PROTEOMICKÝ EXPERIMENT
|
|
- Eliška Soukupová
- před 5 lety
- Počet zobrazení:
Transkript
1 2018
2 KLASICKÁ STRATEGIE PROTEOMICKÝ EXPERIMENT Štěpení všech bílkovin (trypsin) Separace směsi BÍLKOVIN Elektroforéza, chromatografie a jejich kombinace Separace směsi PEPTIDŮ Štěpení vybraných bílkovin + čištění peptidů Měření přesné hmotnosti peptidů ( a jejich fragmentů) Získání hmotnostních spekter SHOT-GUN STRATEGIE Porovnání hmotností sady peptidů (jejich fragmentů) s údaji o všech dostupných ORFs v databázích Identifikace bílkovin (+ kvantifikace)
3 KLASICKÁ STRATEGIE 2-DE-MS (proteiny) SHOT-GUN STRATEGIE 2D-LC-MS IEF-LC-MS (peptidy)
4 SEPARAČNÍ METODY chromatografie elektroforézy 2-DE příprava vzorků izoelektrická fokusace ekvilibrace SDS-PAGE detekce bílkovin a DIGE zpracování dat a vyhodnocení digesce vzorku a extrakce peptidů limty a záludnosti 2-DE
5 Elektroforéza Specifická mobilita u = z 6phr z - náboj h viskozita r Stokesův poloměr částice Elektroforéza v roztoku Elektroforéza v gelu Izoelektrická fokusace
6 1807 F.F. Reuss 1930 Arne Tiselius volná a papírová elektroforéza (1948 Nobelova cena) 1955 O. Smithies škrobový gel 1959 Raymond and Weintraub - polyakrylamidový gel 1961 Svensson and Vesterberg IEF a amfolyty 1970 U.K. Laemli SDS PAGE 1975 Patrick O Farrell 2-DE
7 POLYAKRYLAMIDOVÉ GELY 1959 Raymond and Weintraub- první AA gel Složení a příprava gelu: akrylamid (monomerní) bis-akrylamid (zesíťování polymeru) APS (peroxodisíran amonný,katalyzátor, produkuje volné radikály), TEMED (tetramethylethylenediamine, stabilizuje volné radikály) pufr a SDS Celková koncentrace akrylamidu a bis-akrylamidu určuje KONCENTRACI (T) gelu v procentech (2-20 %) Poměr bis-akrylamidu a akrylamidu POROZITU (C) gelu. APS v zásaditém prostředí může reagovat s Trisem, koncentrace co nejnižší ve prospěch TEMEDu.
8 POLYAKRYLAMIDOVÉ GELY IZOELEKTRICKÁ FOKUSACE dělení na základě izoelektrického bodu v gradientu ph DENATURUJÍCÍ SDS-ELEKTROFORÉZA dělení na základě MW proteinu NATIVNÍ ELEKTROFORÉZA dělení na základě velikosti (průměru částice) a náboje
9 SDS ELEKTROFORÉZA SDS-PAGE (Sodium Dodecyl Sulphate PolyAcrylamide Gel Electrophoresis) Bílkoviny se rozdělují na základě jejich MW Záporně nabité SDS tvoří komplexy s bílkovinami a stíní náboje proteinu (1,4g SDS :1g proteinu) Komplex má jednotkový náboj na hmotnostní jednotku. Všechny komplexy jsou záporně nabité a migrují k anodě PUFR: Tris-Cl/Tris-glycin 0.1 % SDS ph 8.8 Redukce disulfidických můstků (Dithiothreitol, Dithioerythrol, TCEP, beta-mercaptoethanol)
10
11 POLYAKRYLAMIDOVÉ GELY 1959 Raymond and Weintraub- první AA gel Složení a příprava gelu: akrylamid (monomerní) bis-akrylamid (zesíťování polymeru) APS (peroxodisíran amonný,katalyzátor, produkuje volné radikály), TEMED (tetramethylethylenediamine, stabilizuje volné radikály) pufr a SDS Celková koncentrace akrylamidu a bis-akrylamidu určuje KONCENTRACI (T) gelu v procentech (2-20 %) Poměr bis-akrylamidu a akrylamidu POROZITU (C) gelu. APS v zásaditém prostředí může reagovat s Trisem, koncentrace co nejnižší ve prospěch TEMEDu.
12 POLYAKRYLAMIDOVÉ GELY IZOELEKTRICKÁ FOKUSACE dělení na základě izoelektrického bodu v gradientu ph DENATURUJÍCÍ SDS-ELEKTROFORÉZA dělení na základě MW proteinu NATIVNÍ ELEKTROFORÉZA dělení na základě velikosti (průměru částice) a náboje
13 SDS ELEKTROFORÉZA SDS-PAGE (Sodium Dodecyl Sulphate PolyAcrylamide Gel Electrophoresis) Bílkoviny se rozdělují na základě jejich MW Záporně nabité SDS tvoří komplexy s bílkovinami a stíní náboje proteinu (1,4g SDS :1g proteinu) Komplex má jednotkový náboj na hmotnostní jednotku. Všechny komplexy jsou záporně nabité a migrují k anodě PUFR: Tris-Cl/Tris-glycin 0.1 % SDS ph 8.8 Redukce disulfidických můstků (Dithiothreitol, Dithioerythrol, TCEP, beta-mercaptoethanol)
14
15 Dvojrozměrná elektroforéza, 2-DE
16 150 kda DVOJROZMĚRNÁ ELEKTROFORÉZA (2-DE) Rozděluje proteiny nejdříve podle jejich náboje a následně kolmo na směr původní migrace dle jejich MW ph 4 ph 7 Jaterní homogenát, 2 mg, barvení koloidní Coomassie Blue 10 kda 1025 spotů
17 TEORETICKÁ DISOCIAČNÍ KŘIVKA DVOU BÍLKOVIN Net charge +3 NH 3 + NH 3 + pi Bílkovina v elektrickém poli v gradientu ph migruje do bodu, kde je její celkový náboj rovnen nule. pi ph ph pufru se vzorkem COO - -4 COO - + pi ph 3 ph 11 pi -
18 1975
19 1957 1/11/1955
20 Typický 2-DE experiment ph gradient solubilizace IEF redukce/alkylace SDS elektroforéza Vizualizace Štěpení trypsinem a identifikace pomocí MS Vyříznutí vybraných skvrn Diferenční obrazová analýza
21 2-DE příprava vzorků izoelektrická fokusace ekvilibrace SDS-PAGE detekce bílkovin a DIGE zpracování dat a vyhodnocení digesce vzorku a extrakce peptidů limty a záludnosti 2-DE
22 LYZAČNÍ PUFR PRO IEF: solubilizace Močovina, thiomočovina chaotropní činidlo, zvýšení rozpustnosti, denaturace bílkovin solubilizace Detergent (CHAPS) čistý zwitteriontový detergent zvýšení rozpustnosti snížení agregace bílkovin redukce S-S- Redukční činidlo (DTT) redukce disulfidický můstků (ionizují se nad ph 8, migrují pryč ze stripu na alkalickém konci) DTT, DTE versus TCEP (Tris[2-carboxyethyl] phosphine, tributylphosphine běh elektroforézy a ph gradient Nosičové amfolyty -- (carrier ampholytes, IPG buffers) jsou náhražkou pufrů, je to směs ionizovatelných látek vytvářejí potřebný ph gardient Pigment (BFB) pro snazší manipulaci Typický lyzační/rehydratační pufr 7 M Močovina Každá sůl škodí vaší separaci! Vše nabité pryč! PŘÍPRAVA VZORKŮ 2 M Thiomočovina 2-4 % CHAPS 0.2 % DTT (TCEP, tributylfosfin) % Nosičové amfolyty (IPG pufr) % BFB
23 Protein Redukce disulfidických vazeb Thiol-disulfidová výměna DTT s proteinem Protein Protein Protein
24 TEORETICKÁ DISOCIAČNÍ KŘIVKA DVOU BÍLKOVIN Net charge +3 NH 3 + NH 3 + pi Bílkovina v elektrickém poli v gradientu ph migruje do bodu, kde je její celkový náboj rovnen nule. pi ph ph pufru se vzorkem COO - -4 COO - + pi ph 3 ph 11 pi -
25 ZAKOTVENÉ PH GRADIENTY (IMMOBILIZED ph GRADIENTS IPG) Derivovaný akrylamid s disociovatelnými karboxy- a aminoskupinami
26 IPG STRIPY (IPG STRIPS) 3 mm široké, 0.5 mm silné, dehydrované - trvanlivost, reproducibilita, plastova podložka, stabilita, nemigrují, neinterferují s nimi redukční činidla.
27 ZOOMING Celkem 1754
28 REHYDRATACE IPG STRIPŮ A NANÁŠKA VZORKU PRO: Rehydratace a nanáška spojeny v jeden krok Proteiny rovnoměrně rozložené, neprecipitují v místě nanášky PROTI: Vzorek je dlouhodobě při pokojové teplotě
29 PODMÍNKY IZOELEKTRICKÉ FOKUSACE Optimalizace podmínek pro každý vzorek, typ stripu a nanášky. Teplota: kolem 20 o C ( PREVENCE KARBAMYLACE! versus krystalizace močoviny za nízkých teplot) Aktivní chlazení!!! Dochází k přehřívání na tzv. HOT SPOTS Nízký proud! Vysoké napětí Kyselina izokyanatá N konec nebo epsilon aminoskupina lyzinu Prevence oxidace a vysychání stripu : parafinový olej
30 TYPICKÝ IEF BĚH V BIO-RAD Protean IEF Cell 18 cm strip ph 3-10 Rehydratační nanáška 1mg 50 microa / strip Celkem Vh + hold t [h]
31 INSTRUMENTACE IEF
32 SEPARAČNÍ METODY chromatografie elektroforézy 2-DE příprava vzorků izoelektrická fokusace ekvilibrace SDS-PAGE detekce bílkovin a DIGE zpracování dat a vyhodnocení digesce vzorku a extrakce peptidů limty a záludnosti 2-DE
33 EKVILIBRACE STRIPŮ PŘED DRUHÝM ROZMĚREM Cíle ekvilibrace: Převést bílkoviny do pufrů vhodných pro redukci, alkylaci a SDS separaci Maximalizovat přenos bílkovin ze stripu Redukovat disulfidické můstky Alkylovat cysteiny
34 Protein Redukce disulfidických vazeb Thiol-disulfidová výměna DTT s proteinem Protein Protein Protein
35 Alkylace iodacetamidem Protein Protein Karbamidometyl
36 EKVILIBRACE STRIPŮ PŘED DRUHÝM ROZMĚREM Cíle ekvilibrace: Převést bílkoviny do pufrů vhodných pro redukci, alkylaci a SDS separaci: Maximalizovat přenos bílkovin ze stripu (SDS, močovina, Tris) Znovu redukovat reoxidované disulfidické můstky (DTT) Alkylovat cysteiny (iodacetamid)
37
38 SEPARAČNÍ METODY chromatografie elektroforézy 2-DE příprava vzorků izoelektrická fokusace ekvilibrace SDS-PAGE speciální metody detekce bílkovin a DIGE zpracování dat a vyhodnocení digesce vzorku a extrakce peptidů limty a záludnosti 2-DE
39
40 DETEKCE a VIZUALIZACE BÍLKOVIN V GELECH Citlivost Možnost kvantifikace Linearita signálu Dynamický rozsah Kompatibilita s MS Cena Kolorimetrické viditelné barvení CBB Stříbro Fluorescenční barvení A DIGE Sypro Deep Purple Flamingo Krypton DIGE
41 DETEKCE BÍLKOVIN VIDITELNÝMI PIGMENTY COOMASSIE BLUE G250/ R250! Různá účinnost na různé proteiny! Barví: Lys, Arg, His, Tyr (Trp, Leu) COOMASSIE BRILIANT BLUE R 250 G 250
42 DETEKCE BÍLKOVIN VIDITELNÝMI PIGMENTY COOMASSIE BLUE G250/ R250! Různá účinnost na různé proteiny! Barví: Lys, Arg, His, Tyr (Trp, Leu) COOMASSIE BRILIANT BLUE R 250 G 250 KLASICKÁ CBB (CBB-R250) Citlivost ng Alkohol-kyselina Odbarvování proteinů Špatná kvantifikace Nízká cena KOLOIDNÍ CBB (CBB-G250) Citlivost ng Alkohol - kyselina síran amonný Steady state (bez ztráty při odbarvení) Dobrá kvantifikace
43 Jaterní homogenát, preparativní nanáška 2 mg, barvení koloidní Coomassie Blue 1025 spotů ph 4 ph 7
44 DETEKCE BÍLKOVIN VIDITELNÝMI PIGMENTY DETEKCE STŘÍBŘENÍM Redukce dusičnanu stříbrného na kovové stříbro, Citlivost 0.5 ng! nízká cena Vícekrokový postup (až 20) Citlivý na přesnost Nízký dynamický rozsah Negativní barvení Komplikace s MS (glutaraldehyd a nízká extrakce peptidů) Problematická reproducibilita barví : Lys, Arg, His, Tyr, Trp
45 FLUORESCENČNÍ DETEKCE (4 8 ng/band) (4 8 ng/band) (1 2 ng/band; comparable to silver staining) (4 8 ng/band) Pigmenty se váží na detergentový (SDS) obal proteinu (kromě Sypro Ruby, ta se váže na bazické AA a Tyr, Trp) SYPRO RUBY (Molecular Probes) FLAMINGO (BIO-RAD) (DEEP) LAVA PURPLE (GE-Amersham) KRYPTON (Pierce) Sypro Ruby Dobrá kvantifikace Kompatibilní s dalším barvením Minimum kroků Dynamický rozsah Fluorescenční scanner CCD kamera Sběr spotů je komplikovaný Vysoká cena Flamingo
46 DIGE - Differential gel electrophoresis
47 2D-DIGE : 2D DIFFERENČNÍ GELOVÁ ELEKTROFORÉZA (Cy2, Cy3, Cy5 Difference gel electrophoresis) Cyaninové fluorofory Maleimid - Cys (-SH) Succinimid - N-term a Lys (e)
48 EXPERIMENTÁLNÍ USPOŘÁDÁNÍ PRO DIGE Minimální versus maximální značení Rozdíly v migraci, off-set
49
50 Citlivost Cy ng Cy ng Cy ng Pro: vysoká citlivost, redukce počtu gelů a technických artefaktů Proti: cena, složitější statistika, nezbytnost 2-3 laserového scanneru, malá proteinová nanáška možný problém s identifikací
51 SEPARAČNÍ METODY chromatografie elektroforézy 2-DE příprava vzorků izoelektrická fokusace ekvilibrace SDS-PAGE speciální metody detekce bílkovin a DIGE zpracování dat a vyhodnocení digesce vzorku a extrakce peptidů limty a záludnosti 2-DE
52
53 Softwarové vyhodnocení 2D gelů Komerční: PDQuest Phoretix Progenesis Decodon ProFinder Bio Numerics a další Volně dostupné: GelScape Open2Dprot Služby: Ludesi
54 Detekce spotů Matching a odečtení pozadí Normalizace a kvantifikace 6 x 4,5 x
55 Jaterní homogenát, preparativní nanáška 2 mg, barvení koloidní Coomassie Blue 1025 spotů ph 4 ph 7
56 nemocní zdraví Neznámý diferenciálně exprimovaný protein XY (20 kda) Identifikace s využitím hmotnostní spektrometrie
57 Identifikace diferenciálně exprimovaného proteinu nemocní zdraví Neznámý diferenciálně exprimovaný protein XY (20 kda) Extrahovat intaktní protein z gelu je obtížné/nemožné Celý protein je nevhodný pro MS analýzu Naštěpení specifickou endoproteázou přímo v gelu
58 SPECIFICKÉ ŠTĚPENÍ BÍLKOVIN Cíl fragmentace: Definovaně fragmentovat protein, aby jednotlivé peptidy byly dostatečně malé na optimální MS analýzu, ale zároveň poskytly dostatečnou sekvenční informaci Optimum 6-20 AA, cca Da Proteáza Místo štěpení Poznámka Trypsin za Lys, Arg nenásleduje Pro Glu-C (Proteáza V8) za Glu a Asp nenásleduje Pro Chymotrypsin za Phe,Trp,Tyr, Leu, Ileu, Val, Met nenásleduje Pro Lys-C za Lys nenásleduje Pro Arg-C za Arg nenásleduje Pro Asp-N před Asp, Cys Chemická digesce CNBr Met organika, hydrofobní P.
59 TRYPSIN MW 23 kda z kravského nebo prasečího pankreatu štěpí v mírně bazickém ph 50 kda protein cca 30 peptidů Použití v roztoku, na blotu, v gelu Trypsin štěpí za Lys a Arg pokud nenásleduje Pro nemocní zdraví SSQIRQNYSTDVEAAVNSLVNLYLQASYTYLSLGFYFDRDDVALEGVSHFFRELAEEKREG YERLLKMQNQRGGRALFQD IKKPAEDEWGKTPDAMKAAMALEKKLNQALLDLHAL GSARTDPHLCDFLETHFLDEEVKL IKKMGDHLTNLHRLGGPEAG LGEYLFERLT LKHD
60 Štěpení trypsinem H 2 N R 1 C H OH C O N H R 2 C C H O N H H R 3 C COOH H H 2 N R 1 C H C O + H 2 N R 3 C COOH H N H R 2 C C H O 18 OH trypsin
61 PŘÍPRAVA VZORKŮ Z GELU PRO IDENTIFIKACI POMOCÍ MS Výběr a vyříznutí spotu/proteinu (spotpicking) Dehydratace gelu (redukce, alkylace) ACN, vakuum KERATIN!!! Rehydratace v pufru s Trypsinem Acetonitril (ACN, MeCN) Digesce 37 o C Extrakce PEPTIDŮ (ACN) nesráží proteiny/peptidy neabsorbuje v UV má nízkou viskozitu kompatibilní s RP-LC Čištění a koncentrace MS analýza a identifkace
62 Identifikace diferenciálně exprimovaného proteinu nemocní zdraví In gel naštěpení trypsinem (za Arg, Lys) SSQIRQNYSTDVEAAVNSLVNLYLQASYTYLSLGFYFDRDDVALEGVSHFFRELAEEKREGYERLLK MQNQRGGRALFQD IKKPAEDEWGKTPDAMKAAMALEKKLNQALLDLHAL GSARTDPHLCDFLETHFLDEEVKL IKKMGDHLTNLHRLGGPEAG LGEYLFERLT LKHD Extrakce směsi peptidů z gelu
63 In-gel štěpení trypsinem (za R a K) LLK GGR SSQIR L IKK LT LK EGYER MQNQR TPDAMK ELAEEKR ALFQD IK AAMALEKK KPAEDEWGK MGDHLTNLHR DDVALEGVSHFFR LNQALLDLHALGSAR LGGPEAG LGEYLFER TDPHLCDFLETHFLDEEVK QNYSTDVEAAVNSLVNLYLQASYTYLSLGFYFDR
64 ČIŠTĚNÍ A KONCENTRACE PEPTIDŮ PO DIGESCI ZipTips Chromatografie v reverzní fázi (Reverse Phase) Hydrofobní vazba peptidu na alifatické uhlovodíkové řetězce (C18 nebo C4) Objem vzorku po extrakci obvykle > 40 mikrolitrů Po koncentraci a odsolení na ZipTips jen 1 10 mikrolitrů
65 Identifikace bílkovin pomocí hmotnostní spektrometrie
66 Identifikace bílkovin pomocí hmotnostní spektrometrie (MS) Stanovení velmi přesné hmotnosti peptidů nebo jejich fragmentů. Pohyb nabité částice ve vakuu, elektromagnetickém poli je funkcí její hmotnosti (m) a náboje (z). Hmotnostní spektrometr částice ionizuje (pseudomolekulární ionty) a separuje podle jejich m/z. Hmotnostní spektrum ukazuje závislost četnosti jednotlivých iontů na m/z. Přesné hmotnosti peptidů, nebo jejich fragmentů jsou porovnávány s vypočtenými hmotnostmi všech (teoretických) peptidů nebo fragmentů, které jsou přítomny v proteinových a genových databázích.
67 Hmotnostní spektrometr Normální tlak Vakuum Vložení vzorku Ionizační technika Hmotnostní analyzátor Detektor Počítač P. Mann a P. Novák, AVČR
68 Ionizační techniky MS MALDI- Matrix Assisted Laser Desorption Ionization (z pevné fáze) ESI Electrospray Ionization (z roztoku) P. Mann a P. Novák, AVČR
69 Hmotnostní spektrometr typu TIME OF FLIGHT (TOF) Linear TOF Ion source Flight path Detector time-of-flight m/z Reflectron TOF Detector m1 =m 2 E 1 <E 2 Ion source Flight path 1 2 P. Mann a P. Novák, AVČR Reflectron
70 Identifikace bílkovin pomocí hmotnostní spektrometrie (MS) Peptidové mapování (Peptidový fingerprinting) na základě změření přesných hmotností peptidů vzniklých štěpením specifickou endoproteázou Fragmentace peptidů/sekvenování (MS/MS) na základě změření přesných hmotností fragmentů peptidu. Peptid nejsnáze fragmentuje v peptidické vazbě. Je tak získána (částečná) aminokyselinová sekvence v daném peptidu.
71 Identifikace diferenciálně exprimovaného proteinu nemocní zdraví In gel naštěpení trypsinem (za Arg, Lys) SSQIRQNYSTDVEAAVNSLVNLYLQASYTYLSLGFYFDRDDVALEGVSHFFRELAEEKREG YERLLKMQNQRGGRALFQD IKKPAEDEWGKTPDAMKAAMALEKKLNQALLDLHAL GSARTDPHLCDFLETHFLDEEVKL IKKMGDHLTNLHRLGGPEAG LGEYLFERLT LKHD Extrakce směsi peptidů z gelu
72 Peptidové mapování (Peptidový fingerprinting) LLK I GGR SSQIR L IKK LT LK EGYER MQNQR TPDAMK ELAEEKR ALFQD IK AAMALEKK KPAEDEWGK MGDHLTNLHR DDVALEGVSHFFR LNQALLDLHALGSAR LGGPEAG LGEYLFER TDPHLCDFLETHFLDEEVK QNYSTDVEAAVNSLVNLYLQASYTYLSLGFYFDR m/z
73 Peptidové mapování (Peptidový fingerprinting) MALDI-TOF MS Přesné Accurate hmotnosti mass of the peptidů peptides Porovnání Databases databázemi search Ferritin (L-subunit) SSQIRQNYSTDVEAAVNSLVNLYLQASYTYLSLGFYFDRDDVALEGVSHFFRELAEEKREG YERLLKMQNQRGGRALFQD IKKPAEDEWGKTPDAMKAAMALEKKLNQALLDLHAL GSARTDPHLCDFLETHFLDEEVKL IKKMGDHLTNLHRLGGPEAG LGEYLFER LTLKHD
74 Identification of protein in databases from MS data GENES, ORFs In silico translation Gene/Protein identification PROTEINS In silico digestion with trypsin (-R/-K) PEPTIDES theoretical MWs of peptides MS data Masses/MWs of peptides
75 Peptidové PEPTIDOVÉ mapování MAPOVÁNÍ (Peptidový (PEPTIDE MASS fingerprinting) FINGRPRINT) MALDI-TOF MS Přesné Accurate hmotnosti mass of the peptidů peptides Porovnání Databases databázemi search L-Ferritin (L-subunit) SSQIRQNYSTDVEAAVNSLVNLYLQASYTYLSLGFYFDRDDVALEGVSHFFRELAEEKREG YERLLKMQNQRGGRALFQD IKKPAEDEWGKTPDAMKAAMALEKKLNQALLDLHAL GSARTDPHLCDFLETHFLDEEVKL IKKMGDHLTNLHRLGGPEAG LGEYLFER LTLKHD
76
77 I m/z
78
79
80 Protein View: GRP75_MOUSE Stress-70 protein, mitochondrial OS=Mus musculus GN=Hspa9 PE=1 SV=3
81 Co když máme ve vzorku směs proteinů?
82 Identifikace bílkovin pomocí hmotnostní spektrometrie Peptidové mapování (Peptidový fingerprinting) na základě změření přesných hmotností peptidů vzniklých štěpením specifickou endoproteázou Fragmentace peptidů/sekvenování (MS/MS) na základě změření přesných hmotností fragmentů peptidu. Peptid nejsnáze fragmentuje v peptidické vazbě. Je tak získána (částečná) aminokyselinová sekvence v daném peptidu.
83 Fragmentace peptidu (mikrosekvenování, MS/MS) S-P-A-F-D-S-I-M-A-E-T-L-K MH + = P. Mann a P. Novák, AVČR
84 Fragmentace peptidu (mikrosekvenování, MS/MS) MALDI TOF-TOF MW peptidu Kolizní cela LGGPEAGLGEYLFER LGGPEAGLGEYLFE R LGGPEAGLGEYLF ER LGGPEAGLGEYL FER LGGPEAGLGEY LFER LGGPEAGLGE YLFER m/z jeho fragmentů Identifikace peptidu LGGPEAGLGEYLFER a proteinu L-FERRITIN
85 Identification of protein in databases from MS data GENES, ORFs PROTEINS In silico translation Gene/Protein identification In silico digestion with trypsin (-R/-K) PEPTIDES theoretical MWs of peptides FRAGMENTS MS data MWs of peptides and their fragments theoretical MWs of peptide fragments
86 MS peptidový fingerprint m/z 1865
87 Kdy použít PMF a kdy musím fragmentovat peptid? Jediný protein ( z 2-DE) Směs peptidů z jednoho proteinu (5-50 peptidů) MS (PMF) Směs proteinů Směs peptidů z mnoha proteinu ( peptidů) MS/MS (fragmentace) FRAKCIONACE!
88 proteiny proteiny 2-DE LC-MS shotgun peptidy peptidy
89 Identifikace proteinů v shot-gun experimentech Až stovky tisíc různých peptidů kontinuálně eluovaných z (RP) LC On-line MS přímé spojení LC kolony s ESI-MS. V reálném čase ( minut) jsou eluované peptidy ionizovány. Změřeno MS, izolován prekurzor a provedena fragmentace. Cyklus přepnutí MS-MS/MS až několikrát za sekundu. Off-line MS např. LC-MALDI. Frakce eluujících peptidů jsou sbírány a MS probíhá až po sběru. Typicky sběr mikrofrakcí (nl) na MALDI destičku s následným měřením MS a MS/MS.
90 RP-LC
91 RP-LC ESI
92 RP-LC ESI
93 RP-LC ESI
94 RP-LC ESI
95 RP-LC MS ESI
96 RP-LC MS ESI
97 RP-LC MS MS/MS ESI
98 RP-LC MS ESI
99 RP-LC MS ESI
100 RP-LC MS MS/MS ESI
101 Protein identification in shot-gun experiments Unique (proteotypic) peptides X peptides present in different proteins Protein 1 Protein 2 Protein 3
102 Present in more proteins Unique
PROTEOMICKÝ EXPERIMENT
2017 KLASICKÁ STRATEGIE PROTEOMICKÝ EXPERIMENT Štěpení všech bílkovin (trypsin) Separace směsi BÍLKOVIN Elektroforéza, chromatografie a jejich kombinace Separace směsi PEPTIDŮ Štěpení vybraných bílkovin
VíceJaterní homogenát, preparativní nanáška 2 mg, barvení koloidní Coomassie Blue 1025 spotů. ph 4 ph 7
2018 PROTEOMIKA 2018 Proteomika, proteiny, co a proč. Metody práce s bílkovinami (Petrák 15/10) Značení bílkovin, separační metody, 2-DE (Petrák 22/10) 2-DE záludnosti, digesce a identifikace bílkovin
VíceCo je proteomika? Proteom? Protein? Experimentální strategie proteomiky Vlastnosti AMK a proteinů
PROTEOMIKA 2015 Proteomika, proteiny, co a proč. Metody práce s bílkovinami Separační metody, 2-DE 2-DE detaily a záludnosti, identifikace bílkovin pomocí MS Principy hmotnostní spektrometrie Identifikace
VícePROTEOMIKA 6-8. 12. 2006
PROTEOMIKA 6-8. 12. 2006 Středa: Čtvrtek: Pátek: Co je proteomika? Nástroje 2D elektroforéza IEF SDS PAGE Barvení Digesce Čištění peptidů Omezení 2D Zpracování Obrazu, Analýza 2D gelů (Dr. J. Pánek, AVČR)
Vícechromatografie elektroforézy
SEPARAČNÍ METODY chromatografie elektroforézy 2-DE příprava vzorků izoelektrická fokusace ekvilibrace SDS-PAGE speciální metody detekce bílkovin a DIGE zpracování dat a vyhodnocení digesce vzorku a extrakce
VíceDvoudimenzionální elektroforéza
Rozvoj týmu pro výuku, výzkum a aplikace v oblasti funkční genomiky a proteomiky (CZ.1.07/2.3.00/09.0132) Dvoudimenzionální elektroforéza Hana Konečná Oddělení funkční genomiky a proteomiky ÚEB PřF MU
VíceEvropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti ELEKTROMIGRAČNÍ METODY
Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti ELEKTROMIGRAČNÍ METODY ELEKTROFORÉZA K čemu to je? kritérium čistoty preparátu stanovení molekulové hmotnosti makromolekul stanovení izoelektrického
VícePražské analytické centrum inovací Projekt CZ / /0002 spolufinancovaný ESF a Státním rozpočtem ČR
Pražské analytické centrum inovací Projekt CZ.04.3.07/4.2.01.1/0002 spolufinancovaný ESF a Státním rozpočtem ČR SEPARACE PROTEINŮ Preparativní x analytická /měřítko, účel/ Zvláštnosti dané povahou materiálu
VícePříprava vzorků pro proteomickou analýzu
Příprava vzorků pro proteomickou analýzu 1) Úvod Proteomické analýzy mohou být naprosto odlišné cíle... Detekce změn v mozkové kůře při Alzheimerově chorobě Identifikace plazmatických markerů karcinomu
VíceElektromigrační metody
Elektromigrační metody Princip: molekuly nesoucí náboj se pohybují ve stejnosměrném elektrickém Arne Tiselius rozdělil proteiny krevního séra na základě jejich rozdílných rychlostí pohybu v elektrickém
VíceStruktura proteinů. - testík na procvičení. Vladimíra Kvasnicová
Struktura proteinů - testík na procvičení Vladimíra Kvasnicová Mezi proteinogenní aminokyseliny patří a) kyselina asparagová b) kyselina glutarová c) kyselina acetoctová d) kyselina glutamová Mezi proteinogenní
Víceasné proteomiky Pavel Bouchal Laboratoř proteomiky Ústav biochemie PřF MU
2-D elektroforéza jako jádro současn asné proteomiky Pavel Bouchal Laboratoř proteomiky Ústav biochemie PřF MU Genomika transkriptomika - proteomika Genom soubor genů informace převážně o genetických dispozicích
VíceSeparační metody používané v proteomice
Separační metody používané v proteomice Proteome = komplexní směsi proteinů Lidská buňka 10,000 typů proteinů Rozdíl v koncentraci 10 6,plasma10 9 Nutnost separace, frakcionace Na úrovni Proteinů Obtížně
VíceHmotnostní spektrometrie
Hmotnostní spektrometrie Princip: 1. Ze vzorku jsou tvořeny ionty na úrovni molekul, nebo jejich zlomků (fragmentů), nebo až volných atomů dodáváním energie, např. uvolnění atomů ze vzorku nebo přímo rozštěpení
VíceVizualizace DNA ETHIDIUM BROMID. fluorescenční barva interkalační činidlo. do gelu do pufru barvení po elfu SYBR GREEN
ETHIDIUM BROMID fluorescenční barva interkalační činidlo do gelu do pufru barvení po elfu Vizualizace DNA SYBR GREEN Barvení proteinů Coommassie Brilliant Blue Coomassie Blue x barvení stříbrem Porovnání
VícePŘÍPRAVA PROTEINOVÉHO VZORKU PRO MS ANALÝZU. Hana Konečná
Středoevropský technologický institut CEITEC CL - proteomika Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií Bi 7050 PŘÍPRAVA PROTEINOVÉHO VZORKU PRO MS ANALÝZU Hana Konečná Název prezentace v zápatí
VíceHMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE
HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE MASS SPECTROMETRY (MS) Alternativní názvy (spojení s GC, LC, CZE, ITP): Hmotnostně spektrometrický (selektivní) detektor Mass spectrometric (selective) detector (MSD) Spektrometrie
VíceChromatofokusace. separace proteinů na základě jejich pi vysoké rozlišení. není potřeba připravovat ph gradient zaostřovací efekt jednoduchost
Chromatofokusace separace proteinů na základě jejich pi vysoké rozlišení není potřeba připravovat ph gradient zaostřovací efekt jednoduchost Polypufry - amfolyty Stacionární fáze Polybuffer 96 - ph 9-6
VíceCo je proteomika? Proteom? Protein? Experimentální strategie proteomiky Vlastnosti AMK a proteinů
2018 Co je proteomika? Proteom? Protein? Experimentální strategie proteomiky Vlastnosti AMK a proteinů METODY PRÁCE S PROTEINY dezintegrace, lyzace, frakcionace detergenty srážení, precipitace, denaturace
VíceAnalýza obrazu. Gabriela Lochmanová. Studijní materiály
Analýza obrazu Gabriela Lochmanová 1 Stanovení cíle experimentu Způsob detekce? Postup zpracování vzorku, kontrolní vzorky, standard Definice jasně stanovených otázek cílů potvrzení hypotézy soustředění
VíceINTERPRETACE HMOTNOSTNÍCH SPEKTER
INTERPRETACE HMOTNOSTNÍCH SPEKTER Hmotnostní spektrometrie hmotnostní spektrometrie = fyzikálně chemická metoda založená na rozdělení hmotnosti iontů v plynné fázi podle jejich poměru hmotnosti a náboje
VíceÚvod do strukturní analýzy farmaceutických látek
Úvod do strukturní analýzy farmaceutických látek Garant předmětu: doc. Ing. Bohumil Dolenský, Ph.D. A28, linka 4110, dolenskb@vscht.cz Hmotnostní spektrometrie II. Příprava předmětu byla podpořena projektem
VíceKlinická a farmaceutická analýza. Petr Kozlík Katedra analytické chemie
Klinická a farmaceutická analýza Petr Kozlík Katedra analytické chemie e-mail: kozlik@natur.cuni.cz http://web.natur.cuni.cz/~kozlik/ 1 Spojení separačních technik s hmotnostní spektrometrem Separační
VíceIMUNOANALÝZA elektroforetické separační metody. 3. ročník Klinická biologie a chemie
IMUNOANALÝZA elektroforetické separační metody 3. ročník Klinická biologie a chemie Princip elektroforézy I. Separační metoda využívající různé pohyblivosti různých iontů (složek směsi) ve stejnosměrném
VíceObsah Protein Gel Electrophoresis Kitu a jeho skladování
Obsah Protein Gel Electrophoresis Kitu a jeho skladování Protein Gel Electrophoresis Kit obsahuje veškerý potřebný materiál provádění vertikální polyakrilamidové gelové elektroforézy. Experiment provádějí
VíceProteomické aplikace a experimenty v onkologickém výzkumu. Pavel Bouchal
Proteomické aplikace a experimenty v onkologickém výzkumu Pavel Bouchal Analýza genové exprese: mrna nebo protein? Protein: proteom (PROTEin complement expressed by a genome) informace o skutečných efektorech
VíceMetabolismus bílkovin. Václav Pelouch
ZÁKLADY OBECNÉ A KLINICKÉ BIOCHEMIE 2004 Metabolismus bílkovin Václav Pelouch kapitola ve skriptech - 3.2 Výživa Vyvážená strava člověka musí obsahovat: cukry (50 55 %) tuky (30 %) bílkoviny (15 20 %)
VíceMožnosti využití elektromigračních technik při studiu vlastností mikroorganismů. Anna Kubesová
Možnosti využití elektromigračních technik při studiu vlastností mikroorganismů Anna Kubesová Osnova Candida Kapilární elektromigrační techniky Výsledky Závěr Planární elektromigrační techniky Výsledky
VíceMetody používané v MB. analýza proteinů, nukleových kyselin
Metody používané v MB analýza proteinů, nukleových kyselin Nukleové kyseliny analýza a manipulace Elektroforéza (délka fragmentů, čistota, kvantifikace) Restrikční štěpení (manipulace s DNA, identifikace
VíceAPLIKOVANÉ ELEKTROMIGRAČNÍ METODY
APLIKOVANÉ ELEKTROMIGRAČNÍ METODY Princip: migrace elektricky nabitých částic v elektrickém poli Druhy iontů: +, -, obojaký (zwitterion), vícenásobný Typy migrace: a) přímá migrují ionty analytů b) nepřímá
VíceMetody používané v MB. analýza proteinů, nukleových kyselin
Metody používané v MB analýza proteinů, nukleových kyselin Nukleové kyseliny analýza a manipulace Elektroforéza (délka fragmentů, čistota, kvantifikace) Restrikční štěpení (manipulace s DNA, identifikace
VíceMetody práce s proteinovými komplexy
Metody práce s proteinovými komplexy Zora Nováková, Zdeněk Hodný Proteinové komplexy tvořeny dvěma a více proteiny spojenými nekovalentními vazbami Van der Waalsovy síly vodíkové můstky hydrofobní interakce
VíceMENÍ A INTERPRETACE SPEKTER BIOMOLEKUL. Miloslav Šanda
MENÍ A INTERPRETACE SPEKTER BIOMOLEKUL Miloslav Šanda Ionizaní techniky využívané k analýze biomolekul (biopolymer) MALDI : proteiny, peptidy, oligonukleotidy, sacharidy ESI : proteiny, peptidy, oligonukleotidy,
VíceIZOLACE, SEPARACE A DETEKCE PROTEINŮ I. Vlasta Němcová, Michael Jelínek, Jan Šrámek
IZOLACE, SEPARACE A DETEKCE PROTEINŮ I Vlasta Němcová, Michael Jelínek, Jan Šrámek Studium aktinu, mikrofilamentární složky cytoskeletu pomocí dvou metod: detekce přímo v buňkách - fluorescenční barvení
VíceBílkoviny - proteiny
Bílkoviny - proteiny Proteiny jsou složeny z 20 kódovaných aminokyselin L-enantiomery Chemická struktura aminokyselin R představuje jeden z 20 různých typů postranních řetězců R Hlavní řetězec je neměnný
VíceSDS polyakrylamidová gelová elektroforéza (SDS PAGE)
SDS polyakrylamidová gelová elektroforéza (SDS PAGE) Princip SDS polyakrylamidová gelová elektroforéza slouží k separaci proteinů na základě jejich velikosti (molekulové hmotnosti). Zahřátím vzorku za
VíceHMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE - kvalitativní i kvantitativní detekce v GC a LC - pyrolýzní hmotnostní spektrometrie - analýza polutantů v životním
HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE - kvalitativní i kvantitativní detekce v GC a LC - pyrolýzní hmotnostní spektrometrie - analýza polutantů v životním prostředí - farmakokinetické studie - kvantifikace proteinů
VíceLABORATOŘ OBORU I ÚSTAV ORGANICKÉ TECHNOLOGIE (111) Použití GC-MS spektrometrie
LABORATOŘ OBORU I ÚSTAV ORGANICKÉ TECHNOLOGIE (111) C Použití GC-MS spektrometrie Vedoucí práce: Doc. Ing. Petr Kačer, Ph.D., Ing. Kamila Syslová Umístění práce: laboratoř 79 Použití GC-MS spektrometrie
VíceHmotnostní spektrometrie. Historie MS. Schéma MS
Hmotnostní spektrometrie MS mass spectrometry MS je analytická technika, která se používá k měření poměru hmotnosti ku náboji (m/z) u iontů původně studium izotopového složení dnes dynamicky se vyvíjející
VícePROTEOMIKA 2015 SHOT-GUN LC, IEF
PROTEOMIKA 2015 SHOT-GUN LC, IEF peptidů Kvantitativní přístupy icat, itraq, SILAC, dimetylace, AQUA. Kdy použít PMF a kdy musím fragmentovat peptid? Jediný protein ( z 2-DE) Směs peptidů z jednoho proteinu
VíceUrčení molekulové hmotnosti: ESI a nanoesi
Cvičení Určení molekulové hmotnosti: ESI a nanoesi ) 1)( ( ) ( H m z H m z M k j j j m z z zh M Molekula o hmotnosti M se nabije z-krát protonem, pík iontu ve spektru je na m z : ) ( H m z M z Pro dva
Vícelaktoferin BSA α S2 -CN α S1 -CN Popis: BSA bovinní sérový albumin, CN kasein, LG- laktoglobulin, LA- laktalbumin
Aktivita KA 2340/4-8up Stanovení bílkovin v mléce pomocí SDS PAGE (elektroforéza na polyakrylamidovém gelu s přídavkem dodecyl sulfátu sodného) vypracovala: MVDr. Michaela Králová, Ph.D. Princip: Metoda
VícePROTEINOVÁ DENATURUJÍCÍ ELEKTROFORÉZA (SDS PAGE)
PROTEINOVÁ DENATURUJÍCÍ ELEKTROFORÉZA (SDS PAGE) Denaturující proteinová elektroforéza (SDS PAGE - SDS Protein Acrylamide Gel Electrophoresis) je metoda, která se používá k separaci proteinů podle velikosti,
VíceZáklady hmotnostní spektrometrie
Základy hmotnostní spektrometrie Lenka Hernychová e-mail: hernychova@pmfhk.cz Ústav molekulární patologie, Fakulta vojenského zdravotnictví, Universita obrany Hradec Králové Historie Koichi Tanaka vyvinul
VíceStanovení koncentrace (kvantifikace) proteinů
Stanovení koncentrace (kvantifikace) proteinů Bioanalytické metody Prof. RNDr. Pavel Peč, CSc. Úvod Kritéria výběru metod stanovení koncentrace proteinů jsou založena na možnostech pro vlastní analýzu,
VíceOPVK CZ.1.07/2.2.00/
OPVK CZ.1.07/2.2.00/28.0184 Základní principy vývoje nových léčiv OCH/ZPVNL Mgr. Radim Nencka, Ph.D. ZS 2012/2013 První kroky k objevu léčiva Nobelova cena za chemii 2013 Martin Karplus Michael Levitt
VíceELEKTROFORETICKÁ SEPARACE NUKLEOVÝCH KYSELIN
ELEKTROFORETICKÁ SEPARACE NUKLEOVÝCH KYSELIN Fragmenty nukleových kyselin lze dle jejich velikosti rozdělit elektroforézou. Elektroforéza využívá rozdílné pohyblivosti jednotlivých fragmentů, danou právě
VíceObr. 1. Schematické znázornění 2D-PAGE (převzato z Lodish, H. a kol.: Molecular Cell Biology, 3. vyd., Freeman 1996)
Dvourozměrná elektroforéza (2D-PAGE) 2D-PAGE je vysoce efektivní separační metodou umožňující rozdělení komplikovaných směsí stovek různých bílkovin a představuje základní nástroj v novém rozvíjejícím
VíceNo. 1- určete MW, vysvětlení izotopů
No. 1- určete MW, vysvětlení izotopů ESI/APCI + 325 () 102 (35) 327 (33) 326 (15) 328 (5) 150 200 250 300 350 400 450 500 ESI/APCI - 323 () 97 (51) 325 (32) 324 (13) 326 (6) 150 200 250 300 350 400 450
Vícevolba separace pro následnou MS kvantifikaci proteinů Jan Havliš Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta, Brno Ústav experimentální biologie : Oddělení funkční genomiky a proteomiky :: Centrální laboratoř
VíceLC/MS a CE/MS v proteomické analýze
LC/MS a CE/MS v proteomické analýze OBSAH Příklad jednoduché analýzy Separční techniky MS techniky Identifikace proteinů Určení molekulové hmotnosti Analytická výzva Mgr. Martin Hubálek, Ph.D. Ústav organické
VíceHmotnostní spektrometrie
Hmotnostní spektrometrie Podstatou hmotnostní spektrometrie je studium iontů v plynném stavu. Tato metoda v sobě zahrnuje tři hlavní části:! generování iontů sledovaných atomů nebo molekul! separace iontů
VíceCharakterizace proteomu piva
MASARYKOVA UNIVERZITA Přírodovědecká fakulta Katedra biochemie Charakterizace proteomu piva Brno 2009 Eva Kotlasová Chtěla bych poděkovat vedoucímu své bakalářské práce RNDr. Z. Zdráhalovi, Dr. za pomoc
VíceInovace bakalářského studijního oboru Aplikovaná chemie CZ.1.07/2.2.00/
Dělení bílkovin pomocí diskontinuální elektroforézy v polyakrylamidovém gelu (PAGE) Při elektroforéze dochází k pohybu (migraci) iontů v elektrickém poli. Elektroforetické metody se tedy používají k separaci
VíceHMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE
HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE A MOŽNOSTI JEJÍHO SPOJENÍ SE SEPARAČNÍMI METODAMI SEPARACE chromatografie CGC, GC x GC HPLC, UPLC, UHPLC, CHIP-LC elektromigrační m. CZE, CITP INTERFACE SPOJENÍ x ROZHRANÍ GC vyhřívaná
VícePROTEOMIKA Prezentace z přednášek na adrese:
2018 PROTEOMIKA 2018 Proteomika, proteiny, co a proč. Metody práce s bílkovinami (Petrák 15/10) Značení bílkovin, separační metody, 2-DE (Petrák 22/10) 2-DE záludnosti, digesce a identifikace bílkovin
VíceELEKTROFORETICKÉ METODY
ELEKTROFORETICKÉ METODY ELEKTROFORETICKÁ SEPARACE AMINOKYSELIN NA PAPÍROVÉM NOSIČI Aminokyseliny lze rozdělit elektroforézou na papíře. Protože molekulová hmotnost jednotlivých aminokyselin není příliš
VíceEvropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti URČOVÁNÍ PRIMÁRNÍ STRUKTURY BÍLKOVIN
Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti URČOVÁNÍ PRIMÁRNÍ STRUKTURY BÍLKOVIN Primární struktura primární struktura bílkoviny je dána pořadím AK jejích polypeptidových řetězců
VíceMETODY STUDIA PROTEINŮ
METODY STUDIA PROTEINŮ Mgr. Vlasta Němcová vlasta.furstova@tiscali.cz OBSAH PŘEDNÁŠKY 1) Stanovení koncentrace proteinu 2) Stanovení AMK sekvence proteinu Hmotnostní spektrometrie Edmanovo odbourávání
VíceUNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI. Přírodovědecká fakulta Katedra fyzikální chemie
UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI Přírodovědecká fakulta Katedra fyzikální chemie Optimalizace redukce a alkylace proteinů před polyakrylamidovou elektroforézou pro následnou MS identifikaci po in-gel štěpení
VíceGel-based a Gel-free kvantifikace v proteomice
Gel-based a Gel-free kvantifikace v proteomice Juraj Lenčo Ústav molekulární patologie Fakulta vojenského zdravotnictví U Hradec Králové Funkce proteinů Proteomika Lokalizace proteinů Proteinové interakce
VíceÚSTAV LÉKAŘSKÉ BIOCHEMIE 1.LF UK. Elektroforesa. v biochemii. Jan Pláteník. (grafická úprava obrázků Richard Buchal)
ÚSTAV LÉKAŘSKÉ BIOCHEMIE 1.LF UK Elektroforesa v biochemii Jan Pláteník (grafická úprava obrázků Richard Buchal) 2007/2008 Pojem elektroforesa znamená jakoukoliv experimentální techniku, založenou na pohybu
VíceSpojení hmotové spektrometrie se separačními metodami
Spojení hmotové spektrometrie se separačními metodami RNDr. Radomír Čabala, Dr. Katedra analytické chemie Přírodovědecká fakulta Univerzita Karlova Praha Spojení hmotové spektrometrie se separačními metodami
VíceHmotnostní detekce v separačních metodách
Hmotnostní detekce v separačních metodách MC230P83 2/1 Z+Zk 4 kredity doc. RNDr. Josef Cvačka, Ph.D. Mgr. Martin Hubálek, Ph.D. Ústav organické chemie a biochemie AVČR, v.v.i. Flemingovo nám. 2, 166 10
VíceLABORATORNÍ PŘÍSTROJE A POSTUPY
LABORATORNÍ PŘÍSTROJE A POSTUPY OPTIMALIZACE PŘÍPRAVY VZORKU PRO DVOUROZMĚRNOU ELEKTRO- FORÉZU PETR VÁŇA a JAN ŠMARDA* Masarykova univerzita v Brně, Přírodovědecká fakulta, Katedra genetiky a molekulární
VíceInovace studia molekulární a buněčné biologie
Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. MBIO1/Molekulární biologie 1 Tento projekt je spolufinancován
VíceUNIVERZITA KARLOVA V PRAZE Přírodovědecká fakulta. Studium proteomu dentinu v lidských zubech (Proteomic study of human tooth dentin) Bakalářská práce
UNIVERZITA KARLOVA V PRAZE Přírodovědecká fakulta Studijní program: Klinická a toxikologická analýza Studium proteomu dentinu v lidských zubech (Proteomic study of human tooth dentin) Bakalářská práce
VíceCharakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií
Oddělení funkční genomiky a proteomiky Přírodovědecká fakulta MU Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií Část III Zbyněk Zdráhal Centrální laboratoř-proteomika, CEITEC-MU Oddělení funkční genomiky
VíceHmotnostní spektrometrie - Mass Spectrometry (MS)
Hmotnostní spektrometrie - Mass Spectrometry (MS) Další pojem: Hmotnostně spektrometrický (selektivní) detektor - Mass spectrometric (selective) detector (MSD) Spektrometrie - metoda založená na interakci
VíceSeminář izolačních technologií
Seminář izolačních technologií Zpracoval: Karel Bílek a Kateřina Svobodová Podpořeno FRVŠ 2385/2007 a 1305/2009 Úpravy a aktualizace: Pavla Chalupová ÚMFGZ MZLU v Brně 1 Lokalizace jaderné DNA 2 http://www.paternityexperts.com/basicgenetics.html
VíceStručný úvod ke cvičnému programu purifikace proteinů:
Stručný úvod ke cvičnému programu purifikace proteinů: zopakovaní základních principů a postupů Mirka Šafaříková Tel. 38777 5627 mirkasaf@usbe.cas.cz Na Sádkách 7, 1. patro, č. dveří 140 Acidobazické rovnováhy
VíceAnalytická technika HPLC-MS/MS a možnosti jejího využití v hygieně
Analytická technika HPLC-MS/MS a možnosti jejího využití v hygieně Šárka Dušková 24. září 2015-61. konzultační den Hodnocení expozice chemickým látkám na pracovištích 1 HPLC-MS/MS HPLC high-performance
VíceObecná biologie Fyziologie živočichů. Oddělení fyziologie a imunologie živočichů
Obecná biologie Fyziologie živočichů Oddělení fyziologie a imunologie živočichů Fyziologie: studium funkcí Imunologie: studium obranyschopnosti Srovnávací a ekologický přístup: živočichové včetně člověka
VícePražské analytické centrum inovací Projekt CZ / /0002 spolufinancovaný ESF a Státním rozpočtem ČR
Pražské analytické centrum inovací Projekt CZ.04.3.07/4.2.01.1/0002 spolufinancovaný ESF a Státním rozpočtem ČR Obsah 1. Úvod 1.1. Miniaturizace v analytické chemii 1.2. Přednosti a nevýhody kapilárních
VíceCo je proteomika? Proteom? Protein? Experimentální strategie proteomiky Vlastnosti AMK a proteinů
PROTEOMIKA 2015 Proteomika, proteiny, co a proč. Metody práce s bílkovinami Separační metody, 2-DE 2-DE detaily a záludnosti, identifikace bílkovin pomocí MS Principy hmotnostní spektrometrie Identifikace
VíceGymnázium Vysoké Mýto nám. Vaňorného 163, 566 01 Vysoké Mýto
Gymnázium Vysoké Mýto nám. Vaňorného 163, 566 01 Vysoké Mýto SUBSTITUČNÍ DERIVÁTY KARBOXYLOVÝCH O KYSELIN R C O X karboxylových kyselin - substituce na vedlejším uhlovodíkovém řetězci aminokyseliny - hydroxykyseliny
VíceSbohem, paní Bradfordová
Sbohem, paní Bradfordová aneb IČ spektroskopie ve službách kvantifikace proteinů Mgr. Stanislav Kukla Merck spol. s r. o. Agenda 1 Zhodnocení současných možností kvantifikace proteinů Bradfordové metoda
VíceHmotnostní detekce biologicky významných sloučenin pro biotechnologie část 3 - Provedení štěpení proteinů a následné analýzy,
Laboratoř Metalomiky a Nanotechnologií Hmotnostní detekce biologicky významných sloučenin pro biotechnologie část 3 - Provedení štěpení proteinů a následné analýzy, vyhodnocení výsledků, diskuse Anotace
VíceWESTERN BLOT. Velikost signálu je vyhodnocována srovnáním s naneseným proteinovým markerem, což je komerčně dostupná směs proteinů o známé velikosti.
WESTERN BLOT Western blot je metoda používaná pro kvalitativní nebo semikvantitativní detekci určitého proteinu ve vzorku. Metoda je tvořena třemi základními kroky: 1. elektroforetickou separací proteinů,
VíceMetody používané v MB. analýza proteinů, nukleových kyselin
Metody používané v MB analýza proteinů, nukleových kyselin Proteiny analýza a manipulace Izolace, purifikace (rozdělovací metody) Centrifugace Chromatografie Elektroforéza Blotting (identifikace, western
VícePROTEINY. Biochemický ústav LF MU (H.P.)
PROTEINY Biochemický ústav LF MU 2013 - (H.P.) 1 proteiny peptidy aminokyseliny 2 Aminokyseliny 3 Charakteristika základní stavební jednotky proteinů geneticky kódované 20 základních aminokyselin 4 a-aminokyselina
VíceVysokoúčinná kapalinová chromatografie. Petr Kozlík Katedra analytické chemie
Vysokoúčinná kapalinová chromatografie Petr Kozlík Katedra analytické chemie e-mail: kozlik@natur.cuni.cz 1 Aplikace HPLC Analýza složek životního prostředí Toxikologie Potravinářská analýza Farmaceutická
VíceZákladní vlastnosti proteinů
RNA Ribosom Protein Protein Základní vlastnosti proteinů Teoretický úvod Aplikovaná bioinformatika, Jaro 2013 Proteiny RNA Ribosom Protein Protein Protein, polypeptid, bílkovina. Lineární polymer aminokyselin
VíceBiochemie dusíkatých látek při výrobě vína
Biochemie dusíkatých látek při výrobě vína Ing. Michal Kumšta www.zf.mendelu.cz Ústav vinohradnictví a vinařství kumsta@mendelu.cz Vzdělávací aktivita je součástí projektu CZ.1.07/2.4.00/31.0089 Projekt
VícePROTEOMIKA 2017 SHOT-GUN METODY
PROTEOMIKA 2017 SHOT-GUN METODY LC, IEF peptidů Kvantitativní přístupy SILAC,iTRAQ, dimetylace, 18 O, AQUA Label free MRM/SRM proteiny proteiny 2-DE LC-MS shotgun peptidy peptidy SPECIFICKÉ ŠTĚPENÍ BÍLKOVIN
VíceChromatografie. Petr Breinek
Chromatografie Petr Breinek Chromatografie-I 2012 Společným znakem všech chromatografických metod je kontinuální dělení složek analyzované směsi mezi dvěma fázemi. Pohyblivá fáze (mobilní), eluent Nepohyblivá
VíceNázev: Vypracovala: Datum: 7. 2. 2014. Zuzana Lacková
Název: Vypracovala: Zuzana Lacková Datum: 7. 2. 2014 Reg.č.projektu: CZ.1.07/2.4.00/31.0023 Název projektu: Partnerská síť centra excelentního bionanotechnologického výzkumu MĚLI BYCHOM ZNÁT: informace,
VíceLaboratoř ze speciální analýzy potravin II. Úloha 3 - Plynová chromatografie (GC-MS)
1 Úvod... 1 2 Cíle úlohy... 2 3 Předpokládané znalosti... 2 4 Autotest základních znalostí... 2 5 Základy práce se systémem GC-MS (EI)... 3 5.1 Parametry plynového chromatografu... 3 5.2 Základní charakteristiky
VíceIontové zdroje II. Iontový zdroj. Data. Vzorek. Hmotnostní analyzátor. Zdroj vakua. Iontové zdroje pracující za sníženého tlaku
MC230P43 Hmotnostní detekce v separačních metodách, 2015 Iontové zdroje II. Iontové zdroje pracující za sníženého tlaku Elektronová/chemická ionizace Iontové zdroje pro spojení s planárními separacemi
VíceIzolace RNA. doc. RNDr. Jan Vondráček, PhD..
Izolace RNA doc. RNDr. Jan Vondráček, PhD.. Metodiky izolace RNA celková buněčná RNA ( total RNA) zahrnuje řadu typů RNA, které se mohou lišit svými fyzikálněchemickými vlastnostmi a tedy i nároky na jejich
VíceCysteinové adukty globinu jako potenciální biomarkery expozice styrenu
Cysteinové adukty globinu jako potenciální biomarkery expozice styrenu J. Mráz, I. Hanzlíková, Š. Dušková, E. Frantík, V. Stránský Státní zdravotní ústav Praha 1 Biomarkery expozice cizorodým látkám výchozí
VíceIndentifikace molekul a kvantitativní analýza pomocí MS
Indentifikace molekul a kvantitativní analýza pomocí MS Identifikace molekul snaha určit molekulovou hmotnost, sumární složení, strukturní části molekuly (funkční skupiny, aromatická jádra, alifatické
VíceIontové zdroje II. Iontový zdroj. Data. Vzorek. Hmotnostní analyzátor. Zdroj vakua. Iontové zdroje pracující za sníženého tlaku
Iontové zdroje II. Iontové zdroje pracující za sníženého tlaku Elektronová/chemická ionizace Iontové zdroje pro spojení s planárními separacemi Ionizace laserem za účasti matrice Ambientní ionizační techniky
VícePrvní testový úkol aminokyseliny a jejich vlastnosti
První testový úkol aminokyseliny a jejich vlastnosti Vysvětlete co znamená pojem α-aminokyselina Jaký je rozdíl mezi D a L řadou aminokyselin Kolik je základních stavebních aminokyselin a z čeho jsou odvozeny
VíceZdroje iont používané v hmotnostní spektrometrii. Miloslav Šanda
Zdroje iont používané v hmotnostní spektrometrii Miloslav Šanda Ionizace v MS Hmotnostní spektrometrie je fyzikáln chemická metoda, pi které se provádí separace iont podle jejich hmotnosti a náboje m/z
VíceHmotnostní spektrometrie peptidů ů a proteinů Petr Halada Mikrobiologický ústav AV ČR halada@biomed.cas.cz Proč chceme znát molekulovou hmotnost? Všechny prvky a molekuly jsou charakterizovány 2 základními
VíceHPLC/MS tělních tekutin nový rozměr v medicinální diagnostice
HPLC/MS tělních tekutin nový rozměr v medicinální diagnostice Lukáš Chytil Ústav organické technologie VŠCHT Praha Medicinální diagnostika a hmotnostní spektrometrie Medicinální diagnostika: - Klasické
VíceAutoři: Pavel Zachař, David Sýkora Ukázky spekter k procvičování na semináři: Tento soubor je pouze prvním ilustrativním seznámením se základními prin
Autoři: Pavel Zachař, David Sýkora Ukázky spekter k procvičování na semináři: Tento soubor je pouze prvním ilustrativním seznámením se základními principy hmotnostní spektrometrie a v žádném případě nezahrnuje
Více