Principy a využit. ití qpcr. KBC/BAM Pokročil. rní biologie

Rozměr: px
Začít zobrazení ze stránky:

Download "Principy a využit. ití qpcr. KBC/BAM Pokročil. rní biologie"

Transkript

1 Principy a využit ití qpcr KBC/BAM Pokročil ilé biochemické a biotechnologické metody Mgr. Mária M Šmehilová, Ph.D. UP PŘF CRH Oddělen lení molekulárn rní biologie

2 Úvod do PCR PCR Kary Mullis (Nobelova cena za chemii, 1993)

3 Úvod do PCR PCR jednotlivé fáze: Exponenciální Jestliže je efektivita reakce 100% produkt se přesně zdvojnásobí Specifická a precizní Lineární Vysoká variabilita Jsou spotřebovávány reakční komponenty a PCR produkty začínají degradovat Plateau End-point analýzy - reakce je ukončena, PCR produkty degradují

4 Úvod do PCR PCR phases in linear view Oblast detekce konvenční PCR Plateau Linear [DNA] Exponential Oblast detekce Real-time qpcr Cycle #

5 Konvenční PCR Izolace DNA/RNA (přepis) PCR - Amplifikace Elektroforéza DNA-polymeráza standardní termocyklér detekce na gelu

6 Konvenční PCR Výhody Efektivní metoda Rychlá analýzy (od 30 min do 2 h) Vysoká specifita a citlivost Relativně levná Nevýhody Nemožnost automatizace Nízkápřesnost Obtížná kvantifikace Rozlišení pouze na základě velikosti produktu Výsledky těžko interpretovatelné v číslech Stejný end-point u různého počátečního množství templátu Různý end-point u stejného počátečního množství templátu Malé dynamické rozmezí

7 Real-Time PCR Real-time PCR monitoruje fluorescenci emitovanou v průběhu reakce jako indikátor tvořeného amplikonu v každém cyklu PCR (v reálném čase) Speciální real-time PCR termocykléry s detektory umožňují kvantifikaci v reálném čase a díky sběru dat i automatizaci AB StepOnePlus Real-time PCR thermal cycler

8 Princip metody Kvantifikace: detekce fluorescence, která se uvolňuje v přímé úměře na množství amplifikované DNA při použití fluorescenčního substrátu v PCR reakci Fluorescence: - barvivo interkalující s dvouřetězcovou DNA (např. SYBR Green) - hydrolýza specifické fluorescenční sondy komplementární k amplikonu (např. TaqMan) - hybridizace specifické fluorescenční sondy (FRET)

9 SYBR Green: Fluorescence TaqMan:

10 SYBR Green barvivo, které po vazbě na dsdna emituje silný fluorescenční signál nevýhodou je nespecifita vazby nutná optimalizace nutná analýza křivky tání neúměra signálu u různě dlouhých produktů omezené použití pro multiplex

11 TaqMan próby sekvence o velikosti primeru komplementární k specifickému místu templátu kovalentně vázaný fluorofor na 5 konci próby kovalentně vázaný zhášeč (quencher) na 3 konci póby princip založen na využití 5-3 exonukleasové aktivity Taq DNA polymerázy množství detekované fluorescence je přímo úměrné množství fluoroforu uvolněného z DNA přítomné v PCR reakci vysoká specifita detekce

12 5' exonukleasová aktivita Taq DNA polymerasy Mocellin et al. Trends Mol Med 2003

13 TaqMan používané fluorofory a zhášeče NFQ non fluorescent quencher (TaqMan MGB próby) Nutné ověřit kompatibilitu páru fluorofor-zhášeč! Při multiplexu je nutné vybrat páry s minimálním překryvem spekter!

14

15 Reference dye Pro normalizaci PCR-nezávislých kolísání fluorescence Pomáhátvořit stabilní baseline pro kvantifikaci Používáním referenčních barviv se eliminuje re-kalibrace cykléru a jeho nastavení ROX konjugát glycinu s 5-carboxy-X-rhodaminem, sukcinimidyl esterem

16 bez přirozené autofluorescence nižší fluorescence pozadí zvyšuje se poměr signál:šum zvyšuje se citlivost maximalizuje se překryv spekter zvyšuje se efektivita zhášení umožňuje širší výběr reportérových barviv pro multiplexing

17 TaqMan Primery Tm ( C) délka bp obsah G+C 30-80% ideálně žádné opakování G nad 4 ne víc než 2 G+C na 3 konci žádný G na 5' konci velikost amplikonu bp pokrytí přechodu exon-exon v cdna

18 Další typy prób používané v qpcr Wong & Medrano (2005) BioTechniques 39:75-85

19 Terminologie Real-time qpcr Matematické vyjádření amplifikace PCR Amplifikační křivka - baseline, mez detekce, C T, Rn Kinetika Real-time qpcr - kvantifikace, efektivita, dynamické rozpětí

20 Amplifikační křivka Log fluorescence (Rn) Baseline fáze obsahující amplifikaci pod mezí detekce přístroje Threshold práh detekce vznikající fluorescence (v místě protnutí amplifikační křivkou je definováno C T ) C T (cycle threshold) počet cyklů, který vznikající fluorescence potřebuje k překročení prahu detekce Rn podíl intenzit emisí fluorescence reportérového barviva a pasivního barviva R n (R n -baseline), je počítáno jako rozdíl Rn hodnot vzorků a negativní kontroly nebo pozadí, čímž vyjadřuje množství signálu generovaného v PCR reakci

21 C T Hodnota C T udává cyklus, ve kterém dojde poprvé k významnému vzestupu Rn, což koreluje s počátečním množstvím templátu v reakci Základní parametr používaný v kvantifikaci Hodnota C T nad 40 znamená žádnou amplifikaci a nemůže být použita k výpočtům pro kvantifikaci Teoreticky jediná kopie cílové molekuly by měla vytvořit C T hodnotu 40 za předpokladu 100% efektivity reakce

22 Rn Rn + je hodnota Rn reakce obsahující všechny komponenty, hodnota Rn - je hodnota Rn slepé (negativní, bez templátu, NTC) reakce (hodnoty baseline) Rn hodnota představuje rozdíl mezi Rn + a Rn -, zároveň je tedy indikátorem velikosti síly signálu tvořeného během PCR Rn je vynášeno proti počtu cyklů PCR, čímž jsou tvořeny amplifikační křivky a stanoveny hodnoty C T

23 Matematické vyjádření PCR X n A X n = X 0 (1 + E) n X 0 Počet cyklů X n = množství PCR produktu po n cyklech X 0 =počáteční počet kopií E = efektivita amplifikace n = počet cyklů

24 Efektivita qpcr (%) Je dána směrnicí lineárního vynesení C T vůči logaritmu počtu kopií E=10 (-1/směrnice) -1 (x100 pro %) Exponenciální amplifikace: E = 10 (-1/směrnice) Efektivita reakce: - 100% (2 kopie v každém cyklu) dělá směrnici -3, ideálně v rozmezí % Efektivitu reakce snižuje: - délka amplikonu - sekundární struktura - vlastnosti primerů,

25 Stanovení efektivity Real-time PCR Příklad: stanovení efektivity PCR pro referenční gen (Gst), analyzovaný gen 1 (TyrA) a 2 (TyrB). Směrnice přímek vypočítány z C T (v průsečících s regresní přímkou) vůči počátečnímu množství DNA (průměr ze tří měření) Pfaffl MW. A new mathematical model for relative quantification in real-time RT PCR. Nucleic Acids Res 2001

26 Matematické vyjádření PCR A X 0 Počet cyklů X n X n = X 0 (1 + E) n X n = PCR produkt po n cyklech X 0 =počáteční počet kopií E = efektivita amplifikace n = počet cyklů Rozdíl 0.1 v efektivitě amplifikace představuje pětinásobný rozdíl ve finálním množství PCR produktů po 30 cyklech. X n = X 0 (1+E) n Situace 1: E = 0.9 Situace 2: E = 0.8 X n = 100 (1+0.9) 30 X n = 100 (1+0.8) 30 X n = 2.3 x X n = 4.6 x 10 9

27 Dynamické rozpětí Slouží k stanovení efektivity qpcr demonstruje možnou matematickou variabilitu směrnice (efektivity), přesný výpočet efektivity PCR závisí na rozmezí množství templátu použitého pro série ředění Analýza dynamického rozpětí se provádí ve 3 opakováních s minimálně 5 stupni ředění koncentrace templátu Směrnice = -3,3±10% znamená efektivitu 100% ±10%, PCR s nižší efektivitou mají nižší citlivost www3.appliedbiosystems.com

28 Kvantifikace absolutní vs. relativní Absolutní Přímo determinuje výchozí počet kopií cílových molekul Založena na existenci lineárního vztahu mezi logaritmem startovního počtu templátových kopií a C T příslušné amplifikační křivky Amplifikuje se vzorek o neznámé koncentraci společně s diluční sérií standardů o známé koncentraci, vzniká kalibační přímka (standard curve), ze které lze odečíst výchozí koncentraci neznámého vzorku Využití v detekci specifických mikroorganismů

29 Kvantifikace absolutní vs. relativní Relativní Porovnává se relativní změna genové exprese (relativní expresní poměr) v testovaném vzorku oproti kontrolnímu vzorku C T amplifikační křivky daného genu se vždy normalizuje oproti C T housekeeping genu Použití referenčního vzorku (endogenní, interní kontroly) Ideální pro stanovení míry genové exprese, zpravidla nevyžaduje sestrojení kalibrační přímky Srovnávací Matematické stanovení Kalibrační vzorek použit jako 1 standard Ideální v případech, kdy stačí vyjádření v podobě poměrů, k ověřování trendů

30 Endogenní kontrola (Normalizace) Pečlivý výběr genů pro endogenní kontrolu Sabek et al. Transplantation 2002 Obvykle provozní geny (housekeeping, vysoce abundantní s konstantní expresí) Ideální použití kombinace endogenních kontrol Nutná validace vybraných endogenních kontrol

31 Relativní kvantifikace s použitím endogenní kontroly C T hodnoty endogenních kontrol by měly být nižší než 22

32 Ct je nepřímo korelováno s počátečním počtem kopií, v každém cyklu se zvojnásobuje množství amplikonů (při 100% E), rozdíl v 1 cyklu je tedy dvojnásobek kopií Metody pro stanovení relativní kvantity exprese genů - Založeno na porovnání Ct hodnot mezi sledovanými geny a geny kontrolními (provozními) Metoda Ct - Model bez korekce efektivity Liší-li se CT: C T = 3,31 Množství kopí je tedy 2 3,31 = 9,9 x Relativní kvantifikace RQ = 2 - Ct Ct = Ct vzorek - Ct kontrola Ct = Ct sledovaný gen - Ct gen provozní

33 Relativní kvantifikace Ct je nepřímo korelováno s počátečním počtem kopií, v každém cyklu se zvojnásobuje množství amplikonů (při 100% E), rozdíl v 1 cyklu je tedy dvojnásobek kopií Metody pro stanovení relativní kvantity exprese genů - Založeno na porovnání Ct hodnot mezi sledovanými geny a geny kontrolními (provozními) Pfafflova metoda - Bere se v úvahu možný rozdíl mezi rychlostí-efektivitou amplifikace u jednotlivých genů, pro každý gen se stanovuje E = 10 (-1/směrnice) - Výpočet poměru množství cílového ku referenčnímu genu: RQ = E target Cttarget(kontrola-vzorek) / E housekeeping Cttarget(kontrola-vzorek) - Na rozdíl od metody Ct se Ct počítá pro geny (stanovované a kontrolní) rozdíl (od kontrolních) u jednotlivých experimentálních vzorků

34 Příprava experimentu qpcr Příprava vzorků: - správný odběr vzorků - izolace nukleových kyselin (DNA, RNA reverzní transkripce) Kvantitativní Real-time PCR: -příprava reakcí pro SYBR Green nebo TaqMan - kvantitativní PCR v Real-time termocykléru - analýza a vyhodnocení dat

35 Správný odběr vzorků DNA: - DNAsy! RNA: - RNAsy! - flash freeze -80 C! - kontaminující materiál (jiná pletiva, tkáně, látky inhibující následný proces izolace NK)

36 Příprava reakcí pro analýzu SYBR vs. TaqMan chemismus SYBR Green kdy ANO a kdy NE Detekce nízkých hladin patogenů Analýzy nevyžadující specifické rozlišení Diskriminace alel Screening transkriptů před analýzou s próbami Multiplex analýzy Při plně optimalizovaném PCR systému (žádná diverizace primerů, nespecifické amplikony) Amplifikace neobvyklých amplikonů Navržení primerů, prób: - validované vs. vlastní design

37 Příprava reakcí pro analýzu Reakční komponenta Finální koncentrace SYBR Green x TaqMan premix 1x Primery 300 (50-900) nm Próby 250 (50-500) nm Templát 100 ng/10µl -počet cyklů, teploty Nastavení cyklování Step Temp. Time Cycles Initial denaturation 95 C 7 min 1 Denaturation Annealing/extension 95 C 60 C 5 s 30 s 40 cycles - analýza křivky tání (60-95 C)

38

39

40

41 Kontrola lineárního průběhu exponenciální fáze Linear view log view

42

43 Analýza disociační křivky Fluorescence se snižuje se vzrůstající teplotou DNA vlákna se začínají oddělovat SYBR green se uvolňuje z DNA Fluorescence se snižuje Jednoduchá detekce teploty tání amplikonu Kontaminující DNA, dimery primerů nebo nesprávné vazby primerů jsou detekovány jako další peak Detekce disociační křivky umožňuje detekci nespecifických produktů

44

45

46 Vyhodnocení - výsledky Průběh amplifikace (křivky Ct) Srovnání koncentrací vzorků (podle endogenní kontroly) cdna Míra exprese analyzovaných genů RNA (neg. kontr.) Kontrola denaturačních křivek Logaritmické zobrazení amplifikace (stanovení společné meze detekce)

47 Aplikce Real-time qpcr - I Kvantifikace exprese genů Ověřování a validace metod Quality control Testování genetické stability a bezpečnosti pro životní prostředí Stanovování účinnosti léčiv různých terapií / monitoring léčiv Kvantifikace virů Detekce patogenů

48 Aplikace Real-time PCR - II Stanovení míry poškození DNA (nestabilita mikrosatelitů) Hodnocení stupně ozáření In vivo zobrazováníbuněčných procesů Studie mitochondrialní DNA Detekce metylací DNA Detekce inaktivací na chromozomu X LATE-PCR (linear-after-the-exponential): nová metoda pro analýzu počtu cílových molekul v extra malých vzorcích, což je použitelní pro rutinní analýzy ve velkých objemech (klinické diagnózy, DNA sekvenování, forenzní medicína)

49 Real-time PCR Applications - III Identifikace vysoce polymorfních úseků antigenů lidských leukocytů (HLA loci) Monitorování vývoje po transplantacích orgánů Monitorování chimerismu po transplantaci hematopoetických kmenových buněk (HSCT) Monitorování minimální residuální choroby po HSCT Genotypizace (alelická diskriminace) - Trizomie a stanovení variability v počtu kopií - Mikrodelece v genotypech -Haplotypizace - Kvantitativní analýza mikrosatelitů - Prenatální diagnostika z fetálních buněk krve matky -Preoperační diagnostika nádorových onemocnění

50 Real-time qpcr ve forenzní medicíně Wikimedia Commons/German National Archive DNA analýza úlomků kostí exhumovaných na Urale v roce 2007 potvrdila totožnost dvou dětí posledního Ruského cara Mikuláše II Alexandroviče popravených v r

51 Alelická diskriminace s TaqMan próbami

52 Stanovení počtu kopií stanovení počtu kopií na základě rozdílů v hybridizaci prób Barrois M et al. Clin Genet 2004

53 Real-time qpcr - nevýhody Neníúplně vhodá pro multiplexing (ale je možná) Nastavování analýz vyžaduje značné technické zkušenosti Relativně vysoká pořizovací cena zařízení Intra- a inter- variace mezi analýzami RNA labilita DNA kontaminace (u mrna analýz)

Polymerázová řetězová reakce. Základní technika molekulární diagnostiky.

Polymerázová řetězová reakce. Základní technika molekulární diagnostiky. Polymerázová řetězová reakce Základní technika molekulární diagnostiky. Kdo za to může? Kary Mullis 1983 Nobelova cena 1993 Princip PCR Polymerázová řetězová reakce (polymerase chain reaction PCR) umožňuje

Více

Stanovení Ct hodnoty. Stanovení míry variability na úrovni izolace RNA, reverzní transkripce a real-time PCR

Stanovení Ct hodnoty. Stanovení míry variability na úrovni izolace RNA, reverzní transkripce a real-time PCR Stanovení Ct hodnoty Ct hodnotu (číselný výstup real-time PCR) stanovíme z amplifikačního grafu (grafický výstup real-time PCR) proložením thresholdu skrze lineární část amplifikační křivky. V bodě protnutí

Více

KVANTIFIKACE ZMĚN GENOVÉ EXPRESE

KVANTIFIKACE ZMĚN GENOVÉ EXPRESE KVANTIFIKACE ZMĚN GENOVÉ EXPRESE Northern bloty pracné a zdlouhavé Genové čipy nákladné; http://www.molbio.upol.cz/ Semikvantitativní RT-PCR qpcr nepřesné metodiky real-time PCR vysoké dynamické rozpětí

Více

DIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIDUÁLNÍ CHOROBY U KOLOREKTÁLNÍHO KARCINOMU

DIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIDUÁLNÍ CHOROBY U KOLOREKTÁLNÍHO KARCINOMU Úvod IntellMed, s.r.o., Václavské náměstí 820/41, 110 00 Praha 1 DIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIDUÁLNÍ CHOROBY U KOLOREKTÁLNÍHO KARCINOMU Jednou z nejvhodnějších metod pro detekci minimální

Více

DIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIDUÁLNÍ CHOROBY U KARCINOMU PANKREATU

DIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIDUÁLNÍ CHOROBY U KARCINOMU PANKREATU Úvod IntellMed, s.r.o., Václavské náměstí 820/41, 110 00 Praha 1 DIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIDUÁLNÍ CHOROBY U KARCINOMU PANKREATU Jednou z nejvhodnějších metod pro detekci minimální reziduální

Více

DIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIUDÁLNÍ CHOROBY MRD EGFR

DIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIUDÁLNÍ CHOROBY MRD EGFR Úvod IntellMed, s.r.o., Václavské náměstí 820/41, 110 00 Praha 1 DIAGNOSTICKÝ KIT PRO DETEKCI MINIMÁLNÍ REZIUDÁLNÍ CHOROBY MRD EGFR Jednou z nejvhodnějších metod pro detekci minimální reziduální choroby

Více

Výzkumné centrum genomiky a proteomiky. Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i.

Výzkumné centrum genomiky a proteomiky. Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i. Výzkumné centrum genomiky a proteomiky Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i. Systém pro sekvenování Systém pro čipovou analýzu Systém pro proteinovou analýzu Automatický sběrač buněk Systém pro sekvenování

Více

Pokročilé biofyzikální metody v experimentální biologii

Pokročilé biofyzikální metody v experimentální biologii Pokročilé biofyzikální metody v experimentální biologii Ctirad Hofr 1/1 Proč biofyzikální metody? Biofyzikální metody využívají fyzikální principy ke studiu biologických systémů Poskytují kvantitativní

Více

Kvantitativní detekce houbových patogenů v rostlinných pletivech s využitím metod molekulární biologie

Kvantitativní detekce houbových patogenů v rostlinných pletivech s využitím metod molekulární biologie Kvantitativní detekce houbových patogenů v rostlinných pletivech s využitím metod molekulární biologie Leona Leišová Přírodovědecká fakulta UK, Praha 2009 Metody kvantifikace: Nepřímé metody odhad míry

Více

KVANTITATIVNÍ REAL-TIME PCR (q-real-time PCR)

KVANTITATIVNÍ REAL-TIME PCR (q-real-time PCR) KVANTITATIVNÍ REAL-TIME PCR (q-real-time PCR) Metoda Real-time PCR slouží pro kvantifikaci DNA a transkripce. Metoda je založena na klasické PCR, ovšem s využitím speciálního cycleru, který v průběhu PCR

Více

Modifikace PCR, sekvenování. Molekulární biologie v hygieně potravin 5, 2013/14, Ivo Papoušek

Modifikace PCR, sekvenování. Molekulární biologie v hygieně potravin 5, 2013/14, Ivo Papoušek Modifikace PCR, sekvenování Molekulární biologie v hygieně potravin 5, 2013/14, Ivo Papoušek Multiplex PCR Reakční směs obsahuje ne jeden, ale několik párů primerů rozpoznávajících různé cílové sekvence

Více

DY D NE N X Hana Vlastníková

DY D NE N X Hana Vlastníková DYNEX Hana Vlastníková Molekulární biologie: Vybavení laboratoře na klíč Přístrojová technika Kompatibilní diagnostické soupravy Profesionální přístup SOP Technická podpora Servis Přístrojové vybavení:

Více

Metody studia genové exprese

Metody studia genové exprese Metody studia genové exprese Ing. Lucie Němcová, Ph.D. Laboratoř vývojové biologie nemcova@iapg.cas.cz Transkriptom Genová exprese: Geny jsou exprimovány tehdy, jsou-li přepsány do RNA (mrna). Rozdílná

Více

DNA TECHNIKY IDENTIFIKACE ŽIVOČIŠNÝCH DRUHŮ V KRMIVU A POTRAVINÁCH. Michaela Nesvadbová

DNA TECHNIKY IDENTIFIKACE ŽIVOČIŠNÝCH DRUHŮ V KRMIVU A POTRAVINÁCH. Michaela Nesvadbová DNA TECHNIKY IDENTIFIKACE ŽIVOČIŠNÝCH DRUHŮ V KRMIVU A POTRAVINÁCH Michaela Nesvadbová Význam identifikace živočišných druhů v krmivu a potravinách povinností každého výrobce je řádně a pravdivě označit

Více

Molekulární genetika

Molekulární genetika Molekulární genetika Genetické inženýrství Technologie rekombinantní DNA Vektor Genomová DNA Štěpení RE Rozštěpení stejnou RE, lepivé konce Ligace Transformace Bakteriální chromozóm Rekombinantní vektor

Více

Metody studia exprese mrna. jádro a genová exprese 2007

Metody studia exprese mrna. jádro a genová exprese 2007 Metody studia exprese mrna Buněčné jádro a genová exprese 2007 Aktivita genu je primárn ě vyjád ř ena jeho transkripcí-prvním krokem vedoucím k syntéze kódovaného proteinu. Cíle metod Ur č ení mno ž ství

Více

1. Definice a historie oboru molekulární medicína. 3. Základní laboratorní techniky v molekulární medicíně

1. Definice a historie oboru molekulární medicína. 3. Základní laboratorní techniky v molekulární medicíně Obsah Předmluvy 1. Definice a historie oboru molekulární medicína 1.1. Historie molekulární medicíny 2. Základní principy molekulární biologie 2.1. Historie molekulární biologie 2.2. DNA a chromozomy 2.3.

Více

MOLEKULÁRNÍ BIOLOGIE. 2. Polymerázová řetězová reakce (PCR)

MOLEKULÁRNÍ BIOLOGIE. 2. Polymerázová řetězová reakce (PCR) MOLEKULÁRNÍ BIOLOGIE 2. Polymerázová řetězová reakce (PCR) Náplň praktik 1. Izolace DNA z buněk bukální sliznice - izolační kit MACHEREY-NAGEL 2. PCR polymerázová řetězová reakce (templát gdna) 3. Restrikční

Více

VÝZNAM NĚKTERÝCH FAKTORŮ PREANALYTICKÉ FÁZE V MOLEKULÁRNÍ BIOLOGII

VÝZNAM NĚKTERÝCH FAKTORŮ PREANALYTICKÉ FÁZE V MOLEKULÁRNÍ BIOLOGII VÝZNAM NĚKTERÝCH FAKTORŮ PREANALYTICKÉ FÁZE V MOLEKULÁRNÍ BIOLOGII Plíšková L., Hrochová K., Kutová R. Ústav klinické biochemie a diagnostiky FN Hradec Králové PREANALYTICKÁ FÁZE V MOLEKULÁRNÍ BIOLOGII

Více

Aplikace molekulárně biologických postupů v časné detekci sepse

Aplikace molekulárně biologických postupů v časné detekci sepse Aplikace molekulárně biologických postupů v časné detekci sepse Mgr. Jana Ždychová, Ph.D. IKEM PLM - LLG Sepse je častou příčinou úmrtí během hospitalizace. Včasné nasazení odpovídající ATB terapie je

Více

Diagnostika infekce Chlamydia trachomatis pomocí molekulárně genetické metody real time PCR nejen u pacientek z gynekologických zařízení

Diagnostika infekce Chlamydia trachomatis pomocí molekulárně genetické metody real time PCR nejen u pacientek z gynekologických zařízení Diagnostika infekce Chlamydia trachomatis pomocí molekulárně genetické metody real time PCR nejen u pacientek z gynekologických zařízení Mgr. Klára Vilimovská Dědečková, Ph.D. Synlab genetics s.r.o. Molekulární

Více

Yi TPMT. Diagnostická souprava. Návod k použití. Haasova 27 Brno Česká republika. tel.:

Yi TPMT. Diagnostická souprava. Návod k použití. Haasova 27 Brno Česká republika. tel.: Yi TPMT Diagnostická souprava Návod k použití Výrobce: YBUX s.r.o. Haasova 27 Brno 616 00 Česká republika IČ 63487951 tel.: +420 541 423 710 e-mail: ybux@ybux.eu Název: Yi TPMT Popis: Diagnostická souprava

Více

Implementace laboratorní medicíny do systému vzdělávání na Univerzitě Palackého v Olomouci. reg. č.: CZ.1.07/2.2.00/

Implementace laboratorní medicíny do systému vzdělávání na Univerzitě Palackého v Olomouci. reg. č.: CZ.1.07/2.2.00/ Implementace laboratorní medicíny do systému vzdělávání na Univerzitě Palackého v Olomouci reg. č.: CZ.1.07/2.2.00/28.0088 Hybridizační metody v diagnostice Mgr. Gabriela Kořínková, Ph.D. Laboratoř molekulární

Více

Verze: 1.2 Datum poslední revize: 24.9.2014. Nastavení real-time PCR cykleru. Light Cycler 480 Instrument. (Roche) generi biotech

Verze: 1.2 Datum poslední revize: 24.9.2014. Nastavení real-time PCR cykleru. Light Cycler 480 Instrument. (Roche) generi biotech Verze: 1.2 Datum poslední revize: 24.9.2014 Nastavení real-time PCR cykleru Light Cycler 480 Instrument (Roche) generi biotech OBSAH 1. Nastavení teplotního profilu...3 1.1. Nastavení nového teplotního

Více

NÁVOD K POUŽITÍ PRO HER2 DNA QUANTIFICATION KIT

NÁVOD K POUŽITÍ PRO HER2 DNA QUANTIFICATION KIT IČ: 80 DIČ: CZ80 sales@intellmed.eu NÁVOD K POUŽITÍ PRO HER DNA QUANTIFICATION KIT IČ: 80 DIČ: CZ80 sales@intellmed.eu OBSAH Návod k použití pro HER DNA QUANTIFICATION KIT.... Úvod.... Označení.... Rozsah

Více

Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/

Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/ Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Genomika (KBB/GENOM) Analýza transkriptomu Ing. Hana Šimková, CSc. Cíl přednášky - seznámení s moderními metodami komplexní

Více

J09 Průkaz nukleové kyseliny

J09 Průkaz nukleové kyseliny J09 Průkaz nukleové kyseliny VLLM0421c (jaro 2016) Osnova využití a metody průkazu NK PCR a její modifikace proces prokazování specifické sekvence NK 2/55 Přímé vs. nepřímé metody přímé hledáme mikroba,

Více

Filozofie validace. Je validace potřebná? Mezinárodní doporučení pro provádění validací ve forenzně genetických laboratořích

Filozofie validace. Je validace potřebná? Mezinárodní doporučení pro provádění validací ve forenzně genetických laboratořích INVESTICE DO ROZVOJE VZDĚLÁVÁNÍ Vzdělávání v oblasti forenzní genetiky reg. č. CZ.1.07/2.3.00/09.0080 Mezinárodní doporučení pro provádění validací ve forenzně genetických laboratořích INVESTICE DO ROZVOJE

Více

nastavení real-time PCR cykleru Rotor Gene 3000

nastavení real-time PCR cykleru Rotor Gene 3000 Verze: 1.4 Datum poslední revize: 25. 3. 2015 nastavení real-time PCR cykleru Rotor Gene 3000 (Corbett Research) generi biotech OBSAH: 1. Nastavení teplotního profilu a spuštění cykleru... 3 2. Zadání

Více

2 Inkompatibilita v systému Rhesus. Upraveno z A.D.A.M.'s health encyclopedia

2 Inkompatibilita v systému Rhesus. Upraveno z A.D.A.M.'s health encyclopedia 2 Inkompatibilita v systému Rhesus Upraveno z A.D.A.M.'s health encyclopedia 3 Inkompatibilita v systému Rhesus Úkol 7, str.119 Které z uvedených genotypových kombinací Rh systému u manželů s sebou nesou

Více

Fluorescenční mikroskopie

Fluorescenční mikroskopie Luminiscence jev, kdy látka vysílá do prostoru světlo chemická reakce chemiluminiscence (např. světluška) světlo fotoluminiscence fluorescence (emisní záření jen krátkou dobu po skončení exitačního záření)

Více

P ehled výsledk z Referen ní laborato e

P ehled výsledk z Referen ní laborato e P ehled výsledk z Referen ní laborato e 1,3 Hajdúch M, 1,3 Trojanec R, 2,3 Kolá Z, 1,3 Bouchalová K, 2,3 Sedláková E. 1 Laborato experimentální medicíny p i D tské klinice LF UP a FN Olomouc 2 Laborato

Více

generi biotech nastavení real-time PCR cykleru Applied Biosystems 7300 a 7500 Fast Real-Time System (Applied Biosystems)

generi biotech nastavení real-time PCR cykleru Applied Biosystems 7300 a 7500 Fast Real-Time System (Applied Biosystems) Verze: 1.2 Datum poslední revize: 24.9.2014 nastavení real-time PCR cykleru Applied Biosystems 7300 a 7500 Fast Real-Time System (Applied Biosystems) generi biotech OBSAH 1. Nastavení nového teplotního

Více

Hybridizace nukleových kyselin

Hybridizace nukleových kyselin Hybridizace nukleových kyselin Tvorba dvouřetězcových hybridů za dvou jednořetězcových a komplementárních molekul Založena na schopnosti denaturace a renaturace DNA. Denaturace DNA oddělení komplementárních

Více

MOLEKULÁRNĚ BIOLOGICKÉ METODY V ENVIRONMENTÁLNÍ MIKROBIOLOGII. Martina Nováková, VŠCHT Praha

MOLEKULÁRNĚ BIOLOGICKÉ METODY V ENVIRONMENTÁLNÍ MIKROBIOLOGII. Martina Nováková, VŠCHT Praha MOLEKULÁRNĚ BIOLOGICKÉ METODY V ENVIRONMENTÁLNÍ MIKROBIOLOGII Martina Nováková, VŠCHT Praha MOLEKULÁRNÍ BIOLOGIE V BIOREMEDIACÍCH enumerace FISH průtoková cytometrie klonování produktů PCR sekvenování

Více

ZDRAVOTNÍ NEZÁVADNOST POTRAVIN

ZDRAVOTNÍ NEZÁVADNOST POTRAVIN ZDRAVOTNÍ NEZÁVADNOST POTRAVIN Možnosti stanovení Listeria monocytogenes popis metod a jejich princip Mária Strážiková Aleš Holfeld Obsah Charakteristika Listeria monocytogenes Listerióza Metody detekce

Více

Validace sérologických testů výrobcem. Vidia spol. s r.o. Ing. František Konečný IV/2012

Validace sérologických testů výrobcem. Vidia spol. s r.o. Ing. František Konečný IV/2012 Validace sérologických testů výrobcem Vidia spol. s r.o. Ing. František Konečný IV/2012 Legislativa Zákon č. 123/2000 Sb. o zdravotnických prostředcích ve znění pozdějších předpisů Nařízení vlády č. 453/2004

Více

F l u o r e s c e n c e

F l u o r e s c e n c e F l u o r e s c e n c e Fluorescenční mikroskopie Luminiscence jev, kdy látka vysílá do prostoru světlo chemická reakce chemiluminiscence světlo fotoluminiscence Vyvolávající záření exitační fluorescence

Více

Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti NUKLEOVÉ KYSELINY

Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti NUKLEOVÉ KYSELINY Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti NUKLEOVÉ KYSELINY 3 složky Nukleotidy dusík obsahující báze (purin či pyrimidin) pentosa fosfát Fosfodiesterová vazba. Vyskytuje se mezi

Více

Mgr. Veronika Peňásová vpenasova@fnbrno.cz Laboratoř molekulární diagnostiky, OLG FN Brno Klinika dětské onkologie, FN Brno

Mgr. Veronika Peňásová vpenasova@fnbrno.cz Laboratoř molekulární diagnostiky, OLG FN Brno Klinika dětské onkologie, FN Brno Retinoblastom Mgr. Veronika Peňásová vpenasova@fnbrno.cz Laboratoř molekulární diagnostiky, OLG FN Brno Klinika dětské onkologie, FN Brno Retinoblastom (RBL) zhoubný nádor oka, pocházející z primitivních

Více

Optimalizace metody PCR pro její využití na vzorky KONTAMINOVANÝCH PITNÝCH VOD

Optimalizace metody PCR pro její využití na vzorky KONTAMINOVANÝCH PITNÝCH VOD Optimalizace metody PCR pro její využití na vzorky KONTAMINOVANÝCH PITNÝCH VOD Dana Vejmelková, Milan Šída, Kateřina Jarošová, Jana Říhová Ambrožová VODÁRENSKÁ BIOLOGIE, 1. 2. 2017 ÚVOD Sledované parametry,

Více

Molekulární diagnostika

Molekulární diagnostika Molekulární diagnostika Odry 11. 11. 2010 Michal Pohludka, Ph.D. Buňka základní jednotka živé hmoty Všechny v současnosti známé buňky se vyvinuly ze společného předka, tedy buňky, která žila asi před 3,5-3,8

Více

nastavení real-time PCR cykléru CFX 96 Real-Time System

nastavení real-time PCR cykléru CFX 96 Real-Time System nastavení real-time PCR cykléru CFX 96 Real-Time System (BioRad) generi biotech OBSAH 1. Spuštění již existujícího či nastavení nového teplotního profilu...3 1.1. Spuštění již uloženého teplotního profilu...3

Více

RIGORÓZNÍ OTÁZKY - BIOLOGIE ČLOVĚKA

RIGORÓZNÍ OTÁZKY - BIOLOGIE ČLOVĚKA RIGORÓZNÍ OTÁZKY - BIOLOGIE ČLOVĚKA 1. Genotyp a jeho variabilita, mutace a rekombinace Specifická imunitní odpověď Prevence a časná diagnostika vrozených vad 2. Genotyp a prostředí Regulace buněčného

Více

přesnost (reprodukovatelnost) správnost (skutečná hodnota)? Skutečná hodnota použití různých metod

přesnost (reprodukovatelnost) správnost (skutečná hodnota)? Skutečná hodnota použití různých metod přesnost (reprodukovatelnost) správnost (skutečná hodnota)? Skutečná hodnota použití různých metod Měření Pb v polyethylenu 36 různými laboratořemi 0,47 0 ± 0,02 1 µmol.g -1 tj. 97,4 ± 4,3 µg.g -1 Měření

Více

Detekce geneticky modifikovaných organizmů v potravinách a potravinářských surovinách

Detekce geneticky modifikovaných organizmů v potravinách a potravinářských surovinách Detekce geneticky modifikovaných organizmů v potravinách a potravinářských surovinách Kamila Zdeňková Transgenní rostliny, tj. takové rostliny, do jejichž dědičného základu byly metodami genového inženýrství

Více

Laboratorní workshop s teoreticko praktickou ukázkou molekulárně biologických technik ve spolupráci s firmou ROCHE

Laboratorní workshop s teoreticko praktickou ukázkou molekulárně biologických technik ve spolupráci s firmou ROCHE BiochemNet vytvoření sítě pro podporu spolupráce biomedicínských pracovišť a zvýšení uplatnitelnosti absolventů biochemických oborů v praxi Laboratorní workshop s teoreticko praktickou ukázkou molekulárně

Více

EKONOMICKÉ ASPEKTY GENETICKÝCH VYŠETŘENÍ. I. Šubrt Společnost lékařské genetiky ČLS JEP

EKONOMICKÉ ASPEKTY GENETICKÝCH VYŠETŘENÍ. I. Šubrt Společnost lékařské genetiky ČLS JEP EKONOMICKÉ ASPEKTY GENETICKÝCH VYŠETŘENÍ I. Šubrt Společnost lékařské genetiky ČLS JEP Lékařská genetika Lékařský obor zabývající se diagnostikou a managementem dědičných onemocnění Genetická prevence

Více

ÚVOD DO KVANTITATIVNÍ REAL-TIME PCR. VI. Aplikace qrt-pcr

ÚVOD DO KVANTITATIVNÍ REAL-TIME PCR. VI. Aplikace qrt-pcr ÚVOD DO KVANTITATIVNÍ REAL-TIME PCR VI. Aplikace qrt-pcr 1. Detekce DNA - Diagnóza infekčních onemocnění (přítomnost patogenů v krvi, séru, plazmě ) - Sledování minimální reziduální nemoci - Detekce patogenů

Více

Změny sazebníku výkonů pro mikrobiologické obory

Změny sazebníku výkonů pro mikrobiologické obory Změny sazebníku výkonů pro mikrobiologické obory Ing. Hana Hrbáčková LTK CEM SZÚ 2011 - Původní návrh MZ Grant Evropského fondu pro regionální rozvoj Vítěznou nabídku na řešení Kultivace Seznamu zdravotních

Více

Izolace RNA. doc. RNDr. Jan Vondráček, PhD..

Izolace RNA. doc. RNDr. Jan Vondráček, PhD.. Izolace RNA doc. RNDr. Jan Vondráček, PhD.. Metodiky izolace RNA celková buněčná RNA ( total RNA) zahrnuje řadu typů RNA, které se mohou lišit svými fyzikálněchemickými vlastnostmi a tedy i nároky na jejich

Více

Environmentální aplikace molekulární biologie

Environmentální aplikace molekulární biologie Environmentální aplikace molekulární biologie Petra Jančová, Kristýna Maršálková, Jana Šerá, Hana Pištěková Ústav Inženýrství Ochrany Životního Prostředí, Fakulta Technologická, Univerzita Tomáše Bati

Více

ÚVOD DO KVANTITATIVNÍ REAL-TIME PCR. IV. Interkalační barviva a sondy

ÚVOD DO KVANTITATIVNÍ REAL-TIME PCR. IV. Interkalační barviva a sondy ÚVOD DO KVANTITATIVNÍ REAL-TIME PCR IV. Interkalační barviva a sondy Fluorofor (F) Fluorofor většinou heterocyklická nebo polyaromatická sloučenina, při přechodu z excitovného do základního stavu fluoreskuje

Více

Univerzita Pardubice Chemicko-technologická fakulta Katedra analytické chemie

Univerzita Pardubice Chemicko-technologická fakulta Katedra analytické chemie Univerzita Pardubice Chemicko-technologická fakulta Katedra analytické chemie 12. licenční studium PYTHAGORAS Statistické zpracování dat Kalibrace a limity její přesnosti Semestrální práce 2009 RNDr. Markéta

Více

Genetický screening predispozice k celiakii

Genetický screening predispozice k celiakii VETERINÁRN RNÍ A FARMACEUTICKÁ UNIVERZITA BRNO Farmaceutická fakulta Ústav humánn nní farmakologie a toxikologie Genetický screening predispozice k celiakii RNDr. Ladislava Bartošov ová,ph.d. 1, PharmDr.

Více

Molekulárně biologické a cytogenetické metody

Molekulárně biologické a cytogenetické metody Molekulárně biologické a cytogenetické metody Molekulárně biologickému vyšetření obvykle předchází na rozdíl od všech předcházejících izolace nukleových kyselin, což je ve většině případů DNA jako nositelka

Více

POLYMERÁZOVÁ ŘETĚZOVÁ REAKCE (PCR)

POLYMERÁZOVÁ ŘETĚZOVÁ REAKCE (PCR) POLYMERÁZOVÁ ŘETĚZOVÁ REAKCE (PCR) Polymerázová řetězová reakce (PCR, z anglického Polymerase Chain Reaction) je metoda rychlého zmnožení (amplifikace) vybraného úseku DNA. Množený (amplifikovaný) úsek

Více

Projekt FR-TI2/075 MPO příklad spolupráce farmaceutů s komerčním sektorem. Milan Bartoš. Forum veterinarium, Brno 2010

Projekt FR-TI2/075 MPO příklad spolupráce farmaceutů s komerčním sektorem. Milan Bartoš. Forum veterinarium, Brno 2010 Projekt FR-TI2/075 MPO příklad spolupráce farmaceutů s komerčním sektorem Milan Bartoš Forum veterinarium, Brno 2010 Vývoj farmakogenetické diagnostické soupravy pro stanovení genetických polymorfismů

Více

GENOTOXICITA A ZMĚNY V GENOVÉ EXPRESI

GENOTOXICITA A ZMĚNY V GENOVÉ EXPRESI GENOTOXICITA A ZMĚNY V GENOVÉ EXPRESI INDUKOVANÉ PŮSOBENÍM ORGANICKÝCH LÁTEK Z PRACHOVÝCH ČÁSTIC V OVZDUŠÍ Kateřina Hanzalová Oddělení genetické ekotoxikologie Ústav experimentální medicíny AV ČR v.v.i.

Více

KATALOG PRODUKTŮ 2015

KATALOG PRODUKTŮ 2015 KATALOG PRODUKTŮ 2015 www.geneproof.com Váš specialista na PCR diagnostiku! KATALOG PRODUKTŮ 2015 GeneProof a.s. je biotechnologická společnost zabývající se molekulární in vitro diagnostikou závažných

Více

Molekulárně biologické metody v mikrobiologii. Mgr. Martina Sittová Jaro 2014

Molekulárně biologické metody v mikrobiologii. Mgr. Martina Sittová Jaro 2014 Molekulárně biologické metody v mikrobiologii Mgr. Martina Sittová Jaro 2014 Harmonogram 1. den Izolace DNA 2. den Měření koncentrace DNA spektrofotometricky, real-time PCR 3. den Elektroforéza Molekulární

Více

Metody molekulární biologie

Metody molekulární biologie Metody molekulární biologie 1. Základní metody molekulární biologie A. Izolace nukleových kyselin Metody využívající různé rozpustnosti Metody adsorpční Izolace RNA B. Centrifugační techniky o Princip

Více

Chyby spektrometrických metod

Chyby spektrometrických metod Chyby spektrometrických metod Náhodné Soustavné Hrubé Správnost výsledku Přesnost výsledku Reprodukovatelnost Opakovatelnost Charakteristiky stanovení 1. Citlivost metody - směrnice kalibrační křivky 2.

Více

Vývoj biomarkerů. Jindra Vrzalová, Ondrej Topolčan, Radka Fuchsová FN Plzeň, LF v Plzni UK

Vývoj biomarkerů. Jindra Vrzalová, Ondrej Topolčan, Radka Fuchsová FN Plzeň, LF v Plzni UK Vývoj biomarkerů Jindra Vrzalová, Ondrej Topolčan, Radka Fuchsová FN Plzeň, LF v Plzni UK Proč potřebujeme laboratoř? Proč potřebujeme biomarkery? Časná diagnostika Správná diagnostika a stratifikace pacientů

Více

Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti. Translace, techniky práce s DNA

Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti. Translace, techniky práce s DNA Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti Translace, techniky práce s DNA Translace překlad z jazyka nukleotidů do jazyka aminokyselin dá se rozdělit na 5 kroků aktivace aminokyslin

Více

Veronika Janů Šárka Kopelentová Petr Kučera. Oddělení alergologie a klinické imunologie FNKV Praha

Veronika Janů Šárka Kopelentová Petr Kučera. Oddělení alergologie a klinické imunologie FNKV Praha Veronika Janů Šárka Kopelentová Petr Kučera Oddělení alergologie a klinické imunologie FNKV Praha interakce antigenu s protilátkou probíhá pouze v místech epitopů Jeden antigen může na svém povrchu nést

Více

Mendelova univerzita v Brně Agronomická fakulta Ústav biologie rostlin

Mendelova univerzita v Brně Agronomická fakulta Ústav biologie rostlin Mendelova univerzita v Brně Agronomická fakulta Ústav biologie rostlin Inovace laboratorních úloh genetických předmětů metodikami pracujícími s ribonukleovými kyselinami pšenice Metodické návody pro laboratorní

Více

DIAGNOSTIKA A MONITOROVÁNÍ INFEKCÍ ZPŮSOBENÉ LIDSKÝMI PAPILLOMAVIRY VYSOCE RIZIKOVÉHO TYPU POMOCÍ REAL TIME PCR

DIAGNOSTIKA A MONITOROVÁNÍ INFEKCÍ ZPŮSOBENÉ LIDSKÝMI PAPILLOMAVIRY VYSOCE RIZIKOVÉHO TYPU POMOCÍ REAL TIME PCR DIAGNOSTIKA A MONITOROVÁNÍ INFEKCÍ ZPŮSOBENÉ LIDSKÝMI PAPILLOMAVIRY VYSOCE RIZIKOVÉHO TYPU POMOCÍ REAL TIME PCR Michaela Kavanová, DiS. tel.: +420 221 985 476 mobil: +420 725 004 523 e-mail: michaela.kavanova@synlab.cz

Více

Zahrnutí alelického dropoutu

Zahrnutí alelického dropoutu Sémantická interoperabilita v biomedicíně a zdravotnictví Mgr. Dalibor Slovák Oddělení medicínské informatiky a biostatistiky, ÚI AV ČR školitelka: Prof. RNDr. Jana Zvárová, DrSc. Ústav hygieny a epidemiologie,

Více

cdna synthesis kit First-Strand cdna Synthesis System Verze 1.2

cdna synthesis kit First-Strand cdna Synthesis System Verze 1.2 cdna synthesis kit First-Strand cdna Synthesis System Verze 1.2 Obsah soupravy a její skladování Tato souprava pro reverzní transkripci obsahuje reagencie potřebné k provedení reverzní transkripce (RT)

Více

nastavení real-time PCR cykléru icycler iq5 Multi-Color Real-Time PCR Detection System

nastavení real-time PCR cykléru icycler iq5 Multi-Color Real-Time PCR Detection System Verze: 1.0 Datum poslední revize: 2.1.2014 nastavení real-time PCR cykléru icycler iq5 Multi-Color Real-Time PCR Detection System (BioRad) generi biotech OBSAH: 1. Spuštění již existujícího či nastavení

Více

Konečná zpráva hodnocení různých způsobů přípravy vzorků pro AMPLICOR HPV test firmy Roche

Konečná zpráva hodnocení různých způsobů přípravy vzorků pro AMPLICOR HPV test firmy Roche Konečná zpráva hodnocení různých způsobů přípravy vzorků pro AMPLICOR HPV test firmy Roche Charakteristika testu: Set AMPLICOR HPV vyráběný firmou Roche je určený pro detekci vysoko-rizikových typů lidských

Více

DYNEX nabízí komplexní řešení v oblasti zpracování a analýzy biologických materiálů pomocí molekulárně biologických metod.

DYNEX nabízí komplexní řešení v oblasti zpracování a analýzy biologických materiálů pomocí molekulárně biologických metod. DYNEX nabízí komplexní řešení v oblasti zpracování a analýzy biologických materiálů pomocí molekulárně biologických metod. Od 1.1.2014 DYNEX jediným OFICIÁLNÍM (autorizovaným) distributorem společnosti

Více

Genetický polymorfismus jako nástroj identifikace osob v kriminalistické a soudnělékařské. doc. RNDr. Ivan Mazura, CSc.

Genetický polymorfismus jako nástroj identifikace osob v kriminalistické a soudnělékařské. doc. RNDr. Ivan Mazura, CSc. Genetický polymorfismus jako nástroj identifikace osob v kriminalistické a soudnělékařské praxi doc. RNDr. Ivan Mazura, CSc. Historie forenzní genetiky 1985-1986 Alec Jeffreys a satelitní DNA 1980 Ray

Více

Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354

Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Genomika (KBB/GENOM) SNPs Odvozování a genotyping Ing. Hana Šimková, CSc. Cíl přednášky - seznámení s problematikou hledání

Více

FLUORESCENČNÍ MIKROSKOP

FLUORESCENČNÍ MIKROSKOP FLUORESCENČNÍ MIKROSKOP na gymnáziu Pierra de Coubertina v Táboře Pavla Trčková, kabinet Biologie, GPdC Tábor Co je fluorescence Fluorescence je jev spočívající v tom, že některé látky (fluorofory) po

Více

Sada artus HBV QS-RGQ

Sada artus HBV QS-RGQ Sada artus HBV QS-RGQ Výkonnostní charakteristiky Sada artus HBV QS-RGQ, verze 1, 4506363, 4506366 Před samotným testem si ověřte dostupnost nových revizí elektronického značení na adrese www.qiagen.com/products/artushbvrgpcrkitce.aspx.

Více

Tekuté biopsie u mnohočetného myelomu

Tekuté biopsie u mnohočetného myelomu Tekuté biopsie u mnohočetného myelomu Mgr. Veronika Kubaczková Babákova myelomová skupina ÚPF LF MU Pacientský seminář 11. května 2016, Brno Co jsou tekuté biopsie? Představují méně zatěžující vyšetření

Více

Kalibrace analytických metod

Kalibrace analytických metod Kalibrace analytických metod Petr Breinek BC_Kalibrace_2010 Měřící zařízení (zjednodušeně přístroje) pro měření fyzikálních veličin musí být výrobci kalibrovaná Objem: pipety Teplota (+37 C definovaná

Více

REAL - TIME PCR V DIAGNOSTICE INFEKČNÍ NEMOCI

REAL - TIME PCR V DIAGNOSTICE INFEKČNÍ NEMOCI UNIVERZITA KARLOVA V PRAZE FARMACEUTICKÁ FAKULTA V HRADCI KRÁLOVÉ Katedra biochemických věd REAL - TIME PCR V DIAGNOSTICE INFEKČNÍ NEMOCI Bakalářská práce Vedoucí bakalářské práce : Ing. Barbora Szotáková,

Více

Nové metody v průtokové cytometrii. Vlas T., Holubová M., Lysák D., Panzner P.

Nové metody v průtokové cytometrii. Vlas T., Holubová M., Lysák D., Panzner P. Nové metody v průtokové cytometrii Vlas T., Holubová M., Lysák D., Panzner P. Průtoková cytometrie Analytická metoda využívající interakce částic a záření. Technika se vyvinula z počítačů částic Počítače

Více

Seminář izolačních technologií

Seminář izolačních technologií Seminář izolačních technologií Zpracoval: Karel Bílek a Kateřina Svobodová Podpořeno FRVŠ 2385/2007 a 1305/2009 Úpravy a aktualizace: Pavla Chalupová ÚMFGZ MZLU v Brně 1 Lokalizace jaderné DNA 2 http://www.paternityexperts.com/basicgenetics.html

Více

Microfluidic systems, advantages and applications Monika Kremplová, Mgr.

Microfluidic systems, advantages and applications Monika Kremplová, Mgr. Název: Školitel: Microfluidic systems, advantages and applications Monika Kremplová, Mgr. Datum: 21. 6. 2013 Reg.č.projektu: CZ.1.07/2.3.00/20.0148 Název projektu: Mezinárodní spolupráce v oblasti "in

Více

GENETIKA A MOLEKULÁRNĚ GENETICKÁ DIAGNOSTIKA DUCHENNEOVY MUSKULÁRNÍ DYSTROFIE

GENETIKA A MOLEKULÁRNĚ GENETICKÁ DIAGNOSTIKA DUCHENNEOVY MUSKULÁRNÍ DYSTROFIE GENETIKA A MOLEKULÁRNĚ GENETICKÁ DIAGNOSTIKA DUCHENNEOVY MUSKULÁRNÍ DYSTROFIE POHLED Z LABORATOŘE Petra Hedvičákov ková ÚBLG FN Motol Odd. lékal kařské molekulárn rní genetiky MZO 00064203 23.-24.5.2008

Více

LABORATORNÍ PŘÍRUČKA. Laboratoř HLA systému a PCR diagnostiky

LABORATORNÍ PŘÍRUČKA. Laboratoř HLA systému a PCR diagnostiky LABORATORNÍ PŘÍRUČKA Transfuzní oddělení Laboratoř systému a PCR diagnostiky Účinnost od 15. 9. 2015 Verze č. 4 Tímto předpisem se ruší Verze č. 3, platnost od 1. 4. 2014 Odborný garant Jméno a příjmení,

Více

OBSAH. PP Master Mixy... 11 PPP Master Mix 12 Plain PP Master Mix 13 Combi PPP Master Mix 14

OBSAH. PP Master Mixy... 11 PPP Master Mix 12 Plain PP Master Mix 13 Combi PPP Master Mix 14 OBSAH DNA polymerázy pro PCR a pufry.................. 3 Taq DNA polymeráza 4 Taq DNA polymeráza Unis 5 TaqPurple DNA polymeráza 6 Taq DNA polymeráza 1.1 7 Combi Taq DNA polymeráza 8 LA DNA Polymerases

Více

PŘÍRUČKA ŘEŠENÝCH PŘÍKLADŮ

PŘÍRUČKA ŘEŠENÝCH PŘÍKLADŮ 1999-2011 PŘÍRUČKA ŘEŠENÝCH PŘÍKLADŮ EFFIVALIDATION 3 EffiChem your validation software Lesní 593, 679 71 Lysice http://www.effichem.com 2/57 EffiChem můţe vlastnit patenty, podané ţádosti o patenty, ochranné

Více

Písemná zpráva zadavatele

Písemná zpráva zadavatele Písemná zpráva zadavatele veřejné zakázky zadávané dle zákona č. 137/2006 Sb., o veřejných zakázkách, ve znění účinném ke dni zahájení zadávacího řízení (dále jen ZVZ ). Veřejná zakázka Název: Ostatní

Více

Genotypování markerů užitkovosti a zdraví u skotu

Genotypování markerů užitkovosti a zdraví u skotu Mezinárodní odborný seminář Využití chovatelských dat onemocnění skotu pro management stád, šlechtění a pro racionální užívání antimikrobik. Genotypování markerů užitkovosti a zdraví u skotu Jitka Kyseľová

Více

Algoritmus vyšetření HLA při vyhledávání dárce HSCT

Algoritmus vyšetření HLA při vyhledávání dárce HSCT Algoritmus vyšetření HLA při vyhledávání dárce HSCT 1. Primární zpracování vzorků a typizace HLA Izolace DNA ze dvou nezávislých primárních vzorků při diagnóze u všech pacientů potenciálně indikovaných

Více

Systém pro kvantitativní multiplex amplifikaci DNA PLEXAMP KIT. PXT5 Detekce genomové přestavby genu BRCA2 NÁVOD K POUŽITÍ

Systém pro kvantitativní multiplex amplifikaci DNA PLEXAMP KIT. PXT5 Detekce genomové přestavby genu BRCA2 NÁVOD K POUŽITÍ Systém pro kvantitativní multiplex amplifikaci DNA PLEXAMP KIT PXT5 Detekce genomové přestavby genu BRCA2 NÁVOD K POUŽITÍ REFERENCE: PXT5-01.01.25: 25 testů PXT5-01.01.50: 50 testů PXT5-01.01.100: 100

Více

Metoda Live/Dead aneb využití fluorescenční mikroskopie v bioaugmentační praxi. Juraj Grígel Inovativní sanační technologie ve výzkumu a praxi

Metoda Live/Dead aneb využití fluorescenční mikroskopie v bioaugmentační praxi. Juraj Grígel Inovativní sanační technologie ve výzkumu a praxi Metoda Live/Dead aneb využití fluorescenční mikroskopie v bioaugmentační praxi Juraj Grígel Inovativní sanační technologie ve výzkumu a praxi Co je to vlastně ta fluorescence? Některé látky (fluorofory)

Více

Určení koncentrace proteinu fluorescenční metodou v mikrotitračních destičkách

Určení koncentrace proteinu fluorescenční metodou v mikrotitračních destičkách Určení koncentrace proteinu fluorescenční metodou v mikrotitračních destičkách Teorie Stanovení celkových proteinů Celkové množství proteinů lze stanovit pomocí několika metod; například: Hartree-Lowryho

Více

Molekulárn. rní. biologie Struktura DNA a RNA

Molekulárn. rní. biologie Struktura DNA a RNA Molekulárn rní základy dědičnosti Ústřední dogma molekulárn rní biologie Struktura DNA a RNA Ústřední dogma molekulárn rní genetiky - vztah mezi nukleovými kyselinami a proteiny proteosyntéza replikace

Více

PowerOPTI Řízení účinnosti tepelného cyklu

PowerOPTI Řízení účinnosti tepelného cyklu PowerOPTI Řízení účinnosti tepelného cyklu VIZE Zvýšit konkurenceschopnost provozovatelů elektráren a tepláren. Základní funkce: Spolehlivé hodnocení a řízení účinnosti tepelného cyklu, včasná diagnostika

Více

TECHNIKY PCR. PCR - polymerase chain reaction -polymerázová řetězová reakce

TECHNIKY PCR. PCR - polymerase chain reaction -polymerázová řetězová reakce TECHNIKY PCR PCR - polymerase chain reaction -polymerázová řetězová reakce Komponenty nukleových kyselin Nukleotid DNA deoxyguanosid monofosfát (dgmp) Koncept párování bazí je striktně konzervativní Cytosine

Více

11.Metody molekulové spektrometrie pro kvantitativní analýzu léčiv

11.Metody molekulové spektrometrie pro kvantitativní analýzu léčiv Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti 11.Metody molekulové spektrometrie pro kvantitativní analýzu léčiv Vadym Prokopec Vadym.Prokopec@vscht.cz 11.Metody molekulové spektrometrie

Více

Přínos molekulární genetiky pro diagnostiku a terapii malignit GIT v posledních 10 letech

Přínos molekulární genetiky pro diagnostiku a terapii malignit GIT v posledních 10 letech Přínos molekulární genetiky pro diagnostiku a terapii malignit GIT v posledních 10 letech Minárik M. Centrum aplikované genomiky solidních nádorů (CEGES), Genomac výzkumný ústav, Praha XXIV. JARNÍ SETKÁNÍ

Více

Elecsys SCC první zkušenosti z rutinní praxe. Ing. Pavla Eliášová Oddělení klinické biochemie Masarykova nemocnice v Ústí nad Labem

Elecsys SCC první zkušenosti z rutinní praxe. Ing. Pavla Eliášová Oddělení klinické biochemie Masarykova nemocnice v Ústí nad Labem Elecsys SCC první zkušenosti z rutinní praxe Ing. Pavla Eliášová Oddělení klinické biochemie Masarykova nemocnice v Ústí nad Labem Antigen SCC Glykoprotein s molekulovou hmotností 42 kd dva základní typy

Více

Návrh směrnic pro správnou laboratorní diagnostiku Friedreichovy ataxie.

Návrh směrnic pro správnou laboratorní diagnostiku Friedreichovy ataxie. Návrh směrnic pro správnou laboratorní diagnostiku Friedreichovy ataxie. Připravila L.Fajkusová Online Mendelian Inheritance in Man: #229300 FRIEDREICH ATAXIA 1; FRDA *606829 FRDA GENE; FRDA Popis onemocnění

Více