Ñ ÖÓ ÖÝ Ø Ð 2 2 2 + Æ Ð Ú Ô ÔÖ ÚØ Ð ØÖÙ Ñ Ò Ñ Ð Þ Ú ÙÙ Ø ÒØÓ ÑÓØ Ú 3 3 3 Ö Ø ÑÙÐÙ Ø ÖÝ Ø Ð Ú Ô Ö Ó Ö ÔÐ Ù Ø ÔÓ Ñ Ò Ó Ö ÓÚ s.1 Ë ÑÙÐ Ò ÔÖ Ø ÙÑ Ó Ø Ò ÑÓ ÐÙ Æ Ð ÓÐ Ó Ø Ò ÑÓ ÐÙ Æ Ð Ñ ØÓ ÓÙ ÞÓÒ ÐÒ Ø Ú Ý ËØ ÒÓÚØ ÅÓ Ð ÂÓÒ Ò Ó ÂÈ ÖÓ ÓÐØ Ѻ Óк ½ ½ ½½ß½ ½ µ Ä ÒÒ Ö ÈÓ ØÙÔ Ø ÒÓÚØ Ù ØÓØÙ Ö ÐÒ ØÖ Ù Ò ÙÒ ÖÝ Ø ÐÙ ÖÓÞØ ÚØ Ø ÒÓÚØ Ù ØÓØÙ Ö ÐÒ ØÖ Ù Ò ÙÒ Ø Ú Ò ÒÝ Ö ÔÐ Ù Ø ÖÝ Ø Ð 1 1 3 Ö Ø ÖÓÞØ ÚØ ÔÓÐÓÚ ÒÙ ÓÜÙ ÑÙÐÙ Ø Þ Ò Ø ÔÐÓØÝ Ð Ù Ø Þ ÖÝ Ø Ð Ò Ö Ø Ø Ú
Å ËÁÅÍË s.2
Ó ØÛ Ö Å ËÁÅÍË ÔÖ Ù ÔÓ Ý Ø Ñ Ñ Ð ¹ ÈÓÙú Ø ÈÓ Ï Ò ÓÛ Ó ÑÓúÒÓ ÔÙ Ø Ø ÔÖÓ Ø Ò ØÚ Ñ ÒÙܺ s.3 Ì Ò Ò ÓÖÑ» Æ ÆÇ ÌÍ Ä Ö ÔÐ Ø ÓÖÑÝ Ý Ï Òº ÈÓ ØÙÔ Þ ÔÒÓÙØ Ø ÖÑ Ò Ð Ô Ð Ø Ø Ñ Ó ÄÁ Æ Ð ÔÒÓÙØ Ò ÓÒÙ ÎÞ Ð Ò ÔÐÓ ÑÙÐ ØÓÖ Ý Û Ò Ó ÓÒÞÓÐ Þ Ø ÔÙ Ø Ø /cygdrive/jan.hus/ $ startx -- :# Ñ ØÓ # Þ Ø Ò ÙÒ ØÒ ÐÓ Ó ¼ Ó ½ ÖÓÞÐ õù Ø Ñ Ð Ú Ð Ô Ñ Ò Ò Þ ÔÓÑ Ò Ø Ò Ñ Þ ÖÝ Ô Þ Ó õð Ø ÞÔÖ ÓÚ Ò ÔÓÑÓ ÒØ Ö ÍË Ð Ú Ò ÓÔÓÖÙ ÒÓµ Ò Ø Ú Ò /cygdrive/jan.hus/ $ setxkbmap us
Þ ÐÓú Ø ÒÓÚÓÙ ÐÓú Ù ÐÞ Ô Þ Ñ Æ Ô º ÐÞ ÓÚÐ Ø ÑÝõ ß Þ Ð ú Ò Ò Ø Ú Ò Ý Ø ÑÙµ ÞÔÖ Ú Ð Ô Ô Ò ÚÔ Ò Ó Ö ÞÓÚ Ù ú Ó ÔÖÓ Ö ÑÙµ ÞÓ Ö Þ Ò ØÖÐ¹Ç ÓÙ ÓÖ ÔÖ Ú Ø ÜØÓÚ Ó ÓÙ ÓÖÙ ØÓ Ñ Ó mcedit SOUBOR Þ Ô ÞÓ¹ Ùµ Ú Ó s.4 Å Ò Ø ÓÑÑ Ò Ö ÓÑÑ Ò Ö ÔÓ Ó Ò ÞÒ Ñ ÑÙ Ï Ò ÓÛ Ð ÌÓØ Ð ÓÑÑ Ò¹ Å Ò Ø ËØ ÖØÙ Ø ØÓ ÖÙº /cygdrive/jan.hus/ $ mc Æ Ð ú Ø õ ÙÒ Ó Ö Þ Ó Ø ÜØÓÚ Ó ÓÙ ÓÖÙ ½¼ ÃÓÒ ÙÒ ØÓÖÙ Å Ò Ø ÓÑÑ Ò ÖÙº º º µ Ô õ Ø Ò Ó Ó Ô ÞÓÚ Ó Ù Ò Ø ÜØÓÚ Ú ØÙÔ Ò Ò È ÞÝ ÒÙØÒÓ ÔÓÙú Ø ØÖÐ¹Ç µº À ØÓÖ Ô Þ Þ Ø Ð ÒÙØ Ñ Ò [^] Ú Ø ÚÔÖ ÚÓ ÓÐ Ò Ó ÔÓÑÓ ÐØ¹À º
ÞÔ Ó ÔÖ ÔÓ ÍÒ Ü Ñ»Ä ÒÙÜ Ñ Þ ÐÓú Ò Ò Ô ÞÓÚ Ñ ËØ Ò Ö Ò Ù Ò Ô õ Ø Ô Þ Ø Ò Ø ÒØ Ö º ÈÓ Ù Ø ÓÔÖ Ú Ø Ô Þ Ý ÞÓ Ö Þ Ø Ó Òݺ ÀÓ ÒÝ ÞÖÙõØ Ù ÑÝõ Ò Ó Ø Ñ Å ÐÝ Ú Ó Ò Ø ÖÑ Ò ÐÙº ØÖй ÓÔ ÖÙ ÔÖÓ Ø Ò Ñ ØÐ Ø Ñ Ø Ñ ÓÐ µ ÔÓ ÓÞÒ ¹ Ì ÜØ Ð ÚÑ ØÐ Ø Ñº Ù Ø ØÓ ØÓ ÑÒÓ Ñ Ø ÚÒ õ Ò ú Ò s.5 Ò Ñ ß Ø Ø Ô ÔÓ Ò õ Ô Ù Ò ÓÖÙ ÓÔÖ ÚØ Ø Ò Ø ÒØ Ö º Â Ó Ø Ø ú Ô ÔÓ Ò ÔÓÙú Ø Ú ÔÓ Ù Þ Ù Ø /cygdrive/jan.hus/ $ xclock Ò ÚÒÓ Þ Ò Ô Þ Þ Ø Ô Þ Ñ È Ð /cygdrive/jan.hus/ $ history Ðõ Ö Ý Æ Ú Ø ¹Ð ÔÖÓÑÔØ ÔÖÓØÓú Ó Ô ÖÝÐ Ø ÜØ Ø Ò Ø ÒØ Ö º ØÖй Ú Ø ÖÑ Ò ÐÙ Ò Ò ÓÔÝ Ð Ô ÖÙõÙ ú ÔÖÓ Ö Ñ ØÖй» ØÖй È Þ Ø Ö Ø ú Ò Ô Ð ÞÒÓÚÙ ÚÝÚÓÐ Ø ÙÖÞÓÖÓÚÑ õ Ô Ñ º
ÔÓÙú Ú Ø mc Ò Ø ÙÖÞÓÖ Ñ Ò Ñ ÒÓ ÐÓú Ý Ø Ò Ø ÈÓ Ù ÒØ Ö s.6 Ò Ñ ß Ô ÞÓÚ Ö ÐÓú Ùµ Ñ Ò Ñ nacl ÐÓúØ /cygdrive/jan.hus/ $ mkdir nacl ÈÓ Ù ÔÓÙú Ú Ø mc Ø Ò Ø Ô Ø ØÓ Ø ØÓ ÐÓú Ý Ú Ø Ö Ù Ø Ð ÔÖ ÓÚ Øº ÆÝÒ Ö ÐÓú µ ÔÖ ÓÚÒ /cygdrive/jan.hus/ $ cd nacl Ì Ø ú ØÓ ÔÖÓõÐÓ Ó /cygdrive/jan.hus/ $ pwd ÚÝÔ Ø Ò Ó Ó /cygdrive/jan.hus/nacl/ ÅÙ ÔÖ Ù ÔÖ ÒÙØÒÓ Ú Ø Ð Ú ÔÓÞÓÖ Ò ØÓ Ø Ö ÐÓú Î ÚÝ Ö Ò º Î Øõ Ò Ø ÖÑ Ò Ð Ô õ ØÙØÓ ÐÓú Ù Ú Ò ÞÚÙ Ó Ò µ
Ð Ò Ø ÜØÓÚ Ø Ö Ó Ù Ô Ñ Ò Ð Ø º Þ ËÓÙ ÓÖÝ ÓÖÑ ØÓÚ Ò Ò ÖÒ º Ì ÜØÓÚ ÓÙ ÓÖ ÚÝØÚÓ Ø ÙÔÖ Ú Ø Ó ÓÐ Ú ËÓÙ ÓÖ ÙÐÓú Ø Ð Ú ÓÙ ¾ Þ ØÓÖÙ ÚÝ Ó Ø Ð Ú ÓÙ ½¼ º mcedit ËØ Ò Ø ØÖй pico s.7 Ò Ñ ß Ø ÜØÓÚ ÓÙ ÓÖÝ ØÓÖ Ñº Ø Ò Ñ ÓÔÓÖÙ Ù nano Ò Ó mcedit Ø Ò Ø ÜØÓÚÑ Ó ØÙÔÒ Þ mc Ø Ñ Ò Ñ Ò Ñ ÓÙ ÓÖÙº Æ Ô õø Ø /cygdrive/jan.hus/ $ nano na4cl4.che Ó Ó Ò ØÓÖÙ Ò Ô õø Ø ÜØ Na4Cl4 parameter set=sea NAp1 NAp1 NAp1 NAp1 CLn1 CLn1 CLn1 CLn1 Ò Ò Ó ÖÙ ÒÙ ÔÓÙú Ø ÐÓÚ ÔÓÐ Ø Ö ÞÒ ØÓÑÝ ÈÖÚÒ NA Ú Ð Ñ Ô Ñ ÒÝ µº CL p1 ÓÞÒ Ù Ò Ó n1 +1 Ò ÐÞ ÔÓÙú Ø -1 ÔÖÓØÓú - + ÞÒ Ñº Ú Þ Ýµ ÈÓ Ð Ò ÑÙ ÓÒ Ø ÞÒ Ñ ÒÓÚ ÒØ Öµ ÓÒØÖÓÐÙ Ñ ú Ø ÚÝÔ Ø Ó ÓÙ ÓÖÙ Ô Þ Ñ ÈÖÓ /cygdrive/jan.hus/ $ cat na4cl4.che
s.8 Å ÖÓ ÖÝ Ø Ð ÓÐÝ ØÙ Ù Ø Ö ÞÒ Ð ØÖÝ Ô ÔÖ ÚØ ÖÝ Ø Ð 2 2 2 ÙÑ Ø Ø Ó ÖÓÚÒÓ úò Ó Ñ Ø ØÓ µ
ÓÞÒ Ø Ð ÒÙØ Ñ ÓÔÖÓ Ø ØÓÑ ØÓÑ Ó ÞÒ Ø Ð ÒÙØ Ñ ÔÖ ÚÑ ØÐ Ø Ñ Ò ØÓÑÝ Ó ÞÒ Ø Ð Ú ÓÙ Ù Ò Ó Þ Ñ ÒÙ ÍÒÑ Ö Úõ ÒÝ ÓØ Ø Úõ Ñ ØÓÑÝ ß Þ Ù Ø Úõ Ò ØÐ Ø ÑÝõ Ø ÒÙØ Ñ ÅÓÚ Ñ Ö ÓØ Ò Ú Ö Ñ ÔÓ Ö ú Ñ ÞÖÙõ Ðõ Ñ Ø Ñ Ñ ÅÓÚ Ñ Ö Ø ÒØÓ ÔÓ ÙÒ ÖÓØ Ñ Ò Ñ Ð Þ Å Ò Ñ Þ ÚÝØÚÓ Ø ÓÑ Ò ÖÝ Ð Ù s.9 ÈÓ ÖÓ Ò ÔÓ ØÙÔ Ø ÖØ ÅÅ ÔÖÓ Ö ÑÙ /cygdrive/jan.hus/ $ blend -g na4cl4 -g Ö Ý ÒØ Ö Ø ÚÒ ÓØÓ Ø ÖÓÚÒÓ úò Ó Ñ ÔÓÑ ú ÓÒ ÙÖ ÙÐÓúØ ÔÓÑÓ º Ó Ö Ôº Ë Ú ÉÙ Ø µ Ô õò Ø Ý Ñ Ð ÚÝØÚÓ Ø ÓÙ ÓÖ na4cl4.plbº ÃÓÒØÖÓÐ ÈÓ /cygdrive/jan.hus/ $ ls -l
ÔÓ ÙÒ ÑÝõ ØÓ Ø ÔÖÓ Ø Ò ÔÓ ÙÒ ÔÖ Ú ØÓ Ø»Ú Ð Ó Ø Ð Ú Ð ÑÝõ ÓÞÒ Ø ÔÖÓ Ø Ò Úõ ÔÓ Ú Þ ÔÖ Ú Ó ÞÒ Ø Ð Ú Ú ÓÚ Þ Ö Ø Ý Ú Øõ Ò Ó ØÙÔÒ Ú ÓÚÐ Ñ Ô Ò ÐÙµ Ð ÐÔ ØÖÐ¹Ë ÙÐÓú º ÙÐÓú ÓÒ Ë Ô ÖÙõ ØÖй ÐÐ Ö ÔÓ ½ ú ÖÙ ÞÓ Ö Þ Ò ½ Ò Ô Ö Ô Ø Ú ÀÓÑ Ê Ú Ð Ó Ø ÓÙÐ Ö Ô Ô Ò ÔÓ ÙÒ Ð ÑÓÐ Ùл ÓÞÒ Ò Ø Ñ Úõ Ó ÞÒ Ø Ù Á Ø ØÝÔ ØÓÑ Ò Ð Õ Ò Ó ÔÓÔ ÞÖÙõ Ø ÔÓÔ ËÈ ÔÓ Ø Ò Ö Ø º ÔÓ Ö Ù Ú Ñ Ò Ñ Ð Þ s.10 Ðõ ÑÓúÒÓ Ø ÔÖÓ Ö ÑÙ Ð Ò ÓÐ Ó Ú Øõ»Ñ Òõ Ò Ó Ò ÔÓÖÙ Ñ Ò Ñ Ð Þ
s.11 È ÔÖ Ú ÐÓÚ Ó ÔÓÐ ÈÓÒ Ù Ø Ò Þ Ð ú ØÓ Ø ß Ô ÔÖ Ú Ú ØÙÔ ÔÖÓ Å ÔÖÓ Ö Ñ ÓÓ /cygdrive/jan.hus/ $ mcedit na.che ion Na+ parameter set=sea NAp1 /cygdrive/jan.hus/ $ mcedit cl.che ion Clparameter set=sea CLm1 È ÔÖ ÚØ Ø ÜØÓÚ ÓÙ ÓÖÝ na.che cl.che Ô ÔÖ Ú ÐÓÚ Ó ÔÓÐ ÔÖÓ ÑÙÐ /cygdrive/jan.hus/ $ blend -o nacl na cl ÎÝÖÓ Ò ÓÐ ÓÙ ÓÖ Ø Ö Ù ÓÙ Ð ÔÓØ º Æ Ò Ð Ø Ý Ø Ó Ñ ÓÙ ÓÖ Þ Ú Ð ÔÖÓ ÞÚ Ú nacl.ble ÔÓÔ ÐÓÚ Ó ÔÓÐ ØÓÔÓÐÓ ÑÓÐ ÙÐ na.mol cl.mol ÔÓÔ ÑÓÐ ÙÐ ÔÓØ Ò ÔÖÓ ÞÓ Ö ÞÓÚ Ò na.gol cl.gol ÖÚÝ Ú Ð Ó Ø ØÓÑ ÔÖÓ ÞÓ Ö ÞÓÚ Ò
Ø ú ÓÔ ÖÓÚ Ø ÔÓÑÓ Å Ò Ø ÓÑÑ Ò ÖÙ ÞÓ Ö ÞØ Ú ÔÖ Ú Ñ ÄÞ Ö Ò ÓÙ ÓÖ nacl.defº ÃÓÔ ÖÙ Ð Ú ÓÙ º Ô Ò ÐÙ s.12 Ò Ò ÓÙ ÓÖ ÔÖÓ ÑÙÐ ÓÙ ÓÖ nacl.def Ó ÐÓú Ý nacl Þ ÓÔ ÖÙ Ø Ø Ù Ö Ø ÓÙ ÓÖ nacl.def Ó ÓÐ Ý Ñ ú Ø Ø ØÓ ÈÓ Ù /cygdrive/jan.hus/ $ cp../../jan.zizka/nacl/nacl.def. Ñ Ý ÈÓÞÒ ÓÞÒ Ù ÖÓ ÓÚ ÓÙ ÐÓú Ù../ Ò Ô º ÔÓ Ù Ø Ú/cygdrive/jan.hus/nacl/ Ø ØÓ /cygdrive/jan.hus/./ ÓÞÒ Ù ØÙ ÐÒ ÐÓú Ù ËÓÙ ÓÖ ÔÖÓ Ð Ò Ø /cygdrive/jan.hus/ $ cat nacl.def
Ò Ðº s.13 n=108! pomocna promenna N[0]=n N[1]=n! pocet Na+ a Clrho=2100! referencni hustota [kg/m3] cutoff=8.4! elst cutoff [A] LJcutoff=cutoff! LJ cutoff [A] rdf.grid=20! mereni struktury (rad. distr. f.) el.epsk=2 el.epsr=0.4! presnost vypoctu elst. sil [K/A] el.diff=0.3! omezi urcita varovani noint=30 h=0.1/noint! pocet kroku/cyklus a delka kroku [ps] no=100! pocet cyklu dt.plb=1! jak casto se bude zapisovat "playback" [ps] thermostat="andersen"! nahodne stouchance (Maxwell-Boltzmann) T=300! teplota [K] tau.t=1! casova konstanta termostatu [ps] P=101325! tlak [Pa] tau.p=100! konstanta barostatu; pro kapalinu lze mene init="start"! start z predchozi konfigurace; nove mereni a zaznam! TOHLE SMAZAT PO PRVNIM KROKU: load.n[0]=3! pomnozit 3x ve smeru x load.n[1]=3! pomnozit 3x ve smeru y load.n[2]=3! pomnozit 3x ve smeru z ;! konec dat
È ÔÖ Ú ÖÝ Ø Ð Ù Æ 108 Ð 108 s.14 Æ Å Ò ÖÝ Ø Ð 4 Ð 4 ÔÓÑÒÓú Ñ Ò Æ na4cl4.plbµ 108 108 Ø º Ð ú Ñ Ñ ÖÙ Ò Ñ ÞÖÓÚÒÓÚ úò Ø Þ ÓÒ Øº Ø ÔÐÓØÝ ØÐ Ù Ú /cygdrive/jan.hus/ $ cook nacl krystal -s na4cl4.plb Ù ÓÙ ÔÓÙú ØÝ ÓÙ ÓÖ Ô Ö Ñ ØÖÝ nacl nacl.ble nacl.def ÑÙÐ Ò Ñ ÒÓ krystal ÒØ Ö Ø ÚÒ Ú ØÙÔ Ð Ú Ò Ú ØÙÔ Ó Ö ÞÓÚ µ -s Ú ØÙÔÒ ÓÙ ÓÖ ÔÖÓ init="plb"µ na4cl4.plb Ø Î ØÙÔÒ init="plb"! vstupni konfigurace = na4cl4.plb no=50! 50 kroku po 0.1 ps ;! konec (jednoho setu) vstupnich dat a start MD ;! pripadne dalsich 50 kroku quit=1;! (nebo Ctrl-D) konec simulace ÌÖ ÐÞ Ô ÖÙõ Ø Ø Ñ ØÖй Ô ÐÞ ÚÝ Ö Ø Ò Ô º ÑÙÐ i Ó ÓÒ Ø Ý ÐÙ ÔÓ Ö ÓÚ Ø Ú ØÙÔ Ñ Ø. Úõ ÙÐÓú Ø ÓÒ Ø
ÐÞ Ô õ ÐÓÚ Ø Ð ÚÓÙ ÑÝõ Þ Ó Ò ÚÝ Ó Ñ Ò Ô º ÔÖÓ Ø Ò Ñ Ö Ý ÑÝõ Ò Ó º ØÐ Ø Ñ s.15 ÃÓÒÚ Ö Ò ÑÙÐ Ö Ú Ð Ò Ú Þ Ú ÐÓ Ø Ò Ú Ñ Þ Ñ Ñ Ý Ø Ñ ÞÖ Ð ÜÓ¹ Æ Ó ÖÓÚÒÓÚ Ýº Ú Ò /cygdrive/jan.hus/ $ showcp -p krystal ÔÓ ÔÓ Ø Ò Ñ ÖÓÞ Ñ Ø Ò Ù Ø Ð º Î Ð ÒÝ Ø Ñ Ð ÔÓ Ø Ò ÖÝ Ø Ð õô ØÒ õô ØÒ ÓØÓ Òµ Ñ ú ÈÓ Ù Ø ú Ú Ñ ÖÝ Ø Ð ÖÓÞØ Ú Ò Ó Ó ÓÒ ÑÙÐ Þ Ú ÖÙ ERROR Ø molecule out of box or too long ÌÖ Ú Ð ÒÝ ÞÓ Ö Þ Ø Þ Ò Ñ Ñ Ò Ò Ô º ÎÝ Ö Ò /cygdrive/jan.hus/ $ showcp -p krystal Tkin Epot rho ÈÓÞÒº ÚÝÑ Þ Ø ÓÞÒ Ò Ý Þ nacl.def Æ Þ ÔÓÑ Ø
Ò ÑÝõ ÔÓ Ó Ò Ó ÔÖÓ blendº ÃÖÓÑ Ô Ò ÐÙ ÐÞ ÔÓÙú Ø ÇÚÐ Ú Ý Ð s.16 /cygdrive/jan.hus/ $ show -I% krystal -I ÔÓ Ø Ò Ð Ð Ú ± Ó ÙÐ Ý ÐÞ Ò Ô Ò ÐÙµ ÈÖÓ Ð ú Ò ØÖ ØÓÖ ß ÔÖÓ Ö Ñ ÓÛ Ö ÞÒ ÞÓ Ö Þ Ò Ø ú ± ^ ² ÒØÖ Ð»Ô Ö ÐÐ Ð Ø ÖØ ÔÐ Ý ÔÓ ÒÓÑ ¼ Þ Ø Ú Ø ½ ¾ º º º ÔÓ ½ ¾ º º º ÔÓÞÔ Ø Ù µ º Ô Ú Ò Þ Ø» ÓÒ ÚÝÖÓ ºÒ«ÔÖÓ Ö ÝØÖ Ö Þ Ù ÆÓ /cygdrive/jan.hus/ $ ray -n krystal.0000 -vdisplay
ÞÒ Ø ß Ú Ó Ùú ¹Á± ÖÝ Ø Ð ÓÛ Ë ÑÙÐ Ú ÖÓÚÒÓÚ Þ s.17 ÑÙÐ ÚÝØÚÓ ÒÑ ÖÝ Ø Ð Ñ õø ÒÓÙ Ù Ñ Ñ Øº ËÔÙ Ø Ñ /cygdrive/jan.hus/ $ cook nacl krystal -s Ø Ú ØÙÔÒ no=100; quit=1; Ò ÐÞ Ú Ð ÞÒ Ø ß ÓÚ ÚÚÓ ÚÝ Ö Ò Ú Ð Ò Ùú /cygdrive/jan.hus/ $ showcp -p krystal Tkin Epot rho ÐÒ ØÖ Ù Ò ÙÒ Ö /cygdrive/jan.hus/ $ rdfg krystal pu ÙÒ Ü ÓÖÑ Ø ÔÐÓØ ÐÐ ÙÖÚ pu ÓÓÖ Ò Ò ÐÓ ÙÑÙÐ Ø ÚÒ /cygdrive/jan.hus/ $ plot :1:4 nacl.*.*.g ÐÓÙÔ ÞÓ Ö Þ Ò ½ úóð Ò Ö ÞÙ Ð ÓÚÓÐÒ Ø ÜØ Þ Ù Ø Ò Ô º /cygdrive/jan.hus/ $ ls -l nacl.*.*.g
ÞÒÓÚÙ ÒÝÒ Ý Ø Ñ Ú ÖÓÚÒÓÚ Þ Ò Þ ÔÓÑ Ø Ò Ò Ø ÖØÙ Ø T=2000µ ÔÓ ÓÒ Ò ÔÖÓ Ð Ò Ø Ö ÐÒ ØÖ Ù Ò ÙÒ Ø s.18 Ì Ú Ò Ò Þ ÓÔ ÖÙ Ø ÓÒ ÙÖ /cygdrive/jan.hus/ $ cp krystal.cfg tavenina.cfg ÞÚÝõØ Ø ÔÐÓØÙ /cygdrive/jan.hus/ $ cook nacl tavenina -s Ú ØÙÔÒ Ø tau.t=0.5! casova konstanta termostatu v ps T=2000! teplota v K tau.p=20! casova konstanta barostatu no=50; Ø Þ Ø ;³µ Ó Ù Ò ÞÖ Ð ÜÙ Ð Ù Ø ØÐ Ù ¹ ÓÔ Ù Ø ÔÖÓ Ð Ò Ø ØÖ ØÓÖ ØÓØÙµ /cygdrive/jan.hus/ $ show tavenina -I%---i ÙØÓÑ Ø Ý ÞÑ Òõ Ø ÖØÙ Ú Óµ -I%---i ØÓ Ùú ÙÑ Ø µ
Ò Þ Ø Ù Ñ ú Ø Ø tau.t=0.5 tau.p=20 ÖÝ Ð õ µ ß Ò ÓÒ ÚÖ Ø tau.t=1 tau.p=100 Ô Ò õ µ ß s.19 ÓÒ ÐÒ Ø Ú ÑÙÐ ÖÝ Ø ÐÙ ÔÖÓ Þ ÒÓÙ ÚÝõõ Ø ÔÐÓØÙ Ø ÒÓÚØ Ù ¹ ÇÔ Ù Ø rho ß ÓÒØÖÓÐÙ Ø ØÖÙ ØÙÖÙ ØÓØÙ /cygdrive/jan.hus/ $ cook nacl krystal -s Î Ð ÒÓÙ ÓÒ ÙÖ Ñ Ø Ú ÓÙ ÓÖÙ krystal.cfg ÓÔ ÓÒ ÙÖ ÔÖÓ Ðõ ÐÝ /cygdrive/jan.hus/ $ cp krystal.cfg slab.cfg Ô ÔÖ Ú Ò ÓÙ ÓÖ ØÝ ÔÖÓ Ð ÒØ Ó ÓÔ ÖÙ Ø Ù ÔÓÙú Ø Ñ ØÓ Ú ÓÞ Ó slab.def nacl.def
Ð º n=108*3 N[0]=n N[1]=n s.20! pomocna promenna (3x co predtim)! pocet Na+ a Clrho=1800! referencni hustota [kg/m3] L[0]=1 L[1]=1 L[2]=3! pocatecni pomer velikosti stran cutoff=8.4! elst cutoff [A] LJcutoff=cutoff! LJ cutoff [A] rdf.grid=20! mereni struktury (rad. distr. f.) el.epsk=2 el.epsr=0.4! presnost vypoctu elst. sil [K/A] el.diff=0.3! omezi urcita varovani noint=30 h=0.1/noint! pocet kroku/cyklus a delka kroku [ps] no=100! pocet cyklu dt.plb=1! jak casto se bude zapisovat "playback" [ps] thermostat="andersen"! nahodna randomizace Maxwell-Boltzmann T=1300! vase teplota [K] (bod tani je asi 1340 K) tau.t=1! casova konstanta termostatu [ps] P=101325! tlak [Pa] tau.p=10! konstanta barostatu rescale="zcm"! bude menit box jen ve smeru osy z init="start"! start z predchozi konfigurace; nove mereni a zaznam! TOHLE SMAZAT PO PRVNIM KROKU: load.n[2]=3! pomnozit 3x ve smeru z slab.t=2000! teplota v prostredni polovine boxu (mezi Tz0,Tz1) slab.tz0=0.25! definuje rozsah z pro slab.t (v nasobku Lz=L[2]) slab.tz1=0.75! definuje rozsah z pro slab.t (v nasobku Lz=L[2]) T=1000 tau.t=.1! teplota a konstanta termostatu (rychlejsi) tau.p=5! konstanta barostatu (rychlejsi) ;! konec dat
Ú ØÙÔÒ Ø Ø Ø Ò º Â Ó Ù ØÓØÙ Ñ Ð Ý Ð ÒÓÙØ Ò ½ ¼¼ ú ½ ¼¼º ÈÓ Ù Ò Ù ËÐ Ù Ø s.21 ÓÒ ÐÒ Ø Ú ß ÔÓ Ö ÓÚ Ò Ó Ú Ò Ñ ÔÖÓ Ø Ò Ø ÖÝ Ø ÐÙ Ð Þ Ò Ñ Þ ÝØ Ù Ú Þ ËÔÙ Ø Ø Øµº ÈÖÓ Ø ÖÓÞØ Ú º ÓÒ /cygdrive/jan.hus/ $ cook nacl slab -s Ô Ð õ Ù Ø Ð Ò Ø Ðõ ½¼¼ Ý Ð ½¼ Ô µ Ðõ Ø Ò µº ÔÓ Ú Ø Ò ØÓ /cygdrive/jan.hus/ $ show slab ÌÖ Ý ÑÙÐ Ò Ö ÒÓÐ ÔÓÑÓ Ì ËØ ÊÓØ ÓØÓ Ø ÐÞ Ø ÔÙ Ø Ø ÙØÓÑ Ø Ý /cygdrive/jan.hus/ $ show slab -I%----******yirrr= -l -z12 -l ÔÐ Ù Ô Ö Ó Ó Ö ÓÚ ÔÓ Ñ Ò Ý -z12 ÔÓ Ù Ó ½¾ Ú Ñ ÖÙ Ó Ý Þ
s.22 ÓÒ ÐÒ Ø Ú ß ÔÓ Ö ÓÚ Ò ÆÝÒ ÚÝÑ úø Ú ÓÙ ÓÖÙ slab.def ÓÞÒ Ò Ýº Ðõ µ Ò Ñ Ø ÖÑÓ Ø Ø Ñ ß ÔÓ ¾¼¼ Ý Ð Ë ÑÙÐ /cygdrive/jan.hus/ $ cook nacl slab -s no=200;... ÈÓ Ú Ø Ò Ú Ð Ý ß Ø ÖÝ Ø Ð Ò Ó Ò Ö Ø
s.23 Ä ÒÙÜ ÓÑÑ Ò ÔÖÓÑÔØ ÙÖÚ Ú Ð Ø Ü Ø Ó Ð õ Ò ÞÑ Ò ÐÓú Ý Ö µ ËÄÇ Ã ÞÔ Ø ºº ÓÙ ÓÖ Ú ÐÓú Ð ÚÔ Ò Ø Ö ÔÓ ÖÓ Ò Ð ¹Ð º ÚÔ Ó Ù Ö Ø Ó Ë ÁÁµ ÓÙ ÓÖÙ Ø ËÇÍ ÇÊ Ñ Þ Ò ÓÙ ÓÖÙ ÖÑ ËÇÍ ÇÊ ÓÔ ÖÓÚ Ò ÓÙ ÓÖÙ Ô ËÇÍ ÇÊ Ã Å Ô ÙÒ Ô Ñ ÒÓÚ Ò ÓÙ ÓÖÙ ÑÚ ËÇÍ ÇÊ Ã Å Å Ò Ø ÓÑÑ Ò Ö Ñ ÞÓ Ö Þ Ø ÚÔ Ý Ò Ó Ö ÞÓÚ Ù Ô Ô Ò µ ØÖÐ¹Ç Ø ÓÙ ÓÖÙ Ù ÓÒ Ø ½¼ Ø ÒÓÚ Ó Ò Ó Ø Ö Óµ ÓÙ ÓÖÙ Ñ Ø ËÇÍ ÇÊ Ô ÖÙõ Ò ú Ó ÔÖÓ Ö ÑÙ ØÖй