Cílené molekulárně genetické vyšetření u pacientů s epilepsií indikace - výhody - limity

HTML
DOWNLOAD

Rozměr: px

Začít zobrazení ze stránky:

Download "Cílené molekulárně genetické vyšetření u pacientů s epilepsií indikace - výhody - limity"

Luboš Němec
před 6 lety
Počet zobrazení:

1 Cílené molekulárně genetické vyšetření u pacientů s epilepsií indikace - výhody - limity Petra Hedvičáková ÚBLG FN Motol Odd. lékařské molekulární genetiky FN Motol FN Motol

2 Algoritmus podle Dunn et al., Frontiers in Genetics 1 February 2018 Volume 9 Article 20 Klinická indikace epilepsie A - specifický epileptický fenotyp dysmorfické rysy rodinná historie biochemie, imaging Více genů ve hře A2/B2 Panel genů malý počet genů specifických pro konkr. syndrom B - nespecifický epileptický fenotyp nespecifický fenotyp překrývání symptomů bez rodinné anamnézy biochemie a imaging bez konkrétního nálezu Podezření na konkrétní gen A1 Cílené testování karyoptyp FISH testování sekvenace 1 genu negativní větší počet genů pro obecnou epilepsii výhodná cena, vysoké pokrytí B1 Array (SNP/CGH) více oblastí mikrodelece levnější než NGS nejlepší na detekci CNV a UPD B3 WES exom bez specif. fenotypu a rodinné anamnézy trio možnost objevení genu negativní B4 WGS bez specif. fenotypu a rodinné anamnézy trio CNV možnost objevení genu mtdna vyšší uniformita pokrytí analýza regulačních oblastí

3 nových genů

4 Beyond the Ion Channel The ILAE Genetics Commission Blog The genetic architecture of the epilepsies, as told by 8,500 gene panels Posted on July 10, 2018 by Ingo Helbig

5 Distribuce genů. Distribuce patogenních/pravděpodobně patogenních variant u více než pacientů. Čtyři geny (SCN1A, KCNQ2, CDKL5, SCN2A) představují 50 % všech patogenních/pravděpodobně patogenních variant a samotný SCN1A představuje téměř jednu čtvrtinu všech variant. 80 % zjištěných variant leží v pouze 13 genech, což jsou SCN1A, KCNQ2, CDKL5, SCN2A, PCDH19, STXBP1, PRRT2, SLC2A1, MECP2, SCN8A, UBE3A, TSC2 a GABRG2.

6 SCN1A 1978 Charlotte Dravetová - SMEI - závažná myoklonická epilepsie v časném dětském věku Záchvaty jak generalizované, tak parciální Vážná myoklonická epilepsie začíná během prvního roku života a je následována psychomotorickou retardací a dalšími neurologickými problémy Záchvatová onemocnění spojená se SCN1A se dědí autozomálně dominantně Nosiči mutace bez penetrance a různá míra exprese postižení nosičů => s kanálopatiemi souvisí různé modifikátory funkce v genetickém pozadí Důsledkem je u velkého počtu mutací široká variabilita v závažnosti postižení Jedná se patrně o polygenní syndrom pacienti se stejnou mutací mají různý fenotyp

7 Gen SCN1A na chromozomu 2q24 NM_ exonů, 100 kb, mrna 6030 bp Bylo popsáno 1537 (HGMD) mutací, asi polovina jsou nonsense a delece vedoucí ke ztrátě funkce sodíkového kanálu Pacienti s mutací vedoucí ke zkrácení proteinu mívají časnější nástup onemocnění

8 Studie z roku klinická diagnostická kritéria zahrnují alespoň 4 z následujících: Normální nebo téměř normální kognitivní a motorický vývoj před nástupem záchvatů Dva nebo více záchvatů s horečkou nebo bez ní před dosažením 1 roku života V anamnéze záchvaty myoklonické, hemiklonické nebo generalizované tonicko-klonické Dva nebo více záchvatů trvajících déle než 10 minut Neodpovídavost na terapii antiepileptiky první linie s pokračováním záchvatů po 2. roce života Případně záchvaty spojené s vakcinací, horkými koupelemi, horečkami Zpomalení vývoje, stagnace nebo regrese po 1. roce života, behaviorální problémy, opožděná řeč

11 SCN1A 150 vyšetřených od roku pozitivních (27%) 22 nepopsaných mutací de novo, 2x zděděná od rodiče s epi nejčastěji missense, 3x splice site, 4x stop, 6x malé delece shift literatura uvádí, že mutaci v genu SCN1A má 70 až 80% pacientů se syndromem Dravetové, nejčastěji nonsense a s posunem čtecího rámce (v USA 1: narozených dětí) missense mutace jsou častější u GEFS+ (generalizovaná epilepsie s febrilními křečemi plus) u 5-10% pacientů Nepopsaná c.1047t>g (p.tyr349*) u dvou nepříbuzných pacientů 1 atypický příklad delece exonu 1 s částí 5 přiléhající oblasti a s částí intronu 1, inzerce 54 bp z oblasti 5, bp před exonem 1 c.1-875_ delins54

12 SCN1A Pacient číslo Pohlaví Rok narození Mutace Protein předpokl. změna Rodiče V literatuře exon 7 46,XX 2009 c.1047t>g (p.tyr349*) negat nepopsaná, též pac ,XY 2009 c.3689t>g (p.leu1230arg) negat nepopsaná ,XX 2007 c c>g sestřihová negat nepopsaná intron ,XY 2008 c.570delg (p.trp190*) negat popsaná (a) ,XY 2010 c.652_655delttca (p.phe218glufs*6) negat nepopsaná ,XX 1981 c.261g>c (p.lys87asn) NA nepopsaná ,XX 2005 c.998c>t (p.ala333val) negat nepopsaná ,XY 2012 c.716c>a (p. Ala239Asp) negat nepopsaná ,XY 2003 c.4350g>c (p. Gln1450His) NA nepopsaná ,XX 2004 c.82c>t c.2933t>c (p. Arg28Cys) (p.ile978thr) otec c.82c>t matka negat popsaná (b) nepopsaná ,XY 2006 c.301c>t (p. Arg101Trp) matka negat popsaná (c) ,XX 2009 del exonu 1?? negat nepopsaná ,XY 2011 c.5196delc (p.ile1733phefs*46) negat nepopsaná ,XY 2010 c.1093t>c p.(phe365leu) NA nepopsaná ,XY 1991 c.1177c>t p.(arg393cys) negat popsaná (d) 9 58, též 12 a 22 46,XX 1996 c.3521c>g p. Thr1174Ser matka mut v lit.nejasného významu ,XX 2003 c.964dela p.(arg322aspfs*10) negat nepopsaná ,XY 2001 c.1244t>a p. (Ile415Lys) negat LOVD, nejasného významu ,XX 2011 c.1047t>g (p.tyr349*) negat nepopsaná ,XY 2000 c.4631a>g p.(asp1544gly) NA popsaná (e) ,XY 2014 c.2837g>t p.(arg946leu) NA nepopsaná ,XX 2007 c.2792g>t p.(arg931leu) NA popsaná ,XX 2011 c.3094g>t, p.(glu1032x) negat popsaná ,XX 2014 c a>t sestřihová negat nepopsaná, pop. A>G ,XY 2014 c.2855g>c p.(trp952ser) matka mut, epi nepopsaná, jiné v kodonu ,XY 2015 c.2860g>a p.(glu954lys) negat popsaná ,XX 2003 c.2925delc p.(met976trpfs*2) negat nepopsaná ,XY 1998 c.2879t>c p.(met960thr) negat popsaná ,XY 2014 c.5726c>t p.(tyr1909ile) negat popsaná ,XX 2014 c.1177c>t p.(arg393cys) otec negat popsaná ,XX 2015 c.4889t>g p.(val1630gly) NA popsaná ,XX 1996 c _-5deltt sestřihová M, S, B pozit., FK nepopsaná intron ,XX 2015 c.3637c>t p.(arg1213*) negat popsaná ,XY 2016 c.5527c>t p.(glu1843x) negat nepopsaná ,XY 2014 c a>c; c.2378c>t??? p.(thr793met) matka negat nejasného významu 12 a ,XY 2006 c.2172dela p.(glu725lysfs*22) negat nepopsaná ,XX 2017 c.4277t>c p.(leu1426pro) negat nepopsaná ,XX 1993 c.2576g>a p.(arg859his) matka negat popsaná ,XY 2016 c.2362g>a p.(glu788lys) negat popsaná ,XX 2017 c.1738c>t p.(arg580*) negat popsaná 11

13 Od června 2018 gen SCN1A v panelu Unicorn, SOPHiA GENETICS, platforma SOPHiA DDM Včetně CNV vyšetření bez tria, cca do měsíce, zatím 9 indikací - negativní

15 PRRT2 NM_ Benigní familiární infantilní křeče - autozomálně dominantní onemocnění PRRT2 na chromozomu 16 Gen má 4 exony Parciální záchvaty začínají mezi měsícem života, jsou krátké a prognóza je příznivá S mutacemi v tomto genu jsou rovněž spojovány paroxysmální kinezigenní dyskineze, infantilní křeče s choreoatetózou, méně často hemiplegická migréna a jiné formy epilepsie Neúplná penetrance

16 PRRT2 vyšetřeno 22 pacientů, 7x nález (32%) 4x dupc c.649dupc, p.(arg217profs*8) pat i mat 1x delg c.929delg, p.(gly310alafs*3) pat 2x VUS c.1012g>a, p.(val338met) pat c.815c>t, p.(ala272val) NA

17 Indikace - pečlivá anamnéza, typický fenotyp, indikační kritéria Limity - plynou z podstaty věci - vyšetřuje se jen jeden konkrétní gen Výhody - není nutné trio, výsledek rychleji - statim

18 Děkuji za pozornost

Podobné dokumenty

Klinická diagnostika epileptických syndromů MUDr. Katalin Štěrbová

Klinická diagnostika epileptických syndromů MUDr. Katalin Štěrbová 25. září 2018 Motol - Praha Etiologie epilepsií Thomas et Berkovic, 2014 idiopatická kryptogenní symptomatická 15q13.3 MICRODELETION SYNDROME