|
|
|
- Dominika Nováková
- před 8 lety
- Počet zobrazení:
Transkript
1 volba separace pro následnou MS kvantifikaci proteinů Jan Havliš Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta, Brno Ústav experimentální biologie : Oddělení funkční genomiky a proteomiky :: Centrální laboratoř :::
2 obsah přednášky : kvalitní MS data kvantifikace proteinů/peptidů pomocí MS separace proteinů/peptidů idů : jaká separace? :: úroveň :: technika 2
3 hmotnostně spektrometrické stanovení proteinů/peptidů nepřímé stanovení pomocí izotopového značení :potřebujeme ř stanovitpoměr ě intenzit/ploch i signáluobou verzí peptidu (lehká/těžká značka) :: AQUA syntetické značené peptidy :: 18 O jednoduchá vnitřní značka :: itraq multibarická i vnější značka přímé stanovení íb bez izotopovéhoznačení značení č :potřebujeme stanovit poměrintenzit/ploch signálu dvou stavů téhož peptidu : potřebujeme spočítat identifikované peptidy pp yp příslušející jednomu proteinu 3
4 nejčastější kvantifikace proteinů :tryptické peptidy pro pars pro toto kvantifikaci proteinu :: izotopolog jako vnitřní standard důležité vlastnosti kvantifikačních peptidů :C koncový arginin : žádné reaktivní AK : žádná neúplná štěpení : intenzivní a reprodukovatelný signál v MS stafylokokální enterotoxin H (cca 29 kda), RPLC ESI ESI IT IT MS přehled ř kandidátských ký tryptických ikýh peptidů pro vnitřní ř standard d :většina nepoužitelných neúplné štěpení, slabý MS signál 4
5 hledáme jehlu v kupce sena :složitá směspeptidů :: hledání dvou peptidů lišících í se v m/z :: hledání jednoho peptidu (přímá kvantifikace) prekvantitativní separace :citlivost ili de facto prekoncentrace : selektivita izolace ze složité směsi proteinů směs proteinů :dělíme nejprve proteiny :: potom trypticky štěpíme apak dělíme tryptické peptidy :dělíme až směstryptických peptidů 5
6 separace proteinů/peptidů pro MS stanovení peptidů/proteinů nepřímé stanovení :potřebujeme stanovit poměrsignálů dvou izotopologů téhož peptidu přímé stanovení :potřebujeme stanovit poměrsignálů dvou stavů téhož peptidu :potřebujeme spočítat identifikované peptidy příslušející jednomu proteinu nutnost oddělení informace o ploše či intenzitě signálu peptidu od ostatních :izotopový vzor! separace :oddělení individuí optimální, ale náročné frakcionace :oddělení skupin individuí vhodné a relativné snadné 6
7 separační vlastnosti aminokyselin/peptidů multifunkční struktura aminokyselin/peptidů : C konec konec; kyselý kladný náboj/polární :N konec konec; zásaditý záporný náboj/polární :boční řetězec široký rozsah vlastností alifatické velmi malé malé faktory ovlivňující separaci :ph :polarita prostředí :iontová síla : kompatibilita s MS kapalinová chromatografie elektromigrační metody hmotnostní spektrometrie aromatické nepolární kladně nabité nabité polární 7
8 kapacita separace (peak capacity) schopnost separovat :počet dobře rozlišených (R 1.5)píků (n)po dobu separace (t R0 až t Rmax ) : význam pro následné MS efektivnější měření spekter (střída analyzátoru) :: optimálně má každý peptid své okno (odhledě od efektů při ionizaci) 78 píků w šířka píku přizákladně j počet píku v separaci (za čas t Rmax Rmax ) 64 píků maximalizace kapacity separace :delší čas separace (v jednom rozměru) : spojováním více rozměrůči technik (hyphenation hyphenation) 8
9 hmotnostní spektrometrie separace vanalyzátoru hmotnostního spektrometru :speciální způsob separace : vyžaduje konkrétní typy analyzátorů :: iontový selektor (SIM, SRM, MRM) ::: kvadrupól (Q, QqQ), past (IT, FTICR, OT) zásadní nedostatky : nehomogenní účinnost ionizace (potlačování ionizace) : kapacita pasti (nedostačuje komplexitě vzorku) : ko ko eluce eluce selekce iontů s podobným m/z 9
10 iontově výměnná výměnná chromatografie kapalinová chromatografie malý specifický náboj molekuly :na rozdíl od anorganických iontů :CaN konce a pětnabitých AK :: třikladně, kladně,dvě dvě záporně využití první rozměr2d LC LC MS : odsolení vdruhém rozměru SCX připh ph 3 chromatografie na obrácené fázi peptidy :převážně slabě polární až nepolární iontově párovací mód (TFA, FA, AFA) využití druhý rozměr 2D LC LC MS : vysoké rozlišení, na monolitu rychlé :kompatibilní rozpouštědlově sms IP RPLC připh ph 3nebo ph 10 10
11 chromatografie s hydrofilními interakcemi využití první rozměr 2D LC LC MS :polární separace s vysokým obsahem organiky molekulová vylučovací chromatografie využití první rozměr2d LC LC MS :nepříliš vhodná pro LC MS složení MF organická MF analyt voda SF částice nosiče SF afinitní chromatografie :chirální separace cyklodextriny cyklodextriny, makrocyklická kli ká antibiotika tik : IMAC/MOAC fosfopeptidy 11
12 vícerozměrná kapalinová chromatografie kompatibilita : rozpouštědlová :průtoková : přímá (in in line line) přímý vstup do 2D z 1D :: smyčky (průtočné, vypařovací), záchytové kolony :nepřímá (off off line line) ) dávkování sesbíraných frakcí komplementarita rozměrů (orthogonality orthogonality) [s] [] SCX příklady praktického využití :IP IP RP RP(b) (b) IP IP RP RP(a (a) MS :SCX SCX RP RP MS : HILIC IP IP RP RP MS RPLC [min] 12
![dávkování sesbíraných frakcí komplementarita rozměrů (orthogonality orthogonality) [s] [] SCX příklady](/docs-images/46/8959355/images/page_12.jpg "praktického využití :IP IP RP RP(b) (b) IP IP RP RP(a (a) MS :SCX SCX RP RP MS : HILIC IP IP RP RP MS RPLC")
13 tryptická směsfosforylázy B IP RPLC C18 ph = 2.6 IP RPLC PFP ph = 3.25 retenční čas [min] IP RPLC C18 ph = 10.0 retenční čas [min] SEC retenční čas [min] retenční čas [min] HILIC SCX retenční čas [min] retenční čas [min] 13
![25 retenční čas [min] IP RPLC C18 ph = 10.](/docs-images/46/8959355/images/page_13.jpg "0 retenční čas [min] SEC retenční čas [min] retenční")
14 elektromigrace gelová elektroforéza kvalitní, ale omezená separace (M W, pi) :extrémy pi am W využití :nepřímé spojení GE MS :přímé spojení :: kolonová kl áge (CEGE) problémy se zpracováním gelu kapilární zónová elektroforéza adsorpce na stěny separačního kanálu : řešení CGE (fyz fyz.ichem chem.gely) malá kapacita, nástřik cca 20 nl využití první rozměr spojených technik : nutný kapalinový spoj před MS : nebo záchytová kolona 14
15 izoelektrická fokusace mimo gel (LP IEF IEF; liquid id phase IEF) separační cely napětí elektroda : peptidově/proteinově specifické :spíše frakcionace než separace :artefakty vms (amfolyty?) y gelový proužek s amfolyty ph gradient cely prostorově pokrývají různá pi využití :nepřímé spojení sms proteiny s různým pi skončí v různých celách kapilární elektrochromatografie : vysoká kapacita separace a vyšší rozlišení (oproti RP) :větší nástřik átřik (oproti ticze) : technicky náročné (kolony) 15
16 spojené separační techniky techniky (hyphenated techniques) kompatibilita :principiální i iál : zvláštní rozhraní : rozpouštědlová :: např. kapalinový spoj komplementarita rozměrů (orthogonality orthogonality) SEC CZE LP IEF IEF SCX SCX RPLC RPLC MS :: frakcionace (20 frakcí) :: frakcionace (7 frakcí z každé LP IEF frakce) :: separace (každé SCX frakce) 16
17 predikce separačních vlastností na základě sekvence komplexnost vzorku, nízká íká množství proteinu, ionizace i najdeme náš peptid? retenční/migrační čas (t R /t m ) :závisí na chemickém složení;ak sekvenci známe li sekvenci, odhadneme retenční čas :větší pravděpodobnost nalezení kvantifikačního peptidu jak t R /t m odhadneme? : numerické modelování (hard modelling) : poloaproximační modelování (semi semi hard modelling) :: SSRCalc, LCMSWARP, ScoreRidge, SVR :aproximační modelování (soft modelling) :: umělé neuronové sítě (ANN) 17
18 molekulové deskriptory : délka peptidu, počet AK :molekulová hmotnost (M W ) :hydrofobicita (HydroMCalc HydroMCalc) :hydrofobní moment (µh; HyperChem) :logaritmus teoreticky vypočítaného rozdělovacího koeficientu n oktanol oktanol/voda (logp logp; Molinspiration) :van der Waalsůvobjem (VvdW VvdW) : objem molekuly dostupný rozpouštědlu (VSA) optimální deskriptory a ANN (chyba předpovědi p 12 %) : struktura sítě : aminokyselinové složení :délka peptidu :logp : hydrofobicita : zadání 1.AK zn ac konce (rozdělení do 7 skupin) 18
19 nějaký jednoznačný závěr? spíše ne : unikátnost jednotlivých směsí proteinů/peptidů :: unikátnost separačních řešení nic obecného : rady, kterými neprohloupíme :: jednodušší směsi (desítky proteinů) ::: separujme až tryptické peptidy :: složité směsi (desítky až tisíce proteinů) ::: proteinová frakcionace původní směsi (IP RPLC RPLC, SEC, HILIC) apak separace tryptických peptidů frakce (IP RPLC) ::: 1Dtryptických peptidů původní směsi (HILIC, IP RPLC RPLC(b) (b), SCX) apak komplementární 2D(IP (IP RPLC RPLC(a) (a)) :: přednost mezi MS mají analyzátory QqQ, FTICR aot sesi 19
20 20
21 děkuji za pozornost finanční podpora GA ČR MŠMT GA /09 09/ MSM , MSM
Pražské analytické centrum inovací Projekt CZ / /0002 spolufinancovaný ESF a Státním rozpočtem ČR
Pražské analytické centrum inovací Projekt CZ.04.3.07/4.2.01.1/0002 spolufinancovaný ESF a Státním rozpočtem ČR SEPARACE PROTEINŮ Preparativní x analytická /měřítko, účel/ Zvláštnosti dané povahou materiálu
Klinická a farmaceutická analýza. Petr Kozlík Katedra analytické chemie
Klinická a farmaceutická analýza Petr Kozlík Katedra analytické chemie e-mail: kozlik@natur.cuni.cz http://web.natur.cuni.cz/~kozlik/ 1 Spojení separačních technik s hmotnostní spektrometrem Separační
Separační metody používané v proteomice
Separační metody používané v proteomice Proteome = komplexní směsi proteinů Lidská buňka 10,000 typů proteinů Rozdíl v koncentraci 10 6,plasma10 9 Nutnost separace, frakcionace Na úrovni Proteinů Obtížně
Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti ELEKTROMIGRAČNÍ METODY
Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti ELEKTROMIGRAČNÍ METODY ELEKTROFORÉZA K čemu to je? kritérium čistoty preparátu stanovení molekulové hmotnosti makromolekul stanovení izoelektrického
Vysokoúčinná kapalinová chromatografie
Vysokoúčinná kapalinová chromatografie HPLC High Performance Liquid Chromatography Vysokoúčinná...X... Vysoceúčinná kapalinová chromatografie RRLC Rapid Resolution Liquid Chromatography Rychle rozlišovací
Chromatofokusace. separace proteinů na základě jejich pi vysoké rozlišení. není potřeba připravovat ph gradient zaostřovací efekt jednoduchost
Chromatofokusace separace proteinů na základě jejich pi vysoké rozlišení není potřeba připravovat ph gradient zaostřovací efekt jednoduchost Polypufry - amfolyty Stacionární fáze Polybuffer 96 - ph 9-6
HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE
HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE A MOŽNOSTI JEJÍHO SPOJENÍ SE SEPARAČNÍMI METODAMI SEPARACE chromatografie CGC, GC x GC HPLC, UPLC, UHPLC, CHIP-LC elektromigrační m. CZE, CITP INTERFACE SPOJENÍ x ROZHRANÍ GC vyhřívaná
LABORATOŘ OBORU I ÚSTAV ORGANICKÉ TECHNOLOGIE (111) Použití GC-MS spektrometrie
LABORATOŘ OBORU I ÚSTAV ORGANICKÉ TECHNOLOGIE (111) C Použití GC-MS spektrometrie Vedoucí práce: Doc. Ing. Petr Kačer, Ph.D., Ing. Kamila Syslová Umístění práce: laboratoř 79 Použití GC-MS spektrometrie
MENÍ A INTERPRETACE SPEKTER BIOMOLEKUL. Miloslav Šanda
MENÍ A INTERPRETACE SPEKTER BIOMOLEKUL Miloslav Šanda Ionizaní techniky využívané k analýze biomolekul (biopolymer) MALDI : proteiny, peptidy, oligonukleotidy, sacharidy ESI : proteiny, peptidy, oligonukleotidy,
Principy chromatografie v analýze potravin
Principy chromatografie v analýze potravin živočišného původu p Ivana Borkovcová Ústav hygieny a technologie mléka FVHE VFU Brno, borkovcovai@vfu.cz Úvod, základní pojmy chromatografické systémy dělení
Indentifikace molekul a kvantitativní analýza pomocí MS
Indentifikace molekul a kvantitativní analýza pomocí MS Identifikace molekul snaha určit molekulovou hmotnost, sumární složení, strukturní části molekuly (funkční skupiny, aromatická jádra, alifatické
Vysokoúčinná kapalinová chromatografie. Petr Kozlík Katedra analytické chemie
Vysokoúčinná kapalinová chromatografie Petr Kozlík Katedra analytické chemie e-mail: kozlik@natur.cuni.cz http://web.natur.cuni.cz/~kozlik/ 1 Vysokoúčinná kapalinová chromatografie Teorie HPLC Praktické
: nízkokroková nízkokroková ( a al a ýza analýza analýza komplexního komplexního vzorku proteinů protein /peptid
přímá kvantitativní analýza v HPLC MS (bez izotopového otopoého značení) Jan Havliš Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta, Brno Ústav experimentální biologie : Oddělení funkční genomikya proteomiky
Hmotnostní spektrometrie
Hmotnostní spektrometrie Princip: 1. Ze vzorku jsou tvořeny ionty na úrovni molekul, nebo jejich zlomků (fragmentů), nebo až volných atomů dodáváním energie, např. uvolnění atomů ze vzorku nebo přímo rozštěpení
Hmotnostní detekce v separačních metodách
Hmotnostní detekce v separačních metodách MC230P83 2/1 Z+Zk 4 kredity doc. RNDr. Josef Cvačka, Ph.D. Mgr. Martin Hubálek, Ph.D. Ústav organické chemie a biochemie AVČR, v.v.i. Flemingovo nám. 2, 166 10
Chromatografie. Petr Breinek
Chromatografie Petr Breinek Chromatografie-I 2012 Společným znakem všech chromatografických metod je kontinuální dělení složek analyzované směsi mezi dvěma fázemi. Pohyblivá fáze (mobilní), eluent Nepohyblivá
Chromatografie na čipech
Trendy v HPLC Josef Cvačka, 19. 12. 2016 Chromatografie na čipech https://www.asme.org/ CHROMATOGRAFIE NA ČIPECH Miniaturizace separačních systémů Mikrofluidní čipy Mikrofabrikace Chromatografické mikrofluidní
Gelová permeační chromatografie
Gelová permeační chromatografie (Gel Permeation Chromatography - GPC) - separační a čisticí metoda - umožňuje separaci skupin sloučenin s podobnou molekulovou hmotností (frakcionace) - analyty jsou po
Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti CHROMATOGRAFIE
Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti CHROMATOGRAFIE Chromatografie co je to? : široká škála fyzikálních metod pro analýzu nebo separaci komplexních směsí proč je to super?
Analytická technika HPLC-MS/MS a možnosti jejího využití v hygieně
Analytická technika HPLC-MS/MS a možnosti jejího využití v hygieně Šárka Dušková 24. září 2015-61. konzultační den Hodnocení expozice chemickým látkám na pracovištích 1 HPLC-MS/MS HPLC high-performance
HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE - kvalitativní i kvantitativní detekce v GC a LC - pyrolýzní hmotnostní spektrometrie - analýza polutantů v životním
HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE - kvalitativní i kvantitativní detekce v GC a LC - pyrolýzní hmotnostní spektrometrie - analýza polutantů v životním prostředí - farmakokinetické studie - kvantifikace proteinů
Vysokoúčinná kapalinová chromatografie. Petr Kozlík Katedra analytické chemie
Vysokoúčinná kapalinová chromatografie Petr Kozlík Katedra analytické chemie e-mail: kozlik@natur.cuni.cz 1 Aplikace HPLC Analýza složek životního prostředí Toxikologie Potravinářská analýza Farmaceutická
CRH/NPU I - Systém pro ultraúčinnou kapalinovou chromatografii (UHPLC) ve spojení s tandemovým hmotnostním spektrometrem (MS/MS)
ODŮVODNĚNÍ VEŘEJNÉ ZAKÁZKY v souladu s 156 zákona č. 137/2006, Sb., o veřejných zakázkách, ve znění pozdějších předpisů Nadlimitní veřejná zakázka na dodávky zadávaná v otevřeném řízení v souladu s ust.
Vysokoúčinná kapalinová chromatografie
Příprava materiálu byla podpořena projektem OPPA č. CZ.2.17/3.1.00/33253 Vysokoúčinná kapalinová chromatografie Autorský kolektiv ústavu 402 VŠCHT Praha Část 1, Úvod Vysokoúčinná kapalinová chromatografie
CHROMATOGRAFIE ÚVOD Společný rys působením nemísících fází: jedna fáze je nepohyblivá (stacionární), druhá pohyblivá (mobilní).
CHROMATOGRAFIE ÚOD Existují různé chromatografické metody, viz rozdělení metod níže. Společný rys chromatografických dělení: vzorek jako směs látek - složek se dělí na jednotlivé složky působením dvou
SPE je metoda vhodná pro rychlou přípravu vzorků, která užívá
Extrakce na pevné fázi (SPE) Příprava předmětu byla podpořena projektem OPPA č. CZ.2.17/3.1.00/33253 Extrakce na pevné fázi (SPE) (Solid Phase Extraction) SPE je metoda vhodná pro rychlou přípravu vzorků,
ÚSTAV CHEMIE A ANALÝZY POTRAVIN
VYSOKÁ ŠKOLA CHEMICKO-TECHNOLOGICKÁ V PRAZE ÚSTAV CHEMIE A ANALÝZY POTRAVIN Technická 5, 166 28 Praha 6 tel./fax.: + 420 220 443 185; jana.hajslova@vscht.cz LABORATOŘ Z ANALÝZY POTRAVIN A PŘÍRODNÍCH PRODUKTŮ
laktoferin BSA α S2 -CN α S1 -CN Popis: BSA bovinní sérový albumin, CN kasein, LG- laktoglobulin, LA- laktalbumin
Aktivita KA 2340/4-8up Stanovení bílkovin v mléce pomocí SDS PAGE (elektroforéza na polyakrylamidovém gelu s přídavkem dodecyl sulfátu sodného) vypracovala: MVDr. Michaela Králová, Ph.D. Princip: Metoda
APLIKOVANÉ ELEKTROMIGRAČNÍ METODY
APLIKOVANÉ ELEKTROMIGRAČNÍ METODY Princip: migrace elektricky nabitých částic v elektrickém poli Druhy iontů: +, -, obojaký (zwitterion), vícenásobný Typy migrace: a) přímá migrují ionty analytů b) nepřímá
Analýza kofeinu v kávě pomocí kapalinové chromatografie
Analýza kofeinu v kávě pomocí kapalinové chromatografie Kofein (obr.1) se jako přírodní alkaloid vyskytuje v mnoha rostlinách (např. fazolích, kakaových bobech, černém čaji apod.) avšak nejvíce je spojován
Vysokoúčinná kapalinová chromatografie Trendy
Vysokoúčinná kapalinová chromatografie Trendy Josef Cvačka, 26. 11. 2018 Chromatografie na čipech https://www.asme.org/ CHROMATOGRAFIE NA ČIPECH Miniaturizace separačních systémů Mikrofluidní čipy Mikrofabrikace
HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE
HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE MASS SPECTROMETRY (MS) Alternativní názvy (spojení s GC, LC, CZE, ITP): Hmotnostně spektrometrický (selektivní) detektor Mass spectrometric (selective) detector (MSD) Spektrometrie
Metody separace. přírodních látek
Metody separace přírodních látek (5) Chromatografie; základní definice a klasifikace ruzných metod; kapalinová chromatografie, plynová chromatografie, přístrojová technika. Chromatografie «F(+)d» 1897
Separační metody Historie: Rozvoj separačních metod od minulého století Postavení separačních metod v rámci analytické chemie Význam chromatografie a
Úvod do separačních metod pro analýzu léčiv Příprava předmětu byla podpořena projektem OPP č. CZ..7/3..00/3353 Separační metody Historie: Rozvoj separačních metod od minulého století Postavení separačních
VÍCEROZMĚRNÉ SEPARACE V KAPALNÉ FÁZI
VYSOKÉ UČENÍ TECHNICKÉ V BRNĚ BRNO UNIVERSITY OF TECHNOLOGY FAKULTA CHEMICKÁ ÚSTAV CHEMIE A TECHNOLOGIE OCHRANY ŽIVOTNÍHO PROSTŘEDÍ FACULTY OF CHEMISTRY INSTITUTE OF CHEMISTRY AND TECHNOLOGY OF ENVIRONMENTAL
PLYNOVÁ CHROMATOGRAFIE (GC)
PLYNOVÁ CHROMATOGRAFIE (GC) Dělení látek mezi stacionární a mobilní fázi na základě rozdílů v těkavosti a struktuře (separované látky vykazují rozdílnou chromatografickou afinitu) Metoda vhodná pro látky:
Přístupy k analýze opticky aktivních látek metodou HPLC
Přístupy k analýze opticky aktivních látek metodou HPLC Karel Lemr Katedra analytické chemie, Přírodovědecká fakulta Univerzity Palackého tř. Svobody 8, 771 46 Olomouc lemr@prfnw.upol.cz Zentiva, Praha,
Analýza aniontových tenzidů v čisticích prostředcích kapilární elektroforézou
Analýza aniontových tenzidů v čisticích prostředcích kapilární elektroforézou Úkol: Pomocí kapilární elektroforézy v nevodném prostředí semikvantitativně stanovte vybrané aniontové tenzidy v čisticím prostředku.
Diagnostika bronchiálního. ho astmatu HPLC/MS analýzou. Kamila Syslová Ústav organické technologie
Diagnostika bronchiálního ho astmatu HPLC/MS analýzou Kamila Syslová Ústav organické technologie Bronchiální astma Civilizační onemocnění rostoucí počet případů snižující se věková hranice prvních projevů
INTERPRETACE HMOTNOSTNÍCH SPEKTER
INTERPRETACE HMOTNOSTNÍCH SPEKTER Hmotnostní spektrometrie hmotnostní spektrometrie = fyzikálně chemická metoda založená na rozdělení hmotnosti iontů v plynné fázi podle jejich poměru hmotnosti a náboje
Elektromigrační metody
Elektromigrační metody Princip: molekuly nesoucí náboj se pohybují ve stejnosměrném elektrickém Arne Tiselius rozdělil proteiny krevního séra na základě jejich rozdílných rychlostí pohybu v elektrickém
Co je proteomika? Proteom? Protein? Experimentální strategie proteomiky Vlastnosti AMK a proteinů
2018 Co je proteomika? Proteom? Protein? Experimentální strategie proteomiky Vlastnosti AMK a proteinů METODY PRÁCE S PROTEINY dezintegrace, lyzace, frakcionace detergenty srážení, precipitace, denaturace
Hmotnostní spektrometrie. Historie MS. Schéma MS
Hmotnostní spektrometrie MS mass spectrometry MS je analytická technika, která se používá k měření poměru hmotnosti ku náboji (m/z) u iontů původně studium izotopového složení dnes dynamicky se vyvíjející
LC/MS a CE/MS v proteomické analýze
LC/MS a CE/MS v proteomické analýze OBSAH Příklad jednoduché analýzy Separční techniky MS techniky Identifikace proteinů Určení molekulové hmotnosti Analytická výzva Mgr. Martin Hubálek, Ph.D. Ústav organické
Laboratoř ze speciální analýzy potravin II. Úloha 3 - Plynová chromatografie (GC-MS)
1 Úvod... 1 2 Cíle úlohy... 2 3 Předpokládané znalosti... 2 4 Autotest základních znalostí... 2 5 Základy práce se systémem GC-MS (EI)... 3 5.1 Parametry plynového chromatografu... 3 5.2 Základní charakteristiky
Název: Vypracovala: Datum: 7. 2. 2014. Zuzana Lacková
Název: Vypracovala: Zuzana Lacková Datum: 7. 2. 2014 Reg.č.projektu: CZ.1.07/2.4.00/31.0023 Název projektu: Partnerská síť centra excelentního bionanotechnologického výzkumu MĚLI BYCHOM ZNÁT: informace,
Separační metody v analytické chemii. Kapalinová chromatografie (LC) - princip
Kapalinová chromatografie (LC) - princip Kapalinová chromatografie (Liquid chromatography, zkratka LC) je typ separační metody, založené na rozdílné distribuci dělených látek ve směsi mezi dvě různé nemísitelné
Jednotné pracovní postupy zkoušení krmiv STANOVENÍ OBSAHU MELAMINU A KYSELINY KYANUROVÉ METODOU LC-MS
Národní referenční laboratoř Strana 1 STANOVENÍ OBSAHU MELAMINU A KYSELINY KYANUROVÉ METODOU LC-MS 1 Rozsah a účel Postup je určen pro stanovení obsahu melaminu a kyseliny kyanurové v krmivech. 2 Princip
Vysokoúčinná kapalinová chromatografie. Petr Kozlík Katedra analytické chemie
Vysokoúčinná kapalinová chromatografie Petr Kozlík Katedra analytické chemie e-mail: kozlik@natur.cuni.cz 1 Sylabus přednášky: Praxe v HPLC Mobilní fáze Chromatografická kolona Spoje v HPLC Vývoj chromatografické
Přehled pedagogické činnosti
Přehled pedagogické činnosti Pavel Coufal Akademický rok 1994/1995 Analytické praktikum II (kata) LS 0/6 Z cvičení podíl 33% Analytické praktikum (ožp) LS 0/3 Z cvičení podíl 50% Akademický rok 1995/1996
Hmotnostní detekce biologicky významných sloučenin pro biotechnologie část 3 - Provedení štěpení proteinů a následné analýzy,
Laboratoř Metalomiky a Nanotechnologií Hmotnostní detekce biologicky významných sloučenin pro biotechnologie část 3 - Provedení štěpení proteinů a následné analýzy, vyhodnocení výsledků, diskuse Anotace
VYSOKOÚČINNÁ KAPALINOVÁ CHROMATOGRAFIE ZADÁNÍ ÚLOHY
VYSOKOÚČINNÁ KAPALINOVÁ CHOMATOGAFIE ZADÁNÍ ÚLOHY Metodou vysokoúčinné kapalinové chromatografie separujte směs s-triazinových herbicidů, sledujte vliv složení mobilní fáze na separaci. Proveďte kvalitativní
Chromatografie. Petr Breinek. Chromatografie_2011 1
Chromatografie Petr Breinek Chromatografie_2011 1 Společným znakem všech chromatografických metod je kontinuální rozdělování složek analyzované směsi vzorku mezi dvěma fázemi. Nepohyblivá fáze (stacionární
No. 1- určete MW, vysvětlení izotopů
No. 1- určete MW, vysvětlení izotopů ESI/APCI + 325 () 102 (35) 327 (33) 326 (15) 328 (5) 150 200 250 300 350 400 450 500 ESI/APCI - 323 () 97 (51) 325 (32) 324 (13) 326 (6) 150 200 250 300 350 400 450
Látky obsahují aminoskupinu
Látky obsahují aminoskupinu pro aminy a aminokyseliny se běžně používají derivatizace (viz kapitola o derivatizaci), peptidy lze detekovat přímo při krátkých UV vlnových délkách (amidická vazba 200 nm),
Iontové zdroje II. Iontový zdroj. Data. Vzorek. Hmotnostní analyzátor. Zdroj vakua. Iontové zdroje pracující za sníženého tlaku
Iontové zdroje II. Iontové zdroje pracující za sníženého tlaku Elektronová/chemická ionizace Iontové zdroje pro spojení s planárními separacemi Ionizace laserem za účasti matrice Ambientní ionizační techniky
Trendy v moderní HPLC
Trendy v moderní HPLC Josef Cvačka, 5.1.2011 CHROMATOGRAFIE NA ČIPECH Miniaturizace separačních systémů Mikrofluidní čipy Mikrofabrikace Chromatografické mikrofluidní čipy s MS detekcí Praktické využití
IMUNOANALÝZA elektroforetické separační metody. 3. ročník Klinická biologie a chemie
IMUNOANALÝZA elektroforetické separační metody 3. ročník Klinická biologie a chemie Princip elektroforézy I. Separační metoda využívající různé pohyblivosti různých iontů (složek směsi) ve stejnosměrném
mobilní fáze pohyblivá - obsahuje dělené látky, které mají různou afinitu ke stacionární fázi.
separační metody Chromatografické metody Distribuce látky mezi dvě fáze: stacionární fáze nepohyblivá - ukotvený materiál mobilní fáze pohyblivá - obsahuje dělené látky, které mají různou afinitu ke stacionární
Spojení hmotové spektrometrie se separačními metodami
Spojení hmotové spektrometrie se separačními metodami RNDr. Radomír Čabala, Dr. Katedra analytické chemie Přírodovědecká fakulta Univerzita Karlova Praha Spojení hmotové spektrometrie se separačními metodami
Vysokoúčinná kapalinová chromatografie High-Performance Liquid Chromatography (HPLC) Příprava předmětu byla podpořena projektem OPPA č. CZ.2.17/3.1.00/33253 Kapalinová chromatografie (LC) 1.1. Teorie kapalinové
Hmotnostní spektrometrie - Mass Spectrometry (MS)
Hmotnostní spektrometrie - Mass Spectrometry (MS) Další pojem: Hmotnostně spektrometrický (selektivní) detektor - Mass spectrometric (selective) detector (MSD) Spektrometrie - metoda založená na interakci
Hydrofobní chromatografie
Hydrofobní chromatografie Hydrofobicita proteinu insulin malwmrllpl lallalwgpd paaafvnqhl cgshlvealy lvcgergffy tpktrreaed lqvgqvelgg gpgagslqpl alegslqkrg iveqcctsic slyqlenycn vliv soli na protein Stacionární
Stručný úvod ke cvičnému programu purifikace proteinů:
Stručný úvod ke cvičnému programu purifikace proteinů: zopakovaní základních principů a postupů Mirka Šafaříková Tel. 38777 5627 mirkasaf@usbe.cas.cz Na Sádkách 7, 1. patro, č. dveří 140 Acidobazické rovnováhy
Název: Vypracovala: Datum: Zuzana Lacková. záleží na tom, co chceme dělat 1) METHALOTIONEIN 2) GFP
Název: Vypracovala: Zuzana Lacková Datum: 7. 2. 2014 Reg.č.projektu: CZ.1.07/2.4.00/323 Název projektu: Partnerská síť centra excelentního bionanotechnologického výzkumu MĚLI BYCHOM ZNÁT: informace, které
PEPTIDY A BÍLKOVINY. Kapalinová chromatografie peptidů a bílkovin
PEPTIDY A BÍLKOVINY Obsah kapitoly Separace peptidů a bílkovin : kapalinová chromatografie Možnosti detekce peptidů a bílkovin Separace peptidů a bílkovin: elektromigrační metody Hmotnostní spektrometrie
Teorie chromatografie - I
Teorie chromatografie - I Veronika R. Meyer Practical High-Performance Liquid Chromatography, Wiley, 2010 http://onlinelibrary.wiley.com/book/10.1002/9780470688427 Příprava předmětu byla podpořena projektem
Možnosti využití elektromigračních technik při studiu vlastností mikroorganismů. Anna Kubesová
Možnosti využití elektromigračních technik při studiu vlastností mikroorganismů Anna Kubesová Osnova Candida Kapilární elektromigrační techniky Výsledky Závěr Planární elektromigrační techniky Výsledky
LABORATOŘ ANALÝZY POTRAVIN A PŘÍRODNÍCH PRODUKTŮ. Stanovení těkavých látek
LABORATOŘ ANALÝZY POTRAVIN A PŘÍRODNÍCH PRODUKTŮ Stanovení těkavých látek (metoda: plynová chromatografie s hmotnostně spektrometrickým detektorem) Garant úlohy: doc. Ing. Jana Pulkrabová, Ph.D. 1 OBSAH
LABORATOŘ ANALÝZY POTRAVIN A PŘÍRODNÍCH PRODUKTŮ
LABORATOŘ ANALÝZY POTRAVIN A PŘÍRODNÍCH PRODUKTŮ STANOVENÍ BIOLOGICKY AKTIVNÍCH LÁTEK POMOCÍ VYSOKOÚČINNÉ CHROMATOGRAFIE VE SPOJENÍ S HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIÍ (LC-MS) Garant úlohy: Ing. Vojtěch Hrbek 1
Základy hmotnostní spektrometrie
Základy hmotnostní spektrometrie Hmotnostní spektrometrie Spektrometrické metody metody založen ené na interakci hmoty a záenz ení Hmotnostní spektrometrie je fyzikáln ln chemická metoda, která využívá
Tento rámcový přehled je určen všem studentům zajímajícím se o aktivní vědeckou práci.
Tento rámcový přehled je určen všem studentům zajímajícím se o aktivní vědeckou práci. Konkrétní témata bakalářských a diplomových prací se odvíjejí od jednotlivých projektů uvedených dále. Ústav analytické
Zdroje iont používané v hmotnostní spektrometrii. Miloslav Šanda
Zdroje iont používané v hmotnostní spektrometrii Miloslav Šanda Ionizace v MS Hmotnostní spektrometrie je fyzikáln chemická metoda, pi které se provádí separace iont podle jejich hmotnosti a náboje m/z
Afinitní kapilární elektroforéza
Pražské analytické centrum inovací Projekt CZ.04.3.07/4.2.01.1/0002 spolufinancovaný ESF a Státním rozpočtem ČR Afinitní kapilární elektroforéza Věra Pacáková a Tereza Vařilová PřF UK Praha Obsah 1. Úvod
Úvod do vysokoúčinné kapalinové chromatografie
Úvod do vysokoúčinné kapalinové chromatografie Josef Cvačka, 1. 10. 2018 Chromatografické techniky převzato z M.Klusáčková: Chromatografie Královna analýz Vysokoúčinná kapalinová chromatografie Vysokoúčinná
SBORNÍK PŘÍSPĚVKŮ. XXXVIII. Symposium o nových směrech výroby a hodnocení potravin Skalský Dvůr
SBORNÍK PŘÍSPĚVKŮ XXXVIII. Symposium o nových směrech výroby a hodnocení potravin 21. 23. 5. 2007 Skalský Dvůr Ed. Holasová M., Fiedlerová V., Špicner J. VÚPP, Praha 2007 ISSN 1802-1433 RYCHLÉ METODY PRO
Základy hmotnostní spektrometrie
Základy hmotnostní spektrometrie Lenka Hernychová e-mail: hernychova@pmfhk.cz Ústav molekulární patologie, Fakulta vojenského zdravotnictví, Universita obrany Hradec Králové Historie Koichi Tanaka vyvinul
Kombinované techniky
Kombinované techniky Separace/izolace složek Identifikace frakcí Kvantifikace složek Řešení multidisciplinární přístup - postupná aplikace metod simultánní přístup spřažené techniky pomlčkové techniky
Struktura proteinů. - testík na procvičení. Vladimíra Kvasnicová
Struktura proteinů - testík na procvičení Vladimíra Kvasnicová Mezi proteinogenní aminokyseliny patří a) kyselina asparagová b) kyselina glutarová c) kyselina acetoctová d) kyselina glutamová Mezi proteinogenní
Chromatografie polymerů III.: IC+LC CC+LC LC. FFF-Field flow fractionation (Frakcionace tokem v silovém poli)
Přednáška 3 Chromatografie polymerů III.: IC+LC CC+LC LC FFF-Field flow fractionation (Frakcionace tokem v silovém poli) Studijní opora pro studenty registrované v akademickém roce 2013/2014 na předmět:
DETEKTORY pro kapalinovou chromatografii. Izolační a separační metody, 2018
DETEKTORY pro kapalinovou chromatografii Izolační a separační metody, 2018 Detektory v kapalinové chromatografii Typ detektoru Zkratka Měřená veličina Refraktometrický detektor RID index lomu Spektrofotometrický
Elektromigrační metody
Elektromigrační metody Separační techniky Separace je selektivní převod látek mezi fázemi systému, nebo jejich rozdělení v jedné fázi v určitém směru. Separační techniky Rovnovážné techniky Nerovnovážné
Při reálném chromatografickém ději nikdy nedojde k ustavení rovnováhy mezi oběma fázemi První ucelená teorie respektující uvedenou skutečnost byla
Teorie chromatografie - III Příprava předmětu byla podpořena projektem OPPA č. CZ.2.17/3.1.00/33253 4.3.3 Teorie dynamická Při reálném chromatografickém ději nikdy nedojde k ustavení rovnováhy mezi oběma
jako markeru oxidativního
Monitoring koncentrace 8-isoprostanu jako markeru oxidativního stresu v kondenzátu vydechovaného vzduchu Lukáš Chytil Ústav organické technologie Úvod Cíl: - nalezení vhodného analytické metody pro analýzu
Identifikace proteinu (z gelu nebo z roztoku)
LC/MS a CE/MS v proteomické analýze OBSAH Příklad jednoduché analýzy Separční techniky MS techniky Identifikace proteinů Určení molekulové hmotnosti Analytická výzva Mgr. Martin Hubálek, Ph.D. Ústav organické
10. Tandemová hmotnostní spektrometrie. Princip tandemové hmotnostní spektrometrie
10. Tandemová hmotnostní spektrometrie Princip tandemové hmotnostní spektrometrie Informace získávané při tandemové hmotnostní spektrometrii Možné způsoby uspořádání tandemové HS a/ scan fragmentů vzniklých
Chromatografie Královna analýz
Chromatografie Královna analýz Monika Klusáčková monika.klusackova@jh-inst.cas.cz Ústav fyzikální chemie J.Heyrovského, AVČR, v.v.i. Analytická chemie Jaké látky se nachází ve vzorku? kvalitativní složení
Kapalinová chromatografie ve spojení s hmotnostní detekcí ( LC-MS )
Úloha do laboratorního cvičení - Speciální metody Kapalinová chromatografie ve spojení s hmotnostní detekcí ( LC-MS ) Analýza bílého vína: stanovení organických kyselin Teoretická část úlohy: Chemické
Dvoudimenzionální elektroforéza
Rozvoj týmu pro výuku, výzkum a aplikace v oblasti funkční genomiky a proteomiky (CZ.1.07/2.3.00/09.0132) Dvoudimenzionální elektroforéza Hana Konečná Oddělení funkční genomiky a proteomiky ÚEB PřF MU
Příprava vzorků pro proteomickou analýzu
Příprava vzorků pro proteomickou analýzu 1) Úvod Proteomické analýzy mohou být naprosto odlišné cíle... Detekce změn v mozkové kůře při Alzheimerově chorobě Identifikace plazmatických markerů karcinomu
SYNTETICKÉ OLIGONUKLEOTIDY
Oddělení funkční genomiky a proteomiky Přírodovědecká fakulta Masarykovy university SYNTETICKÉ OLIGONUKLEOTIDY Hana Konečná CENTRÁLNÍ LABORATOŘ Masarykovy Univerzity v Brně ODDĚLENÍ FUNKČNÍ GENOMIKY A
Detekce a detektory část 2
Detekce a detektory část 2 Ivan Mikšík Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i. Praha Spojení (spřažení) hmotnostní spektrometrie a separačních technik Analýza složitých směsí (nejdříve separace, poté analýza)
Metody práce s proteinovými komplexy
Metody práce s proteinovými komplexy Zora Nováková, Zdeněk Hodný Proteinové komplexy tvořeny dvěma a více proteiny spojenými nekovalentními vazbami Van der Waalsovy síly vodíkové můstky hydrofobní interakce
Problémy v kapalinové chromatografii. Troubleshooting
Problémy v kapalinové chromatografii Troubleshooting Problémy v HPLC Většinu problémů, které se vyskytují při separaci látek na chromatografické koloně můžeme vyčíst již z pouhého průběhu základní linie,
Průtokové metody (Kontinuální měření v proudu kapaliny)
Průtokové metody (Kontinuální měření v proudu kapaliny) 1. Přímé měření: analyzovaná kapalina většinou odvětvena + vhodný detektor 2. Kapalinová chromatografie (HPLC) Stanovení po předchozí separaci 3.
Chirální separace v CE
Chirální separace v CE Chiralitu vykazují jak organické sloučeniny tak anorganické sloučeniny. Projevuje se existencí dvou konstitučně identických molekul (enantiomerů), které se liší pouze ve vzájemném
Porovnání metod atomové spektrometrie
Porovnání metod atomové spektrometrie ACH/APAS David MILDE, 2017 Úvod Metody našeho zájmu: plamenová atomizace v AAS (FA-AAS) elektrotermická atomizace v AAS (ETA-AAS, GF-AAS) ICP-OES ICP-MS Výhody a nevýhody