Etiologie a patogeneze nemocí

Transkript

1 Etiologie a patogeneze nemocí Biomedicínská technika a bioinformatika Prof. MUDr. Anna Vašků, CSc. Ústav patologické fyziologie LF MU Brno I

2 Zdraví a nemoc Nemoc a zdraví jsou zároveň přírodním a kulturním fenoménem Označení za nemocného může mít pro jednotlivce velké sociální následky Jakýkoliv zákon o zdravotní péči musí vycházet z definice zdraví.

3 Nemoc Nemoc se vnímá subjektivně, tj. jako individuální zážitek poruchy cítění se nebo necítění se dobře, jako pocit churavosti, utrpení, ohrožení, strachu. starosti a bolesti, nevýkonnosti, selhání. Objektivně rozpoznává nemoc lékař podle příznaků porušené struktury a funkce, a to i nezávisle na tom, jsouli subjektivně vnímány i pacientem.

4 Světová zdravotnická organizace (WHO) "Zdraví není jen absence nemoci či poruchy, ale je to komplexní stav tělesné, duševní i sociální pohody ( well well-being ). Tuto definici chápeme jako jisté naznačení ideálního stavu, ke kterému se více či méně přibližujeme. Upozorňuje na pozitivní stránku zdraví,, tj. na uspokojování základních potřeb člověka, jeho aspirací, vztahů i cílů. Biologické zdraví je spojeno s pocitem životního uspokojení i celkové pohody, a to nezávisle na metodách jejich zjišťování a měření. Zvyšování dobré pohody jedince tvoří podstatný vklad pro posilování jeho zdravotního stavu. Analogicky to platí i o činnosti řady společenských skupin a organizací. Uvažuje se o zdravé rodině, přátelských skupinách, škole, profesi, obci, ale i obecné politice.

5 Výzva WHO "Zdraví pro všechny" (1982) Zdraví je schopnost vést sociálně a ekonomicky produktivní život". Zdraví přestává být samo o sobě cílem, ale stává se prostředkem pro uskutečňování harmonického vývoje člověka. Vyplývá z toho: a) potřeba aktivní prevence, která se zaměřuje na posilování základních předpokladů zdraví, tj. na faktory, které zvyšují odolnost člověka při zvládání nejrůznějších zátěžových okolností života b) hodnocení pozitivního aspektu zdraví = rozbor vlivů, které udržují a posilují zdraví člověka, pomáhají odstraňovat důsledky mnoha nemocí či poruch a podporují kladné mezilidské vztahy.

6 Stádia rozvoje nemoci Prodromy Akutní onemocnění (1-21 dní) Chronické (víc než 40 dní) a/ navazující na akutní po časově definované době (chronická bronchitida u kuřáka, navazující na akutní) b/chronické od začátku (Wegenerova granulomatóza)

7 Příčiny nemocí Fyzikální Chemické Biologické

8 Genom ve zdraví a nemoci Genetická výbava jedince (souhrn všech genů=genom) je sice osudově zadána v okamžiku zplození, ale není pro další život konečná, protože v průběhu života se může měnit jak pod vlivem četných faktorů epigenetických (vlivy prostředí), tak pod vlivem dalších faktorů genetických (např. mutacemi somatických buněk vprůběhu maligní transformace).

9 Genomika je obor genetiky, který se snaží stanovit úplnou genetickou informaci organismu a interpretovat ji v termínech životních pochodů. Někdy se genomika rozděluje na tzv. strukturní genomiku, spočívající ve stanovení sledu nukleotidů genomu organismu, na bioinformatiku, jež počítačovými metodami a prací v databázích interpretuje přečtenou dědičnou informaci a na funkční genomiku, kde se experimentem, například vyřazením nějakého genu z činnosti (zvířecí modely typu knock out), snažíme přiřadit funkci neznámým genům, případně funkci genů studovat.

10 Struktura DNA Cukry-N-glykosidické vazby bazí mezi C1 deoxyribózy (DNA) a ribózy (RNA) a N1 pyrimidinových bazí a N9 purinových bazí. Báze A, T (- vazby), G, C (= vazby) Fosfáty jsou esterifikovány na C5 deoxyribózy a vytvářejí dnmp dnmp+p=dndp+p=dntp

11

12

13 Lidský gen 5 3 DNA Promotor Exon 1 Intron 1 E2 I 2 E 3 I 3 Exon RNA 3 Transkripce RNA transkript 5 5 UTR 1 I 2 I 3 I 4 Processing (capping, adice poly A, splicing) 3 3 UTR Zralá mrna Cap UTR Translace Protein NH 2 AAAAA n 3 UTR COOH

14 Lidské chromosomy morfologicky barvitelné pouze v průběhu mitózy nebo meiózy, kdy dochází ke kondenzaci v diploidní buňce 23 párů homologních chromosomů (22 párů autosomů a 2 pohlavní chromosomy)

15 Karyotyp podle Denverské klasifikace

16 Základní terminologie Gen Lokus Alela Homozygot, heterozygot Genom

17 Chromosomové a genové aberace Chromosomové aberace Strukturní Numerické Genové mutace Vzácné alely Polymorfismy

18

19 Genové mutace Z hlediska patogeneze nemocí je důležité, zda se jedná o mutace v somatických buňkách, které vznikají v průběhu života, většinou jsou buněčně nebo tkáňově specifické a nepřenášejí se na potomstvo, nebo zda jde o tzv. zárodečné mutace, které vznikají v zárodečných buňkách (vajíčko nebo spermie), stávají se součástí vrozené genetické predispozice, jsou obsaženy ve všech buňkách a přenášejí se na potomstvo. Mutací vzniklé alely jsou v populaci z různých důvodů vzácné (např. jsou výrazně patologické a tudížjsouz populace odstraňovány selekcí, nebo vznikly nedávno a nestačily se v populaci rozšířit) a časté (polymorfismy).

20 Typy mutací Genové Chromosomové aberace

21 Normální stav DNA ATGCAGGTGACCTCAG TG TACGTCCACTGGAGTC AC Genové mutace Mutace typu missense DNA ATGCAGCTGACCTCAGTG TACGTCGACTGGAGTCAC RNA AUGCAGCUGACCUCAGUG RNA AUGCAGGUGACCUCAG UG PROTEIN PROTEIN Met-Gln-Leu-Thr-Ser-Val Příklady-hemoglobin S u srpkovité anemie

22 Genové mutace Normální stav DNA ATGCAGGTGACCTCAG TG TACGTCCACTGGAGTC AC RNA AUGCAGGUGACCUCAG UG PROTEIN Mutace typu nonsense DNA ATGCAGGTGACCTGAGTG TACGTCCACTGGACTCAC RNA AUGCAGGUGACCUGAGUG PROTEIN Met-Gln-Val-Thr-Stop Příklady: β 0 thalasemie

23 Normální stav DNA ATGCAGGTGACCTCAGTG TACGTCCACTGGAGTCAC RNA AUGCAGGUGACCUCAGUG PROTEIN Met-Gln-Val-Thr-Ser-Val Genové mutace Mutace typu trinukleotidové expanze DNA ATG(CAGCAGCAG) 20 CAGGTGACCTCAGTG TAC(GTCGTCGTC) 20 GTCCACTGGAGTCAC RNA AUG (CAGCAGCAG) 20 CAGGUGACCUCAGUG PROTEIN Met-(Gln-Gln-Gln) 20 Gln-Val-Thr-Ser-Val Příklady: Huntingtonova nemoc

24 Genové mutace Normální stav DNA ATGCAGGTGACCTCAGTG TACGTCCACTGGAGTCAC RNA AUGCAGGUGACCUCAGUG PROTEIN Met-Gln-Val-Thr-Ser-Val Mutace typu frameshift (=posun čtecího rámce) DNA ATGCAGGTGAACCTCAGTG TACGTCCACTTGGAGTCAC RNA AUGCAGGUGAACCUCAGUG PROTEIN Met-Gln-Val-Asn-Leu-Ser Příklady: Duchennova muskulární dystrofie, β 0 thalasemie, Tay-Sachsova choroba

25 Normální stav DNA ATGCAGGTGACCTCAGTG TACGTCCACTGGAGTCAC RNA AUGCAGGUGACCUCAGUG PROTEIN Met-Gln-Val-Thr-Ser-Val Typy mutací Mutace typu inserce DNA ATGCAGGTG-3000 bp-acctcagtg TACGTCCAC-3000 bp-tggagtcac RNA AUGCAGGUG-3000 bp- ACCUCAGUG PROTEIN Met-Gln-Val ? Příklady: velké: Hemofilie A

26 Typy mutací Normální stav DNA ATGCAGGTGACCTCAGTG TACGTCCACTGGAGTCAC RNA AUGCAGGUGACCUCAGUG PROTEIN Met-Gln-Val-Thr-Ser-Val Mutace typu delece DNA ATGCAGGTG TACGTCCAC RNA AUGCAGGUG PROTEIN Met-Gln-Val Příklady: malé-cystická fibróza velké: Duchennova muskulární dystrofie

27 Monogenní nemoci Rozvoj molekulárně biologických metod umožnil detailní analýzu genetického podkladu mnoha mendelisticky děděných, tzv. monogenních nemocí. U těchto chorob se dědičný podklad uplatňuje jako velký faktor, tj. je přítomen prakticky u všech nemocných a jedná se prokazatelně o faktor příčinný (např. defekty v dystrofinovém genu u muskulárních dystrofií), k němuž se přidávají jen jako přídatné další faktory genetické i faktory zevního prostředí. Příčinou těchto nemocí bývají především tzv. vzácné alely

28 Monogenní choroba Monogenní choroba je determinována alelami v jednom lokusu. Variantní alela, která vznikla mutací někdy v nedávné nebo vzdálené minulosti a je většinou relativně málo častá, nahrazuje původní divokou alelu na jednom nebo obou chromosomech. Má-li jedinec pár identických alel, říkáme, že je homozygot, pokud jsou alely rozdílné, jedinec je heterozygot. Monogenní choroby mají charakteristický způsob přenosu v rodinách.

29 Monogenní nemoci Monogenní choroby jsou primárně, i když ne výlučně, chorobami dětského věku. Méně než 10% z nich se manifestuje po pubertě a pouhé 1% se objeví po skončení reprodukčního věku. I V populační studii na 1 milionu živě narozených dětí byla incidence vážných monogenních chorob odhadnuta na 0,36%, u 6-8% hospitalizovaných dětí se uvažuje o monogenních chorobách.

30 Čtyři základní typy dědičnosti dominantní recesivní autosomální autosomálně dominantní (AD) autosomálně recesivní (AR) X-vázaný X-dominantní (XD) X-recesivní (XR)

31 Mitochondriální dědičnost Z hlediska genetiky je zásadní fakt, že mtdna je předávána další generaci výhradně matkou (matroklinní dědičnost), když po oplodnění jsou zachovány pouze mitochondrie lidského vajíčka. To patrně není pouhým důsledkem nepoměru počtu mitochondrií lidského oocytu (cca ) a spermie (50-70), ale předpokládá se aktivní proces, který po oplození zlikviduje mitochondrie paternálního původu. Tomu odpovídá i typický maternální přenos chorob způsobených mutacemi mtdna v rodokmenu (viz obrázek). Pokud je heteroplazmická mutace zděděna nebo k ní dojde v časných fázích embryogeneze, normální i mutovaná varianta jsou náhodně předávány při buněčném dělení dceřinným buňkám (mitotická i meiotická segregace). Distribuce a zastoupení mutované mtdna v jednotlivých orgánech jsou proto patrně závislé na čase a vzniku mutace a rovněž na typu postižené buňky.

32 Rodokmen pro mitochondriální dědičnost

33 Polymorfismy v DNA Jako polymorfismy vdna se označují přirozeně se objevující změny v sekvenci DNA s více než jednou variantou-alelou, s populační frekvencí více než 1 %. Objevují se v průměru jednou na každých 1000 párů bází genomové DNA. Asi 90 % z nich jsou polymorfismy se záměnou jednoho nukleotidu (single nucleotide polymorphisms - SNP), jejichž podstatou je substituce jedné báze. Většina těchto polymorfismů leží v nekódujících (intronových) sekvencích, na jejichž funkční význam existují odlišné názory.

34 Polymorfismy v DNA Kromě SNP se vyskytují také minisatelitní a mikrosatelitní polymorfismy, které vznikají v důsledku variace v tzv. tandemových repetitivních sekvencích. Minisatelitní polymorfismy jsou obvykle dlouhé 0,1-20 kilobází, zatímco mikrosatelitní často méně než 100 párů bazí. Většina mikrosatelitních polymorfismů jsou dinukleotidové opakovací (repeat) sekvence, jako je např. opakování motivu CA. SNP jsou obvykle bialelické (existují jen dvě alely), mikrosatelitní polymorfismy multialelické (existuje více než dvě alely). Ačkoliv většina polymorfismů je zřejmě funkčně neutrální, část z nich zřejmě má alelicky specifické účinky na regulaci genové exprese nebo funkce kódovaného proteinu, což determinuje interindividuální variabilitu v biologických znacích i vnímavost vůči nemoci.

35 Polymorfismy v DNA Ačkoliv většina polymorfismů je zřejmě funkčně neutrální, část znich zřejmě má alelicky specifické účinky na regulaci genové exprese nebo funkce kódovaného proteinu, což determinuje interindividuální variabilitu v biologických znacích i vnímavost vůči nemoci.

36 Komplexní (multifaktoriální, multigenní) nemoci Za genetickou predispozici mnoha biologických procesů, evolučních adaptací a tedy také tzv. komplexních nemocí zřejmě odpovídají kombinace určitých genů a určitých faktorů zevního prostředí. Interakční efekty a vliv vnějších faktorů však nutně musíme očekávat i v případě mendelisticky děděných nemocí, což se koneckonců projevujevevšeobecně známé lékařské zkušenosti se širším klinickým spektrem příznaků stejného onemocnění.

37 Komplexní (multifaktoriální, multigenní) nemoci Na odhalení nejobecnějších principů genetiky multifaktoriálních nemocí se na rozdíl od genetiky nemocí mendelistických v současné době stále ještě čeká. Také z tohoto důvodu zatím v klinické praxi často kolísá názor na výsledky genetických studií, které se snaží odhalit genetický podklad komplexních nemocí, od neodůvodněného očekávání nad nalezenými geny velkého účinku až po velkou skepsi vzhledem k existenci genetického podkladu v populaci četných nemocí ( nad 1%), jako je v kardiologii např. esenciální hypertenze. Jisté je, že pokud choroba má prokazatelně familiární výskyt, musíme očekávat podíl genetického podkladu na její manifestaci, a to i v tom případě, že není dosud dobře definován nebo dosavadní znalost nepovažujeme za přesvědčivou.

38 Komplexní (multifaktoriální, multigenní) nemoci Jinak řečeno, v 21. století již musíme počítat s tím, že fakticky každá choroba má nějaké genetické pozadí, jehož podíl na manifestaci dané choroby je různý. Své genetické pozadí mají i tak relativně vzdálené proximální fenotypy, jako je např. kvalita života u nemocných s chronickým kardiovaskulárním onemocněním.

39 Genetické studie Základní debata nad genetickým podkladem nemocí logicky začíná od strategie výběru tzv. kandidátních genů. Tato otázka je podstatně jednodušší u mendelisticky děděných nemocí, kde se změněná funkce jednoho genu snadněji identifikuje. Dalším významným momentem je výběr statistické metodologie, která zhodnotí sílu asociace genů s chorobami. Možnosti jsou v zásadě dvě: linkage (vazebná) analýza a asociační studie. K detekci specifických genetických oblastí a genů, které se účastní v transmisi nemoci, je v principu možné použít obě metody.

40 Genetické studie Linkage (vazebná) analýza testuje kosegregaci genového markeru a fenotypu nemoci vrodině. Čili marker a nemoc se v dané rodině mají vždy vyskytovat spolu.

41 Genetické studie Asociační studie vyšetřují souvýskyt markeru a nemoci na populační úrovni, tj. u nepříbuzných jedinců, obvykle srovnáním frekvencí markerů u nepříbuzných nemocných a kontrolních subjektů (studie case-control). Statistickou sílu asociace je možno dále zvýšit obohacením o další kritéria, jako jsou klinické subtypy nemoci (studie casecase), závažnost nemoci, časný začátek nemoci, rizikové faktory pro nemoc včetně pohlaví a vhodné biologické znaky (např. plasmatické hladiny cytokinů při asociaci genetických polymorfismů v cytokinových genech; studie genotyp-fenotyp).

42 Model terapie hypertenze (podle Lindpaintnera, březen 2003) A=fyziologický stav: tři molekulární mechanismy (M1, M2, M3) se podílejí na determinaci znaku (TK), B=hypertenze D1: selhání M1 (příčina/účast) C=hypertenze D1: kauzální terapie T1 (cílená na M1), D= hypertenze D3: selhání M3 (příčina účast), E=hypertenze D3, léčení T1: terapie není kauzální, F=hypertenze D1, paliativní terapie T2, cílená na M2, G=hypertenze D1, terapie T2, refrakterní varianta na T2 v M2, H= fyziologický stav: odlišný podíl M1 a M2 na normálním znaku, I = varianta hypertenze D1: selhání M1; J =varianta hypertenze D1: terapie T2

43 Zdraví čeští dobrovolníci středního věku (41-50 let) Polymorfismus -596 A/G v genu pro IL-6 Srdeční frekvence % čtvrt. 4. čtvrt. Pg=0,006 Pa=0,01 Východ Západ AA AG GG Sever Osoby s HR < 78/min (99) Subjekty s HR > 78/min (71) Osoby s HR < 78/min (99) Subjekty s HR > 78/min (71) Genotypy AG+GG uvedeného polymorfismu jsou častější u jedinců s vyšší srdeční frekvencí (OR=4,27, 95% KI 1,66-10,98, P=0,0009).

44 Zdraví čeští dobrovolníci středního věku (41-50 let) Polymorfismus -3A/-4A v genu pro endotelin-1 (EDN1) Kouření % [%] Pg=0,003 Pa=0, A3A 3A4A 4A4A Muži - kuřáci (102) Muži - nekuřáci (90) Muži - kuřáci (102) Muži - nekuřáci (90) Genotypy 3A3A a 3A4A jsou častější u zdravých mužů kuřáků oproti mužům nekuřákům (OR = 7,69, 95% KI 1,67-35,38, P=0,002).

45 Chronické srdeční selhání Asociovaný genotyp 8002 G/A a -3A/-4A EDN-1 Big endotelin AA3A3A AA3A4A AA4A4A AG3A3A Asociovaný genotyp AG3A4A nese 5x vyšší OR pro chronické srdeční selhání ve skupině s nízkou hladinou big endotelinu oproti skupině pacientů s vysokou hladinou: OR = 5,38; 95% KI = 1,75-16,58; P= 0,005 AG3A4A AG4A4A GG3A 3A GG3A 4A GG4A 4A Big endotelin < 0,7 pmol/l (19) Big endotelin > 0,7 pmol/l (84)

46 Chronické srdeční selhání Dilatační kardiomyopatie (DCM), plicní městnání (PCG) 3 TACE % Pg=0,02 Pa=0, Pacienti s DCM (29), PCG=1 Pacienti s DCM (9), PCG=2 MM MN NN Genotyp MM nese 8x vyšší OR pro DCM s PCG=2 oproti DCM s PCG=1: OR=7,81, 95% KI = 1,45-42,17, P=0,02

47 Chronické srdeční selhání Polymorfismus RXRα A/AA Krevní skupiny ABO % Pg=0,006 Pa=0,002 0 A/A A/AA AA/AA Pacienti s CHF - KS A (84) Pacienti s CHF - KS nona (117) Alela AA přináší 5x vyšší OR pro pacienty s CHF a krevní skupinou nona (B+AB+O): OR=5,16; 95%KI 1,72-15,50; P=0,0009

48 Chronické srdeční selhání Polymorfismus -790T/G v genu pro MMP-2 Celkový cholesterol % Pg=0,03 Pa=0,01 TT TG GG Muži s CHF, TC < 5 mmol/l (58) Muži s CHF, TC > 5 mmol/l (58) Muži s CHF, TC < 5 mmol/l (58) Muži s CHF, TC > 5 mmol/l (58) Genotypy TG + GG přinášejí 3,59x vyšší OR pro muže s CHF a vyšší hladinou celkového cholesterolu: OR=3,59; 95% KI 1,30-9,93; P=0,009

49 Chronické srdeční selhání Polymorfismus -735C/T v genu pro MMP-2 Hypertenze Celkový cholesterol % Pg=0,01 Pa=0,171 CC CT TT Muži s CHF, normotenzní, TC< 5 mmol/l (45) Muži s CHF, normotenzní, TC > 5 mmol/l (47) Muži s CHF, normotenzní, TC< 5 mmol/l (45) Muži s CHF, normotenzní, TC > 5 mmol/l (47) Genotyp CT přináší 7,28 x vyšší OR pro muže s CHF, normotenzí a vyšší hladinou celkového cholesterolu: OR=7,28; 95% KI 1,51-35,03; P=0,006

50 Stádia rozvoje nemoci Chronické onemocnění: stadia Remise- zlepšení až vyhojení Exacerbace- nové vzplanutí

51 Kvalitativní a kvantitativní znaky v populaci Kvalitativní znaky představují alternativu (rozštěp patra) Kvantitativní znaky (čitatelné-např. počet prstů, metrické-např. krevní tlak, celkový cholesterol) Jejich charakteristika z biologického hlediska: spojitá distribuce v populaci (ideálně podle křivky normálního rozložení) podmíněnost multigenní problém rozhodnout o patologickém rozmezí znaku

52 Alternativní vs. kontinuální model zdraví a nemoci Alternativní model: "Vše nebo nic Vliv velkého faktoru heterogennní soubor příčin Samostatné distribuce kvalitatiních znaků Zájem kurativní medicíny Kontinuální model: Homogenní soubor příčin Jediná distribuce znaku v populaci Zájem preventivní medicíny Plynulé přechody mezi zdravím a nemocí

53 Nejjednodušší (binomický) model vzniku zvonovité, popř. normální distribuce. Normální distribuce vzniká, sečítá-li se vliv nekonečně mnoha nekonečně malých faktorů vytvářejících danou proměnnou veličinu (výšku těla, dlouhověkost...)

54 9

55 10

56 Zdravotně (= adaptačně) významné vlastnosti jsou v populaci pod selekčními tlaky. Při změně podmínek se populace může dočasně dostat mimo adaptační optimum typicky u tzv. civilizačních nemocí. Pokud není populace příliš daleko od optima vdaném znaku, vzniká U křivka (symetrické okolo nejčastější hodnoty v populaci- např. mortalita v závislosti na hematokritu), Pokud je populace vzdálenější od optima v daném znaku, vzniká J křivka (posunutá mimo nejčastější hodnotu znaku v populaci (např. morbidita v závislosti na hladinách cholesterolu)

57 11 J-křivka morbidity ve vztahu k hladině celkového cholesterolu v populaci: I jedinci s podprůměrnou hodnotou cholesterolu mají v naší populaci zvýšené riziko nemocí spjatých s hladinou cholesterolu.

58 12

59 Způsob určování referenčního ( normálního ) intervalu

60 Co může znamenat poloha pacienta v okraji (nebo i za okrajem) referenčního intervalu: Preinstrumentální chybu (např. příprava pacienta, způsob odběru krve) Instrumentální chybu (rozptyl měření nebo i systematickou chybu např. při spektrofotometrickém stanovení koncentrací látek) Intraindividuální zakolísání měřené veličiny Eufunkční extrém Skutečně patologickou hodnotu daného znaku

61 Děkuji za pozornost!