Rozměr: px
Začít zobrazení ze stránky:

Download ""

Transkript

1 Hmotnostní spektrometrie peptidů ů a proteinů Petr Halada Mikrobiologický ústav AV ČR

2 Proč chceme znát molekulovou hmotnost? Všechny prvky a molekuly jsou charakterizovány 2 základními veličinami Frekvence (ν) Spektroskopie (UV, IR, fluorescence, NMR, ) Rentgenová difrakce Molekulová hmotnost (m) sedimentace/centrifugace chromatografie elektroforéza hmotnostní spektrometrie

3 Hmotnostní spektrometrie Metoda umožňující určit molekulovou hmotnost chemických látek Prvky a molekuly jsou charakterizovány svou hmotností a tou se vzájemně odlišují Měříme pseudomolekulární ionty v plynné fázi (M +, M+H +, M+Na +, M-H -, atd.)

4 Hmotnostní spektrometrie Hmotnostní spektrometr generuje ze vzorku ionty v plynné fázi, rozdělí je podle poměru hmoty a náboje (m/z) a zaznamená hmotnostní spektrum = grafické znázornění četnosti iontů na hodnotě m/z Fragmentace iontů v hmotnostním spektrometru umožní získat strukturní informaci, která se využívá při: - identifikace látek - určení struktury

5 Hmotnostní spektrometr Normální tlak Snížený tlak Vložení vzorku Iontov tový zdroj Hmotnostní analyzátor Detektor tor Počítač m/z!

6 Tandemová hmotnostní spektrometrie MS/MS fragmentace iontů Izolace iontu podle m/z Separace fragmentů podle m/z Iontový zdroj Hmotnostní analyzátor 1 Hmotnostní analyzátor 2 Detektor tor Vznik iontů v plynné fázi Kolizní cela Detekce fragmentových iontů

7 Izotopy Chemické prvky se vyskytují v přírodě jako směs izotopů Uhlík: 98.90% 12 C 1.10% 13 C Monoizotopická hmotnost / Průměrná hmotnost Br 50.69% 79 Br 49.31% 81 Br Monoizotopická hmotnost / Průměrná hmotnost

8 Kolik hmotností máme? Celočíselná CH 3 Br: x = 95 Průměrná (vážený průměr všech izotopů daného prvku podle % zastoupení) CH 3 Br = x = Monoizotopická (součet přesných hmotností "nejlehčích" izotopů prvků) CH 3 Br = x =

9 Kolik hmotností máme? Monoizotopická vs. Průměrná MW M mono < M avg Glukosa C6H12O6 M mono = ; M avg = Peptid C113H171N27O31S1 M mono = ; M avg =

10 Přítomnost izotopů ( 13 C, 15 N, 18 O, ) se projeví na tvaru píku. 13 C je 1.1%, tj. na každých 100 uhlíků je jeden 13 C více uhlíků -> více 13 C, to se projeví na tvaru píku Intenzita druhého izotopu je 1.1 x počet C získáme % intenzity prvního píku.

11 Izotopický klastr 12 C: 98.90% 13 C: 1.10 % 10x 12 C, no 13 C C C x 12 C, 1x 13 C ,200 1,202 C 100 1,204 1, ,000 12,010 C x 12 C, 2x 13 C 12,020 12,030

12 Kouzla s izotopy 32 S a 34 S 79 Br a 81 Br

13 Hmotnostní spektrum Signály iontů ve spektru jsou charakterizovány: poměrem hmotnosti a náboje m/z intenzitou rozlišením 100% Základní pík Rel. intenzita m/z

14 Rozlišení R= m m m=fwhm Full Width at Half Maximum h m ½ h m Př. - rozlišení znamená, že odlišíme dvě látky, lišící se o 1/50000 MW a Jednotkové rozeznáme m/z 100 od 101 kvadrupóly a iontové pasti

15 Rozlišení R = 1000 (blue), 3000 (red), 10,000 (green) and 30,000 (black) IT vs. ToF vs. FT-ICR analyzátor

16 Absolutní Přesnost Da Dalton Relativní (mění se podle m/z) % ppm parts per million: ppm (Mteor - Mexp)/Mteor x Iontová past ppm TOF ppm FT-ICR ppm

17 Unikátní vlastnosti hmotnostní spektrometrie Specifita Rychlost Citlivost Jednoduchá interpretace dat

18 Čísla k zapamatování (1 mol ~ x molekul) molů zrnko soli ~ 1 ug ~ 20 nmol molekul pmol pro CBB 1 pmol pro Edmanovo odb. 100 fmol pro stříbrem - barvené gely 2 fmol: jedna kopie v 10 9 buněk amol: ICR FTMS zmol: Iontová past ( iontů) 10 3

19 Ionizační metody EI Electron Impact CI Chemical Ionization APCI / APPI Atmospheric Pressure Chemical Ionization / Photo Ionization FD Field Desorption PD Plasma Desorption FAB Fast Atom Bombardment ESI / nanoesi ElectroSpray Ionization MALDI Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization

20 1988 Elektrosprej J.B. Fenn Fenn JB; Mann M; Meng CK; Wong SF; Whitehouse CM: Science 1989, 246, nanoelektrosprej M. Mann a M. Wilm

21 Ionizace elee lektrosprejemrejem Rozpouštědlo/Pufr ESI jehla (2-55 kv) Vstupní otvor (0-50 V) Vyhřívaná kapilára Iontový svazek

22 Ionizace elee lektrosprejemrejem Velmi měkká ionizace Malá nebo téměř žádná fragmentace Mnohonásobně nabité ionty 1, 2, 3, 60x Proteiny, peptidy, oligosacharidy, nukleotidy, syntetické polymery... Nekovalentní komplexy (proteinové komplexy, komplexy protein-ligand, atd.) Vhodná pro kvantifikaci Vysoká náročnost na čistotu Napojitelné na LC Spojení s jakýmkoliv analyzátorem

23 1987 Desorpce laserem za přítomnosti matrice K. Tanaka / M. Karas, F. Hillenkamp Karas M; Bachmann D; Bahr U; Hillenkamp F: Int. J. Mass Spectrom. Ion Proc. 1987, 78, 53. Tanaka K; Waki H; Ido Y; Akita S; Yoshida Y; Yoshida T: Rapid Commun. Mass Spectrom. 1988, 2, 151.

24 MALDI ionizační proces

25 MALDI ionizační proces 1 mm MALDI destička krystaly matrice a vzorku

26 MALDI ionizační proces MALDI matrice silná absorpce vlnové délky laseru ε (matrice) >> ε (analytu) stabilita ve vakuu, netěkavá přenos protonu (na analyt / z analytu) ionizace mísitelná se vzorkem v tuhé fázi vzorek : matrice = 1 : solventy : MeOH, EtOH, MeCN, H 2 O, THF, aceton... UV-MALDI 337 nm dusíkový laser 355 nm Nd:YAG 266 nm Nd:YAG solid state Hz IR-MALDI 2.94 mm Er:YAG laser 10.6 mm CO 2 laser

27 MALDI matrice kys. 2,5-dihydroxybenzoová (DHB) kys. α-kyano-4-hydroxyskořicová (CCA) kys. sinapová (SA) (kys. 3,5-dimethoxy-4-hydroxyskořicová) kys. ferulová (FA) (kys. 4-hydroxy-3-methoxyskořicová)

28 Nanesení vzorku na MALDI destičku analyt ( M) "Dried droplet" matrice (5-50 g/l) MS

29 Nanesení vzorku na MALDI destičku "Thin-layer" matrice (CCA, sinapová kys.) v acetonu, 1% voda analyt ( M) tenká homogenní vrstva krystalů promytí MS

30 MALDI matrice 1 mm 1 mm CCA - dried droplet DHB - dried droplet CCA - thin layer DHB - dried droplet špatná příprava

31 MALDI ionizační proces Měkká ionizace Malá nebo žádná fragmentace, jednoduchá interpretace Jednonásobně nabité ionty [M+H] + ; [M-H] - Analýza komplexních směsí Rychlá a jednoduchá příprava a analýza Proteiny, peptidy, oligosacharidy, nukleotidy syntetické polymery... Tolerantní k detergentům, solím Krátké laserové pulsy; t ~ ns Spojeno s TOF analyzátorem ALE...

32 Analyzátory q, MSQ quadrupole (Mono Stage Quadrupole) TSQ Triple Stage Quadrupole (QqQ) qit quadrupole Ion Trap LT Linear Ion Trap Sector B/E geometry TOF Time Of Flight FT-ICR Fourier Transform Ion Cyclotron Resonance Hybridní (q-tof, TOF-TOF, q-ft-icr, LT-FT-ICR)

33 Linearní Time Of Flight (TOF) analyzátor E kin = ½ mv 2

34 Time Of Flight (TOF) Analyzátor s reflektronem

35 Post-Source ource Decay (PSD) získání PSD spektra - postupné snižování U reflektronu záznam segmentů velmi pracné a zdlouhavé

36 TOF/TOF - LIFT metoda

37

38 Kvadrupólový analyzátor a iontová past stejný princip - ovlivňování pohybu iontů oscilujícím elektrickým polem velmi rozšířené relativně jednoduchá obsluha a udržba vhodné pro rutinní spojení se separačními metodami

39 Kvadrupólový analyzátor všechny ionty nerezonující iont + iont v rezonanci - - z iontového zdroje + do detektoru nerezonující iont iont v rezonanci - Rf

40 Trojnásobný kvadrupól N 2 RF Fokusace iontů Q1 Q2 Kolizní cela Q3 Detektor Prekursorové ionty Fragmentace (CAD) Produktové ionty

41 Sférická iontová past 3D z iontového zdroje do detektoru vstupní koncová elektroda středová prstencová elektroda výstupní koncová elektroda

42 Proč je v pasti helium? snížení kinetické energie iontů zvýšení citlivosti pomáhá udržet ionty ve středu iontové pasti zvýšení rozlišení a citlivosti slouží jako kolizní plyn, vyvolává fragmentaci

43

44 Q-TOF

45 FT-ICR Iontově cyklotronová rezonance s Fourierovou transformací Pohyb iontů v magnetickém poli - iont s hmotností m a nábojem q, pohybující se s rychlostí v v homogenním magnetickém poli se silou B: F = mv 2 /r F = qv x B

46 FT-ICR Iontově cyklotronová rezonance s Fourierovou transformací A B + + Iont pohybující se po cyklotronové orbitě s frekvencí danou vztahem: 2πf = qb m Poloměr běžné cely: 1-3 cm Počáteční poloměr pohybu iontu: mm Běžná síla magnetického pole: 1-12 Tesla např. 7T magnet, m/z 100, 1 sec cyklů (30 km)

47 FT-ICR Iontově cyklotronová rezonance s Fourierovou transformací Koherentní cyklotronový pohyb indukuje proudový obraz, který je amplifikován a detekován. Přítomnost iontů s různými m/z se projeví jako superpozice sinusoidalních signálů na detektoru. excelentní rozlišení (~ 10 6 ) a přesnost ppm

48 FT-ICR Rozlišení

49 Hmotnostní spes pektrometrie v analýze biomolekul Kontrola kvality/čistoty Určení MW Identifikace Sekvenování Charakterizace modifikací Studium nekovalentních komplexů Analýza směsí Relativní/absolutní kvantifikace Studium 3D struktury s nízkým rozlišením

50 Určení MW MALDI

51 100 Určení MW ESI 6+ R ~ % % m/z m/z

52 Relativní intensita NH 3 + A R NH 3 + G S S R A A R NH 3 + NH 3 + R S T R R NH 3 + NH 3 + V NH NH 3 + R A A R A R G S S NH NH 3 + R A A R A R R S T R R NH 3 + V G S S NH 3 + R S T R R V m/z

53 Určení MW ESI Dekonvoluce

54 Identifikace proteinů = otisk prstu člověka "fingerprint" = fingerprint proteinu/ů

55 Identifikace proteinp roteinu - princip

56 Štěpení proteinů Trypsin K/R- \-P Chymotrypsin Y/W/K/F- \-P AspN -D GluC E-, E/D- \-P ArgC R- \-P LysC K- \-P CNBr M-

57 Důležitá je přesnost Čím vyšší přesnost měření, tím méně peptidů potřebujeme pro bezchybnou identifikaci Iontová past ppm TOF ppm FT-ICR ppm

58

59

60

61

62

63

64

65 groel protein * ATP synthase

66 Parametry ovlivňující ID proteinu Databáze NCBInr Swissprot vlastní Taxonomie Fyzikálně-chemické Přesnost měření MW a pi (- odhad z 2D gelu), použitá proteáza závisí na spektrometru a kalibraci spektra Biochemické Neúplné štěpení Modifikace Např. trypsin : AFHYTDKILGCVR úplná alkylace cysteinu částečná oxidace methioninu

67 Identifikace proteinu Protein na gelu nebo v roztoku Štěpení proteinu Peptidové mapování/ Peptidový fingerprinting Bez výsledku Peptidové mikrosekvenování (PSD, MS/MS)

68 Peptidové sekvenování

69 Full MS Mass range(350 ( ) Scan 1479 Full MS/MS (CID) Scan 1480 Precursor 667.7

70 Data-Dependent Dependent MS & Dynamic Exclusion Relative Abundance m/z 2

71 Fragmentace peptidu b 1 b 2 b 3 R 1 R 2 R 3 R 4 NH 2 -CH-CO-NH-CH-CO-NH-CH-CO-NH-CH-CO 2 H N-konec C-konec y 3 y 2 y 1

72 Fragmentace ace peptidu S-P-A-F-D-S-I-M-A-E-T-L-K MH + = b-ions + y-ions S PAFDSIMAETLK SP AFDSIMAETLK SPA FDSIMAETLK SPAF DSIMAETLK SPAFD SIMAETLK SPAFDS IMAETLK SPAFDSI MAETLK SPAFDSIM AETLK SPAFDSIMA ETLK SPAFDSIMAE TLK SPAFDSIMAET LK SPAFDSIMAETL K 147.2

73 Přehled aminokyselin v číslech AK Hmotnost Boční řetězec Immoniové ionty G Gly A Ala S Ser P Pro V Val T Thr C Cys L Leu (72) I Ile (72) N Asn (70) D Asp Q Gln (84, 129) K Lys (129, 112, 84, 70) E Glu M Met (61) H His (166, 138, 123, 121, 82) F Phe (91) R Arg (112, 100, 87, 73, 70, 59) Y Tyr W Trp

74 m/z tryptic digest (-K/-R) [M+H] + = ends with -K AAAAAAAAAAAAAAGAAGK KG A A 6A G A A A A A A A A A A A A A A A A G A A A A 2A G K 2A

75

76 (our) MASCOT MS/MS

77 Bottom up vs. Top down identifikace proteinů Štěpení proteinu/směsi MS, MS/MS (na úrovni peptidů) LC-MS(/MS) DTB prohledávání na bázi PMF, MS/MS Pre-frakcionace Purifikace v plynné fázi Určení přesné MW MS/MS proteinu DTB prohledávání pomocí MW proteinu a sekvenčního tagu Zachována informace o PTM Vyžaduje FT-ICR MS

78 TopDown

79 Čichám Čichám PTMs PostTranslační Modifikace změna MW Disulfidické můstky (Cys-Cys) Glykosylace Fosforylace Acylace Oxidace Acetylace Zkrácení proteinu Ztráta N-konc.Met Glu -> pyro-glu

80 Disulfidické můstky A - určení zda jsou nebo nejsou přítomné diferenční alkylace B určení kolik Cys je volných a kolik vázaných 1. denaturace, alkylace činidlem I (u menších proteinů lze rovnou měřit MS) 2. redukce a alkylace činidlem II 3. štěpení a MS, LC-MS/MS určení C přímá identifikace disulfidů - štěpení + LC-MS (FT- ICR) hledání disulfidicky spojených peptidů podle přesné hmotnosti bez redukce/alkylace

81 Diferenční alkylace celý protein

82 Glykosylace N- a O-glykosylace 1. Charakterizace sacharidových struktur+určení heterogenity 2. Nalezení míst glykosylace 3. Přiřazení struktur na jednotlivá glykosylační místa

83 N-glykosylace 1. Charakterizace sacharidových struktur+určení heterogenity 2. Nalezení míst glykosylace 3. Přiřazení struktur na jednotlivá glykosylační místa 1. a) uvolnění glykanu(-ů) enzymaticky PNGasa F, Endo H, Endo F1-3, postupné odštěpování pomocí exoglykosidas, Pronasa chemicky hydrazinolýza, alkalické štěpení, TMSF (pouze deglykosyluje ničí sacharid) b) charakterizace glykanů NMR, MS, MS/MS, permethylace+ms/ms, exoglykosidasy+ms 2. a) Edmanovo odbourávání nejlépe glykopeptidy peptidy po EndoH b) deglykosylace PNGasouF v H 2 16 O a H 2 18 O (+ štěpení AspN) PNGasa F mění Asn na Asp (vzniká zásahové místo pro AspN) 3. Štěpení proteinu izolace glykopeptidů a opakovaní postupu na jednotlivých glykopeptidech

84 Fosforylace Signalizace, aktivace, S, T, Y, H Ztráta (P) skupiny: -98, Směrovaná MS analýza (neutrální ztráta, precursor ion scanning, negativní mód) Nabohacení protilátky, IMAC, TiO 2 Působení fosfatázy + diferenční mapování

85 Fosforyla orylace A B Relative Abundance Relative Abundance Da neutrální ztráta Možné fosfopeptidy Tim e (m in)

86 IMAC Immobilized Metal Ion Affinity Chromatography IDA (iminodiacetic acid) NTA (nitrilo-triacetic acid) Iont kovu Ga 3+, Fe 3+ Nespecifická vazba esterifikace

87 IMAC Immobilized Metal Ion Affinity Chromatography P P Protein digestion P P P P Protein digestion P P Fe(3 + ) IMAC enrichment

88 Obohacení fosfopeptidů pomocí TiO 2

89 Obohacení fosfopeptidů pomocí TiO 2

HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE - kvalitativní i kvantitativní detekce v GC a LC - pyrolýzní hmotnostní spektrometrie - analýza polutantů v životním

HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE - kvalitativní i kvantitativní detekce v GC a LC - pyrolýzní hmotnostní spektrometrie - analýza polutantů v životním HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE - kvalitativní i kvantitativní detekce v GC a LC - pyrolýzní hmotnostní spektrometrie - analýza polutantů v životním prostředí - farmakokinetické studie - kvantifikace proteinů

Více

Základy hmotnostní spektrometrie

Základy hmotnostní spektrometrie Základy hmotnostní spektrometrie Lenka Hernychová e-mail: hernychova@pmfhk.cz Ústav molekulární patologie, Fakulta vojenského zdravotnictví, Universita obrany Hradec Králové Historie Koichi Tanaka vyvinul

Více

Hmotnostní spektrometrie. Historie MS. Schéma MS

Hmotnostní spektrometrie. Historie MS. Schéma MS Hmotnostní spektrometrie MS mass spectrometry MS je analytická technika, která se používá k měření poměru hmotnosti ku náboji (m/z) u iontů původně studium izotopového složení dnes dynamicky se vyvíjející

Více

Hmotnostní spektrometrie. Petr Man pman@biomed.cas.cz

Hmotnostní spektrometrie. Petr Man pman@biomed.cas.cz Hmotnostní spektrometrie Petr Man pman@biomed.cas.cz Unikátní vlastnosti hmotnostní spektrometrie Specifita Rychlost Jednoduchá interpretace dat Citlivost Čísla k zapamatování (1 mol ~ 6.023 x 10 23 molekul)

Více

Strategie peptidp. sekvenování. Derivatizace: Chemically Assisted Fragmentation CAF. 2 O značení. Esterifikace (EtOH: 28 Da / COOH skupinu)

Strategie peptidp. sekvenování. Derivatizace: Chemically Assisted Fragmentation CAF. 2 O značení. Esterifikace (EtOH: 28 Da / COOH skupinu) Hmotnostní spektrometrie v analýze biomolekul Kontrola kvality/čistoty Určení MW Identifikace Sekvenování Charakterizace modifikací Studium nekovalentních komplexů Analýza směsí Kvantifikace Studium 3D

Více

Moderní nástroje v analýze biomolekul

Moderní nástroje v analýze biomolekul Moderní nástroje v analýze biomolekul Definice Hmotnostní spektrometrie (zkratka MS z anglického Mass spectrometry) je fyzikálně chemická metoda. Metoda umožňující určit molekulovou hmotnost chemických

Více

Hmotnostní spektrometrie

Hmotnostní spektrometrie Hmotnostní spektrometrie Miroslav Polášek Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského Akademie věd v České republiky Dolejškova 3, 182 23 Praha 8 Co je hmotnostní spektrometrie? Fyzikálně chemická metoda pro:

Více

Hmotnostní spektrometrie ve spojení se separačními metodami

Hmotnostní spektrometrie ve spojení se separačními metodami Pražské analytické centrum inovací Projekt CZ.04.3.07/4.2.01.1/0002 spolufinancovaný ESF a Státním rozpočtem ČR Hmotnostní spektrometrie ve spojení se separačními metodami Ivan Jelínek PřF UK Praha Definice:

Více

MENÍ A INTERPRETACE SPEKTER BIOMOLEKUL. Miloslav Šanda

MENÍ A INTERPRETACE SPEKTER BIOMOLEKUL. Miloslav Šanda MENÍ A INTERPRETACE SPEKTER BIOMOLEKUL Miloslav Šanda Ionizaní techniky využívané k analýze biomolekul (biopolymer) MALDI : proteiny, peptidy, oligonukleotidy, sacharidy ESI : proteiny, peptidy, oligonukleotidy,

Více

Molekulární modelování a bioinformatika. Hmotnostní spektrometrie I

Molekulární modelování a bioinformatika. Hmotnostní spektrometrie I Molekulární modelování a bioinformatika Hmotnostní spektrometrie I Co nás čeká 1) Základy hmotnostní spektrometrie, ionizační techniky, analyzátory, fragmentační techniky. 2) Měření proteinů, peptidů,

Více

Spojení hmotové spektrometrie se separačními metodami

Spojení hmotové spektrometrie se separačními metodami Spojení hmotové spektrometrie se separačními metodami RNDr. Radomír Čabala, Dr. Katedra analytické chemie Přírodovědecká fakulta Univerzita Karlova Praha Spojení hmotové spektrometrie se separačními metodami

Více

Hmotnostní spektrometrie

Hmotnostní spektrometrie Hmotnostní spektrometrie Princip: 1. Ze vzorku jsou tvořeny ionty na úrovni molekul, nebo jejich zlomků (fragmentů), nebo až volných atomů dodáváním energie, např. uvolnění atomů ze vzorku nebo přímo rozštěpení

Více

Hmotnostní spektrometrie - Mass Spectrometry (MS)

Hmotnostní spektrometrie - Mass Spectrometry (MS) Hmotnostní spektrometrie - Mass Spectrometry (MS) Další pojem: Hmotnostně spektrometrický (selektivní) detektor - Mass spectrometric (selective) detector (MSD) Spektrometrie - metoda založená na interakci

Více

Základy hmotnostní spektrometrie

Základy hmotnostní spektrometrie Základy hmotnostní spektrometrie Lenka Hernychová e-mail: hernychova@pmfhk.cz Ústav molekulární patologie, Fakulta vojenského zdravotnictví, Universita obrany Hradec Králové Historie Koichi Tanaka vyvinul

Více

Metody spektrální. Metody hmotnostní spektrometrie. Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti

Metody spektrální. Metody hmotnostní spektrometrie. Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti Metody spektrální Metody hmotnostní spektrometrie Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE - samostatně - strukturní analýza, identifikace látek - kvalitativní

Více

Základy hmotnostní spektrometrie

Základy hmotnostní spektrometrie Základy hmotnostní spektrometrie Historie Koichi Tanaka vyvinul MALDI techniku Tanaka K., Waki H., Ido Y., Akita S., Yoshida T.: Rapid Commun. Mass Spectrom. 1988. 2, 151 Tanaka K. JB Fenn vyvinul ionizaci

Více

Pražské analytické centrum inovací Projekt CZ / /0002 spolufinancovaný ESF a Státním rozpočtem ČR

Pražské analytické centrum inovací Projekt CZ / /0002 spolufinancovaný ESF a Státním rozpočtem ČR Pražské analytické centrum inovací Projekt CZ.04.3.07/4.2.01.1/0002 spolufinancovaný ESF a Státním rozpočtem ČR SEPARACE PROTEINŮ Preparativní x analytická /měřítko, účel/ Zvláštnosti dané povahou materiálu

Více

Základy hmotnostní spektrometrie. Ústav molekulární patologie, Fakulta vojenského zdravotnictví, Univerzita obrany Hradec Králové

Základy hmotnostní spektrometrie. Ústav molekulární patologie, Fakulta vojenského zdravotnictví, Univerzita obrany Hradec Králové Základy hmotnostní spektrometrie Ústav molekulární patologie, Fakulta vojenského zdravotnictví, Univerzita obrany Hradec Králové Historie Koichi Tanaka vyvinul MALDI techniku Tanaka K., Waki H., Ido Y.,

Více

HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE

HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE -samostatně - strukturní analýza, identifikace látek - kvalitativní i kvantitativní detekce v GC a LC - prvková analýza kombinace s ICP - pyrolýzní hmotnostní spektrometrie - analýza

Více

Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti URČOVÁNÍ PRIMÁRNÍ STRUKTURY BÍLKOVIN

Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti URČOVÁNÍ PRIMÁRNÍ STRUKTURY BÍLKOVIN Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti URČOVÁNÍ PRIMÁRNÍ STRUKTURY BÍLKOVIN Primární struktura primární struktura bílkoviny je dána pořadím AK jejích polypeptidových řetězců

Více

Iontové zdroje II. Iontový zdroj. Data. Vzorek. Hmotnostní analyzátor. Zdroj vakua. Iontové zdroje pracující za sníženého tlaku

Iontové zdroje II. Iontový zdroj. Data. Vzorek. Hmotnostní analyzátor. Zdroj vakua. Iontové zdroje pracující za sníženého tlaku MC230P43 Hmotnostní detekce v separačních metodách, 2015 Iontové zdroje II. Iontové zdroje pracující za sníženého tlaku Elektronová/chemická ionizace Iontové zdroje pro spojení s planárními separacemi

Více

Stručná historie hmotnostní spektrometrie. Analytická chemie II: Úvod do hmotnostní spektrometrie. Stručná historie hmotnostní spektrometrie.

Stručná historie hmotnostní spektrometrie. Analytická chemie II: Úvod do hmotnostní spektrometrie. Stručná historie hmotnostní spektrometrie. ACh II - MS Analytická chemie II: Úvod do hmotnostní spektrometrie Jan Preisler 3A14, Ústav chemie PřF MU, UKB, tel.: 54949 6629 preisler@chemi.muni.cz Specializovaný kurz: C7895 Hmotnostní spektrometrie

Více

Hmotnostní analyzátory a detektory iont

Hmotnostní analyzátory a detektory iont Hmotnostní analyzátory a detektory iont Hmotnostní analyzátory Hmotnostní analyzátory Rozdlí ionty v prostoru nebo v ase podle jejich m/z Analyzátory Magnetický analyzátor (MAG) Elektrostatický analyzátor

Více

Indentifikace molekul a kvantitativní analýza pomocí MS

Indentifikace molekul a kvantitativní analýza pomocí MS Indentifikace molekul a kvantitativní analýza pomocí MS Identifikace molekul snaha určit molekulovou hmotnost, sumární složení, strukturní části molekuly (funkční skupiny, aromatická jádra, alifatické

Více

Hmotnostně spektrometrické zobrazování malých molekul

Hmotnostně spektrometrické zobrazování malých molekul Univerzita Pardubice Fakulta chemicko technologická Hmotnostně spektrometrické zobrazování malých molekul Martin Dušek Bakalářská práce 2012 University of Pardubice Faculty of chemical technology Mass

Více

Zdroje iont používané v hmotnostní spektrometrii. Miloslav Šanda

Zdroje iont používané v hmotnostní spektrometrii. Miloslav Šanda Zdroje iont používané v hmotnostní spektrometrii Miloslav Šanda Ionizace v MS Hmotnostní spektrometrie je fyzikáln chemická metoda, pi které se provádí separace iont podle jejich hmotnosti a náboje m/z

Více

Hmotnostní detekce biologicky významných sloučenin pro biotechnologie

Hmotnostní detekce biologicky významných sloučenin pro biotechnologie Název: Školitelé: Hmotnostní detekce biologicky významných sloučenin pro biotechnologie MSc. Miguel Angel Merlos Rodrigo, Mgr. Ondřej Zítka, Ph.D. Datum: 17.5.2013 Reg.č.projektu: CZ.1.07/2.3.00/20.0148

Více

Mass Spectrometry (MS) Lenka Veverková 2012

Mass Spectrometry (MS) Lenka Veverková 2012 HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE Mass Spectrometry (MS) Lenka Veverková 2012 ÚVOD MS je nejrychleji se rozvíjejí technika analytické chemie. Dokáže poskytnout informace o: elementárním složení vzorku, struktuře

Více

Hmotnostní spektrometrie

Hmotnostní spektrometrie Hmotnostní spektrometrie Mass Spectrometry (MS) (c) David MILDE, 2003-2010 ÚVOD MS je nejrychleji se rozvíjejí technika analytické chemie. Dokáže poskytnout informace o: elementárním složení vzorku, struktuře

Více

Hmotnostní spektrometrie

Hmotnostní spektrometrie Hmotnostní spektrometrie Podstatou hmotnostní spektrometrie je studium iontů v plynném stavu. Tato metoda v sobě zahrnuje tři hlavní části:! generování iontů sledovaných atomů nebo molekul! separace iontů

Více

Hmotnostní spektrometrie

Hmotnostní spektrometrie Hmotnostní spektrometrie MS - ÚVOD Základní pojmy v hmotnostní sp. Hmotnostní spektrometrie = Mass Spectrometry = MS - analytická metoda, která slouží k převedení molekul na ionty, rozlišení těchto iontů

Více

Hmotnostní spektrometrie s průletovým analyzátorem a ionizací laserovou desorpcí v přítomnosti matrice (MALDI TOF MS)

Hmotnostní spektrometrie s průletovým analyzátorem a ionizací laserovou desorpcí v přítomnosti matrice (MALDI TOF MS) Hmotnostní spektrometrie s průletovým analyzátorem a ionizací laserovou desorpcí v přítomnosti matrice (MALDI TOF MS) MALDI TOF MS (z anglického Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Timeof-Flight

Více

Hmotnostní spektrometrie v organické analýze

Hmotnostní spektrometrie v organické analýze Hmotnostní spektrometrie v organické analýze Miroslav Lísa, Michal Holčapek každé úterý 16-18 hod, učebna HB-S23 plný text přednášek: http://holcapek.upce.cz/ zkouška: a/ písemný test (60 min) 40% známky

Více

Pondělí 10. září 2007

Pondělí 10. září 2007 Pondělí 10. září 2007 8:00-13:00 Příjezd účastníků, registrace, instalace stánků 12:00-13:00 Oběd Sekce 1: Úvod do hmotnostní spektrometrie (předsedající: M. Ryska, V. Havlíček) 13:00-13:10 J. Čáslavský

Více

STANOVENÍ AMINOKYSELINOVÉHO SLOŽENÍ BÍLKOVIN. Postup stanovení aminokyselinového složení

STANOVENÍ AMINOKYSELINOVÉHO SLOŽENÍ BÍLKOVIN. Postup stanovení aminokyselinového složení STANVENÍ AMINKYSELINVÉH SLŽENÍ BÍLKVIN Důvody pro stanovení AK složení určení nutriční hodnoty potraviny, suroviny (esenciální vs. neesenciální AK) charakterizace určité bílkovinné frakce nebo konkrétní

Více

Emise vyvolaná působením fotonů nebo částic

Emise vyvolaná působením fotonů nebo částic Emise vyvolaná působením fotonů nebo částic PES (fotoelektronová spektroskopie) XPS (rentgenová fotoelektronová spektroskopie), ESCA (elektronová spektroskopie pro chemickou analýzu) UPS (ultrafialová

Více

Analytická technika HPLC-MS/MS a možnosti jejího využití v hygieně

Analytická technika HPLC-MS/MS a možnosti jejího využití v hygieně Analytická technika HPLC-MS/MS a možnosti jejího využití v hygieně Šárka Dušková 24. září 2015-61. konzultační den Hodnocení expozice chemickým látkám na pracovištích 1 HPLC-MS/MS HPLC high-performance

Více

Hmotnostní detekce biologicky významných sloučenin pro biotechnologie část 3 - Provedení štěpení proteinů a následné analýzy,

Hmotnostní detekce biologicky významných sloučenin pro biotechnologie část 3 - Provedení štěpení proteinů a následné analýzy, Laboratoř Metalomiky a Nanotechnologií Hmotnostní detekce biologicky významných sloučenin pro biotechnologie část 3 - Provedení štěpení proteinů a následné analýzy, vyhodnocení výsledků, diskuse Anotace

Více

Identifikace proteinu (z gelu nebo z roztoku)

Identifikace proteinu (z gelu nebo z roztoku) LC/MS a CE/MS v proteomické analýze OBSAH Příklad jednoduché analýzy Separční techniky MS techniky Identifikace proteinů Určení molekulové hmotnosti Analytická výzva Mgr. Martin Hubálek, Ph.D. Ústav organické

Více

Hmotnostní spektrometrie (1)

Hmotnostní spektrometrie (1) Hmotnostní spektrometrie (1) 12_Chudoba_HCVDGrigsby_1ACC 12 (0.677) 57 % 27 43 55 41 28 29 32 54 69 67 67 71 83 81 79 85 95 93 97 99 105 111 113 125 127 137 153155 165 183 197 211 225 20 40 60 80 100 120

Více

Inovace studia molekulární a buněčné biologie

Inovace studia molekulární a buněčné biologie Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. MBIO1/Molekulární biologie 1 Tento projekt je spolufinancován

Více

NMR spektroskopie. Úvod

NMR spektroskopie. Úvod NMR spektroskopie Úvod Zkratka NMR znamená Nukleární Magnetická Rezonance. Jde o analytickou metodu, která na základě absorpce radiofrekvenčního záření vzorkem umístěným v silném magnetickém poli poskytuje

Více

Detekce a detektory část 2

Detekce a detektory část 2 Detekce a detektory část 2 Ivan Mikšík Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i. Praha Spojení (spřažení) hmotnostní spektrometrie a separačních technik Analýza složitých směsí (nejdříve separace, poté analýza)

Více

Základy hmotnostní spektrometrie

Základy hmotnostní spektrometrie Základy hmotnostní spektrometrie Hmotnostní spektrometrie Spektrometrické metody metody založen ené na interakci hmoty a záenz ení Hmotnostní spektrometrie je fyzikáln ln chemická metoda, která využívá

Více

Bílkoviny - proteiny

Bílkoviny - proteiny Bílkoviny - proteiny Proteiny jsou složeny z 20 kódovaných aminokyselin L-enantiomery Chemická struktura aminokyselin R představuje jeden z 20 různých typů postranních řetězců R Hlavní řetězec je neměnný

Více

Hmotnostní spektrometrie

Hmotnostní spektrometrie Hmotnostní spektrometrie Hmotnostní spektrometrie (MS) je analytická metoda sloužící k převedení molekul na ionty, rozlišení těchto iontů podle poměru hmotnosti a náboje (m/z) a následnému záznamu relativních

Více

Hmotnostní analyzátory I

Hmotnostní analyzátory I Hmotnostní analyzátory I Analýza iontů Tandemová hmotnostní spektrometrie Typy analyzátorů Analyzátor doby letu Magnetický sektorový analyzátor Kvadrupólový analyzátor Iontová past Hmotnostní analyzátor

Více

ANORGANICKÁ HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE

ANORGANICKÁ HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE ANORGANICKÁ HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE (c) David MILDE 2003-2010 Metody anorganické MS ICP-MS hmotnostní spektrometrie s indukčně vázaným plazmatem, GD-MS spojení doutnavého výboje s MS, SIMS hmotnostní

Více

ÚSTAV CHEMIE A ANALÝZY POTRAVIN

ÚSTAV CHEMIE A ANALÝZY POTRAVIN VYSOKÁ ŠKOLA CHEMICKO-TECHNOLOGICKÁ V PRAZE ÚSTAV CHEMIE A ANALÝZY POTRAVIN Technická 5, 166 28 Praha 6 tel./fax.: + 420 220 443 185; jana.hajslova@vscht.cz LABORATOŘ Z ANALÝZY POTRAVIN A PŘÍRODNÍCH PRODUKTŮ

Více

Úvod do spektrálních metod pro analýzu léčiv

Úvod do spektrálních metod pro analýzu léčiv Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti Úvod do spektrálních metod pro analýzu léčiv Pavel Matějka, Vadym Prokopec pavel.matejka@vscht.cz pavel.matejka@gmail.com Vadym.Prokopec@vscht.cz

Více

S P E K T R O M E T R I E 2. roník. 18.-19. listopadu 2009

S P E K T R O M E T R I E 2. roník. 18.-19. listopadu 2009 M I N I Š K O L A H M O T N O S T N Í S P E K T R O M E T R I E 2. roník 18.-19. listopadu 2009 Pro Miniškola a MS? Informace pro uživatele» o službách poskytovaných skupinou MS» o tom, jaká data a jak

Více

MALDI hmotnostní spektrometrie pro analýzu kovy značených proteinů. Typ laseru Vlnová délka UV-MALDI N 2

MALDI hmotnostní spektrometrie pro analýzu kovy značených proteinů. Typ laseru Vlnová délka UV-MALDI N 2 Laboratoř Metalomiky a Nanotechnologií MALDI hmotnostní spektrometrie pro analýzu kovy značených proteinů Teorie PRINCIP MALDI Laserová desorpce/ionizace za účasti matrice (MALDI) měkká ionizační technika;

Více

Odůvodnění veřejné zakázky

Odůvodnění veřejné zakázky Odůvodnění veřejné zakázky ZADAVATEL: Česká zemědělská univerzita v Praze Sídlem: Kamýcká 129, 165 21 Praha - Suchdol Zastoupený: Ing. Jana Vohralíková, kvestorka IČO: 60460709 Profil zadavatele: https://zakazky.czu.cz

Více

Základní principy interpretace spekter

Základní principy interpretace spekter Základní principy interpretace spekter Vyloučení iontů, které nesouvisí s analytem Určení molekulové hmotnosti Určení prvků přítomných v molekule Určení elementárního složení z přesné hmotnosti Hledání

Více

Metabolismus bílkovin. Václav Pelouch

Metabolismus bílkovin. Václav Pelouch ZÁKLADY OBECNÉ A KLINICKÉ BIOCHEMIE 2004 Metabolismus bílkovin Václav Pelouch kapitola ve skriptech - 3.2 Výživa Vyvážená strava člověka musí obsahovat: cukry (50 55 %) tuky (30 %) bílkoviny (15 20 %)

Více

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI Fakulta přírodovědecká Katedra analytické chemie HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE JAKO NÁSTROJ ODHALOVÁNÍ ŠPINAVÝCH PENĚZ BAKALÁŘSKÁ PRÁCE Autor práce: Studijní obor: Michal Petreň

Více

GC-MS aplikace v toxikologii

GC-MS aplikace v toxikologii Plynová chromatografie a hmotnostní spektrometrie (GC-MS) GC-MS aplikace v toxikologii M. Balíková GC-MS aplikace v toxikologii MS (mass spectrometry) hmotnostní spektrometrie: fyzikálně chemická metoda

Více

NMR biomakromolekul RCSB PDB. Progr. NMR

NMR biomakromolekul RCSB PDB. Progr. NMR NMR biomakromolekul Typy biomakromolekul a možnosti studia pomocí NMR proteiny a peptidy rozmanité složení, omezení jen velikostí molekul nukleové kyseliny (RNA, DNA) a oligonukleotidy omezení malou rozmanitostí

Více

Úvod do hmotnostní spektrometrie

Úvod do hmotnostní spektrometrie Úvod do hmotnostní spektrometrie Friedecký D. 1,2, Lemr K. 3 Klin. Biochem. Metab., 20 (41), 2012, No. 3, p. 152 157. 1 Laboratoř dědičných metabolických poruch, OKB, Fakultní nemocnice Olomouc 2 Ústav

Více

Metody analýzy povrchu

Metody analýzy povrchu Metody analýzy povrchu Metody charakterizace nanomateriálů I RNDr. Věra Vodičková, PhD. Povrch pevné látky: Poslední monoatomární vrstva + absorbovaná monovrstva Ovlivňuje fyzikální vlastnosti (ukončení

Více

Hmotnostní analyzátory Hmotnostní analyzátory

Hmotnostní analyzátory Hmotnostní analyzátory Hmotnostní analyzátory Hmotnostní analyzátory hmotnostní analyzátor slouží k dělení iontů v plynné fázi za vakua podle poměru jejich hmotnosti a náboje (m/z) analyzátor je umístněn za iontovým zdrojem

Více

Laboratoř ze speciální analýzy potravin II. Úloha 3 - Plynová chromatografie (GC-MS)

Laboratoř ze speciální analýzy potravin II. Úloha 3 - Plynová chromatografie (GC-MS) 1 Úvod... 1 2 Cíle úlohy... 2 3 Předpokládané znalosti... 2 4 Autotest základních znalostí... 2 5 Základy práce se systémem GC-MS (EI)... 3 5.1 Parametry plynového chromatografu... 3 5.2 Základní charakteristiky

Více

HPLC/MS tělních tekutin nový rozměr v medicinální diagnostice

HPLC/MS tělních tekutin nový rozměr v medicinální diagnostice HPLC/MS tělních tekutin nový rozměr v medicinální diagnostice Lukáš Chytil Ústav organické technologie VŠCHT Praha Medicinální diagnostika a hmotnostní spektrometrie Medicinální diagnostika: - Klasické

Více

13. Spektroskopie základní pojmy

13. Spektroskopie základní pojmy základní pojmy Spektroskopicky významné OPTICKÉ JEVY absorpce absorpční spektrometrie emise emisní spektrometrie rozptyl rozptylové metody Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti

Více

Základní principy interpretace spekter

Základní principy interpretace spekter Základní principy interpretace spekter Obecný postup interpretace spekter Určení molekulové hmotnosti Fragmentace iontů se sudým počtem elektronů Fragmentace iontů s lichým počtem elektronů Interpretace

Více

LINEÁRNÍ IONTOVÁ PAST A JEJÍ APLIKACE V PROTEOMICKÉ ANALÝZE

LINEÁRNÍ IONTOVÁ PAST A JEJÍ APLIKACE V PROTEOMICKÉ ANALÝZE LINEÁRNÍ IONTOVÁ PAST A JEJÍ APLIKACE V PROTEOMICKÉ ANALÝZE PETR VERNER SPECTRONEX Praha, Černická 19, Praha 10 verner@spectronex.cz a spol. 8 a spolu s Bierem také navrhl několik možných uspořádání lineární

Více

Základy interpretace MS spekter získaných měkkými ionizačními technikami. Příprava předmětu byla podpořena projektem OPPA č. CZ.2.17/3.1.

Základy interpretace MS spekter získaných měkkými ionizačními technikami. Příprava předmětu byla podpořena projektem OPPA č. CZ.2.17/3.1. Základy interpretace MS spekter získaných měkkými ionizačními technikami Příprava předmětu byla podpořena projektem OPPA č. CZ.2.17/3.1.00/33253 Pravidlo sudého počtu elektronů v (kvazi)molekulárním iontu

Více

: nízkokroková nízkokroková ( a al a ýza analýza analýza komplexního komplexního vzorku proteinů protein /peptid

: nízkokroková nízkokroková ( a al a ýza analýza analýza komplexního komplexního vzorku proteinů protein /peptid přímá kvantitativní analýza v HPLC MS (bez izotopového otopoého značení) Jan Havliš Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta, Brno Ústav experimentální biologie : Oddělení funkční genomikya proteomiky

Více

Analýza směsí, kvantitativní NMR spektroskopie a využití NMR spektroskopie ve forenzní analýze

Analýza směsí, kvantitativní NMR spektroskopie a využití NMR spektroskopie ve forenzní analýze Analýza směsí, kvantitativní NMR spektroskopie a využití NMR spektroskopie ve forenzní analýze Analýza směsí a kvantitativní NMR NMR spektrum čisté látky je lineární kombinací spekter jejích jednotlivých

Více

Souhlasím s prezenčním zpřístupněním své práce v Univerzitní knihovně. V Pardubicích dne 4. 5. 2009 Kateřina Netušilová

Souhlasím s prezenčním zpřístupněním své práce v Univerzitní knihovně. V Pardubicích dne 4. 5. 2009 Kateřina Netušilová Univerzita Pardubice Fakulta chemicko-technologická Optimalizace použití trypsinu imobilizovaného na magnetických mikročásticích pro proteomické účely Bc. Kateřina Netušilová Diplomová práce 29 Prohlašuji:

Více

Hmotnostní analyzátory II

Hmotnostní analyzátory II Hmotnostní analyzátory II Typy analyzátorů Iontová cyklotronová rezonance Orbitrap Analyzátory iontové pohyblivosti Hybridní hmotnostní spektrometry Hmotnostní analyzátor Vzorek Data Iontový zdroj Hmotnostní

Více

ZÁKLADNÍ EXPERIMENTÁLNÍ

ZÁKLADNÍ EXPERIMENTÁLNÍ Kurz praktické NMR spektroskopie 10. - 12. říjen 2011, Praha ZÁKLADNÍ EXPERIMENTÁLNÍ POSTUPY NMR ROZTOKŮ A KAPALIN Jana Svobodová Ústav Makromolekulární chemie AV ČR, v.v.i. Bruker 600 Avance III PŘÍSTROJOVÉ

Více

Analýza proteinů pomocí hmotnostní spektrometrie

Analýza proteinů pomocí hmotnostní spektrometrie Analýza proteinů pomocí hmotnostní spektrometrie Analysis of Protein Using Mass Spectrometry Dvořáková P., Hernychová L., Vojtěšek B. Regionální centrum aplikované molekulární onkologie, Masarykův onkologický

Více

Program 14. ročníku Školy hmotnostní spektrometrie

Program 14. ročníku Školy hmotnostní spektrometrie Program 14. ročníku Školy hmotnostní spektrometrie 16. - 20. září 2013, Priessnitzovy léčebné lázně a.s., Jeseník Pondělí 16. 9. 2013 11:00-13:30 Příjezd účastníků, registrace, instalace stánků firem Zahájení

Více

Hmotnostní spektrometrie Mass spectrometry - MS

Hmotnostní spektrometrie Mass spectrometry - MS Hmotnostní spektrometrie Mass spectrometry - MS Příprava předmětu byla podpořena projektem OPPA č. CZ.2.17/3.1.00/33253 Hmotnostní spektrometrie Mass spectrometry - MS hmotnostní spektroskopie versus hmotnostní

Více

Extrakce. Dělení podle způsobů provedení -Jednostupňová extrakce - mnohastupňuvá extrakce - kontinuální extrakce

Extrakce. Dělení podle způsobů provedení -Jednostupňová extrakce - mnohastupňuvá extrakce - kontinuální extrakce Extrakce Slouží k izolaci, oddělení analytu nebo skupin látek s podobnými vlastnostmi od matrice a ostatních látek, které nejsou předmětem analýzy (balasty). Extrakce je založena na ustavení rovnováhy

Více

Obsah. 602 00, Brno, Česká republika, b Bruker Daltonik GmbH, Fahrenheitstrasse 4, D-28359, Bremen, Německo

Obsah. 602 00, Brno, Česká republika, b Bruker Daltonik GmbH, Fahrenheitstrasse 4, D-28359, Bremen, Německo IONTOVÁ CYKLOTRONOVÁ REZONANCE S FOURIEROVOU TRANSFORMACÍ (FT-ICR MS) A JEJÍ VYUŽITÍ JAKO NEJFLEXIBILNĚJŠÍ HMOTNOSTNĚ SPEKTRO- METRICKÉ METODY V PROTEOMICE MICHAL BOHÁČ a, ARND INGENDOH b, JENS FUCHSER

Více

Identifikace barviv pomocí Ramanovy spektrometrie

Identifikace barviv pomocí Ramanovy spektrometrie Identifikace barviv pomocí Ramanovy spektrometrie V kriminalistických laboratořích se provádí technická expertíza písemností, která se mimo jiné zabývá zkoumáním použitých psacích prostředků: tiskových

Více

Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti. Translace, techniky práce s DNA

Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti. Translace, techniky práce s DNA Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti Translace, techniky práce s DNA Translace překlad z jazyka nukleotidů do jazyka aminokyselin dá se rozdělit na 5 kroků aktivace aminokyslin

Více

Stanovení koncentrace (kvantifikace) proteinů

Stanovení koncentrace (kvantifikace) proteinů Stanovení koncentrace (kvantifikace) proteinů Bioanalytické metody Prof. RNDr. Pavel Peč, CSc. Úvod Kritéria výběru metod stanovení koncentrace proteinů jsou založena na možnostech pro vlastní analýzu,

Více

Detekce ve vysokoúčinné kapalinové chromatografii

Detekce ve vysokoúčinné kapalinové chromatografii Detekce ve vysokoúčinné kapalinové chromatografii Josef Cvačka, 24.11.2010 2010 Detekce v HPLC základní pojmy Detektor Detektor je zařízení, které monitoruje změny složení mobilní fáze měřením fyzikálních

Více

Metody strukturní analýzy MS, RTG difrakce. Pavel Matějka

Metody strukturní analýzy MS, RTG difrakce. Pavel Matějka Metody strukturní analýzy MS, RTG difrakce Pavel Matějka Metody strukturní analýzy MS, RTG difrakce 1. MS 1. Princip metody 2. Iontové zdroje 3. Hmotnostní analyzátory 4. Základy pro interpretaci spekter

Více

Diagnostika bronchiálního. ho astmatu HPLC/MS analýzou. Kamila Syslová Ústav organické technologie

Diagnostika bronchiálního. ho astmatu HPLC/MS analýzou. Kamila Syslová Ústav organické technologie Diagnostika bronchiálního ho astmatu HPLC/MS analýzou Kamila Syslová Ústav organické technologie Bronchiální astma Civilizační onemocnění rostoucí počet případů snižující se věková hranice prvních projevů

Více

Aminokyseliny. Gymnázium a Jazyková škola s právem státní jazykové zkoušky Zlín. Tematická oblast Datum vytvoření Ročník Stručný obsah Způsob využití

Aminokyseliny. Gymnázium a Jazyková škola s právem státní jazykové zkoušky Zlín. Tematická oblast Datum vytvoření Ročník Stručný obsah Způsob využití Aminokyseliny Tematická oblast Datum vytvoření Ročník Stručný obsah Způsob využití Autor Kód Chemie přírodních látek proteiny 18.7.2012 3. ročník čtyřletého G Určování postranních řetězců aminokyselin

Více

Separační metody používané v proteomice

Separační metody používané v proteomice Separační metody používané v proteomice Proteome = komplexní směsi proteinů Lidská buňka 10,000 typů proteinů Rozdíl v koncentraci 10 6,plasma10 9 Nutnost separace, frakcionace Na úrovni Proteinů Obtížně

Více

Iontové zdroje I. Iontový zdroj. Data. Vzorek. Hmotnostní analyzátor. Zdroj vakua. Ionizace, vlastnosti iontových zdrojů, iontová optika

Iontové zdroje I. Iontový zdroj. Data. Vzorek. Hmotnostní analyzátor. Zdroj vakua. Ionizace, vlastnosti iontových zdrojů, iontová optika Iontové zdroje I. Ionizace, vlastnosti iontových zdrojů, iontová optika API zdroje: Iontové zdroje pracující za atm. tlaku Elektrosprej Nanoelektrosprej Chemická ionizace za atmosférického tlaku Fotoionizace

Více

Experimentální metody strukturálního výzkumu. Hmotnostní spektrometrie

Experimentální metody strukturálního výzkumu. Hmotnostní spektrometrie Experimentální metody strukturálního výzkumu Hmotnostní spektrometrie Michal Holčapek Plná PDF verze přednášky ke stažení: http://holcapek.upce.cz/ Hmotnostní spektrometrie Držitelé Nobelových cen za chemii

Více

Techniky prvkové povrchové analýzy elemental analysis

Techniky prvkové povrchové analýzy elemental analysis Techniky prvkové povrchové analýzy elemental analysis (Foto)elektronová spektroskopie (pro chemickou analýzu) ESCA, XPS X-ray photoelectron spectroscopy (XPS) Any technique in which the sample is bombarded

Více

ÚVOD... 3 TEORETICKÁ ČÁST... 4 PROTEOMIKA Chromatografické separační metody...11 Elektromigrační separační metody...11

ÚVOD... 3 TEORETICKÁ ČÁST... 4 PROTEOMIKA Chromatografické separační metody...11 Elektromigrační separační metody...11 ÚVOD... 3 TEORETICKÁ ČÁST... 4 PROTEOMIKA... 5 Proteom...5 Strategie analýzy v proteomice... 6 Stavba proteomu... 7 Aminokyseliny... 7 Peptidy... 8 Proteiny... 8 Identifikace proteinů... 9 Kvantitativní

Více

Chromatografie. Petr Breinek. Chromatografie_2011 1

Chromatografie. Petr Breinek. Chromatografie_2011 1 Chromatografie Petr Breinek Chromatografie_2011 1 Společným znakem všech chromatografických metod je kontinuální rozdělování složek analyzované směsi vzorku mezi dvěma fázemi. Nepohyblivá fáze (stacionární

Více

Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti ELEKTROMIGRAČNÍ METODY

Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti ELEKTROMIGRAČNÍ METODY Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti ELEKTROMIGRAČNÍ METODY ELEKTROFORÉZA K čemu to je? kritérium čistoty preparátu stanovení molekulové hmotnosti makromolekul stanovení izoelektrického

Více

Nukleární magnetická rezonance (NMR)

Nukleární magnetická rezonance (NMR) Nukleární magnetická rezonance (NMR) Nukleární magnetické rezonance (NMR) princip ZDROJ E = h. elektro-magnetické záření E energie záření h Plankova konstanta frekvence záření VZOREK E E 1 E 0 DETEKTOR

Více

Hmotnostní spektrometrie (1)

Hmotnostní spektrometrie (1) 1 % Hmotnostní spektrometrie (1) 12_Chudoba_HCVDGrigsby_1ACC 12 (.677) 28 29 27 32 57 71 43 55 69 97 83 85 41 81 95 111 67 99 113 125 54 67 79 93 127 15 137 153155 165 183 197 211 225 2 4 6 8 1 12 14 16

Více

Aplikace hmotnostní spektrometrie. Hmotnostní spektrometr měří pouze hmotnost, na nás je jak toho využijeme.

Aplikace hmotnostní spektrometrie. Hmotnostní spektrometr měří pouze hmotnost, na nás je jak toho využijeme. Aplikace hmotnostní spektrometrie Hmotnostní spektrometr měří pouze hmotnost, na nás je jak toho využijeme. Peptide mass fingerprinting Rozštěpení neznámého proteinu specificky štěpící proteasou. Stanovení

Více

Aminokyseliny, proteiny, enzymy Základy lékařské chemie a biochemie 2014/2015 Ing. Jarmila Krotká Metabolismus základní projev života látková přeměna souhrn veškerých dějů, které probíhají uvnitř organismu

Více

Laboratorní analytické metody. Petr Tůma

Laboratorní analytické metody. Petr Tůma Laboratorní analytické metody Petr Tůma Rozdělení analytických metod Metody separační Chromatografie kapalinová plynová Elektroforéza Metody spektrální absorpční spektrometrie v UV/VIS Metody elektrochemické

Více

CRH/NPU I - Systém pro ultraúčinnou kapalinovou chromatografii (UHPLC) ve spojení s tandemovým hmotnostním spektrometrem (MS/MS)

CRH/NPU I - Systém pro ultraúčinnou kapalinovou chromatografii (UHPLC) ve spojení s tandemovým hmotnostním spektrometrem (MS/MS) ODŮVODNĚNÍ VEŘEJNÉ ZAKÁZKY v souladu s 156 zákona č. 137/2006, Sb., o veřejných zakázkách, ve znění pozdějších předpisů Nadlimitní veřejná zakázka na dodávky zadávaná v otevřeném řízení v souladu s ust.

Více

Glykobiologie Glykoproteomika Funkční glykomika

Glykobiologie Glykoproteomika Funkční glykomika Glykobiologie Glykoproteomika Funkční glykomika Glycobiology how sweet it is! Monosacharidy (glukosa, fruktosa, galaktosa ) Oligosacharidy (maltosa, isomaltosa, sacharosa, laktosa.., oligosacharidové řetězce

Více

Pracoviště (1) Oddělení mikrobiologie, Přírodovědecká fakulta Masarykovy, Brno, Česká republika (2)Oddělení funkční genomiky a proteomiky, Přírodověde

Pracoviště (1) Oddělení mikrobiologie, Přírodovědecká fakulta Masarykovy, Brno, Česká republika (2)Oddělení funkční genomiky a proteomiky, Přírodověde MALDI-TOF MS typizace γ-proteobakterií Matrix-assisted assisted laser desorption/ionization time of flight MS (Karas a Hillenkamp, 1987) Andrea Vávrová, 4roč. Oddělení mikrobiologie MU Vedoucí DP: RNDr.

Více

METODY STUDIA PROTEINŮ

METODY STUDIA PROTEINŮ METODY STUDIA PROTEINŮ Mgr. Vlasta Němcová vlasta.furstova@tiscali.cz OBSAH PŘEDNÁŠKY 1) Stanovení koncentrace proteinu 2) Stanovení AMK sekvence proteinu Hmotnostní spektrometrie Edmanovo odbourávání

Více