Uplatnění proteomiky v molekulární klasifikaci meduloblastomu Lenka Hernychová

Transkript

1 Uplatnění proteomiky v molekulární klasifikaci meduloblastomu Lenka Hernychová Masarykův onkologický ústav Regionální centrum aplikované molekulární onkologie

2 Meduloblastom (MD) - embryonální neuroektodermální tumor mozečku - agresivní, metastázující - postihuje hlavně děti - ročně v ČR onemocní dětí Převzato z - léčba chirurgická, chemoterapeutická, fotonová nebo protonová radioterapie, imunoterapie

3 Molekulární podtypy MD Rozdělení do 4 základních molekulárních podskupin na základě transkriptomických a epigenetických dat - mají charakteristické molekulární signatury a klinické rysy - odlišný věk dětí - různá prognóza - moderní diagnostika (CT, MRI, aplikace molekulárněbiologických metod) Taylor MD et al, Acta Neuropathol 2012

4 Molekulární podtypy MD Cavalli et al., 2017, Cancer Cell 31,

5 Molekulární podtypy MD Cavalli et al., 2017, Cancer Cell 31,

6 Příprava vzorků - workflow Tkáně (mozek-meduloblastom) Lýza pufr (8M močovina), sonikace, mražení v kapalném dusíku, centrifugace Stanovení koncentrace proteinů (BCA) Proteolytické štěpení FASP (trypsin, Lys-C), koncentrace proteinů 100 mg Stanovení koncentrace peptidů TMT značení, koncentrace peptidů 25 mg, smíchání, frakcionace peptidů (vysoké ph C18)

7 Měření na hmotnostním spektrometru MD vzorky GR3 GR3 GR3 GR4 GR4 GR4 GR4 GR4 GR4 GR4 TMT značky N 127C 128N 128C 129N 129C 130N 130C 131 MIX Frakcionace

8 Hodnocení výsledků Volcano plot 17 down 18 up

9 Hodnocení výsledků Porovnání Skupina 4/Skupina 3 Zvýšená hladina proteinu Uniprot Gene Název P47972 NPTX2 Neuronal pentraxin C9J2B6 UNC5D Netrin receptor P43146 DCC Netrin receptor P15924 DSP Desmoplakin Q96E17 RAB3C Ras-related protein Rab-3C Snížená hladina proteinu Uniprot Gene Název P20839 IMPDH1 Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase 1 O00425 IGF2BP3 Insulin-like growth factor 2 mrna-binding protein 3 C9J798 RASA4B Ras GTPase-activating protein P29373 CRABP2 Cellular retinoic acid-binding protein 2 Q03135 CAV1 Caveolin-1

10 Hodnocení výsledků Porovnání Skupina 4/Skupina 3 Zvýšená hladina proteinu Uniprot Gene Název P47972 NPTX2 Neuronal pentraxin C9J2B6 UNC5D Netrin receptor P43146 DCC Netrin receptor P15924 DSP Desmoplakin Q96E17 RAB3C Ras-related protein Rab-3C IGF2BP3 UNC5D RAB3C Snížená hladina proteinu Uniprot Gene Název P20839 IMPDH1 Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase 1 O00425 IGF2BP3 Insulin-like growth factor 2 mrna-binding protein 3 C9J798 RASA4B Ras GTPase-activating protein P29373 CRABP2 Cellular retinoic acid-binding protein 2 Q03135 CAV1 Caveolin-1

11 Hodnocení výsledků Netrin receptor Databáze R2 (Genomics Analysis and Visualization Platform) GR3 GR4 Insulin-like growth factor 2 GR3 GR4

12 Proteogenomika Genomika Transkriptomika Proteomika DNA sekvenování RNA sekvenování LC-MS/MS Databáze lokus kódující nový protein lncrna gen gen kódující protein pseudogen Převzato z VOL.11 NO.11 NOVEMBER 2014 nature methods

13 Souhrn Proteomické přístupy lze uplatnit v molekulární klasifikaci meduloblastomu Byly identifikovány signifikantně zvýšené i snížené hladiny proteinů rozlišující molekulární podskupiny GR3 a GR4 Proteomické výsledky byly porovnány s transkriptomickými daty v databázi R2 U všech genů byl zaznamenán stejný trend změny exprese na úrovni mrna Dalším krokem bude uplatnění proteogenomiky a validace výsledků

14 Děkuji vám za pozornost Masarykův onkologický ústav RECAMO Bořivoj Vojtěšek Dalibor Valík Marta Nekulová Klinika dětské onkologie LF MU a FN Brno Karel Zitterbart Jaroslav Štěrba Marta Ježová Thermo Fisher Scientific Michaela Sčígelová Výzkum je podpořen z programového projektu Ministerstva zdravotnictví AZV ČR A a projektem MŠMT NPU I LO1413.