Laboratorní příručka Laboratoř Oddělení lékařské genetiky FNO

Transkript

1 Fakultní nemocnice Ostrava 17. listopadu 1790, Ostrava-Poruba Laboratorní příručka Laboratoř Oddělení lékařské genetiky FNO Evid. značka: PL-OLG Identifikace: Identifikace výtisku: Nahrazuje: --- Revize číslo: 02 účinnost od: Výtisk jediný originál výtisku (výtisk z elektronické podoby má informativní charakter) Rozdělovník: vedoucí laborantka OLG - lity FNO Zpracoval: Přezkoumal: Schválil: datum: datum: datum: Mgr. Marie Dolinková odborný pracovník v laboratorních metodách Laborato RNDr. Alfons Balcar Mgr. Dita Černá RNDr. Alfons Balcar zástup v

2 Strana: 2/52 Obsah 0 Úvodní ustanovení Použité zkratky Informace o pracovišti Hrazené a placené služby Manuál pro odběr primárních vzorků Základní informace Žádanky k teriálu (primárního vzorku) Nezbytné operace se vzorkem, stabilita Požadavky na transport materiálu ve FN Ostrava biologickým materiálem Preanalytické procesy v laboratoři Vydávání výsledků kritických intervalech Hlášení urge Forma výsledkové zprávy Obsah výsledkové zprávy Intervaly od dodání vzorku k vydání výsledku Interní a externí kontrola kvality Příloha... 14

3 Strana: 3/52 0 Úvodní ustanovení Obsahuje Soubor nabízených laboratorních vyšet ení a metod je vytvo en a inovován podle požadavk klient v oblasti genetiky. Seznam prová uveden v stránkách FN Ostrava Použité zkratky FNO Fakultní nemocnice Ostrava ZP SLG OLG LOLG EKK Externí kontrola kvality OPLM Odborný pracovník v laboratorních metodách FISH in situ hybridizace EDTA Etylendiaminotetraoctová kyselina 2 Informace o pracovišti 2.1 Identifikace pracoviště a kontaktní údaje Název laboratoře: Adresa: Webové stránky: Vedoucí laboratoře: Zástupce vedoucího laboratoře: Vedoucí laborantka: Zkratka názvu laboratoře: Pracoviště Členění Laboratoře OLG: Laboratoř Oddělení lékařské genetiky FNO 17. listopadu 1790, Ostrava-Poruba ; RNDr. Alfons Balcar alfons.balcar@fno.cz tel.: Mgr. Dita Černá dita.cerna@fno.cz tel.: Romana Kaniová romana.kaniova@fno.cz tel.: LOLG Cytogenetická laboratoř - NS Laboratoř DNA diagnostiky - NS

4 Strana: 4/52 Umístění laboratoře: Provozní doba: Pracovní dny hodin hodin Příjem vzorků: Cytogenetická laboratoř tel: , Laboratoř DNA diagnostiky tel: IČP pro styk s pojišťovnami Zaměření pracoviště chromozomových aberací v diagnostiku závažný 2.3 Spektrum nabízených vyšetření a služeb Cytogenetická laboratoř rámci prenatální diagnostiky karyotyp plodu. - stanovení karyotypu: 1. periferní krve plodové vody fetální krve periferní krve bez PHA stimulace. : 8. Stanovení relat CAPL. in situ hybridizace) : 9. Delece 22q DiGeorge/VCFS. 10. Delece 10p14 DiGeorge II syndrom. 11. Delece 15q Prader-Willi/Angelman syndrom. 12. Delece 17p11.2, 17p Smith-Magenis/Miller-Dieker. 13. Delece 8q23.3/8q Langer-Giedion syndrom. 14. Delece 7q Williams-Beuren syndrom. 15. Delece 4p Wolf-Hirschhorn syndrom. 16. Delece 5p15 Cri-du-chat syndrom. 17. Delece Xp SHOX. 18. Delece Xp22 - Kallmann syndrom CLL test (13q14, 12 cen, IGH/BCL2, BCL1/IGH, p53, MYB, ATM). 22. IGH/BCL2 t(14;18). 23. BCL1/IGH t(11;14). 24. MYC/IGH t(8;14) MDS test (5q31/5q33, 7q22/7q35, 7/8 cen).

5 Strana: 5/ BCR/ABL t(9;22). 28. PML/RARA t(15;17) Amplifikace genu HER2/neu. 31. Amplifikace genu CCDN Delece genu p Prenatální test (chromozomy-x,y,13,18,21). Laboratoř DNA diagnostiky analýzy, QF- 1. Izolace DNA 2. Cystická fibróza - CFTR (8 mutací) 3. Cystická fibróza - CFTR (34 mutací + Tn) 4. F II Protrombin g.20210g>a 5. FV Leiden c.1691g>a 6. FV Cambridge c.1091g>c 7. MTHFR c.677c>t 8. MTHFR c.1298a>c 9. PAI-1 4G/5G 10. Aceruloplasminemie - CP (2 mutace) UGT1A1 (1 polymorfismus) 12. Familiární deficit apolipoproteinu B - ApoB (1 mutace) 13. Apolipoprotein E - Apo E 14. [Familiární hypercholesterolemie - LDLR - sekvenace] [A] 15. Familiární hypercholesterolemie - LDLR - MLPA 16. Hemochromatóza - HFE (3 mutace) 17. Hemochromatóza - HFE (12 mutací), TFR2 (4 mutace), FPN1 (2 mutace) 18. Wilsonova choroba - ATP7B (exony 8, 13, 14, 15, 17) 19. Deficit alfa1-antitrypsinu - A1AT (2 mutace) 20. Chronická/hereditární pankreatitis - CFTR (8 mutaci), SPINK1 (2 mutace), PRSS1 (3 mutace) 21. Familiární periodická hypokalemická obrna - CACNA1S (exon 11 a 30) 22. Spinální muskulární atrofie - SMN1, NAIP 23. Spinální muskulární atrofie - SMN1-24. Amyotrofická laterální skleróza - SOD1 25. Alzheimerova choroba - PSEN1, PSEN2, APP (2 exony) 26. Mikrodelece na Y chromozomu (AZF), SRY 27. -PCR [Aneuploidie - chromozomy 13, 18, 21, X a Y] [A] 28. Aneuploidie - chromozom Aneuploidie - chromozomy 13, 15, 16, 18, 21, 22, X a Y COL4A5 Polycytemia vera - JAK2 (1 mutace) 31. Hereditární karcinom prsu/ovarií - BRCA1 (3 mutace), BRCA2 (2 mutace) 32. ní polypóza, kolorektalní karcinom - MYH (2 mutace) 33. Nijmegen-breakage syndrom - NBS1 (1 mutace) 34. Vrozená ztráta sluchu - GJB2; GJB6 (1 mutace) 35. Beta-talasemie - HBB 36. Imerslund- - AMN (2 mutace) TPMT CYP2D CYP2C9 40. Senzitivita k warfarinu - CYP2C9,VKORC TBX5, SALL4 42. Leri - Weill dyschondrosteosis - SHOX 43. X-vázaný hydrocefalus - L1CAM

6 Strana: 6/ Walker- - POMT1 45. Prader- 46. X-vázaná hypofosfatemická rachitis s - sekvenace genu PHEX 47. X-vázaná hypofosfatemická rachitis s X-vázaná recesivní nephrolithiáza - sekvenace genu CLCN5 48. Vitamín D dependentní (rezistentní) rachitis typ 2A s - sekvenace genu VDR 49. Albrightova hereditární osteodystrofie, McCune- - sekvenace genu GNAS 50. Trichothiodystrofie nefotosenzitivní 1 - sekvenace genu C7orf11 [A] - akreditované ní 2.4 Hrazené a placené služby a odbornosti aktuálním Ceníku zdravotnických služeb FNO na intranetu. aktuálním Ceníku zdravotnických služeb FNO na intranetu. Pokud se jedná o výkon, který se v žadatele ve spolupráci s finance. Bližší informace lze zjistit telefonicky u 2.5 Úroveň a stav akreditace pracoviště - v roce 2007, reakreditace v roce Mezinárodní akreditace Joint Commission International (JCI). v roce akreditaci Akreditace 2.6 Organizace pracoviště, vnitřní členění, vybavení a obsazení metod laboratorních Prostorové 2.7 Prostory Laboratoře Oddělení lékařské genetiky - a na cytogenetickou a l. - e, umývárna instrumentária, aseptické boxy, šatna, denní místnost, sklad. 3 Manuál pro odběr primárních vzorků 3.1 Základní informace ní se vzorky,

7 Strana: 7/52 a pacienta s v s 3.2 Žádanky k vyšetření Jsou používány dva typy žádanek, které jsou ke stažení na webových stránkách OLG ( nebo na intranetu FNO. Na žádankách jsou je možno odeslat i v - Žádanka k cytogenetickému vyšetření. - Žádanka k molekulárně genetickému vyšetření. - poukaz") je nutné uvést adresu našeho (LOLG) a je nutné uvést veškeré požadované údaje (viz níže)., a musí : 1. Jednoznačnou identifikaci pacienta: - P. - aje. - K. 2. Jednoznačnou identifikaci odesílajícího oddělení a lékaře: -. - itelné jméno a odbor. - K. 3. Základní diagnóza dle MKN Název požadovaného vyšetření. 5. Materiál - druh primárního vzorku. 6. Časový požadavek (statim nebo rutina). 7. Datum a čas odběru primárního vzorku (pokud jsou tyto údaje dostupné a jsou podstatné pro péči o pacienta). 8. Jasné označení u pacientů s již diagnostikovaným přenosným onemocněním. 9. Řádně vyplněný informovaný souhlas pacienta s požadovaným vyšetřením (součást žádanky) nebo přiloženou kopii informovaného souhlasu autorizovanou žadatelem. identifikaci pacienta (pokud se jedná o neznámou osobu nebo osoby,, né la Nepovinné, fakultativní údaje: V kolonce Komentář a 3.3 Požadavky na vyšetření urgentních vzorků

8 Strana: 8/52 STATIM. standardní. - Seznam prová laboratorních metodách se specializovanou. Všechna prena - y i výsledky Ústní (telefonické) požadavky na vyšetření -, STATIM), budou provedena v obvykl - ny í. - -, nepožadovaná aku, lze telefonicky doobjednat za stejných podmínek. 3.4 Příprava pacienta před vyšetřením Odb ry pro genetická vyšet ení se provád ambulantn. Odb ry není nutné provád t nala no. 3.5 Odběr biologického materiálu (primárního vzorku) 3.6 Požadavky na odběry pro genetická vyšetření Požadavky na druh materi, množství Cytogenetická vyšetření - ch syndrom, subtelomerických eb L test, delece genu p53 atd.). (heparin) - nesrážlivá. -Monovette Lithium-Heparin 7,5 ml (Sarstedt,oranžový -Monovette Lithium-Heparin zkumavky - vždy s HEPARINEM Množství: 5-7 ml u dospělých pacientů, 2-2,6 ml u dětí. choriová tkáň zkumavky s transportním médiem - Množství: minimálně 20 mg. plodová voda vzorek odebrat do sterilních zkumavek Sarstedt PP 15 ml s kónickým lemovaným dnem. Množství: 2x ml.

9 Strana: 9/52 fetální krev Množství: 1-2 ml. tkáň plodu. v Alternativou je Množství: vzorek velikosti 5x10 mm, 2-3 ml heparinizované krve. placentární tkáň. roztokem. Množství: minimálně 20 mg. kostní dřeň Množství: 1-2 ml. nádorová tkáň pro stanovení karyotypu odebrat vzorek za sterilních podmínek do transportního média. - amplifikace genu HER2/neu nutno dodat 2 -, Molekulárně genetická vyšetření Materiál pro detekci mutací a polymorfisemie - mutace a polymorfism (EDTA nebo citrát sodný)) - nesrážlivá. o S-Monovette K 3 EDTA 7,5 ml nebo 2,6 ml (Sarstedt, U. Antikoagulanciem e být i citrát sodný. Množství: 5-7 ml u dospělých pacientů, 2-2,6 ml u dětí. izolovaná DNA. Transportovat v entrace po telefonické plodová voda (vzorek musí být. ónickým lemovaným dnem. Množství: v 2x 3 ml metodou QF-PCR nebo jiné prenatální choriová tkáň.. Množství: v cca 1 až 2 mg todou QF- tkáň plodu v o potratu. Množství: v cca 1 až 2 mg -PCR nebo placentární tkáň bo fyziologickým roztokem.

10 Strana: 10/52 Množství: v cca 1 až 2 mg metodou QF-PCR nebo kultivované buňky. : dle popisu pro jednotlivé primární vzorky v kapitole 3.6.1, poté je provedena izolace DNA a požadované. pro Heparin - cytogenetická vyšetření, EDTA - molekulárně genetická vyšetření). Pokud - 8 C. Nikdy nemrazit!!! Speciální transportní média a transportní zkumavky na požádání vydá ) Nezbytné operace se vzorkem, stabilita edošlo k úniku biologického žádanek. Do doby transportu je nutné ukládat vzorky tak, aby nedošlo k jejich poškození aby nedošlo ke vzájemné kontaminaci mezi vzorkem a okolím. Nesmí být uloženy v teple co nejdříve, nejpozději týž pracovní den.. požadována dodate Materiál Maximální čas stability vzorku Podmínky uskladnění Periferní krev (heparin) 1 týden 2 C - 8 C 24 hodin 2 C - 8 C Plodová voda 24 hodin 2 C - 8 C 72 hodin 2 C - 8 C Fetální krev 72 hodin 2 C - 8 C 72 hodin 2 C - 8 C 24 hodin 2 C - 8 C Periferní krev (EDTA) 1 týden 2 C - 8 C 24 hodin 2 C - 8 C 24 hodin 2 C - 8 C Izolovaná DNA 2 C - 8 C nebo pod -15 C 2 C - 8 C nebo pod -15 C Značení primárních vzorků (odběrových zkumavek) - Každá jménem, příjmením a datem narození, případně rodným číslem pacienta a údaje se musí shodovat s - - Nádoby s INFEKČNÍ. 3.7 Požadavky na transport materiálu Transport materiálu každým materiálem Transport vzorků ve FN Ostrava Odebraný biologický materiál je p enášen tak, aby nedošlo k jeho poškození nebo kontaminaci, ve vhodných boxech a stojanech i nádobách. Veškeré vzorky je nutno p - v pracovní dny

11 Strana: 11/52 (6:00-15:30) je možné vzorek periferní krve umístit i s Transport vzork z ambulancí a l kových odd lení nemocnice je zaji žbou FNO, sanit i jednotlivý Transport vzorků z externích pracovišť a y boxech, zamezujících znehodnocení vzorku mrazem nebo horkem. 3.8 Skladování vzorků Požadavky na ejí je popsán v SOP k zkumavkách Skladování vzorků do zahájení analytické fáze Vzorky p v 2 C až 8 C Skladovaní vzorků pro případná další vyšetření, kontrolu identifikace zorky nebo opakování izolace DNA, skladují po dobu vycházející z aximální stability (viz tab.1) v chladicí vzorku. Pro v mrazicí (pod - 15 C). Stabilita izolované DNA je neomezená. 3.9 Zásady bezpečné manipulace s biologickým materiálem 195/ /2012 Sb., kterou se uprav - akceptována. - S v jednorázových rukavicích, v 3.10 Doba příjmu vzorků pracovních dnech od 6:00 do 15:30 hod. Mimo uvedenou dobu je možné kapitole Preanalytické procesy v laboratoři Postup při příjmu vzorků a vedení dokumentace Biologický materiál o vník již v základní kontrolu materiálu a dokumentace: - P. - O - údaji na žádance. - Kontrolu celistvosti.

12 Strana: 12/52 - pracovník, Při příjmu na pracovišti Laboratoře OLG: - na o - ky. - - p - L žádanku ( ) Laboratorního deníku nebo kni - a izolace DNA). - NA. laboratorním ky s materiálem, rámci analýz, uchovávaná izolov 4.1 Kritéria přijetí primárních vzorků Ke zpracování budou Vznikne- -li se o nenahraditelný primární vzorek, pracovník (OPLM,. Výsledky uvolní jen v 4.2 Kritéria odmítnutí primárních vzorků - se vzorkem. - Vzorek bez žádanky nádobky krví nebo jiným biologickým materiálem. - Mechanicky poškozené nádobky s materiálem. - ka se vzorkem -li 4.3 Postup při chybné identifikaci vzorku Pokud je zjištěno, že se jedná o chybnou identifikaci vzorku (k žádance byl dodán vzorek jiného označení vzorku na štítku úplně chybí), je vzorek vždy odmítnut.

13 Strana: 13/52 vzorek n Za závazné se vždy považují údaje uvedené na štítku vzorku. 4.4 Postup při chybné nebo neúplné identifikaci pacienta na žádance za závazné vždy považují údaje uvedené na štítku vzorku. a -li uvedeno chybné rodné číslo, chybné jméno nebo pojišťovna na žádance provede opravu chybného údaje a provede zápis. 5 Vydávání výsledků 5.1 Hlášení výsledků v kritických intervalech 5.2 Hlášení urgentních (STATIM) vyšetření schválení te je proveden záznam. Poté je vždy výsledek odeslán i v 5.3 Forma výsledkové zprávy Výsledkové zprávy (výsledky) jsou vydávány v s následným zasláním písemného výtisku. Po schválení OPLM nebo FNO. OLG. Výsledky jsou uchovávány v LIS, listinná forma je spolu s žádankou uložena ve spisovnách LOLG. 5.4 Obsah výsledkové zprávy Výsledkové zprávy (výsledky) jsou v Výsledek obsahuje tyto údaje: - N. - J. - J,. - L. - D vzorku, datum vydání výsledku. - Typ primárního vzorku (materiál) Použitou metodu nebo u SOP. - V. - V. - Identifikaci osoby, která uvolnila výsledek. - Identifikaci osoby, která výsledek vypracovala. - D. - Informaci, zda 5.5 Vydávání výsledků pacientům

14 Strana: 14/52 - V. - Výsledky jsou z žada v. 5.6 Změny výsledků a nálezů nálezové. Je- -li se, že je chyba výsledkový list se správnými údaji, s údajem, že tento shodný výsledek nahrazuje v laboratorních metodách se nebo v oboru á genetika. 5.7 Intervaly od dodání vzorku k vydání výsledku vydání výsledku jsou uvedeny v Seznamu prováděných vyšetření (Příloha 1). 5.8 Konzultační činnost i externí žada L OLG. 5.9 Způsob řešení stížností PSJ- a organizací služby. Veškeré stížnosti písemnou formou je vhodné podávat vedo 6 Interní a externí kontrola kvality systému externí kontroly kvality, který v centrum - a krevní transfúze. V tomto systému je kontrolováno: QF-PCR ké fibrózy, stanovení vrozených genetických trombofilních E, familiární defekt apolipoproteinu B-100, deficit alfa-1- (AZFa,b,c). a stanovení pohlaví. mezinárodní kontroly kvality sekvenování, renzinstitut für Bioanalytik (DGKL). kvality ve spolupráci s cytogenetickým EKK pro cytogenetické organizovanou CEQA (Cytogenetic European Quality Assessment) pod záštitou projektu Eurogentest. 7 Příloha 1.

15 Strana: 15/52 Seznam prováděných vyšetření Cytogenetická vyšetření Vyšetření chromozomů klasickou cytogenetickou analýzou - stanovení karyotypu 1. Vyšetření chromozomů z periferní krve plastová zkumavka + lithium HEPARIN Odezva rutinní: do 4-6 Odezva statim: 7 10 Vyšetření provádí: Stanovení karyotypu z cca 15 metafází. Související vyšetření/metody: dizace -PCR Popis: Diagnostika numerických a strukturních chromozomových aberací. 2. Vyšetření chromozomů z choriové tkáně plastová zkumavka (Sarstedt PP, 15 ml) s transportním médiem Dostupnost: -15:30 Odezva rutinní: Odezva statim: - Vyšetření provádí: Dlou cca 20 metafází. Související vyšetření/metody: Barvení org -PCR Popis: Diagnostika numerických a strukturních chromozomových aberací u plodu v metodou QF-PCR. 3. Vyšetření chromozomů z plodové vody plodová voda

16 Strana: 16/52 plastová zkumavka (Sarstedt PP, 15 ml) Dostupnost: -15:30 Odezva rutinní: Odezva statim: - Vyšetření provádí: cca 20 metafází. Související vyšetření/metody: -PCR Prenatální test (chromozomy X,Y,13,18,21) Popis: Diagnostika numerických a strukturních chromozomových aberací u plodu ve II. trimestru gravidity. Možno -PCR. 4. Vyšetření chromozomů z tkání dlouhodobě kultivovaných sterilní plastová zkumavka s fyziologickým roztokem Dostupnost:, 6:00-15:30 Odezva rutinní: Odezva statim: - Vyšetření provádí: cca 20 metafází. Související vyšetření/metody: -PCR Popis: Diagnostika numerických a strukturních chromozomových aberací u plodu/placenty. V -PCR. 5. Vyšetření chromozomů z fetální krve fetální krev plastová zkumavka + lithium HEPARIN Odezva rutinní: do 7 10 Odezva statim: 7 - Vyšetření provádí: Stanovení karyotypu z cca 15 metafází. Související vyšetření/metody:

17 Strana: 17/52 Popis: Diagnostika numerických a strukturních chromozomových aberací u plodu. 6. Vyšetření chromozomů z kostní dřeně dodaná zkumavka s transportním médiem Dostupnost: pracovní dny, 6:00-15:30 Odezva rutinní: Odezva statim: 7 10 Vyšetření provádí: Stanovení karyotypu z cca 15 metafází. Související vyšetření/metody: Popis: Diagnostika numerických a strukturních chromozomových aberací v souvislosti s rozvojem 7. Vyšetření chromozomů z periferní krve bez PHA stimulace plastová zkumavka + lithium HEPARIN Odezva rutinní: Odezva statim: 7 10 Vyšetření provádí: Kultivace bez stimulace fytohemaglutininem (PHA), zpracování vi. Stanovení karyotypu z cca 15 metafází. Související vyšetření/metody: -PCR Popis: Stanovení relativní četnosti získaných chromozomových aberací 8. CAPL plastová zkumavka + lithium HEPARIN (Sarstedt, Dostupnost: pracovní dny, 6:00-15:30 Odezva rutinní: Odezva statim: -

18 Strana: 18/52 Vyšetření provádí: relativ 200 metafází. Související vyšetření/metody: - Popis: Vyšetření chromozomů metodou FISH Vyšetření submikroskopických chromozomových přestaveb 9. Delece 22q DiGeorge/VCFS 10. Delece 10p14 - DiGeorge II syndrom 11. Delece 15q Prader-Willi/Angelman syndrom 12. Delece 17p11.2, 17p Smith-Magenis/Miller-Dieker syndrom 13. Delece 8q23.3/8q Langer-Giedion syndrom 14. Delece 7q Williams-Beuren syndrom 15. Delece 4p16.3 Wolf-Hirschhorn syndrom 16. Delece 5p15 - Cri-du-chat syndrom 17. Delece Xp22.3 SHOX 18. Delece Xp22 - Kallmann syndrom 19. Subtelomerické přestavby a delece chromozomů 20. Přestavby všech chromozomů plastová zkumavka + lithium HEPARIN Dostupnost: pracovní dny, 6:00-15:30 Odezva rutinní: Odezva statim: Vyšetření provádí: Fluoresc Související vyšetření/metody: Prader- Popis: vyšší frekvencí v populaci, mikrodelecí, které nelze odhalit klasickou cytogenetickou Hematoonkologická onemocnění 21. CLL test (13q14, 12 cen, IGH/BCL2, BCL1/IGH, p53, MYB, ATM) 22. IGH/BCL2 t(14;18) 23. BCL1/IGH t(11;14) 24. MYC/IGH t(8;14) 25. IGH přestavby 26. MDS test (5q31/5q33, 7q22/7q35, 7/8 cen) 27. BCR/ABL t(9;22)

19 Strana: 19/ PML/RARA t(15;17) 29. MLL přestavby 11q23 p plastová zkumavka + lithium HEPARIN nebo dodaná zkumavka s transportním médiem Odezva rutinní: Odezva statim: 7 d Vyšetření provádí: Související vyšetření/metody: Barvení organizátoru jadérk Popis: Amplifikace onkogenů a delece tumorsupresorových genů 30. Amplifikace genu HER2/neu 31. Amplifikace genu CCDN1 32. Delece genu p53 histologický tkáňový řez - Dostupnost: pracovní dny, 6:00-15:30 Odezva rutinní: do 2 týdnů od doručení materiálu Odezva statim: 7 dnů Vyšetření provádí: Cytogenetická laboratoř Fluorescenční in situ hybridizace Související vyšetření/metody: - Popis: Vyšetření amplifikace onkogenů, popřípadě ztráty heterozygozity u tumorsupresorových genů (p53), se provádí před cílenou terapií (HER2/neu) nebo může sloužit k upřesnění prognózy. Vyšetření aneuploidií chromozomů metodou FISH 29. Prenatální test (chromozomy-x,y,13,18,21) plodová voda sterilní plastová zkumavka (Sarstedt PP, 15 ml) Dostupnost: pracovní dny, 6:00-15:30 Odezva rutinní: do 48 hodin od doručení materiálu Odezva statim: 48 hodin Vyšetření provádí: Cytogenetická laboratoř Fluorescenční in situ hybridizace

20 Strana: 20/52 Související vyšetření/metody: Vyšetření chromozomů z plodové vody C pruhování chromozomů Barvení organizátoru jadérka (NOR) stříbrem Popis: Vyšetření aneuploidií chromozomů X,Y,13,18 a 21 metodou fluorescenční in situ hybridizace na nekultivovaných amniocytech. Molekulárně genetická vyšetření 1. Izolace DNA - -plastová zkumavka (Sarstedt PP, 15 ml) -plastová zkumavka (Sarstedt PP, 15 ml) s transportním médiem -srerilní zkumavka s fyziologickým roztokem Izolaci provádí: 2. Cystická fibróza - CFTR (8 mutací) F508del, R347P, G542X, G551D, R553X, 2,3 delece, R117H, N1303K (Sarstedt - Odezva rutinní: do 2 - Odezva statim: Vyšetření provádí: [=];[=] *- p.[f508del];[=] - heterozygot pro mutaci p.f508del p.[f508del];[f508del] - homozygot pro mutaci p.f508del p.[f508del];[r347p] - složený heterozygot pro uvedené mutace * [=] - standardní alela PCR - RFLP, real- Související vyšetření: á - CFTR (34 mutací), Hereditární pankreatitida (5 mutací) cystic fibrosis transmembrane r narušený epiteliální

21 Strana: 21/52 K potvrzení diagnózy cystické fibrózy na molekulární úrovni je nutný nález mutace a v genu CFTR (zejména p.f508del nebo p.r117h), která se nachází na intragenovém pozadí varianty v IVS- -8: 5T a IVS-8: 7T V 8 ací 26 dalších mutací, kde podloženo abnormálním výsledkem potního testu nebo jinou zásadní indikaci. 3. Cystická fibróza - CFTR (34 mutací + Tn) CFTRdel2,3(21kb), I507del, F508del, 1717GtoA, G542X, G551D, R553X, R560T, 2143delT, 2183AAtoG, 2184delA, 2184insA, GtoT, R1162X, 3659delC, 3905insT, W1282X, N1303K a G85E, 394delTT, R117H, Y122X, 621+1GtoT, 711+1GtoT, 1078delT, R334W, R347H, R347P, A455E, GtoA, GtoA, AtoG, Y1092X, kbCtoT, IVS8 5T, IVS8 7T, IVS8 9T (Sarstedt - Odezva rutinní: do 2 - Odezva statim: Vyšetření provádí: [=];[=] *- te p.[f508del];[=] - heterozygot pro mutaci p.f508del p.[f508del];[f508del] - homozygot pro mutaci p.f508del p.[f508del];[r347p] - složený heterozygot pro uvedené mutace * [=] - standardní alela reverzní hybridizace s použitím soupravy CF StripAssay TM (f. ViennaLab, Rakousko) Související vyšetření: CFTR (8 mutací) cystic fibrosis transmembrane regul ské populaci, s incidencí asi 1/2500 n K potvrzení diagnózy cystické fibrózy na molekulární úrovni je nutný nález mutace a chronické idiopat v genu CFTR (zejména p.f508del nebo p.r117h), která se nachází na intragenovém pozadí varianty v IVS- -8: 5T a IVS-8: 7T je zahrnuto více než 97% d abnormálním výsledkem potního testu nebo jinou zásadní indikaci Trombofilní mutace a polymorfismy - koagulační faktory c.1691g>a (FV Leiden) v genu pro koa G>C (FV Cambridge) v G>A (F II Protrombin)

22 Strana: 22/52 v polymofismy genu MTHFR - c.1298a>c a c.677c>t (Sarstedt - Odezva rutinní: do 2 - Odezva statim: Vyšetření provádí: [=];[=]- c.[1091g>c];[=] - heterozygot pro mutaci p.g1091c c.[677c>t];[677c>t] - homozygot pro mutaci p.c677t c.[677c>t];[1298a>c] - složený heterozygot pro uvedené mutace real-time PCR s následnou a PCR s Související vyšetření: - (FV Leden) v je rizikovým faktorem vzniku žilní heterozygotním stavu zvyšuje 4 až 8x homozygotním stavu zvyšuje riziko žilní trombózy 50 až 100x. Mutace faktoru V k Frekvence této mutace je u ské populace vysoká (cca 5 %), je indikací k poloze genu pro faktor II lokalizovaném na chromozomu 11 v poloze 11p11- gain - of - function mutace (mutace zisku funkce). Tyto mut -mrna. akumulaci mrna a její zvýšené g.20210g>a (FII Protrombin) v genu v homozygotním stavu je velice vzácné. Nález mutace je indikací k V genu pro enzym 5,10- a 98A>C. V poloze 429 k genu pro MTHFR je vznik termolabilní varianty enzymu se sníženou aktivitou. Výskyt tohoto polymorfismu v homozygot séru. Vysoká hladina homocysteinu - hyperhomocysteine jícím rizikem vzniku aterosklerotických celkovém trombofilním riziku malý. Polymorfismus c.677c>t v genu pro MTHFR byl v populaci detekován s ostí 5 až 15 %. Nález mutace je indikací k azí guaninu za cytosin v poloze c.1091 lokalizovaném na chromozomu 1 v poloze 1q23. Mutace c.1091g>c v je vzácná Nález zvýšené riziko vzniku žilní trombózy a je indikací k

23 Strana: 23/52 9. PAI-1 polymorfismus 4G/5G Vyšetření: d ho polymorfismu v promotoru genu PAI-1 pro Inhibitor aktivátoru plazminogenu 1 (Sarstedt -,5 ml ) Odezva rutinní: do 2 - Odezva statim: Vyšetření provádí: 5G/5G genotyp - standardní hladina plazmatického PAI-1 4G/5G genotyp - heterozygotní stav 4G/4G genotyp - zvýšená hladina plazmatického PAI-1 o 25% real- Související vyšetření: V promotoru genu PAI-1 (v poloze -675 bp od po, genu glykoproteinu PAI-1 (inhibitor aktivátoru plazminogenu 1), polymorfismus ozn ke zvýšené expresi genu, jež má za následek zvýšení hladiny plazmatického PAI-1. Jedinci s genotypem 4G/4G mají tuto hladinu až o 25 % vyšší než jedinci s u myokardu 10. Aceruloplasminemie - CP (2 mutace) p.w858x, c.1258instacac (Sarstedt - o 7,5 ml ) Odezva rutinní: do 2 - Odezva statim: Vyšetření provádí: [=];[=] - c.[1258instacac];[=] - heterozygot pro mutaci c.1258instacac p.[w858x];[w858x] - homozygot pro mutaci p.w858x p.[w858x];[1258instacac] - složený heterozygot pro uvedené mutace PCR s polyakrylamidovém gelu Související vyšetření: Wilsonova choroba, Hemochromatóza

24 Strana: 24/52 Aceruloplasminemie organizmu. Má rysy hemochr hypoceruloplasmine Wilsonova choroba s genu pro ceruloplasmin (Cp), jenž je lokalizován na 3 chromozomu v lokusu 3q Tyto mutace a nízké hladiny železa v séru, zvýšené hladiny ferritinu a akumulace železa v tkáni mozku, onemo, projevy choroby má pouze homozygot nebo složený heterozygot. 11. Gilbertův syndrom - UGT1A1 (1 polymorfismus) Vyšetření: analýza polymorfismu v TATA boxu promotoru genu UGT1A1 (Sarstedt - Odezva rutinní: do 2 - Odezva statim: 5 7 Vyšetření provádí: Genotyp 6/6 - Genotyp 6/7 - heterozygot pro daný polymorfismus Genotyp 7/7 - homozygot pro daný polymorfismus PCR s (ABI 3130 genetický analyzátor) Související vyšetření: -, která katalyzuje glukuronidaci nekonjugovaného bilirubinu. Tento polymorfismus snižuje aktivitu enzymu. Jedná se o polymorfismus v TATA boxu promotoru genu UGT1A1, kde je 5-6 receptic TA (tymin, adenin). Fyziologická varianta A(TA) 6 TAA (genotyp 6/6) je spojena s normální aktivitou enzymu. K manifestaci Gilbertova syndromu dochází pouze u hom A(TA) 7 TAA (genotyp 7/7). 12. Familiární deficit apolipoproteinu B - ApoB (1 mutace) p.r3500q (Sarstedt - o 7,5 ml ) Odezva rutinní: do 2 - Odezva statim: Vyšetření provádí: [=];[=] - p.[r3500q];[=] - heterozygot pro mutaci p.r3500q p.[r3500q];[r3500q] - homozygot pro mutaci p.r3500q real-

25 Strana: 25/52 Související vyšetření: Familiární hypercholesterolemie - LDLR, ApoE Bodová mutace p.r3500q vede k na LDL receptor. V. To zvýšení hladiny celkového cholesterolu - hypercholesterolemie. Nález mutace na jedné alele genu potvrzuje diagnózu a je indikací k 13. Apolipoprotein E - ApoE genotypy E2 (p.cys112, p.arg158cys), E3 (p.cys112, p.arg158) E4 (p.cys112arg, p.arg158) (Sarstedt - Odezva rutinní: Odezva statim: Vyšetření provádí: Genotyp E3/3*: homozygot pro genotyp E3 Genotyp E3/4*: složený heterozygot pro genotypy E3 a E4 *interpretace je obdobná pro kterýkoliv genotyp PCR s soupravy LightMix KIT ApoE C112R R158C nebo reverzní hybridizace pomocí soupravy ApoE StripAssay (ViennaLab GmbH) Související vyšetření: PSEN1, PSEN2, APP Indikací k emie a pozdní forma Alzheimerovy choroby, a to familiární i sporadická. Apolipoprotein E hraje významnou úlohu v metabolizmu jejich receptory. V genu pro apoliprotein E substituce C>T v ys) nebo arginin (Arg), mách, E2, E3 a E4. Tyto patogenezi hypercholesterolemie a Alzheimerovy choroby. V populaci je populaci zastoupena predisponují k hyperlipoproteinemii typu III nebo-li familiární dysbetalipoproteinemii. Tato je charakterizována zvýšením plaz a óz ateroskleróza koronárních a periferních cév. porteinemi í koronárních a periferních cév. ApoE4 je rizikovým faktorem pro familiární a sporadické formy Alzheimerovy choroby s horoby.

26 Strana: 26/ Vyšetření genu pro LDL receptor metodou sekvenování [Familiární hypercholesterolemie - LDLR - sekvenace] [A] v kódující oblasti genu LDLR malých genomických delecí/duplikací (Sarstedt - Odezva rutinní: Odezva statim: - Vyšetření provádí: p.[r395w];[=]*, 5W p.[r395w];[r395w]*, homozygot pro mutaci p.r395w de Dunnen JT a Antonarakis E. Nomenclature for the description of human sequence variations. Hum Genet (2001) 109: ), a to v její poslední verzi v2.0, která je k dispozici na internetové adrese: p ace na genetickém analyzátoru ABI 3130, MLPA Související vyšetření: Familiární hypercholesterolemie - LDLR -MLPA, Familiární deficit apolipoproteinu B, ApoE Mutace v genu LDLR pro LDL receptor jso emie. V patogenní mutace na jedné alele genu je potvrzením diagnózy familiární hypercholesterolemie. V d LDL cholesterolem a dochází ke zvýšení hladiny celkového a LDL cholesterolu se zvýšeným rizikem rozvoje aterosklerózy. Nález patogenní mutace je indikací k 15. Familiární hypercholesterolemie - LDLR - MLPA Detekce genomických delecí/duplikací (Sarstedt - Odezva rutinní: Odezva statim: - Vyšetření provádí: normální nebo -18 genu LDLR MLPA

27 Strana: 27/52 Související vyšetření: Familiární hypercholesterolemie - LDLR - sekvenace, Familiární deficit apolipoproteinu B, ApoE Mutace v genu LDLR patogenní mutace na jedné alele genu je potvrzením diagnózy familiární hypercholesterolemie. V mutace genu pro LDL receptor je narušen proces zpr LDL cholesterolem a dochází ke zvýšení hladiny celkového a LDL cholesterolu se zvýšeným rizikem rozvoje aterosklerózy. Nález patogenní mutace je indikací k 16. Hemochromatóza - HFE (3 mutace) H63D, C282Y, S65C (Sarstedt - Odezva rutinní: do 2 - Odezva statim: Vyšetření provádí: [=];[=] - p.[h63d];[=] - heterozygot pro mutaci H63D p.[c282y];[c282y] - homozygot pro mutaci C282Y p.[h63d];[c282y] - složený heterozygot pro uvedené mutace real- Související vyšetření: Hemochromatóza - HFE (12 mutací), TFR2 (4 mutace), FPN1 (2 mutace) játrech, která jsou ubech. Množství železa, uložené v hypogonadiz genu HFE, který je lokalizován na 6 chromozomu v lokusu 6p21. Nález mutace na obou alelách genu je potvrzením diagnózy hemochromatózy m 23- genu HFE (V53M, V59M, H63H, Q127H, P160delC, E168Q, E168X, W169X, Q283P), 4 mutací v genu TFR2 (E60X, M172K, Y250X, AVAQ del) a 2 mutací v genu FPN1 genu pro hemojuvelin (HJV) a druhá mutací v genu pro hepcidin (HAMP). Další forma onemoc v genu pro transferinový receptor 2 (TRF2 v genu pro ferroportin (FPN1 prevalencí a prevalencí 17. Hemochromatóza - HFE (12 mutací), TFR2 (4 mutace), FPN1 (2 mutace)

28 Strana: 28/52 gen HFE: V53M, V59M, H63D,H63H, S65C, Q127H, P160delC, E168X, W169X, Q283P, E168Q, C282Y gen TFR2: E60X, M172K, Y250X, AVAQ del gen FPN1: N144H, V162del (Sarstedt - Odezva rutinní: do 2 - Odezva statim: Vyšetření provádí: [=];[=] - p.[h63d];[=] - heterozygot pro mutaci H63D p.[c282y];[c282y] - homozygot pro mutaci C282Y p.[h63d];[c282y] - složený heterozygot pro uvedené mutace PCR s následnou reverzní hybridizací - diagnostická souprava Haemochromatosis StripAssay B Související vyšetření: Hemochromatóza - HFE (3 mutace) ádá Množství železa, uložené v hypogonadizmu. Hemochromatóza je h genu HFE, který je lokalizován na 6 chromozomu v lokusu C282Y se pohybuje - genu HFE (V53M, V59M, H63H, Q127H, P160delC, E168Q, E168X, W169X, Q283P), 4 mutací v genu TFR2 (E60X, M172K, Y250X, AVAQ del) a 2 mutací v genu FPN1 vyskytuje ve 2 formách, jedna je podm genu pro hemojuvelin (HJV) a druhá mutací v genu pro hepcidin (HAMP v genu pro transferinový receptor 2 (TRF2 ou mutace v genu pro ferroportin (FPN1 prevalencí 18. Wilsonova choroba - ATP7B (exony 8,13,14,15,17) Vyšetřované exony: 8,13,14,15 a 17 (Sarstedt - Odezva rutinní: do 2 Odezva statim: Vyšetření provádí:

29 Strana: 29/52 [=];[=] - p.[h1069q];[=] - heterozygot pro mutaci H1069Q p.[h1069q];[h1069q] - homozygot pro mutaci H1069Q p.[h1069q];[r778g] - složený heterozygot pro uvedené mutace real-, PCR s a analyzátor ABI ,13,14,15 a 17 (LightCycler480) Související vyšetření: Aceruloplasminemie - CP (2 mutace) genu ATP7B potvrzení diagnózy na molekulární úrovni je nutný nález mutace na obou alelách genu. V se 7 mutací v genu ATP7B (1340del4, R778G, W779X, G988R, H1069Q, 3402delC, N1271D). Negativní nález ([=];[=] nebo p.[h1069q];[=]) u nemocného s projevy Wilsonovy choroby není mutací v genu ATP7B analýzu genu. Vzhledem k mickým nálezem genu indikací k s rodiny. 19. Deficit alfa1-antitrypsinu - A1AT (2 mutace) E264V, E342K (Sarstedt - Odezva rutinní: do 2 Odezva statim: Vyšetření provádí: [=];[=] *- Pi MM) p.[e264v];[=] - heterozygot pro mutaci E264V (genotyp Pi MS) p.[e264v];[e264v] - homozygot pro mutaci E264V (genotyp Pi SS) p.[e264v];[e342k] - složený heterozygot pro uvedené mutace (genotyp Pi SZ) * [=] - standardní alela PCR-RFLP Související vyšetření: Cystická fibróza - CFTR (8 mutací), Chronická/hereditární pankreatitis -1 antitrypsinu je, charakterizované sníženou hladinou antitrypsinu v plaz se zvýšeným rizikem vývoje plicního -1 antitrypsin je serpinový proteázový inhibitor produkovaný v játrech, který inhibuje elastázu v plicích. A1AT (syn. PI) zvaných SERPIN supergene (SERine Proteinase Inhibitor) a nachází se na q raménku chromozomu 14. Existuje mnoho vrozených variant A1AT genu: Pi M, Pi S a Pi

30 Strana: 30/52 Z V se 2 mutace: E264V odpovídá alele S (heterozygotní genotyp Pi MS); E342K odpovídá alele Z (heterozygotní genotyp Pi MZ); složený heterozygot pro alelu S a Z znamená genotyp Pi SZ. 20. Chronická/hereditární pankreatitis - CFTR (8 mutací), SPINK1 (2 mutace), PRSS1 (3 mutace) R122H, R122C, N29I, M1T, N34S, CFTR: F508del, R347P, G542X, G551D, R553X, 2,3 delece, R117H, N1303K (Sarstedt - Odezva rutinní: do 2 - Odezva statim: Vyšetření provádí: [=];[=] *- p.[n34s];[=] - heterozygot pro mutaci N34S p.[n34s];[n34s] - homozygot pro mutaci N34S p.[n34s];[n29i] - složený heterozygot pro uvedené mutace *[=] - standardní alela PCR-ARMS, PCR-RFLP Související vyšetření: Cystická fibróza základní - CFTR (8 mutací) jsou vysokými rizikovými faktory mutace v PRSS1 genu (protease serine 1) pro kationický trypsinogen a v genu CFTR PRSS1 a CFTR genu (cystic fibrosis transmembrane regulator), mohou mít vliv na vznik hereditární pankreatitidy (HP) mutace SPINK1 genu, izolované mutace SPINK1 genu (serine protease inhibitor Kazal type 1) nejsou schopny iniciovat PRSS1 zvýšeným rizikem vzniku rakoviny pankreatu. V ují se a R122C, jež vedou ke e SPINK1 genu: M1T- z a mutace z 21. Familiární periodická hypokalemická obrna - CACNA1S (exon 11 a 30) v exonech 11 a 30 genu c.3715c>g v exonu 30., plodová voda, ch (Sarstedt - Odezva rutinní: Odezva statim: Vyšetření provádí: [=];[=]*

31 Strana: 31/52 c. [3715C>G];[=]** c.3715c>g **Interpretace je obdobná pro jakoukoli jinou mutaci. *[=] - standardní alela c.3715c>g také alelicky specifická PCR Související vyšetření: - Familiární periodická hypokalemická CACNA1S, SCN4 V byla v souvislosti s tímto mutace c.3715c>g v exonu 30 genu CACNA1S jakékoli patogenní varianty v exonech 11 a 30 genu CACNA1S, tedy v oblastech s výskytem patogenních variant, které jsou podstatou familiární periodické hypokalemické obrny (mutace v CACNA1S. Nález patogenní mutace v tomto genu je indikací k u nemocného s familiární periodickou hypokalemickou obrnou neznamená, že se o tuto diagnózu nejedná. jiných oblastech genu CACNA1S nebo v jiném genu souvisejícím s tímto 22. Spinální muskulární atrofie - SMN1, NAIP Vyšetření: analýza SMN1 a exonu 5 genu NAIP (Sarstedt - Odezva rutinní: do 2 - Odezva statim: Vyšetření provádí: nenalezena - nalezena - delece exonu je detekována PCR s polyakrylamidovém gelu Související vyšetření: SMA - incidencí 1/6-10 tisíc novorozenc SMN 1 (survival motor neuron 1 gene). Gen SMN1 v oblasti 5q13. Mutace genu SMN1 má u inzerce aj.) jedné alely genu a delecí druhé. Gen SMN1 Detekce pouze jedné kopie SMN1 kopií genu lze považovat za normální stav bez jakéhokoliv SMN1 existuje v genomu vysoce homologní gen SMN2 SMN1. Také gen SMN2 SMN2 genu lze SMN2 genu jsou charakteristické pro SMA typu I,

32 Strana: 32/52 SMN2. V genomu se vyskytují i hybridní geny SMN1/SMN2 SMN2. kauzálního genu SMN1. Gen NAIP (neuronal apoptosis inhibitory protein gene), lokalizovaný SMN1, je pouze markerem rozsahu analyzované delece. 23. Spinální muskulární atrofie - SMN1 - přenašečství Vyšetření: a ií genu SMN1, plodová voda (Sarstedt - Odezva rutinní: do 2-3 Odezva statim: Vyšetření provádí: SMN1/SMN1 vysokou SMN1/- : detekce pouze jedné kopie genu SMN1, jedi - /- : nebyl detekován gen SMN1, potvrzení diagnózy SMA MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification) s následnou genetický analyzátor ABI 3130), o kopií genu SMN1 metod Související vyšetření: Spinální muskulární atrofie - SMN1, NAIP í s incidencí 1/6- SMN 1 (survival motor neuron 1 gene). Gen SMN1 uhém raménku chromozomu 5 v oblasti 5q13. Mutace genu SMN1 má u, inzerce aj.) jedné alely genu a delecí druhé. Gen SMN1 Detekce pouze jedné kopie SMN1 kopií genu lze považovat za normální stav bez jakéhokoliv SMN1 existuje v genomu vysoce homologní gen SMN2 SMN1. Také gen SMN2 SMN2 genu lze usuzovat na záv SMN2 genu jsou charakteristické pro SMA typu I, u SMN2. V genomu se vyskytují i hybridní geny SMN1/SMN2 SMN2. Hybridní gen SMN1. Gen NAIP (neuronal apoptosis inhibitory protein gene SMN1, je pouze markerem rozsahu analyzované delece. 24. Amyotrofická laterální skleróza - SOD1 v kódující oblasti (tj. exonech 1-5) genu SOD1 (Sarstedt - r, 2,6 ml nebo 7,5 ml )

33 Strana: 33/52 Odezva rutinní: Odezva statim: - Vyšetření provádí: nalezena žádná c. [125A>C];[=]*, de Dunnen JT a Antonarakis E. Nomenclature for the description of human sequence variations. Hum Genet (2001) 109: ), a to v její poslední verzi v2.0, která je k dispozici na internetové adrese: **Interpretace je obdobná pro jakoukoli jinou mutaci. Související vyšetření: Spinomuskulární atrofie Amyotrofická laterální skleróza (ALS) je progresivní neurodegenerativní o ující - genu SOD1, který kóduje enzym s vlastnostmi Cu/Zn superoxid dismutázu. Jedním z patogenetických me být kumulace abnormálního proteinu v neuronech s genu SOD1 VAPB (ALS8), ANG (ALS9), TARDBP (ALS10) a FIG4 (ALS11), byly popsány také další lokusy s možnou vazbou s tímto K SOD1 ALS, kdy se v tomto genu je indikací k u SOD1 u zdravých osob, v jejichž rodinné anamnéze se vyskytl nemocný s u osob se sporadickou ALS indikováno. 25. Alzheimerova choroba - PSEN1, PSEN2, APP (2 exony) vyhledávání mutací (Sarstedt - Odezva rutinní: do 4 Odezva statim: - Vyšetření provádí: [=];[=] *- p.[m139v];[=] - heterozygot pro mutaci M139V v genu PSEN1 *[=] - standardní alela

34 Strana: 34/52 Související vyšetření: - - Patogenní mutace v genech PSEN1, PSEN2 kódujících presenilin-1, -2 a v genu APP pro prekurzor ß-am 18-50% smus v genu pro apolipoprotein E - rozhodující pro rozvoj AD. Provádí se PSEN1: exony 3, 4, 5-8 (asi 69% mutací) a exony V genu APP exon 17. AD namnézy a nálezu atrofie mozku na CT. 26. Mikrodelece na Y chromozomu (AZF), SRY Vyšetření: d - -plastová zkumavka (Sarstedt PP, 15 ml) -plastová zkumavka (Sarstedt PP, 15 ml) s transportním médiem Odezva rutinní: do 2 - Odezva statim: Vyšetření provádí: AZFb v * tento úsek je deletován* *Interpretace je obdobná pro jakýkoliv analyzovaný úsek. genetický analyzátor ABI 3130) Související vyšetření: Cystická fibróza azoospermia factor locus jako AZFa, AZFb, AZFc. Geny vyskytující se v nezbytné p je aktivní v jiné fázi a lokalizací mikrodelece. Pokud dojde k mikrodeleci v podoblasti AZFb a AZFc, pak její fenotypový projev kolísá od azoospermie k oligozoospermii. Mikrodelece v 27. Vyšetření aneuploidií chromozomů 13, 18, 21, X a Y metodou QF-PCR [Aneuploidie - chromozomy 13, 18, 21, X a Y] [A] Vyšetření: a p

35 Strana: 35/52 - -plastová zkumavka (Sarstedt PP, 15 ml) -plastová zkumavka (Sarstedt PP, 15 ml) s transportním médiem Odezva rutinní: do 7 4 Odezva statim: 2 dny Vyšetření provádí: aneuploidie chromozomu 21 nenalezena aneuploidie chromozomu 21 nalezena - Diagnostická souprava Devyser Compact Kit, f (genetický analyzátor ABI 3130) Související vyšetření: Aneuploidie - chromozom 21 kombinovaného screeningu I. a/nebo biochemického screeningu II. trimestru t, event. z jin (u ženy) a jeden pro chromozom X a Y u muže. V 28. Aneuploidie - chromozom 21 Vyšetření: an (Sarstedt - Odezva rutinní: teriálu Odezva statim: Vyšetření provádí: aneuploidie chromozomu 21 nenalezena aneuploidie chromozomu 21 nalezena Diagnostická souprava Devyser Resulution Kit, f í analýza (genetický analyzátor ABI 3130) Související vyšetření: aneuploidie - chromozomy 13, 18, 21, X a Y Analýza aneuploidie chr. 21 Je

36 Strana: 36/ Aneuploidie - chromozomy 13, 15, 16, 18, 21, 22, X a Y Vyšetření: a 13, 15, 16, 18, 21, 22, X a Y t sterilní zkumavka s fyziologickým roztokem Odezva rutinní: Odezva statim: 2 dny Vyšetření provádí: Laborato aneuploidie chromozomu 13 nenalezena aneuploidie chromozomu 13 nalezena - Diagnostická souprava Devyser Extend Kit; f (genetický analyzátor ABI 3130) Související vyšetření: Aneuploidie - chromozom 21 Analýza aneuploidie chr 13, 15, 16, 18, 21, 22, X, Y se provádí u U 40-60% spontánních a chromozomová aberace. 30. Alportův syndrom - COL4A5 v kódující oblasti (tj. exonech 1-51) genu COL4A5 pro X- syndrom, COL4A5 COL4A6, plodová voda, c - -plastová zkumavka (Sarstedt PP, 15 ml) -plastová zkumavka (Sarstedt PP, 15 ml) s transportním médiem Odezva rutinní: Odezva statim: Vyšetření provádí: c. [372C>A];[=]*, 372C>A* c. [372C>A];[0]*, 372C>A de Dunnen JT a Antonarakis E. Nomenclature for the description of human sequence variations. Hum Genet (2001) 109: ), a to v její poslední verzi v2.0, která je k dispozici na internetové adrese: **Interpretace je obdobná pro jakoukoli jinou mutaci. s vysokým rozlišením, MLPA

37 Strana: 37/52 Související vyšetření: - z - genu COL4A5 ec α- Vzhledem k tomu, že gen COL4A5 je lokalizován na chromozomu X, muž je pro patogenní mutaci hemizygotní, tj. má pouze jednu alelu genu a ta nese variantu. Žena má 2 chromozomy X, na jedné alele V COL4A6. Exon 1 genu COL4A5 je lokalizován v COL4A6, který kóduje další podjednotku kolagenu typu IV. Oba COL4A5, které zasahují do genu COL4A6, vedou k difúzní leiomyomatóze ezofá Nenajde-li se patogenní mutace v genu COL4A5, intronické mut - mutace v genech COL4A3 nebo COL4A4 genech COL4A3 nebo COL4A4 COL4A3 nebo COL4A4 se v COL4A3 nebo COL4A4, nebo o jinou klinickou jednotku. Nález patogenní mutace v tomto genu je indikací k ím rodiny. Polycytemia vera - JAK2 (1 mutace) V617F (Sarstedt - Odezva rutinní: do 2 - Odezva statim: - Vyšetření provádí: p.[v617f] negativní p.[v617f] pozitivní alelicky specifická PCR (dle Baxter et al., Lancet 2005) Související vyšetření: - Bodová mutace V617F v genu pro Janus-2 tyrosin kinázu (JAK2) je získanou somatickou mutací. Mutantní tomnost mutace -97%) s polycythaemia vera (PV), u 30- s esenciální trombocytémií (ET) a u 30- chronickou idiopatickou myelofibrózou (IMF). Pozitivní nález je potvrzením diagnózy PV, ET a 31. Hereditární karcinom prsu/ovárií - BRCA1(3 mutace), BRCA2 (2 mutace)

38 Strana: 38/52 - c a>g dle HGSV nomenklatury (c a>g dle BIC nomenklatury) v intronu 5 genu BRCA1 - c.843_846 delctca dle HGSV nomenklatury, p.ser282tyrfsx15 (c.962_965delctca dle BIC nomenklatury) v exonu 11 genu BRCA1 - c.5266dupc dle HGSV nomenklatury, p.gln1756profsx74 (c.5385dupc dle BIC nomenklatury) v exonu 20 genu BRCA1 - c.7913_7917delttcct, p.phe2638x (c.8141_8145delttcct dle BIC nomenklatury) v exonu 17 genu BRCA2. - c.8537_8538delag dle HGSV nomenklatury, p.glu2846glyfsx22 (c.8765_8766delag dle BIC nomenklatury) v exonu 20 genu BRCA2. (Sarstedt - Odezva rutinní: Odezva statim: - Vyšetření provádí: [c a>g];[=]*, **: c a>g de Dunnen JT a Antonarakis E. Nomenclature for the description of human sequence variations. Hum Genet (2001) 109: ), a to v její poslední verzi v2.0, která je k dispozici na internetové adrese: **Interpretace je obdobná pro jakoukoli jinou mutaci. c a>g v genu BRCA1 ace na genetickém analyzátoru ABI3130: c.5266dupc v genu BRCA1 PCR s tání; c.843_846 delctca v genu BRCA1, c.7913_7917delttcct a c.8537_8538delag v genu BRCA2:.PCR s ace na genetickém analyzátoru ABI 3130 Související vyšetření: - BRCA1 nebo BRCA2 BRCA1 nebo BRCA2. souviset. Najde- - rcinomu BRCA1 a BRCA2 pracovišti. 32. Střevní polypóza, kolorektální karcinom - MYH (2 mutace) p.y165c (tj. p.tyr165cys, c.494a>g), p.g382d (tj. p.gly382asp, c.1145g>a)

39 Strana: 39/52 (Sarstedt - Odezva rutinní: Odezva statim: Vyšetření provádí: p. [Y165C];[=]*, **: p.y165c p. [Y165C];[Y165C]*, **: p.y165c p. [Y165C];[G382D]*: p.y165c a p.g382d t (de Dunnen JT a Antonarakis E. Nomenclature for the description of human sequence variations. Hum Genet (2001) 109: ), a to v její poslední verzi v2.0, která je k dispozici na internetové adrese: **Interpretace je obdobná pro mutaci p.g382d. p.y165c: alelicky specifická PCR s na polyakrylamidovém gelu p.g382d: PCR s na polyakrylamidovém gelu Související vyšetření: - MYH je ek adenomatózní polypózy. Mutace Y165C a G382D jsou mutace s prokázanou patogenitou v ské - než sekvenci celého genu MYH lze provést na jiném pracovišti). Negativní nález u nemocného s e v genu MYH (mutace v genu APC jsou mutace de novo bez familiární bo o poškození jiného, dosud neznámého genu. Nález mutace na jedné nebo obou alelách genu je indikací k 33. Nijmegen-breakage syndrom - NBS1 (1 mutace) c.657del5 (Sarstedt - Odezva rutinní: Odezva statim: Vyšetření provádí: c.657del5

40 Strana: 40/52 c.[657del5 657del5 c.[657del5];[ 657del5657del5 de Dunnen JT a Antonarakis E. Nomenclature for the description of human sequence variations. Hum Genet (2001) 109: ), a to v její poslední verzi v2.0, která je k dispozici na internetové adrese: PCR s sekvenací na genetickém analyzátoru ABI 3130 Související vyšetření: - Nijmegen- NBS1 slovanské populaci, která je v genu NBS1 v souvislostí s breakage syndromu. Je- mutace, nebo, v - Nijmegen- genu NBS1 nebo že se jedná o jinou diagnózu. Nález patogenní mutace v tomto genu je indikací k s 34. Vrozená ztráta sluchu - GJB2, GJB6 (1 mutace) jakékoli patogenní mutace nacházející se v kódující oblasti (tj. exonu 2) genu GJB2 c.35delg; - c g> >A) v genu GJB2 - GJB6 v genu GJB6 pro connexin 30, plodová voda, choriová - -plastová zkumavka (Sarstedt PP, 15 ml) -plastová zkumavka (Sarstedt PP, 15 ml) s transportním médiem Odezva rutinní: Odezva statim: Vyšetření provádí: c.[35delg c.35delg c.[35delg];[35delg]*, 35delG c.[35delg];[1-3201g>a]*, složený heterozygot pro mutace c.35delg a c g>a Nomenk de beny JT a Antonarakis E. Nomenclature for the description of human sequence variations. Hum Genet (2001) 109: ), a to v její poslední verzi v2.0, která je k dispozici na internetové adrese: **Interpretace je obdobná pro jakoukoli jinou mutaci. c g>a v genu GJB2. sekvenace na genetickém analyzátoru ABI3130, mutace c.35delg. také pomocí alelicky specifické PCR s

41 Strana: 41/52 Související vyšetření: - polyakrylamidovém gelu, alelicky specifické PCR s na polyakrylamidovém gelu, PCR s vi polyakrylamidovém gelu GJB6 v genu GJB6 : PCR s GJB2 prokázanou patogenitou jsou p.w24x, c.313del14, c g> >A) a p.120dele. Tyto mutace í v aci exonu 2 genu GJB2 (která zachytí veškeré patogenní varianty v této oblasti), sekvenaci mutace c g> GJB6. V tví mutace c.35delg (event. p.w24x, c.313del14, s poruchou sluchu nalezena jen jedna mutace v genu GJB2, mutaci na druhé intronech, mutace v promotoru, apod. ). V mutace v genu GJB6 genu GJB6 v genu GJB2 v heterozygotním stavu. Tuto áty sluchu. Nesyndromologická ztráta sluchu je geneticky velmi genech GJB2 a GJB6 v tomto genu je indikací k 35. Beta-talasemie - HBB v genu pro hemoglobin beta (Sarstedt Odezva rutinní: Odezva statim: - Vyšetření provádí: [=];[=] *- c.[93-21g>a];[=] - heterozygot pro mutaci c.93-21g>a c.[93-21g>a];[93-21g>a] - homozygot pro mutaci c.93-21g>a *[=] - standardní alela sekvenace pomocí genetického analyzátoru ABI 3130 Související vyšetření: - HBB, na chromozomu 11p15.5). Celý

42 Strana: 42/52 mírným klinickým projevem beta talasemie bývá mikrocytóza a hypochromie. 36. Imerslund-Gräsbeckův syndrom - AMN (2 mutace) c.977_978inscccg; c.967_( )del296bp, - -plastová zkumavka (Sarstedt PP, 15 ml) -plastová zkumavka (Sarstedt PP, 15 ml) s transportním médiem Odezva rutinní: Odezva statim: Vyšetření provádí: c.[977_978inscccg];[=]*, 977_978insCCCG c.[977_978inscccg];[ 977_978insCCCG]*, 977_978insCCCG c.[977_978inscccg];[967_( )del296bp složený heterozygot pro mutace c.977_978inscccg a c.967_( )del296bp de Dunnen JT a Antonarakis E. Nomenclature for the description of human sequence variations. Hum Genet (2001) 109: ), a to v její poslední verzi v2.0, která je k dispozici na internetové adrese: **Interpretace je obdobná pro mutaci c.967_( )del296bp. PCR s sekvenace na genetickém analyzátoru ABI 3130 Související vyšetření: - Imerslund- AMN, CUBN 2 mutace v genu AMN v souvislosti s tímto je nález mutace (téže n na obou alelách genu AMN. V -Gräsbeckovým s Imerslund- jiné mutace v genu AMN nebo mutace v jiném genu souvisejícím s CUBN). Nález patogenní mutace v tomto genu je indikací k 37. Metabolismus léčiv - TPMT G238C, G460A, A719G ( )