Rozměr: px
Začít zobrazení ze stránky:

Download ""

Transkript

1 Hmotnostní spektrometrie peptidů ů a proteinů Petr Halada Mikrobiologický ústav AV ČR

2 Proč chceme znát molekulovou hmotnost? Všechny prvky a molekuly jsou charakterizovány 2 základními veličinami Frekvence (ν) Spektroskopie (UV, IR, fluorescence, NMR, ) Rentgenová difrakce Molekulová hmotnost (m) sedimentace/centrifugace chromatografie elektroforéza hmotnostní spektrometrie

3 Hmotnostní spektrometrie Metoda umožňující určit molekulovou hmotnost chemických látek Prvky a molekuly jsou charakterizovány svou hmotností a tou se vzájemně odlišují Měříme pseudomolekulární ionty v plynné fázi (M +, M+H +, M+Na +, M-H -, atd.)

4 Hmotnostní spektrometrie Hmotnostní spektrometr generuje ze vzorku ionty v plynné fázi, rozdělí je podle poměru hmoty a náboje (m/z) a zaznamená hmotnostní spektrum = grafické znázornění četnosti iontů na hodnotě m/z Fragmentace iontů v hmotnostním spektrometru umožní získat strukturní informaci, která se využívá při: - identifikace látek - určení struktury

5 Hmotnostní spektrometr Normální tlak Snížený tlak Vložení vzorku Iontov tový zdroj Hmotnostní analyzátor Detektor tor Počítač m/z!

6 Tandemová hmotnostní spektrometrie MS/MS fragmentace iontů Izolace iontu podle m/z Separace fragmentů podle m/z Iontový zdroj Hmotnostní analyzátor 1 Hmotnostní analyzátor 2 Detektor tor Vznik iontů v plynné fázi Kolizní cela Detekce fragmentových iontů

7 Izotopy Chemické prvky se vyskytují v přírodě jako směs izotopů Uhlík: 98.90% 12 C 1.10% 13 C Monoizotopická hmotnost / Průměrná hmotnost Br 50.69% 79 Br 49.31% 81 Br Monoizotopická hmotnost / Průměrná hmotnost

8 Kolik hmotností máme? Celočíselná CH 3 Br: x = 95 Průměrná (vážený průměr všech izotopů daného prvku podle % zastoupení) CH 3 Br = x = Monoizotopická (součet přesných hmotností "nejlehčích" izotopů prvků) CH 3 Br = x =

9 Kolik hmotností máme? Monoizotopická vs. Průměrná MW M mono < M avg Glukosa C6H12O6 M mono = ; M avg = Peptid C113H171N27O31S1 M mono = ; M avg =

10 Přítomnost izotopů ( 13 C, 15 N, 18 O, ) se projeví na tvaru píku. 13 C je 1.1%, tj. na každých 100 uhlíků je jeden 13 C více uhlíků -> více 13 C, to se projeví na tvaru píku Intenzita druhého izotopu je 1.1 x počet C získáme % intenzity prvního píku.

11 Izotopický klastr 12 C: 98.90% 13 C: 1.10 % 10x 12 C, no 13 C C C x 12 C, 1x 13 C ,200 1,202 C 100 1,204 1, ,000 12,010 C x 12 C, 2x 13 C 12,020 12,030

12 Kouzla s izotopy 32 S a 34 S 79 Br a 81 Br

13 Hmotnostní spektrum Signály iontů ve spektru jsou charakterizovány: poměrem hmotnosti a náboje m/z intenzitou rozlišením 100% Základní pík Rel. intenzita m/z

14 Rozlišení R= m m m=fwhm Full Width at Half Maximum h m ½ h m Př. - rozlišení znamená, že odlišíme dvě látky, lišící se o 1/50000 MW a Jednotkové rozeznáme m/z 100 od 101 kvadrupóly a iontové pasti

15 Rozlišení R = 1000 (blue), 3000 (red), 10,000 (green) and 30,000 (black) IT vs. ToF vs. FT-ICR analyzátor

16 Absolutní Přesnost Da Dalton Relativní (mění se podle m/z) % ppm parts per million: ppm (Mteor - Mexp)/Mteor x Iontová past ppm TOF ppm FT-ICR ppm

17 Unikátní vlastnosti hmotnostní spektrometrie Specifita Rychlost Citlivost Jednoduchá interpretace dat

18 Čísla k zapamatování (1 mol ~ x molekul) molů zrnko soli ~ 1 ug ~ 20 nmol molekul pmol pro CBB 1 pmol pro Edmanovo odb. 100 fmol pro stříbrem - barvené gely 2 fmol: jedna kopie v 10 9 buněk amol: ICR FTMS zmol: Iontová past ( iontů) 10 3

19 Ionizační metody EI Electron Impact CI Chemical Ionization APCI / APPI Atmospheric Pressure Chemical Ionization / Photo Ionization FD Field Desorption PD Plasma Desorption FAB Fast Atom Bombardment ESI / nanoesi ElectroSpray Ionization MALDI Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization

20 1988 Elektrosprej J.B. Fenn Fenn JB; Mann M; Meng CK; Wong SF; Whitehouse CM: Science 1989, 246, nanoelektrosprej M. Mann a M. Wilm

21 Ionizace elee lektrosprejemrejem Rozpouštědlo/Pufr ESI jehla (2-55 kv) Vstupní otvor (0-50 V) Vyhřívaná kapilára Iontový svazek

22 Ionizace elee lektrosprejemrejem Velmi měkká ionizace Malá nebo téměř žádná fragmentace Mnohonásobně nabité ionty 1, 2, 3, 60x Proteiny, peptidy, oligosacharidy, nukleotidy, syntetické polymery... Nekovalentní komplexy (proteinové komplexy, komplexy protein-ligand, atd.) Vhodná pro kvantifikaci Vysoká náročnost na čistotu Napojitelné na LC Spojení s jakýmkoliv analyzátorem

23 1987 Desorpce laserem za přítomnosti matrice K. Tanaka / M. Karas, F. Hillenkamp Karas M; Bachmann D; Bahr U; Hillenkamp F: Int. J. Mass Spectrom. Ion Proc. 1987, 78, 53. Tanaka K; Waki H; Ido Y; Akita S; Yoshida Y; Yoshida T: Rapid Commun. Mass Spectrom. 1988, 2, 151.

24 MALDI ionizační proces

25 MALDI ionizační proces 1 mm MALDI destička krystaly matrice a vzorku

26 MALDI ionizační proces MALDI matrice silná absorpce vlnové délky laseru ε (matrice) >> ε (analytu) stabilita ve vakuu, netěkavá přenos protonu (na analyt / z analytu) ionizace mísitelná se vzorkem v tuhé fázi vzorek : matrice = 1 : solventy : MeOH, EtOH, MeCN, H 2 O, THF, aceton... UV-MALDI 337 nm dusíkový laser 355 nm Nd:YAG 266 nm Nd:YAG solid state Hz IR-MALDI 2.94 mm Er:YAG laser 10.6 mm CO 2 laser

27 MALDI matrice kys. 2,5-dihydroxybenzoová (DHB) kys. α-kyano-4-hydroxyskořicová (CCA) kys. sinapová (SA) (kys. 3,5-dimethoxy-4-hydroxyskořicová) kys. ferulová (FA) (kys. 4-hydroxy-3-methoxyskořicová)

28 Nanesení vzorku na MALDI destičku analyt ( M) "Dried droplet" matrice (5-50 g/l) MS

29 Nanesení vzorku na MALDI destičku "Thin-layer" matrice (CCA, sinapová kys.) v acetonu, 1% voda analyt ( M) tenká homogenní vrstva krystalů promytí MS

30 MALDI matrice 1 mm 1 mm CCA - dried droplet DHB - dried droplet CCA - thin layer DHB - dried droplet špatná příprava

31 MALDI ionizační proces Měkká ionizace Malá nebo žádná fragmentace, jednoduchá interpretace Jednonásobně nabité ionty [M+H] + ; [M-H] - Analýza komplexních směsí Rychlá a jednoduchá příprava a analýza Proteiny, peptidy, oligosacharidy, nukleotidy syntetické polymery... Tolerantní k detergentům, solím Krátké laserové pulsy; t ~ ns Spojeno s TOF analyzátorem ALE...

32 Analyzátory q, MSQ quadrupole (Mono Stage Quadrupole) TSQ Triple Stage Quadrupole (QqQ) qit quadrupole Ion Trap LT Linear Ion Trap Sector B/E geometry TOF Time Of Flight FT-ICR Fourier Transform Ion Cyclotron Resonance Hybridní (q-tof, TOF-TOF, q-ft-icr, LT-FT-ICR)

33 Linearní Time Of Flight (TOF) analyzátor E kin = ½ mv 2

34 Time Of Flight (TOF) Analyzátor s reflektronem

35 Post-Source ource Decay (PSD) získání PSD spektra - postupné snižování U reflektronu záznam segmentů velmi pracné a zdlouhavé

36 TOF/TOF - LIFT metoda

37

38 Kvadrupólový analyzátor a iontová past stejný princip - ovlivňování pohybu iontů oscilujícím elektrickým polem velmi rozšířené relativně jednoduchá obsluha a udržba vhodné pro rutinní spojení se separačními metodami

39 Kvadrupólový analyzátor všechny ionty nerezonující iont + iont v rezonanci - - z iontového zdroje + do detektoru nerezonující iont iont v rezonanci - Rf

40 Trojnásobný kvadrupól N 2 RF Fokusace iontů Q1 Q2 Kolizní cela Q3 Detektor Prekursorové ionty Fragmentace (CAD) Produktové ionty

41 Sférická iontová past 3D z iontového zdroje do detektoru vstupní koncová elektroda středová prstencová elektroda výstupní koncová elektroda

42 Proč je v pasti helium? snížení kinetické energie iontů zvýšení citlivosti pomáhá udržet ionty ve středu iontové pasti zvýšení rozlišení a citlivosti slouží jako kolizní plyn, vyvolává fragmentaci

43

44 Q-TOF

45 FT-ICR Iontově cyklotronová rezonance s Fourierovou transformací Pohyb iontů v magnetickém poli - iont s hmotností m a nábojem q, pohybující se s rychlostí v v homogenním magnetickém poli se silou B: F = mv 2 /r F = qv x B

46 FT-ICR Iontově cyklotronová rezonance s Fourierovou transformací A B + + Iont pohybující se po cyklotronové orbitě s frekvencí danou vztahem: 2πf = qb m Poloměr běžné cely: 1-3 cm Počáteční poloměr pohybu iontu: mm Běžná síla magnetického pole: 1-12 Tesla např. 7T magnet, m/z 100, 1 sec cyklů (30 km)

47 FT-ICR Iontově cyklotronová rezonance s Fourierovou transformací Koherentní cyklotronový pohyb indukuje proudový obraz, který je amplifikován a detekován. Přítomnost iontů s různými m/z se projeví jako superpozice sinusoidalních signálů na detektoru. excelentní rozlišení (~ 10 6 ) a přesnost ppm

48 FT-ICR Rozlišení

49 Hmotnostní spes pektrometrie v analýze biomolekul Kontrola kvality/čistoty Určení MW Identifikace Sekvenování Charakterizace modifikací Studium nekovalentních komplexů Analýza směsí Relativní/absolutní kvantifikace Studium 3D struktury s nízkým rozlišením

50 Určení MW MALDI

51 100 Určení MW ESI 6+ R ~ % % m/z m/z

52 Relativní intensita NH 3 + A R NH 3 + G S S R A A R NH 3 + NH 3 + R S T R R NH 3 + NH 3 + V NH NH 3 + R A A R A R G S S NH NH 3 + R A A R A R R S T R R NH 3 + V G S S NH 3 + R S T R R V m/z

53 Určení MW ESI Dekonvoluce

54 Identifikace proteinů = otisk prstu člověka "fingerprint" = fingerprint proteinu/ů

55 Identifikace proteinp roteinu - princip

56 Štěpení proteinů Trypsin K/R- \-P Chymotrypsin Y/W/K/F- \-P AspN -D GluC E-, E/D- \-P ArgC R- \-P LysC K- \-P CNBr M-

57 Důležitá je přesnost Čím vyšší přesnost měření, tím méně peptidů potřebujeme pro bezchybnou identifikaci Iontová past ppm TOF ppm FT-ICR ppm

58

59

60

61

62

63

64

65 groel protein * ATP synthase

66 Parametry ovlivňující ID proteinu Databáze NCBInr Swissprot vlastní Taxonomie Fyzikálně-chemické Přesnost měření MW a pi (- odhad z 2D gelu), použitá proteáza závisí na spektrometru a kalibraci spektra Biochemické Neúplné štěpení Modifikace Např. trypsin : AFHYTDKILGCVR úplná alkylace cysteinu částečná oxidace methioninu

67 Identifikace proteinu Protein na gelu nebo v roztoku Štěpení proteinu Peptidové mapování/ Peptidový fingerprinting Bez výsledku Peptidové mikrosekvenování (PSD, MS/MS)

68 Peptidové sekvenování

69 Full MS Mass range(350 ( ) Scan 1479 Full MS/MS (CID) Scan 1480 Precursor 667.7

70 Data-Dependent Dependent MS & Dynamic Exclusion Relative Abundance m/z 2

71 Fragmentace peptidu b 1 b 2 b 3 R 1 R 2 R 3 R 4 NH 2 -CH-CO-NH-CH-CO-NH-CH-CO-NH-CH-CO 2 H N-konec C-konec y 3 y 2 y 1

72 Fragmentace ace peptidu S-P-A-F-D-S-I-M-A-E-T-L-K MH + = b-ions + y-ions S PAFDSIMAETLK SP AFDSIMAETLK SPA FDSIMAETLK SPAF DSIMAETLK SPAFD SIMAETLK SPAFDS IMAETLK SPAFDSI MAETLK SPAFDSIM AETLK SPAFDSIMA ETLK SPAFDSIMAE TLK SPAFDSIMAET LK SPAFDSIMAETL K 147.2

73 Přehled aminokyselin v číslech AK Hmotnost Boční řetězec Immoniové ionty G Gly A Ala S Ser P Pro V Val T Thr C Cys L Leu (72) I Ile (72) N Asn (70) D Asp Q Gln (84, 129) K Lys (129, 112, 84, 70) E Glu M Met (61) H His (166, 138, 123, 121, 82) F Phe (91) R Arg (112, 100, 87, 73, 70, 59) Y Tyr W Trp

74 m/z tryptic digest (-K/-R) [M+H] + = ends with -K AAAAAAAAAAAAAAGAAGK KG A A 6A G A A A A A A A A A A A A A A A A G A A A A 2A G K 2A

75

76 (our) MASCOT MS/MS

77 Bottom up vs. Top down identifikace proteinů Štěpení proteinu/směsi MS, MS/MS (na úrovni peptidů) LC-MS(/MS) DTB prohledávání na bázi PMF, MS/MS Pre-frakcionace Purifikace v plynné fázi Určení přesné MW MS/MS proteinu DTB prohledávání pomocí MW proteinu a sekvenčního tagu Zachována informace o PTM Vyžaduje FT-ICR MS

78 TopDown

79 Čichám Čichám PTMs PostTranslační Modifikace změna MW Disulfidické můstky (Cys-Cys) Glykosylace Fosforylace Acylace Oxidace Acetylace Zkrácení proteinu Ztráta N-konc.Met Glu -> pyro-glu

80 Disulfidické můstky A - určení zda jsou nebo nejsou přítomné diferenční alkylace B určení kolik Cys je volných a kolik vázaných 1. denaturace, alkylace činidlem I (u menších proteinů lze rovnou měřit MS) 2. redukce a alkylace činidlem II 3. štěpení a MS, LC-MS/MS určení C přímá identifikace disulfidů - štěpení + LC-MS (FT- ICR) hledání disulfidicky spojených peptidů podle přesné hmotnosti bez redukce/alkylace

81 Diferenční alkylace celý protein

82 Glykosylace N- a O-glykosylace 1. Charakterizace sacharidových struktur+určení heterogenity 2. Nalezení míst glykosylace 3. Přiřazení struktur na jednotlivá glykosylační místa

83 N-glykosylace 1. Charakterizace sacharidových struktur+určení heterogenity 2. Nalezení míst glykosylace 3. Přiřazení struktur na jednotlivá glykosylační místa 1. a) uvolnění glykanu(-ů) enzymaticky PNGasa F, Endo H, Endo F1-3, postupné odštěpování pomocí exoglykosidas, Pronasa chemicky hydrazinolýza, alkalické štěpení, TMSF (pouze deglykosyluje ničí sacharid) b) charakterizace glykanů NMR, MS, MS/MS, permethylace+ms/ms, exoglykosidasy+ms 2. a) Edmanovo odbourávání nejlépe glykopeptidy peptidy po EndoH b) deglykosylace PNGasouF v H 2 16 O a H 2 18 O (+ štěpení AspN) PNGasa F mění Asn na Asp (vzniká zásahové místo pro AspN) 3. Štěpení proteinu izolace glykopeptidů a opakovaní postupu na jednotlivých glykopeptidech

84 Fosforylace Signalizace, aktivace, S, T, Y, H Ztráta (P) skupiny: -98, Směrovaná MS analýza (neutrální ztráta, precursor ion scanning, negativní mód) Nabohacení protilátky, IMAC, TiO 2 Působení fosfatázy + diferenční mapování

85 Fosforyla orylace A B Relative Abundance Relative Abundance Da neutrální ztráta Možné fosfopeptidy Tim e (m in)

86 IMAC Immobilized Metal Ion Affinity Chromatography IDA (iminodiacetic acid) NTA (nitrilo-triacetic acid) Iont kovu Ga 3+, Fe 3+ Nespecifická vazba esterifikace

87 IMAC Immobilized Metal Ion Affinity Chromatography P P Protein digestion P P P P Protein digestion P P Fe(3 + ) IMAC enrichment

88 Obohacení fosfopeptidů pomocí TiO 2

89 Obohacení fosfopeptidů pomocí TiO 2

HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE - kvalitativní i kvantitativní detekce v GC a LC - pyrolýzní hmotnostní spektrometrie - analýza polutantů v životním

HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE - kvalitativní i kvantitativní detekce v GC a LC - pyrolýzní hmotnostní spektrometrie - analýza polutantů v životním HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE - kvalitativní i kvantitativní detekce v GC a LC - pyrolýzní hmotnostní spektrometrie - analýza polutantů v životním prostředí - farmakokinetické studie - kvantifikace proteinů

Více

Základy hmotnostní spektrometrie

Základy hmotnostní spektrometrie Základy hmotnostní spektrometrie Lenka Hernychová e-mail: hernychova@pmfhk.cz Ústav molekulární patologie, Fakulta vojenského zdravotnictví, Universita obrany Hradec Králové Historie Koichi Tanaka vyvinul

Více

Hmotnostní spektrometrie. Petr Man pman@biomed.cas.cz

Hmotnostní spektrometrie. Petr Man pman@biomed.cas.cz Hmotnostní spektrometrie Petr Man pman@biomed.cas.cz Unikátní vlastnosti hmotnostní spektrometrie Specifita Rychlost Jednoduchá interpretace dat Citlivost Čísla k zapamatování (1 mol ~ 6.023 x 10 23 molekul)

Více

Strategie peptidp. sekvenování. Derivatizace: Chemically Assisted Fragmentation CAF. 2 O značení. Esterifikace (EtOH: 28 Da / COOH skupinu)

Strategie peptidp. sekvenování. Derivatizace: Chemically Assisted Fragmentation CAF. 2 O značení. Esterifikace (EtOH: 28 Da / COOH skupinu) Hmotnostní spektrometrie v analýze biomolekul Kontrola kvality/čistoty Určení MW Identifikace Sekvenování Charakterizace modifikací Studium nekovalentních komplexů Analýza směsí Kvantifikace Studium 3D

Více

Moderní nástroje v analýze biomolekul

Moderní nástroje v analýze biomolekul Moderní nástroje v analýze biomolekul Definice Hmotnostní spektrometrie (zkratka MS z anglického Mass spectrometry) je fyzikálně chemická metoda. Metoda umožňující určit molekulovou hmotnost chemických

Více

Hmotnostní spektrometrie ve spojení se separačními metodami

Hmotnostní spektrometrie ve spojení se separačními metodami Pražské analytické centrum inovací Projekt CZ.04.3.07/4.2.01.1/0002 spolufinancovaný ESF a Státním rozpočtem ČR Hmotnostní spektrometrie ve spojení se separačními metodami Ivan Jelínek PřF UK Praha Definice:

Více

MENÍ A INTERPRETACE SPEKTER BIOMOLEKUL. Miloslav Šanda

MENÍ A INTERPRETACE SPEKTER BIOMOLEKUL. Miloslav Šanda MENÍ A INTERPRETACE SPEKTER BIOMOLEKUL Miloslav Šanda Ionizaní techniky využívané k analýze biomolekul (biopolymer) MALDI : proteiny, peptidy, oligonukleotidy, sacharidy ESI : proteiny, peptidy, oligonukleotidy,

Více

Spojení hmotové spektrometrie se separačními metodami

Spojení hmotové spektrometrie se separačními metodami Spojení hmotové spektrometrie se separačními metodami RNDr. Radomír Čabala, Dr. Katedra analytické chemie Přírodovědecká fakulta Univerzita Karlova Praha Spojení hmotové spektrometrie se separačními metodami

Více

Metody spektrální. Metody hmotnostní spektrometrie. Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti

Metody spektrální. Metody hmotnostní spektrometrie. Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti Metody spektrální Metody hmotnostní spektrometrie Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE - samostatně - strukturní analýza, identifikace látek - kvalitativní

Více

Základy hmotnostní spektrometrie

Základy hmotnostní spektrometrie Základy hmotnostní spektrometrie Historie Koichi Tanaka vyvinul MALDI techniku Tanaka K., Waki H., Ido Y., Akita S., Yoshida T.: Rapid Commun. Mass Spectrom. 1988. 2, 151 Tanaka K. JB Fenn vyvinul ionizaci

Více

Základy hmotnostní spektrometrie. Ústav molekulární patologie, Fakulta vojenského zdravotnictví, Univerzita obrany Hradec Králové

Základy hmotnostní spektrometrie. Ústav molekulární patologie, Fakulta vojenského zdravotnictví, Univerzita obrany Hradec Králové Základy hmotnostní spektrometrie Ústav molekulární patologie, Fakulta vojenského zdravotnictví, Univerzita obrany Hradec Králové Historie Koichi Tanaka vyvinul MALDI techniku Tanaka K., Waki H., Ido Y.,

Více

HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE

HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE -samostatně - strukturní analýza, identifikace látek - kvalitativní i kvantitativní detekce v GC a LC - prvková analýza kombinace s ICP - pyrolýzní hmotnostní spektrometrie - analýza

Více

Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti URČOVÁNÍ PRIMÁRNÍ STRUKTURY BÍLKOVIN

Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti URČOVÁNÍ PRIMÁRNÍ STRUKTURY BÍLKOVIN Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti URČOVÁNÍ PRIMÁRNÍ STRUKTURY BÍLKOVIN Primární struktura primární struktura bílkoviny je dána pořadím AK jejích polypeptidových řetězců

Více

Iontové zdroje II. Iontový zdroj. Data. Vzorek. Hmotnostní analyzátor. Zdroj vakua. Iontové zdroje pracující za sníženého tlaku

Iontové zdroje II. Iontový zdroj. Data. Vzorek. Hmotnostní analyzátor. Zdroj vakua. Iontové zdroje pracující za sníženého tlaku MC230P43 Hmotnostní detekce v separačních metodách, 2015 Iontové zdroje II. Iontové zdroje pracující za sníženého tlaku Elektronová/chemická ionizace Iontové zdroje pro spojení s planárními separacemi

Více

Hmotnostní analyzátory a detektory iont

Hmotnostní analyzátory a detektory iont Hmotnostní analyzátory a detektory iont Hmotnostní analyzátory Hmotnostní analyzátory Rozdlí ionty v prostoru nebo v ase podle jejich m/z Analyzátory Magnetický analyzátor (MAG) Elektrostatický analyzátor

Více

Hmotnostně spektrometrické zobrazování malých molekul

Hmotnostně spektrometrické zobrazování malých molekul Univerzita Pardubice Fakulta chemicko technologická Hmotnostně spektrometrické zobrazování malých molekul Martin Dušek Bakalářská práce 2012 University of Pardubice Faculty of chemical technology Mass

Více

Hmotnostní spektrometrie

Hmotnostní spektrometrie Hmotnostní spektrometrie Mass Spectrometry (MS) (c) David MILDE, 2003-2010 ÚVOD MS je nejrychleji se rozvíjejí technika analytické chemie. Dokáže poskytnout informace o: elementárním složení vzorku, struktuře

Více

Mass Spectrometry (MS) Lenka Veverková 2012

Mass Spectrometry (MS) Lenka Veverková 2012 HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE Mass Spectrometry (MS) Lenka Veverková 2012 ÚVOD MS je nejrychleji se rozvíjejí technika analytické chemie. Dokáže poskytnout informace o: elementárním složení vzorku, struktuře

Více

Zdroje iont používané v hmotnostní spektrometrii. Miloslav Šanda

Zdroje iont používané v hmotnostní spektrometrii. Miloslav Šanda Zdroje iont používané v hmotnostní spektrometrii Miloslav Šanda Ionizace v MS Hmotnostní spektrometrie je fyzikáln chemická metoda, pi které se provádí separace iont podle jejich hmotnosti a náboje m/z

Více

Hmotnostní spektrometrie

Hmotnostní spektrometrie Hmotnostní spektrometrie Podstatou hmotnostní spektrometrie je studium iontů v plynném stavu. Tato metoda v sobě zahrnuje tři hlavní části:! generování iontů sledovaných atomů nebo molekul! separace iontů

Více

Hmotnostní spektrometrie v organické analýze

Hmotnostní spektrometrie v organické analýze Hmotnostní spektrometrie v organické analýze Miroslav Lísa, Michal Holčapek každé úterý 16-18 hod, učebna HB-S23 plný text přednášek: http://holcapek.upce.cz/ zkouška: a/ písemný test (60 min) 40% známky

Více

Hmotnostní detekce biologicky významných sloučenin pro biotechnologie část 3 - Provedení štěpení proteinů a následné analýzy,

Hmotnostní detekce biologicky významných sloučenin pro biotechnologie část 3 - Provedení štěpení proteinů a následné analýzy, Laboratoř Metalomiky a Nanotechnologií Hmotnostní detekce biologicky významných sloučenin pro biotechnologie část 3 - Provedení štěpení proteinů a následné analýzy, vyhodnocení výsledků, diskuse Anotace

Více

STANOVENÍ AMINOKYSELINOVÉHO SLOŽENÍ BÍLKOVIN. Postup stanovení aminokyselinového složení

STANOVENÍ AMINOKYSELINOVÉHO SLOŽENÍ BÍLKOVIN. Postup stanovení aminokyselinového složení STANVENÍ AMINKYSELINVÉH SLŽENÍ BÍLKVIN Důvody pro stanovení AK složení určení nutriční hodnoty potraviny, suroviny (esenciální vs. neesenciální AK) charakterizace určité bílkovinné frakce nebo konkrétní

Více

Identifikace proteinu (z gelu nebo z roztoku)

Identifikace proteinu (z gelu nebo z roztoku) LC/MS a CE/MS v proteomické analýze OBSAH Příklad jednoduché analýzy Separční techniky MS techniky Identifikace proteinů Určení molekulové hmotnosti Analytická výzva Mgr. Martin Hubálek, Ph.D. Ústav organické

Více

Inovace studia molekulární a buněčné biologie

Inovace studia molekulární a buněčné biologie Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. MBIO1/Molekulární biologie 1 Tento projekt je spolufinancován

Více

Hmotnostní analyzátory I

Hmotnostní analyzátory I Hmotnostní analyzátory I Analýza iontů Tandemová hmotnostní spektrometrie Typy analyzátorů Analyzátor doby letu Magnetický sektorový analyzátor Kvadrupólový analyzátor Iontová past Hmotnostní analyzátor

Více

ÚSTAV CHEMIE A ANALÝZY POTRAVIN

ÚSTAV CHEMIE A ANALÝZY POTRAVIN VYSOKÁ ŠKOLA CHEMICKO-TECHNOLOGICKÁ V PRAZE ÚSTAV CHEMIE A ANALÝZY POTRAVIN Technická 5, 166 28 Praha 6 tel./fax.: + 420 220 443 185; jana.hajslova@vscht.cz LABORATOŘ Z ANALÝZY POTRAVIN A PŘÍRODNÍCH PRODUKTŮ

Více

Základy hmotnostní spektrometrie

Základy hmotnostní spektrometrie Základy hmotnostní spektrometrie Hmotnostní spektrometrie Spektrometrické metody metody založen ené na interakci hmoty a záenz ení Hmotnostní spektrometrie je fyzikáln ln chemická metoda, která využívá

Více

Detekce a detektory část 2

Detekce a detektory část 2 Detekce a detektory část 2 Ivan Mikšík Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i. Praha Spojení (spřažení) hmotnostní spektrometrie a separačních technik Analýza složitých směsí (nejdříve separace, poté analýza)

Více

NMR spektroskopie. Úvod

NMR spektroskopie. Úvod NMR spektroskopie Úvod Zkratka NMR znamená Nukleární Magnetická Rezonance. Jde o analytickou metodu, která na základě absorpce radiofrekvenčního záření vzorkem umístěným v silném magnetickém poli poskytuje

Více

ANORGANICKÁ HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE

ANORGANICKÁ HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE ANORGANICKÁ HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE (c) David MILDE 2003-2010 Metody anorganické MS ICP-MS hmotnostní spektrometrie s indukčně vázaným plazmatem, GD-MS spojení doutnavého výboje s MS, SIMS hmotnostní

Více

Základní principy interpretace spekter

Základní principy interpretace spekter Základní principy interpretace spekter Vyloučení iontů, které nesouvisí s analytem Určení molekulové hmotnosti Určení prvků přítomných v molekule Určení elementárního složení z přesné hmotnosti Hledání

Více

S P E K T R O M E T R I E 2. roník. 18.-19. listopadu 2009

S P E K T R O M E T R I E 2. roník. 18.-19. listopadu 2009 M I N I Š K O L A H M O T N O S T N Í S P E K T R O M E T R I E 2. roník 18.-19. listopadu 2009 Pro Miniškola a MS? Informace pro uživatele» o službách poskytovaných skupinou MS» o tom, jaká data a jak

Více

MALDI hmotnostní spektrometrie pro analýzu kovy značených proteinů. Typ laseru Vlnová délka UV-MALDI N 2

MALDI hmotnostní spektrometrie pro analýzu kovy značených proteinů. Typ laseru Vlnová délka UV-MALDI N 2 Laboratoř Metalomiky a Nanotechnologií MALDI hmotnostní spektrometrie pro analýzu kovy značených proteinů Teorie PRINCIP MALDI Laserová desorpce/ionizace za účasti matrice (MALDI) měkká ionizační technika;

Více

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI Fakulta přírodovědecká Katedra analytické chemie HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE JAKO NÁSTROJ ODHALOVÁNÍ ŠPINAVÝCH PENĚZ BAKALÁŘSKÁ PRÁCE Autor práce: Studijní obor: Michal Petreň

Více

Hmotnostní analyzátory Hmotnostní analyzátory

Hmotnostní analyzátory Hmotnostní analyzátory Hmotnostní analyzátory Hmotnostní analyzátory hmotnostní analyzátor slouží k dělení iontů v plynné fázi za vakua podle poměru jejich hmotnosti a náboje (m/z) analyzátor je umístněn za iontovým zdrojem

Více

Úvod do hmotnostní spektrometrie

Úvod do hmotnostní spektrometrie Úvod do hmotnostní spektrometrie Friedecký D. 1,2, Lemr K. 3 Klin. Biochem. Metab., 20 (41), 2012, No. 3, p. 152 157. 1 Laboratoř dědičných metabolických poruch, OKB, Fakultní nemocnice Olomouc 2 Ústav

Více

Odůvodnění veřejné zakázky

Odůvodnění veřejné zakázky Odůvodnění veřejné zakázky ZADAVATEL: Česká zemědělská univerzita v Praze Sídlem: Kamýcká 129, 165 21 Praha - Suchdol Zastoupený: Ing. Jana Vohralíková, kvestorka IČO: 60460709 Profil zadavatele: https://zakazky.czu.cz

Více

NMR biomakromolekul RCSB PDB. Progr. NMR

NMR biomakromolekul RCSB PDB. Progr. NMR NMR biomakromolekul Typy biomakromolekul a možnosti studia pomocí NMR proteiny a peptidy rozmanité složení, omezení jen velikostí molekul nukleové kyseliny (RNA, DNA) a oligonukleotidy omezení malou rozmanitostí

Více

Metabolismus bílkovin. Václav Pelouch

Metabolismus bílkovin. Václav Pelouch ZÁKLADY OBECNÉ A KLINICKÉ BIOCHEMIE 2004 Metabolismus bílkovin Václav Pelouch kapitola ve skriptech - 3.2 Výživa Vyvážená strava člověka musí obsahovat: cukry (50 55 %) tuky (30 %) bílkoviny (15 20 %)

Více

HPLC/MS tělních tekutin nový rozměr v medicinální diagnostice

HPLC/MS tělních tekutin nový rozměr v medicinální diagnostice HPLC/MS tělních tekutin nový rozměr v medicinální diagnostice Lukáš Chytil Ústav organické technologie VŠCHT Praha Medicinální diagnostika a hmotnostní spektrometrie Medicinální diagnostika: - Klasické

Více

Laboratoř ze speciální analýzy potravin II. Úloha 3 - Plynová chromatografie (GC-MS)

Laboratoř ze speciální analýzy potravin II. Úloha 3 - Plynová chromatografie (GC-MS) 1 Úvod... 1 2 Cíle úlohy... 2 3 Předpokládané znalosti... 2 4 Autotest základních znalostí... 2 5 Základy práce se systémem GC-MS (EI)... 3 5.1 Parametry plynového chromatografu... 3 5.2 Základní charakteristiky

Více

Souhlasím s prezenčním zpřístupněním své práce v Univerzitní knihovně. V Pardubicích dne 4. 5. 2009 Kateřina Netušilová

Souhlasím s prezenčním zpřístupněním své práce v Univerzitní knihovně. V Pardubicích dne 4. 5. 2009 Kateřina Netušilová Univerzita Pardubice Fakulta chemicko-technologická Optimalizace použití trypsinu imobilizovaného na magnetických mikročásticích pro proteomické účely Bc. Kateřina Netušilová Diplomová práce 29 Prohlašuji:

Více

LINEÁRNÍ IONTOVÁ PAST A JEJÍ APLIKACE V PROTEOMICKÉ ANALÝZE

LINEÁRNÍ IONTOVÁ PAST A JEJÍ APLIKACE V PROTEOMICKÉ ANALÝZE LINEÁRNÍ IONTOVÁ PAST A JEJÍ APLIKACE V PROTEOMICKÉ ANALÝZE PETR VERNER SPECTRONEX Praha, Černická 19, Praha 10 verner@spectronex.cz a spol. 8 a spolu s Bierem také navrhl několik možných uspořádání lineární

Více

Analýza proteinů pomocí hmotnostní spektrometrie

Analýza proteinů pomocí hmotnostní spektrometrie Analýza proteinů pomocí hmotnostní spektrometrie Analysis of Protein Using Mass Spectrometry Dvořáková P., Hernychová L., Vojtěšek B. Regionální centrum aplikované molekulární onkologie, Masarykův onkologický

Více

Obsah. 602 00, Brno, Česká republika, b Bruker Daltonik GmbH, Fahrenheitstrasse 4, D-28359, Bremen, Německo

Obsah. 602 00, Brno, Česká republika, b Bruker Daltonik GmbH, Fahrenheitstrasse 4, D-28359, Bremen, Německo IONTOVÁ CYKLOTRONOVÁ REZONANCE S FOURIEROVOU TRANSFORMACÍ (FT-ICR MS) A JEJÍ VYUŽITÍ JAKO NEJFLEXIBILNĚJŠÍ HMOTNOSTNĚ SPEKTRO- METRICKÉ METODY V PROTEOMICE MICHAL BOHÁČ a, ARND INGENDOH b, JENS FUCHSER

Více

Detekce ve vysokoúčinné kapalinové chromatografii

Detekce ve vysokoúčinné kapalinové chromatografii Detekce ve vysokoúčinné kapalinové chromatografii Josef Cvačka, 24.11.2010 2010 Detekce v HPLC základní pojmy Detektor Detektor je zařízení, které monitoruje změny složení mobilní fáze měřením fyzikálních

Více

Hmotnostní spektrometrie (1)

Hmotnostní spektrometrie (1) 1 % Hmotnostní spektrometrie (1) 12_Chudoba_HCVDGrigsby_1ACC 12 (.677) 28 29 27 32 57 71 43 55 69 97 83 85 41 81 95 111 67 99 113 125 54 67 79 93 127 15 137 153155 165 183 197 211 225 2 4 6 8 1 12 14 16

Více

Extrakce. Dělení podle způsobů provedení -Jednostupňová extrakce - mnohastupňuvá extrakce - kontinuální extrakce

Extrakce. Dělení podle způsobů provedení -Jednostupňová extrakce - mnohastupňuvá extrakce - kontinuální extrakce Extrakce Slouží k izolaci, oddělení analytu nebo skupin látek s podobnými vlastnostmi od matrice a ostatních látek, které nejsou předmětem analýzy (balasty). Extrakce je založena na ustavení rovnováhy

Více

Stanovení koncentrace (kvantifikace) proteinů

Stanovení koncentrace (kvantifikace) proteinů Stanovení koncentrace (kvantifikace) proteinů Bioanalytické metody Prof. RNDr. Pavel Peč, CSc. Úvod Kritéria výběru metod stanovení koncentrace proteinů jsou založena na možnostech pro vlastní analýzu,

Více

Analýza směsí, kvantitativní NMR spektroskopie a využití NMR spektroskopie ve forenzní analýze

Analýza směsí, kvantitativní NMR spektroskopie a využití NMR spektroskopie ve forenzní analýze Analýza směsí, kvantitativní NMR spektroskopie a využití NMR spektroskopie ve forenzní analýze Analýza směsí a kvantitativní NMR NMR spektrum čisté látky je lineární kombinací spekter jejích jednotlivých

Více

Hmotnostní analyzátory II

Hmotnostní analyzátory II Hmotnostní analyzátory II Typy analyzátorů Iontová cyklotronová rezonance Orbitrap Analyzátory iontové pohyblivosti Hybridní hmotnostní spektrometry Hmotnostní analyzátor Vzorek Data Iontový zdroj Hmotnostní

Více

Experimentální metody strukturálního výzkumu. Hmotnostní spektrometrie

Experimentální metody strukturálního výzkumu. Hmotnostní spektrometrie Experimentální metody strukturálního výzkumu Hmotnostní spektrometrie Michal Holčapek Plná PDF verze přednášky ke stažení: http://holcapek.upce.cz/ Hmotnostní spektrometrie Držitelé Nobelových cen za chemii

Více

ZÁKLADNÍ EXPERIMENTÁLNÍ

ZÁKLADNÍ EXPERIMENTÁLNÍ Kurz praktické NMR spektroskopie 10. - 12. říjen 2011, Praha ZÁKLADNÍ EXPERIMENTÁLNÍ POSTUPY NMR ROZTOKŮ A KAPALIN Jana Svobodová Ústav Makromolekulární chemie AV ČR, v.v.i. Bruker 600 Avance III PŘÍSTROJOVÉ

Více

Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti. Translace, techniky práce s DNA

Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti. Translace, techniky práce s DNA Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti Translace, techniky práce s DNA Translace překlad z jazyka nukleotidů do jazyka aminokyselin dá se rozdělit na 5 kroků aktivace aminokyslin

Více

Nukleární magnetická rezonance (NMR)

Nukleární magnetická rezonance (NMR) Nukleární magnetická rezonance (NMR) Nukleární magnetické rezonance (NMR) princip ZDROJ E = h. elektro-magnetické záření E energie záření h Plankova konstanta frekvence záření VZOREK E E 1 E 0 DETEKTOR

Více

Diagnostika bronchiálního. ho astmatu HPLC/MS analýzou. Kamila Syslová Ústav organické technologie

Diagnostika bronchiálního. ho astmatu HPLC/MS analýzou. Kamila Syslová Ústav organické technologie Diagnostika bronchiálního ho astmatu HPLC/MS analýzou Kamila Syslová Ústav organické technologie Bronchiální astma Civilizační onemocnění rostoucí počet případů snižující se věková hranice prvních projevů

Více

Iontové zdroje I. Iontový zdroj. Data. Vzorek. Hmotnostní analyzátor. Zdroj vakua. Ionizace, vlastnosti iontových zdrojů, iontová optika

Iontové zdroje I. Iontový zdroj. Data. Vzorek. Hmotnostní analyzátor. Zdroj vakua. Ionizace, vlastnosti iontových zdrojů, iontová optika Iontové zdroje I. Ionizace, vlastnosti iontových zdrojů, iontová optika API zdroje: Iontové zdroje pracující za atm. tlaku Elektrosprej Nanoelektrosprej Chemická ionizace za atmosférického tlaku Fotoionizace

Více

Identifikace barviv pomocí Ramanovy spektrometrie

Identifikace barviv pomocí Ramanovy spektrometrie Identifikace barviv pomocí Ramanovy spektrometrie V kriminalistických laboratořích se provádí technická expertíza písemností, která se mimo jiné zabývá zkoumáním použitých psacích prostředků: tiskových

Více

Chromatografie. Petr Breinek. Chromatografie_2011 1

Chromatografie. Petr Breinek. Chromatografie_2011 1 Chromatografie Petr Breinek Chromatografie_2011 1 Společným znakem všech chromatografických metod je kontinuální rozdělování složek analyzované směsi vzorku mezi dvěma fázemi. Nepohyblivá fáze (stacionární

Více

METODY STUDIA PROTEINŮ

METODY STUDIA PROTEINŮ METODY STUDIA PROTEINŮ Mgr. Vlasta Němcová vlasta.furstova@tiscali.cz OBSAH PŘEDNÁŠKY 1) Stanovení koncentrace proteinu 2) Stanovení AMK sekvence proteinu Hmotnostní spektrometrie Edmanovo odbourávání

Více

CRH/NPU I - Systém pro ultraúčinnou kapalinovou chromatografii (UHPLC) ve spojení s tandemovým hmotnostním spektrometrem (MS/MS)

CRH/NPU I - Systém pro ultraúčinnou kapalinovou chromatografii (UHPLC) ve spojení s tandemovým hmotnostním spektrometrem (MS/MS) ODŮVODNĚNÍ VEŘEJNÉ ZAKÁZKY v souladu s 156 zákona č. 137/2006, Sb., o veřejných zakázkách, ve znění pozdějších předpisů Nadlimitní veřejná zakázka na dodávky zadávaná v otevřeném řízení v souladu s ust.

Více

Aminokyseliny, proteiny, enzymy Základy lékařské chemie a biochemie 2014/2015 Ing. Jarmila Krotká Metabolismus základní projev života látková přeměna souhrn veškerých dějů, které probíhají uvnitř organismu

Více

Inovace bakalářského studijního oboru Aplikovaná chemie http://aplchem.upol.cz

Inovace bakalářského studijního oboru Aplikovaná chemie http://aplchem.upol.cz Inovace bakalářského studijního oboru Aplikovaná chemie http://aplchem.upol.cz Z.1.07/2.2.00/15.0247 Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. Funkční

Více

Vizualizace DNA ETHIDIUM BROMID. fluorescenční barva interkalační činidlo. do gelu do pufru barvení po elfu SYBR GREEN

Vizualizace DNA ETHIDIUM BROMID. fluorescenční barva interkalační činidlo. do gelu do pufru barvení po elfu SYBR GREEN ETHIDIUM BROMID fluorescenční barva interkalační činidlo do gelu do pufru barvení po elfu Vizualizace DNA SYBR GREEN Barvení proteinů Coommassie Brilliant Blue Coomassie Blue x barvení stříbrem Porovnání

Více

Techniky prvkové povrchové analýzy elemental analysis

Techniky prvkové povrchové analýzy elemental analysis Techniky prvkové povrchové analýzy elemental analysis (Foto)elektronová spektroskopie (pro chemickou analýzu) ESCA, XPS X-ray photoelectron spectroscopy (XPS) Any technique in which the sample is bombarded

Více

Glykobiologie Glykoproteomika Funkční glykomika

Glykobiologie Glykoproteomika Funkční glykomika Glykobiologie Glykoproteomika Funkční glykomika Glycobiology how sweet it is! Monosacharidy (glukosa, fruktosa, galaktosa ) Oligosacharidy (maltosa, isomaltosa, sacharosa, laktosa.., oligosacharidové řetězce

Více

Aminokyseliny příručka pro učitele. Obecné informace: Téma otevírá kapitolu Bílkoviny, která svým rozsahem překračuje rámec jedné vyučovací hodiny.

Aminokyseliny příručka pro učitele. Obecné informace: Téma otevírá kapitolu Bílkoviny, která svým rozsahem překračuje rámec jedné vyučovací hodiny. Obecné informace: Aminokyseliny příručka pro učitele Téma otevírá kapitolu Bílkoviny, která svým rozsahem překračuje rámec jedné vyučovací hodiny. Navazující učivo Před probráním tématu Aminokyseliny probereme

Více

volba separace pro následnou MS kvantifikaci proteinů Jan Havliš Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta, Brno Ústav experimentální biologie : Oddělení funkční genomiky a proteomiky :: Centrální laboratoř

Více

Obecná struktura a-aminokyselin

Obecná struktura a-aminokyselin AMINOKYSELINY Obsah Obecná struktura Názvosloví, třídění a charakterizace Nestandardní aminokyseliny Reaktivita - peptidová vazba Biogenní aminy Funkce aminokyselin Acidobazické vlastnosti Optická aktivita

Více

Repetitorium chemie VIII. (2014)

Repetitorium chemie VIII. (2014) Repetitorium chemie VIII. (2014) Moderní metody analýzy organických látek se zastávkou u Lambert-Beerova zákona a odhalení tajemství Bradforda/Bradfordové Odhalení tajemství: Protein Concentration Determination

Více

Proteiny Genová exprese. 2013 Doc. MVDr. Eva Bártová, Ph.D.

Proteiny Genová exprese. 2013 Doc. MVDr. Eva Bártová, Ph.D. Proteiny Genová exprese 2013 Doc. MVDr. Eva Bártová, Ph.D. Bílkoviny (proteiny), 15% 1g = 17 kj Monomer = aminokyseliny aminová skupina karboxylová skupina α -uhlík postranní řetězec Znát obecný vzorec

Více

KOMBINACE CHROMATOGRAFICKÝCH A SPEKTRÁLNÍCH METOD

KOMBINACE CHROMATOGRAFICKÝCH A SPEKTRÁLNÍCH METOD KOMBINACE CHROMATOGRAFICKÝCH A SPEKTRÁLNÍCH METOD Spojení obou metod - nejúčinnější nástroj pro kvalitativní a kvantitativní analýzu složitých směsí # identifikace látek po předchozí separaci ze složité

Více

Kapalinová chromatografie s tandemovou hmotnostní detekcí Teoretický úvod

Kapalinová chromatografie s tandemovou hmotnostní detekcí Teoretický úvod Kapalinová chromatografie s tandemovou hmotnostní detekcí Teoretický úvod Vysokoúčinná kapalinová chromatografie s tandemovou hmotnostní detekcí se řadí mezi nejcitlivější separační metody určené ke kvantitativní

Více

Metabolismus aminokyselin. Vladimíra Kvasnicová

Metabolismus aminokyselin. Vladimíra Kvasnicová Metabolismus aminokyselin Vladimíra Kvasnicová Aminokyseliny aminokyseliny přijímáme v potravě ve formě proteinů: důležitá forma organicky vázaného dusíku, který tak může být v těle využit k syntéze dalších

Více

Praktický kurz Monitorování hladiny metalothioneinu po působení iontů těžkých kovů Vyhodnocení měření

Praktický kurz Monitorování hladiny metalothioneinu po působení iontů těžkých kovů Vyhodnocení měření Laboratoř Metalomiky a Nanotechnologií Praktický kurz Monitorování hladiny metalothioneinu po působení iontů těžkých kovů Vyhodnocení měření Vyučující: Ing. et Ing. David Hynek, Ph.D., Prof. Ing. René

Více

Gel-based a Gel-free kvantifikace v proteomice

Gel-based a Gel-free kvantifikace v proteomice Gel-based a Gel-free kvantifikace v proteomice Juraj Lenčo Ústav molekulární patologie Fakulta vojenského zdravotnictví U Hradec Králové Funkce proteinů Proteomika Lokalizace proteinů Proteinové interakce

Více

Základy interpretace hmotnostních spekter

Základy interpretace hmotnostních spekter Základy interpretace hmotnostních spekter Zpracováno podle: http://www.chem.arizona.edu/massspec/ - doporučený zdroj pro samostudium 1. Měříme četnost iontů pro dané hodnoty m/z 2. Vytvoříme grafickou

Více

Klinická analytická chemie. Vladimír Král

Klinická analytická chemie. Vladimír Král Klinická analytická chemie Vladimír Král Schéma přednášky Jaké analyty chceme stanovit Jaké metody budou použity Jednotlivé příklady analýz Problémově orientovaný přístup Kvalitativní a kvantitativní analýza

Více

Analytické metody využívané ke stanovení chemického složení kovů. Ing.Viktorie Weiss, Ph.D.

Analytické metody využívané ke stanovení chemického složení kovů. Ing.Viktorie Weiss, Ph.D. Analytické metody využívané ke stanovení chemického složení kovů. Ing.Viktorie Weiss, Ph.D. Rentgenová fluorescenční spektrometrie ergiově disperzní (ED-XRF) elé spektrum je analyzováno najednou polovodičovým

Více

jádro a elektronový obal jádro nukleony obal elektrony, pro chemii významné valenční elektrony

jádro a elektronový obal jádro nukleony obal elektrony, pro chemii významné valenční elektrony atom jádro a elektronový obal jádro nukleony obal elektrony, pro chemii významné valenční elektrony molekula Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti seskupení alespoň dvou atomů

Více

Program 16. ročníku Školy hmotnostní spektrometrie aneb Naše spektrometrie. pořádané Spektroskopickou společností Jana Marka Marci

Program 16. ročníku Školy hmotnostní spektrometrie aneb Naše spektrometrie. pořádané Spektroskopickou společností Jana Marka Marci Program 16. ročníku Školy hmotnostní spektrometrie aneb Naše spektrometrie pořádané Spektroskopickou společností Jana Marka Marci Frymburk 13. 18. 9. 2015 Neděle 13. 9. 2015 11:00-14:00 Příjezd účastníků,

Více

ZŠ ÚnO, Bratří Čapků 1332

ZŠ ÚnO, Bratří Čapků 1332 Animovaná chemie Top-Hit Analytická chemie Analýza anorganických látek Důkaz aniontů Důkaz kationtů Důkaz kyslíku Důkaz vody Gravimetrická analýza Hmotnostní spektroskopie Chemická analýza Nukleární magnetická

Více

Metody práce s proteinovými komplexy

Metody práce s proteinovými komplexy Metody práce s proteinovými komplexy Zora Nováková, Zdeněk Hodný Proteinové komplexy tvořeny dvěma a více proteiny spojenými nekovalentními vazbami Van der Waalsovy síly vodíkové můstky hydrofobní interakce

Více

Univerzita Palackého v Olomouci Fakulta přírodovědecká Katedra analytické chemie

Univerzita Palackého v Olomouci Fakulta přírodovědecká Katedra analytické chemie Univerzita Palackého v Olomouci Fakulta přírodovědecká Katedra analytické chemie Desorpce/ionizace biologicky aktivních látek ve volně prodejných léčivých přípravcích Diplomová práce Autor práce: Studijní

Více

Kapitoly z fyzikální chemie KFC/KFCH. VII. Spektroskopie a fotochemie

Kapitoly z fyzikální chemie KFC/KFCH. VII. Spektroskopie a fotochemie Kapitoly z fyzikální chemie KFC/KFCH VII. Spektroskopie a fotochemie Karel Berka Univerzita Palackého v Olomouci Katedra Fyzikální chemie karel.berka@upol.cz Spektroskopie Analýza světla Excitované Absorbované

Více

AMINOKYSELINY STANOVENÍ AMINOKYSELINOVÉHO SLOŽENÍ BÍLKOVIN. Stanovení sirných aminokyselin. Obecná struktura

AMINOKYSELINY STANOVENÍ AMINOKYSELINOVÉHO SLOŽENÍ BÍLKOVIN. Stanovení sirných aminokyselin. Obecná struktura AMIKYSELIY becná struktura STAVEÍ AMIKYSELIVÉH SLŽEÍ BÍLKVI 1. IZLAE (jen v některých případech) 2. HYDLÝZA kyselá hydrolýza pomocí Hl ( c = 5 mol.dm -3 ) klasicky: 105-120, 18-24 h, inertní atmosféra,

Více

Příprava vzorků pro proteomickou analýzu

Příprava vzorků pro proteomickou analýzu Příprava vzorků pro proteomickou analýzu 1) Úvod Proteomické analýzy mohou být naprosto odlišné cíle... Detekce změn v mozkové kůře při Alzheimerově chorobě Identifikace plazmatických markerů karcinomu

Více

VIBRAČNÍ SPEKTROMETRIE

VIBRAČNÍ SPEKTROMETRIE VIBRAČNÍ SPEKTROMETRIE (c) -2012 RAMANOVA SPEKTROMETRIE 1 PRINCIP METODY Měří se rozptýlené záření, které vzniká interakcí monochromatického záření z viditelné oblasti s molekulami vzorku za současné změny

Více

Genomické databáze. Shlukování proteinových sekvencí. Ivana Rudolfová. školitel: doc. Ing. Jaroslav Zendulka, CSc.

Genomické databáze. Shlukování proteinových sekvencí. Ivana Rudolfová. školitel: doc. Ing. Jaroslav Zendulka, CSc. Genomické databáze Shlukování proteinových sekvencí Ivana Rudolfová školitel: doc. Ing. Jaroslav Zendulka, CSc. Obsah Proteiny Zdroje dat Predikce struktury proteinů Cíle disertační práce Vstupní data

Více

Hmotnostní spektrometrie a velké molekuly

Hmotnostní spektrometrie a velké molekuly NOBELOVA CENA ZA CHEMII Hmotnostní spektrometrie a velké molekuly Ionizační metody analýzy biologických makromolekul VLADIMÍR HANUŠ ZDENĚK HERMAN KAREL LEMR Nobelovou cenou za chemii byli r. 2002 oceněni

Více

3/7/2014. Dávkování vzorku LC/MS. Dávkování vzorku LC/MS

3/7/2014. Dávkování vzorku LC/MS. Dávkování vzorku LC/MS motnostní spektrometrie (3) Josef Chudoba LC/MS BSA - dávkování vzorku u LC/MS - PLC chromatografie chromatogram, základní pojmy režimy PLC, mobilní fáze, kolony (stacionární fáze) - elektrosprejová ionizace

Více

Hmotnostní spektrometrie zdroj analytických informací

Hmotnostní spektrometrie zdroj analytických informací Klin. Biochem. Metab., 20 (41), 2012, No. 4, p. 210 215. Hmotnostní spektrometrie zdroj analytických informací Friedecký D. 1,2, Lemr K. 3 1 Laboratoř dědičných metabolických poruch, OKB, Fakultní nemocnice

Více

Základy NIR spektrometrie a její praktické využití

Základy NIR spektrometrie a její praktické využití Nicolet CZ s.r.o. The world leader in serving science Základy NIR spektrometrie a její praktické využití NIR praktická metoda molekulové spektroskopie, nahrazující pracnější, časově náročnější a dražší

Více

Metody elektroanalytické

Metody elektroanalytické Důležité veličiny proud I (ampér - A) náboj Q (coulomb - C) Q t = I dt 0 napětí, potenciál U, E, φ (volt - V) odpor R (ohm - Ω), vodivost G (siemens - S) teplota T (K), látkové množství n (mol) Základní

Více

Identifikace a charakterizace metalothioneinu v nádorových buňkách pomocí MALDI-TOF/TOF hmotnostní spektrometrie

Identifikace a charakterizace metalothioneinu v nádorových buňkách pomocí MALDI-TOF/TOF hmotnostní spektrometrie Identifikace a charakterizace metalothioneinu v nádorových buňkách pomocí MALDI-TOF/TOF hmotnostní spektrometrie 14.6.2013 MSc. Miguel Ángel Merlos Rodrigo Ústav chemie a biochemie, Agronomická fakulta,

Více

Příprava materiálu byla podpořena projektem OPPA č. CZ.2.17/3.1.00/33253

Příprava materiálu byla podpořena projektem OPPA č. CZ.2.17/3.1.00/33253 Příprava materiálu byla podpořena projektem OPPA č. CZ.2.17/3.1.00/33253 Část 8 Detektory Úvodní informace Detektor musí být schopen zaregistrovat okamžik průchodu analytu vystupujícího z kolony. Musí

Více

Využití metod atomové spektrometrie v analýzách in situ

Využití metod atomové spektrometrie v analýzách in situ Využití metod atomové spektrometrie v analýzách in situ Oto Mestek Úvod Termínem in situ označujeme výzkum prováděný na místě původního výskytu analyzovaného vzorku nebo jevu (opakem je analýza ex situ,

Více

Základy fyzikálněchemických

Základy fyzikálněchemických Základy fyzikálněchemických metod Fyzikálně-chemické metody optické metody elektrochemické metody separační metody kalorimetrické metody radiochemické metody ostatní metody Optické metody Oko je citlivé

Více