAP (prostatic acid phosphatase) 45. Průkaz P21 proteinu 46. Průkaz P27 proteinu 47. Průkaz P53 proteinu 48. Průkaz synaptophysinu 49. Průkaz PLAP 50. Průkaz HPV Průkaz vimentinu 52. Průkaz CD Průkaz CD Průkaz E-Cadherinu 55. Průkaz estrogenoho receptoru 56. Průkaz progesteronoho receptoru 57. Průkaz alpha-1-fetoproteinu 58. Průkaz HBsAg 59. Průkaz S100 proteinu 60. Průkaz thrombomodulinu 61. Průkaz thyroglobulinu 62. Průkaz lamininu Strana 2 z celkoho počtu 7 stran

3 *Průkaz markerů k vyšetřením 1,3,5,6 63. Průkaz cyklinu D1 64. CK 5/6 65. Hepatocyte 66. TTF-1 (thyroid transcription factor 67. P 504 S 68 P CD H-caldesmon 71. D Cytomegalovirus 73. HCG 74. Amyloid A 75. Neobsazeno 76. Průkaz P 16 proteinu 77. Průkaz proteinu MUM Průkaz BCL -6 proteinu 79. Renal Cell Carcinoma Marker 80. Průkaz Wilms Tumor (WT1) Proteinu 81. Průkaz papillomaviru typu 18 HPV Průkaz CD Průkaz CK Helicobacter pylori 85. CDX Epithelial antigen, clone Ber-EP4 87. Calretinin 88. Ig G4 89. CD FOX P3 91. Nestin 92. Fragile Histidine Triad FHIT 93. Insulin-like Growth Factors IGF DOG PTEN 96. Oct-3/4 97. CD CD BETA-CATENIN (14) 100. ALK Dodatek: Flexibilní rozsah akreditace 1,3,5,6 vá čísla postupů vyšetření Laboratoř může modifikovat v dodatku uvedené postupy vyšetření v dané oblasti akreditace při zachování principu měření. U vyšetření v dodatku neuvedených nemůže laboratoř uplatňovat flexibilní přístup k rozsahu akreditace Strana 3 z celkoho počtu 7 stran

4 Vysvětlivky: SOP P-1-4 standardní operační postup patologie základní SOP PB-1-21 standardní operační postup patologie barvení SOP P IHC-1-5 standardní operační postup patologie imunochemie SOP P-ES standardní operační postup patologie enzymohistochemie Vyšetření: 2. Laboratoř cytogenetiky Laboratoř lékařské genetiky 1. Stanovení karyotypu z buněk plodo vody Kultivace,G-pruhování SOP G-1 2. Stanovení karyotypu z buněk SOP G2 kostní dřeně Kultivace,G-pruhování 3. Stanovení karyotypu z buněk SOP G-3 periferní krve Kultivace, G- pruhování 4. Stanovení karyotypu ze SOP G-4 spontánních potratů Kultivace,G-pruhování 5. Průkaz satelitních oblastí SOP G-5 chromosomů stříbrem-agnor Kultivace, speciální barvení, mikroskopie 6. Průkaz konstitutivního SOP G-6 heterochromatinu centromer Kultivace, speciální barvení, mikroskopie 7. Průkaz chromosomových SOP FISH aberací metodou FISH, speciální barvení, mikroskopie 8. Průkaz numerických SOP PGD-1 chromosomových aberací embryí metodou FISH * Dodatek: Flexibilní rozsah akreditace 7,8 vá čísla postupů vyšetření Plodová voda Kostní dřeň Krev Měkká tkáň potraceného plodu Plodová voda, krev,kostní dřeň, tkáň plodu Plodová voda, krev,kostní dřeň, tkáň plodu Plodová voda, krev,kostní dřeň, tkáň Blastomera Laboratoř může modifikovat v dodatku uvedené postupy vyšetření v dané oblasti akreditace při zachování principu měření. U vyšetření v dodatku neuvedených nemůže laboratoř uplatňovat flexibilní přístup k rozsahu akreditace Strana 4 z celkoho počtu 7 stran

5 Vysvětlivky: SOP G -1-6 standardní operační postup genetika SOP FISH standardní operační postup fluorescenční in situ hybridizace SOP PGD-1 standardní operační postup preimplantační genetická diagnostika 3. Laboratoř molekulární genetiky Vyšetření: Laboratoř lékařské genetiky 1. Průkaz mutací * v CFTR genu (Cystická fibróza) metodou PCR a reverzní hybridizace SOP MG-1 / postupy A,B 2. Průkaz mutace R347P v CFTR SOP MG-1 / postup C genu metodou PCR a RFLP 3. Průkaz mutace F508del v CFTR SOP MG-1 / postup D genu metodou alelově specifické PCR 4. Průkaz mikrodelece AZF oblasti SOP MG-2 / postup 1 na Y chromozómu (metodou multiplex PCR 5. Průkaz mikrodelece AZF oblasti SOP MG-2 / postup 2 na Y chromozómu (metodou multiplex PCR 6. Průkaz vybraných sekvenčních SOP MG-4 variant genů ** asociovaných se vznikem kardiovaskulárních onemocnění metodou PCR a reverzní hybridizace 7. Průkaz vybraných HLA alel II. SOP MG-5 třídy *** asociovaných s rozvojem celiakální sprue metodou PCR - SSP 8. Průkaz lidských SOP MG-6 / postup A papilomavirů metodou reverzní hybridizace 9. Průkaz lidských SOP MG-6 / postup B papilomavirů metodou PCR a reverzní hybridizace 10. Průkaz lidských SOP MG-6 / postup C papilomavirů metodou realtime PCR 11. Průkaz variant fúzního genu SOP MG-7 **** bcr/abl metodou RT a multiplex PCR Cervikální stěr Cervikální stěr Cervikální stěr Strana 5 z celkoho počtu 7 stran

6 12. Průkaz mutace V617F v JAK2 genu metodou ARMS-PCR SOP MG-8 / postup A 13. Průkaz mutace V617F v JAK2 SOP MG-8 / postup B genu metodou real-time PCR 14. Průkaz mutací ***** v genu pro SOP MG-9 / postup A-I syndrom Smith-Lemli-Opitz (DHCR7 gen) metodou PCR a restrikčního štěpení 15. Průkaz mutací ***** v exonu 9 SOP MG-9 / postup J genu pro syndrom Smith-Lemli- Opitz (DHCR7 gen) metodou PCR a sekvenování 16. Detekce mutací v KRAS a genu a SOP MG-10 BRAF b genu metodou PCR a reverzní hybridizace 17. Detekce mutací v genech SOP MG-11 KRAS c, BRAF d, EGFR e metodou real-time PCR 18. Detekce mutací v KRAS f a SOP MG-12- postup A NRAS g genech metodou extenze primeru 19. Detekce mutací v KRAS h a SOP MG-12 postup B NRAS ch pomocí metody přímého sekvenování 20. Molekulárně genetická analýza SOP MG- 13 postup A počtu kopií exonu 7 SMN1 genu přenašečství SMA (Spinální muskulární atrofie) - metodou Multiplex Ligationdependent Probe Amplification (MLPA) 21. Molekulárně genetická analýza SOP MG- 13 postup B počtu kopií exonu 7 SMN1 genu přenašečství SMA (Spinální muskulární atrofie) - metodou real-tuime PCR (qpcr) 22. Kompletní analýza BRCA1 a SOP MG-15 oddíl 1,2 BRCA2 genu - metodou přímého sekvenování 23. Kompletní analýza BRCA1 a SOP MG-15 oddíl 3 BRCA2 genu - metodou Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA) Vysvětlivky: SOP MG-1-11 standardní operační postup molekulární genetika ARMS Amplification Refractory Mutation System Tkáň, parafinový blok, Tkáň, parafinový blok, Tkáň, parafinový blok, Tkáň, parafinový blok,, plodová voda, plodová voda, plodová voda, tkáň, parafínový blok, plodová voda, tkáň, parafínový blok Strana 6 z celkoho počtu 7 stran

7 AZF azoospermický faktor HLA human leukocyte antigen CVD cardio vasculare disease deoxyribonukleová kyselina RNA ribonukleová kyselina PCR polymerázová řetězová reakce PCR SSP polymerázová řetězová reakce se sekvenčně specifickými primery RFLP délkový polymorfismus restrikčních fragmentů RT reverzní transkripce real-time PCR polymerázová řetězová reakce s detekcí v reálném čase * vyšetřované mutace pro cystickou fibrózu (tradiční nomenklatura): F508del, CFTRdele2,3/21kb, G542X, G551D, N1303K, W1282X, G>A, R553X, G>A, I507del, 711+1G>T, A>G, 3905insT, R560T, S1251N, I148T, 3199del6, G>A, Q552X, 621+1G>T, kbC>T, 2183AA>G, 394delTT, G>A, R1162X, 3659delC, R117H, R334W, R347P, G85E, 1078delT, A455E, 2143delT, E60X, 2184delA, 711+5G>A, IVS8-5T, IVS8-7T, IVS8-9T ** vybrané sekvenční varianty genů asociovaných se vznikem kardiovaskulárních onemocnění (kity CVD Strip Assay, CVD Strip Assay T): CVD Strip Assay: FV Leiden (c.1691g>a), FV R2 (H1299R, c.4070a>g), FII (G20210A), FXIII (V34L), ACE (I/D), β-fibrinogen (-455G>A), PAI-1 (4G/5G), GPIIIa (L33P), MTHFR (C677T, A1298C), ApoB(R3500Q), ApoE E2/E3/E4 CVD Strip Assay T: FV Leiden (c.1691g>a ), FV R2(H1299R, c.4070a>g), FII (G20210A), FXIII (V34L), EPCR (A4600G,G4678C), PAI-1 (4G/5G), MTHFR (C677T, A1298C) *** vyšetřované HLA II. třídy: lokusy DRB1, DQA1, DQB1 **** vyšetřované varianty fúzního genu bcr-abl: b2-a2, b3-a2 (M- BCR), e1-a2, e1-a3 (m-bcr), e19-a2, e6-a2 (μ-bcr) ***** vyšetřované mutace pro Smith-Lemli-Opitz syndrom: L109P, W151X, L157P, V326L, R352Q, C380Y, S397L, R404C, G410S, Y432C, R446Q, c.964-1g>c (IVS8-1G>C) a vyšetřovány kodony 12,13, 59, 60, 61, 117,146 (v závislosti na použitém kitu) v KRAS genu b vyšetřována mutace V600E v BRAF genu c vyšetřovány kodony 12,13, 61 v KRAS genu d vyšetřován kodonu 600 BRAF genu e analýzováno 40 mutací v EGFR genu (29 delecí v exonu 19, L858R, T790M, G719X - včetně G719S, G719A, G719C; S768I, 5 inzercí v exonu 20) f vyšetřovány mutace v kodonu 59,117 a 146 KRAS genu g vyšetřovány kodony 12, 13, 59,61, 117, 146 NRAS genu h vyšetřovány mutace v kodonu 59,117 a 146 KRAS genu ch vyšetřovány kodony 12, 13, 59,61, 117, 146 NRAS genu Dodatek: Flexibilní rozsah akreditace 1,5,6,7,10,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23 vá čísla postupů vyšetření Laboratoř může modifikovat v dodatku uvedené postupy vyšetření v dané oblasti akreditace při zachování principu měření. U vyšetření v dodatku neuvedených nemůže laboratoř uplatňovat flexibilní přístup k rozsahu akreditace Strana 7 z celkoho počtu 7 stran